Tasas de substitución de ADN

Tipos de mutaciones :

Dos tipos de mutaciones puntuales:

1. Substituciones en pares de bases

1. Transiciones
• Convierten una purina -pirimidina a otra purina-
pirimidina
• 4 tipos
• La mayoría resultan en substituciones sinónimas

2. Transversiones
• Convierten una purina-pirimidina a una pirimidina-
purina.
• 8 tipos
• Es más probable que resulten en cambios no sinónimos

2. Deleciones o inserciones de una base

Transiciones y transversiones

A 
G (Puricas)

   


C T (Pirimidicas)
 Transiciones y transversiones
Clase Par nucleótidos
Nucleótidos AA TT CC GG Total
idénticos O1 O2 O3 O4 O
Transiciones AG GA TC CT Total
P11 P12 P21 P22 P
Transversiones AT TA AC CA
Q11 Q12 Q21 Q22
TG GT CG GC Total
Q31 Q32 Q41 Q42 Q
Tipos de mutaciones en marcos abiertos de lectura (ORFs):

Mutaciones no sinónimas
Resultan en la substitución de un aminoácido por otro

Mutaciones sin sentido

Resultan en un codón de paro

Mutaciones neutrales no sinónimas

Resultan en la substitución de un AA por otro con similares
propiedades químicas, la función no se altera

Mutaciones sinónimas
Resultan en el mismo aminoácido

Mutaciones de cambio de marco:

Deleciones o inserciones (no divisibles entre 3) resultan en la

traducción de AA incorrectos, codones de paro (polipéptidos más
cortos ) o la eliminación de codones de paro (polipéptidos más
largos).
 Hipótesis del reloj molecular

Dentro de un gen o región génica

determinada las mutaciones se acumularán

en una tasa constante a través de los linajes

 Tasa de substitución constante

Datos combinados para hemoglobina, citocromos y fibrinopéptidos

 Tasas de cambio relativo
Para comparar las tasas entre los linajes A y B, usar C como referencia

Si la tasa es constante, entonces la distancia del OG a cualquiera de los

miembros debe ser constante

KAC = KOA + KOC (1)

KBC = KOB + KOC (2)

KAB = KOA + KOB (3)

Entonces :

KOA = (KAC + KAB - KBC ) / 2

KOB = (KAB + KBC - KAC ) / 2

KOC = (KAC + KBC - KAB ) / 2

Entonces, de acuerdo con la hipótesis del reloj molecular:

KOA = KOB entonces KOA – KOB = 0

Y de las ecuaciones (1) y (2)

KOA – KOB = KAC – KBC

Podemos comparar las tasas de substitución en los linajes

A y B directamente de KAC y KBC
 Diferencia en las tasas

A B C
A C B

Tasas iguales Tasa menor en el linaje B

KAC = KBC KAC > KBC

 PATRONES DE SUSTITUCIÓN

Los cambios evolutivos en las secuencias del DNA son mas

complicados que en las secuencias de proteínas en razón de los
diferentes tipos de regiones que se presentan en ésta molécula:
codificantes, no codificantes, exones, intrones, flanqueadoras,
repetitivas, pseudogenes, etc., de tal forma que las presiones
de selección son diferentes
 Causas de las diferencias en las tasas
• Tasas de mutación
– Tiempo de generación
– Tasa metabólica
– Mecanismos de reparación del DNA
• Selección positiva o purificadora
• Diferencias en la poza génica
 Heterogeneidad de las tasas
• Las tasas de evolución molecular pueden diferir
entre:
– Posiciones del codón
– Genes
– Regiones genómicas
– Genomas (nuclear vs organelos)
– Especies
– A través del tiempo
 Evolución en organelos
• DNA Mitocondrial (mtDNA) tiene en promedio una
tasa de substitución 10 veces mayor que el DNA
nuclear

• Mayor tasa de substituciones sinónimas y no

sinónimas en el mtDNA
Tasas de cambio en plantas
 SUSTITUCIONES SINÓNIMAS Y NO SINÓNIMAS

