Virus

Los virus se pueden clasificar según los huéspedes que infectan, así como según la
estructura de su genoma. Así, tenemos virus bacterianos, virus de arqueas, virus
animales, virus vegetales, virus protozoarios, etc. Los virus bacterianos se llaman
bacteriófagos (o simplemente fagos para abreviar) y han sido intensamente estudiados
como sistemas modelo para la biología molecular y la genética de la replicación de
virus. En este capítulo usaremos bacteriófagos muchas veces para ilustrar los principios
virales básicos. De hecho, muchos de los principios clave de la virología se
descubrieron en estudios de bacteriófagos y posteriormente se aplicaron a virus de
organismos superiores.
Debido a su frecuente importancia médica y agrícola, los virus que causan
enfermedades han sido ampliamente estudiados. Sin embargo, no todos los virus tienen
efectos negativos en sus anfitriones y, en algunos casos, los virus incluso son
beneficiosos para sus anfitriones. Por ejemplo, cuando las plantas de Arabidopsis se
infectan con el virus de la viruela de la ciruela, la tolerancia de la planta a la sequía
aumenta debido a la producción inducida viralmente del factor de crecimiento vegetal
ácido salicílico. En el pulgón rosado de la manzana, la infección por un densovirus de
insecto produce una disminución tanto del tamaño del pulgón como del número de crías.
Sin embargo, a pesar de estos efectos negativos, la infección también provoca la
formación de alas, estructuras que no se producen en los pulgones no infectados. La
formación de alas beneficia al pulgón infectado con el virus, ya que le permite volar
hacia nuevos manzanos para alimentarse. Y finalmente, en los seres humanos, aunque el
virus de la hepatitis G rara vez causa síntomas en adultos sanos, los humanos
coinfectados tanto con el VIH (virus de inmunodeficiencia humana) como con el virus
de la hepatitis G se benefician de la infección por hepatitis G porque disminuye la tasa
de replicación y la infectividad del VIH. Dado que los virus son la entidad más
abundante en la Tierra, es probable que existan en la naturaleza muchos otros ejemplos
de interacciones positivas entre el virus y el huésped. Pero a esto se unen, por supuesto,
los innumerables efectos negativos e interacciones provocadas por una infección viral, y
se desarrollarán ejemplos de estas en muchos lugares a lo largo de este libro.

Estructura del virión

Los viriones vienen en muchas formas y tamaños. La mayoría de los virus son más
pequeños que las células procarióticas y su tamaño oscila entre 0,02 y 0,3 mm (20 a 300
nanómetros, nm). Si bien el virus de la viruela humana tiene aproximadamente el
tamaño de las células bacterianas más pequeñas conocidas (200 nm de diámetro, existen
virus gigantes. Virus como el Pandoravirus, que ha sido aislado de protozoos, pueden
rivalizar en tamaño con las células bacterianas, con más de 1 mm de longitud. El
poliovirus, uno de los virus más pequeños con sólo 28 nm de diámetro, se encuentra en
el extremo opuesto del espectro de tamaños. Este diminuto virus tiene aproximadamente
el tamaño de un ribosoma, la máquina sintetizadora de proteínas de la célula. Estructura
del virión Las estructuras de los viriones son bastante diversas y varían ampliamente en
tamaño, forma y composición química. El ácido nucleico de un virión siempre está
rodeado por su cápside. La cápside está compuesta por una serie de moléculas de
proteínas individuales llamadas capsómeros que a menudo están dispuestas en un patrón
preciso y altamente repetitivo alrededor del ácido nucleico. El pequeño tamaño de la
mayoría de los genomas virales restringe la cantidad de proteínas virales distintas que
pueden codificarse. Como consecuencia, algunos virus tienen un solo tipo de proteína
en su cápside. Un ejemplo es el bien estudiado virus del mosaico del tabaco (TMV), que
causa enfermedades en el tabaco, el tomate y las plantas relacionadas. TMV es un virus
en el que las 2130 copias de la proteína capsómera están dispuestas en una hélice con
dimensiones de 18 * 300 nm. La información necesaria para el plegamiento y
ensamblaje adecuados de las proteínas virales en capsómeras y posteriormente en
cápsides a menudo está incluida en la secuencia de aminoácidos de las propias proteínas
virales. Cuando este es el caso, el ensamblaje del virión es un proceso espontáneo y se
denomina autoensamblaje. Sin embargo, algunas proteínas y estructuras de virus
requieren la ayuda de las proteínas de plegado de la célula huésped para su plegado y
ensamblaje adecuados. Por ejemplo, la proteína de la cápsida del bacteriófago lambda
requiere la ayuda de la proteína chaperona de una célula huésped de Escherichia coli
para plegarse en su conformación activa.
Simetría de virus
Muchos viriones son estructuras altamente simétricas. Cuando una estructura simétrica
gira alrededor de un eje, se vuelve a ver la misma forma después de un cierto número de
grados de rotación. En los virus se reconocen dos tipos de simetría, que corresponden a
las dos formas virales primarias, bastoncillos y esféricos. Los virus en forma de bastón
tienen simetría helicoidal, mientras que los virus esféricos tienen simetría icosaédrica.
Un virus típico con simetría helicoidal es el TMV (Figura 5.5). La longitud de los virus
helicoidales está determinada por la longitud del ácido nucleico y la anchura del virión
helicoidal está determinada por el tamaño y el empaquetamiento de los capsómeros. Los
virus con simetría icosaédrica contienen 20 caras triangulares y 12 vértices y tienen una
forma aproximadamente esférica (Figura 5.6a). Los ejes de simetría dividen el icosaedro
en 5, 3 o 2 segmentos de idéntico tamaño y forma (Figura 5.6b). La simetría icosaédrica
es la disposición más eficiente de subunidades en una capa cerrada porque requiere la
menor cantidad de capsómeros para construir la capa. La disposición más sencilla de
capsómeros es de 3 por cara triangular, para un total de 60 capsómeros por virión. Sin
embargo, la mayoría de los virus tienen más ácido nucleico del que se puede
empaquetar en una capa hecha de 60 capsómeros, por lo que los virus con algún
múltiplo de 60 capsómeros, como 180, 240 o 360, son más comunes. La cápside del
virus del papiloma humano (Figura 5.6c), por ejemplo, consta de 360 capsómeros, con
los capsómeros dispuestos en 72 grupos de 5 cada uno (Figura 5.6d). La estructura de
algunos virus es muy compleja y el virión consta de varias partes, cada una de las cuales
muestra su propia forma y simetría. Los más complejos estructuralmente de todos los
virus son los bacteriófagos cabeza más cola, como el fago T4, que infecta a Escherichia
coli. Un virión T4 consta de una cabeza icosaédrica más una cola helicoidal (Figura
5.7). Algunos virus grandes que infectan a eucariotas, especialmente los virus gigantes
del protozoo Acanthamoeba, también son estructuralmente complejos. Muy distintos de
los bacteriófagos de cabeza y cola son Pandoravirus y Mimivirus. Pandoravirus posee
una morfología ovoide y un poro apical (Figura 5.4), mientras que Mimivirus tiene una
característica de estrella de cinco puntas llamada puerta estelar.
Virus con envoltura
Los virus con envoltura tienen una envoltura de lipoproteínas que rodea la
nucleocápside (Figura 5.2). La mayoría de los virus con envoltura (por ejemplo, el
Ébola, Figura 5.8a, b; véase también la Figura 5.21) utilizan proteínas en la superficie
exterior del virión para unirse a la membrana citoplasmática y posteriormente infectar la
célula. A diferencia de las células de humanos y otros animales, las células vegetales y
bacterianas están rodeadas por una pared celular fuera de la membrana citoplasmática y,
por lo tanto, se conocen pocos ejemplos de virus envueltos que infecten a estos
organismos. Por lo general, el virión completo ingresa a una célula animal durante la
infección y la envoltura, si está presente, ayuda en el proceso de infección fusionándose
con la membrana del huésped. Los virus envueltos también salen más fácilmente de las
células animales. A medida que salen de la célula huésped, quedan envueltos en material
de membrana citoplasmática. La envoltura viral consiste principalmente en la
membrana citoplasmática del huésped, pero algunas proteínas de la superficie viral
(Figura 5.8a, b) también quedan incrustadas en la envoltura a medida que el virus sale
de la célula. La envoltura viral es importante en la infección, ya que es el componente
del virión que hace contacto con la célula huésped. Por tanto, la especificidad de la
infección por virus envueltos y algunos aspectos de su penetración están controlados en
parte por la bioquímica de sus envolturas. Las proteínas de la envoltura específicas del
virus son críticas tanto para la unión del virión a la célula huésped durante la infección
como para la liberación del virión de la célula huésped después de la replicación.
Además de una envoltura, algunos virus poseen otras estructuras importantes para la
infección. Los gigantes Mimivirus y Tupanvirus que infectan a Acanthamoeba poseen
estructuras parecidas a pelos llamadas fibrillas en su cápside (Figura 5.9). Estas fibrillas
están hechas de un polímero similar al peptidoglicano y se cree que aumentan las tasas
de infección al atraer amebas hospedadoras que se han alimentado de células
bacterianas. También facilitan la infección las características del poro apical y la puerta
estelar de Pandoravirus y Mimivirus mencionados anteriormente (Figuras 5.4b, 5.1c y
consulte la Figura 5.19b). Estas características únicas actúan como portales que se abren
para liberar el genoma viral una vez que el virus está dentro de la célula huésped.
Los virus dentro de los viriones
Los virus no llevan a cabo procesos metabólicos y, por lo tanto, son metabólicamente
inertes. No obstante, algunos virus portan enzimas en sus viriones que desempeñan
funciones importantes en la infección. Por ejemplo, los virus que infectan bacterias y
arqueas a menudo solo insertan su genoma en su huésped. Así, algunos bacteriófagos
contienen una enzima que se asemeja a la lisozima, que se utiliza para hacer un pequeño
agujero en la capa de peptidoglicano de la célula bacteriana para permitir que el ácido
nucleico del virión entre al citoplasma del huésped. En las últimas etapas de la infección
se produce una proteína similar para lisar la célula huésped y liberar nuevos viriones.
Algunos virus animales también contienen enzimas que ayudan en su liberación del
huésped. Por ejemplo, el virus de la influenza (Figura 5.8c) tiene proteínas de envoltura
llamadas neuraminidasas que destruyen las glicoproteínas y los glicolípidos del tejido
conectivo de las células animales, liberando así los viriones. Los virus con genomas de
ARN transportan enzimas (ARN polimerasas dependientes de ARN llamadas ARN
replicasas) en su virión que funcionan para replicar y expresar el genoma de ARN viral.
Estas enzimas son necesarias porque las células huésped carecen de enzimas de
cualquier tipo que puedan producir ARN a partir de un molde de ARN. Los retrovirus,
como el VIH, son virus animales inusuales que convierten su genoma de ARN en un
intermediario de ADN. Debido a que este es otro proceso que las células huésped no
pueden realizar, los viriones retrovirales contienen enzimas llamadas transcriptasa
inversa ( ▶ Sección 11.11). Aunque veremos que la mayoría de los virus no necesitan
portar enzimas especiales en sus viriones, aquellos que sí las necesitan absolutamente
para una infección y replicación exitosas. Los genes que codifican estas enzimas
especiales son transportados por el genoma del virus y se expresan en el ciclo de
infección en el momento justo.
Cultivo, detección y recuento de virus
Las células huésped deben estar creciendo para que los virus se multipliquen en ellas;
las células muertas no pueden producir virus. Si bien no todos los virus matan a su
célula huésped, esta sección se centra en los bacteriófagos líticos porque el cultivo y la
detección de estos virus son más fáciles de describir y visualizar. Para cultivar un
bacteriófago como el T4 de Escherichia coli, se inoculan cultivos puros de la bacteria
huésped en medio líquido o se esparcen como “césped” sobre la superficie de placas de
agar y luego se inoculan con una suspensión de virus. Por el contrario, los virus
animales y vegetales se cultivan en cultivos de tejidos. Para los virus animales, las
células se obtienen de un órgano animal y se cultivan en recipientes de vidrio o plástico
estériles que contienen un medio de cultivo apropiado (ver Figura 5.11). Los medios de
cultivo de tejidos animales suelen ser muy complejos y contienen una amplia variedad
de nutrientes, incluido suero sanguíneo y otras sustancias altamente nutritivas para
alimentar las células animales, así como agentes antimicrobianos para prevenir la
contaminación bacteriana. Para los cultivos de tejidos vegetales, a menudo se utiliza un
sistema basado en raíces peludas para propagar fácilmente los virus, ya que las raíces
infectadas pueden crecer en un medio líquido.
Detección y recuento de virus
Ensayo de placa Se puede cuantificar una suspensión viral para estimar el número de
viriones infecciosos presentes por volumen de líquido, cantidad denominada título. Por
lo general, esto se hace mediante un ensayo de placa. Cuando un virus lítico infecta
células huésped que crecen sobre una superficie plana, se forma una zona de lisis celular
llamada placa que aparece como un área clara en el césped de las células huésped
(Figura 5.10). Con los bacteriófagos, se pueden obtener placas cuando los viriones se
mezclan en un pequeño volumen de agar fundido que contiene bacterias huésped y se
extiende sobre la superficie de un medio de agar (Figura 5.10a). Durante la incubación,
las bacterias crecen y forman una capa turbia (césped) visible a simple vista. Sin
embargo, dondequiera que se haya producido una infección viral exitosa, las células se
lisan y forman una placa (Figura 5.10b). Contando el número de placas, se puede
calcular el título de la muestra de virus. El título generalmente se expresa como el
número de "unidades formadoras de placa" por mililitro en lugar de un número viral
absoluto debido a las variaciones en la eficiencia de la siembra, que se describirán a
continuación. Sin embargo, al considerar el ensayo de placa como método, se debe tener
en cuenta que la cuantificación de virus mediante la obtención de su título es análoga al
recuento de colonias bacterianas que se han formado en la superficie de una placa de
agar al esparcir una suspensión de células bacterianas ("métodos de recuento en placa").
”. Para replicar los virus animales que matan a su célula huésped, se cultiva un cultivo
de tejido y se superpone una suspensión de virus diluido. En cuanto a los virus
bacterianos, las placas se revelan como zonas limpias en la capa de células del cultivo
de tejidos y, a partir del número de placas producidas, se puede hacer una estimación del
título del virus animal (Figura 5.11). El título viral es mucho más difícil de determinar
en las plantas, ya que no se forman placas en el cultivo de tejidos vegetales. En lugar de
ello, los virus deben purificarse a partir del tejido vegetal y enumerarse
microscópicamente o mediante métodos serológicos o moleculares que se dirijan
específicamente a las proteínas virales.
Eficiencia de la siembra en placas en estimaciones de títulos virales
El concepto de eficiencia de la siembra en placas es importante en virología
cuantitativa para todos los tipos de virus. En cualquier preparación viral determinada, el
número de unidades formadoras de placas es siempre menor que el recuento real de
partículas virales realizadas microscópicamente (usando un microscopio electrónico).
Esto se debe a que la eficiencia con la que los viriones infectan las células huésped rara
vez es del 100% y, a menudo, puede ser considerablemente menor. Los viriones que no
logran infectar pueden haberse ensamblado de manera incompleta durante el proceso de
maduración, pueden contener genomas defectuosos o pueden haber sufrido una
mutación espontánea que les impide unirse o replicarse adecuadamente.
Alternativamente, una baja eficiencia del cultivo en placas puede significar que las
condiciones de crecimiento viral no fueron óptimas, que la viabilidad del huésped fue
baja o que algunos viriones resultaron dañados por las condiciones de manipulación o
almacenamiento. Aunque la eficiencia de siembra de virus bacterianos a menudo puede
ser superior al 50%, en el caso de muchos virus animales puede ser mucho menor, 0,1%
o 1%. El conocimiento de la eficiencia de las placas es útil en el cultivo de virus porque
permite al investigador estimar cuál debe ser el título para producir una determinada
cantidad de placas. Si el título es extremadamente bajo, es posible que sea necesario
concentrar la suspensión viral mediante centrifugación o filtración antes de usarla para
infectar células huésped. Esto es especialmente cierto en el caso de los virus animales,
ya que los costos de cultivar y mantener cultivos de tejidos pueden ser significativos.
Ciclo de replicación viral
Para que un virus se replique, debe inducir a una célula huésped viva a sintetizar todos
los componentes esenciales necesarios para producir nuevos viriones. Debido a estos
requisitos biosintéticos y energéticos, las células huésped muertas no pueden replicar los
virus. Durante una infección viral activa, los componentes virales se ensamblan en
nuevos viriones que se liberan de la célula. Aunque los pasos de replicación son
similares en la mayoría de los virus, una diferencia importante entre la infección viral de
una célula procariótica y la infección viral de una célula eucariota rodea el paso inicial
de la infección. En las células de Bacteria y de aquellas Archaea en las que se ha
estudiado el proceso de infección, sólo el ácido nucleico viral ingresa a la célula
huésped. Por el contrario, en las células vegetales y animales se absorbe todo el virión.
Pasos en el ciclo de replicación
Se dice que una célula que soporta el ciclo de replicación completo de un virus es
permisiva para ese virus. En un huésped permisivo, el ciclo de replicación viral se puede
dividir en cinco pasos:
1. Unión (adsorción) del virión a la célula huésped
2. Penetración (entrada, inyección) del ácido nucleico del virión en la célula huésped
3. Síntesis de ácido nucleico y proteína del virus por la maquinaria de la célula huésped
redirigida por el virus
4. Ensamblaje de cápsides y empaquetado de genomas virales en nuevos viriones
5. Liberación de nuevos viriones de la célula
La respuesta de crecimiento durante la replicación del virus se ilustra gráficamente en
Figura 5.13. La respuesta toma la forma de una curva de crecimiento de un paso,
llamada así porque el transcurso del tiempo del número de viriones en el medio de
cultivo no muestra esencialmente ningún aumento durante el ciclo de replicación hasta
que las células estallan y liberan sus viriones recién sintetizados. En los primeros
minutos después de la infección, el virus entra en la fase de eclipse, durante la cual el
genoma viral y las proteínas se replicarán y producirán, respectivamente. Una vez
adherido a una célula huésped permisiva, un virión ya no está disponible para infectar
otra célula. A esto le sigue la entrada del ácido nucleico viral en la célula huésped
(Figura 5.12). Si la célula infectada se abre en este punto, el virión ya no existe como
entidad infecciosa ya que el genoma viral ya no está dentro de su cápside. La fase de
maduración (Figura 5.13) comienza cuando los genomas virales recién sintetizados se
empaquetan dentro de sus cápsides. Durante la fase de maduración, la cantidad de
viriones infecciosos dentro de la célula huésped aumenta dramáticamente. Sin embargo,
los nuevos viriones aún no pueden detectarse en un ensayo de placa a menos que las
células se lisan artificialmente para liberarlas. Debido a que los viriones recién
ensamblados aún no están presentes fuera de la célula, el eclipse y los períodos de
maduración temprana juntos comprenden el período latente de la infección viral (Figura
5.13). Al final de la maduración, los viriones maduros se liberan, ya sea como resultado
de la lisis celular o por gemación o excreción, según el virus. El número de viriones
liberados por célula, llamado tamaño de ráfaga, varía según el virus en particular y la
célula huésped en particular, y puede oscilar entre unos pocos y unos pocos miles. La
duración del ciclo de replicación del virus también varía, desde 20 a 60 min (en muchos
virus bacterianos) hasta 8 a 40 h (en la mayoría de los virus animales).
Bacteriófago T4: Un virus lítico Modelo
Gran parte de nuestro conocimiento sobre la replicación del virus lítico proviene del
estudio de los bacteriófagos que infectan a Escherichia coli. Aquí nos centramos en uno,
el bacteriófago T4 (Figura 5.7), como nuestro modelo para revisar con más detalle las
etapas individuales del ciclo de vida del virus lítico. El estudio del bacteriófago T4 ha
contribuido a muchos de los paradigmas de la genética y la biología molecular
modernas, como la estructura genética, la naturaleza del código genético y el
descubrimiento del ARNm (Capítulo 6).
Unión y entrada del bacteriófago T4
Los primeros pasos en el ciclo de vida de cualquier bacteriófago son la unión a la
superficie de su célula huésped seguida de la penetración de las capas externas de la
célula huésped y la entrada del genoma viral en la célula (Figura 5.12). . Un factor
importante en la especificidad del huésped de un virus es la adhesión. El propio virión
tiene una o más proteínas en su superficie externa que interactúan con componentes
específicos llamados receptores en la superficie de la célula huésped. En ausencia de su
receptor específico, el virus no puede adherirse a la célula y, por tanto, no puede
infectar. Además, si el receptor se altera, por ejemplo por mutación, el huésped puede
volverse resistente a la infección viral. Por tanto, el rango de huéspedes de un virus
determinado está determinado en gran medida por la presencia de un receptor adecuado
que el virus pueda reconocer y al que pueda unirse. Los receptores virales son
componentes de la superficie del huésped, como proteínas, carbohidratos,
glicoproteínas, lípidos o lipoproteínas, o estructuras celulares formadas a partir de estas
macromoléculas (Figura 5.14). Los receptores realizan funciones normales para la
célula; por ejemplo, el receptor del fago T1 es una proteína captadora de hierro (figura
5.14) y el del bacteriófago lambda funciona en la captación de maltosa. Los
carbohidratos específicos de la membrana externa del lipopolisacárido (LPS) de
Escherichia coli son los receptores reconocidos por el bacteriófago T4 (Figura 5.14).
Los apéndices que se proyectan desde la superficie celular, como los flagelos y los pili,
también son receptores comunes de los virus bacterianos. Los virus icosaédricos
pequeños a menudo se unen al costado de estas estructu ras, mientras que los
bacteriófagos filamentosos generalmente se unen en la punta, como en el pilus.
Penetración
La unión de un virus a su célula huésped provoca cambios tanto en el virus como en la
superficie de la célula huésped que resultan en la penetración. Los bacteriófagos
abandonan su cápside fuera de la célula y sólo el genoma viral llega al citoplasma. Sin
embargo, la entrada del genoma viral en una célula huésped sólo da como resultado la
replicación del virus si se puede leer el genoma viral. En consecuencia, para la
replicación de algunos virus, por ejemplo los virus de ARN, proteínas virales específicas
deben ingresar a la célula huésped junto con el genoma viral (Sección 5.2). Los
mecanismos de penetración viral más complejos pertenecen a los bacteriófagos con
cola. El bacteriófago T4 consta de una cabeza icosaédrica, dentro de la cual se pliega el
ADN bicatenario lineal del virus, y una cola larga y compleja, que termina en una serie
de fibras y pasadores de la cola que entran en contacto con la superficie celular (Figura
5.7). Los viriones del fago T4 se unen primero a las células de Escherichia coli
utilizando las fibras de su cola (Figura 5.15). Los extremos de las fibras de la cola
interactúan específicamente con los polisacáridos en la capa de LPS de la célula y luego
las fibras de la cola se retraen, permitiendo que la cola entre en contacto con la pared
celular a través de las clavijas de la cola. La actividad de la lisozima T4 forma entonces
un pequeño poro en la capa de peptidoglicano y la vaina de la cola se contrae. Cuando
esto ocurre, el genoma T4 ingresa al citoplasma de la célula a través de un tubo de cola
de una manera parecida a la inyección con una jeringa. Por el contrario, la cápside T4
permanece fuera de la célula (Figura 5.15). El ADN dentro de las cabezas de los
bacteriófagos está bajo alta presión y, debido a que el interior de una célula bacteriana
también está bajo presión de fuerzas osmóticas, el proceso de inyección de ADN del
fago tarda varios minutos en completarse. Una vez que un bacteriófago inyecta su
genoma en una célula huésped, no está absolutamente asegurada una infección
productiva. Aunque carecen del sistema inmunológico de los animales (Capítulos 26 y
27), Bacteria y Archaea poseen varias armas para protegerse contra el ataque viral. Los
módulos de toxina-antitoxina (▶ Sección 8.12) y un sistema antiviral llamado CRISPR
(▶ Sección 9.12) son dos de estos mecanismos. Además, las bacterias y arqueas pueden
destruir el ADN viral de doble cadena mediante la actividad de endonucleasas de
restricción, enzimas que escinden el ADN extraño en sitios específicos (▶ Sección
12.2). Aunque los sistemas de restricción del huésped confieren una protección
significativa contra el ataque viral, algunos virus de ADN han superado la restricción
del huésped modificando su propia apariencia en la célula. Las primeras proteínas
incluyen enzimas para la producción de copias del genoma T4 y proteínas que
modifican las enzimas del huésped para expresar genes virales. Esta toma viral de la
célula huésped da como resultado la replicación del genoma T4 de 170 kilobases dentro
de los 4 minutos posteriores a la infección (guardamos los detalles de la replicación del
genoma T4 para el Capítulo 11). Por el contrario, las proteínas medias y tardías incluyen
proteínas adicionales que modifican las enzimas del huésped y las proteínas
estructurales y de liberación del virión. Estos incluyen, en particular, proteínas de la
cabeza y la cola del virus y las enzimas necesarias para liberar nuevos viriones de la
célula (Figura 5.16). Una vez que se producen las proteínas de la cabeza viral, el
genoma de ADN del bacteriófago T4 se bombea a la fuerza hacia una cápside
preensamblada utilizando un motor de empaquetamiento vinculado a energía. Los
componentes motores están codificados por genes virales, pero se necesita el
metabolismo de la célula huésped para producir las proteínas y suministrar el ATP
necesario para el proceso de bombeo. El proceso de envasado se puede dividir en tres
etapas (Figura 5.17a). Primero, los precursores de la cabeza del bacteriófago llamados
procabezas se ensamblan pero permanecen vacíos de ADN. Las proheads contienen
"proteínas de andamiaje" temporales, así como proteínas estructurales de la cabeza. En
segundo lugar, se ensambla un motor de embalaje en la abertura del prohead (Figura
5.17b). Luego, el genoma del ADN T4 se bombea hacia la procabeza bajo presión
utilizando ATP como fuerza impulsora. La procabeza se expande cuando la presuriza el
ADN entrante y las proteínas de soporte se descartan simultáneamente. En tercer lugar,
se desecha el motor de embalaje y se sella la cabeza de la cápside. Después de llenar la
cabeza, se agregan la cola T4, las fibras de la cola y los demás componentes del virión,
principalmente mediante reacciones espontáneas o autoensamblaje (Figura 5.16). El
genoma del fago codifica un par de enzimas muy tardías que se combinan para romper
las dos barreras principales para la liberación del virión: la membrana citoplasmática del
huésped y la capa de peptidoglicano. Una vez que estas estructuras se ven
comprometidas, la célula se abre mediante lisis osmótica y se liberan los viriones recién
sintetizados. Después de cada ciclo de replicación, que dura sólo unos 25 minutos
(Figura 5.16), se liberan más de 100 nuevos viriones de cada célula huésped (el tamaño
de la ráfaga), y ahora quedan libres para infectar las células huésped vecinas.
Bacteriófagos templados y lisogenia
 El bacteriófago T4 es un virus virulento y una vez que comienza la infección, procede a
matar a su huésped mediante lisis. Sin embargo, algunos virus bacterianos de ADN
bicatenario, aunque son capaces de desarrollar un ciclo virulento, también pueden
infectar a su huésped y establecer una relación estable a largo plazo. Un virus así se
llama virus templado. Los virus templados pueden entrar en un estado llamado
lisogenia. En este estado se producen muy pocas proteínas virales; en cambio, el
genoma del virus se replica en sincronía con el cromosoma del huésped y se transmite a
las células hijas durante la división celular. Por tanto, una célula que alberga un virus
templado se denomina lisógeno. Si bien el crecimiento de un lisógeno está controlado
por su entorno local y su perfil nutricional, el estado lisogénico puede conferir nuevas
propiedades genéticas, una condición llamada conversión lisogénica. Veremos varios
ejemplos en capítulos posteriores de bacterias patógenas cuya virulencia (capacidad de
causar enfermedades) está relacionada, al menos en parte, con un bacteriófago
lisogénico. Dos bacteriófagos templados bien caracterizados son lambda y P1. El ciclo
de vida de un bacteriófago templado se muestra en la Figura 5.18. Durante la lisogenia,
el genoma del virus templado suele integrarse en el cromosoma bacteriano. El ADN
viral, ahora llamado profago, se replica junto con la célula huésped siempre que se
repriman los genes que activan la vía virulenta del fago. El mantenimiento del estado
lisogénico se debe a una proteína represora codificada por fagos. Normalmente, este
represor se mantiene en un nivel bajo en la célula huésped. Sin embargo, si el fago
represor se inactiva o si se impide de alguna manera su síntesis, se puede inducir al
profago a pasar a la etapa lítica. Este proceso se llama inducción. Cuando ocurre la
inducción, el ADN viral se escinde y las proteínas tempranas, medias y tardías del fago
se producen de manera similar al proceso descrito para el fago T4 (Sección 5.5 y Figura
5.16). Luego se producen nuevos viriones y se lisa la célula huésped (Figura 5.18).
Diversas condiciones de estrés celular, especialmente el daño al ADN de la célula
huésped, pueden inducir a un profago a entrar en la vía lítica. En contraste con este
proceso, la “decisión” viral de proceder a la lisogenia o a la vía lítica tras la infección
viral inicial es otra cuestión completamente distinta y ha sido particularmente bien
estudiada en el bacteriófago lambda.
Infección viral de células animales
Si bien existe una gran cantidad de virus animales (Capítulo 11), la mayoría de los virus
animales que se han estudiado en detalle son aquellos que pueden replicarse en cultivos
celulares (Sección 5.3 y Figura 5.11). Para iniciar la infección, los virus animales
también se unen a receptores específicos de la célula huésped. Estos receptores de virus
suelen ser proteínas de la superficie de las células animales que se utilizan en el
contacto entre células o que funcionan en el sistema inmunológico. Por ejemplo, los
receptores del poliovirus y del VIH (el virus que causa el SIDA) se utilizan
normalmente en la comunicación intercelular entre células humanas. En los organismos
multicelulares, las células de diferentes tejidos u órganos a menudo expresan diferentes
proteínas en sus superficies celulares. En consecuencia, los virus que infectan a los
animales a menudo infectan sólo determinados tejidos. Por ejemplo, los virus que
causan el resfriado común infectan sólo las células del tracto respiratorio superior. Una
vez que un virus animal se une a un receptor, su entrada en una célula huésped
generalmente ocurre por fusión con la membrana citoplasmática o por endocitosis
(Figura 5.20). Después de ingresar a la célula, los virus animales eventualmente deben
perder su cubierta exterior para entregar sus genomas al citosol. Algunos virus animales
envueltos no están recubiertos en la membrana citoplasmática del huésped, lo que libera
la nucleocápside en el citoplasma, mientras que los virus animales desnudos y envueltos
que ingresan por endocitosis no están recubiertos en el citoplasma del huésped. Si el
genoma viral es ADN, el genoma pasa a través de la membrana nuclear hasta el núcleo
para su replicación. Por el contrario, los genomas de la mayoría de los virus basados en
ARN se replican o convierten en ADN mediante enzimas virales dentro de la
nucleocápside. En el capítulo 11 nos centraremos en el modo único de replicación de los
retrovirus, una clase especial de virus animales de ARN muy inusuales con importantes
implicaciones médicas.
Ensamblaje del virión animal y resultados de la infección
El ensamblaje del virión y la morfogénesis ocurren una vez que la maquinaria del
huésped ha producido las nucleocápsides virales. Una vez empaquetadas las copias del
genoma viral dentro de su capa exterior, es necesario envolver muchos virus animales.
Esto suele ocurrir cuando el virión sale de la célula animal mediante lisis celular o un
proceso llamado gemación (Figura 5.21). Durante este proceso, el virus puede recoger
parte de la membrana citoplasmática de la célula cuando sale de la célula y utilizarla
como parte de la envoltura viral. A diferencia de una infección por bacteriófagos, en la
que uno de sólo dos resultados (lisis o lisogenia) es posible dependiendo del virus, en
una infección por virus animal son posibles otros eventos. Si un virus animal
inicialmente evade el sistema inmunológico, los virus animales pueden catalizar al
menos cuatro resultados diferentes (Figura 5.22). Una infección virulenta (o infección
lítica) provoca la lisis de la célula huésped; este es el resultado más común. Por el
contrario, en una infección latente, el ADN viral existe en el genoma del huésped como
un provirus a partir de un proceso similar al descrito para la lisogenia (Sección 5.6) y no
se producen viriones; esto deja a la célula huésped ilesa a menos y hasta que un evento
desencadene la vía virulenta. En el caso de algunos virus animales con envoltura, la
liberación de viriones puede ser lenta y es posible que la célula huésped no se lisa (y,
por tanto, no se mate); en cambio, la célula huésped continúa creciendo y produciendo
más viriones. Estas infecciones se denominan infecciones persistentes. Finalmente,
ciertos virus animales pueden convertir una célula normal en una célula tumoral, un
proceso llamado transformación (Figura 5.22). Algunos virus del cáncer humano son
capaces de realizar dicha actividad, aunque la gran mayoría de los cánceres no son de
origen viral.
Infección viral de células vegetales
Los virus vegetales comparten muchos rasgos con los virus animales; por ejemplo, la
mayoría tiene genomas de ARN, el virión completo ingresa a la célula huésped y se
forman fábricas virales en las células infectadas (Figura 5.19). Sin embargo, tres
diferencias principales entre los virus animales y vegetales son que (1) muchos virus
vegetales tienen una amplia gama de huéspedes (Tabla 5.1), y virus como el virus del
mosaico del pepino pueden infectar más de 1200 especies de plantas; (2) la mayoría de
los virus vegetales no están envueltos; y (3) la transmisión de virus vegetales a las
células huésped ocurre de una manera diferente debido tanto a la inmovilidad de las
plantas como a la rigidez de la pared celular, una estructura que está ausente en las
células animales. Mientras que los virus animales suelen entrar en las células huésped
mediante endocitosis, las células vegetales contienen una pared celular protectora que
impide dicha entrada. Por lo tanto, los virus ingresan a nuevas plantas hospedadoras a
través de heridas en el tejido vegetal o mediante la penetración de la pared celular de la
planta por insectos, nematodos u hongos. De hecho, muchos virus de plantas pueden
adherirse a las piezas bucales de las plagas de las plantas o incluso propagarse en las
entrañas de dichas plagas. Las plagas que pueden transferir virus a otros tipos de células
huésped se denominan vectores. Una vez que el virión ha entrado exitosamente en una
célula vegetal, se retira la cápside, el genoma se replica en el núcleo o fábrica viral y se
ensamblan nuevos viriones (Figura 5.23). Para que se produzca la infección de otras
células dentro de la planta, el genoma viral a menudo codifica proteínas de movimiento
especiales que ayudan a los virus a viajar a través de pequeños canales, llamados
plasmodesmos, que conectan las células vegetales. Este movimiento puede hacer que
los virus entren en el sistema vascular e infecten toda la planta (Figura 5.23). Los
vectores que se alimentan de esta planta infectada pueden luego transferir el virus a
plantas sanas, repitiendo el ciclo de infección y causando daños generalizados a los
cultivos. Como lo ejemplifican los virus que hemos considerado en este capítulo, los
virus son microbios realmente fascinantes. Por un lado, la multiplicación de cualquier
virus depende completamente del crecimiento y las actividades de su célula huésped;
por otro lado, los virus pueden controlar el crecimiento, las propiedades genéticas y la
propia supervivencia de sus huéspedes. Revisamos los virus en el Capítulo 11
centrándonos en la genómica viral como criterio mediante el cual revelamos la enorme
diversidad genética de estos importantes microbios. Aunque nuestra discusión sobre los
virus en este capítulo ha cubierto algunas de sus características notables, sólo hemos
arañado la superficie.
Genomas virales y clasificación

