‭UNIVERSIDAD MILITAR‬‭NUEVA GRANADA‬

‭PROGRAMA‬‭DE INGENIERÍA AMBIENTAL‬

‭Jose Daniel Rozo - 5400635‬
‭ aura Valentina Cordero - 5400639‬
L
‭Ingid Natalia Castro Forero- 5400615‬
‭Ivan Ricardo Rodriguez Ortiz - 5400586‬

‭Bases de datos en proteínas y enzimas - aplicaciones de la‬

‭proteómica y el docking molecular‬

‭Desarrollo‬

‭1.‬ ‭Identificación de proteínas‬

‭Una vez en el gel identifique: ¿Cuántos spots diferentes es posible observar? ‬

‭ECOLI4.5-5.5 {‬‭Escherichia coli‬‭(4.5-5.5)} - 2D‬

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‭ igura 1.‬‭Gel de sílice utilizado en separación por cromatografía.‬

F
‭Identifique‬‭utilizando‬‭el‬‭nombre‬‭indicado‬‭en‬‭la‬‭base‬‭de‬‭datos,‬‭dentro‬‭del‬‭gel‬‭algunas‬‭proteínas‬
‭que cumplan con: ‬
‭●‬ ‭Alto valor del pI y bajo peso molecular ‬

‭RecName: Completo = subunidad C de alquil hidroperóxido reductasa; CE=1.11.1.15;‬

‭ ecName:‬ ‭Completo=Gliceraldehído-3-fosfato‬ ‭deshidrogenasa‬ ‭A;‬ ‭Corto=GAPDH-A;‬

R
‭CE=1.2.1.12;‬

‭●‬ ‭Bajo valor de pI y alto peso molecular ‬

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‭●‬ P‭ ara‬ ‭un‬ ‭mismo‬ ‭valor‬ ‭de‬‭pI,‬‭¿cuántas‬‭proteínas‬‭con‬‭diferentes‬‭pesos‬‭moleculares‬‭hay‬

‭presentes? ‬

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c‭ on la misma pI equivalente a 4.96 existen 6 diferentes pesos moleculares como se puede‬

‭observar en la imagen anterior.‬

‭2. Protein Data Bank‬

1‭ ).‬ ‭Indique‬ ‭su‬ ‭estructura‬ ‭tridimensional,‬ ‭peso‬ ‭molecular‬ ‭en‬ ‭Kda,‬ ‭No‬ ‭de‬ ‭residuos‬ ‭de‬
‭aminoácidos. ​‬

‭5XSY‬

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‭ igura‬ ‭2.‬ ‭Estructura‬ ‭tridimensional‬ ‭de‬ ‭5XSY,‬ ‭estructura‬ ‭del‬ ‭complejo‬ ‭Nav1.4-beta1‬ ‭de‬
F
‭anguila eléctrica.‬
‭Su estructura tridimensional consta de 4 hélices alfa y 1 hoja plegada beta.‬

‭Su peso molecular es de‬‭235.27 kDa y el número de‬‭residuos de aminoácidos es de 1,312‬

‭2). ¿Qué tipo de proteína es?​‬

‭Es una proteína de membrana.‬

3‭ ).‬ ‭¿Qué‬ ‭otro‬ ‭tipo‬ ‭de‬ ‭información‬ ‭encontró‬ ‭en‬ ‭el‬ ‭summary‬ ‭que‬ ‭no‬ ‭fue‬ ‭explicada‬ ‭pero‬
‭considera usted importante? ‬

‭ a‬ ‭secuencia‬ ‭5XSY‬ ‭es‬ ‭muy‬ ‭necesaria‬ ‭porque‬‭se‬‭piensa‬‭que‬‭está‬‭involucrada‬‭en‬‭la‬‭unión‬‭de‬

L
‭las‬ ‭bacterias‬‭a‬‭las‬‭células‬‭huésped.‬‭La‬‭arginina‬‭es‬‭un‬‭aminoácido‬‭polar‬‭que‬‭puede‬‭compartir‬
‭con‬‭las‬‭moléculas‬‭de‬‭la‬‭superficie‬‭celular.‬‭La‬‭serina‬‭y‬‭la‬‭tirosina‬‭son‬‭aminoácidos‬‭hidrofílicos‬
‭que pueden ayudar a la bacteria a unirse a superficies hidrofóbicas.‬

‭4)​. Determine el aminoácido inicial y el aminoácido terminal. ‬

‭ ‬‭ADLAKKNNCIACHQVETKVVGPALKDIAAKYADKDDAATYLAGKIKGGSSGVWG‬
D
‭QIPMPPNVNVSDADAKALADWILTL‬‭K‬‭​

‭Aminoácido inicial:‬

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‭●‬ ‭D: Asp - Ácido aspartico‬

‭Aminoácido terminal:‬
‭●‬ ‭K: Lys - Lisina‬

5‭ ).‬ ‭Qué‬ ‭tipos‬ ‭de‬ ‭motivos‬ ‭o‬ ‭dominios‬ ‭puede‬ ‭observar‬ ‭en‬ ‭la‬ ‭proteína‬ ‭seleccionada.‬ ‭Indique‬
‭cuales observa y cuantos de cada uno.‬

