Upnw 2023 - I Genoma y Salud MH1081 Eapmh

3B-2
GUÍA DE PRÁCTICAS
Unidad académica: E.A.P. MEDICINA HUMANA
Asignatura:
GENOMA Y SALUD
Autor:
Biólogo MARCO ANTONIO GALARZA PEREZ
SEMESTRE ACADEMICO
2023-II
F-CV3-3B-2
INTRODUCCIÓN
La presente Guía de Prácticas ha sido elaborada con la finalidad de complementar los

conocimientos teóricos adquiridos en clase, y reforzar los nuevos conceptos y hallazgos
que encuentran disponibles en los libros relacionados al tema y sobre todo en
investigaciones básicas y aplicadas publicadas recientemente.
Los seres humanos somos ecosistemas que portamos genes propios en cada una de
nuestras células y, como hospederos aparte de los genes, llevamos millones de
bacterias que en mucho superan a las de nuestras propias células. Mapear cromosomas,
contar e identificar genes fue sólo el principio de nuestra universalidad en un cosmos
de doble hélice. El genoma humano ha sido uno de los descubrimientos más
importantes en la historia de la humanidad y recientemente el microbioma humano
está ayudando a comprender la interacción para la expresión de nuestros propios genes
La publicación, en abril de 2003, de la secuencia del genoma humano ha estimulado
enormemente la investigación sobre las aplicaciones médicas de la genómica. Sin
embargo, es a partir de ahora cuando se debe poner el énfasis en conocer las
diferencias entre nuestros genomas individuales y estudiar porqué esas diferencias nos
hacen distintos, no sólo en términos de apariencia física, sino en relación a nuestro
riesgo de padecer enfermedades o en la respuesta que presentamos tras la
administración de un medicamento. La comunidad científica está adentrándose en
aspectos relacionados con las variaciones de los genes, su estructura y función y se
profundizará en el estudio de los intrincados mecanismos moleculares que determinan
el desarrollo de las enfermedades complejas. La genómica, al ser aplicada en
medicina, ofrece la posibilidad de avanzar en una medicina más personalizada, que
haga un uso eficiente del conocimiento de las diferencias genéticas individuales, de
las causas moleculares de las enfermedades y de la influencia de factores ambientales
en el desarrollo de las mismas.
Por otro lado, el descubrimiento del metagenoma humano o también llamado "segundo
genoma" nos ha permitido conocer las comunidades microbianas que viven en el cuerpo
humano de cada persona. Este segundo genoma "es mayor que el propio genoma
humano" y son marcadores de determinadas patologías.
Tanto en la boca, estómago, vagina, orejas y en la propia piel hay comunidades
microbianas que están en función de factores externos, aunque la interacción con el
propio genoma determina qué organismos pueden vivir en cada persona. En este
sentido, por ejemplo, las personas con enfermedad de Crohn tienen una flora distinta
en el estómago a quienes no la sufren, y que por ello es importante secuenciar también
este segundo genoma de cada individuo.
Todos los temas que se desarrollaran han sido estructurados de acuerdo al perfil de
desarrollo profesional en Medicina y su necesidad de manejar conceptos que cada vez
se integran más en ámbitos tan diversos como la Nutrigenómica, Metabolomica y su
relación con el desarrollo de enfermedades. Espero que el curso práctico sea de pleno
provecho y utilidad para los estudiantes de medicina en su futuro desempeño
profesional
EL AUTOR
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I. PRÁCTICA No. 1
Uso de la Base de datos GenBank para alineamiento de secuencias
nucleotidicas
1.1 Marco teórico
GenBank es una base de datos (BD) pública que contiene una extensa colección de
secuencias de nucleótidos obtenidas a partir de más de 300,000 especies. Además
de la secuencia, incluye información bibliográfica, anotaciones funcionales y, si
se trata de una secuencia codificante, su traducción conceptual a proteína. De la
gestión y distribución de GenBank se encarga el NCBI (National Center for
Biotechnology Information) en los Estados Unidos. Junto con el ENA (European
Nucleotide Archive) y el DDBJ (DNA Data Bank of Japan) forma el consorcio INSDC
(International Nucleotide Sequence Database Collaboration). Cada día, las tres BD
ponen al día sus contenidos para que todas ellas dispongan de la misma
información.
Los contenidos de GenBank son accesibles de forma pública y gratuita a través de
Internet (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/). Cada dos meses sale una
nueva versión de la BD. La versión 206 (fechada el 15-2-2015) contiene más de 181
millones de registros. Desde 1982, el número de secuencias almacenadas en
GenBank se ha duplicado aproximadamente cada 18 meses.
Cada registro de GenBank contiene una secuencia ininterrumpida de una molécula
de polinucleótido. Podemos encontrar varios tipos de polinucleótidos: ADN
genómico, ARN genómico, ARN precursor, ARNm (ADNc), ARN ribosómico, ARN de
transferencia, ARN pequeño nuclear o ARN pequeño citoplasmático. El tamaño
mínimo de las secuencias almacenadas en GenBank es de 50 nucleótidos, aunque
algunos registros antiguos pueden tener secuencias más cortas. No hay límite
máximo, ya que se pueden mandar genomas completos (como el U00089), pero
por motivos prácticos, se suele limitar el tamaño de los registros a 350 kb. Además,
los registros incluyen anotaciones bibliográficas y biológicas.
1.2 Competencias
El estudiante en la práctica analizará secuencias nucleotidicas de genes humanos
con interés en salud mediante el manejo de programas bioinformáticos básicos.
Podrá ser capaz de alinear secuencias de genes en común a organismos eucariontes
y analizar la importancia de los polimorfismos presentes de acuerdo a la evolución
de cada especie.
1.3 Materiales y equipos
a) Laptop.
b) Secuencias de genes de interés.
c) Cuaderno y lapiceros.
1.4 Procedimiento
Ingresar a internet a la página web:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/index.html
Hay un esquema que da una idea de cómo están organizadas las bases de datos
del instituto nacional de salud americano (que se encuentran entre las más
utilizadas)
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Obviamente como aquí sólo se pretende dar una somera visión de cómo funciona
este asunto, en principio solo nos vamos a centrar en un aspecto concreto de todo
este entramado como es la búsqueda de secuencias de ADN en las bases de datos.
¿Dónde está un determinado gen el genoma?
Puedes realizar la búsqueda por genes en un determinado genoma (como ves hay
varios genomas de los que se ha secuenciado una gran parte y a los que se puede
acceder desde este link):
Por ejemplo seleccionando el genoma humano
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Haciendo click en alguno de esos códigos aparece un mapa del cromosoma
completo donde figura la localización del gen elegido:
Marcado con color de fondo aparece el gen elegido y su localización dentro del
cromosoma.
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¿Qué es lo que se sabe de ese gen?
Eso nos lleva a la ventana de Entrez Gene donde podemos acceder a toda la
información relacionada con el gen que buscamos:
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Accediendo a la secuencia de nucleótidos y aminoácidos de ese gen
Pinchando en cualquiera de esas entradas se abre el correspondiente archivo
de gene bank (entrez nucleotide o entrez protein –si seleccionamos el del
producto). Ese archivo contiene información relacionada con la secuencia
incluyendo, quien la mandó a la base de datos, donde se publicó y la
secuencia completa del DNA y la proteína correspondientes al fragmento
clonado, secuenciado e incluido en la base de datos.
