INTRODUCCIÓN

La evolución molecular y las relaciones filogenéticas de las gimnospermas son áreas de

investigación fascinantes en la biología vegetal que han experimentado avances
significativos en las últimas décadas gracias a la aplicación de técnicas de secuenciación
de ADN y análisis bioinformáticos. En particular, el uso de secuencias del gen 18S y del
gen YCF1 ha proporcionado valiosa información sobre la evolución de este grupo de
plantas (Cortés, et al., 2020). Las gimnospermas son un grupo de plantas que se
caracterizan por la ausencia de frutos y por la producción de semillas desnudas, en
contraste con las angiospermas, que son plantas con flores. Fiorucci (2018), menciona
que se cree que las gimnospermas representan un linaje evolutivo antiguo y diverso que
incluye las coníferas. Para comprender mejor la relación filogenética y la evolución de
las gimnospermas, los científicos han recurrido al análisis de secuencias de ADN de
genes específicos, como el gen 18S y el gen YCF1.

El gen 18S es una parte del ADN ribosomal, que se encuentra en todas las células y es
fundamental para la síntesis de proteínas. El análisis de secuencias del gen 18S en
gimnospermas ha permitido a los investigadores rastrear su ascendencia evolutiva y
establecer relaciones filogenéticas con otros grupos de plantas. Lubna y colaboradores
(2021), señalan que los resultados de estos estudios han revelado información
importante sobre la diversidad y las relaciones entre diferentes géneros y especies de
gimnospermas por otro lado, el gen YCF1 es un gen específico de las plantas que se
encuentra en el cloroplasto, el orgánulo encargado de la fotosíntesis. De acuerdo con
Yang et al. (2022), el análisis de secuencias de ADN del gen YCF1 ha sido especialmente
útil para investigar las relaciones filogenéticas dentro de grupos de gimnospermas más
estrechamente relacionados, como las coníferas. El gen YCF1 ha proporcionado
marcadores genéticos altamente informativos que ayudan a resolver las relaciones entre
diferentes especies de coníferas y a entender mejor su evolución.
DESCRIPCIÓN DEL GRUPO DE ORGANISMOS/GENES PROBLEMA

Los gimnospermas se encuentran como una de las especies reconocidas por sus
características fotoautótrofas con cloroplastos con la cual alimentan su energía con
ayuda de las moléculas de clorofila según lo reportado en el portal de la Universidad
Computense de Madrid en 2018. Asimismo, otra de las características a observar es que
este tipo de organismos tienen un contacto sexual especifico, en donde, se apoyan con
la producción de esporas transportadas por el viento hasta llegar a la fecundación de un
ovulo (Sánchez, J., 2021). Por último, un gran ejemplo de quienes son más reconocidas
dentro de estos organismos son las coníferas, donde podemos encontrar a las Pinaceas,
como lo son los pinos, los abetos y los cedros.

Una vez comprendido quienes son los gimnospermas y cuales son algunos de sus
ejemplos principales, ahora si se puede observar los marcadores moleculares a utilizar,
en donde, analizando reportes obtenidos por Claros en 2017 se menciona que, el
marcador 18S el cual se puede obtener a partir del análisis ribosómico de las muestras
del organelo del mismo nombre, el cual se conoce que esta secuencia nucleotídica es
una de las más conservadas dentro de las plantas, por las cuales puede ser muy útil para
la identificación de homología o similitud. Por otro lado, el marcador YCF1 es un gen que
puede ser utilizado como marcador, el cual de igual forma al anterior este también
presenta una región altamente conservada, sin embargo, este gen es específico para la
identificación de coníferas debido a ser un gen especifico de la región del cloroplasto, lo
cual es muy eficiencia para la identificación de organismos de interés.

ANTECEDENTES

Las gimnospermas conforman un conjunto de plantas vasculares que engloba a las

coníferas, cícadas, ginkgos y gnetófitos, su origen se asocia a la era Paleozoica, durante
el Mesozoico, las gimnospermas fueron los principales componentes de los bosques
terrestres, antes de la expansión de las angiospermas o plantas con flores, por lo que se
infiere que estas plantas han atravesado una extensa evolución que abarca cientos de
millones de años. Durante el periodo Devónico medio, aproximadamente 390 millones
de años atrás donde surgieron los Ginkgoales, una subdivisión de gimnospermas que
incluye una única especie sobreviviente, el Gingko biloba. Estas fueron las primeras
gimnospermas en aparecer durante el Jurásico, expandiéndose en la era mesozoica,
alrededor de 240 millones de años atrás, desplazando a los helechos en el paisaje y
alcanzando su máxima diversidad en ese periodo (Sánchez & Bedolla, 2019).

La polinización en las gimnospermas se realiza mediante anemofilia, donde los granos

de polen son transportados por el viento hacia los conos femeninos. Estas plantas
raramente son poliploides y han mostrado una limitada tendencia a la especiación
alopoliploide. Desde una perspectiva de evolución molecular, estudios han revelado que
las gimnospermas vivientes son parientes cercanas de las angiospermas. Entre las
gimnospermas, las gnetales son las más recientes y exhiben características intermedias
entre las coníferas y las angiospermas y en términos económicos, las coníferas son el
grupo más preponderante de las gimnospermas, representando el 75% o más de la
madera utilizada en construcción y fabricación de papel, algunas de las especies
destacadas incluyen abetos, pinos, cipreses, enebros, cedros y araucarias cabe destacar
que cada especie de gimnosperma posee atributos únicos que le permiten adaptarse y
sobrevivir en su entorno específico, evidenciando una evolución ajustada a su nicho
ecológico particular (Harrison & Morris, 2018).