Los virus rompen varias de las reglas moleculares que gobiernan las células, pero quizás
la mayor de ellas esté en la naturaleza de sus genomas. En algunos genomas virales, el
ADN (el modelo genético de las células) se reemplaza por ARN y la doble hélice se
reemplaza por una sola hebra de ácido nucleico. En el capítulo 5 aprendimos que los
virus tienen genomas de ADN o ARN que pueden ser monocatenarios o bicatenarios.
Por tanto, en comparación con las células, los genomas virales pueden crear algunos
desafíos inusuales para el flujo de información genética. En este capítulo, analizamos
más detalladamente la biología viral. Comenzamos agrupando los virus por su
estructura genómica en lugar de por los huéspedes que infectan, porque los virus con la
misma estructura genómica enfrentan problemas comunes en el flujo de información
genética. Luego consideramos qué virus infectan células en cada uno de los dominios de
la vida y concluimos con una discusión sobre agentes infecciosos que no son ni células
ni virus.
Tamaño y estructura de los genomas virales
Los genomas virales varían casi mil veces en tamaño, desde el más pequeño al más
grande, y suelen ser más pequeños que los de las células. Los virus de ADN existen a lo
largo de todo este gradiente del diminuto circovirus, cuyo genoma monocatenario de
1,75 kilobases, que contiene tres genes, palidece en comparación con el genoma de
ADN bicatenario de 2,5 megabases del Pandoravirus, que contiene 2500 genes (Figura
11.1). El genoma de este último es más del doble que el del virus más grande conocido
anteriormente (Mimivirus, ver Figura 11.5a) y es más grande que los genomas de varias
especies de Bacteria y Archaea (◀ Tabla 10.1). El pandoravirus infecta a ciertas amebas
marinas y, con unas dimensiones de virión de 1 mm * 0,5 mm, también es más grande
que algunas células bacterianas (Figura 11.1). Los genomas de los virus de ARN, ya
sean monocatenarios o bicatenarios, suelen ser más pequeños que los de los virus de
ADN y contienen entre 2 y 40 genes. Aunque algunos genomas virales son más grandes
que los de algunas células procarióticas, los genomas de bacterias y arqueas suelen ser
mucho más grandes que los de los virus (figura 11.1), y los genomas de los eucariotas
son los más grandes de todos. Los viroides, ARN infecciosos desnudos que causan
ciertas enfermedades de las plantas (Sección 11.12), tienen los genomas más pequeños
de todos los microbios (Figura 11.1). Ya sea que un genoma viral sea grande o pequeño,
una vez que un virus ha infectado a su huésped, debe ocurrir la transcripción de los
genes virales y deben realizarse nuevas copias del genoma viral. Sólo más tarde, una
vez que las proteínas virales comienzan a aparecer a partir de la traducción del ARNm
viral, puede comenzar el ensamblaje viral. Para ciertos virus de ARN, el genoma es
también el ARNm. Sin embargo, para la mayoría de los virus, el ARNm viral primero
debe producirse mediante la transcripción del genoma de ADN o ARN, y ahora
consideraremos las variaciones sobre cómo ocurre esto.
El esquema de Baltimore: virus de ADN
El virólogo estadounidense David Baltimore, que compartió con el estadounidense
Howard Temin y el italoamericano Renato Dulbecco el Premio Nobel de Fisiología o
Medicina en 1975 por el descubrimiento de los retrovirus y su enzima clave, la
transcriptasa inversa, desarrolló un esquema de clasificación para virus. El esquema se
basa en la relación del genoma viral con su ARNm y reconoce siete clases de virus; tres
clases tienen genomas de ADN y cuatro tienen genomas de ARN (Figura 11.2). Por
convención en virología, siempre se considera que el ARNm viral tiene la configuración
más (+). Por tanto, para comprender la biología molecular de una clase particular de
virus, es necesario conocer la naturaleza del genoma viral y los pasos necesarios para
producir (+) ARNm a partir de él (Figura 11.2). Los virus de ADN de doble cadena
pertenecen a la clase I de Baltimore. El mecanismo de producción de ARNm y
replicación del genoma de los virus de clase I es el mismo que utilizan las células
(Capítulo 6). Un virus que contiene un genoma monocatenario puede ser un virus de
cadena positiva (también llamado virus de cadena positiva) o un virus de cadena
negativa (también llamado virus de cadena negativa). Los virus de clase II contienen
genomas de ADN monocatenario de cadena larga. La transcripción de tal genoma
produciría ARNm (-) y, por lo tanto, antes de que se pueda producir ARNm (+) a partir
de virus de clase II, primero se debe crear una cadena de ADN complementaria para
formar un intermediario de ADN bicatenario; esto se llama forma replicativa. Este
último se utiliza para producir ARNm (+) y, como fuente de nuevas copias del genoma,
la cadena positiva se convierte en el genoma, mientras que la cadena negativa se
descarta (Figura 11.2). Con sólo una excepción conocida, todos los virus de ADN
monocatenario son virus de cadena positiva.
El esquema de Baltimore: virus de ARN
La producción de ARNm y la replicación del genoma obviamente serán diferentes para
los virus de ARN que para los virus de ADN. Las ARN polimerasas celulares no
catalizan la formación de ARN a partir de una plantilla de ARN, sino que requieren una
plantilla de ADN. Por lo tanto, dependiendo del virus, los virus de ARN deben llevar en
sus viriones o codificar en sus genomas una ARN polimerasa dependiente de ARN
llamada ARN replicasa. Las ARN replicasas replican el genoma del ARN viral y
producen ARNm específico del virus. En los virus de ARN de cadena positiva (clase
IV), el genoma también es ARNm. Pero para los virus de ARN de cadena negativa
(clase V), la ARN replicasa debe sintetizar una cadena positiva de ARN a partir del
molde de cadena negativa, y la cadena positiva luego se utiliza como ARNm. La cadena
positiva también se utiliza como plantilla para generar más genomas de cadenas
negativas (Figura 11.2). Los virus de ARN de clase III enfrentan un problema similar,
pero comienzan con ARN de doble cadena (+ > -) en lugar de solo una cadena positiva o
negativa. Los retrovirus son virus animales cuyos genomas consisten en ARN
monocatenario de configuración plus pero se replican a través de un intermediario de
ADN bicatenario (clase VI). El proceso de copiar la información encontrada en el ARN
al ADN se llama transcripción inversa y está catalizada por una enzima llamada
transcriptasa inversa. El virus de la inmunodeficiencia humana (VIH, el agente causante
del SIDA) es un retrovirus. Finalmente, los virus de clase VII son aquellos virus muy
inusuales (el virus de la hepatitis B humana es un ejemplo) cuyos genomas consisten en
ADN bicatenario pero que se replican a través de un intermediario de ARN. Como
veremos más adelante, estos virus también utilizan la transcriptasa inversa.
Huéspedes de virus de cada clase de Baltimore
Sólo se sabe que algunas de las clases de virus de Baltimore infectan células de un
dominio filogenético particular. Por ejemplo, sólo se conocen dos clases en Archaea y
sólo cuatro en Bacteria; sólo en animales encontramos ejemplos de las siete clases de
virus de Baltimore (Figura 11.3a). En la figura 11.3b se muestran a escala ejemplos de
virus de cada una de las clases de Baltimore. Los virus de ADN bicatenario (clase I) son
los principales virus que infectan a las células procarióticas, mientras que los virus de
ARN monocatenario de sentido positivo (clase IV) son los principales depredadores
virales de las células eucariotas (figura 11.3a). Hasta donde se sabe, los hongos sólo son
infectados por virus ARN de clases III y IV, mientras que la gran mayoría de los virus
de clase I que infectan a eucariotas se replican en huéspedes animales en lugar de
plantas. Por el contrario, las plantas sirven como hospedantes de muchos más virus de
clase II que los animales, mientras que prácticamente todos los virus de clase V (virus
con un genoma monocatenario de sentido negativo) infectan a animales en lugar de
plantas. Y, por último, los retrovirus (clase VI) se conocen sólo en huéspedes animales,
mientras que los virus de clase VII, que al igual que los retrovirus dependen de la
transcriptasa inversa para replicar su genoma, son mucho más comunes en plantas que
en animales (figura 11.3a). Aunque las razones por las que diferentes clases genómicas
de virus muestran preferencias de huésped específicas no están claras, el hecho de que
Bacteria y Archaea sean huéspedes sólo de un grupo relativamente pequeño de virus
sugiere que algunas clases virales pueden haber evolucionado más tarde en el curso de
la evolución cuando los virus eucariotas más complejos. Los huéspedes estaban
disponibles para la infección. Sin embargo, los análisis computacionales (que se
analizarán en el capítulo 13) sugieren que esta hipótesis puede ser incorrecta, ya que la
mayoría de los grupos virales, especialmente los virus de ARN, parecen tener un origen
antiguo.
Síntesis de proteínas virales
Durante el curso de la replicación viral, una vez que se produce el ARNm (+) (Figura
11.2), se pueden sintetizar proteínas virales. En todos los virus, estas proteínas se
pueden agrupar en dos categorías amplias: (1) proteínas sintetizadas poco después de la
infección, llamadas proteínas tempranas, y (2) proteínas sintetizadas más tarde en la
infección, llamadas proteínas tardías. Tanto el momento como la cantidad de síntesis de
proteínas virales están altamente regulados. Las primeras proteínas suelen ser enzimas
y, por tanto, se sintetizan en cantidades relativamente pequeñas. Estos incluyen no sólo
polimerasas de ácidos nucleicos sino también proteínas que funcionan para detener la
transcripción y traducción de la célula huésped. Por el contrario, las proteínas tardías
suelen ser componentes estructurales del virión y otras proteínas que no son necesarias
hasta que comienza el ensamblaje del virión, y se producen en cantidades mucho
mayores (◀ Sección 5.5). La infección viral altera los mecanismos reguladores del
huésped porque hay una marcada sobreproducción de ácido nucleico y proteínas virales
en la célula infectada. Finalmente, cuando se han sintetizado las proporciones adecuadas
de copias del genoma viral y componentes estructurales del virión, se ensamblan nuevos
viriones (normalmente de forma espontánea) y salen de la célula huésped ya sea
lisándola y matándola o mediante procesos de gemación o secreción en los que la célula
huésped puede permanecer vivo.
Taxonomía viral
Al igual que los microorganismos, los virus se pueden caracterizar utilizando un
enfoque polifásico que incluye análisis o taxonomía fenotípica, genotípica y filogenética
( ▶ Sección 13.12). Dentro de la taxonomía viral existen órdenes, familias, subfamilias,
géneros y especies. El Comité Internacional de Taxonomía de Virus o ICTV está
compuesto por virólogos que supervisan la clasificación y denominación de los virus
(http://ictv.global). ICTV utiliza una combinación de rango de huéspedes, morfología
estructural, ciclo de replicación, secuencia de ácidos nucleicos y patogenicidad para
clasificar los virus. ICTV coloca los virus de la rabia y la influenza de clase V de
Baltimore mencionados anteriormente en los órdenes Mononegavirales y
Articulavirales, respectivamente. Otro ejemplo de la utilidad de la taxonomía viral es la
clasificación de los virus de arqueas. Si bien se ha descrito que sólo dos clases de virus
de Baltimore infectan Archaea (clases I y II; Figura 11.3a), la diversidad genómica y
morfológica de estos virus (Sección 11.5) los ubica en 17 familias diferentes dentro de
órdenes no clasificados. La figura 11.4 ilustra la distribución de siete órdenes
principales de virus cultivados entre los tres dominios de la vida. Si bien el número de
bacteriófagos aislados supera al de los virus de arqueas por un factor de
aproximadamente 20 (Figura 11.3a), el 90% de los bacteriófagos pertenecen al orden
Caudovirales. Los miembros de Caudovirales son los bacteriófagos con cola con
genomas de ADN de doble hebra (Figura 11.3b y Sección 11.4). En contraste, sólo el
13% de los virus de arqueas cultivados pertenecen a este orden y más del 60% de los
virus de arqueas pertenecen a órdenes no clasificados (Figura 11.4). El elevado número
de virus de arqueas no clasificados se debe a la diversa morfología que muestran
aquellos en cultivo (Sección 11.5). La clasificación de los virus eucariotas comparte el
mismo problema de diversidad, ya que la mayoría de los virus comprenden órdenes no
clasificados.