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1.4 Resultados
El alumno maneja adecuadamente la base de datos Genbank-NCBI y
reconoce las principales estructuras genéticas presentes en el genoma
humano.
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1.5 Cuestionario
a) ¿Qué bases de datos para organismos eucarióticos existen?
b) Defina filogenética y que herramientas son necesarias para realizar este
tipo de estudio
c) Presentar el alineamiento del gen gyrA en 5 organismos diferentes e
interprete los resultados
d) Que polimorfismos de un solo nucleótido (SNP: Single Nucleotide
Polymorphims) diferencian a las poblaciones en el mundo?
1.6 Fuentes de información
a) Genbank
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/
b) Swiss-Prot y TrEMBL
https://www.uniprot.org/
c) Protein Data Bank
http://www.ehu.eus/biofisica/juanma/rasmol/pdb.htm
d) Swiss-Model Repository
https://swissmodel.expasy.org/repository
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II. PRÁCTICA No. 2
Diseño de primers para amplificación de genes humanos
mediante programas básicos de Bioinformática
2.1 Marco teórico
Los oligonucleótidos iniciadores o primers son fragmentos complementarios
que se van a unir a cada una de las dos cadenas separadas del templado de
ADN. La selección de primers es muy importante en la reacción en cadena
de la polimerasa (PCR). De este paso depende el éxito de la amplificación
de una región específica. En la tabla 1 se muestran los criterios principales
a considerar para la selección adecuada de los primers.
Cuando el objetivo a amplificar es un locus, la posición de los iniciadores

debe ser relativa a los codones de inicio y terminación. Es recomendable
que el primer "forward" se encuentre más o menos a 35 pb del inicio de la
secuencia que codifica, de la misma forma el primer "reverse" debe
localizarse 35 pb después de la región que codifica. Las concentraciones
óptimas de los primers son generalmente entre 0.1 y 0.5 µM. Altas
concentraciones de primer pueden promover “mispriming” y acumulación
de producto no específico y puede incrementar la probabilidad de generar
un templado independiente llamado dímero de primer. Los productos no
específicos y los dímeros de primers son por si mismos sustratos para PCR
y compiten con el producto deseado por la enzima, dNTPs y primers,
resultando en un bajo rendimiento del producto deseado.
2.2 Competencias
El estudiante en la práctica aprenderá a diseñar primers que amplifiquen
regiones específicas del genoma humano. Asi mismo, estos primers
diseñados, serán validados mediante el programa BLAST.
a) Laptop.
b) Secuencias de genes de interés.
c) Cuaderno y lapiceros.
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2.4 Procedimiento
En este contenido, se usaran los programas Primer3 y Primerblast para el
diseño de los primers
a) Diseño de primers con Primer3
Ingresar al siguiente link del programa Primer3 para iniciar el diseño de
primers: http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/
Al mover la ventana del navegador hacia abajo encontrará que primer3

cuenta con diversas secciones que le permiten controlar una amplia
variedad de parámetros relacionados con el diseño de primers.
Por ser este nuestro primer acercamiento al diseño de primers mediante
esta herramienta utilizaremos un set de condiciones mínimo y la siguiente
secuencia de ejemplo:
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Pegue esta secuencia en el campo de texto en la parte superior de la
página de primer3, como se muestra a continuación:
Por defecto primer3 tiene habilitadas las opciones de encontrar tanto un

primer corriente arriba (pick left primer or use left primer below) como
corriente a bajo de nuestra secuencia. Deshabilitando cualquiera de ellas
evitaremos que el programa busque el primer en cuestión. Por otra parte, si
tenemos habilitadas estas opciones e ingresamos un primer en la casilla de
texto justo debajo de dichas opciones, primer3 buscará el primer recién
ingresado. Por esta vez dejaremos estas opciones tal y como se encuentran.
Debe encontrarse ahora en la página de resultados de primer3:
Por defecto, primer3 muestra 4 opciones de primers además de la opción

principal (en la sección “Additional Oligos”, en la parte inferior de los
resultados). La mayoría de datos arrojados en la página de resultados son
bastante explícitos, tal vez los más confusos sean las columnas denotadas
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como “any” y “3'”. Estas columnas muestran una medida de la tendencia del
primer a formar estructuras secundarias y dímeros, respectivamente.
Lamentablemente no es posible asegurar con un 100% de certeza que un
primer diseñado mediante una herramienta de software va a ser
completamente efectivo, pero sin duda le ayudará a aproximarse a la
solución más óptima de una manera muy rápida.
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b) Diseño de primers con Primerblast
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2.4 Resultados
Al finalizar la práctica, el estudiante estará en la capacidad de diseñar
primers específicos para una región del genoma humano. Se dará mayor
importancia en el diseño de primers para genes relacionados a
enfermedades infecciosas y no infecciosas.
2.5 Cuestionario
a) Que son primers degenerados, ¿qué programas se usan para el diseño de
este tipo de primers y cuál es su importancia?
b) Diseñe primers para el exón 2 de HLA-DRB1 usando los programas
Primer3 y Primerblast.
c) ¿Cuál es la longitud máxima (en pares de bases) que pueden amplificar
un par de primers? Explique.
d) ¿Qué diferencias hay en el diseño de primers para un PCR de punto final
y un PCR en tiempo real?
Primer3 http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/
Primerblast https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
Oligoanalyzer https://www.idtdna.com/pages/tools/oligoanalyzer
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III. PRÁCTICA No. 3
Filogenia básica. Uso de programa MEGA para crear árbol filogenético
3.1 Marco teórico
Hace aproximadamente 3.500 millones de años surgió la vida en la Tierra. Desde
entonces, la vida ha explorado múltiples caminos; unos breves y otros muy
extensos. Solo algunos de ellos han perdurado hasta la actualidad. Es una
historia de cambios y adaptación. Una adaptación que se refleja a muchos
niveles, desde la maquinaria celular y los genes que gobiernan el desarrollo,
hasta modificaciones morfológicas o de comportamiento. Esta historia ha
quedado registrada en el genoma de las especies actuales, de modo que el
estudio de la información genetica nos permite conocer los vericuetos de la
historia de la vida, y además nos abre una ventana al laboratorio evolutivo,
donde infinidad de opciones han sido probadas, pero solo una parte de ellas han
tenido éxito. Una pregunta clave en Biologia es porque los seres vivos son como
son, y no se puede responder sin considerar el componente histórico. Los
estudios evolutivos intentan resolver esta y otras cuestiones, y aportan
información muy valiosa prácticamente en cualquier nivel de organización en
biología. Cuando hablamos de evolución nos referimos al proceso de
descendencia con modificación a partir de un ancestro común. El hecho de que
los organismos compartan relaciones ancestro-descendiente nos permite
utilizar arboles filogenéticos para representar gráficamente sus relaciones de
parentesco. Los arboles filogenéticos tienen dos componentes principales: las
relaciones de parentesco (que conocemos como la topología del árbol) y la
cantidad de cambio acumulado en cada rama (que conocemos como longitudes
de rama). Los métodos de reconstrucción filogenética permiten hacer uso de la
Información contenida en el genoma de las especies actuales para inferir su
historia evolutiva (el árbol filogenético). Hablamos de inferencia porque la
reconstrucción filogenética se basa necesariamente en una Información
incompleta, puesto que solo tenemos acceso a la Información genetica de
organismos actuales. Estamos, por tanto, ante un problema de encontrar la (o
las) hipótesis más probable(s). Por eso, la estadística juega un papel muy
importante en el análisis evolutivo. En origen, los métodos de reconstrucción
filogenética fueron concebidos para inferir las relaciones de parentesco entre
organismos. Sin embargo, y dado que la evolución subyace a todo proceso
biológico, en la actualidad los métodos filogenéticos se utilizan para responder
a muchos otros interrogantes. Estos incluyen la reconstrucción de la historia
evolutiva de genes, la estimación de tiempos de divergencia, la reconstrucción
de estados ancestrales, el estudio de la selección natural, la detección de
recombinación, la dinámica poblacional, teniendo importantes aplicaciones
prácticas en epidemiología, criminología y medicina.