Las sustituciones sinónimas no provocan cambios en el

aminoácido para el cual codifican, se les considera
aparentemente libres de selección natural

La tasa de substitución no sinónima es generalmente

mucho mas baja que la de substituciones sinónimas y
varía ampliamente entre genes, en virtud de la
selección purificadora
 FACTORES QUE INFLUYEN EN LAS TASA DE
SUSTITUCIÓN NUCLEOTÍDICA

I.- SESGO EN EL USO DE CODONES

II.- SUSTITUCIONES NUCLEOTÍDICAS EN DIFERENTES POSICIONES DEL CODÓN
III.- PROPORCIÓN DE TRANSICIONES SOBRE TRANSVERSIONES
IV.-SUSTITUCIONES SINÓNIMAS Y NO SINÓNIMAS

Otros: Agentes mutagénicos, eficiencia en los sistemas de reparación.

 SESGO EN EL USO DE CODONES
Premisa: Si todas las mutaciones sinónimas son selectivamente neutrales y no hay sesgo
mutacional, los codones sinónimos para un mismo aminoácido deberían estar en promedio
en la misma frecuencia en regiones codificantes. Sin embargo el uso de codones:

a) no es al azar (en procariotes y eucariotes)

b) varia entre genes (mayormente expresados vs poco expresados)
c) es especie específico

Causas (hipótesis)
- Abundancia de tRNAs (selección)
- Eficiencia traduccional -velocidad y precisión- (selección)
- Presión de mutación sesgada (contenido de GC, AT en el genoma)

Consecuencias:
-Afecta la tasa de substitución de nucleótidos.
 SUSTITUCIONES NUCLEOTÍDICAS EN DIFERENTES SITIOS DEL
CODON
Premisa: Bajo un modelo neutral la tasa de sustitución en cada sitio del codón se esperaría que
fuera aproximadamente igual. Sin embargo:

A) La mayoría de las substituciones en el tercer sitio del codón son sinónimas, todas las
substituciones en la segunda posición son no sinónimas y la mayor proporción de las
sustituciones en el primer sitio resultan ser no sinónimas

Consecuencias:
- En regiones codificantes la mayoría de cambios en el tercer sitio del codón favorecen tasas
de sustitución determinadas por mutación-deriva.

- Las sustituciones en el segundo sitio están primariamente controladas por restricciones

funcionales mas que por presiones de mutación.
B) Presión de mutación sesgada. En algunos organismos es tan alta que favorece que
en la tercera posición del codón existan casi siempre A o T, C o G y esto se observa
porque el contenido de G y C en la tercer sitio del codón es proporcional al
contenido del genóma, mientras que en la segunda posición es muy bajo ya que
aquí está determinado por selección purificadora y restricciones funcionales de los
genes

Consecuencias: El uso de codones es controlado por presiones de mutación y

selección purificadora

Por todo lo anterior las distancias evolutivas calculadas a partir de las substituciones
en el segundo sitio del codón tienden a ser mas pequeñas, mientras que son mas
grandes cuando se realizan con substituciones en el tercer sitio e intermedias
cuando se realizan con el primer sitio ya que algunas de ellas son silenciosas
 REGIONES NO CODIFICANTES
PSEUDOGENES. Por tratarse de secuencias no funcionales las cuales
derivaron por duplicación de genes ancestrales que han dado origen a
regiones codificadoras son modelos de estudio para seguir los patrones
de mutación espontánea, es decir substituciones no sujetas a restricciones
selectivas.
La tasa de substitución es regularmente mucho mayor en pseudogenes que
en genes homólogos funcionales.

La dirección de la mutación no es al azar. Ej. A cambia mas a G, que a T o C.

Las transiciones ocurren mas a menudo que las transversiones aún cuando se
espera una proporción a la inversa de 1:2.