Filogenia viral
Las relaciones evolutivas (filogenia, Capítulo 13) entre los virus pueden ser difíciles de
mapear porque no poseen las moléculas de ARN ribosomal utilizadas para formar
árboles filogenéticos de células (◀ Sección 1.15). Los virus también poseen altas tasas
de mutación, especialmente aquellos con genomas de ARN, en comparación con las
células. Para determinar las relaciones filogenéticas entre virus, se han comparado las
secuencias de proteínas conservadas junto con algunas características estructurales. Sin
embargo, sólo en unos pocos grupos de virus ha sido posible rastrear filogenias de
manera confiable y, en estos casos, los árboles se han ensamblado a partir de secuencias
de un grupo de genes o proteínas compartidas en común entre el grupo. Un ejemplo de
ello es el Mimivirus y sus parientes, uno de los virus más grandes conocidos (Figura
11.5; Capítulo 5). Las cápsides de mimivirus son multicapa y icosaédricas. El virión
está rodeado de púas y tiene casi 0,75 mm de diámetro (Figura 11.5a), más grande que
algunas células procarióticas. El mimivirus contiene un genoma de ADN bicatenario de
1,2 megabases. El mimivirus infecta al protozoo Acanthamoeba y pertenece a un grupo
de virus gigantes con genomas grandes llamados virus nucleocitoplasmáticos de ADN
grande (NCLDV) (Figura 11.5b). Los NCLDV comprenden varias familias de virus,
incluidos los poxvirus (Sección 11.6), los iridovirus y ciertos virus de plantas. Estos
virus comparten un conjunto de proteínas altamente homólogas, la mayoría de las cuales
funcionan en el metabolismo del ADN. Un árbol filogenético de estos virus construido a
partir de secuencias de ADN que codifican estas proteínas muestra cómo se han
separado de un ancestro común (Figura 11.5b). Por lo tanto, es posible rastrear la
filogenia de grupos virales particulares con cierta confianza, pero para hacerlo, es
necesario comenzar con un grupo que ya se sabe que comparte una serie de propiedades
en común.
Virus de Archaea
Hasta ahora se han aislado y caracterizado muchos bacteriófagos y virus de archaea. En
el caso de las bacterias, estos incluyen fagos de ADN y ARN, algunos con genomas
monocatenarios y otros con bicatenarios. Sin embargo, todos los virus de arqueas
caracterizados tienen genomas de ADN y, con raras excepciones, genomas de ADN de
doble hebra (Figura 11.3a).
Virus de ADN de Archaea
Se han descubierto varios virus de ADN que infectan especies de los dos filos
principales de Archaea, Euryarchaeota y Crenarchaeota (Capítulo 17). La mayoría de
los virus que infectan especies de Euryarchaeota, incluidas las Archaea metanogénicas y
halófilas, son del tipo “cabeza y cola”, y se asemejan a los fagos estructuralmente
complejos que infectan bacterias entéricas, como el fago T4 (◀ Sección 5.5; Sección
11.4). Además de dos casos especiales que se analizan más adelante, todos los demás
virus de ADN de arqueas caracterizados contienen genomas de ADN bicatenario y
típicamente circular. Los virus de arqueas morfológicamente más distintivos infectan a
Crenarchaeota hipertermófila. Por ejemplo, el quimiolitotrofo de azufre Sulfolobus
alberga varios virus estructuralmente inusuales. Uno de esos virus, llamado SSV, forma
viriones en forma de huso que a menudo se agrupan en rosetas (Figura 11.13a). Estos
virus están muy extendidos en las aguas termales ácidas de todo el mundo. Los viriones
de SSV contienen un genoma de ADN circular de aproximadamente 15 kilopares de
bases. Un segundo tipo morfológico de virus Sulfolobus forma una estructura rígida en
forma de varilla helicoidal (Figura 11.13b). Los virus de esta clase, apodados SIFV,
contienen genomas de ADN lineales aproximadamente el doble del tamaño del SSV. En
estudios de aislamiento viral de arqueas se han observado muchas variaciones en los
patrones en forma de huso y varilla, y algunas especies de Crenarchaeota también están
infectadas por virus filamentosos. Un virus con forma de huso que infecta al
hipertermófilo Acidianus muestra un comportamiento novedoso. El virión, llamado
ATV, contiene un genoma circular de aproximadamente 68 pares de kilobases y tiene
forma de limón cuando se libera por primera vez de las células huésped. Sin embargo,
poco después de liberarse de su célula huésped lisada, el virión produce colas largas y
delgadas, una en cada extremo (Figura 11.13d). Las colas son en realidad tubos y, a
medida que se forman, el virión se vuelve más delgado y se reduce su volumen.
Sorprendentemente, este es el primer ejemplo de desarrollo de virus en ausencia total de
contacto con la célula huésped. Se cree que las colas extendidas del ATV ayudan al
virus de alguna manera a sobrevivir en su ambiente cálido (85°C), ácido (pH 1,5) o tal
vez ayudan a unirse a una nueva célula huésped. Este virus de forma inusual también es
lisogénico, una propiedad que rara vez se observa en otros virus de arqueas. Un virus
con forma de huso también infecta al hipertermófilo Pyrococcus (Euryarchaeota). Este
virus, denominado PAV1, se parece al SSV pero es más grande y contiene una cola muy
corta (Figura 11.13c). PAV1 tiene un genoma de ADN circular pequeño y se libera de
las células huésped sin lisis celular, probablemente mediante un mecanismo de
gemación similar al del bacteriófago M13 de Escherichia coli (Sección 11.3).
Pyrococcus tiene una temperatura de crecimiento óptima de 100°C y, por tanto, los
viriones PAV1 deben ser extremadamente estables al calor. A pesar de sus morfologías
similares, las comparaciones genómicas de los virus de tipo PAV1 y SSV muestran poca
similitud de secuencia, lo que indica que los dos tipos de virus no tienen raíces
evolutivas comunes. Aunque los genomas de ADN bicatenario parecen predominar en
Archaea, se han descrito dos virus de arqueas que poseen genomas de ADN
monocatenario. El virus pleomórfico 1 (HRPV-1) infecta al halófilo extremo
Halorubrum y es inusual no sólo por su genoma circular de ADN monocatenario (de
complementariedad +, propiedad que comparte con el bacteriófago fX174, figura 11.6),
sino también por su Morfología envuelta no uniforme. Por tanto, el virus se libera
mediante secreción frente al mecanismo de lisis de la célula huésped común en los
bacteriófagos virulentos. Más de la mitad del genoma HRPV-1 de 7048 nucleótidos
codifica proteínas virales que también se han encontrado en el virus haloarqueal de
ADN bicatenario His2. Esto resalta los desafíos de clasificar los virus según el tipo de
genoma y el esquema de Baltimore (Sección 11.1), pero también indica las relaciones
probables que existen entre virus de arqueas de estructura genómica bastante diferente.
Un segundo virus de arqueas que posee un genoma de ADN monocatenario es el virus
en forma de espiral Aeropyrum (ACV) que infecta al hipertermófilo Aeropyrum pernix
(Figura 11.13e). Una cápside filamentosa rodea este genoma viral monocatenario
circular de 24,9 kilobases, que tiene el doble de tamaño que el segundo genoma viral de
ADN monocatenario más grande conocido. Por tanto, es evidente que existe mucha
diversidad entre los virus de arqueas. Un segundo virus de arqueas que posee un
genoma de ADN monocatenario es el virus en forma de espiral Aeropyrum (ACV) que
infecta al hipertermófilo Aeropyrum pernix (Figura 11.13e). Una cápside filamentosa
rodea este genoma viral monocatenario circular de 24,9 kilobases, que tiene el doble de
tamaño que el segundo genoma viral de ADN monocatenario más grande conocido. Por
tanto, es evidente que existe mucha diversidad entre los virus de arqueas. Un segundo
virus de arqueas que posee un genoma de ADN monocatenario es el virus en forma de
espiral Aeropyrum (ACV) que infecta al hipertermófilo Aeropyrum pernix (Figura
11.13e). Una cápside filamentosa rodea este genoma viral monocatenario circular de
24,9 kilobases, que tiene el doble de tamaño que el segundo genoma viral de ADN
monocatenario más grande conocido.
Contenido genómico del ADN de los virus de arqueas
Si bien se han secuenciado más de 2000 genomas de bacteriófagos, sólo un poco más de
100 secuencias de genomas virales de arqueas están disponibles en las bases de datos.
Esta disparidad en el número se debe a la dificultad de cultivar muchos huéspedes
arqueales frente a sus homólogos bacterianos. Los enfoques metagenómicos (◀ Sección
10.7) están ayudando a ampliar este número e identificar virus que no están en cultivo
(consulte la discusión sobre los virus de ARN de arqueas en la siguiente subsección). En
promedio, los genomas de los virus de las arqueas son más pequeños que los genomas
de los bacteriófagos (65 frente a 101 marcos de lectura abiertos). El análisis
comparativo de los genomas virales sugiere que las estrategias de replicación del
genoma de muchos virus de arqueas son más similares a las empleadas por los virus
eucariotas que a las utilizadas por los bacteriófagos. A diferencia de muchos
bacteriófagos como el fago T7 (Sección 11.4), los genomas virales de las arqueas no
codifican una ARN polimerasa específica del virus. Por lo tanto, los virus de arqueas
dependen de la ARN polimerasa de la célula huésped para la expresión génica, y en
muchos genomas virales de arqueas se han anotado factores de transcripción que se
predice que controlan la ARN polimerasa de arqueas. Además de los genes de los
factores de transcripción mencionados anteriormente y algunas proteínas estructurales
caracterizadas, los análisis indican que hasta el 90% de los genes dentro de muchos
genomas virales de arqueas codifican proteínas de función desconocida que no están
relacionadas con ninguna otra proteína en las bases de datos. Sin embargo, algunos se
han caracterizado. Por ejemplo, se produce un método único de liberación viral con dos
virus de arqueas que infectan a Sulfolobus islandicus. Los genomas del virus 2 en forma
de bastón de S. islandicus (SIRV2) y del virus icosaédrico en torreta (STIV) no solo
codifican proteínas estructurales para sus cápsides, sino que también codifican una
proteína llamada PVAP (proteína que forma la pirámide asociada a virus) que facilita la
liberación viral de la célula. PVAP se ensambla en estructuras piramidales de siete
pliegues que rompen la capa S de la célula huésped (◀ Sección 2.5) y se abren hacia
afuera para crear un portal para que los virus salgan de la célula huésped (Figura 11.14a,
b). La expresión heteróloga (◀ Sección 10.5 y Capítulo 12) de PVAP en la bacteria
Escherichia coli también resultó en la formación de estructuras piramidales que
sobresalían hacia el espacio periplásmico (Figura 11.14c), lo que indica que una sola
proteína viral de arqueas por sí sola es suficiente para producir estas estructuras. La gran
cantidad de proteínas virales de arqueas únicas que aún quedan por caracterizar
conducirá sin duda a descubrimientos aún más notables.
Virus de ARN de arqueas
Hasta el momento, se desconocen los virus de ARN que pueden replicarse en el
laboratorio en huéspedes de arqueas, a pesar de que una variedad de virus de ARN
infectan bacterias y eucariotas (Figura 11.3). Aunque no han surgido ejemplos concretos
de virus ARN de arqueas, la genómica ambiental ha demostrado que es casi seguro que
existen. En algunas aguas termales ácidas del Parque Nacional de Yellowstone
(EE.UU.), que albergan grandes comunidades de Crenarchaeota, se ha descubierto y
cultivado en el laboratorio un gran número de virus de arqueas de formas inusuales y
estructura resistente (Figura 11.15). Hasta ahora, todos estos han sido virus de ADN. Sin
embargo, utilizando las poderosas herramientas de la metagenómica (◀ Sección 10.7),
los investigadores que estudian estas aguas termales han descubierto ARN virales cuyas
secuencias de ARN no se parecen a las de ningún virus de ARN conocido que infecte
bacterias. Debido a que estos manantiales son demasiado calientes para los eucariotas y
el número de células de bacterias es reducido, es casi seguro que el ARN inusual
proviene de virus de arqueas de ARN que aún no se han propagado en el laboratorio.
Los análisis de secuencia del ARN viral de aguas termales muestran que se originó a
partir de virus de ARN monocatenario de sentido positivo (Baltimore clase IV, Figura
11.2b y Sección 11.8). Estos genomas virales también codifican una ARN replicasa (una
característica distintiva de los virus de ARN) y es probable que se repliquen mediante la
formación de poliproteínas, un mecanismo de replicación empleado por algunos virus
de clase IV de eucariotas, como el poliovirus (Sección 11.8). Los pasos de replicación
de los supuestos virus de arqueas de ARN, incluidos detalles moleculares importantes
como el grado en que las polimerasas virales (en lugar de las del huésped) participan en
el proceso de replicación, no están claros y esperan el cultivo de los virus en el
laboratorio. Sin embargo, ahora que los científicos saben que es casi seguro que tales
virus existen, pueden estar atentos a ellos en estudios de enriquecimiento y aislamiento
viral. Pasamos ahora a considerar los virus animales, un grupo en el que no faltan
diversidad genómica y esquemas de replicación fascinantes, muchos de ellos exclusivos
de la biología.
Virus animales de ADN con replicación única
Se observan estrategias de replicación inusuales en dos grupos de virus animales de
ADN bicatenario (Baltimore clase I, Figura 11.2a): virus de la viruela y adenovirus. Los
virus de la viruela son únicos porque todos los eventos de replicación, incluida la
replicación del ADN, ocurren en el citoplasma del huésped en lugar del núcleo, y los
adenovirus son únicos porque la replicación de su genoma se produce de manera líder
en ambas cadenas molde de ADN.
Virus de la viruela
Los virus de la viruela han sido importantes tanto histórica como médicamente. El virus
de la viruela fue el primer virus que se estudió con detalle y fue el primer virus para el
que se desarrolló una vacuna (hace más de 200 años, el médico británico Edward Jenner
fue el primero en proteger a las personas de la infección por el virus de la viruela
exponiéndolas a virus similares). pero mucho menos virulento virus de la viruela
vacuna). Los virus de la viruela se encuentran entre los más grandes de todos los virus:
los viriones vaccinia en forma de ladrillo miden casi 400 nm de diámetro (Figura
11.16). Debido a que se parece mucho al virus de la viruela pero no es patógeno, la
vaccinia se utiliza hoy en día como vacuna contra la viruela y como modelo de
laboratorio seguro para la biología molecular del virus de la viruela.
El genoma del virus vaccinia consta de ADN lineal bicatenario de aproximadamente
190 kilopares de bases que codifican aproximadamente 250 genes. Después de la unión,
los viriones de vaccinia son absorbidos por las células huésped y las nucleocápsides
(figura 11.16) se liberan en el citoplasma; Todos los eventos de replicación tienen lugar
en el citoplasma. La eliminación del recubrimiento del genoma viral requiere la
actividad de una proteína viral que se sintetiza después de la infección (el gen que
codifica esta proteína se transcribe mediante una ARN polimerasa viral contenida dentro
del virión). Además de este gen que no recubre, se transcriben otros genes virales,
incluidos genes que codifican una ADN polimerasa que sintetiza copias del genoma
viral. Luego se incorporan a los viriones que se acumulan en el citoplasma y los viriones
se liberan cuando la célula infectada se lisa.
Adenovirus
Los adenovirus son un grupo de virus icosaédricos pequeños y desnudos (Figura
11.17a) que contienen genomas lineales de ADN bicatenario. Los adenovirus son de
menor importancia para la salud y causan infecciones respiratorias leves en humanos,
pero tienen una importancia única en virología debido al mecanismo por el cual replican
sus genomas. Unida al extremo 5 'del ADN genómico adenoviral hay una proteína
llamada proteína terminal adenoviral, y es esencial para la replicación del genoma
adenoviral. Las cadenas de ADN complementarias también tienen repeticiones
terminales invertidas que desempeñan un papel en el proceso de replicación (figura
11.17b). Después de la infección, la nucleocápside adenoviral se libera en el núcleo de
la célula huésped y la transcripción de los genes tempranos se realiza mediante la
actividad de la ARN polimerasa del huésped. La mayoría de las primeras
transcripciones codifican proteínas de replicación importantes, como la proteína
terminal y una ADN polimerasa viral. La replicación del genoma adenoviral comienza
en cualquiera de los extremos del genoma del ADN y la proteína terminal facilita este
proceso porque contiene una citosina unida covalentemente que funciona como cebador
para la ADN polimerasa (Figura 11.17b). Los productos de esta replicación inicial son
un genoma viral bicatenario completo y una molécula de ADN monocatenaria de
sentido negativo. En este punto, se produce un evento de replicación único. La cadena
única de ADN se cicla mediante sus repeticiones terminales invertidas y se sintetiza una
cadena de ADN complementaria (sentido positivo) comenzando desde su extremo 5'
(figura 11.17b). Este mecanismo es único porque el ADN de doble hebra se replica sin
la formación de una hebra rezagada, como ocurre en la replicación del ADN
semiconservador convencional (◀ Sección 6.3). Una vez que se han formado copias
suficientes del genoma adenoviral y los componentes estructurales del virión se
acumulan en la célula huésped, los viriones adenovirales maduros se ensamblan y
liberan de la célula después de la lisis.
Poliomavirus SV40
El poliomavirus SV40 es un virus icosaédrico desnudo que puede causar tumores en
pequeños mamíferos, como hámsteres y ratas. Su genoma circular consta de ADN
bicatenario (Figura 11.18a). El genoma es demasiado pequeño (5,2 kb) para codificar su
propia ADN polimerasa, por lo que se utilizan ADN polimerasas del huésped y el ADN
de SV40 se replica de forma bidireccional desde un único origen de replicación. Debido
a los pequeños genomas de los poliomavirus, aquí también se emplea la estrategia de
superposición de genes, típica de muchos bacteriófagos pequeños (Secciones 11.3 y
11.8). La transcripción del genoma viral ocurre en el núcleo y los ARNm se exportan al
citoplasma para la síntesis de proteínas. Finalmente, se produce el ensamblaje del virión
SV40 (en el núcleo) y la célula se lisa para liberar los nuevos viriones. Cuando SV40
infecta una célula huésped, puede ocurrir uno de dos resultados, dependiendo de la
célula huésped. En huéspedes permisivos, la infección viral da como resultado la
formación habitual de nuevos viriones y la lisis de la célula huésped. En hospedadores
no permisivos, los eventos líticos no ocurren; en cambio, el ADN viral se integra en el
ADN del huésped, alterando genéticamente las células en el proceso (Figura 11.18b).
Estas células pueden mostrar una pérdida de inhibición del crecimiento y volverse
malignas, un proceso llamado transformación (◀ Figura 5.22). Como ocurre con ciertos
retrovirus que causan tumores (Sección 11.11), se requiere la expresión de genes SV40
específicos para convertir la célula al estado transformado. Estas proteínas inductoras de
tumores se unen e inactivan las proteínas de la célula huésped que controlan la división
celular y, de esta manera, promueven el desarrollo celular descontrolado.
Herpesvirus
Los herpesvirus son un gran grupo de virus de ADN de doble cadena que causan una
variedad de enfermedades humanas, incluyendo herpes labial, herpes venéreo, varicela,
culebrilla y mononucleosis infecciosa. Un grupo importante de herpesvirus causa
cáncer. Por ejemplo, el virus de Epstein-Barr causa el linfoma de Burkitt, un tumor
endémico en niños de África central y Nueva Guinea. Un herpesvirus muy extendido es
el citomegalovirus (CMV), presente en casi las tres cuartas partes de todos los adultos
mayores de 40 años en los Estados Unidos. Para las personas sanas, la infección por
CMV no presenta síntomas aparentes ni consecuencias para la salud a largo plazo. Sin
embargo, el CMV puede causar neumonía, retinitis (una afección ocular) y ciertos
trastornos gastrointestinales, así como enfermedades graves o incluso la muerte en
personas inmunocomprometidas. Los herpesvirus pueden permanecer latentes en el
cuerpo durante largos períodos de tiempo y activarse en condiciones de estrés o cuando
el sistema inmunológico está comprometido. Los viriones del herpesvirus están
envueltos y pueden tener muchas capas estructurales distintas sobre la nucleocápside
icosaédrica (Figura 11.19). Después de la unión viral, la membrana citoplasmática del
huésped se fusiona con la envoltura del virus y esto libera la nucleocápside dentro de la
célula. La nucleocápside se transporta al núcleo, donde el ADN viral no está recubierto
y se producen tres clases de ARNm: temprano inmediato, temprano retrasado y tardío.
El ARNm temprano inmediato codifica ciertas proteínas reguladoras que estimulan la
síntesis de las proteínas tempranas retrasadas. Entre las proteínas clave sintetizadas
durante la etapa temprana retrasada se encuentra una ADN polimerasa específica del
virus y una proteína de unión al ADN, las cuales son necesarias para la replicación del
ADN viral. Como ocurre con otros virus, las proteínas tardías son principalmente
proteínas estructurales virales. La replicación del ADN del herpesvirus tiene lugar en el
núcleo. Después de la infección, el genoma del herpesvirus se circulariza y se replica
mediante un mecanismo de círculo rodante (Sección 11.3). Se forman concatémeros
largos que se procesan en ADN genómico de la longitud del virus durante el proceso de
ensamblaje (Figura 11.19). Las nucleocápsides virales se ensamblan en el núcleo y la
envoltura viral se agrega durante la gemación a través de la membrana nuclear.
Posteriormente, los viriones maduros del herpesvirus se liberan a través del retículo
endoplásmico hacia el exterior de la célula. Por tanto, el ensamblaje de los viriones del
herpesvirus difiere del de otros virus con envoltura, que normalmente reciben su
envoltura de la membrana citoplasmática durante la salida de la célula.
Poliovirus
Varios virus animales de ARN de cadena positiva causan enfermedades en humanos y
otros animales. Estos incluyen el poliovirus, los rinovirus que causan muchos casos de
resfriado común, los coronavirus que causan síndromes respiratorios, incluido el
síndrome respiratorio agudo severo (SARS), y el virus de la hepatitis A. Nos centramos
aquí en el poliovirus y los coronavirus, los cuales tienen genomas de ARN lineales. El
poliovirus es uno de los virus más pequeños con una estructura icosaédrica de 30 nm
que contiene un mínimo de 60 unidades morfológicas (caras) por virión (Figura 11.21a,
b). En el extremo 5′ del ARN viral hay una proteína, llamada proteína VPg, que está
unida covalentemente al ARN genómico, y en el extremo 3′ hay una cola poli (A)
(Figura 11.21c), una característica común de transcripciones de células eucariotas (◀
Sección 6.6). El genoma del poliovirus (alrededor de 7,4 kb) es también el ARNm, y la
proteína VPg facilita la unión del ARN a los ribosomas del huésped. La traducción
produce una poliproteína, una única proteína que se autoescinde en varias proteínas más
pequeñas, incluidas las proteínas estructurales del virión. Otras proteínas generadas a
partir de la poliproteína incluyen la proteína VPg, una replicasa de ARN responsable de
la síntesis de ARN tanto de cadena negativa como de cadena positiva, y una proteasa
codificada por virus, que lleva a cabo la escisión de la poliproteína (Figura 11.21c). Este
mecanismo se llama escisión postraduccional y es común en muchos virus animales, así
como en células animales. La replicación del poliovirus ocurre en el citoplasma de la
célula huésped. Para iniciar la infección, el virión del poliovirus se adhiere a un receptor
específico en la superficie de una célula sensible y ingresa a la célula. Una vez dentro de
la célula, se descubre el virión y el ARN genómico se une a los ribosomas y se traduce
para producir la poliproteína. La replicación del ARN viral por la ARN replicasa del
poliovirus comienza poco después de la infección. Tanto las cadenas positivas como las
negativas que se forman se unen a la proteína VPg, que también funciona como cebador
para la síntesis de ARN después de su uridililación (reacción con ácido uridílico; figura
11.21c). Una vez que comienza la replicación del poliovirus, los eventos del huésped se
inhiben y aproximadamente 5 h después de la infección, se produce la lisis celular con
la liberación de nuevos viriones del poliovirus.
Coronavirus
Los coronavirus son virus monocatenarios más ARN que, como el poliovirus, se
replican en el citoplasma, pero se diferencian del poliovirus en su mayor tamaño y
detalles de replicación. Los coronavirus causan infecciones respiratorias en humanos y
otros animales, incluido aproximadamente el 15 % de los resfriados comunes (▶
Sección 31.7 y Figura 32.23b). Los viriones del coronavirus están envueltos y contienen
picos de glicoproteínas en forma de maza en sus superficies (Figura 11.22a). Estos le
dan al virus la apariencia de tener una “corona” (corona en latín significa corona). Los
genomas de los coronavirus son dignos de mención porque son los más grandes de
todos los virus de ARN conocidos, de unas 30 kb. Debido a que tiene sentido positivo,
el genoma del coronavirus puede funcionar directamente en la célula como ARNm; sin
embargo, la mayoría de las proteínas del coronavirus no se producen mediante la
traducción del ARN genómico. En cambio, sólo se traduce una porción del genoma, en
particular la región que codifica la ARN replicasa (Figura 11.22b). Luego, este último
utiliza el ARN genómico como plantilla para producir cadenas negativas
complementarias a partir de las cuales se producen varios ARNm, y estos ARNm se
traducen para producir proteínas coronavirales (Figura 11.22b). El ARN genómico de
longitud completa también se produce a partir de las hebras negativas. Los nuevos
viriones coronavirales se ensamblan dentro del complejo de Golgi, un orgánulo secretor
importante en las células eucariotas, y los viriones completamente ensamblados se
liberan más tarde de la superficie celular. El coronavirus se diferencia del poliovirus en
términos de tamaño del virión y del genoma, falta de la proteína VPg y ausencia de
formación y escisión de poliproteínas. Sin embargo, sus genomas de ARN
monocatenario de sentido positivo dictan que muchos otros eventos moleculares deben
ocurrir de manera similar. En las siguientes dos secciones exploramos algunos virus de
ARN que tienen genomas únicos en el mundo viral y que causan enfermedades
animales.
Virus de la influenza
Otro grupo de virus de ARN de cadena negativa contiene el importante virus de la
influenza, patógeno humano. El virus de la influenza ha sido bien estudiado durante
muchos años, comenzando con los primeros trabajos durante la pandemia de influenza
de 1918 que mató a millones de personas en todo el mundo (▶ Secciones 30.8 y 31.8).
El virus de la influenza es un virus envuelto en el que el genoma viral está presente en el
virión en varias partes separadas, una condición llamada genoma segmentado. En el
caso del virus de la influenza A, una cepa común, el genoma está segmentado en ocho
moléculas lineales monocatenarias que varían en tamaño de 890 a 2341 nucleótidos y
suman un total de 13,5 kb. La nucleocápside del virus tiene simetría helicoidal, mide
aproximadamente 6 a 9 nm de diámetro y aproximadamente 60 nm de largo, y está
incrustada en una envoltura que tiene varias proteínas específicas del virus, así como
lípidos derivados de la membrana citoplasmática del huésped. Debido a la forma en que
el virus de la influenza brota cuando sale de la célula, los viriones no tienen una forma
uniforme y, en cambio, son pleomórficos (Figura 11.24a). Varias proteínas en el exterior
de la envoltura del virión de la influenza interactúan con la superficie de la célula
huésped. Uno de ellos es la hemaglutinina (figura 11.24b). La hemaglutinina es
altamente inmunogénica (capaz de estimular el sistema inmunológico) y los anticuerpos
contra ella impiden que el virus infecte una célula. Este es el mecanismo por el cual la
inmunidad a la influenza se produce mediante la inmunización (▶ Sección 31.8). Una
segunda proteína importante de la superficie del virus de la influenza es la enzima
neuraminidasa (Figura 11.24b). La neuraminidasa descompone el ácido siálico (un
derivado del ácido neuramínico) en la membrana citoplasmática del huésped. La
neuraminidasa funciona principalmente en el ensamblaje del virus, destruyendo el ácido
siálico de la membrana del huésped que de otro modo bloquearía el ensamblaje o se
incorporaría al virión. Además de la hemaglutinina y la neuraminidasa, los viriones de
la influenza poseen otras dos enzimas clave. Estos incluyen una ARN replicasa, que
convierte el genoma de la cadena negativa en una cadena positiva, y una ARN
endonucleasa, que corta la tapa de los ARNm del huésped (◀ Sección 6.6) y los utiliza
para tapar los ARNm virales para que puedan ser traducidos por el huésped. maquinaria
traslacional. Una vez que el virión de la influenza ingresa a la célula, la nucleocápside
se separa de la envoltura y migra al núcleo. El descubierto activa la ARN replicasa del
virus y comienza la transcripción. Diez proteínas están codificadas por los ocho
segmentos del genoma del virus de la influenza; los ARNm transcritos de seis
segmentos codifican cada uno una sola proteína, mientras que los otros dos segmentos
codifican dos proteínas cada uno. Algunas de las proteínas virales son necesarias para la
replicación del ARN del virus de la influenza, mientras que otras son proteínas
estructurales del virión. El patrón general de síntesis de ARN genómico se asemeja al de
los rabdovirus (Figura 11.23b), con ARN de cadena positiva de longitud completa
utilizado como plantilla para producir ARN genómico de cadena negativa. El virión con
envoltura completa se forma por gemación, En cuanto a los rabdovirus, el genoma
segmentado del virus de la gripe tiene importantes consecuencias prácticas. El virus de
la influenza exhibe un fenómeno llamado cambio antigénico en el que se reordenan
segmentos del genoma de ARN de dos cepas diferentes del virus que infectan la misma
célula. Esto genera viriones de influenza híbridos que expresan proteínas de superficie
únicas que el sistema inmunológico no reconoce. Se cree que el cambio antigénico
desencadena grandes brotes de influenza porque la inmunidad a las nuevas formas del
virus está esencialmente ausente en la población. Discutimos el cambio antigénico y un
fenómeno relacionado llamado deriva antigénica.
Los virus con genomas de doble cadena de ARN
(clase III según Baltimore, Figura 11.2b) infectan a animales, plantas, hongos y algunas
bacterias. Los reovirus son una familia importante de virus animales y nos enfocamos
en ellos aquí. El rotavirus es un reovirus típico y es la causa más común de diarrea en
bebés de 6 a 24 meses de edad. Otros reovirus causan infecciones respiratorias y
algunas plantas infectan. Los viriones de los reovirus consisten en una nucleocápside de
60-80 nm de diámetro, rodeada por una doble cáscara de simetría icosaédrica (Figura
11.25a, b). Como hemos visto con los virus de ARN de hebra sencilla, los viriones de
los virus de doble cadena de ARN deben llevar su propia enzima para sintetizar su
ARNm y replicar sus genomas de ARN. Al igual que el genoma del virus de la
influenza, el genoma de los reovirus está segmentado, en este caso en 10-12 moléculas
de ARN bicatenario lineal que totalizan 18 kb.

Para iniciar la infección, un virión de reovirus se una a una proteína receptora celular. El
virus unido luego ingresa a la célula y es transportado a los lisosomas, donde
normalmente sería destruido (◀ Sección 2.15). Sin embargo, solo se eliminan las capas
externas del virión por el lisosoma, revelando la nucleocápside; este último se libera en
el citoplasma. Este proceso de desrevestimiento activa la ARN replicasa viral e inicia la
replicación del virus (Figura 11.25c).

Replicación de los Reovirus

La replicación del reovirus ocurre exclusivamente en el citoplasma del huésped pero
dentro de la propia nucleocápside (Figura 11.25c) porque el huésped tiene enzimas que
reconocen el ARN bicatenario como extraño y lo destruirían. La cadena positiva del
genoma reoviral está inactiva como ARNm y, por tanto, el primer paso en la replicación
es la síntesis de ARNm de sentido positivo mediante la ARN replicasa codificada por el
virus, utilizando ARN de cadena negativa como plantilla; los nucleótidos trifosfatos
necesarios para la síntesis de ARN los suministra el huésped (figura 11.25c). Luego, las
enzimas virales cubren los ARNm con un nucleótido metilado (como es típico de los
ARNm eucariotas, ◀ Sección 6.6), los exportan desde la nucleocápside al citoplasma y
los ribosomas del huésped los traducen. La mayoría de los ARN del genoma del
reovirus codifican una única proteína, aunque en algunos casos la proteína formada se
escinde para producir los productos finales. Sin embargo, uno de los ARNm de reovirus
codifica dos proteínas, pero no es necesario procesar el ARN para traducir ambas. En
cambio, un ribosoma ocasionalmente "pierde" el codón de inicio del primer gen en este
ARNm y viaja hasta el codón de inicio del segundo gen para comenzar la traducción.
Cuando esto ocurre, se produce la segunda proteína, necesaria en pequeñas cantidades,
pero no la primera proteína. Este "error molecular" puede verse como una forma
primitiva de control traslacional que garantiza que las proteínas virales se produzcan en
las cantidades adecuadas. A medida que se forman proteínas virales en el citoplasma del
huésped, se agregan para formar nuevas nucleocápsides, atrapando copias de la ARN
replicasa en su interior a medida que se forman (Figura 11.25c). Las nucleocápsides
recién formadas luego toman el complemento correcto de fragmentos de ARN
genómico (cadena positiva), probablemente mediante el reconocimiento de secuencias
específicas en cada fragmento, y cuando cada ARN monocatenario ingresa a una
nucleocápside recién formada, se produce una forma bicatenaria a partir de por la ARN
replicasa. Una vez que se completa la síntesis genómica, las proteínas de la cubierta
viral se agregan en el retículo endoplásmico del huésped y los viriones reovirales
maduros se liberan mediante gemación o lisis celular.
Reovirus y replicación de ARN
Además de la estructura genómica inusual de los reovirus que los obliga a emplear
mecanismos especiales para proteger sus genomas de ARN bicatenario de la escisión
por las ribonucleasas del huésped (Figura 11.25c), la replicación genómica en estos
virus también es única. y se diferencia fundamentalmente del de las células y de todos
los demás virus. Debido a que el genoma de ARN del reovirus es bicatenario, se podría
predecir que la replicación del reovirus sería paralela a la de los organismos con
genomas de ADN bicatenario, pero este no es el caso. La replicación del ARN en los
reovirus es en realidad un proceso conservador en lugar del conocido proceso
semiconservador típico de la replicación del ADN celular y la replicación en virus que
contienen genomas de ADN bicatenario (◀ Sección 6.3 y Figura 11.2). Esto se debe a
que en la síntesis de ARNm de reovirus solo la cadena negativa es una plantilla en las
nucleocápsides infectantes, mientras que solo la cadena positiva es una plantilla en la
síntesis de ARN genómico bicatenario a partir de copias asimiladas de ARN de cadena
positiva en la progenie de viriones (Figura 11.25c). Por lo tanto, además de sus genomas
únicos de ARN bicatenario, los reovirus también muestran su inusual biología
molecular al emplear un mecanismo de replicación genómica único que no es ni
semiconservador ni de círculo rodante
Hepadnavirus
Además de los retrovirus, la segunda clase de virus inusuales que emplean la enzima
transcriptasa inversa son los hepadnavirus, como el virus de la hepatitis B humana
(Figura 11.28a). Los diminutos genomas de ADN de los hepadnavirus son inusuales
porque no son ni monocatenarios ni bicatenarios; en cambio, son parcialmente
bicatenarios. A pesar de su pequeño tamaño (3 a 4 pares de kilobases, entre los virus de
ADN más pequeños), los genomas de hepadnavirus codifican varias proteínas al
contener genes superpuestos, una estrategia que hemos visto antes en virus muy
pequeños (Secciones 11.3, 11.7 y 11.8). Además de las actividades habituales de la
transcriptasa inversa que acabamos de considerar (figura 11.27), la transcriptasa inversa
del hepadnavirus también funciona como cebador proteico para la síntesis de una de sus
propias cadenas de ADN. Sin embargo, en términos de su papel en los eventos de
replicación, la transcriptasa inversa desempeña papeles diferentes en la replicación del
genoma retroviral y hepadnaviral. En los hepadnavirus, el genoma de ADN se replica a
través de un intermediario de ARN, mientras que en los retrovirus, el genoma de ARN
se replica a través de un intermediario de ADN (Figuras 11.27 y 11.28). Tras la
infección, la nucleocápside del hepadnavirus ingresa al núcleo del huésped, donde la
polimerasa viral completa la cadena parcial de ADN genómico para formar una
molécula bicatenaria completa. La transcripción por la ARN polimerasa del huésped
produce cuatro clases de tamaños de ARNm virales (Figura 11.28b), que posteriormente
se traducen para producir proteínas hepadnavirales. La mayor de estas transcripciones es
ligeramente mayor que el genoma viral y, junto con la transcriptasa inversa, se asocia
con proteínas virales en el citoplasma del huésped para formar genomas para nuevos
viriones. La transcriptasa inversa forma ADN monocatenario a partir de este gran
transcrito dentro del virión para formar la cadena de sentido negativo del genoma de
ADN y luego usa este ADN como plantilla para formar una porción de la cadena de
sentido positivo, produciendo la cadena parcialmente bicatenaria. genoma característico
de los hepadnavirus (Figura 11.28b). Una vez que se producen los viriones maduros,
estos se asocian con membranas en el retículo endoplásmico y el complejo de Golgi,
desde donde se exportan a través de la membrana citoplasmática mediante gemación.
Algunos microbios de tipo viral no son ni virus ni células, y terminamos este capítulo
considerando su biología.