3.2 Competencias
El estudiante en la práctica aprenderá a establecer relaciones filogenéticas en
base a secuencias de nucleótidos disponibles en Genbank. Mediante el uso del
programa MEGA, podrán hacer un análisis filogenético y observar las similitudes
y diferencias en un árbol filogenético.
a) Laptop.
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b) Secuencias de genes descargadas del Genbank.
c) Programa MEGA libre de internet (https://www.megasoftware.net/)
3.4 Procedimiento
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3.5 Resultados
El estudiante quedara familiarizado con las relaciones filogenéticas que
involucran similitudes y diferencias entre organismos eucariontes. Asi mismo,
estarán en la capacidad de analizar arboles filogenéticos.
3.6 Cuestionario
a) Que utilidad tiene el gen 16S ribosomal en los estudios de filogenia
molecular?
b) Que programas son usados en filogenia molecular? Explique cada uno.
c) Describir el árbol filogenético de la especie humana.
d) Describir el origen evolutivo de la resistencia a antibióticos.
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Libros
Graur, D., Li, W.H. (2000) Fundamentals of molecular evolution, Sinauer,
Sunderland.
W.J. Ewens, G.R. Grant (2001) Statistical methods in Bioinformatics: An
introduction. Springer Verlag, New York
NH Barton, DEG Briggs, JA Eisen, DB Goldstein and NH Patel (2007) Evolution
Cold Spring Harbor Laboratory Press
Articulos
Ho SY, Phillips MJ, Cooper A, Drummond AJ. Time dependency of molecular
rate estimates and systematic overestimation of recent divergence times. Mol
Biol Evol. 2005 Jul;22(7):1561-8.
Rocha EP, Smith JM, Hurst LD, Holden MT, Cooper JE, Smith NH, Feil EJ.
Comparisons of dN/dS are time dependent for closely related bacterial
genomes. J Theor Biol. 2006 Mar 21;239(2):226-35. Epub 2005 Oct 18.
Peterson GI, Masel J. Quantitative prediction of molecular clock and ka/ks at
short timescales. Mol Biol Evol. 2009 Nov;26(11):2595-603.
Bininda-Emonds OR, Cardillo M, Jones KE, MacPhee RD, Beck RM, Grenyer R,
Price SA, Vos RA, Gittleman JL, Purvis A. The delayed rise of present-day
mammals. Nature. 2007 446:507-12.
S Dorus, EJ Vallender, PD. Evans, JR. Anderson, SL. Gilbert, M. Mahowald, GJ.
Wyckoff, CM. Malcom, and BT. Lahn. (2004) Accelerated Evolution of Nervous
System Genes in the Origin of Homo sapiens. Cell, Vol 119, 1027-1040, 2004.
Xia Y, Franzosa EA, Gerstein MB. Integrated assessment of genomic correlates
of protein evolutionary rate. PLoS Comput Biol. 2009 Jun;5(6):e1000413.
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IV. PRÁCTICA No. 4
Seminario: Secuenciamiento y análisis del Genoma Humano
4.1 Marco teórico
El genoma es un conjunto de instrucciones, agrupadas en unidades de
información denominadas genes, que conjuntamente forman los cromosomas,
situados en el núcleo de cada célula del organismo humano. Todas nuestras
células, desde la primera que se formó en nuestra concepción (al fundirse el
gameto de nuestro padre con el de nuestra madre) hasta el total, aproximado,
de cien trillones que forman un organismo adulto, tienen idéntica carga
genética. Por genoma humano se entiende, pues, el conjunto de genes que
integran el patrimonio biológico de cada individuo y que contienen las claves
de la herencia. Su conocimiento, o lectura, hace posible entender los procesos
de transmisión de todo tipo de características, incluidas las patológicas.
El genoma humano comprende aproximadamente 50.000 genes distintos,
distribuidos en 23 cromosomas, cada uno de los cuales se encuentra presente
por duplicado en nuestras células, a parte de las células sexuales que gracias a
la meiosis, sólo poseen un juego de cromosomas. Cada gen tiene una posición
determinada y fija en una zona dada de un cromosoma dado y dirige la síntesis
de una proteína que tiene un papel preciso en el funcionamiento del organismo.
La ausencia de una proteína, o su anomalía, puede tener consecuencias
nefastas: potencialmente hay 50.000 enfermedades genéticas.
Toda la información genética está codificada en la molécula de ADN que forma
los cromosomas y formada por dos cadenas complementarías que se enrollan en
doble hélice. El orden o secuencia en el que se suceden a lo largo de esta
molécula los cuatro componentes químicos elementales (o nucleótidos),
determinan el mensaje genético. Cada una de nuestras células contiene la
totalidad de este mensaje, un mensaje que tienen aproximadamente 3.000
millones de bases distribuidas a lo largo del ADN.
4.2 Competencias
El estudiante en el seminario propuesto afianzará sus conocimientos acerca del
Genoma Humano y comprenderá que, según la estructura genómica de las
poblaciones, esto tiene relación con enfermedades hereditarias y otras
enfermedades más frecuentes en nuestro país.
a) Artículos científicos relacionados con el tema.
b) Grupos de estudiantes para exposición de artículos científicos.
4.4 Procedimiento
Cada grupo de estudiantes expondrá el articulo científico asignado y en base a
la exposición se harán preguntas que deben ser respondidas por el grupo
expositor o en todo caso el profesor deberá aclarar las dudas respectivas.
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4.5 Resultados
Los estudiantes tendrán bien en claro algunos conceptos relacionados al
genoma humano. Así mismo, en base a las exposiciones grupales, relacionaran
la presencia de algunos polimorfismos en el genoma humano presentes en
enfermedades infecciosas y no infecciosas.