Las investigaciones moleculares han proporcionado información sobre las relaciones

evolutivas entre las diferentes clases de gimnospermas y su posición en el árbol
filogenético de las plantas y entre los estudios de secuenciación de ADN y análisis
filogenéticos han ayudado a reconstruir la historia evolutiva y las relaciones entre los
grupos de gimnospermas, lo que ha respaldado la monofilia de las gimnospermas, lo que
significa que todas las gimnospermas comparten un ancestro común. Se ha llevado a
cabo la secuenciación del genoma de algunas especies de gimnospermas, como el pino
blanco (Pinus taeda) y la secuoya gigante (Sequoiadendron giganteum). Estos estudios
genómicos han proporcionado información valiosa sobre la estructura genómica, la
evolución de los genes y la adaptación molecular de las gimnospermas a su entorno.
Estas plantas han desarrollado adaptaciones moleculares para sobrevivir en diversos
ambientes, desde bosques fríos de coníferas hasta regiones más cálidas y secas donde
se encuentran las cycadas (Lobato & Cidrás, 2013).
Como se mencionó anteriormente existen diversos grupos de la gimnosperma en donde
se han estudiado y clasificado mediante su morfología, siendo cuatro divisiones
principales: la Coniferophyta (coníferas) en donde se incluyen pinos (Pinus), abetos
(Abies), cedros (Cedrus), entre otros; la Cycadophyta (cicas), que incluyen plantas como
Cycas y Zamia; la Ginkgophyta (ginko) siendo una única especie, Ginkgo biloba; y las
Gnetophyta (gnetófitas), esta división está clasificada por tres géneros principales:
Gnetum, Ephedra y Welwitschia (De La Torre, et al, 2019)

Sin embargo, estudios recientes han demostrado que en términos fenotípicos los
enebros y cícadas son distintos que los pinos, abetos, secuoyas y Cupressacea, en
donde se estima que el fenotipo foliar de estas plantas evolucionó mediante la selección
en la era Pangea, posiblemente a través del movimiento humano (como comercio o
alimentación) en el estrecho de Bering; además según los análisis filogenéticos, en el
que se utilizó genes matK (maturasa K) (genes localizados en el cloroplasto de las
plantas) que sirven para intervenir en el empalme de intrones, siendo un indicador
altamente conservado en las plantas, en el cual se observó que los enebros
evolucionaron de manera independiente de las coníferas, a partir de semillas ancestrales
sin alas (Seong & Offner, 2013)

Los géneros de Taxaceae y Cephalotaxaceae forman un grupo monofilético, es decir,

comparten un ancestro en común, según (Yuchang,C. 2000) sugiere que comparten un
ancestro común más reciente con estos dos grupos que con otras familias coníferas,
puesto que se identificó el género Cephalotaxus como basal a los géneros de Taxaceae,
lo que implica que es un género más primitivo y antiguo, y el género Taxaceae se
identificaron dos clados siendo Torreya/Amentotaxus y Taxus/Pseudotaxus/Austrotaxus
mediante análisis de secuencias ITS nucleares y el gen matK corroboran la topología de
estas dos familias, y estiman que el tiempo de divergencia entre estos dos ocurrió
aproximadamente entre 192-230 millones de años.

La genética molecular ha revolucionado nuestra comprensión de la evolución biológica,

permitiéndonos sumergirnos en el código genético para entender las complejidades de
las relaciones filogenéticas que existen entre los organismos. Los genes 18S y YCF1 se
han convertido en herramientas clave en la investigación científica debido a su papel
como marcadores moleculares. Estos genes han demostrado ser útiles para estudiar la
evolución y las relaciones filogenéticas entre especies, así como para comprender la
diversidad genética dentro de una población.

El Gen 18S, ubicado en el ADN de organismos eucariotas, es un gen ribosomal conocido

por su alta conservación entre especies y que comúnmente se utiliza como marcador
molecular en estudios filogenéticos (Escalante et al.,2020). Gracias a su secuencia de
nucleótidos se ha logrado obtener información sobre relaciones evolutivas entre diversas
especies, así como la realización de árboles filogenéticos lo que concuerda con lo
mencionado por Adham y colaboradores (2009) quienes mencionan que el DNAr del gen
18S permite la reconstrucción evolutiva de la historia de los organismos lo que permite
conocer los cambios a través del tiempo y espacio. Además, el gen 18S también ha sido
utilizado para estudiar la diversidad genética dentro de una especie y para identificar
especies desconocidas, un ejemplo de esto es el estudio realizado por Teramaya et al.,
(2008) en el que se compararon los patrones RFLPs del gen que codifica para el ARN
ribosomal 18S de especies de Lutzomyia en Ecuador, usando como enzimas de
restricción AfaI y HinfI, demostrando la validez del marcador en la identificación especie-
específica.