Crecimiento y control microbiano

Alimentando al Microbio: Nutrición Celular
Debido a que las capacidades metabólicas de los microbios difieren, sus requerimientos
de nutrientes también son diferentes. Sin embargo, todos los microbios requieren un
conjunto central de nutrientes. Algunos nutrientes, llamados macronutrientes, se
requieren en grandes cantidades, mientras que otros, llamados micronutrientes, se
requieren en cantidades muy pequeñas. Comenzamos desglosando la célula para revelar
su composición química y luego consideramos los nutrientes que todas las células
requieren.
Composición Química de una Célula
Una sola célula de Escherichia coli pesa, en promedio, alrededor de 10-12 gramos, y
más del 75% de esa masa es agua. Sin embargo, al considerar la composición de las
células, es típico referirse al peso seco de la célula, que en el caso de E. coli es de
aproximadamente 184 * 10-15 gramos (184 femtogramos) por célula.
Solo un puñado de elementos químicos predominan en los sistemas vivos. Los
elementos carbono (C), oxígeno (O), nitrógeno (N), hidrógeno (H), fósforo (P) y azufre
(S) representan aproximadamente el 96% del peso seco de una célula bacteriana
promedio (Figura 4.1), y estos seis elementos son requeridos universalmente por todas
las formas de vida. El siguiente 3.7% del peso de una célula se compone de potasio (K),
sodio (Na), calcio (Ca), magnesio (Mg), cloro (Cl) y hierro (Fe) (Figura 4.1c), y estos
elementos son requeridos por la mayoría (pero no todos) de los microorganismos.
Además, al menos otros 20 elementos pueden encontrarse en las células de E. coli
(Figura 4.1a) y en células de los tres dominios de la vida. En total, los microbios pueden
metabolizar 62 elementos diferentes de una forma u otra (Figura 4.1a).
Las células están compuestas principalmente por macromoléculas, que incluyen
proteínas, lípidos, polisacáridos, lipopolisacáridos y ácidos nucleicos, que juntos
comprenden más del 96% del peso seco de una célula de E. coli (Figura 4.1b). La gran
mayoría de estas son proteínas y ARN (Figura 4.1b). Curiosamente, a pesar de la
importancia del ADN para una célula (el genoma celular), contribuye con un porcentaje
muy pequeño del peso seco de una célula (Figura 4.1b).
Carbono, Nitrógeno y Otros Macronutrientes
El carbono y el nitrógeno están presentes en grandes cantidades en todas las células. Los
heterótrofos (organismos que requieren carbono orgánico) obtienen carbono a partir de
la descomposición de polímeros orgánicos o de la toma directa de sus componentes
monoméricos: los aminoácidos, los ácidos grasos, los ácidos orgánicos, los azúcares, las
bases de nitrógeno y otros compuestos orgánicos. Algunos microbios son autótrofos y
pueden sintetizar compuestos orgánicos a partir del dióxido de carbono (CO2). La
mayor parte del nitrógeno en la naturaleza se encuentra en proteínas, amoníaco (NH3),
nitrato (NO3-), o nitrógeno gaseoso (N2). Prácticamente todos los microorganismos
pueden utilizar NH3 como fuente de nitrógeno, y muchos también pueden usar nitrato
(NO3-). Algunos microbios pueden utilizar fuentes de nitrógeno orgánico, como
aminoácidos, y unos pocos pueden utilizar N2 (las bacterias fijadoras de nitrógeno).

Además del C y N (y O y H del H2O), las células necesitan otros macronutrientes, pero
generalmente en cantidades más pequeñas (Figura 4.1c). El fósforo es necesario para los
ácidos nucleicos y los fosfolípidos y generalmente se asimila en forma de fosfato
inorgánico (PO4^3-). El azufre está presente en los aminoácidos cisteína y metionina y
también en varias vitaminas, como la tiamina, la biotina y el ácido lipoico. La mayoría
de los microbios pueden asimilar formas inorgánicas de azufre, como sulfato (SO4^2-)
o sulfuro (H2S), mientras que otros asimilan el azufre a partir de compuestos de azufre
orgánico. El potasio (K) es necesario para la actividad de varias enzimas, mientras que
el magnesio (Mg) estabiliza los ribosomas, las membranas y los ácidos nucleicos y
también es necesario para la actividad de muchas enzimas. El calcio (Ca) y el sodio
(Na) son nutrientes esenciales para solo unos pocos organismos. Por ejemplo, la
mayoría de los organismos marinos tienen un estricto requisito de NaCl.
Micronutrientes: Metales Traza y Factores de Crecimiento
Muchas enzimas requieren un ion metálico o una pequeña molécula orgánica como
cofactor para catalizar su reacción específica (◀ Sección 3.5). Por esta razón, el
crecimiento de los microorganismos requiere varios metales, y uno de los más
importantes es el hierro (Fe). El hierro está presente en citocromos y varias otras
enzimas que desempeñan funciones importantes en la respiración celular o en
reacciones de oxidación-reducción relacionadas. Además del hierro, muchos otros
metales pueden ser necesarios o metabolizados de alguna otra manera por los
microorganismos (Figura 4.1a). Colectivamente, estos metales se llaman metales traza
porque se requieren en cantidades tan pequeñas. La Tabla 4.1 enumera los principales
metales traza y otros elementos traza de la vida, así como ejemplos de enzimas u otras
moléculas en las que se encuentran. Las enzimas con requisitos de metales traza pueden
ser sintetizadas por la célula, pero no funcionarán correctamente si la célula carece de
estos metales.
Los factores de crecimiento difieren de los metales traza en que son micronutrientes
orgánicos en lugar de metales (Tabla 4.1). Las vitaminas, que suelen funcionar como
coenzimas (◀ Sección 3.5), son los factores de crecimiento más comúnmente
requeridos, y se muestran algunos ejemplos comunes en la Tabla 4.1. Mientras que
algunos microbios pueden biosintetizar todos sus propios factores de crecimiento,
muchos organismos (incluyendo a los animales) necesitan asimilar diversos factores de
crecimiento de su entorno (o de su dieta). Además de las vitaminas, otros factores de
crecimiento comunes pueden incluir aminoácidos, purinas, pirimidinas y varias otras
moléculas orgánicas.
Los requisitos de factores de crecimiento varían ampliamente entre los
microorganismos. Por ejemplo, las cianobacterias son microbios autótrofos que habitan
en entornos acuáticos como lagos y océanos; pueden sintetizar todos sus propios
factores de crecimiento y necesitan muy poca o ninguna suplementación. En contraste,
las bacterias del ácido láctico como Streptococcus, Lactobacillus y Leuconostoc habitan
en entornos ricos en nutrientes, como ciertos alimentos y en los intestinos de los
animales (▶ Secciones 16.6 y 24.2), y como resultado han evolucionado para depender
de sus entornos ricos en materia orgánica para estos nutrientes requeridos.
Si una célula va a crecer y dividirse, debe tomar macronutrientes y micronutrientes del
entorno y transformarlos en nuevo material celular. Por lo tanto, para cultivar microbios
en el laboratorio, debemos satisfacer sus requerimientos de crecimiento. Si los
nutrientes, metales traza y factores de crecimiento que un microbio necesita no están
disponibles, el organismo no crecerá. En la siguiente sección, consideraremos cómo se
tienen en cuenta estos factores importantes para respaldar el crecimiento robusto de los
microorganismos en los medios de cultivo de laboratorio.

Medios de Cultivo y Cultivo en Laboratorio

Los cultivos de microorganismos en el laboratorio se cultivan en medios de cultivo
(singular, medio), soluciones de nutrientes adaptadas al organismo particular que se va a
cultivar (◀ Sección 1.13). Debido a que el cultivo en laboratorio de un microbio es
necesario para su estudio detallado, se debe prestar especial atención a la selección y
preparación de los medios de cultivo para que el cultivo en el laboratorio sea exitoso.
Los medios de cultivo deben esterilizarse antes de su uso, y la esterilización se logra
típicamente calentando el medio a presión en un autoclave. Discutimos el
funcionamiento y los principios del autoclave en la Sección 4.17, junto con otros
métodos para esterilizar los medios de cultivo y utensilios de laboratorio y otros
dispositivos.
Clases de Medios de Cultivo
Aunque existen miles de recetas para medios de cultivo microbiano, dos amplias clases
de medios de cultivo se utilizan ampliamente en microbiología: medios definidos y
medios complejos. Los medios definidos se preparan añadiendo cantidades precisas de
productos químicos puros inorgánicos u orgánicos al agua destilada. Por lo tanto, se
conoce la composición exacta de un medio definido (tanto en sentido cualitativo como
cuantitativo). De gran importancia en cualquier medio de cultivo es la fuente de
carbono, ya que todas las células necesitan grandes cantidades de carbono para fabricar
nuevo material celular (Figura 4.1). La fuente de carbono particular y su concentración
dependen del organismo que se va a cultivar. La Tabla 4.2 enumera recetas de cuatro
medios de cultivo diferentes. Algunos medios definidos, como el que se menciona para
Escherichia coli, se consideran "simples" porque contienen solo una fuente de carbono.
En un medio así, E. coli biosintetiza todos sus materiales celulares a partir de glucosa.
Para cultivar muchos microorganismos, no es esencial conocer la composición exacta de
un medio. En estos casos, los medios complejos pueden ser suficientes y, en ocasiones,
ventajosos. Los medios complejos se elaboran a partir de digestiones de productos
microbianos, animales o vegetales, como proteína de leche (caseína), carne de res
(extracto de carne de res), soja (caldo de soja triptona), células de levadura (extracto de
levadura) o cualquiera de otras numerosas sustancias altamente nutritivas (Tabla 4.2).
Por ejemplo, los medios utilizados originalmente por Pasteur en sus estudios clásicos
iniciales en microbiología eran medios complejos que contenían extracto de levadura
(◀ Sección 1.11). Estas digestiones están disponibles comercialmente en forma
deshidratada y solo es necesario hidratarlas con agua destilada para formar un medio de
cultivo. Sin embargo, la desventaja de un medio complejo es que su composición
nutricional exacta es desconocida.
A veces se preparan medios de cultivo que son selectivos o diferenciales (o ambos),
especialmente los medios utilizados en microbiología médica. Un medio selectivo
contiene compuestos que inhiben el crecimiento de algunos microorganismos pero no
de otros. Los medios selectivos están disponibles comercialmente para el aislamiento de
ciertos patógenos intestinales comunes, como las bacterias entéricas Salmonella o las
cepas de E. coli que causan enfermedades transmitidas por alimentos. Por ejemplo, a
menudo se añaden sales biliares a los medios de cultivo para el aislamiento selectivo de
estas bacterias, ya que las sales biliares matan a muchas bacterias que no pueden crecer
en el intestino. Un medio diferencial es aquel al que se le añade un indicador
(normalmente un colorante) que revela mediante un cambio de color si ha ocurrido una
reacción metabólica particular durante el crecimiento. Por ejemplo, la detección de
bacterias del ácido láctico, que secretan ácido láctico y hacen que el pH disminuya,
puede facilitarse incorporando un tinte sensible al pH en el medio de cultivo que cambia
de color cuando las condiciones se vuelven ácidas. Los medios diferenciales son útiles
para distinguir bacterias y se utilizan ampliamente en la microbiología clínica y en la
taxonomía microbiana.
Técnica aséptica
La propagación de cultivos microbianos requiere una técnica aséptica (Figura 4.3), una
serie de pasos mediante los cuales los microbios se transfieren entre medios de cultivo
sin contaminación. La contaminación puede provenir de microbios en el aire, en gotas
de líquido o en superficies. Con un medio líquido, el objetivo es transferir un cultivo
microbiano mientras se protege el recipiente de cultivo de las corrientes de aire o del
contacto con superficies no estériles (Figura 4.3a). En el caso de las placas de agar, el
plan es básicamente el mismo, pero con un mayor énfasis en mantener la superficie del
agar protegida de aerosoles o partículas en el aire (Figura 4.3b). Se requiere un dominio
de la técnica aséptica para mantener cultivos puros, ya que los contaminantes
transportados por el aire están prácticamente en todas partes, incluso en lo que podría
parecer un laboratorio de microbiología muy limpio.
El método principal para obtener cultivos puros que contienen un solo microbio y para
verificar la pureza del cultivo es realizar la técnica de estría en placa (Figura 4.3b). En
este método, se utiliza un asa de inoculación para extender una muestra sobre un medio
solidificado en una placa de agar.
El recuento microscópico de números celulares microbianos
Evaluar el número de células proporciona información cuantitativa sobre el estado de un
cultivo microbiano de laboratorio o de una comunidad microbiana en la naturaleza. Se
han desarrollado varios métodos para enumerar una población microbiana, cada uno con
sus propias ventajas y limitaciones. Comenzamos con el "recuento total" clásico
realizado mediante el examen microscópico de un cultivo o muestra natural.
Recuento Total de Células
Los recuentos totales del número de microbios en un cultivo o muestra natural se
pueden realizar simplemente observando y enumerando las células presentes mediante
un recuento microscópico. Los recuentos microscópicos se pueden realizar en muestras
secas en portaobjetos o en muestras líquidas. Las muestras secas se pueden teñir para
aumentar el contraste entre las células y su fondo (◀ Sección 1.8) cuando se observan
con un microscopio de campo claro, pero un microscopio de contraste de fase es
esencial para observar preparaciones sin teñir. En el caso de las muestras líquidas, se
utilizan cámaras de recuento que consisten en una rejilla con cuadrados de área
conocida grabados en la superficie de un portaobjetos de vidrio (Figura 4.4). Cuando se
coloca el cubreobjetos en la cámara, cada cuadro en la rejilla tiene un volumen preciso.
El número de células por unidad de área de la rejilla se puede contar bajo el
microscopio, lo que proporciona una medida del número de células por volumen de la
pequeña cámara. El número de células por mililitro de suspensión se calcula utilizando
un factor de conversión basado en el volumen de la muestra de la cámara (Figura 4.4).
El recuento microscópico es una forma rápida y fácil de estimar el número de células
microbianas. Sin embargo, tiene varias limitaciones que restringen su utilidad. Por
ejemplo, sin técnicas de tinción especiales, las células muertas no se pueden distinguir
de las células vivas y es difícil lograr precisión, incluso cuando se realizan recuentos
replicados. Además, las células pequeñas a menudo son difíciles de ver bajo el
microscopio, lo que puede llevar a recuentos erróneos, y las suspensiones celulares de
baja densidad (menos de aproximadamente 106 células/mililitro) tendrán pocas o
ninguna célula en el campo del microscopio a menos que la muestra se concentre
primero y se resuspenda en un pequeño volumen. Finalmente, las células móviles deben
ser inmovilizadas (generalmente con formaldehído) o de lo contrario antes de contar, y
los restos en la muestra pueden ser fácilmente confundidos con células microbianas.
Recuentos de Células Microscópicas en Ecología Microbiana
A pesar de las muchas limitaciones potenciales, los ecologistas microbianos a menudo
utilizan recuentos microscópicos de células en muestras naturales. Pero lo hacen
utilizando tintes para visualizar las células, a menudo tintes que proporcionan
información filogenética u otra información clave sobre las células, como sus
propiedades metabólicas (▶ Sección 19.5).
Se pueden utilizar muchos tintes fluorescentes de manera general. Por ejemplo, el tinte
DAPI (◀ Sección 1.8 y Figura 1.25e) tiñe todas las células porque se une firmemente al
ADN. Otros tintes fluorescentes generales pueden diferenciar las células vivas de las
muertas al detectar si la membrana citoplasmática de una célula está intacta o no. Por
otro lado, los tintes fluorescentes altamente específicos para ciertos organismos o
grupos de organismos relacionados se pueden preparar mediante la unión de tintes
fluorescentes a sondas específicas de ácidos nucleicos. Por ejemplo, se pueden usar
tintes filogenéticos que tiñen solo especies de Bacterias o solo especies de Archaea en
combinación con tintes no específicos para determinar la proporción de cada dominio
presente en una muestra (▶ Sección 19.5). Se han desarrollado otras sondas
fluorescentes que se dirigen a genes que codifican enzimas que catalizan procesos
metabólicos específicos; si una célula es teñida con una de estas sondas, se puede inferir
un metabolismo que puede revelar el papel ecológico de la célula en la comunidad
microbiana. En todos estos casos, si las células en la muestra están presentes en
cantidades muy pequeñas, por ejemplo, en una muestra de agua de mar, esta limitación
se puede superar concentrando primero las células en un filtro y luego contándolas
después de la tinción. Debido a que son fáciles de realizar y a menudo proporcionan
información básica útil, los recuentos microscópicos de células son comunes en estudios
ecológicos de entornos microbianos naturales. Exploramos este tema en más detalle en
el Capítulo 19. En la siguiente sección, consideramos la cuantificación de microbios
utilizando métodos basados en el crecimiento.

Conteo viable
Existen al menos dos formas de realizar un recuento en placa: el método de siembra en
superficie y el método de siembra en vertido (Figura 4.5). En el método de siembra en
superficie, se extiende un volumen (generalmente 0.1 ml o menos) de un cultivo
debidamente diluido sobre la superficie de una placa de agar utilizando un esparcidor de
vidrio estéril. En el método de siembra en vertido, se pipetea un volumen conocido
(generalmente de 0.1 a 1.0 ml) del cultivo en una placa de Petri estéril vacía. Luego, se
agrega medio de agar fundido, templado a una temperatura ligeramente superior al
punto de gelificación (50°C), y se mezcla suavemente antes de permitir que el agar se
solidifique.Tanto con el método de siembra en superficie como con el método de
siembra en vertido, es importante que el número de colonias que se desarrollen en o en
el medio no sea ni demasiado alto ni demasiado bajo. En placas demasiado pobladas,
algunas células pueden no formar colonias y algunas colonias pueden fusionarse, lo que
conduce a mediciones erróneas. Si el número de colonias es demasiado pequeño, la
significación estadística del recuento calculado será baja. La práctica habitual, que es la
más válida estadísticamente, es contar las colonias solo en placas que contienen entre 30
y 300 colonias. Una suposición importante de la técnica de recuento en placa viable es
que una célula forma una sola colonia. Sin embargo, ya hemos aprendido que algunas
bacterias son filamentosas y muchas forman racimos o biofilms pegajosos (Capítulo 1).
Por ejemplo, un filamento bacteriano podría contener 10 o más células, pero dado que
estas células están firmemente unidas entre sí, dicho filamento formaría solo una
colonia. Por lo tanto, los datos de los recuentos viables suelen expresarse como el
número de unidades formadoras de colonias (UFC) obtenidas en lugar del número real
de células viables, para tener en cuenta los cúmulos que contienen más de una célula
viable.
Diluir una muestra
La muestra suele contener miles, millones o incluso miles de millones de bacterias
viables, por lo que las muestras suelen diluirse para obtener una suspensión que
proporcione un número contable de colonias. Antes de realizar recuentos viables en
placas, comúnmente se utilizan una serie de diluciones de diez veces (Figura 4.6). Para
hacer una dilución de diez veces, 1 ml de muestra se puede agregar a 9 ml de diluyente
(generalmente agua, una solución de sales diluidas o medio de cultivo). De esta manera,
un mililitro de esta dilución de diez veces contiene 0.1 ml (10-1 ml) de la muestra
original y 0.9 ml de diluyente.

Con cultivos densos, a menudo se necesitan varias diluciones en serie para obtener un
número contable de colonias (Figura 4.6). Por ejemplo, si se sospecha que una muestra
contiene más de 105 células, entonces la muestra se puede diluir 1000 veces realizando
tres diluciones sucesivas de diez veces (1/10 * 1/10 * 1/10 = 1/1000). De esta manera,
un mililitro de una dilución de 1000 veces contiene 0.001 ml (10-3 ml) de muestra y
0.999 ml de diluyente. Para determinar el número de células en la muestra, se divide el
número de colonias observadas por la cantidad de muestra sembrada. Por lo tanto, si se
siembra 1 ml de una dilución de 1000 veces, esto equivale a sembrar 0.001 ml de la
muestra original. Si se forman 159 colonias a partir de esta muestra, la muestra original
debe haber contenido 159 * 10^3 (lo que equivale a 1.59 * 10^5) UFC
Aplicaciones del Recuento en Placas
A pesar de las precauciones asociadas con el conteo viable, este procedimiento es rápido
y sencillo, por lo que se utiliza ampliamente en microbiología. Por ejemplo, en
microbiología alimentaria, láctea, médica y acuática, se emplean recuentos viables de
manera rutinaria. El método tiene la ventaja de una alta sensibilidad, ya que es capaz de
detectar tan solo una célula viable por muestra sembrada. Esta característica permite la
detección sensible de la contaminación microbiana en alimentos u otros materiales.
El uso de medios de cultivo altamente selectivos y condiciones de crecimiento permite
utilizar el recuento en placas para enfocarse en especies particulares en una muestra que
contiene muchos organismos. Por ejemplo, un medio complejo que contiene un 10% de
NaCl es muy útil para aislar especies de Staphylococcus potencialmente patógenas de la
piel, ya que la sal inhibe el crecimiento de la mayoría de las bacterias cutáneas. En
aplicaciones prácticas, como en la industria alimentaria, el recuento viable realizado con
un medio complejo y un medio selectivo en la misma muestra permite realizar
evaluaciones cuantitativas y cualitativas simultáneas de la calidad y seguridad de los
alimentos. Es decir, con una sola muestra de alimentos, el medio complejo proporciona
un recuento total de células, un indicador relativo de la frescura y vida útil, mientras que
el medio selectivo indica la presencia o ausencia de un patógeno particular que podría
estar presente en el alimento.
El recuento dirigido es también común en el análisis de aguas residuales y otras
muestras de agua. Por ejemplo, las bacterias entéricas como Escherichia coli provienen
de las heces y son fáciles de recuperar de muestras naturales utilizando medios
selectivos; si se detectan bacterias entéricas en una muestra de agua de un lugar de baño,
por ejemplo, su presencia es una señal de que el agua contiene materia fecal y, por lo
tanto, no es segura para el contacto humano.
Precauciones de los Métodos de Recuento en Placas
Los recuentos microscópicos directos de muestras naturales generalmente revelan
muchas más bacterias de las que se pueden recuperar en un solo medio de cultivo. Por
lo tanto, aunque es una técnica muy sensible, los recuentos en placas pueden ser muy
poco confiables cuando se utilizan para evaluar el número total de células en muestras
naturales, como suelo y agua. En microbiología, esto se ha denominado como la "gran
anomalía del recuento en placas".