Algunos nucleótidos mutan mas que otros, ejem. G en el 33% de los casos
cuando se espera que mute en un 25%.
 CONCLUSIONES
Las tasas de substitución no son las mismas en todas las regiones de las secuencias nucleotídicas ni entre
familias de proteínas

Varían entre organelos

Varían a lo largo de los genes (regiones conservadas relacionadas con la actividad

funcional de la proteína)

Los patrones de substitución (contenido de G y C o A y T) varían entre linajes y

entre regiones de un genóma

Las tasas de substitución varían a lo largo de la historia de un gen o proteína (episodios o eventos de
tasa elevada seguido de eventos de baja tasa de substitución)

Las similitudes en la tasa de substitución entre organismos divergentes se puede

dar como resultado del balance entre el tiempo de generación, el tamaño
poblacional y la tasa de mutación por generación

La mayoría de los cambios en intrones, en regiones no codificadoras o en la 3a.

posición de los codones de regiones codificadoras son neutrales o de baja
selección.
Relación transición/transversión
ˆ ˆ ˆ
R  P / Q (s/v)
R  0.5 - 2.0 en genes nucleares
R  15 en genes mitocondriales
¿Cómo estimar la proporción de substituciones

nucleótidicas entre pares de secuencias?

 Diferencias nucleotídicas entre
secuencias
Distancia-p

pˆ  nd / n
nd número de nucleótidos diferentes entre ambas
secuencias
n número total de nucleótidos
 Modelos de sustitución
Jukes-Cantor
Kimura 2-parámetros
Tamura-Nei
GTR (General Time Reversible)
 Jukes-Cantor

d  [3 / 4] ln[1  [4 / 3] p ]
Asume que las frecuencias nucleotídicas son iguales y

que las probabilidades de cambio entre núcleotidos

son iguales
 Kimura 2-parametros

Número de sustituciones por sitio

d  [1 / 2] ln[1  2 P  Q]  [1 / 4] ln[1  2Q]

Asume que las frecuencias nucleotídicas iniciales son

iguales, considera que la tasa de transiciones es diferente
de la tasa de transversiones
 Kimura 2-parametros

Número de transiciones por sitio

s  [1 / 2] ln[1  2 P  Q]  [1 / 4] ln[1  2Q]

Número de transversiones por sitio

v  [1 / 2] ln[1  2Q]

Relación transición/transversión

R  s/v
 Tamura-Nei
2 g A gG  gR 1 
d  ln 1  P1  Q
gR  2 g A gG 2gR 
2 gT g C  gY 1 
 ln 1  P2  Q
gY  2 gT g C 2 gY 
 g A g G g R gT g C g R   1 
 2  g R gY    ln 1  Q
 gR gY   2 g R gY 
El modelo de Tamura- Nei considera
que la frecuencia de cada uno de los
nucleotidos es distinta, calcula una
tasa de transición para purinas y una
para pirimidinas
 Modelo GTR
Este modelo de sustitución considera:

La frecuencia de cada base puede ser diferente

La tasa s/v es variable

Calcula un valor de probabilidad de cambio

para cada uno de los posibles pares de
combinaciones
La tasa de sustitución nucleotídica varia
de un gen a otro y de un grupo a otro

La tasa de sustitución varía entre las

tres posiciones del codón

Esta variación sigue aproximadamente una

distribución gamma
 Distancias para la
Distribución gamma
• Tasa de variación entre sitios
– Sitios altamente variables
• Terceras posiciones del codón
• Codones en la superficie de proteínas globulares
– Sitios poco variables
• Triptofano (1er codón) requerido estructuralmente
• 1er o 2da posición del codón cuando se requiren puentes disulfuro

• El parámetro alfa de la distribución gamma describe

el grado de variación a través de las posiciones del
codón ( 0 < α < ∞)
Distancias Gamma Corregidas
Distancia gamma para el modelo de J-
C

3  4 
1
a 
d  a 1  p  1
4  3  

a parametro gamma
Distancia gamma para el modelo de
Kimura

a  1 3 
d  1  2 P  Q   1  2Q   
1 1
a a
2 2 2