UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE HONDURAS

FACULTAD DE CIENCIAS
ESCUELA DE BIOLOGÍA DEPARTAMENTO
BIOLOGÍA CELULAR Y GENÉTICA
LABORATORIO DE GENÉTICA PARA BIOLOGÍA Y MICROBIOLOGÍA
Año Académico 2023

Guía de Laboratorio #3 Bioinformática

Integrantes:
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3.

Bases de datos biológicas: Una visión general

Las bases de datos biológicas surgieron como una respuesta a los enormes volúmenes da datos generados por
las tecnologías de secuencias de ADN de bajo costo. Una de las primeras bases de datos que surgió fue
GenBank, que es una colección de todas las secuencias de ADN y proteínas disponibles. Es mantenido por los
institutos Nacionales de Salud (NIH) y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). GenBank
allanó el camino para el Proyecto del Genoma Humano (HGP), el cual permitió la secuenciación completa y la
lectura del plano genético. Los datos almacenados en bases de datos biológicas se organizan para un análisis
óptimo y se componen de dos tipos: sin procesar y curados. Las bases de datos biológicas son complejas,
heterogéneas, dinámicas y, sin embargo, inconsistentes. (Portillo, 2021)
Instrucciones:

Estimados estudiantes, para el desarrollo de la guía, práctica de Laboratorio #1 (Bioinformática), es necesario

antes dar un vistazo sobre las herramientas disponibles en tu plataforma virtual donde podrás adquirir los
conocimientos necesarios para desarrollar la siguiente guía.
Es importante tener en cuenta las siguientes consideraciones:
 Será trabajada de manera grupal.
 Se deberá de entregar en formato PDF.
 Un integrante del grupo será el encargado de subir el documento a la plataforma.
 Para cada inciso recuerda adjuntar una captura de pantalla de muestre parte del
procedimiento desarrollado.

EJERCICIO
1. En la siguiente actividad realicé una búsqueda de literatura científica disponible en la base de datos
de NCBI. Para ello ingresa al sitio principal disponible aquí https://www.ncbi.nlm.nih.gov/.
En este caso realizara una búsqueda en la base de datos Pubmed sobre la proteína Neurotrophina (NT1) y
tomando en cuenta los resultados seleccione un artículo de interés y complete la siguiente información:

Captura de pantalla del artículo:

Titulo:
Autores:
Revista:
Año:

2. Realice una búsqueda en la base de datos “Genome” acerca del organismo Sturnira
hondurensis enla barra de busqueda ¨Find a species¨ (encuentra una especie) y complete la
siguiente información:

Captura de pantalla del organismo:

Número de genes totales:

Porcentaje de proteínas codificantes:
NCBI Taxonomy ID:
Tamaño del genoma:

ACTIVIDAD DE BLASTn y BLASTp

3. Utilice la base de datos de nucleótidos, realice la búsqueda se secuencias de nucleótidos que

compone el gen de Neurotrophina (NT1) coloque aproximadamente 10 filas de la secuencia del
nucleótido encontrado.

4. A modo de exploración basado en la base de datos de NCBI protein, coloque la secuencia

de aminoácidos que componen a la proteína Neurotrophina (NT1).
5. Una vez encontrada la secuencia de nucleótidos del gen Neurotrophina (NT1) compare
las secuencias de ADN utilizando blastn.
Describa los resultados obtenidos con este método (adjunte una captura de pantalla de
los resultados obtenidos)

6. A modo de exploración basados en las secuencias de proteínas Lipasa encontradas en

humanos y levaduras, compare ambas secuencias de aminoácidos obtenidas utilizando
Blastp.
Responda describiendo las proteínas, resultados obtenidos (identidad, valor esperado (E-
value), similitud).

7. ¿Cuál es el porcentaje de identidad entre la hemoglobina Humana y la hemoglobina

Canina? Buscar las secuencias aminoacídicas en NCBI (protein), y compararlas en BLASTp.
Del mismo modo buscar las secuencias nucleotídicas en NCBI (nucleotide) para las
hemoglobinas Humana y Canina. ¿Qué resultados se obtuvieron en la búsqueda con
BLAST? las secuencias presentan mayor o menor similitud que al ser comparadas con
secuencias de AA?

8. Se ha obtenido la secuencia de nucleótidos de una enzima,

GCTCGCTGCGCCACCGCCTCCCGCCACCCCTGCCCGCCCGACAGCGCCGCCGCCTGCCCCGCC
ATGGGTCGACAGAAGGAGCTGGTGTCCCGCTGCGGGGAGATGCTCCACATCCGCTACCGGCT
GCTCCGACAGGCGCTGGCCGAGTGCCTGGGGACCCTCATCCTGGTGATGTTTGGCTGTGGCTC
CGTGGCCCAGGTTGTGCTCAGCCGGGGCACCCACGGTGGTTTCCCTCACCATCAACCTGGCCT
TTGGCTTTGCTGTCACTCTGGGCATCCTCATCGCTGGCCAGGTCTCTGGGGCCCACCTGAACCC
TGCCGTGACCTTTGCCATGTGCTTCCTGGCTCGTGAGCCCTGGATCAAGCTGCCCATCTACACC
CTGGCACAGACGCTGGGAGCCTTCTTGGGTGCTGGAATAGTTTTTGGGCTGTATTATGATGCA
ATCTGGCACTTCGCCGACAACCAGCTTTTTGTTTCGGGCCCCAATGGCACAGCCGGCATCTTTG
CTACCTACCCCTCTGGACACTTGGATATGATCAATGGCTTCTTTGACCAGTTCATAGGCACAGC
CTCCCTTATCGTGTGTGTGCTGGCCATTGTTGACCCCTACAACAACCCCGTCCCCCGAGGCCTG
GAGGCCTTCACCGTGGGCCTGGTGGTCCTGGTCATTGGCACCTCCATGGGCTTCAACTCCGGC
TATGCCGTCAACCCTGCCCGGGACTTTGGCCCCCGCCTTTTTACAGCCCTTGCCGGGCTGGGGC
TCTGCAGTCTTCACGACCGGCCAGCATTGGTGGTGGGTGCCCATCGTGTCCCCACTCCTGGGC
TCCATTGCGGGTGTCTTC
  ¿Podría identificar a qué gen pertenece? ¿A qué organismo? ¿Cuál es la función de esta
proteína?

Al analizar con BLASTP,

También fue posible obtener la secuencia de aminoácidos de la proteína

MRTLQGWLLPVFMLPMAVYAQEATVKEVHDAPAVRGSIIANMLQEHDNPFTLYPYDTNYLIYTQTSDLN
KEAIASYDWAENARKDEVKFQLSLAFPLWRGILGPNSVLGASYTQKSWWQLSNSEESSPFRETNYEPQLFL
GFATDYRFAGWTLRDVEMGYNHDSNGRSDPTSRSWNRLYTRLMAENGNWLVEVKPWYVVGNTDDNP
DITKYMGYYQLKIGYHLGDAVLSAKGQYNWNTGYGGAELGLSYPITKHVRLYTQVYSGYGESLIDYNFNQT
RVGVGVMLNDLF

 ¿Qué proteínas fueron identificadas? ¿Hay proteínas homólogas que no fueron

identificadas con BLASTN?