¿Por qué los recuentos en placas revelan un número menor de células que los recuentos
microscópicos directos? La razón es que diferentes organismos, incluso aquellos
presentes en una muestra natural muy pequeña, tienen requisitos muy diferentes de
nutrientes y condiciones de crecimiento en el cultivo en laboratorio (Secciones 4.1 y 4.2
y Tabla 4.2). Por lo tanto, se puede esperar que un medio y un conjunto de condiciones
de crecimiento solo respalden el crecimiento de un subconjunto de la comunidad
microbiana total. Por ejemplo, si una muestra tiene 10^9 células viables, pero solo 10^6
de ellas son capaces de crecer en un medio de cultivo dado, entonces el recuento en
placas viables pasará por alto el 99.9% de la población de células viables, una gran
subestimación del número real de organismos presentes en la muestra.
Los resultados del recuento en placas llevan, por lo tanto, una gran advertencia. Los
recuentos en placas dirigidos a organismos específicos utilizando medios altamente
selectivos (Sección 4.2), como en el análisis microbiano de aguas residuales o
alimentos, a menudo pueden proporcionar datos bastante confiables, ya que se conoce la
fisiología de los organismos específicos y, por lo tanto, la recuperación de células
viables es cercana al 100%. En contraste, los recuentos de "células totales" de las
mismas muestras utilizando un solo medio y conjunto de condiciones de crecimiento
pueden ser, y suelen ser, subestimaciones del número real de células en uno o varios
órdenes de magnitud. Debido a este problema, se han desarrollado una amplia variedad
de métodos moleculares para detectar y cuantificar organismos específicos en muestras
naturales sin necesidad de cultivarlos en el laboratorio.
Densidad Óptica y su Relación con el Número de Células
La turbidez se mide con un espectrofotómetro, un instrumento que mide la luz no
dispersada que pasa a través de una muestra (Figura 4.7). Un espectrofotómetro utiliza
un prisma o rejilla de difracción para generar luz incidente de una longitud de onda
específica (Figura 4.7a). Longitudes de onda comúnmente utilizadas para medidas de
turbidez microbiana incluyen 480 nm (azul), 540 nm (verde) y 660 nm (rojo). La
sensibilidad es mejor en longitudes de onda más cortas, pero las mediciones de
suspensiones celulares densas son más precisas a longitudes de onda más largas.
La unidad de turbidez es la densidad óptica (DO) a la longitud de onda especificada, por
ejemplo, DO540 para medidas a 540 nm (Figura 4.7). Para organismos unicelulares, la
densidad óptica es proporcional, dentro de ciertos límites, al número de células. Por lo
tanto, las lecturas de turbidez pueden utilizarse como sustituto de los métodos de
recuento totales o viables. Sin embargo, antes de hacerlo, es necesario preparar una
curva estándar que relaciona el número de células (cuenta microscópica o viable) con la
turbidez. Como se puede ver en tal gráfico, la proporcionalidad solo se mantiene dentro
de ciertos límites (Figura 4.7d). A altas densidades celulares, la luz dispersada lejos del
fotodiodo del espectrofotómetro por una célula puede ser redirigida hacia el fotodiodo
por otra, y como resultado, la correspondencia uno a uno entre el número de células y la
turbidez se desvía de la linealidad. Sin embargo, una vez que se haya preparado un
estándar, la turbidez medida en una muestra desconocida se puede utilizar para estimar
el número de células.
La fisión binaria y el ciclo de crecimiento microbiano
El crecimiento es el resultado de la división celular y es el proceso final en la vida de
una célula microbiana. En microbiología, el crecimiento se define como un aumento en
el número de células. A medida que las macromoléculas se acumulan en el citoplasma
de una célula, se ensamblan en las principales estructuras celulares, como la envoltura
celular, la membrana citoplasmática, los ribosomas, etc., lo que finalmente conduce a la
división celular. En una cultura en crecimiento de una bacteria en forma de bastón,
como Escherichia coli, las células se alargan aproximadamente al doble de su longitud
original y luego forman una partición que estrangula la célula en dos células hijas
idénticas (Figura 4.8). Este proceso se llama fisión binaria ("binaria" para indicar que
dos células han surgido de una).
La partición que se forma entre las células que se dividen se llama septo y resulta del
crecimiento hacia el interior de la envoltura celular desde direcciones opuestas; la
formación del septo continúa hasta que las dos células hijas se desprenden. Existen
algunas variaciones en este patrón general de fisión binaria. En algunas bacterias, como
Bacillus subtilis, se forma un septo sin constricción de la pared celular (Figura 4.9),
mientras que en la bacteria en forma de yema Caulobacter (◀ Figura 2.14a, y ver
Figura 4.18) se produce una constricción pero no se forma un septo.
Cuando una célula finalmente se separa para formar dos células (Figura 4.8), decimos
que ha ocurrido una generación y el tiempo requerido para este proceso se llama tiempo
de generación (o tiempo de duplicación). Cada célula hija es esencialmente idéntica,
habiendo recibido una copia del cromosoma (s) y suficientes copias de todos los
materiales celulares necesarios para comenzar la vida como una entidad independiente.
Los microbios difieren en sus tiempos de duplicación y el tiempo de duplicación de
cualquier microbio dado varía según las condiciones de crecimiento. En condiciones de
crecimiento óptimas, el tiempo de generación de E. coli es de aproximadamente 20
minutos. Los microbios de crecimiento más rápido conocidos pueden duplicarse en
menos de 10 minutos, mientras que los más lentos pueden tener tiempos de generación
de varios meses o incluso más largos.
El Ciclo de Crecimiento Microbiano
Bajo condiciones óptimas, el crecimiento por fisión binaria puede causar un rápido
aumento en el número de células presentes, pero las condiciones rara vez son óptimas,
incluso en cultivos de laboratorio. Típicamente, los microbios se cultivan en un cultivo
por lotes, que describe el crecimiento de microbios en un volumen fijo de líquido
contenido en un recipiente como un tubo de ensayo o un matraz. Los nutrientes en dicho
matraz de cultivo son finitos y no pueden mantener el crecimiento indefinidamente. Por
lo tanto, en cultivos por lotes, los microbios suelen exhibir un ciclo de crecimiento
denominado curva de crecimiento microbiano (Figura 4.10). La curva de crecimiento
consta de cuatro fases: fase de latencia, fase exponencial, fase estacionaria y fase de
declive.
Fases de Latencia y Exponencial
Cuando se inocula un cultivo microbiano en un nuevo medio de crecimiento fresco
(Sección 4.2), suele haber una pausa inicial durante la cual las células no crecen. Este
período entre la inoculación y el inicio del crecimiento se llama fase de latencia (Figura
4.10). Los microbios exhiben una fase de latencia porque la transferencia a un medio
fresco representa nuevas condiciones ambientales para las células, que necesitan alterar
su estado metabólico para responder a estas nuevas condiciones.
La fase de latencia puede ser breve o prolongada según la historia previa de las células
(cultivo antiguo, cultivo joven, tipo de medio de crecimiento, etc.), la elección del
medio de crecimiento y las condiciones de crecimiento. Por ejemplo, si se transfiere un
cultivo en crecimiento activo a un nuevo matraz que contiene el mismo tipo de medio
bajo las mismas condiciones de crecimiento, habrá muy poca fase de latencia. Esto se
debe a que la célula necesita hacer muy pocos ajustes metabólicos a esta nueva
condición. Sin embargo, si el inóculo proviene de un cultivo antiguo, generalmente hay
una fase de latencia más larga porque la viabilidad celular puede ser baja, o las células
pueden necesitar sintetizar muchas enzimas y macromoléculas antes de poder comenzar
a crecer. También se observa una fase de latencia larga cuando un cultivo microbiano se
transfiere de un medio de cultivo rico en nutrientes a un medio de cultivo pobre en
nutrientes. Para crecer, las células deben tener un conjunto completo de enzimas para
biosintetizar los metabolitos esenciales ausentes del medio pobre en nutrientes. Cuantas
más enzimas y moléculas deba fabricar una célula para crecer en un nuevo entorno, más
larga será la fase de latencia.
La fase exponencial de crecimiento es el período en el que la población de células en
crecimiento se duplica a intervalos regulares (Figura 4.10). Esta fase también se
denomina crecimiento equilibrado porque las células son lo más cercanas posible a ser
metabólicamente idénticas a lo largo de este período. Por lo tanto, para minimizar la
variación experimental, la mayoría de los experimentos se realizan con microbios
tomados de cultivos en la fase exponencial de crecimiento. Las tasas de crecimiento
exponencial varían mucho y están influenciadas por la elección de los medios de
cultivo, las condiciones de crecimiento y el organismo en sí. El crecimiento exponencial
continúa hasta que las condiciones en el cultivo por lotes ya no pueden mantener el
crecimiento.
Fase Estacionaria y de Declive
En un cultivo por lotes, el crecimiento exponencial no puede continuar indefinidamente.
Considere el hecho de que una sola célula que pese una billonésima (10-12) de gramo y
que se duplique sin cesar cada 20 minutos durante 48 horas produciría una población de
células que pesaría 4000 veces más que el planeta Tierra. Obviamente, esto es imposible
porque la capacidad de carga de un entorno siempre limitará el crecimiento de los
organismos que lo habitan. En el caso de los cultivos por lotes, el crecimiento está
limitado debido a la depleción de nutrientes o la acumulación de productos de desecho
microbiano. Cuando el crecimiento exponencial cesa por una (o ambas) de estas
razones, la población entra en la fase estacionaria (Figura 4.10). En la fase estacionaria,
no hay un aumento ni disminución netos en el número de células y, por lo tanto, la tasa
de crecimiento de la población es cero. Durante la fase estacionaria, el metabolismo
celular se aleja del crecimiento a medida que la célula se prepara para el mantenimiento
y la supervivencia. A pesar de la detención del crecimiento, el metabolismo energético y
los procesos biosintéticos en las células en fase estacionaria pueden continuar, pero
generalmente a una tasa muy reducida. Eventualmente, la población ingresará en la fase
de declive del ciclo de crecimiento a medida que el número total de células disminuya
debido a la muerte celular. La división celular aún puede ocurrir en algunas células de la
población durante las fases estacionaria y de declive, pero este escaso aumento en el
número se equilibra con la muerte de otras células. Algunos cultivos microbianos
muestran un crecimiento críptico durante las fases estacionaria y de declive a medida
que subpoblaciones de células se adaptan para canibalizar y reutilizar los recursos
liberados por las células moribundas. Además, si se evita que un cultivo se seque,
algunas células pueden permanecer durante meses o incluso años. Ahora consideramos
cómo se puede poner el crecimiento exponencial en una base cuantitativa utilizando
algunas relaciones matemáticas básicas y cómo estas relaciones se pueden explotar en
los estudios de laboratorio de cultivos microbianos en crecimiento.
Consecuencias del Crecimiento Exponencial
Durante el crecimiento exponencial, el aumento en el número de células es inicialmente
bastante lento pero aumenta a un ritmo cada vez más rápido. En las etapas posteriores
del crecimiento exponencial, esto resulta en un aumento explosivo en el número de
células. Por ejemplo, en el experimento mostrado en la Figura 4.11, la tasa de
producción de células en los primeros 30 minutos de crecimiento es de 1 célula por 30
minutos. Sin embargo, entre las 4 y las 4.5 horas de crecimiento, la tasa de producción
de células es de 256 células por 30 minutos, y entre las 5.5 y las 6 horas de crecimiento,
es de 2048 células por 30 minutos. Debido a esto, el número de células en cultivos de
laboratorio de bacterias puede aumentar rápidamente y las poblaciones de 7 x 10^9
células/ml son comunes. Además de ser una consideración teórica, el crecimiento
exponencial puede tener implicaciones en la vida cotidiana. Consideremos algo que
todos hemos experimentado, el deterioro de la leche. Las bacterias del ácido láctico
responsables del sabor agrio de la leche estropeada contaminan la leche durante su
recolección y existen en la leche fresca y pasteurizada en cantidades bajas; estos
organismos crecen lentamente a temperatura de refrigeración (4°C) pero mucho más
rápido a temperatura ambiente. Si una botella de leche fresca se deja a temperatura
ambiente durante la noche, se produce algo de ácido láctico, pero no lo suficiente como
para afectar la calidad de la leche. Sin embargo, si se deja una leche de una semana de
edad, que ahora contiene una semana de crecimiento bacteriano lento (y, por lo tanto, un
número de células mucho mayor), bajo las mismas condiciones, se produce una gran
cantidad de ácido láctico y resulta en deterioro.
Cultivo Continuo
Hasta este punto, nuestra consideración sobre el crecimiento de poblaciones
microbianas se ha limitado a cultivos por lotes. El entorno en un cultivo por lotes
cambia constantemente debido al consumo de nutrientes y la producción de residuos.
Estas limitaciones pueden evitarse en un dispositivo de cultivo continuo. El tipo más
común de dispositivo de cultivo continuo es el quimiostato (Figura 4.13). A diferencia
de un cultivo por lotes, que es un sistema cerrado, un cultivo continuo es un sistema
abierto. En un quimiostato, se agrega un volumen conocido de medio estéril a una tasa
constante, mientras que se retira un volumen igual de medio de cultivo gastado (que
también contiene células) a la misma tasa (Figura 4.13). Una vez en equilibrio, el
volumen del cultivo, el número de células y el estado de nutrientes y productos de
desecho permanecen constantes, y el cultivo alcanza un estado estacionario.
El Quimiostato y el Concepto de Estado Estacionario
Un quimiostato permite el control tanto de la tasa de crecimiento específico (k, Figura
4.14) como del rendimiento de crecimiento (biomasa por ml, Figura 4.15) de un cultivo
microbiano. En un quimiostato, se agrega medio fresco estéril a un recipiente de cultivo
y se elimina el medio gastado a tasas iguales, lo que resulta en un cultivo que mantiene
un volumen fijo (Figuras 4.13 y 4.14). El suministro de medio se define mediante la tasa
de dilución (D), que se expresa como F/V, donde F es la velocidad de flujo (volumen
por unidad de tiempo) y V es el volumen del cultivo. En el quimiostato, la tasa de
crecimiento específico está controlada por la tasa de dilución (D), y el rendimiento de
crecimiento está controlado por la concentración de un nutriente limitante en el medio
fresco agregado al recipiente.
En un quimiostato en estado estacionario, las células crecen a la misma velocidad a la
que son eliminadas por el flujo de salida del sistema; es decir, k = D (Figura 4.14). En
estado estacionario, un gran número de células compiten por un nutriente limitante. El
nutriente agregado en el medio fresco es consumido rápidamente por las células dentro
del quimiostato, limitando así su tasa de crecimiento. A medida que aumenta el flujo de
nutrientes, las células pueden crecer más rápido y continúan manteniendo el ritmo con
la tasa de dilución hasta que sea tan rápido que excede la tasa de crecimiento máxima
del organismo. En este punto, las células ya no pueden mantener el ritmo y son
eliminadas del recipiente de cultivo (Figura 4.14). Si bien la tasa de crecimiento
específico está controlada por D, el rendimiento de crecimiento está controlado por la
concentración del nutriente limitante en el medio (Figura 4.15). Como se muestra en la
Figura 4.14, un cambio en D no cambia el rendimiento de crecimiento en términos de
biomasa presente hasta que se produce el lavado. Sin embargo, más nutrientes en el
medio significan que se pueden producir más células (Figura 4.15), pero no tienen
impacto en la tasa de crecimiento (excepto a concentraciones de nutrientes muy bajas
cuando las células están muriendo de hambre). Por lo tanto, al variar D o la
concentración del nutriente limitante del crecimiento, se pueden establecer cultivos que
están creciendo de manera exponencial a una tasa de crecimiento definida y a una
densidad celular definida.
Usos Experimentales del Quimiostato
Una ventaja práctica del quimiostato es que una población celular puede mantenerse en
la fase de crecimiento exponencial durante largos períodos, semanas o incluso meses.
Las células en fase exponencial suelen ser las más deseadas para experimentos
fisiológicos. Dichas células están disponibles en cualquier momento en el quimiostato, y
se pueden tomar muestras del recipiente repetidamente. Los cultivos de quimiostato se
han utilizado ampliamente para estudiar la fisiología bacteriana y también se han
utilizado en estudios de ecología y evolución microbiana. Por ejemplo, debido a que el
quimiostato puede imitar las bajas concentraciones de sustrato que a menudo se
encuentran en la naturaleza, es posible preguntar qué organismos en cultivos mixtos de
composición conocida compiten mejor a varias tasas de crecimiento específicas o
cuando nutrientes particulares son limitantes. Los quimiostatos también se han utilizado
para el enriquecimiento directo y el aislamiento de bacterias de la naturaleza. A partir de
una muestra natural, se puede seleccionar una población estable bajo las condiciones
elegidas de concentración de nutrientes y D, y luego aumentar lentamente D hasta que
quede un solo organismo. De esta manera, los microbiólogos que estudian las tasas de
crecimiento de varias bacterias del suelo aislaron una bacteria con un tiempo de
duplicación de 6 minutos, la bacteria de crecimiento más rápido conocida.
Crecimiento de Biopelículas
Hasta este punto, hemos considerado el crecimiento microbiano solamente en
suspensiones líquidas. Este tipo de crecimiento de células libres o nadadoras se llama
crecimiento planctónico. El crecimiento planctónico es un estado natural para muchos
microbios, y la mayoría de los cultivos de laboratorio se mantienen en este estado. Sin
embargo, el crecimiento sésil, es decir, el crecimiento mientras están unidos a una
superficie, es bastante común en el mundo microbiano. Los microbios que están unidos
a superficies a menudo se desarrollan en biopelículas. El crecimiento de biopelículas
tiene una importancia tremenda en aplicaciones médicas e industriales, y permite a los
microbios exhibir propiedades diferentes de las células planctónicas.
Formación de Biopelículas
Una biopelícula es una población de células atrapadas en una matriz de polisacáridos
que está unida a una superficie (Figura 4.16). Las biopelículas se forman en etapas,
comenzando con la adhesión de células planctónicas a una superficie. La adhesión a
menudo es mediada por flagelos, fimbrias o pili (Capítulo 2). La colonización de la
superficie comienza cuando los microbios comienzan a crecer y producen polisacáridos
extracelulares pegajosos (EPS). La colonización microbiana y el crecimiento en la
superficie causan cambios en la biopelícula que conducen al desarrollo. Durante el
desarrollo, las células en la biopelícula comienzan a cambiar su metabolismo. Estos
cambios pueden hacer que las biopelículas desarrollen sistemas complejos de columnas
y canales parecidos a hongos que desencadenan la diferenciación metabólica de
microbios en la superficie de la biopelícula en comparación con los de su base.
Finalmente, la dispersión de células desde una biopelícula madura permite a los
microbios colonizar nuevos sitios (Figura 4.16). Por lo general, la dispersión es
provocada por cambios en el entorno, como la limitación de nutrientes u otras formas de
estrés. Las biopelículas se pueden estudiar en una cámara de flujo, en la que el medio
líquido fluye continuamente entre dos capas de vidrio. Las cámaras de flujo están
diseñadas de manera que el crecimiento de biopelículas se pueda monitorear
microscópicamente con el tiempo (Figura 4.16). Pseudomonas aeruginosa es un
organismo modelo que se ha utilizado para estudiar las biopelículas. P. aeruginosa es un
modelo relevante porque forma biopelículas en los pulmones de humanos con la
enfermedad genética fibrosis quística. La formación de biopelículas permite que las
células de P. aeruginosa persistan y resistan ser eliminadas. Las biopelículas también
tienden a hacer que las bacterias sean más resistentes a los medicamentos porque
proporcionan una barrera de penetración y promueven la diferenciación metabólica. Por
lo tanto, las biopelículas permiten interacciones microbianas complejas que no se
observan en los microbios planctónicos.

Crecimiento Hifal y Fisión Múltiple

Los actinomicetos son bacterias grampositivas filamentosas comunes en el suelo y
crecen como filamentos largos y delgados llamados hifas; las especies del género
Streptomyces son típicas de los actinomicetos (Figura 4.19). El crecimiento hifal ocurre
solo en la punta de un filamento en crecimiento y es diferente de la fisión binaria porque
el crecimiento de la célula no está directamente vinculado a la división celular. Es decir,
las células se alargan y replican el ADN a medida que crecen, pero no producen septos.
En su lugar, las hifas forman tabiques transversales lejos del punto de crecimiento
celular. Estos tabiques transversales no definen células independientes, sino que
permiten el transporte entre compartimentos adyacentes en el filamento hifal (consulte
también la página 144). A menudo, las hifas se entrelazan para formar micelios, que se
forman a partir de filamentos hifales complejos, y los micelios maduros a menudo
forman artrosporas. Las artrosporas son estructuras de supervivencia, pero difieren de
las endosporas en su mecanismo de desarrollo y su falta de resistencia al calor y
productos químicos fuertes.
Las artrosporas se desarrollan mediante la fisión múltiple, en la que un solo filamento
hifal forma muchos septos simultáneamente a lo largo de su longitud. Esto hace que
muchas células se formen al mismo tiempo a lo largo del filamento, cada una de las
cuales finalmente se diferencia en una artrospora madura. La fisión múltiple también se
observa en ciertas cianobacterias (una característica definitoria de las Pleurocapsales;
consulte ▶ Figura 15.2b). Las células de la cianobacteria Stanieria, por ejemplo,
comienzan con aproximadamente 1 mm de diámetro y crecen hasta alcanzar hasta 30
mm de diámetro antes de someterse a una fisión múltiple, un proceso en el cual la célula
grande se divide en decenas (o incluso cientos) de células más pequeñas, cada una de las
cuales comienza el ciclo de replicación nuevamente. Finalmente, algunas bacterias
incluso forman descendencia intracelular. Bacterias como la Epulopiscium de células
gigantes (◀ Figura 1.6a) crecen formando múltiples células hijas dentro del citoplasma
de la célula madre. Una vez que las células hijas son maduras, emergen de la célula
madre y comienzan un nuevo ciclo de producción de células hijas.
Ahora dirigimos nuestra atención desde el crecimiento microbiano en sí hacia las
características ambientales que controlan el crecimiento microbiano. Veremos que el
mundo microbiano está lleno de organismos excepcionales capaces de crecer en
condiciones adversas que solo pueden calificarse como extremas.
Efecto de la temperatura en el crecimiento microbiano
Incluso cuando a un microorganismo se le proporciona una serie óptima de nutrientes
requeridos, el crecimiento no es seguro a menos que el estado químico y físico de su
entorno sea adecuado. Cuatro factores ambientales controlan el crecimiento microbiano
de manera importante: la temperatura, el pH, la disponibilidad de agua y el oxígeno. Si
alguno de estos factores está más allá de los límites que un organismo puede tolerar, el
crecimiento no ocurrirá, incluso en un medio de cultivo por lo demás ideal. En las
Partes III y IV de este capítulo, examinaremos estos factores ambientales importantes,
comenzando con la temperatura, el factor clave que afecta el crecimiento y la
supervivencia de los microorganismos.

4.11 Clases de Temperatura de los Microorganismos

A temperaturas demasiado frías o demasiado calientes, los microorganismos no podrán
crecer y, en algunos casos, podrían morir. Las temperaturas mínimas y máximas que
respaldan el crecimiento varían considerablemente entre diferentes organismos y suelen
reflejar el rango de temperaturas y la temperatura promedio de los entornos que habitan.
Temperaturas Cardinales
La temperatura afecta a los microorganismos de dos maneras opuestas. A medida que
aumenta la temperatura, la velocidad de las reacciones enzimáticas aumenta y el
crecimiento se vuelve más rápido. Sin embargo, por encima de una cierta temperatura,
las proteínas u otros componentes celulares críticos pueden desnaturalizarse o dañarse
de manera irreversible. Para cada microorganismo existe una temperatura mínima por
debajo de la cual el crecimiento no es posible, una temperatura óptima en la cual el
crecimiento es más rápido y una temperatura máxima por encima de la cual el
crecimiento no es posible. Estas tres temperaturas, denominadas temperaturas cardinales
(Figura 4.20), son características de cualquier microorganismo dado y pueden diferir
drásticamente entre diferentes especies. Por ejemplo, algunos organismos tienen
temperaturas óptimas de crecimiento cercanas a 0°C, mientras que para otros pueden ser
superiores a 100°C. El rango de temperatura a lo largo del cual es posible el crecimiento
microbiano es aún más amplio, desde -15°C hasta al menos 122°C. Sin embargo,
ningún organismo puede crecer en todo este rango de temperatura, ya que el rango para
cualquier organismo dado generalmente es menor que 40°C.
La temperatura máxima de crecimiento de un organismo refleja la temperatura por
encima de la cual ocurre la desnaturalización de uno o más componentes celulares
esenciales, como una enzima clave. Los factores que controlan la temperatura mínima
de crecimiento de un organismo no son tan claros. Sin embargo, la membrana
citoplasmática debe mantenerse en un estado semilíquido para que tenga lugar el
transporte de nutrientes y las funciones bioenergéticas. Es decir, si la membrana
citoplasmática de un organismo se endurece hasta el punto en que ya no funciona
correctamente en el transporte o ya no puede desarrollar o consumir un gradiente de
fuerza protónica, el organismo no puede crecer. A diferencia de la mínima y la máxima,
la temperatura óptima de crecimiento refleja un estado en el cual todos o la mayoría de
los componentes celulares funcionan a su máxima velocidad y generalmente se
encuentra más cerca de la temperatura máxima que de la mínima (Figuras 4.20 y 4.21).
Clases de Temperatura de los Organismos
Aunque existe un continuo de organismos, desde aquellos con temperaturas óptimas
muy bajas hasta aquellos con temperaturas óptimas muy altas, es posible distinguir
cuatro amplias clases de microorganismos en relación con sus temperaturas óptimas de
crecimiento: los psicrofilos, con temperaturas óptimas bajas; los mesófilos, con
temperaturas óptimas intermedias; los termófilos, con temperaturas óptimas altas; y los
hipertermófilos, con temperaturas óptimas muy altas (Figura 4.21).