Por otro lado, el gen YCF1 localizado en el cloroplasto ha demostrado ser un indicador
molecular importante debido a su alta variabilidad lo que lo hace útil para examinar la
filogenia y esclarecer relaciones entre especies de plantas (Dong et al., 2015). Este gen
codifica una proteína involucrada en el transporte de iones y su secuencia de nucleótidos
puede proporcionar información sobre las relaciones evolutivas entre diferentes especies
de plantas. El gen YCF1 ha sido utilizado para estudiar la diversidad genética dentro de
una especie de planta, así como para identificar especies de plantas desconocidas
(Dhong et al.,2018). Un ejemplo de lo anterior es el estudio realizado por Neubig y
colaboradores (2009) quienes en su artículo “Utilidad filogenética de YCF1 en orquídeas”
demostraron que todas las regiones del gen eran variables que se alineaban con
Orchidaceae demostrando que este gen era útil para diferenciar especies y comprobando
lo mencionado por Drescher (2000) quien menciona que el gen YCF1 puede ser utilizado
para identificar, clasificar y esclarecer las relaciones filogenéticas de las especies
vegetales.

HIPÓTESIS

Análisis filogenéticos de las secuencias de marcadores moleculares 18S y YCF1

obtenidos de gimnospermas revelan la relación evolutiva que guardan entre ellas.

JUSTIFICACIÓN

La conservación del gen 18S como marcador molecular garantiza la homología de las
secuencias entre especies, facilitando la comparación y la inferencia de relaciones
filogenéticas entre los cuatro ordenes de gimnospermas vivientes y las relaciones
interfamiliares en cada orden, esto es debido a que se encuentran cubiertos de manera
más uniforme que las otras regiones y, por lo tanto, se utilizan preferentemente para la
estimación del número de copias (Wang, et al., 2019). En un estudio realizado por Zhang
y colaboradores (2019), utilizaron dicho marcador para investigar la relación entre los
cícades y los ginkgos. Los resultados mostraron que están más relacionados entre sí de
lo que se pensaba anteriormente.

Por otro lado, Dong, et al., (2015), mencionan que el gen ycf1, pertenece al cloroplasto,
que codifica una proteína que resulta fundamental para la fotosíntesis. A nivel molecular,
una característica destacable del gen ycf1 es su alta variabilidad genética entre
diferentes especies de plantas. Es decir que, la secuencia nucleotídica que compone el
gen puede resultar muy diferente entre las especies. Esta variabilidad, es aprovechada
por los investigadores, para comparar las secuencias de ycf1 llevándolos a inferencias
sobre las relaciones filogenéticas entre especies. Al analizar las diferencias y similitudes
en las secuencias de ycf1 entre especies, de acuerdo con Li y colaboradores (2019),
señalan que los investigadores son capaces de construir árboles filogenéticos que,
ilustran las relaciones evolutivas entre ellas. Estas construcciones son útiles para
comprender y llegar a una mejor conclusión sobre la evolución del reino vegetal, además
de ayudar a clasificar de manera más precisa las diferentes especies de plantas dentro
de los grupos taxonómicos.
Tanto el gen 18S como el gen ycf1, son técnicamente accesibles para la amplificación y
secuenciación en el laboratorio, debido a su tamaño y estructura genética. Además,
exhiben tasas de evolución variables. El gen 18S, se destaca por su alta conservación,
lo que lo convierte en un elemento excepcional para abordar estudios en niveles
taxonómicos más bajos (Wang, et al., 2019). En contraste, el gen ycf1 presenta tasas de
evolución sustancialmente más elevadas, lo que lo hace especialmente adecuado para
investigar y comprender relaciones filogenéticas en niveles más profundos de la
diversidad de gimnospermas (Dong, et al., 2015).

Objetivo General:

Evaluar la relación evolutiva entre las gimnospermas pertenecientes a las familias

Taxaceae y Cephalotaxaceae mediante el análisis filogenético de las secuencias de los
marcadores moleculares 18S y YCF1.

Objetivos específicos:

• Dimensionar la distancia evolutiva entre especies de las familias Taxaceae y

Cephalotaxaceae con base a las secuencias de los marcadores moleculares 18S
y YCF1.
• Relacionar la cercanía en la evolución filogenética entre Taxaceae y
Cephalotaxaceae con otras especies de gimnospermas.
• Generar un árbol filogenético seleccionando las mejores opciones de análisis
posibles para comprender de manera clara la distancia evolutiva de las
gimnospermas seleccionadas.

MÉTODOS

• Muestreo de la población

Para el análisis de la familia Taxaceae y Cephalotaxaceae, se sacaron las secuencias

de ambos genes (18S rRNA y YCF1) de los 6 géneros que hay entre ambas familias, de
la base de datos de NCBI. Para ello, se usó la secuencia del 18S de Cephalotaxus
wilsoniana para obtener resultados en Blastn utilizando los parámetros de “Organism” en
“Choose Search Set” para especificar los géneros de interés. De igual forma, se realizó
lo mismo para el gen YCF1 solo que con la secuencia de Cephalotaxus sinensis. Se
descargaron las secuencias de las especies de interés mediante la opción “Download”
en formato FASTA. Adicionalmente, se hizo la búsqueda de un organismo externo que
tuviera el gen de interés para el enraizamiento de los árboles que se elaboraran, para el
18S es Saccharomyces cerevisiae mientras que para YCF1 es Ulothrix zonata.

• Alineamiento en MEGA

Una vez que se obtuvó las secuencias, se utilizó el programa MEGA11 para realizar los
alineamientos correspondientes. Primero, se abrió el archivo mediante el programa en el
apartado “Align” y después “Edit/Built Alignment” seleccionando el documento con el gen
de interés. Después al tener la ventana abierta, se seleccionaron todas las secuencias
con el botón “Select All” de la sección “Edit”, a continuación, se hizo el alineamiento con
“Align by ClustalW” del apartado “Alignment”. Esto se realizó con los archivos que
correspondían a las secuencias de ambos genes.