4.6 Cuestionario
a) Que SNPs son importantes para identificar las diferentes poblaciones
humanas. Explique la importancia de estos SNPs.
b) Que metodologías moleculares son las más importantes en el análisis de
genomas humanos?
c) Que diferencias genéticas existen entre las poblaciones mestizas y nativas
del poblador peruano?
d) Que investigaciones a nivel poblacional en nuestro país están ayudando en el
diagnóstico, tratamiento y/o monitoreo de enfermedades?
- Initial sequencing and analysis of the human genome. 2001. International
Human Genome Sequencing Consortium. Nature, vol 409 (15).
- A global reference for human genetic variation. 2015. The 1000 Genomes
Project Consortium. Nature, vol 526.
- Ancestry, admixture and fitness in Colombian genomes. 2015. Nature.
- Analysis of genomic diversity in Mexican Mestizo populations to develop
genomic medicine in Mexico. 2009. PNAS.
- Evolutionary genomic dynamics of Peruvians before, during, and after the Inca
Empire. 2018. PNAS.
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V. PRÁCTICA No. 5
Variaciones genéticas del genoma humana y enfermedades
5.1 Marco teórico
Las enfermedades de base genética constituyen un grupo de patologías muy
importante, no sólo por su incidencia relativamente elevada, sino por el tipo
de problemas que producen. Desde el punto de vista clínico estas enfermedades
se caracterizan por comprometer la calidad de vida de los afectos, causando
una grave discapacidad intelectual o física. Así mismo, es frecuente que estas
enfermedades tengan un carácter progresivo y condicionen una mortalidad
precoz. En determinadas enfermedades genéticas que causan un deterioro
progresivo e inexorable, un diagnóstico puede además suponer virtualmente
una sentencia de muerte precoz.
La mayoría de las enfermedades comunes tiene un origen multifactorial, es
decir, surgen como resultado de la interacción de múltiples variantes genéticas
y diversos factores ambientales, razón por la cual no siguen patrones
hereditarios mendelianos y se les denomina enfermedades “complejas”. Aun en
el caso de trastornos infecciosos, se ha documentado la contribución genética
del individuo en la evolución natural del padecimiento. Una de las promesas de
la ciencia genómica es la posibilidad de descifrar las interacciones múltiples
entre variantes genéticas relacionadas con un mayor riesgo de desarrollar
afecciones complejas. La atención se ha concentrado en los polimorfismos de
un solo nucleótido (SNP), cuya frecuencia aproximada es de 1 en 1 000 pb y
representan el tipo de variación más abundante en las poblaciones humanas.
Un SNP en regiones codificantes puede representar un cambio en la secuencia
de una proteína (SNP no sinónimo), y por lo tanto alterar su función, o bien
puede no cambiar su secuencia (SNP sinónimo). Casi todas las enfermedades de
origen monogénico (mendeliano) se deben a mutaciones que modifican la
secuencia y la función de una proteína.
5.2 Competencias
El estudiante en el seminario propuesto afianzara sus conocimientos acerca de
los principales polimorfismos presentes en el Genoma Humano que lo hacen
susceptible o resistente a desarrollar una enfermedad.
Cabe recordar que el componente hereditario incrementa la manifestación más
temprana de una enfermedad.
5.4 Procedimiento
Cada grupo de estudiantes expondrá el artículo científico asignado y en base a
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5.5 Resultados
El estudiante de Medicina estará familiarizado con conceptos básicos de
Genética de poblaciones y entenderá que la presencia de algunos SNPs en el
genoma humano está relacionados a enfermedades, tales como el cáncer y que
su diagnóstico preventivo podría mejorar la calidad de vida de la población
peruana.
5.6 Cuestionario
a) Que SNPs están relacionados con cáncer de mama a nivel mundial?
b) Que SNPs están relacionados con adenocarcinoma de pulmón de células no
pequeñas a nivel mundial?
c) Que genes están relacionados a tuberculosis latente a nivel mundial?
Explique.
d) Que genes de predisposición genética a tuberculosis activa están reportados
a nivel mundial? Explique.
- Clare Turnbull and Shirley Hodgson. 2005. Genetic predisposition to cáncer.
Clinical Medicine Vol 5:491–8.
- Linnea Huss, Salma Tunå Butt, Peter Almgren, et al. 2018. SNPs related to
vitamin D and breast cancer risk: a case-control study. Breast Cancer Research
20:1 DOI 10.1186/s13058-017-0925-3.
- Lingling Li, Genyan Guo, Haibo Zhang, et al. 2018. Association between H19
SNP rs217727 and lung cancer risk in a Chinese population: a case control study.
BMC Medical Genetics 19:136 https://doi.org/10.1186/s12881-018-0573-1.
- K. L. Bolton, C. Ganda, A. Berchuck, et al. 2012. Role of common genetic
variants in ovarian cancer susceptibility and outcome: progress to date from
the ovarian cancer association consortium (OCAC). Journal of Internal Medicine,
271; 366–378.
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VI. PRÁCTICA No. 6
Tecnologías basadas en edición genética (CRISPR) con
importancia en Salud
6.1 Marco teórico
El mundo científico se halla conmovido por los últimos avances de la tecnología
de edición genética humana. Se entiende por edición genética, un tipo de
ingeniería en la que el ácido desoxirribonucleico (ADN) es insertado, eliminado
o reemplazado en el genoma de un organismo utilizando enzimas del tipo
nucleasas, denominadas “tijeras moleculares”. Las nucleasas producen roturas
de doble cadena en lugares precisos del genoma y las dobles roturas del ADN
pueden ser reparadas por mecanismos de unión de extremos no homólogos o
mediante reparación dirigida por homólogos, dando lugar a mutaciones
controladas.
En los años 1970, Correa, Bergel y Kors sentaron las bases del ADN recombinante
(inserción en el genoma de genes pertenecientes a otro organismo vivo). Los
métodos empleados en ese entonces presentaban grandes limitaciones: eran
imprecisos y de difícil aplicación. No obstante, quedó flotando la idea de
recombinar genes para integrar un genoma modificado. El tema de la
imprecisión se superó en los años 1990, cuando se diseñaron proteínas que
podían cortar el ADN en puntos específicos. Esto supuso un gran avance respecto
de las técnicas de inserción aleatoria del ADN. A partir de ello se sucedieron
una serie de ensayos que fueron acercándose a la meta esperada. En esta etapa
cabe destacar los trabajos de Francisco J. Martínez Mojica entre los años 1993
a 2005, y los de un grupo interdisciplinario japonés en 1987. Como culminación
de este proceso, en el año 2012 se publicó un trabajo central de J. Doudna, E.
Charpentier y colaboradores acerca de la técnica denominada CRISPR/CAS 9
(repeticiones palindrómicas cortas agrupadas y regularmente espaciadas,
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aludiendo a la secuencia de reconocimiento que utilizan las bacterias para
identificar los virus que las han infectado), que describió el primer “corte” en
un tubo de ensayo, intuyendo que podría trasladarse a células eucariotas para
ser usadas para la edición genética. A partir de entonces las investigaciones se
acrecentaron, lo que justifica afirmar que nos encontramos ante el
descubrimiento de una técnica de inusitados alcances, que ya ha sido ensayada
con éxito en vegetales, animales y embriones humanos. Apuntando a tal
repercusión, J. Lunshof señala que en menos de tres años CRISPR/CAS 9 se ha
convertido en una herramienta crucial para los científicos, advirtiendo que es
demasiado tarde para plantear si debería detenerse su uso. Las múltiples y
variadas aplicaciones, tanto en seres humanos como en vegetales, animales o
microorganismos, requerirán de evaluaciones éticas y jurídicas, no siempre
concordantes.