Los mesófilos son comunes en la naturaleza y son los microorganismos más estudiados.
Se encuentran en los intestinos de animales de sangre caliente y en entornos terrestres y
acuáticos en latitudes templadas y tropicales. Escherichia coli es un mesófilo típico y
sus temperaturas cardinales se han definido con precisión. La temperatura óptima para
la mayoría de las cepas de E. coli es de 39°C, la temperatura máxima es de 48°C y la
temperatura mínima es de 8°C. Por lo tanto, el rango de temperatura para E. coli es de
aproximadamente 40 grados. Los psicrofilos y termófilos se encuentran en entornos
inusualmente fríos y calurosos, respectivamente. Los hipertermófilos se encuentran en
hábitats extremadamente calurosos, como manantiales termales, donde las temperaturas
pueden alcanzar hasta 100°C, y en fuentes hidrotermales en el fondo marino, donde las
temperaturas pueden superar los 100°C. Ahora consideraremos estos microbios
fascinantes y examinaremos algunos de los problemas fisiológicos a los que se
enfrentan y algunas de las soluciones bioquímicas que han evolucionado para prosperar
en estas condiciones extremas.
La vida microbiana en el frío
Dado que los humanos viven y trabajan en lugares donde las temperaturas son
moderadas, es natural considerar que los entornos muy cálidos o muy fríos sean
"extremos". Sin embargo, muchos hábitats microbianos son, de hecho, muy cálidos o
muy fríos, y los organismos que habitan en estos entornos, llamados extremófilos (◀
Sección 1.5 y Tabla 1.2), realmente prosperan en estos entornos desafiantes.
Consideramos la biología de estos organismos fascinantes aquí y en la próxima sección.
Entornos fríos
Gran parte de la superficie de la Tierra es fría. Los océanos, que componen más de la
mitad de la superficie de la Tierra, tienen una temperatura promedio de 5°C, y las
profundidades de los océanos abiertos tienen temperaturas constantes de 1-3°C. Vastas
áreas del Ártico y la Antártida están permanentemente congeladas o descongeladas solo
durante unas pocas semanas en verano (Figura 4.22). Estos entornos fríos admiten una
vida microbiana diversa, al igual que los glaciares (Figura 4.22e), donde las redes de
canales de agua líquida que atraviesan y fluyen debajo del glaciar están llenas de
microorganismos. Incluso en materiales sólidamente congelados, quedan pequeños
bolsillos de agua líquida donde se han concentrado solutos y los microorganismos
pueden metabolizar y crecer, aunque muy lentamente.
Al considerar los entornos fríos como hábitats microbianos, es importante distinguir
entre entornos que son constantemente fríos y aquellos que son solo estacionalmente
fríos. Estos últimos, característicos de climas templados, pueden tener temperaturas
veraniegas de hasta 40°C. Un lago templado, por ejemplo, puede tener una capa de hielo
en invierno, pero el agua puede permanecer a 0°C solo durante un tiempo relativamente
breve. En cambio, los lagos antárticos contienen una capa de hielo permanente de varios
metros de grosor (Figura 4.22d), y la columna de agua debajo del hielo en estos lagos
permanece a 0°C o más fría durante todo el año. Los sedimentos marinos y los glaciares
también están constantemente fríos, al igual que los lagos subglaciales, es decir, lagos
profundos bajo la superficie del glaciar, y todos ellos están llenos de vida microbiana.
Por lo tanto, no es sorprendente que los mejores ejemplos de microbios bien adaptados a
bajas temperaturas hayan surgido de estos entornos.
Microorganismos psicrófilos y psicrotolerantes
Un psicrófilo es un microorganismo con una temperatura óptima de crecimiento de
15°C o menos, una temperatura máxima de crecimiento por debajo de 20°C y una
temperatura mínima de crecimiento de 0°C o menos. En cambio, los microbios que
crecen a 0°C pero tienen óptimas de 20-40°C se llaman psicrotolerantes. Los psicrófilos
se encuentran en entornos constantemente fríos y pueden ser asesinados incluso por el
calentamiento a temperaturas moderadas. Por esta razón, el estudio de laboratorio de
psicrófilos requiere que se tenga mucho cuidado para garantizar que nunca se calienten
durante la toma de muestras, el transporte al laboratorio, el aislamiento u otras
manipulaciones.
Las algas y bacterias psicrófilas a menudo crecen en densas masas dentro y debajo del
hielo marino (agua de mar congelada que se forma estacionalmente) en regiones polares
(Figura 4.22a–c). También se pueden encontrar en la superficie de campos de nieve y
glaciares, donde le dan una coloración distintiva a la superficie (Figura 4.23). La alga de
nieve Chlamydomonas nivalis es un ejemplo de esto, el pigmento carotenoide
astaxantina en sus esporas (ver figura 4.23 en el inserto) es responsable del color rojo
brillante de la superficie de la nieve. Esta alga crece dentro de la nieve como una célula
vegetativa de pigmentación verde y luego esporula. A medida que la nieve se disipa por
derretimiento, erosión y ablación (evaporación y sublimación), las esporas se
concentran en la superficie. Las especies relacionadas de algas de nieve contienen
diferentes pigmentos carotenoides y, por lo tanto, los campos de algas de nieve también
pueden ser verdes, naranjas, marrones o morados.
Se han aislado varios Bacterias psicrófilas y algunas Arqueas psicrófilas, y algunas de
ellas muestran temperaturas óptimas de crecimiento muy bajas. La bacteria de
permafrost Planococcus halocryophilus crece lentamente a -15°C, la temperatura de
crecimiento más baja documentada para cualquier bacteria. Sin embargo, las
consideraciones teóricas del metabolismo bacteriano sugieren que el límite de
temperatura más bajo para el metabolismo bacteriano es probablemente
considerablemente más frío que esto. Por ejemplo, se ha medido la respiración
microbiana (según la producción de CO2) en suelos de tundra a casi -40°C. A una
temperatura de -20°C, pueden existir bolsas de agua líquida en materiales "congelados",
y los estudios han demostrado que las enzimas de bacterias
Adaptaciones moleculares a la vida en el frío
Los psicrófilos producen enzimas que funcionan, a menudo de manera óptima, en el frío
y que pueden ser desnaturalizadas u otras inactivadas incluso a temperaturas muy
moderadas. La base molecular de esto no se comprende del todo, pero claramente está
relacionada con la estructura de las proteínas. Varias enzimas activas en el frío cuya
estructura se conoce muestran un mayor contenido de hélice alfa y un menor contenido
de lámina beta en su estructura secundaria (▶ Sección 6.7) que las enzimas que
muestran poca o ninguna actividad en el frío. Debido a que las estructuras secundarias
de lámina beta tienden a ser más rígidas que las hélices alfa, el mayor contenido de
hélice alfa en las enzimas activas en el frío les proporciona a estas proteínas una mayor
flexibilidad para catalizar sus reacciones a bajas temperaturas. Las enzimas activas en el
frío también tienden a tener un mayor contenido de aminoácidos polares y un menor
contenido de aminoácidos hidrofóbicos (▶ Figura 6.27 para estructuras de
aminoácidos) y un menor número de enlaces débiles, como los enlaces de hidrógeno y
iónicos, en comparación con la enzima correspondiente de los mesófilos. En conjunto,
estas características moleculares son propensas a mantener flexibles y funcionales a las
enzimas activas en el frío en condiciones de bajas temperaturas.Otra característica
distintiva de los psicrófilos es que sus membranas citoplasmáticas siguen funcionando a
bajas temperaturas. Las membranas citoplasmáticas de los psicrófilos tienden a tener un
mayor contenido de ácidos grasos insaturados y de cadena más corta, y esto ayuda a que
la membrana permanezca en un estado semifluido a bajas temperaturas para llevar a
cabo funciones importantes de transporte y bioenergética. Algunas bacterias psicrófilas
incluso contienen ácidos grasos poliinsaturados; a diferencia de los ácidos grasos
monoinsaturados o completamente saturados que tienden a endurecerse a bajas
temperaturas, los ácidos grasos poliinsaturados permanecen flexibles incluso a
temperaturas muy frías. Otras adaptaciones moleculares a bajas temperaturas incluyen
las "proteínas de choque frío" y los crioprotectores, y estos no se limitan a los
psicrófilos. Las proteínas de choque frío son un tipo de chaperona molecular (▶
Sección 6.11) y tienen varias funciones que incluyen mantener proteínas sensibles al
frío en una forma activa o unirse a ARNm específicos y facilitar su traducción en
condiciones frías. Los crioprotectores incluyen proteínas anticongelantes dedicadas o
solutos específicos, como glicerol o ciertos azúcares, que se producen en grandes
cantidades a bajas temperaturas; estos agentes ayudan a prevenir la formación de
cristales de hielo que pueden perforar la membrana citoplasmática. Las bacterias
altamente psicrófilas a menudo producen niveles abundantes de slime de superficie
celular de exopolisacárido, y estas capas de slime también confieren crioprotección.
Aunque las temperaturas "congelantes" pueden evitar el crecimiento microbiano, no
necesariamente causan la muerte. De hecho, justo lo contrario puede ocurrir, y esto se
ha aprovechado para la preservación de células bacterianas en colecciones de cultivos
microbianos. Las células suspendidas en un medio de crecimiento que contiene un 10%
de dimetilsulfóxido (DMSO) o glicerol como crioprotector y congeladas a -80°C
(congelador ultragélido) o a -196°C (nitrógeno líquido) permanecen viables en estado
congelado durante años.
Vida microbiana a altas temperaturas
La vida microbiana prospera en entornos de alta temperatura, desde suelos calentados
por el sol y charcos de agua hasta manantiales hirvientes, y los organismos que viven en
estos entornos suelen estar altamente adaptados a su temperatura ambiental.
Examinamos estos organismos ahora y volveremos a tratarlos en varios capítulos
posteriores.
Entornos térmicos
Los organismos cuyo óptimo de temperatura de crecimiento supera los 45°C se llaman
termófilos, y aquellos cuyo óptimo supera los 80°C se llaman hipertermófilos (Figura
4.21). La superficie de los suelos expuestos al pleno sol puede calentarse a más de 50°C
al mediodía, y algunos suelos superficiales pueden alcanzar hasta 70°C. Materiales en
fermentación, como montones de compost y ensilaje, también pueden alcanzar
temperaturas de 70°C. Los termófilos abundan en tales entornos. Sin embargo, los
entornos naturales de alta temperatura más extremos son los manantiales termales, y
estos albergan una gran diversidad de termófilos e hipertermófilos.
Muchos manantiales termales terrestres tienen temperaturas al borde de la ebullición,
mientras que los del fondo del océano, llamados respiraderos hidrotermales, pueden
alcanzar temperaturas de 350°C o más. Los manantiales termales se encuentran en todo
el mundo, pero son especialmente abundantes en el oeste de los Estados Unidos, Nueva
Zelanda, Islandia, Japón, Italia, Indonesia, América Central y África central. La mayor
concentración de manantiales termales en el mundo se encuentra en el Parque Nacional
de Yellowstone, Wyoming (EE. UU.). Aunque algunos manantiales termales varían
ampliamente en temperatura, muchos tienen temperaturas constantes y elevadas,
variando solo uno o dos grados durante muchos años. Además, diferentes manantiales
tienen composiciones químicas y valores de pH diferentes. En hábitats más calientes de
65°C, solo pueden prosperar las células procariotas (Tabla 4.3), pero la diversidad de
Bacterias y Archaea en tales entornos suele ser amplia.
Hipertermófilos y termófilos
Una variedad de hipertermófilos habita en manantiales termales en ebullición (Figura
4.24), incluyendo especies quimioorganotróficas y quimiolitotróficas. Las tasas de
crecimiento de los hipertermófilos pueden estudiarse en el campo sumergiendo una
lámina de microscopio en un manantial y luego examinándola microscópicamente con
el tiempo. La lámina es una excelente superficie para la adhesión microbiana y el
posterior crecimiento, y se forman pequeñas colonias microbianas (Figura 4.24b) y las
tasas de crecimiento pueden calcularse a partir de los datos del número de células.
Estudios ecológicos como este han demostrado que las tasas de crecimiento en los
manantiales hirvientes a menudo son bastante altas, con tiempos de generación (g) tan
cortos como 1 hora que no son poco comunes.
Se han obtenido cultivos de diversos hipertermófilos, y se conocen una variedad de
tipos morfológicos y fisiológicos de Bacterias y Archaea. Algunos Archaea
hipertermófilos tienen óptimos de temperatura de crecimiento por encima de 100°C,
mientras que no se ha descubierto ninguna especie de Bacteria que crezca por encima de
95°C. El cultivo de laboratorio de organismos con óptimos por encima del punto de
ebullición requiere recipientes a presión que permitan que la temperatura del medio de
crecimiento suba por encima de 100°C sin hervir. Los organismos más resistentes al
calor conocidos habitan en los respiraderos hidrotermales, siendo el ejemplo más
termófilo hasta la fecha Methanopyrus, un género de Archaea productor de metano
capaz de crecer a temperaturas de hasta 122°C (▶ Sección 17.12).
A diferencia de los hipertermófilos, los termófilos (óptimos de 45-80°C) habitan en
entornos moderadamente cálidos o intermitentemente cálidos. A medida que el agua
hirviente abandona un manantial termal, se enfría gradualmente, estableciendo un
gradiente térmico. A lo largo de este gradiente, se establecen microorganismos, con
diferentes especies creciendo en diferentes rangos de temperatura (Figura 4.25a). Al
estudiar la distribución de las especies a lo largo de tales gradientes térmicos naturales,
ha sido posible determinar los límites superiores de temperatura para varias clases de
microbios (Tabla 4.3). Los termófilos Bacterias y Archaea también se han encontrado en
entornos termales artificiales, como calentadores de agua caliente. Las descargas de
agua caliente de centrales eléctricas y otras fuentes termales artificiales también
proporcionan lugares donde los termófilos pueden florecer.
Estabilidad de proteínas y membranas a altas temperaturas
¿Cómo sobreviven los termófilos e hipertermófilos a altas temperaturas? En primer
lugar, sus enzimas y otras proteínas son mucho más estables al calor que las de los
mesófilos y funcionan óptimamente a altas temperaturas. La estabilidad al calor de una
enzima de un hipertermófilo se debe a menudo a cambios sutiles en la secuencia de
aminoácidos en comparación con la enzima correspondiente de un mesófilo, y estos
cambios afectan a la estructura y función de la proteína para resistir la desnaturalización
por calor. Las proteínas estables al calor suelen mostrar un aumento en los enlaces
iónicos entre aminoácidos básicos y ácidos, y tienen interiores altamente hidrofóbicos,
factores que también previenen el desplegamiento. Por último, se producen a altos
niveles solutos como el di-inositol fosfato, el diglicero fosfato y el mannosilglicerato en
ciertos hipertermófilos, y se cree que estos ayudan a estabilizar sus proteínas contra la
desnaturalización térmica. Las enzimas de los termófilos e hipertermófilos tienen
importantes usos comerciales. Las enzimas estables al calor catalizan reacciones
bioquímicas a altas temperaturas y, en general, son más estables que las enzimas de los
mesófilos, prolongando así la vida útil de las preparaciones de enzimas comerciales
(Figura 4.25b). Un ejemplo clásico de esto es la polimerasa de ADN aislada de Thermus
aquaticus, conocida como Taq polimerasa, que se utiliza para automatizar los pasos
repetitivos en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), una técnica para amplificar
el ADN y una herramienta importante en la biología moderna (▶ Sección 12.1). Varias
otras enzimas estables al calor están disponibles comercialmente para aplicaciones
industriales específicas (Figura 4.25b). Además de las enzimas y otras macromoléculas
en la célula, las membranas citoplasmáticas de los termófilos e hipertermófilos deben
ser estables al calor. El calor trabaja naturalmente para separar la bicapa lipídica que
compone la membrana citoplasmática (◀ Sección 2.1). En los termófilos y la mayoría
de las Bacterias hipertermófilas, la membrana citoplasmática tiene un mayor contenido
de ácidos grasos de cadena larga y saturados y un menor contenido de ácidos grasos
insaturados que se encuentran en las membranas citoplasmáticas de los mesófilos. Los
ácidos grasos saturados forman un entorno hidrofóbico más fuerte que los ácidos grasos
insaturados, y los ácidos grasos de cadena larga tienen un punto de fusión más alto que
los ácidos grasos de cadena corta; en conjunto, estas propiedades aumentan la
estabilidad de la membrana. Los hipertermófilos, la mayoría de los cuales son Archaea,
no contienen ácidos grasos en sus membranas, en lugar de ello tienen hidrocarburos C40
compuestos por unidades repetitivas de isopreno unidas por un enlace éter al fosfato de
glicerol (◀ Figura 2.3). Además, la arquitectura de las membranas citoplasmáticas de
muchos hipertermófilos toma un giro único: la membrana forma una monocapa lipídica
en lugar de una bicapa lipídica (◀ Figura 2.3c). La estructura de monocapa enlaza
covalentemente ambas mitades de la membrana y evita que se derrita a las altas
temperaturas de crecimiento de los hipertermófilos.
Efectos del pH en el Crecimiento Microbiano
La acidez o alcalinidad de una solución se expresa mediante su pH en una escala
logarítmica en la cual la neutralidad se corresponde con un pH de 7 (Figura 4.26). Los
valores de pH inferiores a 7 son ácidos, y los valores superiores a 7 son alcalinos.
Siguiendo una analogía con un rango de temperaturas (Figura 4.21), cada
microorganismo tiene un rango de pH, generalmente de alrededor de 2 a 3 unidades de
pH, en el cual es posible el crecimiento. Además, cada organismo muestra un pH
óptimo bien definido, donde el crecimiento es óptimo. La mayoría de los entornos
naturales tienen un pH entre 3 y 9, y los organismos con óptimos de crecimiento de pH
en este rango son los más comunes. Los términos utilizados para describir a los
organismos que crecen mejor en rangos de pH particulares se muestran en la Tabla 4.4.
Acidófilos
Los organismos que crecen de manera óptima a un valor de pH en el rango denominado
circoneutral (pH 5,5 a 7,9) se llaman neutrofilos. Por ejemplo, la bacteria Escherichia
coli es un neutrofilo (Tabla 4.4). Por otro lado, los organismos que crecen mejor por
debajo de pH 5,5 se llaman acidófilos. Existen diferentes clases de acidófilos, algunos
que crecen mejor a un pH moderadamente ácido y otros a un pH muy bajo. Muchos
hongos y bacterias crecen mejor a un pH de 5 o incluso menos, mientras que un número
más limitado crece mejor por debajo de pH 3. Un grupo aún más reducido crece mejor
por debajo de pH 2 y aquellos con óptimos de pH por debajo de 1 son extremadamente
raros. La mayoría de los acidófilos no pueden crecer a pH 7 y muchos no pueden crecer
a valores de pH más de dos unidades por encima de su óptimo.
Un factor crítico que gobierna la acidofilia es la estabilidad de la membrana
citoplasmática. Cuando el pH se eleva a la neutralidad, las membranas citoplasmáticas
de las bacterias fuertemente acidófilas se destruyen y las células se lisan. Esto indica
que estos organismos no son simplemente tolerantes a los ácidos, sino que requieren
altas concentraciones de protones para la estabilidad de la membrana citoplasmática.
Por ejemplo, el microbio más acidófilo conocido es Picrophilus oshimae, una especie de
Archaea que crece de manera óptima a pH 0,7 y 60°C. Por encima de pH 4, las células
de P. oshimae se lisan espontáneamente. Como era de esperar, P. oshimae habita en
suelos termales extremadamente ácidos asociados a la actividad volcánica.
Alcalifilos
Unos pocos extremófilos tienen pH óptimos para el crecimiento muy elevados, a veces
tan altos como pH 10, y algunos de ellos pueden seguir creciendo, aunque de manera
deficiente, incluso a pH aún más alto. Los microorganismos que muestran pH óptimos
de 8 o más se llaman alcalifilos. Los microorganismos alcalifílicos suelen encontrarse
en hábitats altamente alcalinos, como lagos de soda y suelos ricos en carbonato. Las
bacterias alcalifílicas mejor estudiadas son ciertas especies de Bacillus, como Bacillus
firmus. Este organismo es alcalifílico pero tiene un rango inusualmente amplio para el
crecimiento, desde pH 7.5 hasta 11. Algunos microbios extremadamente alcalifílicos
también son halófilos (amantes de la sal), y la mayoría de ellos son Archaea (▶ Sección
17.1). Algunas bacterias púrpuras fototrópicas (▶ Secciones 15.4 y 15.5) también son
fuertemente alcalifílicas. Ciertos alcalifilos tienen usos comerciales porque excretan
enzimas hidrolíticas como proteasas y lipasas que mantienen sus actividades a pH
alcalino. Estas enzimas se añaden a detergentes para lavar la ropa y eliminar manchas
de proteínas y grasas, respectivamente.
El manejo de la bioenergética de las membranas es un problema evidente para los
alcalifilos. B. firmus utiliza sodio (Na+) en lugar de H+ para impulsar reacciones de
transporte y hacer girar su flagelo; es decir, forma una fuerza motriz de sodio en lugar
de una fuerza motriz de protones. Sin embargo, de manera sorprendente, B. firmus
utiliza una fuerza motriz de protones para impulsar la síntesis de ATP, incluso cuando la
superficie externa de la membrana es altamente alcalina. Cómo sucede esto exactamente
no está claro, aunque se piensa que los iones de hidrógeno se mantienen de alguna
manera muy cerca de la superficie exterior de la membrana citoplasmática de tal manera
que no pueden combinar espontáneamente con los abundantes iones hidroxilo para
formar agua.
Osmolaridad y Crecimiento Microbiano
El agua es el solvente de la vida y la disponibilidad de agua es un factor importante que
afecta al crecimiento de los microorganismos. La disponibilidad de agua depende no
solo de cuán húmedo o seco es un entorno, sino también de la concentración de solutos
(sales, azúcares u otras sustancias) disueltos en el agua presente. Los solutos se unen al
agua, haciendo que esté menos disponible para los organismos. Por lo tanto, para que
los organismos prosperen en entornos con alta concentración de solutos, se requieren
ajustes fisiológicos. La disponibilidad de agua se expresa en términos de actividad de
agua (aw), que es la relación entre la presión de vapor del aire en equilibrio con una
sustancia o solución y la presión de vapor del agua pura. Los valores de aw varían entre
0 (sin agua libre) y 1 (agua pura); algunos valores de aw se enumeran en la Tabla 4.5.
El agua se difunde desde regiones con mayor concentración de agua (menor
concentración de solutos) a regiones con menor concentración de agua (mayor
concentración de solutos) en el proceso de ósmosis. El citoplasma de una célula suele
tener una mayor concentración de solutos que el entorno, por lo que la tendencia del
agua es difundir hacia la célula. En tales condiciones, se dice que la célula está en
equilibrio de agua positivo, que es el estado normal de la célula. Sin embargo, cuando
una célula se coloca en un entorno donde la concentración de solutos supera la del
citoplasma, el agua fluirá fuera de la célula. Si una célula no tiene estrategia para
contrarrestar esto, se deshidratará y no podrá crecer.
Halófilos y Organismos Relacionados
En la naturaleza, los efectos osmóticos son de interés principalmente en hábitats con
altas concentraciones de sales. El agua de mar contiene aproximadamente un 3% de
cloruro de sodio (NaCl) más pequeñas cantidades de muchos otros minerales y
elementos. Los microorganismos que habitan en entornos marinos casi siempre
muestran una necesidad de NaCl y crecen de manera óptima a una aw de 0.98, que es la
aw del agua de mar (Tabla 4.6). A estos organismos se les llama halófilos. La necesidad
de NaCl por parte de los halófilos es absoluta y no puede ser reemplazada por otras
sales, como cloruro de potasio (KCl), cloruro de calcio (CaCl2) o cloruro de magnesio
(MgCl2). Aunque los halófilos requieren al menos algo de NaCl para crecer, el óptimo
de NaCl varía con el organismo y depende del hábitat (Figura 4.27). Por ejemplo, los
microorganismos marinos suelen crecer mejor con un 1-4% de NaCl, los organismos de
entornos hipersalinos (entornos más salinos que el agua de mar) crecen mejor a un 3-
12% de NaCl, y los organismos de entornos extremadamente hipersalinos requieren
niveles aún más altos de NaCl. Los organismos aislados de aguas salobres (una mezcla
de agua dulce y agua de mar) pueden o no ser halófilos.
A diferencia de los halófilos, los organismos halotolerantes pueden tolerar cierto nivel
de solutos disueltos pero crecen mejor en ausencia del soluto añadido (Figura 4.27). Los
halófilos capaces de crecer en entornos muy salinos se llaman halófilos extremos
(Figura 4.27). Estos organismos requieren niveles muy altos de NaCl, típicamente del
15 al 30%, para su crecimiento óptimo y a menudo son incapaces de crecer en absoluto
a concentraciones de NaCl por debajo de esto. Los organismos capaces de vivir en
entornos con alto contenido de azúcar se llaman osmófilos, y aquellos capaces de crecer
en entornos muy secos (secos por falta de agua en lugar de por solutos disueltos) se
llaman xerófilos. Se proporcionan ejemplos de estas diversas clases de organismos en la
Tabla 4.6.
A partir de datos de crecimiento obtenidos de representantes extremadamente halófilos
de los tres dominios de la vida, parece haber un límite común de actividad de agua
inferior para los organismos vivos, y este límite es 0.61. Este límite inferior
probablemente está determinado por las restricciones fisicoquímicas para obtener agua
en entornos osmóticos con una aw inferior a 0.6 que no pueden superarse mediante
adaptaciones bioquímicas de la célula. La actividad de agua matricial, una medida del
agua unida a una superficie, se mide de la misma manera que la actividad de agua
osmótica, pero puede descender significativamente por debajo de 0.6 y aún contener
