Propiedades fsico-qumicas de las bases nitrogenadas

1.- Hidrofobia y disposicin coplanar de los enlaces

El carcter hidrfobo viene dado por la naturaleza aromtica de los anillos purnicos y pirimidnicos. Por tanto,
son insolubles en agua a pH fisiolgico.
Son planas porque los C tienen orbitales moleculares sp
2
(tres orbitales moleculares en un plano y
uno p perpendicular que sirve para formar el doble enlace). Lgicamente, es una estructura resonante.
2.- Dipolos
Las bases tienen tomos muy electronegativos (N y O) dentro y fuera del anillo aromtico, por lo que existe
una atraccin asimtrica de los electrones de la molcula y, por tanto, se forman dipolos que permiten formar
puentes de hidrgeno.

De todos los posibles, los ms importantes son los que van a servir para formar los puentes de hidrgeno de
Watson y Crick para formar el DNA bicatenario a pH7. A diferente pH, la estructura se debilita al cambiar la
disposicin electrnica de las bases: por protonacin a pH cido, o por desprotonacin a pH bsico.

3.- Tautomera
Watson y Crick postularon la tautomera de las bases para explicar que se puedan aparear de manera distinta
a la que ellos proponan y generar mutaciones espontneas. Hoy se sabe que dichas formas existen debido a
la migracin de los electrones por los dobles enlaces conjugados. Hay dos tipos de tautomera:
Tautomera ceto-enlica (lactama-lactima)
Interconvierte un grupo ceto (=O) y enol (OH) extracclicos cerca de un N cclico. Se puede
producir en la G, C, T y U. Las lactimas imprimen un fuerte carcter cido a las bases.
Tautomera imina-amina
Interconvierte un amino (NH2) extracclico en un imino (=NH) cerca de un N cclico. Se
puede dar en G, A y C.

Las formas tautomricas (enol e imina, respectivamente) son unas 10 000 ms inestables. La A slo presenta
un tipo de tautomera, y la G y C dos. La T presenta dos formas tautomricas, pero ambas cetoenlicas.
4.- Nauraleza bsica
Todas las bases nitrogenadas son bases dbiles al ser desprotonables a pH entre 9 y 10, aunque los grupos
ceto (=O) pueden tautomerizar a enol (OH), perder el protor y conferir cierta acidez. Al no tener ningn ceto,
la A es la ms bsica de todas. Las C y G son levemente cidas por tener un nico sustituyente ceto. Las T y
U son an ms cidas por tener dos grupos cetnicos. Un caso extremo es el cido rico, que, a pesar de ser
una base nitrogenada, tiene carcter cido debido a los tres grupos ceto que contiene.

5.- Absorcin de luz
Los electrones deslocalizados de anillos aromticos se pueden excitar al recibir energa en forma de luz
ultravioleta. En torno a 260 nm todas ellas absorben luz UV desde los 259,5 nm de G hasta los 276 nm de
C y su coeficiente de extincin molar oscila entre el de la C ( = 9 10
3
M
1
cm
1
) y el de la A
( = 1,5 10
4
M
1
cm
1
); la media es 10
4
M
-1
cm
-1
. Esta propiedad permite calcular la concentracin a partir del
coeficiente de extincin molar y la ecuacin de Lambert-Beer:
A = L x C x
(A es la absorbancia a 260 nm, L es el paso de la cubeta, normalmente 1 cm, C es la concentracin de la
muestra, y el coeficiente de extincin molar).