• Construcción de arboles filogenéticos

Después de obtener los alineamientos, se realizó un análisis filogenético mediante la

opción que está en el apartado “Data”. A continuación, se buscó el mejor método de
sustitución, para ello, se usó la herramienta “Find Best Dna/Protein Models ML” que se
encuentra en la sección “Models”. Cuando ya se obtuvó el mejor modelo según lo
calculado por MEGA (el que tenga el menor valor de BIC), se continuó con la
construcción del árbol mediante el método de NJ para el gen 18S rRNA y MLE para
YCF1. Al momento de realizar la construcción, se cambió el modelo de sustitución por el
resultante del análisis interior, así como, el test de filogenia para ejecutar el análisis
Bootstrap con 500 repeticiones.

RESULTADOS

Lo resultados de las secuencias recopiladas con ayuda de Blastn de los genes YCF1 y
18S rRNA se describen en la tabla 1, así como la especie a la que corresponden.

GEN YCF1 GEN 18S

Código de
Especie Código de Acceso Especie
Acceso
 Taxus cuspidata KP089422.1 Cephalotaxus wilsoniana D38241.1
Taxus mairei NC_020321.1 Torreya parvifolia OR195126.1
Taxus chinensis KX431996.1 Torreya jackii OR195125.1
Taxus baccata MH390464.1 Torreya californica OR195124.1
Taxus contorta MH390455.1 Torreya nucifera OR195123.1
Taxus fuana NC_038099.1 Torreya taxifolia OR195119.1
Taxus cuspidata MH390465.1 Torreya grandis OR195117.1
Taxus phytonii MH390470.1 Torreya fargesii OR195110.1
Taxus wallichiana MF850258.1 Amentotaxus yunnanensis OR195109.1
Taxus florinii MH390487.1 Amentotaxus formosana D38248.1
Taxus calcicola MH390489.1 Taxus mairei D16445.1
Taxus canadensis MH390483.1 Amentotaxus argotaenia DQ478809.1
Taxus globosa MH390467.1 Taxus cuspidata DQ478808.1
Taxus floridana MH390480.1 Taxus wallichiana EU107112.1
Taxus brevifolia MH390484.1 Torreya grandis DQ478806.1
Pseudotaxus chienii MH390485.1 Taxus sumatrana EU107113.1
Torreya nucifera MK978775.1 Taxus baccata EF017310.1
Torreya californica MK249062.1 Taxus canadensis EF017311.1
Torreya grandis NC_034806.1 Taxus fuana EU107108.1
Torreya jackii MK249064.1 Taxus brevifolia EU107118.1
Amentotaxus argotaenia NC_027581.1 Taxus floridana EU107114.1
Torreya jiulongshanensis NC_050372.1 Taxus globosa EU107117.1
Torreya taxifolia MK249063.1 Pseudotaxus chienii DQ478807.1
Amentotaxus formosana OK138557.1 Taxus chinensis AY544988.1
Torreya parvifolia NC_043866.1 Austrotaxus spicata AB107895.1
Torreya fargesii NC_029398.1 Cephalotaxus harringtonia MK116531.1
Austrotaxus spicata MW470976.1
Cephalotaxus hainanensis OK138584.1
Cephalotaxus harringtonia OK138583.1
Cephalotaxus sinensis OK138577.1
Cephalotaxus harringtonia OK138567.1
var. nana
Tabla 1. Especies utilizadas para el análisis de los genes YCF1 y 18S junto con su
número de acceso sacado de GenBank.

• Alineamiento de secuencias

Los resultados de los alineamientos hechos con ayuda de MEGA11 de los genes YCF1
y 18S rRNA se muestran en las figuras 1-4 donde se describe lo encontrado.
Figura 1. Secuencias previo al alineamiento del gen YCF1. Secuencias problema
obtenidas de la herramienta NCBI a la plataforma MEGA las cuales son una
representación del Gen YCF1 de la familia Taxaecae para su posterior alineamiento
enfatizando principalmente entre los géneros Taxus, Pseudotaxus, Torreya,
Amentotaxus, Austrotaxus y Cephalotaxus.

Figura 2. Alineamiento del gen YCF1 mediante MEGA11. Se observan las secuencias
alineadas en la plataforma MEGA por medio de la opción de alineamiento por pares
ClustalW las cuales representan una similitud entre genes YCF1 de cada una de las
especies de la familia Taxaecae, asi mismo, se observa una gran de gaps los cuales
representan la ausencia de similitud, en donde, se termina la diferencia entre secuencias
las cuales se podrían observar mejor por un análisis filogenético mediante un árbol y su
comparación con un miembro externo de la familia.
Figura 3. Secuencias previo al alineamiento del gen 18S rRNA. Secuencias problema
obtenidas de la herramienta NCBI a la plataforma MEGA las cuales son una
representación del Gen 18s de la familia Taxaecae para su posterior alineamiento
enfatizando principalmente entre los géneros Taxus, Pseudotaxus, Torreya,
Amentotaxus, Austrotaxus y Cephalotaxus.

Figura 4. Alineamiento del gen 18S rRNA mediante MEGA11. Secuencias alineadas
en la plataforma MEGA por medio de la opción de alineamiento por pares ClustalW las
cuales representan una similitud entre genes 18S de cada una de las especies de la
familia Taxaecae, así mismo, se observa una gran de gaps los cuales representan la
ausencia de similitud, en donde, se termina la diferencia entre secuencias las cuales se
podrían observar mejor por un análisis filogenético mediante un árbol y su comparación
con un miembro externo de la familia.