6.2 Competencias
El estudiante en el seminario propuesto afianzara sus conocimientos en las
tecnologías de vanguardia que permiten la edición genómica y su repercusión
en las enfermedades, su estado actual y como la edición mediante CRISP-Cas9
está revolucionando la medicina actual.
6.4 Procedimiento
6.5 Resultados
El estudiante tendrá bien claro que las tecnologías de edición genetica son
variadas y que cada una de ellas puede ser utilizada en el tratamiento de una
enfermedad. Si bien es cierto, los primeros ensayos se están realizando en
animales de experimentación, esto es un inicio para el siguiente paso en
embriones humanos.
6.6 Cuestionario
a) Describa los sistemas CRISPR-Cas disponibles en la actualidad y su uso de
cada uno en la edición genética para el tratamiento de enfermedades.
b) Describa el uso de ARN de interferencia en el tratamiento de enfermedades.
c) Describir el uso de la tecnología CART T cells en el tratamiento de leucemias.
d) Describa el uso de la tecnología de ADN recombinante en el tratamiento de
las enfermedades.
- Genome editing: A perspective on the application of CRISPR/Cas9 to study
human diseases (Review). 2019. https://doi.org/10.3892/ijmm.2019.4112.
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- CRISPR-cas gene-editing as plausible treatment of neuromuscular and
nucleotide-repeat-expansion diseases: A systematic review. 2019.
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0212198.
- CRISPR-mediated genome editing and human diseases. 2016.
https://doi.org/10.1016/j.gendis.2016.07.003.
- CRISPR/Cas9 applications in gene therapy for primary immunodeficiency
diseases. 2019. DOI: 10.1042/ETLS20180157.
- Introducing a Spectrum of Long-Range Genomic Deletions in Human Embryonic
Stem Cells Using Type I CRISPR-Cas. 2019. DOI: 10.1016/j.molcel.2019.03.014.
F-CV3-3B-2
VII. PRÁCTICA No. 7
Avances en el tratamiento de enfermedades neurodegenerativas
basados en secuenciamiento genético masivo
7.1 Marco teórico
El conocimiento de las bases moleculares del funcionamiento neural,
identificando las proteínas responsables y los genes que las codifican ha
permitido una visión más amplia e integrada de la complejidad del sistema
nervioso. La secuenciación del genoma humano y la aplicación de técnicas de
genómica y proteómica están permitiendo analizar el funcionamiento neural en
estados fisiológicos y en diferentes situaciones patológicas. En las
enfermedades neurales descritas desde hace muchos años, como la epilepsia,
la esquizofrenia, la depresión, etc., las neurodegenerativas como el mal de
Alzheimer o la enfermedad de Parkinson, entre otras muchas, se constata al
estudiarlas con las nuevas técnicas de biología molecular, que no constituyen
una única entidad, sino un conjunto de variantes que van desde los casos más
severos a los más benignos, con cursos evolutivos muy diversos y causas
genéticas o ambientales dispares. En muchas de estas enfermedades se observa
la existencia de una muerte neural temprana, aunque las causas sean
aparentemente diversas, entre ellas el no poder responder a los requerimientos
energéticos, o hacer frente a los problemas oxidativos, o de renovación y vida
media de sus proteínas, o de su correcta localización topográfica.
El afán por paliar los efectos devastadores de las enfermedades neurales y
neurodegenerativas ha sido el motor de la investigación en el sistema nervioso,
que ha conducido a la comprensión de los mecanismos básicos de su
funcionamiento, tanto en requerimientos energéticos y metabolismo, como en
las propiedades excitables de sus membranas, o los aspectos únicos de su
desarrollo y mantenimiento funcional. El conocimiento de las bases moleculares
de las enfermedades neurales, sean o no neurodegenerativas, ha facilitado la
búsqueda de fármacos más específicos con menos efectos secundarios y ha
confirmado el valor y utilidad de algunos fármacos empleados desde antaño, al
descubrir la diana exacta de su acción. En un futuro, gracias a la genómica y
farmacogenómica, se podrá conocer si las dianas farmacológicas y los
transportadores y enzimas necesarios para su correcta farmacocinética son
normales o están específicamente alteradas en un paciente dado, pudiendo de
este modo adecuar el tipo de fármaco y su dosificación a la capacidad
catabólica del propio individuo.
7.2 Competencias
El estudiante conocerá los mecanismos moleculares que dan origen a las
principales enfermedades neurodegenerativas, tales como Alzheimer y
Parkinson y como ha mejorado el diagnóstico temprano de estas enfermedades
en base a la identificación de genes especificos.
F-CV3-3B-2
7.4 Procedimiento
7.5 Resultados
El estudiante comprenderá que las enfermedades neurodegenerativas tienen su
origen genético, que en algunos casos el componente hereditario es un factor
de predisposición y que el diagnóstico temprano es de gran ayuda en estas
enfermedades.
7.6 Cuestionario
a) En que consiste el diagnóstico molecular de la enfermedad de Parkinson?
b) Que proteínas son usadas en el diagnóstico proteómico de la enfermedad de
Alzheimer?
c) Describir que tipos de ARNs son usados en el diagnóstico transcriptómico de
la enfermedad de Huntington.
d) Explicar cómo es usada la metabolomica en el diagnóstico de enfermedades
neurodegenerativas.
- Recent Advances in Biomarkers for Parkinson’s Disease. 2018.
doi: 10.3389/fnagi.2018.00305.
- An update on clinical proteomics in Alzheimer’s research. 2010. doi:
10.1111/j.1471-4159.2009.06558.x.
- Huntington's disease biomarker progression profile identified by transcriptome
sequencing in peripheral blood. 2015. doi: 10.1038/ejhg.2014.281.
- Recent advances and perspectives of metabolomics-based investigations in
Parkinson’s disease. 2019. doi: 10.1186/s13024-018-0304-2.
- Metabolomics of Neurodegenerative Diseases. 2015.
DOI: 10.1016/bs.irn.2015.05.006.
F-CV3-3B-2
VIII. PRÁCTICA No. 8
Cambios epigeneticos y desarrollo de enfermedades autoinmunes
8.1 Marco teórico
La epigenética es una ciencia que estudia las modificaciones heredables en la
función del genoma que se realizan sin cambios en la secuencia del ADN.