comunidades microbianas viables. Por ejemplo, los suelos desérticos calurosos
hiperáridos pueden tener valores de actividad de agua matricial tan bajos como 0.1
durante las horas diurnas. Pero estos entornos absorben la humedad por la noche y
durante eventos de lluvia, y esto aumenta la actividad de agua por encima de 0.6, lo que
hace que las condiciones sean adecuadas para el metabolismo y el crecimiento
microbiano.
Solutos Compatibles
Cuando un organismo es trasladado de un medio con alta actividad de agua (aw) a uno
con baja aw, mantiene un equilibrio positivo de agua aumentando su concentración
interna de solutos. Esto es posible ya sea bombeando solutos hacia la célula desde el
entorno o sintetizando un soluto citoplasmático (Tabla 4.6). En ambos casos, el soluto
no debe inhibir los procesos bioquímicos en la célula y, por lo tanto, se le llama soluto
compatible. Los solutos compatibles son moléculas orgánicas altamente solubles en
agua e incluyen azúcares, alcoholes y derivados de aminoácidos (Tabla 4.6). La glicina
betaína, un análogo del aminoácido glicina, está ampliamente distribuida entre las
bacterias halófilas. Otros solutos compatibles comunes incluyen azúcares como la
sacarosa y la trehalosa, dimetilsulfoniopropionato (producido por algas marinas) y
glicerol, un soluto común en hongos xerófilos, organismos que crecen a las actividades
de agua más bajas conocidas (Tabla 4.6). En contraste con estos solutos orgánicos, el
KCl es el soluto compatible de las Archaea extremadamente halófilas, como
Halobacterium (Sección 17.1), y de algunas Bacterias extremadamente halófilas.
La concentración de soluto compatible en una célula es una función de los niveles de
soluto en su entorno, y se realizan ajustes en respuesta al desafío de los solutos externos.
Sin embargo, en cualquier organismo dado, el nivel máximo de soluto compatible
tolerado es una característica genéticamente codificada. Como resultado, diferentes
organismos han evolucionado para prosperar en hábitats de diferentes salinidades
(Tablas 4.5 y 4.6). De hecho, los organismos designados como no halotolerantes,
halotolerantes, halófilos o extremadamente halófilos (Figura 4.27) reflejan en cierta
medida su capacidad genética para producir o acumular solutos compatibles.
Clases de Oxígeno de los Microorganismos
Los microorganismos pueden agruparse según su relación con el oxígeno, como se
describe en la Tabla 4.7. Los aerobios pueden crecer a tensiones completas de oxígeno
(el aire contiene un 21% de O2) y respiran oxígeno en su metabolismo. Los
microaerófilos, en cambio, son aerobios que solo pueden usar el oxígeno cuando está
presente en niveles reducidos en comparación con el aire (condiciones microóxicas).
Esto se debe a la capacidad limitada de estos organismos para respirar o porque
contienen alguna molécula sensible al oxígeno, como una enzima lábil al oxígeno.
Muchos aerobios son facultativos, lo que significa que, bajo las condiciones de
nutrientes y cultivo adecuadas, pueden crecer en ausencia de oxígeno.
Algunos organismos no pueden respirar oxígeno y se llaman anaerobios. Hay dos tipos
de anaerobios: los anaerobios aerotolerantes, que pueden tolerar el oxígeno y crecer en
su presencia a pesar de que no pueden respirar, y los anaerobios obligados, que son
inhibidos o incluso asesinados por el oxígeno (Tabla 4.7). Los hábitats microbianos
anóxicos (libres de oxígeno) son comunes en la naturaleza e incluyen fangos y otros
sedimentos, turberas, pantanos, suelos encharcados, tractos intestinales de animales,
lodos de aguas residuales, el subsuelo profundo de la Tierra y muchos otros entornos.
Debido a que existen muchos hábitats para anaerobios, son muy comunes en la
naturaleza y altamente diversos. Según se sabe, la anaerobiosis obligada es
característica de solo tres grupos de microorganismos: una amplia variedad de Bacterias
y Archaea, algunos hongos y algunos protozoos. Algunos de los anaerobios procariontes
mejor conocidos son Clostridium, un género de Bacterias grampositivas formadoras de
esporas, y los metanógenos, un grupo de Archaea productores de metano. Entre los
anaerobios obligados, la sensibilidad al oxígeno varía mucho. Muchos clostridios, por
ejemplo, aunque requieren condiciones anóxicas para crecer, pueden tolerar rastros de
oxígeno o incluso una exposición completa al aire. Otros, como los metanógenos, son
rápidamente asesinados por la exposición al oxígeno.
Técnicas de Cultivo para Aerobios y Anaerobios
Para el crecimiento de aerobios, es necesario proporcionar una extensa aireación. Esto
se debe a que el O2 que es consumido por los organismos durante el crecimiento no es
reemplazado lo suficientemente rápido por difusión desde el aire. Por lo tanto, se
requiere una aireación forzada de los cultivos líquidos, lo cual se puede lograr ya sea
agitando vigorosamente el matraz o tubo en un agitador o haciendo burbujear aire
esterilizado en el medio a través de un tubo de vidrio fino o un disco de vidrio poroso.
Para el cultivo de anaerobios, el problema no es proporcionar O2, sino excluirlo.
Botellas o tubos llenos completamente hasta arriba con medio de cultivo y equipados
con cierres herméticos proporcionan condiciones adecuadamente anóxicas para
organismos que no son excesivamente sensibles a pequeñas cantidades de O2. Se puede
añadir un agente reductor a estos recipientes para eliminar rastros de O2 al reducirlo a
agua (H2O). Un ejemplo es el tioglicolato, que está presente en el caldo de tioglicolato,
un medio comúnmente utilizado para evaluar los requerimientos de un organismo con
respecto al O2 (Figura 4.28).El caldo de tioglicolato es un medio complejo que contiene
una pequeña cantidad de agar, lo que hace que el medio sea viscoso pero aún fluido.
Después de que el tioglicolato reacciona con el O2 en todo el tubo, el O2 solo puede
penetrar cerca de la parte superior del tubo donde el medio está en contacto con el aire.
Los aerobios estrictos solo crecen en la parte superior de tales tubos. Los organismos
facultativos crecen en todo el tubo, pero crecen mejor cerca de la parte superior. Los
microaerófilos crecen cerca de la parte superior, pero no justo en la parte superior. Los
anaerobios solo crecen cerca del fondo del tubo, donde el O2 no puede penetrar,
mientras que los anaerobios aerotolerantes crecen en todo el tubo. El tinte indicador
redox resazurina está presente en el caldo de tioglicolato para señalar regiones óxicas; el
tinte es de color rosa cuando está oxidado y es incoloro cuando está reducido, lo que
proporciona una evaluación visual del grado de penetración de O2 en el medio (Figura
4.28). Para eliminar todos los rastros de O2 en el cultivo de anaerobios estrictos, se
pueden incubar tubos o placas en un recipiente de vidrio purgado con un gas libre de O2
o equipado con un sistema de consumo de O2 (Figura 4.29a). Para manipular cultivos
en una atmósfera anóxica, se utilizan recintos especiales llamados "bolsas de guantes
anóxicos" que permiten trabajar con cultivos abiertos en atmósferas completamente
anóxicas.
¿Por qué es tóxico el oxígeno?
¿Por qué los microorganismos anaeróbicos se ven inhibidos en su crecimiento o incluso
son destruidos por el oxígeno? El oxígeno molecular (O2) en sí no es tóxico, pero el O2
puede convertirse en subproductos tóxicos de oxígeno, y son estos los que pueden dañar
o matar a las células que no pueden lidiar con ellos. Estos subproductos incluyen el
anión superóxido (O2-), el peróxido de hidrógeno (H2O2) y el radical hidroxilo (OH·).
Todos estos son subproductos de la reducción de O2 a H2O en la respiración (Figura
4.30). Las flavoproteínas, quinonas y proteínas de hierro-azufre, que son transportadores
de electrones que se encuentran en prácticamente todas las células, también catalizan
algunas de estas reducciones. Por lo tanto, independientemente de si un organismo
puede respirar O2, si se expone a O2, experimentará formas tóxicas de oxígeno, y si no
se destruyen, estas moléculas pueden causar estragos en las células. Por ejemplo, el
anión superóxido y el OH· son agentes oxidantes fuertes que pueden oxidar
macromoléculas y cualquier otro compuesto orgánico en la célula. Los peróxidos como
el H2O2 también pueden dañar los componentes celulares, pero no son tan tóxicos
como el O2- o el OH·.
Superóxido Dismutasa y Otras Enzimas que Destruyen el Oxígeno Tóxico
Un requisito fundamental para habitar un mundo óxico es mantener bajo control las
moléculas tóxicas de oxígeno. Los microbios logran esto de manera similar a como lo
hacen las plantas y los animales. El anión superóxido y el H2O2 son las especies tóxicas
de oxígeno más abundantes, y todas las células aeróbicas y aerotolerantes tienen
enzimas que destruyen estos compuestos (Figura 4.31). Las enzimas catalasa y
peroxidasa atacan el H2O2, formando O2 y H2O, respectivamente (Figura 4.31 y Figura
4.32). El anión superóxido se destruye mediante la enzima superóxido dismutasa, una
enzima que genera H2O2 y O2 a partir de dos moléculas de O2- (Figura 4.31c). Por lo
tanto, la superóxido dismutasa y la catalasa (o peroxidasa) trabajan en serie para
convertir el O2- en productos inofensivos (Figura 4.31d).Los aerobios y los facultativos
aerobios suelen contener tanto superóxido dismutasa como catalasa. La superóxido
dismutasa es una enzima esencial para los aerobios. Algunos anaerobios aerotolerantes
carecen de superóxido dismutasa y utilizan complejos de manganeso sin proteínas para
llevar a cabo la dismutación del O2- a H2O2 y O2. Este sistema no es tan eficiente
como la superóxido dismutasa, pero es suficiente para proteger a las células del daño
causado por el O2-. En algunos Archaea y Bacteria estrictamente anaeróbicos, la
superóxido dismutasa está ausente y, en su lugar, la enzima superóxido reductasa
funciona para eliminar el O2-. A diferencia de la superóxido dismutasa, la superóxido
reductasa reduce el O2- a H2O2 sin producir O2 (Figura 4.31e), evitando así la
exposición del organismo al O2.
Aspectos moleculares
La mayoría de las células se dividen por fisión binaria (◀ Sección 4.6 y Figura 4.8), y
este proceso ocurre en una serie definida de pasos de modo que cada célula hija obtiene
una copia del genoma. Durante el ciclo de división, la célula también debe producir
nuevos elementos de peptidoglicano y citoesqueleto para evitar la ruptura debido a las
fuerzas osmóticas. Este citoesqueleto le da a la célula su morfología distintiva (◀
Figura 1.8). Para orquestar con éxito todos estos eventos, se ponen en marcha diversas
cascadas regulatorias. En esta primera parte del capítulo nos enfocamos en los
mecanismos moleculares empleados por dos bacterias gramnegativas bien estudiadas,
Escherichia coli y Caulobacter crescentus, e introducimos técnicas microscópicas
avanzadas que han revelado los principales eventos moleculares que subyacen a la
división celular y a la morfología celular.
8.1 Visualización del Crecimiento Molecular
En el Capítulo 1 discutimos la microscopía electrónica de transmisión y la
criotomografía electrónica como técnicas poderosas para visualizar macromoléculas
como cromosomas, proteínas y membranas. Además de estas, la microscopía de súper
resolución es una forma poderosa de microscopía de luz que emplea un conjunto de
moléculas fluorescentes para revelar incluso los detalles más pequeños dentro de una
célula. Las técnicas de súper resolución pueden resolver estructuras tan pequeñas como
5-50 nm en células vivas, lo que permite observar comportamientos celulares dinámicos
en tiempo real.
Marcado Fluorescente
Para visualizar la localización de proteínas específicas y monitorear la expresión génica
en las células, los genes reporteros son herramientas valiosas. Los genes reporteros
codifican proteínas que son fáciles de detectar o analizar y se utilizan fusionándolos con
genes de interés de tal manera que tanto el gen reportero como el gen de interés se
expresen de manera conjunta. Para visualizar eventos moleculares, se utilizan
rutinariamente genes reporteros que codifican productos fluorescentes como la proteína
verde fluorescente (GFP) (Figura 8.1). A través del uso de la microscopía de
fluorescencia (◀ Sección 1.8) y múltiples proteínas reporteras fluorescentes, se puede
determinar simultáneamente la actividad y la localización de diferentes
macromoléculas.
El etiquetado fluorescente también se puede utilizar para distinguir diferentes elementos
genéticos en una célula, como un cromosoma y un plásmido (ver Figura 8.7). De hecho,
incluso diferentes loci dentro de una molécula de ácido nucleico individual se pueden
observar en una célula viva. Si bien los loci de ADN o ARN no están vinculados
directamente a un gen reportero como el GFP, los genes que codifican proteínas de
unión a ácidos nucleicos específicas para los loci de interés se pueden fusionar con un
gen reportero. Si es necesario, los sitios de unión correspondientes de ADN o ARN se
pueden introducir en la región de ácido nucleico de interés utilizando técnicas de
recombinación (Capítulo 12). La Figura 8.1b ilustra cómo se pueden visualizar los
"brazos" separados del cromosoma de Escherichia coli en una célula viva mediante la
ingeniería de una cepa para expresar diferentes proteínas etiquetadas con fluorescencia
que se unen a diferentes regiones del ADN.
La replicación del cromosoma y la segregación
Un requisito para el crecimiento bacteriano es la replicación del genoma. La replicación
del cromosoma debe estar regulada de manera estricta para coincidir con la división
celular. Después de la replicación del genoma y antes de la división celular, los
mecanismos moleculares también deben garantizar que los cromosomas hijas se
segreguen correctamente (Figura 8.3). Debido a que el proceso de división celular en
células bacterianas y arqueas requiere elementos de control tanto temporales como
espaciales, el proceso está regulado por un ciclo celular (Figura 8.3). Temporalmente,
deben existir dos copias del genoma de la célula antes de la división celular.
Espacialmente, las dos copias deben estar igualmente segregadas y el septo debe
formarse en la ubicación correcta en la célula para que ocurra un ciclo celular exitoso.
Regulación de la iniciación de la replicación del cromosoma
¿Cómo asegura la célula que el genoma se replique por completo antes de la división
celular y al mismo tiempo evita múltiples rondas de replicación? Varias proteínas
diferentes desempeñan un papel en la iniciación e inhibición de la replicación del
cromosoma en Escherichia coli. Aquí nos centraremos en una proteína clave en este
sentido, DnaA, junto con un puñado de proteínas accesorias necesarias para completar
la iniciación de la replicación. Como discutimos en la Sección 6.3, la unión de DnaA a
secuencias de ADN específicas dentro de la región oriC del cromosoma conduce al
desenrollamiento del ADN y la carga del replisoma para la replicación del cromosoma
en Escherichia coli (Figura 8.3; para revisar la replicación del ADN, consulte la Figura
6.16). DnaA es más activo cuando está vinculado a una molécula de ATP, formando
DnaA–ATP. Para controlar de manera estricta la replicación del cromosoma, entran en
juego múltiples mecanismos de regulación para inactivar DnaA–ATP una vez que se ha
iniciado la replicación. Estos mecanismos incluyen la competencia por la unión a oriC,
la represión de la expresión de dnaA, la titulación de DnaA–ATP lejos de oriC y la
inactivación de DnaA–ATP. Antes de que inicie la replicación del ADN, ambas hebras
del cromosoma contienen grupos metilo en el residuo de adenina de las secuencias –
GATC– dentro del cromosoma. Sin embargo, inmediatamente después de que inicia la
replicación, solo la hebra parental permanece metilada. Esto resulta en ADN
hemimetilado y facilita una competencia por la unión al origen entre DnaA–ATP y una
proteína de unión al ADN llamada SeqA (Figura 8.4). Dado que las secuencias de oriC
hemimetiladas se unen fuertemente a SeqA, DnaA–ATP se bloquea y no puede unirse ni
iniciar la replicación del cromosoma nuevamente (Figuras 8.3 y 8.4). Aproximadamente
10 minutos después de que inicia la replicación, las secuencias GATC dentro de la
nueva hebra hija sintetizada son metiladas por una metilasa de adenina del ADN.
Como resultado de la proximidad cromosómica del gen dnaA a oriC y de la región del
promotor (Sección 6.5) de dnaA que posee una secuencia GATC, la unión de SeqA
también desempeña un papel en la represión de la expresión de dnaA. Una vez que ha
iniciado la replicación, la región del promotor de dnaA se hemimetila rápidamente, y la
unión de SeqA evita que la ARN polimerasa se una y transcriba dnaA (Figura 8.4).
Posteriormente, la expresión de dnaA también está autoregulada por su proteína
correspondiente que se une a cajas de DnaA dentro de su región promotora.
El último mecanismo para evitar que DnaA–ATP se una a oriC es disminuir la relación
de DnaA–ATP a DnaA–ADP. ¿Cómo aumenta la célula el nivel de DnaA–ADP cuando
el ATP domina sobre el ADP en una célula en crecimiento? Esto lo controla la ATPasa
HdaA, que se asocia con el ADN en las proximidades del replisoma y se dirige
específicamente a DnaA–ATP. Esta enzima promueve la hidrólisis del ATP asociado con
DnaA de manera dependiente de la replicación y, por lo tanto, funciona como un método
final para regular la iniciación de la replicación del cromosoma. Como resultado de
estos mecanismos combinados, el nivel celular de DnaA–ATP oscila durante el ciclo
celular, alcanzando la cantidad máxima activa cuando se necesita la iniciación de la
replicación del cromosoma y disminuyendo después.
Replicación del genoma en células de rápido crecimiento
Como aprendimos en el Capítulo 6, la naturaleza circular del cromosoma de E. coli (y la
de la mayoría de otras Bacterias y Arqueas) crea una oportunidad para acelerar la
replicación del ADN. Esto se debe a que la replicación de genomas circulares es
bidireccional desde el origen de replicación. Durante la replicación bidireccional, la
síntesis ocurre en direcciones tanto líderes como rezagadas en cada hebra molde, lo que
permite que el ADN se replique tan rápidamente como sea posible (◀ Figura 6.15).
Estudios de replicación del cromosoma en E. coli han demostrado que se requieren
aproximadamente 40 minutos para la replicación del genoma y que este valor es
independiente del tiempo de generación, que en E. coli puede ser tan corto como 20
minutos. Si una célula de E. coli está creciendo al doble de la velocidad a la que se
replica su cromosoma, ¿cómo resuelve la célula este dilema?
En células que crecen con tiempos de duplicación menores a 40 minutos, se encuentran
presentes múltiples horquillas de replicación de ADN en cada célula. Es decir, un nuevo
ciclo de replicación de ADN comienza antes de que el ciclo anterior haya sido
completado (Figura 8.5); como resultado, algunos genes están presentes en más de una
copia. Esto puede ocurrir después de que el ADN en la región oriC del ADN recién
sintetizado ha sido metilado, lo que libera a SeqA del ADN y permite que DnaA–ATP
sea reclutada para reiniciar otro ciclo de replicación (Figura 8.4). Esto asegura que en
tiempos de generación más cortos que el tiempo requerido para la replicación (un
proceso que ocurre a una velocidad constante y máxima), cada célula hija reciba un
genoma completo en el momento de la formación del septo.
Segregación del Cromosoma
Durante la división celular, la segregación de los cromosomas en los polos celulares es
necesaria no solo para asegurar que cada célula hija obtenga una copia del genoma, sino
también para permitir la formación del septo (Figura 8.3). Si las dos copias del
nucleoide permanecieran en el centro de la célula, la oclusión del nucleoide (un proceso
que evita que la célula se divida a través de los nucleoides) impediría una división
celular adecuada. En los eucariotas, los husos mitóticos separan los cromosomas
replicados en la mitosis (◀ Sección 2.13). En muchas bacterias, incluida la bacteria en
desarrollo Caulobacter, se utiliza un mecanismo similar llamado sistema Par (partición)
para distribuir cromosomas y plásmidos de manera equitativa a las células progenitoras
durante el crecimiento (Figura 8.6). Este sistema está compuesto por la ATPasa ParA, la
proteína de unión al cromosoma ParB y el complejo PopZ, así como una secuencia parS
similar a un centrómero ubicada cerca de oriC. A diferencia de los husos mitóticos
eucariotas, el sistema Par no separa completamente los cromosomas completamente
replicados. En su lugar, las proteínas PopZ se localizan en el polo pedunculado de la
célula y facilitan la anclaje del cromosoma a este lugar mediante la interacción con ParB
unido a la secuencia parS (Figura 8.6). Una vez que se inicia la replicación del
cromosoma, la secuencia de parS recién sintetizada se une a otra molécula de ParB, que
luego es arrastrada al polo pedunculado por la actividad de la ATPasa ParA. PopZ no
solo ayuda a anclar parS del cromosoma parental al polo pedunculado de la célula, sino
que también ayuda a reclutar ParA para transferir la secuencia de parS recién sintetizada
unida a ParB al polo celular no pedunculado (Figura 8.6). Si bien E. coli carece del
sistema Par, los cromosomas filiales aún deben ser segregados antes de la división
celular. Después de la replicación, los cromosomas circulares resultantes permanecen
interconectados o enredados, similar a los eslabones de una cadena. Esta unión se rompe
mediante el complejo de mantenimiento estructural del cromosoma, que está compuesto
por una topoisomerasa (IV) (◀ Sección 6.1) y proteínas MukBEF. Las imágenes de
superresolución muestran que las proteínas MukBEF se mueven a ubicaciones discretas
dentro del nucleoide (Figura 8.2a) y reclutan una topoisomerasa para separar los
cromosomas hermanos replicados (un proceso llamado descatenación) antes de la
segregación. Si bien el proceso de segregación real aún no se comprende
completamente, los "brazos" del cromosoma parecen mantenerse distintamente
separados unos de otros durante la replicación y los loci cromosómicos son empujados
hacia los polos celulares en su orden de replicación (Figura 8.1b). Esta separación de los
cromosomas filiales en E. coli parece ser independiente de proteínas específicas y, en
cambio, procede por la acción física de la replicación y la acumulación de ADN. ¿Cómo
se segregan los elementos genéticos extracromosómicos entre las células hijas? Aunque
los plásmidos no se consideran esenciales para la supervivencia celular en todas las
condiciones, se replican utilizando la misma maquinaria celular que el cromosoma
(Figura 8.7). Existen varios mecanismos de control para garantizar que un número de
copias relativamente constante de un plásmido dado se disemine en las células
progenitoras. La replicación de grandes plásmidos tipo ColE1 ocurre en los polos en
lugar del centro de la célula donde se encuentra el nucleoide (Figura 8.7). Esta
ubicación ayuda a garantizar que la transferencia eficiente a las células hijas ocurra
durante la división celular y que se logre una herencia estable a lo largo de las
generaciones. Otros mecanismos para segregar plásmidos incluyen sistemas de partición
similares al sistema Par en Caulobacter.
La división celular está controlada tanto espacial como temporalmente para asegurar
que cada célula hija tenga una copia del genoma antes de que el septo selle las dos
células (Figura 8.3). Aquí consideramos la regulación de la formación del septo y una
serie de proteínas clave que identifican el sitio de división celular y controlan el proceso
en general.
El Divisoma
Varias proteínas esenciales desempeñan roles en la división celular en las bacterias.
Colectivamente, estas proteínas se llaman proteínas Fts, y una de las más importantes,
FtsZ, desempeña un papel crucial en la fisión binaria. FtsZ está relacionada con la
tubulina, la proteína importante de división celular en eucariotas (◀ Sección 2.15) y
también se encuentra en prácticamente todas las arqueas. Otras proteínas Fts se
encuentran solo en las bacterias y no en las arqueas, por lo que nuestra discusión aquí se
limitará a las bacterias. Las bacterias gramnegativas Escherichia coli y las grampositivas
Bacillus subtilis han sido las especies bacterianas modelo para el estudio de los eventos
de división celular.
Las proteínas Fts interactúan en la célula para formar un aparato de división llamado
divisoma. En células en forma de varilla, la formación del divisoma comienza con la
unión de moléculas de FtsZ en un anillo precisamente alrededor del centro de la célula;
este anillo se convierte en el plano de división celular. En una célula de E. coli,
aproximadamente 10,000 moléculas de FtsZ se polimerizan para formar el anillo; una
vez formado, el anillo de FtsZ atrae a otras proteínas del divisoma, incluyendo FtsA y
ZipA (Figura 8.8). ZipA es un anclaje que conecta el anillo de FtsZ a la membrana
citoplasmática y lo estabiliza. FtsA, una proteína relacionada con la actina, una
importante proteína citoesquelética en los eucariotas (◀ Sección 2.15), recluta tanto a
FtsZ como a otras proteínas del divisoma y ayuda a conectar el anillo a la membrana
citoplasmática. El divisoma se forma aproximadamente tres cuartos del camino en el
ciclo de división celular. Sin embargo, mucho antes de que se forme el divisoma, la
célula ya ha comenzado a elongarse y la replicación del ADN ha comenzado (ver Figura
8.9).
El divisoma también contiene proteínas Fts necesarias para la síntesis del
peptidoglicano, como FtsI (Figura 8.8). FtsI es una de varias proteínas de unión a la
penicilina presentes en la célula. Las proteínas de unión a la penicilina reciben este
nombre porque su actividad es inhibida por el antibiótico penicilina (Sección 8.5). El
divisoma coordina la síntesis de nueva membrana citoplasmática y material de pared
celular, llamado septo de división, en el centro de una célula en forma de varilla hasta
que la célula alcance el doble de su longitud original. Después de la elongación, se
forma el septo y la célula se divide, produciendo dos células hijas (Figura 8.3).