I‭ R: 0009055‬
‭Las‬‭transportadoras‬‭de‬‭electrones‬‭son‬‭moléculas‬‭esenciales‬‭para‬‭la‬‭respiración‬‭celular,‬‭que‬‭es‬
‭el‬ ‭proceso‬ ‭por‬ ‭el‬ ‭cual‬ ‭las‬ ‭células‬ ‭liberan‬ ‭energía‬ ‭de‬ ‭la‬ ‭glucosa.‬ ‭Las‬ ‭transportadoras‬ ‭de‬
‭electrones‬ ‭se‬ ‭organizan‬ ‭en‬ ‭una‬ ‭serie‬ ‭para‬ ‭transferir‬ ‭electrones‬ ‭desde‬ ‭los‬ ‭donantes‬ ‭a‬ ‭los‬
‭aceptores‬‭de‬‭electrones‬‭terminales,‬‭lo‬‭que‬‭genera‬‭un‬‭gradiente‬‭electroquímico‬‭transmembrana‬
‭que se utiliza para generar ATP. ‬

I‭ R: 0042597 ‬
‭El‬‭espacio‬‭periplasmático‬‭es‬‭un‬‭compartimento‬‭importante‬‭para‬‭las‬‭células‬‭procariotas.‬‭Es‬‭un‬
‭lugar‬ ‭donde‬ ‭se‬ ‭realizan‬ ‭una‬ ‭variedad‬ ‭de‬ ‭funciones‬ ‭importantes,‬ ‭como‬ ‭el‬ ‭transporte‬ ‭de‬
‭nutrientes y desechos, la protección de la célula y el metabolismo.‬

I‭ R:0020037‬
‭La‬‭unión‬‭a‬‭un‬‭hemo‬‭es‬‭un‬‭proceso‬‭importante‬‭en‬‭la‬‭biología.‬‭Es‬‭un‬‭proceso‬‭que‬‭permite‬‭que‬
‭las moléculas se unan al grupo hemo y desempeñen sus funciones.‬

‭6). A qué proteína corresponde según los resultados de homología.‬

‭Cytochrome c-552‬

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‭ itocromo‬ ‭monohema‬ ‭tipo‬ ‭c.‬ ‭Probable‬ ‭donante‬ ‭de‬ ‭electrones‬ ‭a‬ ‭la‬ ‭citocromo‬ ‭oxidasa‬ ‭de‬
C
‭membrana y a la nitrito reductasa periplásmica.‬

‭3. MolView‬

‭Se reconoció en cada molécula el tipo de hibridación que hay en su estructura molecular.‬
‭●‬ ‭Sp3 Verde‬
‭●‬ ‭Sp2 Azul‬
‭●‬ ‭Sp Rojo‬

‭●‬ ‭Benzopireno ‬

‭Figura 3‬‭. Hibridación de la estructura molecular del‬‭Benzopireno‬

‭ l‬‭benzopireno‬‭contiene‬‭un‬‭total‬‭de‬‭20‬‭átomos‬‭de‬‭carbono‬‭en‬‭su‬‭estructura‬‭y‬‭12‬‭de‬‭hidrógeno.‬
E
‭De‬ ‭estos,‬ ‭15‬ ‭átomos‬ ‭de‬ ‭carbono‬ ‭están‬ ‭hibridados‬ ‭en‬ ‭sp2.‬ ‭Los‬ ‭átomos‬ ‭de‬ ‭carbono‬ ‭en‬ ‭los‬
‭anillos‬ ‭fusionados‬ ‭(anillos‬ ‭aromáticos)‬ ‭del‬ ‭benzopireno‬ ‭son‬ ‭átomos‬ ‭de‬ ‭carbono‬ ‭con‬
‭hibridación‬‭sp2,‬‭ya‬‭que‬‭participan‬‭en‬‭enlaces‬‭dobles‬‭(enlaces‬‭pi)‬‭que‬‭caracterizan‬‭a‬‭los‬‭anillos‬
‭aromáticos.‬

‭●‬ ‭Acrilonitrilo ‬

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‭Figura 4‬‭. Hibridación de la estructura molecular del‬‭Acrilonitrilo.‬

‭ n‬ ‭la‬ ‭estructura‬ ‭del‬ ‭acrilonitrilo‬ ‭se‬ ‭encontraron‬ ‭4‬ ‭enlaces‬ ‭simples‬ ‭con‬ ‭hibridación‬ ‭sp3,‬ ‭1‬
E
‭enlace doble en sp2 y finalmente 1 enlace triple en sp.‬

‭●‬ ‭Acrilamida ‬

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‭Figura 5‬‭. Hibridación de la estructura molecular de‬‭la Acrilamida.‬

‭ n‬ ‭la‬ ‭estructura‬ ‭de‬ ‭la‬ ‭acrilamida‬ ‭se‬ ‭encontraron‬ ‭7‬ ‭enlaces‬ ‭simples‬ ‭con‬ ‭hibridación‬‭sp3‬‭y‬‭2‬
E
‭enlaces doble con hibridación sp2.‬

‭4. Docking‬

‭Definir la mejor pose y afinidad‬

‭Molécula‬ ‭ structura‬
E ‭Visualización‬ ‭Puntaje‬
‭Molecular‬ ‭Gibbs‬

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‭Acrilamida‬ ‭-2.9‬

‭Benzopireno‬

‭-7.7‬

‭Acrilonitrilo‬

‭-2.7‬

‭Tabla 1.‬‭Estructura y visualización de compuestos‬‭expuestos a TRPV1 RAT.‬

‭El‬‭mayor‬ ∆‭Gibbs‬‭es‬‭la‬‭mejor‬‭afinidad‬‭del‬‭TRPV1‬‭RAT‬‭para‬‭cada‬‭molécula,‬‭sabiendo‬

‭esto,‬ ‭en‬‭la‬‭tabla‬‭se‬‭evidencia‬‭que‬‭el‬‭mayor‬‭puntaje‬‭es‬‭de‬‭-2.7‬‭correspondiente‬‭a‬‭el‬

‭acrilonitrilo.‬

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