En los últimos años el término epigenética se ha hecho más y más recurrente
cuando se trata de comprender la patogenia de muchas entidades clínicas e
incluso la respuesta terapéutica a los fármacos, en cuanto a divergencias que
aparecen en individuos que comparten características similares en el genoma,
así como la influencia que tiene el ambiente y sus cambios en la expresión de
genes. El epigenoma comprende aquellos cambios que se producen en la
información genética por la metilación del ADN que provoca cambios en su
estructura espacial, o las modificaciones en las histonas o en el denominado
ARN-no codificante, es decir, cambios de forma de la cromatina, estos cambios
son producidos por modificaciones bioquímicas del tipo Metilación, Acetilación
o Fosforilación y alteran la etapa de transcripción en la síntesis de proteínas,
por tanto se modifica toda la programación celular, dando lugar a fenotipos
más amplios. Según los estudiosos del tema, el epigenoma se encuentra en un
estado denominado metastable, es decir, lo suficientemente estable para
mantener a las células funcionales, pero al mismo tiempo, este estado es
dinámico y permite responder a aquellos factores ambientales o del desarrollo
que pueden alterar este funcionamiento. Las alteraciones en el epigenoma que
son resultado de la evolución, como respuesta a los cambios del ambiente, tales
como una infección, pueden producir epimutaciones que son transmitidas a las
células hijas.
8.2 Competencias
El estudiante conocerá los mecanismos epigenéticos que dan origen a las
principales enfermedades autoinmunes, y como ha mejorado el diagnóstico de
estas enfermedades en base a la identificación de regiones específicas
relacionadas a la metilación del ADN.
F-CV3-3B-2
8.4 Procedimiento
8.5 Resultados
El estudiante comprenderá que algunas enfermedades autoinmunes tienen su
origen en modificaciones a nivel epigenético. Asi mismo, concluirá que la
epigenética es el conjunto de cambios heredables colectivamente debido a
procesos que surgen independientemente de la secuencia primaria de ADN.
Actualmente se considera que los procesos epigenéticos pueden transferirse en
los organismos de una generación a la siguiente.
8.6 Cuestionario
a) Describa la epigenética y epigenómica de la artritis reumatoide.
b) Desarrolle el origen del Sindrome de Prader-Willi y los cambios epigeneticos.
c) Mencione los mecanismos epigeneticos que causan la Talasemia.
d) Explique los cambios epigeneticos que suceden con la edad (niño vs adulto
mayor).
- New insights into the epigenetics of inflammatory rheumatic diseases. 2017.
Nature Reviews Rheumatology.
- Epigenetics and autoimmune diseases: the X chromosome-nucleolus nexus.
2015. https://doi.org/10.3389/fgene.2015.00022.
- DNA methylation as a mediator of HLA-DRB1*15:01 and a protective variant in
multiple sclerosis. 2018. Nature communications. DOI: 10.1038/s41467-018-
04732-5.
- Epigenetic control of innate and adaptive immune memory. 2018. Nature
immunology.
- Epigenetics of human diseases and scope in future therapeutics. 2017.
https://doi.org/10.1016/j.jtumed.2017.04.003.
F-CV3-3B-2
IX. PRÁCTICA No. 9
Efectos geneticos en la expresión de genes según la dieta
alimenticia. Avances en Nutrigénomica.
9.1 Marco teórico
El uso de las nuevas técnicas del análisis del genoma es crucial para el desarrollo
de las ciencias de la alimentación y nutrición y su integración en la era de los
genomas funcionales.
La Nutrigenómica pretende proporcionar un conocimiento molecular (genético)
sobre los componentes de la dieta que contribuyen a la salud mediante la
alteración de la expresión y/o estructuras según la constitución genética
individual. Un concepto básico es que la progresión desde un fenotipo sano a
un fenotipo de disfunción crónica puede explicarse por cambios en la expresión
genética o por diferencias en las actividades de proteínas y enzimas, y que los
componentes de la dieta directa o indirectamente regulan la expresión de la
información genética. Algunos principios de la genómica nutricional son: 1) hay
acciones de los componentes de la dieta sobre el genoma humano, que directa
o indirectamente, pueden alterar la expresión o estructura de los genes; 2) en
algunos individuos y bajo ciertas circunstancias, la dieta puede ser un factor de
riesgo de una enfermedad; 3) algunos genes regulados por la dieta (y sus
variantes comunes) pueden jugar un papel en el inicio, incidencia, progresión,
y/o severidad de las enfermedades crónicas; 4) el grado en el cual la dieta
influye sobre el binomio salud-enfermedad puede depender de la constitución
genética individual, y 5) cualquier intervención dietética basada en el
conocimiento de las necesidades nutricionales, el estado nutricional, y el
genotipo (por ejemplo: la nutrición individualizada) será útil para prevenir,
mitigar, o curar las enfermedades crónicas.
F-CV3-3B-2
9.2 Competencias
El estudiante conocerá que las patologías como la obesidad, enfermedad
cardiovascular, diabetes y cáncer se deben a complejas interacciones entre
diversos genes y factores ambientales.
9.4 Procedimiento
9.5 Resultados
El estudiante entenderá que algunas enfermedades están estrechamente
relacionadas a la dieta alimenticia diaria, ya que la ingesta de alimentos
promueve la expresión de genes especificos. Por otro lado, les dará un
panorama general de los aspectos básicos que integran el concepto
nutrigénomica y proporcionar un estado del arte actualizado de algunos de los
estudios realizados en este campo in vivo en humanos.
9.6 Cuestionario
a) Explique el papel de la nutrigénomica en la expresión de genes de cáncer de
mama.
b) Describir la genómica nutricional durante el embarazo.
c) Describir que función cumple la nutrigénomica en el desarrollo de la
obesidad.
d) Explique la importancia de la nutrigénomica en el manejo de la diabetes.
- Nutrigenomics: Implications for Breast and Colon Cancer Prevention. 2012.
DOI: 10.1007/978-1-61779-612-8_22.
- A Novel Approach to the Nutrigenetics and Nutrigenomics of Obesity and
Weight Management. 2016. DOI: 10.1007/s11912-016-0529-6.
- Bioactive Nutrients and Nutrigenomics in Age-Related Diseases. 2017. DOI:
10.3390/molecules22010105.
- Advances in molecular nutrition: Nutrigenomics and/or nutrigenetics. 2005.
Nutrición hospitalaria.
- Nutrigenomics: From Molecular Nutrition to Prevention of Disease. 2006.
https://doi.org/10.1016/j.jada.2006.01.001.
F-CV3-3B-2
X. PRÁCTICA No. 10
El Interactoma humano y su relación con enfermedades
10.1 Marco teórico
Las células funcionan como una orquesta increíblemente bien sincronizada de
interacciones moleculares entre proteínas. Comprender esta red molecular no
sólo es esencial para conocer el funcionamiento del organismo sino también
para determinar los mecanismos moleculares que conducen a multitud de
enfermedades.
El interactoma humano consta de unos 200,000 pares de interacciones proteína-
proteína y hasta ahora sólo se entienden unos pocos miles.
El interactoma complementa al genoma, el transcriptoma y el
proteoma. Describe la red de interacciones entre proteínas (enzimas que
catalizan reacciones bioquímicas) y metabolitos (pequeñas moléculas que
actúan como sustratos y productos en dichas reacciones).