Las proteínas Min y la división celular

El ADN se replica antes de que se forme el anillo de FtsZ (Figura 8.9) porque el anillo
se forma en el espacio entre los nucleoides duplicados; antes de que los nucleoides se
segreguen, bloquean efectivamente la formación del anillo de FtsZ en un proceso
conocido como exclusión de nucleoides (Sección 8.2). Las proteínas MinC, MinD y
MinE interactúan para ayudar a guiar a FtsZ hacia el punto medio de la célula. MinD
forma una estructura en espiral en la superficie interna de la membrana citoplasmática y
ayuda a localizar a MinC en la membrana citoplasmática. La espiral de MinD oscila
hacia atrás y adelante a lo largo del eje largo de la célula en crecimiento y funciona para
inhibir la división celular al evitar que el anillo de FtsZ se forme (Figura 8.9).
Simultáneamente, sin embargo, MinE también oscila de polo a polo, y a medida que lo
hace, funciona para apartar a MinC y MinD. Por lo tanto, debido a que MinC y MinD
permanecen más tiempo en los polos que en cualquier otro lugar durante su ciclo de
oscilación, el centro de la célula tendrá, en promedio, la concentración más baja de estas
proteínas. Como resultado, el centro de la célula se convierte en el sitio más permisivo
para la unión de FtsZ y, por lo tanto, el anillo de FtsZ se forma allí. En esta serie inusual
de eventos, las proteínas Min aseguran que el divisoma se forme solo en el centro de la
célula y no en los polos celulares (Figura 8.9).
A medida que continúa la elongación celular y comienza la formación del septo, las dos
copias del cromosoma se separan, cada una hacia su propia célula hija (Figura 8.9). La
proteína FtsK y varias otras proteínas asisten en este proceso. A medida que la célula se
contrae, el anillo de FtsZ comienza a despolimerizarse, desencadenando el crecimiento
hacia adentro de los materiales de la pared para formar el septo y sellar una célula hija
de la otra. La actividad enzimática de FtsZ también hidroliza el trifosfato de guanosina
(GTP, un compuesto rico en energía) para proporcionar la energía necesaria para
impulsar la polimerización y despolimerización del anillo de FtsZ (Figuras 8.8 y 8.9).
En la bacteria en desarrollo Caulobacter, MinC y MinD están ausentes. En su lugar, una
proteína llamada MipZ (posicionamiento del centro de FtsZ) controla el sitio de
ensamblaje de FtsZ. Durante la segregación del cromosoma, FtsZ se localiza en el polo
no ramificado de la célula con el terminus cromosómico (Figura 8.6). MipZ forma un
gradiente en toda la célula al unirse directamente al complejo ParB–parS que facilita la
segregación del cromosoma al polo no ramificado de la célula, como se indica en la
Figura 8.6. Una vez que MipZ llega al polo no ramificado, desplaza a FtsZ localizado en
el polo hacia el centro de la célula para la formación del septo. El cronograma para este
proceso en Caulobacter es el mismo que para el sistema Min de E. coli (Figura 8.9).
¿Por qué necesitamos conocer detalles tan intrincados del proceso de división celular?
Además de comprender la biología molecular del crecimiento microbiano por razones
puramente científicas, existen razones prácticas significativas para comprender los
detalles de la división celular bacteriana. Este conocimiento podría llevar al desarrollo
de nuevos medicamentos que se dirijan a pasos específicos en el ciclo de crecimiento de
bacterias patógenas. Al igual que la penicilina (un medicamento que se dirige a la
síntesis de la pared celular bacteriana), el descubrimiento de medicamentos que
interfieran con la función de proteínas específicas de división celular, como Fts, podría
tener amplias aplicaciones en la medicina clínica. En un mundo donde la eficacia de
muchos antibióticos ampliamente utilizados está disminuyendo rápidamente debido a la
creciente resistencia a patógenos, la necesidad de nuevos antibióticos antibacterianos se
vuelve cada vez más crítica.
Determinantes de la morfología celular
Al igual que proteínas específicas dirigen la división celular en las bacterias, otras
proteínas específicas forman el citoesqueleto celular. El citoesqueleto es la estructura
que dirige la forma celular, dando como resultado las esferas, espirales, crestas y otras
morfologías típicas de las células bacterianas (◀ Figura 1.8). Curiosamente, estas
proteínas determinantes de la forma, conocidas como proteínas SEDS (forma,
elongación, división y esporulación), muestran una homología significativa con las
proteínas del citoesqueleto clave en las células eucariotas (◀ Sección 2.15). Por lo
tanto, al igual que los eucariotas, las bacterias poseen un citoesqueleto celular dinámico
y multifacético.
Forma celular y MreB
El principal factor determinante de la forma en las bacterias es la proteína MreB, que
forma un citoesqueleto simple en las bacterias y en algunas especies de arqueas. MreB
forma filamentos en forma de parches justo debajo de la membrana citoplasmática que
siguen las curvas naturales de la célula (Figura 8.10). El citoesqueleto MreB define la
forma celular reclutando otras proteínas que funcionan en el crecimiento de la pared
celular, como RodA (síntesis del peptidoglicano; Figura 8.10a y Sección 8.5), para
formar el elongasoma. La inactivación del gen que codifica MreB u otras proteínas en el
elongasoma hace que las bacterias en forma de bastón se conviertan en bacterias en
forma de coco. Además, la mayoría de las bacterias cocoides que se encuentran
naturalmente carecen de los genes mreB y rodZ y, por lo tanto, no producen MreB o
RodZ. Esto implica que la morfología "predeterminada" para una bacteria es una esfera.
Las variaciones en la disposición de los filamentos MreB en células de bacterias no
esféricas son probablemente responsables de las diferentes morfologías comunes de las
células procariotas.
¿Cómo define MreB la forma de una célula? Las estructuras de filamentos formadas por
MreB (Figura 8.10a) no son estáticas, sino que se desplazan pasivamente de un lado a
otro dentro del citoplasma de una célula en crecimiento. Los filamentos de MreB y otras
proteínas asociadas localizan la síntesis del peptidoglicano (Sección 8.5) en puntos
donde los filamentos en forma de bastón entran en contacto con la membrana
citoplasmática (Figura 8.10a). Esto permite que la nueva pared celular se forme en
varios puntos a lo largo de la célula en lugar de un solo lugar en el sitio de FtsZ hacia
afuera, como en las bacterias esféricas (ver Figura 8.13). Al moverse progresivamente
en pistas perpendiculares al cilindro celular e iniciar la síntesis de la pared celular en
múltiples sitios a lo largo de la pared celular, MreB ayuda a dirigir la nueva síntesis de
la pared celular de manera que una célula en forma de bastón se alargue solo a lo largo
de su eje largo con la síntesis de la pared celular dispersa en intervalos.
Crescentin
En la bacteria en forma de vibrio Caulobacter, además de MreB, se encuentra una
proteína determinante de la forma llamada crescentin. Copias de crescentin se organizan
en filamentos de aproximadamente 10 nm de ancho que se localizan en la cara cóncava
de la célula curva (Figura 8.2b). La disposición y localización de los filamentos de
crescentin confieren la característica morfología curva a la célula de Caulobacter
(Figura 8.10c).
Caulobacter es una bacteria acuática que pasa por un ciclo de vida en el que las células
nadadoras, llamadas "swarmers", finalmente forman un tallo y se adhieren a superficies.
Las células adheridas luego experimentan división celular para formar nuevas células
"swarmer" que se liberan para colonizar nuevos hábitats (consulte la Sección 8.8 y la
Figura 8.20). Los pasos en este ciclo de vida están altamente orquestados a nivel
genético, y debido a esto, Caulobacter se ha utilizado como sistema modelo para el
estudio de la expresión génica en la diferenciación celular. Aunque crescentin parece ser
única en Caulobacter, proteínas similares a crescentin se han encontrado en otras células
curvas, como la bacteria que causa las úlceras gástricas, Helicobacter pylori. Esto
sugiere que estas proteínas pueden ser necesarias para la formación de células curvas.
Evolución de la División Celular y Forma Celular
¿Cómo se comparan los determinantes de la forma y división celular en las bacterias
con los de los eucariotas? Mientras que MreB funciona de manera similar a la proteína
eucariota actina, FtsZ está relacionada tanto estructural como funcionalmente con la
proteína eucariota tubulina. Actina forma estructuras llamadas microfilamentos que
actúan como andamiaje en el citoesqueleto celular eucariota y en la división celular,
mientras que la tubulina forma microtúbulos que son importantes en la mitosis y otros
procesos. Además, la proteína determinante de la forma, crescentin, en Caulobacter, está
relacionada con las proteínas de queratina que componen los filamentos intermedios en
las células eucariotas. Los filamentos intermedios forman parte del citoesqueleto
eucariota, y se han encontrado genes que codifican proteínas similares en algunas otras
bacterias. Por lo tanto, parece que varias proteínas que controlan la división celular y el
citoesqueleto celular en las células eucariotas (Sección 2.15) tienen raíces evolutivas en
las bacterias. Sin embargo, a excepción de FtsZ, los genes que codifican homólogos de
estas proteínas parecen estar ausentes en la mayoría de las arqueas.
Aunque nos hemos centrado en las proteínas de filamento MreB y crescentin en
bacterias que crecen mediante la síntesis de nuevo peptidoglicano en el centro de la
célula (o de manera dispersa), existe una diversidad de morfologías en el mundo
bacteriano. Esto es especialmente evidente en las especies de Alphaproteobacteria
(Figura 8.11), bacterias gramnegativas que muestran no solo una diversidad morfológica
significativa, sino también una diversidad metabólica significativa (Capítulos 14 y 16).
Por lo tanto, las Alphaproteobacteria ocupan una serie de diversos nichos ecológicos en
la naturaleza, desde suelo y agua hasta asociaciones simbióticas con plantas y animales.
Además de crecer como células en forma de varilla y producir nuevo material celular,
como hemos visto en las Figuras 8.8–8.10, las Alphaproteobacteria contienen especies
que pueden crecer sintetizando peptidoglicano en los polos (elongación polar).
Agrobacterium tumefaciens, una patógeno vegetal, se alarga en un polo en un proceso
llamado elongación unipolar (Figura 8.12). Aunque en forma de varilla, Agrobacterium
carece de MreB. En su lugar, la síntesis de peptidoglicano ocurre en un polo antes de
comenzar en el punto medio para la división celular. Para que la división celular ocurra
en el punto medio, Agrobacterium posee FtsZ. Sin embargo, FtsZ reside en el polo en
crecimiento durante el crecimiento unipolar y luego se desplaza al punto medio para
reclutar la maquinaria de síntesis de peptidoglicano y formar el anillo donde se forma el
septo. Se cree que las proteínas dentro del divisoma (Sección 8.3) ayudan a aislar FtsZ
en el polo en crecimiento durante el crecimiento unipolar.
Otros géneros de Alphaproteobacteria crecen mediante un proceso conocido como
brotación. La brotación da como resultado diversas morfologías celulares (Figura 8.11;
Sección 4.10) y es una consecuencia de la síntesis de peptidoglicano en varias regiones
dentro de la célula. Sin embargo, la posición precisa de la maquinaria de síntesis de
peptidoglicano en las células en brotación aún no se ha descubierto. La Figura 8.11
también ilustra un principio que veremos repetidamente en este libro: la posición
filogenética de una bacteria no se puede predecir a partir de su morfología y viceversa.
Con raras excepciones (por ejemplo, los espiroquetas, Sección 15.17), la morfología y la
filogenia son características no relacionadas. En contraste, el nuevo material de la pared
celular en los cocos crece en direcciones opuestas desde el anillo FtsZ (Figura 8.13).
Debido a que los cocos no poseen las proteínas SEDS MreB y RodZ (Sección 8.4), FtsZ
desempeña un papel crítico en mantener la forma celular en los cocos. La Figura 8.14
ilustra la división celular y la síntesis de peptidoglicano en el coco grampositivo
Staphylococcus aureus, así como la elongación irregular que ocurre en un mutante de
FtsZ de S. aureus. Sin un FtsZ completamente funcional, las células de S. aureus
comienzan a elongarse y formar citoesqueletos curvos que ilustran la importancia de las
proteínas SEDS en el mantenimiento de la morfología celular.
Inserción de Nuevo Peptidoglicano
El peptidoglicano puede considerarse como un tejido resistente al estrés, muy parecido a
una fina lámina de goma. La síntesis de nuevo peptidoglicano durante el crecimiento
requiere el corte controlado del peptidoglicano preexistente junto con la inserción
simultánea de precursores de peptidoglicano. Una molécula portadora de lípidos
llamada bactoprenol juega un papel importante en este último proceso. El bactoprenol
es un alcohol C55 hidrofóbico que se une a un precursor de peptidoglicano N-
acetilglucosamina/N-acetilmurámico/pentapéptido para formar el lípido II (Figura 8.15).
El bactoprenol transporta precursores de peptidoglicano a través de la membrana
citoplasmática al volver suficientemente hidrofóbico al lípido II para que pase a través
de un transportador ABC transmembrana (◀ Figura 2.6) conocido como flipasa (Figura
8.16a). Una vez fuera de la célula, el lípido II interactúa con las transglicosilasas,
llamadas polimerasas de peptidoglicano, que insertan precursores de peptidoglicano en
un punto de crecimiento de la pared celular y catalizan la formación de enlaces
glucosídicos (el bactoprenol restante se recicla luego hacia el citoplasma para comenzar
un nuevo ciclo de transporte de precursores). Sin embargo, antes de la inserción del
precursor de peptidoglicano, enzimas llamadas autolisinas crean pequeños huecos en el
peptidoglicano existente, enzimas que funcionan para hidrolizar el enlace que conecta la
N-acetilglucosamina con la N-acetilmurámico en el esqueleto del peptidoglicano. Luego
se añade el precursor de peptidoglicano a través de los huecos (Figura 8.16a). La unión
entre el peptidoglicano nuevo y el antiguo forma una cresta en la superficie celular de
las bacterias grampositivas que puede observarse mediante microscopía electrónica
como una banda de pared (Figura 8.13b).
La síntesis del peptidoglicano debe ser un proceso altamente coordinado y los
precursores de peptidoglicano deben estar disponibles de inmediato durante la actividad
de autolisina. Esto se debe a que las unidades de tetrapéptido deben empalmarse en el
peptidoglicano existente inmediatamente después de la actividad de autolisina para
evitar una brecha en el tejido de peptidoglicano en el punto de empalme; una brecha
podría causar problemas osmóticos para la célula y provocar la lisis celular espontánea,
llamada autólisis.
Transpeptidación
El paso final en la síntesis del peptidoglicano es la transpeptidación. La transpeptidación
forma los enlaces peptídicos entre los residuos de ácido murámico en cadenas glicanas
adyacentes (◀ Sección 2.3 y Figuras 2.8 y 2.9). En las bacterias gramnegativas como
Escherichia coli, se forman enlaces entre el ácido diaminopimélico (DAP) en un péptido
y el d-alanina en el péptido adyacente. Aunque hay dos residuos de d-alanina al final del
precursor de peptidoglicano, solo uno permanece en la molécula final, ya que el otro se
elimina durante la transpeptidación (Figura 8.16b). Esta reacción es exergónica (libera
energía, ◀ Sección 3.1) y suministra la energía necesaria para impulsar la
transpeptidación hacia adelante. En E. coli, la proteína FtsI (Figura 8.8a) funciona como
la transpeptidasa.
La transpeptidación es notable desde el punto de vista médico porque es la reacción
inhibida por el antibiótico penicilina. Se han identificado varias proteínas de unión a
penicilina en las bacterias, incluida FtsI (Figura 8.8a). Cuando la penicilina se une a las
proteínas de unión a penicilina, estas quedan inactivadas. Si la transpeptidación se
bloquea en una célula que, por lo demás, está creciendo, la actividad continua de las
autolisinas (Figura 8.16a) debilita tanto el peptidoglicano que la célula finalmente
estalla. La ausencia de peptidoglicano en los eucariotas (como los humanos) es la base
de la eficacia clínica de la penicilina: el antibiótico destruye solo las bacterias en
crecimiento y, por lo tanto, se dirige a las bacterias patógenas que a menudo crecen
rápidamente en una infección activa. Síntesis de peptidoglicano. (a) La flipasa
transporta el lípido II a través de la membrana citoplasmática al punto de crecimiento de
la pared celular. La autolisina rompe los enlaces glicolíticos en el peptidoglicano
preexistente, mientras que la transglicosilasa los sintetiza, uniendo el peptidoglicano
antiguo con el nuevo. (b) La reacción de transpeptidación que lleva a la unión cruzada
final de dos cadenas de peptidoglicano. La penicilina inhibe esta reacción. G, N-
acetilglucosamina; M, N-acetilmurámico.
Microbiología molecular
Transcripción en Archaea y Eukarya
Aquí discutimos los elementos clave de la transcripción en Archaea y Eukarya que
difieren de los de las Bacterias. Aunque en tanto en Archaea como en Eukarya el flujo
general de información genética es el mismo que en las Bacterias, algunos detalles
difieren, y en las células eucariotas la presencia del núcleo complica la vía de la
información genética. Muchos de los detalles de la transcripción (y la traducción) en
Archaea se asemejan más a los de Eukarya que a los de las Bacterias. Sin embargo, las
Archaea también comparten algunas similitudes en la transcripción con las Bacterias,
como los operones. Comenzamos nuestra discusión en el centro del escenario
considerando la ARN polimerasa. ARN Polimerasas, Promotores y Terminadores de
Archaea y Eukarya
Las ARN polimerasas de Archaea y Eukarya son similares y más complejas que las de
las Bacterias. Las Archaea contienen solo una ARN polimerasa, mientras que los
eucariotas tienen tres. La ARN polimerasa de las Archaea se parece más a la ARN
polimerasa II de los eucariotas y está compuesta por 11-13 subunidades, dependiendo de
la especie (la ARN polimerasa II de los eucariotas tiene 12 o más subunidades). Estas
contrastan con la relativamente simple ARN polimerasa central de cuatro subunidades
de las Bacterias (Figura 6.19).
Aprendimos la importancia del promotor y sus secuencias de reconocimiento para el
proceso general de la transcripción en la Sección 6.5. La secuencia de reconocimiento
más importante en los promotores de las Archaea y los eucariotas es la caja "TATA" de
6 a 8 pares de bases, que se encuentra de 18 a 27 nucleótidos aguas arriba del sitio de
inicio de la transcripción (Figura 6.24). La caja "TATA" es reconocida por la proteína de
unión a la TATA (TBP), una de las muchas proteínas de transcripción presentes en
Archaea y eucariotas. Aguas arriba de la caja "TATA" se encuentra la secuencia del
elemento de reconocimiento B (BRE) que es reconocida por el factor de transcripción B
(TFB) de las Archaea. Además, en el inicio de la transcripción se encuentra una
secuencia de elemento iniciador específico. Una vez que la TBP se ha unido a la caja
"TATA" y el TFB se ha unido al BRE, la ARN polimerasa de las Archaea puede unirse e
iniciar la transcripción. Este proceso es similar en los eucariotas, excepto que se
requieren varios factores de transcripción adicionales.
Se sabe menos sobre la terminación de la transcripción en las Archaea que en las
Bacterias, aunque algunos genes de Archaea tienen repeticiones invertidas seguidas de
una secuencia rica en AT similar a las presentes en muchos terminadores de la
transcripción bacteriana (Sección 6.5). Otro tipo de terminador de transcripción
sospechoso carece de repeticiones invertidas pero contiene repeticiones de timinas.
Aunque no se han encontrado proteínas similares a Rho en Archaea o Eukarya, se ha
identificado una proteína de terminación de la transcripción separada en las
Euryarchaeota (un filo importante de Archaea) llamada Eta. Eta se une al ADN aguas
arriba de la burbuja de transcripción y, cuando choca con la ARN polimerasa de las
Archaea, la saca del ADN. En los eucariotas, el proceso de terminación difiere según la
ARN polimerasa y a menudo requiere una proteína de factor de terminación específica.
Procesamiento del ARN en Eucariotas y Secuencias Intervinientes en Archaea
A diferencia de las Bacterias, los Eucariotas contienen muchos genes que están
divididos en dos o más regiones codificantes separadas por regiones no codificantes.
Las secuencias codificantes se llaman exones, mientras que las regiones no codificantes
intermedias se llaman intrones. Por lo tanto, los transcritos de los exones típicamente
requieren alteraciones, conocidas como procesamiento de ARN, para formar ARN
maduros adecuados para la traducción. El término "transcripto primario" se refiere a la
molécula de ARN que se transcribe originalmente antes de que los intrones se eliminen
para formar el ARN mensajero maduro que contiene solo exones. El proceso por el cual
se eliminan los intrones y se unen los exones se llama empalme (Figura 6.25).
El empalme de ARN ocurre en el núcleo por la actividad de un complejo
macromolecular que contiene tanto ARN como proteínas, llamado spliceosoma. Las
proteínas del spliceosoma exciden el(los) intrón(es) del transcripto primario y unen los
exones adyacentes para formar un ARN mensajero maduro continuo que codifica
proteínas (Figura 6.25). Aunque las secuencias intermedias en genes que codifican
proteínas son extremadamente raras en Archaea, varios genes de Archaea que codifican
ARNt y ARNr contienen intrones que deben eliminarse después de la transcripción para
generar el ARNt o ARNr maduro. En analogía a los intrones de los eucariotas, estas
secuencias intermedias se llaman "intrones archaeales"; sin embargo, su procesamiento
es catalizado por una ribonucleasa especial en lugar de por un complejo tipo
spliceosoma.
Otros dos pasos en el procesamiento del ARNm en los Eucariotas son únicos en este
dominio y ambos pasos tienen lugar en el núcleo antes del empalme (Figura 6.26). El
primer paso, llamado "capping" (tapado), ocurre antes de que la transcripción esté
completa. El capping es la adición de un nucleótido de guanina metilada al extremo 5'-
fosfato del ARNm (Figura 6.26). El cap se agrega en orientación inversa en relación al
resto de la molécula de ARNm y es necesario para iniciar la traducción. El segundo
paso, la poliadenilación, consiste en recortar el extremo 3' del transcripto primario y
agregar de 100 a 200 residuos de adenina, llamados la cola de poli(A) (Figura 6.26). La
cola de poli(A) estabiliza el ARNm contra el ataque de nucleasas y, después de la
traducción, debe ser eliminada antes de que el ARNm pueda ser degradado.
Síntesis de Proteínas: Traducción
La culminación de la replicación y la transcripción es la traducción, la producción real
de proteínas por la notable máquina biomolecular de la célula, el ribosoma. Una vez que
ha ocurrido la transcripción, los ARNm son traducidos en proteínas. La traducción
requiere muchas proteínas y ARN (además de ARNm) que se combinan para formar una
estructura celular clave llamada ribosoma. Cómo interactúan un ARNm y un ribosoma
para producir la variedad de proteínas de una célula es lo que consideramos ahora, y
comenzamos con una sección de repaso sobre las propiedades básicas de las proteínas.
6.7 Aminoácidos, Polipéptidos y Proteínas
Las proteínas desempeñan roles importantes en la función celular. Tres clases
principales de proteínas celulares son las proteínas catalíticas, las proteínas estructurales
y las proteínas reguladoras. Las enzimas son los catalizadores de las reacciones
químicas que ocurren en las células. Las proteínas estructurales forman parte de las
estructuras principales de la célula: membranas, el envoltorio celular, ribosomas y así
sucesivamente (Capítulo 2). Las proteínas reguladoras controlan la mayoría de los
procesos celulares a través de una variedad de mecanismos, incluyendo la unión al ADN
y la regulación de la transcripción. Sin embargo, independientemente de su función,
todas las proteínas comparten ciertas características básicas.
Dos clases principales
Proteínas catalíticas: Las enzimas son las catalizadores para las reacciones químicas que
ocurren en las células.
Proteínas estructurales: son partes de las estructuras principales de la célula:
membranas, paredes, ribosomas, etc.
Proteínas reguladoras: controlan la mayoría de los procesos celulares mediante una
variedad de mecanismos, incluida la unión al ADN e influyendo en la transcripción.
Diversidad y Estructuras de las Proteínas
La diversidad de aminoácidos químicamente distintos permite la existencia de un
número enorme de proteínas estructuralmente únicas que pueden tener propiedades
bioquímicas ampliamente diferentes. Si asumimos que un polipéptido promedio
contiene 300 aminoácidos, entonces teóricamente son posibles 2^300 secuencias de
polipéptidos diferentes. Sin embargo, ninguna célula tiene ni cerca de tantas proteínas
diferentes. Una célula de Escherichia coli contiene alrededor de 2000 tipos diferentes de
proteínas; el número exacto de tipos diferentes producidos depende en gran medida de
los recursos (nutrientes) y las condiciones de crecimiento utilizadas.
La secuencia lineal de aminoácidos en un polipéptido es su estructura primaria. Esto
determina finalmente el patrón de plegamiento del polipéptido, que a su vez determina
su actividad biológica. Incluso un solo cambio en la estructura primaria de una proteína
puede afectar su plegamiento y, por lo tanto, su actividad. Una vez formado, un
polipéptido comienza a plegarse para formar una estructura más estable. Los enlaces de
hidrógeno entre los átomos de oxígeno y nitrógeno de dos enlaces peptídicos generan la
estructura secundaria, ya sea como una hélice alfa (imagina un polipéptido enrollado
alrededor de un cilindro) o como una lámina beta (un tipo de plegamiento "de ida y
vuelta" repetido) (Figura 6.29). Un solo polipéptido puede contener regiones, llamadas
dominios, de estructura secundaria de hélice alfa y regiones de estructura secundaria de
lámina beta. El tipo de plegamiento y su ubicación en la molécula están determinados
por la estructura primaria y las oportunidades disponibles para la formación de enlaces
de hidrógeno.
Las interacciones entre los grupos R de los aminoácidos en un polipéptido generan
estructuras de orden superior. La estructura terciaria de una proteína depende en gran
medida de interacciones hidrofóbicas, con contribuciones menores de enlaces de
hidrógeno, enlaces iónicos y enlaces disulfuro, y genera la forma tridimensional general
del polipéptido (Figura 6.30). Muchas proteínas están formadas por dos o más
polipéptidos y, por lo tanto, muestran estructura cuaternaria. En estas proteínas, la
estructura cuaternaria describe el número y la estructura secundaria de los polipéptidos
(llamados subunidades) en la molécula. Las estructuras cuaternarias pueden estar
estabilizadas por diversas interacciones y también por enlaces disulfuro; si se unen
cisteínas ubicadas en dos polipéptidos diferentes, el enlace disulfuro conecta las dos
subunidades.
Cuando las proteínas se exponen a extremos de calor o pH, o a ciertas sustancias
químicas que afectan su plegamiento, pueden desnaturalizarse. Esto resulta en la
pérdida de la estructura secundaria, terciaria y cuaternaria de una proteína junto con sus
propiedades biológicas. Sin embargo, debido a que generalmente los enlaces peptídicos
no se rompen, el polipéptido desnaturalizado retiene su estructura primaria.
Dependiendo de la gravedad de las condiciones de desnaturalización, el polipéptido
puede volver a plegarse adecuadamente después de eliminar el desnaturalizante. Sin
embargo, si el plegamiento no es correcto, la proteína queda permanentemente inactiva
y se degrada por proteasas para liberar sus aminoácidos y permitir la síntesis de nuevas
proteínas.
ARN de Transferencia
Con una breve introducción a las proteínas detrás de nosotros, ahora consideramos la
síntesis de proteínas. Pero para hacerlo, primero debemos comprender el papel del ARN
de transferencia (ARNt). Los ARNt funcionan para transportar aminoácidos hacia la
maquinaria de traducción. Para asegurarse de que llevan el aminoácido correcto, cada
ARNt contiene una secuencia específica de tres nucleótidos llamada el anticodón, el
grupo de tres bases que reconoce un codón (un código de tres bases para un
aminoácido) en el ARNm (Sección 6.10). El aminoácido correcto (llamado aminoácido
cognado) se une a un ARNt específico mediante una enzima llamada aminoacil-ARNt
sintetasa. Para cada aminoácido, existe una aminoacil-ARNt sintetasa separada que se
une específicamente tanto al aminoácido cognado como al ARNt que contiene el
anticodón correspondiente, asegurando así que cada ARNt reciba su aminoácido
correcto. Si un aminoácido está codificado por más de un codón, una sola aminoacil-
ARNt sintetasa reconocerá el anticodón en cualquiera de los ARNt para ese aminoácido.
Estructura General del ARN de Transferencia
Hay aproximadamente 60 ARNt diferentes en las células procariotas y 100-110 en las
células humanas. Los ARNt son moléculas cortas (73-93 nucleótidos), de cadena
sencilla, que contienen una extensa estructura secundaria. Ciertas secuencias de bases y
estructuras secundarias son invariables para los ARNt, mientras que otras partes son
variables. Los ARNt también contienen algunas bases púricas y pirimidínicas que están
modificadas a partir de las bases que se encuentran en otras clases de ARN, y estas
modificaciones ocurren después de la transcripción. Estas bases inusuales incluyen
pseudouridina (Ψ), inosina, dihidrouridina (D), ribotimidina, metil guanosina, guanosina
dimetilada e inosina metilada. El ARNt maduro y activo también contiene regiones de
doble cadena formadas por el emparejamiento de bases internas cuando la molécula de
cadena sencilla se pliega sobre sí misma (Figura 6.31).
Un ARNt puede representarse en forma de un trébol (Figura 6.31a). Algunas regiones de
la estructura secundaria del ARNt reciben nombres en función de las bases modificadas
que se encuentran allí (por ejemplo, los bucles TΨC y D) o en función de sus funciones
(por ejemplo, el bucle del anticodón y el extremo aceptor). El modelo tridimensional de
un ARNt que se muestra en la Figura 6.31b es una vista más realista de la molécula y
muestra cómo las bases que parecen estar separadas en el modelo de trébol están en
realidad mucho más cerca cuando se ven en 3D. Esta proximidad permite que algunas
de las bases en un bucle se emparejen con bases en otro bucle (Figura 6.31b).
En el extremo 3' (extremo aceptor) de todos los ARNt hay tres nucleótidos sin
emparejar. La secuencia de estos tres nucleótidos siempre es citosina-citosina-adenina
(CCA), y son absolutamente esenciales para la función. Sin embargo, en la mayoría de
los organismos, el CCA 3' no está codificado en el gen del ARNt en el cromosoma; en
su lugar, cada nucleótido se agrega secuencialmente por una proteína llamada enzima
añadidora de CCA, utilizando CTP y ATP como sustratos. Luego, el aminoácido
cognado se une covalentemente al adenosina terminal del extremo CCA de su ARNt
correspondiente. Desde esta ubicación, el aminoácido se incorpora a la cadena
polipéptida en crecimiento en el ribosoma mediante un mecanismo que se describirá en
la Sección 6.10.
Traducción y el Código Genético
El corazón de la transferencia de información genética radica en la correspondencia
entre la plantilla de ácido nucleico y la secuencia de aminoácidos de un polipéptido.
Esta correspondencia está arraigada en el código genético. Un triplete de ARNm de tres
bases, llamado codón, codifica cada aminoácido específico (los propios codones están
codificados por el genoma del organismo). Los 64 codones posibles (cuatro bases
tomadas de tres en tres = 43) se muestran en la Tabla 6.4. Observa que además de los
codones para los aminoácidos, también hay codones para iniciar y detener la traducción.
Aquí nos enfocamos en la traducción en las bacterias, con Escherichia coli como
modelo.
Propiedades del Código Genético
Existen 22 aminoácidos naturales, y debido a que hay 64 codones, varios aminoácidos
pueden ser codificados por más de un codón. Un código como este, que carece de una
correspondencia uno a uno entre la "palabra" (es decir, el aminoácido) y el "código"
(codón), se llama un código degenerado. Un codón es reconocido por el emparejamiento
de bases específicas con una secuencia complementaria en el anticodón, que se
encuentra en un tARN (Sección 6.8 y Figuras 6.31 y 6.32). Si este emparejamiento de
bases siempre fuera el emparejamiento estándar de A con U y G con C, entonces se
necesitaría al menos un tARN específico para reconocer cada codón. En algunos casos,
esto es cierto. Por ejemplo, hay seis tARN diferentes en Escherichia coli para el
aminoácido leucina, uno para cada codón (Tabla 6.4). Por otro lado, algunos tARN
pueden reconocer más de un codón. Por ejemplo, aunque hay dos codones para la lisina
en E. coli, solo hay un tARN lisil, cuyo anticodón puede emparejarse con AAA o AAG.
En estos casos, el anticodón forma pares de bases estándar solo en las dos primeras
posiciones del codón y tolera un emparejamiento irregular en la tercera posición. Este
fenómeno se llama "wobble" y se ilustra en la Figura 6.33.
Si un aminoácido está codificado por múltiples codones, los codones suelen estar
estrechamente relacionados en secuencia de bases, generalmente diferenciándose solo
en su tercera posición (Tabla 6.4) para permitir el "wobble" (Figura 6.33).
Curiosamente, no todos los codones múltiples para un aminoácido dado se utilizan con
la misma frecuencia, lo que lleva a un sesgo de codones que varía de un organismo a
otro. El sesgo de codones está correlacionado con un sesgo correspondiente en la
concentración de diferentes moléculas de tARN. Es decir, un tARN cuyo anticodón
corresponde a un codón raramente utilizado suele producirse en niveles bajos.
Codones de Inicio y Parada y Marcos de Lectura
El ARN mensajero se traduce en las bacterias comenzando con su codón de inicio
(AUG, Tabla 6.4), que codifica una metionina químicamente modificada llamada N-
formilmetionina (aunque AUG al principio de una región codificante codifica N-
formilmetionina, AUG dentro de la región codificante codifica metionina sin modificar
como el primer aminoácido en un polipéptido.
Con un código de tres bases, es fundamental que la traducción comience en el
nucleótido correcto. Si no lo hace, el marco de lectura completo del ARNm se
desplazará y, por lo tanto, se creará una proteína completamente diferente (y
probablemente inactiva). Alternativamente, si el desplazamiento introduce un codón de
parada (Tabla 6.4) en el marco de lectura, el polipéptido terminará prematuramente. El
marco de lectura que, cuando se traduce, produce el polipéptido codificado por el gen se
llama marco 0 (cero); los otros marcos de lectura posibles (-1 y +1) no codifican la
misma secuencia de aminoácidos (Figura 6.34). La fidelidad del marco de lectura está
regulada por las interacciones entre el ARNm y el ARNr dentro del ribosoma. En las
bacterias, el ARN ribosómico reconoce un AUG específico en el ARNm como un codón
de inicio con la ayuda de una secuencia aguas arriba en el ARNm llamada sitio de unión
del ribosoma (RBS) (también llamada secuencia Shine-Dalgarno en honor a sus
descubridores). Esta necesidad de alineación aguas arriba explica por qué algunos
ARNm de bacterias pueden usar otros codones de inicio, como GUG. Sin embargo,
debido al RBS, incluso estos codones de inicio inusuales dirigen la incorporación de N-
formilmetionina como el aminoácido iniciador (consulte la Figura 6.36).
Los codones UAA, UAG y UGA (Tabla 6.4) son codones de parada y señalizan la
terminación de la traducción de una secuencia codificadora de proteínas en el ARNm.
Los codones de parada también se llaman codones sin sentido, porque interrumpen el
"sentido" del polipéptido en crecimiento cuando detienen la traducción. En algunos
casos raros en bacterias y arqueas, los codones de parada codifican los aminoácidos
inusuales selenocisteína y pirrolisina (Figura 6.27). Cuando esto ocurre, se emplean
tARN específicos cuyos anticodones leen estos codones de parada. Lo que controla esta
ocurrencia inusual es una secuencia de reconocimiento justo aguas abajo del codón de
parada que ahora codifica, lo que señala la incorporación de tARN que contienen
selenocisteína o pirrolisina en lugar de detener la traducción. Algunos otros microbios
utilizan codones de parada convencionales para codificar aminoácidos, pero en estos
casos, los organismos simplemente han dejado de usar estos codones de parada
particulares como sitios de parada de la traducción.
Si un ARNm puede ser traducido, es porque contiene un marco de lectura abierto
(ORF): un codón de inicio seguido de varios codones y luego un codón de parada en el
mismo marco de lectura que el codón de inicio. Utilizando métodos computacionales, se
puede escanear una secuencia de bases de ADN para buscar marcos de lectura abiertos.
Además de buscar codones de inicio y parada, los análisis computacionales pueden
incluir una búsqueda de promotores y secuencias de unión al ribosoma para confirmar el
ORF como codificación de proteínas.
La búsqueda de ORFs es fundamental en el campo de la genómica (Capítulo 10), ya que
si se ha secuenciado una pieza desconocida de ADN, la presencia de un ORF implica
que puede codificar proteínas. De esta manera, los análisis computacionales de genomas
microbianos secuenciados pueden revelar mucho sobre la biología de un organismo.
El Mecanismo de la Síntesis de Proteínas
La síntesis de proteínas es un proceso dinámico que se puede dividir en tres pasos
principales: iniciación, elongación y terminación. Además del ARNm, el ARNt y los
ribosomas, la traducción requiere una serie de proteínas de iniciación, elongación y
terminación, así como el compuesto rico en energía trifosfato de guanosina (GTP) para
proporcionar la energía necesaria para impulsar el proceso.
Ribosomas y la Iniciación de la Traducción
Los ribosomas son grandes complejos de proteínas y ARN donde se sintetizan las
proteínas de la célula (Figura 6.35). Una célula puede tener muchos miles de ribosomas,
y su número aumenta a tasas de crecimiento más altas. Cada ribosoma consta de dos
subunidades. Las bacterias y las arqueas tienen subunidades ribosomales 30S y 50S que
dan como resultado ribosomas 70S intactos. Cada subunidad ribosomal contiene ARN
ribosómico específico (rARN) y proteínas ribosomales. La subunidad 30S contiene
rARN 16S y 21 proteínas, y la subunidad 50S contiene rARN 5S y 23S y 31 proteínas.
Por lo tanto, en Escherichia coli, hay 52 proteínas ribosomales distintas, la mayoría de
las cuales están presentes en una copia por ribosoma. El ribosoma es una estructura
altamente dinámica y sus subunidades se asocian y disocian alternativamente durante el
proceso de traducción (consulte las Figuras 6.36 y 6.37) mientras interactúan con
muchas otras proteínas. Además, varias proteínas citoplasmáticas llamadas factores de
traducción son esenciales para la traducción y interactúan con el ribosoma en varias
etapas del proceso de traducción.
En las bacterias, la iniciación de la síntesis de proteínas comienza con una subunidad
ribosomal 30S libre (Figura 6.36). A partir de esto, se forma un complejo de iniciación
que consta de la subunidad 30S, el ARNm, el ARNt de formilmetionina (el ARNt
iniciador en bacterias; después de completarse el polipéptido, se elimina el grupo
formilo) y los factores de iniciación IF1, IF2 y IF3. También se requiere GTP para este
paso. A continuación, se agrega una subunidad ribosomal 50S al complejo de iniciación
para formar el ribosoma activo 70S (Figuras 6.35 y 6.36). Justo antes del codón de
inicio en el ARNm hay una secuencia de tres a nueve nucleótidos que componen el sitio
de unión del ribosoma (Figura 6.36). Este sitio está hacia el extremo 5' del ARNm y es
complementario a las secuencias de bases en el extremo 3' del rARN 16S, que forma
parte del ribosoma. La complementariedad de bases entre estos dos ARN mantiene el
complejo ribosoma-ARNm firmemente unido en el marco de lectura correcto. El ARNm
policistrónico (Sección 6.5) contiene varias secuencias de sitios de unión del ribosoma,
una aguas arriba de cada secuencia codificante. Esto permite que los ribosomas
bacterianos traduzcan varios genes en el mismo ARNm porque el ribosoma puede
localizar cada sitio de iniciación dentro de un mensaje uniéndose a su sitio de unión del
ribosoma.
Elongación, Translocación y Terminación
Durante la traducción, el ARNm pasa a través del ribosoma mientras sus nucleótidos se
unen a la subunidad ribosomal 30S. El ribosoma contiene otros sitios donde interactúan
los ARNt. Dos de estos sitios están ubicados principalmente en la subunidad ribosomal
50S y se denominan sitio A (aceptor) y sitio P (péptido) (Figura 6.37). El sitio A es
donde se une inicialmente el ARNt cargado entrante, y la carga de un ARNt en el sitio A
es asistida por el factor de elongación EF-Tu. El sitio P es donde la cadena de
polipéptido en crecimiento se une al ARNt previo. Durante la formación de un enlace
peptídico, la cadena de polipéptido en crecimiento se desplaza al ARNt en el sitio A a
medida que se forma un nuevo enlace peptídico. Además de EF-Tu, se requiere el factor
de elongación EF-Ts, así como más GTP (Figura 6.37).
Después de la elongación, el ARNt que sostiene el polipéptido se transloca del sitio A al
sitio P, abriendo así el sitio A para un nuevo ARNt cargado; esto requiere el factor de
elongación EF-G y una molécula de GTP por cada evento de translocación (Figura
6.37). En cada translocación, el ribosoma avanza tres nucleótidos (un codón) a lo largo
del ARNm, exponiendo un nuevo codón en el sitio A. La translocación empuja al ARNt,
que ahora está libre de aminoácidos, a un tercer sitio llamado sitio E (salida), y es desde
aquí que el ARNt se libera del ribosoma. La precisión del paso de translocación es
fundamental para la exactitud de la síntesis de proteínas. Es decir, el ribosoma debe
moverse exactamente un codón en cada paso o el marco de lectura cambiará y se
comprometerá la fidelidad de la traducción (Sección 6.9).
Varios ribosomas pueden traducir simultáneamente una sola molécula de ARNm,
formando un complejo llamado polirribosoma (Figura 6.38). Los polirribosomas
aumentan tanto la velocidad como la eficiencia de la traducción porque cada ribosoma
en el polirribosoma genera un polipéptido completo. Observa en la Figura 6.38 cómo
los ribosomas en el polirribosoma que están más cerca del extremo 5' (el inicio) de la
molécula de ARNm tienen polipéptidos cortos unidos a ellos porque solo se han leído
unos pocos codones, mientras que los ribosomas más cercanos al extremo 3' del ARNm
tienen polipéptidos casi terminados.
La traducción termina cuando el ribosoma alcanza un codón de parada (Tabla 6.4)
porque ningún ARNt se une a un codón de parada. En su lugar, proteínas llamadas
factores de liberación (RFs) reconocen el codón de parada y separan el polipéptido
adjunto del último ARNt, liberando el producto terminado. Después de esto, las
subunidades ribosomales se disocian, y las subunidades 30S y 50S están libres para
formar nuevos complejos de iniciación (Figura 6.36) y repetir el proceso.
Papel del ARN Ribosómico en la Síntesis de Proteínas
El ARN ribosómico desempeña papeles importantes en todas las etapas de la traducción,
desde la iniciación hasta la terminación. Por otro lado, el papel principal de las proteínas
en el ribosoma es formar una estructura que posicione secuencias clave en los ARN
ribosómicos (Figura 6.35). En las bacterias, el ARN ribosómico 16S facilita la
iniciación al emparejar bases con el sitio de unión del ribosoma en el ARNm, y, junto
con las proteínas ribosómicas, sostiene el ARNm en su lugar a ambos lados de los sitios
A y P. El ARN ribosómico también juega un papel en la asociación de las subunidades
del ribosoma, así como en la posición de los ARNt en el ribosoma (Figuras 6.36 y 6.37).
Aunque los ARNt cargados reconocen el codón correcto mediante el emparejamiento de
bases codón-anticodón (Figura 6.33), también se unen al ribosoma mediante
interacciones entre el bucle de anticodón del ARNt y secuencias específicas en el ARN
ribosómico 16S. Además, el extremo aceptor del ARNt (Figuras 6.36 y 6.37) forma
pares de bases con secuencias en el ARN ribosómico 23S.
Además de sus roles en la alineación del ARNm y la translocación a lo largo del
transcrito, el ARN ribosómico también cataliza la formación real de los enlaces
peptídicos. La reacción de transferencia peptídica (formación de enlaces peptídicos)
ocurre en la subunidad ribosomal 50S y es catalizada únicamente por el ARN
ribosómico 23S. Este ARN también juega un papel en la translocación e interactúa con
los factores de elongación. Así que, además de su papel como esqueleto estructural del
ribosoma, el ARN ribosómico desempeña un papel catalítico importante en el proceso
de traducción.