• Análisis filogenéticos a partir de alineamientos

Después de los alineamientos, se hicieron arboles filogenéticos para observar el
comportamiento que tienen dentro de los mismos, así como la cercanía que pudieran
tener entre ambas familias. Se realizaron 2 árboles diferentes que corresponden a los
dos marcadores moleculares usados en este estudio, el gen 18S rRNA y el gen
citoplasmático YCF1.

1. Árbol filogenético basado en gen 18S rRNA de ambas familias

Se realizó un análisis filogenético con las 26 secuencias 18S rRNA que fueron descritas
en la tabla 1 para su alineamiento. También se añadió un grupo externo para asegurar
el enraizamiento del árbol y poder obtener resultados más confiables.

Figura 5. Árbol filogenético con el análisis Bootstrap del gen 18S rRNA hecho con el
método Neighbor-joining (NJ) así como método de sustitución Tamura-Nei (TN) de las
familias Taxaceae y Cephalotaxaceae, utilizando como grupo externo la secuencia de
Saccharomyces cerevisiae.

Como se observa en la figura 5, se formaron 2 grandes grupos dejando fuera a

Austrotaxus spicata, esto podría indicarnos la divergencia temprana que tuvieron estos
grupos con respecto a la especie. Dentro del primer grupo que está en la parte superior,
están ubicados las especies del único genero dentro de la familia Cephalotaxaceae,
Cephalotaxus harrigtonia y Cephalotaxus wilsoniana. Además, se muestran relacionados
con los géneros Torreya, Amentotaxus y una especie de Taxus (Taxus cuspidata).

Por otro lado, en el segundo grupo de la parte inferior del árbol, se agrupan los géneros
Taxus y la única especie de Pseudotaxus, Pseudotaxus chienii. Esto indica una probable
divergencia de un ancestro en común que hayan podido tener ambos géneros, así como,
en los géneros que están agrupados en la parte superior.

Asimismo, la figura 5 no solo muestra las posibles relaciones entre los organismos, sino
también los valores del análisis Bootstrap que se realizó con 500 repeticiones. Algunas
ramas marcan valores altos como en el caso de Amentotaxus formosana y Amentotaxus
argotaenia teniendo un resultado de 94, mientras que, otras tienen valores muchos más
bajos como Taxus floridana y Taxus con 27. Esto, puede deberse a factores externos
que estén afectando al análisis o que tengan relación con los marcadores moleculares
utilizados para la elaboración de los árboles.

2. Árbol filogenético basado en el gen YCF1 de las familias Taxaceae y

Cephalotaxaceae

Se llevo a cabo un 2do análisis filogenético con las 31 secuencias YCF1 rRNA, las cuales
fueron descritas en la tabla 1. Así mismo se añadió como grupo externo a Ulothrix zonata
para obtener resultados más confiables.
Figura 6. Árbol filogenético con el análisis Bootstrap hecho con el método Maximum
likelihood estimation (MLE) así como método de sustitución General Time Reversible
(GTR), utilizando como grupo externo la secuencia de Ulothrix zonata.

De acuerdo a la figura 6, se observa que inicialmente se divide el árbol filogenético en 2

clados, las especies del género Torreya del clado inferior son pertenecientes a la familia
Taxaceae al igual que las especies del género Taxus que se encuentran en el clado
superior pero que, sin embargo, este mismo demostró una divergencia entre las especies
de este género y las del género Cephalotaxus pertenecientes a la familia
Cephalotaxaceae debido posiblemente a que sus características morfológicas son muy
diferentes. Además, muestra los valores del análisis Bootstrap que se realizó con 500
repeticiones. De los cuales, se presentó máximo de este (100) en 5 especies diferentes,
las cuales fueron Cephalotaxus sinensis, Amentotaxus argotaenia, Amentotaxus
formosana, Torreya jackiin y Torreya jiulongshanensis, mismas que podrían indicar que
tenían un ancestro en común relativamente reciente, y, por lo tanto, ser parientes más
cercanos. Por otro lado, se encontró que la especie Pseudotaxus chienii mostraba un
valor mínimo de 41, la cual podría indicar que no sea un pariente cercano.
DISCUSIÓN

A lo largo de la investigación presentada anteriormente se observaron grandes

diferencias en la divergencia entre grupos importantes que parten de un ancestro en
común; en este caso observando el historial filogenético de los gimnospermas
específicamente en la familia Taxaceae y Cephalotaxaceae para los genes conservados
de 18S (Figura 5) se aprecia una divergencia altamente notoria entre el género Taxus y
el género Torreya. Por su parte el árbol filogenético mostrado a partir de las secuencias
obtenidas del gen YCF1 muestran la misma relación lo cual nos puede llevar a inferir que
esto se puede atribuir al desempeño especifico en sus factores ambientales a las que el
género fue expuesto, entre ellos, el primer genero está establecido principalmente del
continente asiático en zonas boscosas y húmedas mientras que el género Taxus se ve
establecido en el continente europeo en zonas montañosas y de baja temperatura
(Yescas, F.R., 2020)

Así mismo, contando con atribuciones externas a los factores ambientales que puede
llevar al cambio evolutivo en sus regiones conservadas puede llegar a verse reflejado
otras características en sus factores morfológicos los cuales se deben a su adaptación
en el medio principalmente observados en los géneros Taxus, Cephalotaxus y Torreya,
los cuales representan la relevancia en su cambio, pero no el linaje proveniente de su
familia original, y sobre todo en su ancestro en común (Evolución de las plantas
semilleras, 2022).

