Las enzimas usan diversas combinaciones de cuatro mecanismos generales

para lograr notorio aumento catalítico de los índices de reacciones químicas.

Catálisis por proximidad

Para que las moléculas reaccionen, deben acercarse hasta ubicarse
dentro de la distancia formadora de enlace de otra. Mientras más alta sea su
concentración, con mayor frecuencia se encontrarán una con otra y mayor
será el índice de su reacción. Cuando una enzima se une a moléculas de
sustrato en su sitio activo, crea una región de concentración local alta de
sustrato en la cual las moléculas de sustrato están orientadas en una
posición ideal para que interactúen químicamente. Esto se traduce en
aumentos de al menos 1 000 veces de la tasa en comparación con la misma
reacción no catalizada por enzima.

Catálisis acidobásica
Además de contribuir a la capacidad del sitio activo para unirse a
sustratos, los grupos funcionales ionizables de cadenas laterales aminoacilo,
y cuando están presentes, de grupos prostéticos, pueden contribuir a la
catálisis al actuar como ácidos o bases. Se distinguen dos tipos de catálisis
acidobásica. Catálisis específica para ácido o base se refiere a reacciones
para las cuales el único ácido o base participante son protones o iones
hidróxido. El índice de reacción es sensible a cambios de la concentración de
protones, pero independiente de las concentraciones de otros ácidos
(donadores de protón) o bases (aceptores de protón) presentes en solución o
en el sitio activo. Se dice que las reacciones cuyos índices muestran
capacidad de respuesta a todos los ácidos o bases presentes, están sujetas
a catálisis por ácido general o por base general.

Catálisis por tensión

Las enzimas que catalizan reacciones líticas, transformaciones
químicas que comprenden el rompimiento de un enlace covalente,
típicamente se unen a sus sustratos en una conformación que es un poco
desfavorable para el enlace que sufrirá la división. Tal conformación tensa
imita la del intermediario de estado de transición, especie transitoria que
representa la transición o el punto medio en la transformación de sustratos en
productos. La tensión resultante estira o deforma el enlace al cual se dirige;
esto lo debilita y lo hace más vulnerable a división. Linus Pauling, laureado
con el premio Nobel, fue el primero en sugerir una función para la
estabilización de estado de transición como un mecanismo general mediante
el cual las enzimas aceleran los índices de reacciones químicas. Los
químicos a menudo aprovechan el conocimiento del estado de transición de
una reacción catalizada por enzima para diseñar y crear inhibidores de
enzima más eficaces, llamados análogos de estado de transición, como
farmacóforos potenciales.

Catálisis covalente
El proceso de catálisis covalente comprende la formación de un enlace
covalente entre la enzima y uno o más sustratos. La enzima modificada
después se convierte en un reactivo. La catálisis covalente introduce una
nueva vía de reacción cuya energía de activación es más baja —y, por ende,
es más rápida— que la vía de reacción en solución homogénea. Sin
embargo, el estado químico modificado de la enzima es transitorio; en el
momento en que se completa la reacción, la enzima vuelve a su estado no
modificado original. De este modo, su función permanece catalítica. La
catálisis covalente se observa con particular frecuencia entre enzimas que
catalizan reacciones de transferencia de grupo. Los residuos sobre la enzima
que participa en la catálisis covalente por lo general son cisteína o serina y,
en ocasiones, histidina. La catálisis covalente a menudo sigue un mecanismo
de “pingpong”: uno en donde el primer sustrato es unido y su producto se
libera antes de la unión del segundo sustrato