Nicole Portillo Juarez BT7-1

EJERCICIO DE ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS 2:

Alineamiento múltiple y árboles filogenéticos

INTRODUCCIÓN
La filogenia molecular consiste en el estudio de las relaciones evolutivas entre organismos
a partir de datos moleculares ordenados en un alineamiento múltiple de secuencias de
ADN o de proteínas.
En el análisis filogenético, el objetivo es la construcción de un árbol filogenético que
ilustre la historia evolutiva de un grupo de especies. Un árbol filogenético es un gráfico
compuesto de nodos y ramas en el que una rama conecta dos nodos adyacentes. Los
nodos representan a las especies y las ramas definen las relaciones entre esas especies en
términos de descendencia y ascendencia. El patrón de ramificación se denomina topología
del árbol. Hay que distinguir entre nodos terminales y nodos internos. Estos últimos
representan a especies ancestrales hipotéticas mientras que los nodos terminales
representan a especies existentes en la actualidad. Las especies que están conectadas por
ramas a un mismo nodo interno, comparte ese nodo ancestral. Las ramas que conectan
nodos externos con nodos internos se denominan ramas externas o terminales mientras
que las que conectan nodos internos son ramas internas. Un nodo puede ser bifurcado si
tiene sólo dos descendientes o multifurcado si tiene más de dos. Por lo general, la
representación más común de las filogenias emplea árboles bifurcados dado que se
asume que el proceso de especiación es binario: dos especies descendientes a partir de
una especie ancestral común. Una multifurcación o politomía en un árbol puede
interpretarse de dos maneras: a) representa una realidad, es decir, un ancestral ha dado
lugar a más de dos especies descendientes; b) existe una ambigüedad a la hora de
determinar el correcto patrón de bifurcación porque los datos disponibles no son
resolutivos.

DESARROLLO

INVESTIGAR E INCLUIR LO SIGUIENTE:

Definición y características de los árboles filogenéticos con los métodos de Máxima
Parsimonia (MP), Maximum Likelihood (ML), Neighbor-Joining (NJ) y UPGMA:
• Máxima Parsimonia (MP):
Definición: Este método busca el árbol que requiere la menor cantidad de cambios
evolutivos para explicar las diferencias observadas en las secuencias de ADN o
proteínas.
Características: Se basa en la premisa de que la explicación más simple suele ser la
más probable. Selecciona el árbol que minimiza el número total de cambios, como
mutaciones o inserciones/deleciones.
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• Maximum Likelihood (ML):

Definición: ML estima la probabilidad de observar los datos (secuencias genéticas)
bajo un modelo evolutivo particular y busca el árbol que maximiza esta probabilidad.
Características: Considera la variabilidad en las tasas de evolución y otros
parámetros. Puede ser más preciso pero también más computacionalmente
intensivo.
• Neighbor-Joining (NJ):
Definición: NJ construye el árbol paso a paso, uniendo iterativamente los pares de
especies más "cercanas" en términos de distancia evolutiva.
Características: Es rápido y eficiente, especialmente para conjuntos de datos
grandes. No asume tasas de evolución constantes y es menos sensible a la
heterogeneidad de las tasas.
• UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean):
Definición: UPGMA agrupa especies basándose en sus similitudes y construye el
árbol midiendo las distancias promedio entre los grupos.
Características: Asume tasas de evolución constantes a lo largo de las ramas. Es
simple y rápido, pero puede no ser apropiado para datos con tasas de evolución
variables.
Definición y características de modelos evolutivos (Jukes-Cantor, Kimura y Tamura-Nei):
• Jukes-Cantor:
Definición: El modelo de Jukes-Cantor es uno de los modelos más simples. Supone
que todas las tasas de cambio de nucleótidos son iguales y que las sustituciones
ocurren de manera aleatoria y a una tasa constante.
Características: Es fácil de entender y calcular, pero su simplicidad puede no reflejar
con precisión la complejidad de la evolución.
• Kimura:
Definición: El modelo de Kimura es un paso más allá del modelo de Jukes-Cantor al
considerar dos tipos de sustituciones: transiciones (cambios entre purinas o
pirimidinas del mismo tipo) y transversiones (cambios entre purinas y pirimidinas).
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Características: Proporciona una descripción más realista de la evolución al

diferenciar entre tipos específicos de cambios nucleotídicos.

• Tamura-Nei:
Definición: El modelo de Tamura-Nei es más complejo y considera diferentes tasas
para las transiciones y transversiones, así como también tiene en cuenta la
heterogeneidad en las tasas de cambio entre diferentes sitios de la secuencia.
Características: Ofrece una mayor flexibilidad al permitir tasas de evolución
variables entre sitios y es más realista en términos de los procesos evolutivos.
1. Descargar las secuenciasa de DNA y amoniácidos de DNA mismatch repair protein
(mutS) y glutamate racemase (murI) de las siguientes especies de Streptococcus:
S. agalactiae, S. dysgalactiae, S. equinus, S. mutans, S. oralis, S. parasanguinis, S.
pneumoniae y S. pyogenes.

2. Exportar las secuencias a MEGA, alinear y cortar los genes a la misma longitud.

3. Construir árboles filogenéticos con las siguientes caracteristicas (a partir de DNA):

a) Para DNA mismatch repair protein (mutS):
-Árbol por el metodo de Neighbor-Joining (NJ) con modelo evolutivo de
Jukes-Cantor.
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- Árbol por el metodo de UPGMA con modelo evolutivo de Jukes-Cantor.

b) Para glutamate racemase (murI):

- Árbol por el metodo de Neighbor-Joining (NJ) con modelo evolutivo de
Kimura.

- Árbol por el metodo de UPGMA con modelo evolutivo de Kimura.

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4. Construir un árbol filogenético utilizando las secuencias en aminoácidos para cada

gen (ajustes predeterminados).

Murl

Muts
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Discusiones y conclusiones finales.

La comprensión de las relaciones evolutivas entre especies es fundamental en la biología
evolutiva, y para abordar esta complejidad, se han desarrollado modelos evolutivos que
simplifican los procesos de cambio en las secuencias de ADN. Entre estos modelos, se
El modelo de Jukes-Cantor, siendo el más simple, asume tasas de cambio uniformes y
sustituciones aleatorias. Aunque proporciona una perspectiva general, su simplicidad
puede limitar la precisión en la representación de la evolución molecular. El modelo de
Kimura va un paso más allá al diferenciar entre transiciones y transversiones, ofreciendo
una mayor complejidad que refleja más fielmente los procesos biológicos.
Por otro lado, el modelo de Tamura-Nei incorpora tasas de cambio variables y considera la
heterogeneidad entre sitios de la secuencia. Esta mayor flexibilidad permite capturar la
variabilidad biológica de manera más realista. La elección del modelo depende de la
naturaleza de la investigación y del equilibrio entre precisión y simplicidad.
La construcción de árboles filogenéticos, esenciales para visualizar las relaciones evolutivas,
se simplifica con herramientas computacionales como MEGA. Estas plataformas
implementan algoritmos basados en modelos evolutivos, facilitando el análisis eficiente de
grandes conjuntos de datos genéticos.
Interpretar un árbol filogenético implica comprender las ramas como relaciones evolutivas,
donde longitudes más cortas indican conexiones más cercanas. La validación y comparación
de resultados, mediante pruebas de bootstrap, son esenciales para evaluar la robustez de
las relaciones propuestas.