Ahora bien, una vez observadas las características notorias representadas por nuestras
secuencias se tendría que verificar la veracidad de los datos obtenidos, en donde, se
utilizó el manejo de la prueba Bootstrap esto daría viabilidad a los métodos utilizados
anteriormente y, de esta manera, estar más seguros de la divergencia biológica. Por
consiguiente, se podría tener en cuenta que el análisis puede llevarnos a conclusiones
como la utilización de estos conservados como marcadores esenciales de la evolución
de un grupo, lo que llevaría al gen 18S y el gen YCF1 a confirmarse como marcadores
eficientes de la evolución en organismos como los gimnospermas.

Por supuesto estos marcadores presentan sus ventajas además de ciertos limitantes en
comparación con otros marcadores, debido a su alta tasa de variabilidad, sin embargo,
es dependiendo de la planta en específico, como menciona el autor (Dong, w., et
al.,2015) en donde se estima que “las longitudes de YCF1 pueden variar según su grupo
de plantas… por ejemplo en Nicotiana tabacum su secuencia es muy largo siendo 5709
pb a comparación de Arabidopsis thaliana en donde es de menos de un kilobase de
largo”; además este gen presenta una mayor tasa de discriminación en plantas leñosas
(alrededor de un 74%) en comparación de otros marcadores como matK, rbcL-b y trnH-
psbA (en donde se obtuvo un porcentaje menor siendo del 58%) en el cual se utilizó el
método de distancia, por lo que para esta practica no es necesario el emplear
marcadores adicionales para un resultado más específico.

La inclusión del grupo externo siendo la especie Ulothrix zonata en un árbol filogenético
de diversas especies de gimnospermas es fundamental puesto que nos permite
establecer las relaciones evolutivas entre los linajes de forma más precisa, siendo los
grupos externos taxones que se utilizan para representar las relaciones evolutivas
tempranas y que estén fuera del grupo que se está analizando (Jesús, M., &
Goyenechea, I., 2007)

Las secuencias obtenidas de las diversas especies de gimnospermas se obtuvieron

mediante herramientas y softwares bioinformáticos, en la cual se utilizan diferentes
métodos para la reconstrucción filogenética como el método de método Maximum
likelihood estimation (MLE) para estimar los parámetros de una distribución dada por
medio de datos observados, logrando maximizar una función de verosimilitud de manera
que, los datos observados sean los mas probables. Como en el articulo de los autores
(Rui-Qi, L., et al.,2004) en donde analizaron secuencias de nucleótidos de plantas del
orden Fagales, junto con la ayuda del marcador 18S y de otros marcadores adicionales
(atpB, trnL.F y matR), evaluaron la congruencia entre ese conjunto de datos y
posteriormente encontraron una mejor estimación de las relaciones evolutivas dentro de
Fagales (siendo Myricaceae, Nothofagus, Fagaceae, y Casuarinaceae).

Otro método que se empleó fue el de sustitución Tamura-Nei (TN), utilizado para analizar
la evolución de secuencias tanto de ADN como de ARN en donde asume que hay dos
tipos diferentes de cambios el primero como “transiciones” que suceden a tasas distintas,
y el segundo denominado “transversiones” en la cual ocurren en una tasa única, y que
las frecuencias de las bases (A, T, C, y G) en la secuencia evolucionan de manera
desigual demás de especifica, con este método al igual que el método de sustitución
General Time Reversible (GTR) puede ayudar a capturar las complejidades evolutivas
(de manera molecular) las secuencias genéticas de las familias Taxaceae y
Cephalotaxaceae a lo largo del tiempo, aunque si bien no se encuentran registros
actualmente utilizados exclusivamente para gimnospermas, si se ha encontrado en otros
grupos de plantas, (Monroy, S., 2019) nos menciona que se utilizó este modelo de
sustitución para reconstruir la filogenia de siete especies del genero Cuscuta, una planta
parásito de importancia agrícola y forestal en México, el estudio utiliza este modelo para
analizar las secuencias de los marcadores trnL-F e ITS para reconstruir la filogenia de
estas especies.

Para este método cabe mencionar que como grupo externo se utilizó la secuencia de
Saccharomyces cerevisiae, puesto que en el estudio de (Cletus, P & Christie, J., 2003)
realizaron análisis de las secuencias multigenicas de 75 especies del “complejo de
Saccharomyces”, menciona el uso de las secuencias de genes de repetición de ADN
como 18S, 26S e ITS, teniendo como resultado grupos separados y respaldados
filogenéticamente de manera significativa.

El árbol conceso se obtuvo mediante 500 iteraciones de Bootstrap, parámetro que es

utilizado en diferentes programas filogenéticas, mediante la reestimación del árbol
filogenético que en base a su variación y repetición de los caracteres y de la posición de
la secuencia, es crucial para dar un mayor soporte y robustez al árbol, (Guitiérres et al.,
2015) determina que se puede obtener estos resultados después de 100 o más
iteraciones de Bootstrap obteniendo un resultado más optimo y sólido.

