Curso-Taller: Introducción a la Bioinformática (Derechos reservados)

Autora: Dra. Michelle C. Chirinos Arias (michelle.christine16@gmail.com)

CURSO-TALLER: INTRODUCCIÓN A LA BIOINFORMÁTICA

Taller 4: Análisis de secuencias (búsquedas de ORFs, traducción, etc)

A) Búsquedas de ORFs usando ORFfinder

1. Vamos a bajar una secuencia del NCBI. En este caso podrás colocar el código de
la secuencia NC_011604 o practicar yendo al NCBI y descargarla. También puedes
usar el archivo ORF.fas donde nosotros ya descargamos la secuencia por ti (ver
materiales de las clases). Esa secuencia también la puedes obtener en este link
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/216700335 Mira la secuencia, es de
nucleótidos A, T, C, G.
2. Ingresa a ORFfinder https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/ En el recuadro
que corresponde a “Enter Query Sequence” coloca el ID de la secuencia o sube el
archivo ORF.fas Elige el código genético (en este caso Bacterial, Archaeal and Plant
Plastid) ya que la secuencia pertenece a Salmonella (una bacteria). Dale a Submit.

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3. Aparecerán los ORFs. Recuerda que ORF significa marco de lectura abierta. ORF
es el acrónimo en inglés de "Open Reading Frame". En biología, se refiere a una
secuencia de ADN o ARN que codifica para una proteína y que comienza con un
codón de inicio y termina con un codón de parada. Es decir, un ORF es un
fragmento de secuencia genética que puede ser traducido en una proteína
funcional. La identificación de ORF es importante para comprender la función de
un gen y para predecir las proteínas que se producen en una célula. Por tanto el
programa toma ese ADN que le dimos con ORF.fas y lo traduce en aminoácidos,
considerando que es posibles leerlo de varias formas (ORFs).

En este caso aparecen 39 ORFs si seleccionas alguno de ellos aparece la

información de la secuencia de aminóacidos para ese ORF en particular (ORF 38).
Mira que M corresponde a metionina como empieza cualquier proteína (la
mayoría).

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Aquí hay otro ORF que corresponde al ORF2, comienza con M (metionina) y tiene
otra posible secuencia de aminoácidos.

Aquí se muestra el resumen de los posibles ORF

Entonces en tu experimento tu puedes haber secuenciado ADN o ARN y no sabes si

corresponde a algo ya reportado. Lo que haces es pasar esa secuencia por
ORFfinder y ver los posibles ORF pero cuál elegir. Recuerda que tu conoces la
especie y en esta herramienta hay una opción de BLAST porque lo que puedes
alinear ese ORF con alguna secuencia de la base de datos, si coincide es porque

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encontraste un marco de lectura. En este ejemplo, selecciona el ORF 2 y dale a
BLAST.

Te aparecerá la siguiente ventana, dale a BLAST.

Aparecerá los resultados en la ventana description, fíjate de evaluarlos con la

estadística brindada.

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Y en la pestaña Graphic summary aparecerá los valores de alineamiento, asegúrate

que sean de color rosado o rojo para tener más probabilidad de que sea un ORF.

B) Traducción de secuencias de ADN o ARN a proteínas

1. Ingresa a la herramienta translate del ExPASy
https://web.expasy.org/translate/ Coloca la secuencia (solo las letras) del archivo
ORF.fas El output es la salida. Se coloca el tipo de hebra (depende de tu
experimento de secuenciación). Dale a TRANSLATE

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Obtendrás un output como este, podrás copiar la secuencia de aminoácidos, pero

observa que este programa también sugiere marcos de lectura.

NOTA 1: No es lo mismo trabajar con eucariotas que con procariotas. Para

procariotas como hemos trabajado en esta práctica (Salmonella es bacterias, por
tanto, procariota). El ADN, pasa al ARN y a proteínas sin un proceso de
maduración, puesto que solo tienen exones. En eucariotas, nosotros si pasamos
por un proceso de maduración del ARN porque tenemos tanto intrones como
exones. En caso trabajes con eucariotas, usa el ARN mensajero, no el ADN.

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