Ninguna proteína actúa por sí sola; por ello, el estudio de las interacciones
entre proteínas es fundamental para entender la complejidad de la red de
funciones celulares y fisiológicas en los seres vivos. Conocer la topología y los
patrones de conectividad entre proteínas aporta una visión esencial para
comprender la biología sistémica de los seres vivos. La idea del interactoma (es
decir, la red de interacciones funcionales entre proteínas) fue definida por
primera vez en 1999 (Sánchez et al., Nucleic Acids Research), y en 2000 se
publicaron los primeros resultados de un interactoma o interacciones proteína-
proteína (Schwikowski et al., Nature Biotechnology).
Un equipo del Instituto de Neurociencias de la Universidad de Barcelona ha

participado en el diseño del primer gran mapa de redes de interacción de los
receptores acoplados a la proteína G (GPCR) en humanos, el mayor grupo de
proteínas de membrana que controlan funciones esenciales de las células
(metabolismo, proliferación, diferenciación, etc.).
El nuevo mapa de interacciones (o Interactoma) de GPCR, el más extenso
descrito hasta la fecha para este grupo de proteínas, es un paso adelante para
F-CV3-3B-2
conocer el origen de algunas patologías neurológicas (Párkinson, Alzhéimer,
esquizofrenia, epilepsia y algunos neurogliomas). Conocer con detalle cómo se
conectan estas proteínas entre sí también ayudará a identificar nuevas dianas
terapéuticas, diseñar futuros fármacos y comprender los efectos perjudiciales
asociados a los medicamentos actuales.
Interactoma y redes biológicas son elementos de vanguardia en la investigación

básica para identificar posibles dianas de interés farmacológico. Para elaborar
estas redes interactómicas de proteínas de alta fiabilidad, es necesario
constatar la interacción y la asociación funcional entre proteínas con
procedimientos complementarios.
10.2 Competencias
El estudiante identificará los principales sistemas biológicos (networks) que
conectan a proteínas específicas y su relación con enfermedades. Esta
interacción de proteínas y metabolitos constituyen el Interactoma humano.
10.4 Procedimiento
10.5 Resultados
El estudiante de medicina entenderá que las interacciones entre proteínas y de
estas con metabolitos juegan un rol importante en el desarrollo de
enfermedades. En este entendimiento, podrán relacionar que las redes
biológicas están interconectadas en eventos claves de funcionalidad normal de
las células.
F-CV3-3B-2
10.6 Cuestionario
a) Que bases de datos sirven para realizar estudios relacionados a Interactoma
humano. Describa cada uno de ellos.
b) Explique qué bases de datos para vías metabólicas y de señalización existen
en los estudios de interactomas.
c) Describir que bases de datos de estructura 3D de proteínas son usadas en la
actualidad.
d) Elaborar un flujograma de trabajo para identificar una proteína humana de
interés y su relación con otras proteínas y metabolitos.
- Integration of Molecular Interactome and Targeted Interaction Analysis to
Identify a COPD Disease Network Module. 2018. DOI: 10.1038/s41598-018-
32173-z.
- A network biology-based approach to evaluating the effect of environmental
contaminants on human interactome and diseases. Japan. Midori Iida and
Kazuhiro Takemoto.
- Interactome-based approaches to human disease. 2017.
https://doi.org/10.1016/j.coisb.2017.04.015.
- Human protein interaction networks across tissues and diseases.
2015. https://doi.org/10.3389/fgene.2015.00257.
- Estimating dispensable content in the human interactome. 2019.|
https://doi.org/10.1038/s41467-019-11180-2.
- HINT: High-quality protein interactomes and their applications in
understanding human disease. 2012. BMC Systems Biology.
http://www.biomedcentral.com/1752-0509/6/92.
F-CV3-3B-2
XI. PRÁCTICA No. 11
El microbioma humano
11.1 Marco teórico
El microbioma es el conjunto de bacterias y virus que viven tanto dentro como
encima de una persona. Estos organismos viven junto con nosotros
aprovechando algunas de las sustancias que secretamos como nutrientes,
ayudándonos a digerir parte de nuestra comida, comiendo nuestra propia
comida, e incluso ayudándonos a combatir infecciones de otras bacterias y virus
externos a nosotros. Una persona que goza de buena salud tiene en general una
relación de mutualismo con su microbioma; es decir, tanto la persona como el
microbioma se benefician de vivir juntos. Si vemos partes más específicas del
microbioma, como por ejemplo el del intestino, las bacterias disfrutan en él
principalmente de una relación de comensalismo, donde ellas se benefician de
los alimentos que ingerimos sin causarnos daño alguno.
Cuando nos enfermarnos a causa de un organismo externo, durante el periodo
que dure la enfermedad estos invasores también forman parte de nuestro
microbioma, y mantienen con él una relación de parasitismo. De lo anterior se
concluye que el microbioma es dinámico, va cambiando y creciendo junto con
nosotros, y una enfermedad grave puede modificarlo por completo y para
siempre, sin que esto conlleve a desenlaces fatales.
¿Cómo obtenemos nuestro microbioma?

El microbioma es una parte importante de nuestro cuerpo, pero ¿de dónde sale?
¿Es siempre el mismo? Durante la gestación nos mantenemos libres de cualquier
contacto con algún otro organismo que no sea nuestra madre; debemos esperar
hasta el momento del parto para tener el primer contacto con las bacterias que
nos colonizarán, el microbioma materno no influye en el desarrollo del feto.
Aun antes de ver la luz, durante el paso por el canal de parto, entramos en
contacto con algunos de los microorganismos con los que conviviremos a lo largo
F-CV3-3B-2
de nuestra vida. En quienes nacimos por cesárea el microbioma se inocula a
través de la piel de nuestra madre; esto, sin embargo, parece dar lugar en
algunos casos a un sistema inmune más débil, pues las bacterias que nos
colonizan son diferentes a las del canal de parto y hacen más complicada la
interacción con el sistema inmune, que recibe información de todos los
microorganismos con los que entra en contacto para hacerse más robusto.
Otra de las inoculaciones bacterianas más importantes se lleva a cabo en el
intestino a través de la leche materna. Durante los primeros 85 días, nuestro
intestino es habitado casi por completo por bacterias del grupo Firmicutes, la
mayoría de ellas son lactobacilos que se alimentan de la leche materna. A partir
de las primeras fiebres del bebé (aproximadamente del día 92 al 118), la
comunidad de nuestro intestino cambia y el grupo de las Actinobacterias se
vuelve dominante; éstas son capaces de sintetizar antibióticos y de soportar
mejor el inicio del cambio de dieta. Conforme se van incorporando más
elementos a la dieta, principalmente plantas con alto contenido de fibra,
leguminosas y granos, el grupo de los Bacteroides (acostumbrados a este tipo
de dieta y presentes desde hace tiempo en el intestino, quizá ingeridos junto
con alguna de nuestras primeras comidas) se convierte en mayoría y la
mantendrá durante el resto de nuestra vida.
11.2 Competencias
El estudiante de medicina comprenderá que nuestro cuerpo es un hábitat de
bacterias, virus, levaduras y hongos tanto externamente en la piel como
internamente en cada órgano. Y que este estado simbionte con estos
microorganismos puede ser alterado cuando se manifiesta una enfermedad. Asi
mismo, entenderán que desde antes del nacimiento, la presencia de los
microorganismos favorecen el desarrollo de los órganos.