CONCLUSIÓN

La investigación detallada sobre la filogenia de las gimnospermas centrada en las

familias Taxaceae y Cephalotaxaceae , revela un panorama interesante acerca de la
evolución de estos grupos vegetales, en los que destaca la divergencia significativa entre
los géneros Taxus y Torreya, lo que indica la fuerte influencia de los factores ambientales
en la evolución filogenética de estas plantas. Además, los marcadores 18S y YCF1
mostraron ser marcadores eficientes para la reconstrucción filogenética de
gimnospermas, por lo cual el uso de estas secuencias resulta importante en la aplicación
de futuras investigaciones, sin embargo, se debe tomar en cuenta que existen ciertas
limitaciones, principalmente en el marcador YCF1 que presenta una alta variabilidad lo
que podría representar ciertos desafíos al momento de la interpretación de resultados.
La elección de métodos de reconstrucción filogenética, como Maximum Likelihood
Estimation (MLE) y sustitución Tamura-Nei (TN), destaca la importancia de abordar las
complejidades evolutivas. Estos métodos, resaltan la necesidad de adaptar las técnicas
a los grupos de plantas específicos y a los contextos filogenéticos particulares.

LITERATURA

• Adham, F. K., Abd-el-Samie, E. M., Gabre, R. M., & el-Hussein, H. (2009). Detection
of tick blood parasites in Egypt using PCR assay I: Babesia bovis and Babesia
bigemina. Parasitology Research, 105(3), 721-730.
• Briggs, H. (2018). Cómo las plantas con flores evolucionaron y conquistaron el mundo
hace millones de años. BBC. https://www.bbc.com/mundo/noticias-42679724
• Claros Díaz, M. G. (2017). Marcadores moleculares: Qué son, cómo se obtienen y
para qué valen. UMA. Recuperado 9 de noviembre de 2023, de
https://www.uma.es/estudios/centros/Ciencias/publicaciones/encuentros/ENCUENT
ROS49/marcadores.html
• Cletus P Kurtzman, Christie J Robnett, Phylogenetic relationships among yeasts of
the ‘Saccharomyces complex’ determined from multigene sequence analyses, FEMS
Yeast Research, Volume 3, Issue 4, June 2003, Pages 417–432,
https://doi.org/10.1016/S1567-1356(03)00012-6
• Cortés-López, N. G., Ordóñez-Baquera, P. L., & Domínguez-Viveros, J. (2020).
Herramientas moleculares utilizadas para el análisis metagenómico. Revisión.
 Revista Mexicana de Ciencias Pecuarias, 11(4), 1150–1173.
https://doi.org/10.22319/rmcp.v11i4.5202
• De La Torre, A. R., Piot, A., Liu, B., Wilhite, B., Weiss, M., & Porth, I. (2019). Functional
and morphological evolution in gymnosperms: A portrait of implicated gene families.
Evolutionary applications, 13(1), 210–227. https://doi.org/10.1111/eva.12839
• Dong, W., Xu, C., Li, C., Sun, J., Zuo, Y., Shi, S., Cheng, T., Guo, J., & Zhou, S.
(2015). Ycf1, the most promising plastid DNA barcode of land plants. Sci Rep 5, 8348.
https://doi.org/10.1038/srep08348
• Dong, W. L., Wang, R. N., Zhang, N. Y., Fan, W. B., Fang, M. F., & Li, Z. H. (2018).
Molecular Evolution of Chloroplast Genomes of Orchid Species: Insights into
Phylogenetic Relationship and Adaptive Evolution. International journal of molecular
sciences, 19(3), 716. https://doi.org/10.3390/ijms19030716
• Drescher, A., Ruf, S., Calsa, T., Jr, Carrer, H., & Bock, R. (2000). The two largest
chloroplast genome-encoded open reading frames of higher plants are essential
genes. The Plant journal : for cell and molecular biology, 22(2), 97–104.
https://doi.org/10.1046/j.1365-313x.2000.00722.x
• Escalante, P., & Kiura, M. (2020). Efecto de la temperatura en la amplificación del gen
18S ARNR de dos microalgas a través de la reacción en cadena de la polimerasa
PCR. https://repositorio.upse.edu.ec/xmlui/handle/46000/5245
• Evolución de las Plantas Semilleras. (2022, octubre 29). LibreTexts Español;
Libretexts.
https://espanol.libretexts.org/Biologia/Biolog%C3%ADa_introductoria_y_general/Libr
o%3A_Biolog%C3%ADa_General_(OpenStax)/5%3A_Diversidad_Biol%C3%B3gica
/26%3A_Plantas_de_Semilla/26.1%3A_Evoluci%C3%B3n_de_las_Plantas_Semiller
as
• Fiorucci, E. (2018). The plant name “zappino”: etymology and dissemination. Forest@
- Rivista di Selvicoltura ed Ecologia Forestale, 15(1), 3–
17. https://doi.org/10.3832/efor2408-015
• Guitiérres, A., Barrientos, A., & Campos, E. (2015). Caracterización molecular y
análisis filogenético de los subgéneros Persea y Eriodaphne (Lauraceae). Actas-
proceedings, 15–16.
• Harrison, C.J. & Morris, J.L. (2018). The origin and early evolution of vascular plant
shoots and leaves. Philos Trans Royal Society of London, B. Biological Sciences
373(1789): 20160496.
• Jesús, M., & Goyenechea, I. (2007). La sistemática, base del conocimiento de la
biodiversidad. Edu.mx.
https://www.uaeh.edu.mx/investigacion/icbi/LI_SistBioAnimal/Irene_Mayer/CG2007
Conceptos.pdf
• Li, J., Wang, S., Jing, Y., Wang, L., Zhou, S., & Wu, Y. (2019). Phylogenetic
relationships and divergence time estimation of Pinaceae based on complete
chloroplast genomes. PloS one, 14(1)
• Li, Rui-Qi & Chen, Zhiduan & Lu, An-Ming & Soltis, Douglas & Soltis, Pamela &
Manos, Paul. (2004). Phylogenetic Relationships in Fagales Based on DNA
Sequences from Three Genomes. International Journal of Plant Sciences. 165.
10.1086/381920.
• Lobato Cameselle, R., & Cidrás Ferradás, J. (2013). EVOLUCIÓN VEGETAL: LA
CONQUISTA DE LA TIERRA FIRME. Botánica - Arquegoniadas, II(1), 8.
• Lubna, Asaf, S., Khan, A. L., Jan, R., Khan, A., Khan, A., Kim, K., & Lee, I. (2021).
The dynamic history of gymnosperm plastomes: Insights from structural
characterization, comparative analysis, phylogenomics, and time divergence. The
Plant Genome. https://doi.org/10.1002/tpg2.20130
• Monroy Martínez, S., (2019). IDENTIFICACIÓN MORFOLÓGICA Y MOLECULAR
DE SIETE ESPECIES DEL GÉNERO Cuscuta L. DE IMPORTANCIA AGRÍCOLA Y
FORESTAL EN MÉXICO. Colpos.mx.
http://colposdigital.colpos.mx:8080/jspui/bitstream/10521/4251/1/Monroy_Martinez_
S_MC_F_Fitopatologia_2019.pdf
• Neubig, K. M., Whitten, W. M., Carlsward, B. S., et al. (2009). Phylogenetic utility of
ycf1 in orchids: a plastid gene more variable than matK. Plant Systematics and
Evolution, 277, 75–84. https://doi.org/10.1007/s00606-008-0105-0
• Universidad Computense de Madrid. (2018). Gimnospermas. UCM-Life Campus.
Recuperado 10 de noviembre de 2023, de
https://www.ucm.es/lifecampus/gimnospermas
• Sánchez Ken, J. G., & Bedolla García, B. Y. (2019). ¿De dónde vienen las
plantas? INECOL. https://inecol.mx/inecol/index.php/es/17-ciencia-hoy/1087-de-
donde-vienen-las-plantas
• Sánchez, J. (2021, 18 enero). Plantas gimnospermas: qué son, características y
ejemplos. ecologiaverde.com. Recuperado 9 de noviembre de 2023, de
https://www.ecologiaverde.com/plantas-gimnospermas-que-son-caracteristicas-y-
ejemplos-
1970.html#:~:text=Durante%20la%20reproducci%C3%B3n%20de%20las,tras%20la
%20fusi%C3%B3n%20de%20gametos.
• Seong, D., & Offner, S. (2013, 2 octubre). A phylogenetic study of conifers describes
their evolutionary relationships and reveals potential explanations for current
distribution patterns. emerginginvestigators.org. Recuperado 13 de noviembre de
2023, de https://emerginginvestigators.org/articles/a-phylogenetic-study-of-conifers-
describes-their-evolutionary-relationships-and-reveals-potential-explanations-for-
current-distribution-patterns/pdf
• Terayama, Y., Kato, H., Gómez, E., Uezato, H., Calvopiña, M., Iwata, H., et al. (2008).
Molecular typing of sand fly species (Diptera, Psychodidae, Phlebotominae) from
areas endemic for Leishmaniasis in Ecuador by PCR-RFLP of 18S ribosomal RNA
gene. Journal of Veterinary Medical Science, 70(9), 907–913.
• Wang, W., Wan, T., Becher, H., Kuderova, A., Leitch, I. J., Garcia, S., Leitch, A. R., &
Kovařík, A. (2019). Remarkable variation of ribosomal DNA organization and copy
number in gnetophytes, a distinct lineage of gymnosperms. Annals of botany, 123(5),
767–781. https://doi.org/10.1093/aob/mcy172
• Yang, Y., Ferguson, D. K., Liu, B., Mao, K.-S., Gao, L.-M., Zhang, S.-Z., Wan, T.,
Rushforth, K., & Zhang, Z.-X. (2022). Recent advances on phylogenomics of
gymnosperms and an updated classification. Plant
Diversity. https://doi.org/10.1016/j.pld.2022.05.003
• Yescas, F. R. (2020). CARACTERIZACIÓN CITOGENÉTICA Y ANÁLISIS DE
CODIGO DE BARRAS DE ADN DE Gossypium turneri. Uson.mx.
http://www.repositorioinstitucional.uson.mx/bitstream/20.500.12984/6659/1/yescasro
mokarlafabiolam.pdf
• Yuchang Cheng, Robert G Nicolson, Kim Tripp, Shu-Miaw Chaw,Phylogeny of
Taxaceae and Cephalotaxaceae Genera Inferred from Chloroplast matK Gene and
Nuclear rDNA ITS Region, Molecular Phylogenetics and Evolution,Volume 14, Issue
3,2000,Pages 353-365,ISSN 1055-7903,
https://doi.org/10.1006/mpev.1999.0710.(https://www.sciencedirect.com/science/arti
cle/pii/S1055790399907108)
• Zhang, J., Wang, L., Li, X., Chen, L., & Wang, Y. (2019). Phylogeny of cycads and
Ginkgo based onda the internal transcribed sacerdote 18S (ITS18S) region of nuclear
ribosomal DNA. Journal of Systematics and Evolution, 57(1), 52-62.