F-CV3-3B-2
11.4 Procedimiento
11.5 Resultados
El estudiante tendrá un concepto solido de los principales microorganismos que
viven de manera simbionte con el hospedero humano y como este grupo de
microorganismos cambia con el desarrollo de una enfermedad, por ejemplo el
cáncer.
11.6 Cuestionario
a) Describa el microbioma oral y su importancia en el desarrollo de
enfermedades respiratorias.
b) Explique la importancia del microbioma en las infecciones del tracto urinario
femenino y masculino.
c) Describa como se afecta el microbioma del estómago en el desarrollo del
cáncer gástrico.
d) Describa la correlación entre microbioma humano y resistencia a
antibióticos.
- The human microbiome: at the interface of health and disease. 2012. Nature
Reviews Genetics volume13, pages 260–270.
- The Placenta Harbors a Unique Microbiome. 2014. Science Translational
Medicine: Vol. 6, Issue 237, pp. 237ra65.
DOI: 10.1126/scitranslmed.3008599.
- The Urinary Tract Microbiome in Health and Disease. 2018. Eur Urol
Focus. Jan; 4(1):128-138. doi: 10.1016/j.euf.2016.11.001.
- The Gastric Microbiome Is Perturbed in Advanced Gastric Adenocarcinoma
Identified Through Shotgun Metagenomics. 2018. Front. Cell. Infect.
Microbiol. https://doi.org/10.3389/fcimb.2018.00433.
- Human microbiomes and antibiotic resistance. 2018. Human Microbiome
Journal. https://doi.org/10.1016/j.humic.2018.08.005.
F-CV3-3B-2
XII. PRÁCTICA No. 12
Estudio del Transcriptoma Humano en el diagnóstico de
enfermedades.
12.1 Marco teórico
Un transcriptoma es una colección de todas las lecturas de genes presentes en
una célula. Está compuesto por diferentes tipos de ARNs. La clase más
importante, llamada ARN mensajero (ARNm), desempeña un papel vital en la
elaboración de proteínas. En este proceso: el ARNm se transcribe a partir de
genes; luego, los transcritos de ARNm se entregan a los ribosomas, las
máquinas moleculares ubicadas en el citoplasma de la célula; entonces, los
ribosomas leen, o "traducen", la secuencia de las letras químicas en el ARNm y
ensamblan componentes básicos llamados aminoácidos para formar proteínas.
El ADN también puede transcribirse a otros tipos de ARN que no codifican
proteínas. Tales transcritos pudieran servir para influir en la estructura celular
y regular los genes.
Que nos puede decir un Transcriptoma?

Una secuencia de ARN es un reflejo de la secuencia del ADN de la que fue
transcrito. Por consiguiente, al analizar la colección completa de secuencias de
ARN en una célula (el transcriptoma), los investigadores pueden determinar
cuándo y dónde está activado o desactivado cada gen en las células y los tejidos
de un organismo.
Dependiendo de la técnica utilizada, a menudo es posible contar el número de
transcritos para determinar la cantidad de actividad de los genes, también
llamada expresión génica, en un tipo específico de células o tejidos.
En los seres humanos y en otros organismos, casi todas las células contienen los
mismos genes, pero distintas células muestran distintos patrones de expresión
génica. Estas diferencias son responsables por tantas distintas propiedades y
comportamientos de varias células y tejidos, tanto en la salud como en la
enfermedad.
Al obtener y comparar los transcriptomas de distintos tipos de células, los
investigadores pueden adquirir un entendimiento más a fondo de lo que
constituye un tipo específico de célula, cómo funciona normalmente ese tipo
F-CV3-3B-2
de célula y cómo los cambios en el nivel normal de actividad génica pudieran
afectar o contribuir a las enfermedades. Además, los transcriptomas pudieran
habilitar a los investigadores a generar un panorama exhaustivo sobre el
genoma completo de qué genes están activos en qué células.
¿Cómo pueden usarse los datos del transcriptoma para explorar la función
génica?
La función de la mayoría de los genes está en investigacion en la actualidad.
Una búsqueda en una base de datos del transcriptoma puede dar a los
investigadores una lista de todos los tejidos en los que se expresa un gen,
ofreciendo pistas sobre su posible función.
Por ejemplo, si la base de datos del transcriptoma muestra que los niveles de
expresión de un gen desconocido son radicalmente más altos en células
cancerosas que en células sanas, el gen desconocido pudiera desempeñar una
función en la proliferación celular. O si un gen desconocido es expresado en
tejido adiposo pero no en tejido óseo o muscular, el gen desconocido pudiera
estar implicado en el almacenamiento de grasas o en el metabolismo. En ambos
casos, los datos del transcriptoma dan a los investigadores un buen punto de
partida para comenzar a buscar la función de un gen recién identificado.
12.2 Competencias
El estudiante de medicina comprenderá que en la actualidad los estudios en el
Transcriptoma Humano son de gran ayuda en el diagnóstico, monitoreo y
tratamiento de las enfermedades tales como el cáncer. Las investigaciones en
enfermedades infecciosas están dilucidando nuevas dianas, específicamente
microARNs que están sobre-expresados y sub-expresados y que pueden ser
utilizados en el diagnóstico temprano de enfermedades.
12.4 Procedimiento
12.5 Resultados
El estudiante tendrá un conocimiento solido respecto a las investigaciones
actuales en Transcriptómica que están siendo de gran ayuda en el diagnóstico
de enfermedades crónicas e infecciosas. Así mismo, comprenderán que este
campo está en pleno desarrollo y que puede servir para proponer investigación
en su carrera profesional.
12.6 Cuestionario
a) Describa que microARNs sirven para el diagnóstico de tuberculosis activa.
b) Explique qué tipos de ARNs son útiles son de gran importancia en
enfermedades cardiovasculares.
F-CV3-3B-2
c) Describa un flujograma de trabajo en secuenciamiento total de ARN a partir
de biopsia de pulmón.
d) Que microARNs están siendo más estudiados para el diagnóstico de Parkinson?
Explique cada uno respecto al tema.
- Characterization of a novel panel of plasma microRNAs that discriminates
between Mycobacterium tuberculosis infection and healthy individuals. 2017.
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0184113.
- Prognostic value of microRNAs in lung cancer: A systematic review and
meta-analysis. 2018. https://doi.org/10.3892/mco.2018.1763.
- microRNAs in Parkinson’s Disease: From Pathogenesis to Novel Diagnostic and
Therapeutic Approaches. 2017. doi: 10.3390/ijms18122698.
- miRNAS in cardiovascular diseases: potential biomarkers, therapeutic targets
and challenges. 2018. Acta Pharmacologica Sinica volumen 39, pages1073–
1084. doi: 10.1038/aps.2018.30.
- A unique plasma microRNA profile defines type 2 diabetes progression. 2017.
doi: 10.1371/journal.pone.0188980.
- Profiling microRNAs in individuals at risk of progression to rheumatoid
arthritis. 2017. DOI 10.1186/s13075-017-1492-9.
F-CV3-3B-2

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