UNIVERSIDAD ESTATAL PENÍNSULA DE SANTA ELENA

FACULTAD DE CIENCIAS DEL MAR

CARRERA DE BIOLOGÍA

GENÉTICA

GRUPO #3

TEMA:

ANALIS FILOGENETICO DEL GENERO Alternaría DEL GEN 18s

ALTERNARIA CONSORTIALIS.
INTEGRANTES:

EDGAR BRYAN PITA MURILLO

FABRICIO ALEXIS BRIONES PINO

BORIS DAVID CERON LEDESMA

LIA NAOMI SOLANO GALVEZ

BIOLOGIA 6/1

DOCENTE:

BLGA. Janeth Galarza Tipán PhD.

PERIODO LECTIVO

2022
TEMA: ANALIS FILOGENETICO DEL GENERO Alternaría DEL GEN 18s

ALTERNARIA CONSORTIALIS.

OBJETIVOS

OBJETIVO GENERAL

Realizar un estudio filogenético del gen 18s de la especie Alternaria consortialis con la
finalidad de obtener las secuencias de nucleótidos del gen, y así indicar la diferencia
evolutiva mediante arboles filogenéticos de especies Alternaría y especies pertenecientes
a distintos órdenes.

OBJETIVOS ESPECIFICOS

 Investigar las relaciones evolutivas que existen entre los organismos de estudio.
 Examinar la evolución del gen 18s en la especie Alternaria consortialis de todos
los organismos de distintas especies que están involucrados.
 Determinar el alineamiento de secuencias en el gen 18s de la especie Alternaria
consortialis.
 PROBLEMÁTICA

En cuanto a la problemática por la cual realizamos este estudio se enfrasca en el análisis,

diagnóstico y posterior prevención de las anomalías que suele presentar los individuos
que se ven afectados con el hongo Alternaria puesto que la familia Alternaria consortialis
son individuos pertenecientes al reino fungí perjudicial para los organismos que entren
en contacto con este hongo, se a podido monitorio que este hongo es responsable de al
menos el 20 % de las pérdidas de la agricultura, están causadas por alguna especie de
Alternaria, y muchos trastornos de salud en el hombre, pueden ser causados por estos
hongos, que crecen en la piel y en las mucosas, en especial en el globo ocular, y en el
tracto respiratorio.

Las alergias a estos hongos son comunes, pero las infecciones graves sólo son habituales
en los pacientes inmunodeprimidos; sin embargo, las especies de este hongo son
productores de muchas sustancias tóxicas, y la mayoría de los efectos de estos
compuestos tóxicos en humanos, animales o vegetales, aún no son muy conocidos.

Cuando se refieren a los trastornos causados por un hongo de este género, se emplean los
términos alternariosis y alternariatoxicosis.

JUSTIFICACION

En la actualidad el saber determinar el origen evolutivo de ciertas especies nos permite

tener un amplio espectro de estudio con la finalidad de mitigar los posibles efectos que
causen distintas familias de organismos vivientes. Se realizo este proyecto con la
finalidad de analizar en alguna medida los impactos causados por el hongo Alternaria
puesto que estos no cuentan con estudios profundizados y dejan una gran brecha a la hora
de determinar un diagnóstico correcto, a tiempo y preciso; ya que este suele manifestarse
comúnmente como alergénicos en humanos y problema respiratorios es algunas especies
animales dificultando así su vida.

La finalidad principal del estudio filogenético del género Alternaría DEL GEN 18s
ALTERNARIA CONSORTIALIS, es examinar las alteraciones que estas pueden llegar
a generar en los individuos afectados por el mismo y corroborar que especies presentar
mayor grado de afectación al monto del contagio.
 INTRODUCCION

Una filogenia es una representación de la historia de la relación de parentesco de una

especie o población y entre ellas. En la actualidad, los biólogos han usado datos
provenientes primordialmente de la morfología y anatomía comparada, y de las
secuencias de los genes para reconstruir miles y miles de árboles. (Mariana Gelambi,
2022).

La filogenética o filogenia es el fragmento de la biología que estudia la evolución de las

especies de manera universal, a diferencia de la ontogenia que estudia la evolución del
sujeto. La idea de que existe una unidad básica e íntima entre todos los seres vivos y de
que todos ellos comparten un antepasado común se ha desarrollado en el ámbito de la
ciencia moderna, si bien fue sospechada ya por el hombre desde épocas remotas, como
atestiguan algunas escrituras sagradas, sin embargo, tales ideas sólo cobraron fuerza con
la difusión de la teoría de la evolución, cuya expresión y efecto es el término filogenia.

En cuanto a la especificación de los árboles filogenéticos debemos tener en cuenta que

estos son una representación gráfica matemática de la historia y de las relaciones ancestro
– descendientes de grupos, poblaciones, especies, o cualquier otra categoría taxonómica.
Teóricamente, todos los árboles filogenéticos pueden agruparse en el árbol de la vida,
constituyendo el árbol universal.

Los individuos de análisis en el que nos vamos a basar nuestra investigación es la especie
Alternaría cuyo grupo es alternaria consorciales.

La Alternaria es un género de hongos ascomicetos. Las diferentes especies de este género

son unos de los mayores patógenos de plantas. Son conocidas comúnmente como
alérgenos en los humanos, y, dentro de casa, pueden causar rinitis alérgica o reacciones
de hipersensibilidad que, en ocasiones, pueden producir ataques de asma. Sus esporas son
causantes de alergias, y, al igual que los pólenes, son transportadas por el aire hasta la
nariz o bronquios del alérgico, causando la rinitis o asma. Existen esporas de Alternaria
todo el año y, por lo tanto, causan patología alérgica perenne; aunque varíe la intensidad
según las estaciones, suele haber más en primavera y verano.

También aparecen infrecuentemente entre las infecciones oportunistas en personas

inmunodeprimidos, como, por ejemplo, en personas afectadas por el sida.
Hay cuarenta y cuatro especies conocidas, pero puede haber cientos de ellas aún por
descubrir. Son especies omnipresentes en el ambiente y parte fundamental en la flora de
hongos en cualquier sitio. Son agentes activos en la descomposición. Sus esporas están
en suspensión en el aire,1 sobre el suelo, sobre los objetos y en el agua, tanto fuera, como
dentro de casa. Las esporas se pueden distribuir de una en una, o en largas cadenas, y
pueden crecer en colonias visibles, de color negro o gris.
 MARCO TEÓRICO

TAXONOMÍA

Reino: Fungi

División: Ascomycota

Subdivisión: Pezizomycotina

Clase: Dothideomycetes

Orden: Pleosporales

Familia: Pleosporaceae

Género: Alternaria

DESCRIPCIÓN

Alternaria es un hongo filamentoso, saprofito, perteneciente al filo Ascomycota y al grupo

de los dematiáceos, caracterizados por presentar una coloración oscura.

Microscópicamente se observan conidióforos simples, tabicados, de forma alargada u

ovoide. En el extremo del conidióforo se forman unos conidios de color pardo, con septos
transversales y verticales (muriformes) de disposición irregular. La reproducción es por
gemación de la célula apical, a partir de la cual se genera un nuevo conidio, formándose
así largas cadenas de conidios.

Las colonias son de crecimiento rápido (tres o cuatro días) y macroscópicamente

presentan un aspecto velloso, al principio de color gris, después adquieren tonos negros
oliváceos en el centro y reverso y con un borde gris blanquecino que rodea la colonia.

Definición de filogenia

La filogenia es el estudio de las relaciones entre diferentes grupos de organismos y su

desarrollo evolutivo. La filogenia intenta rastrear la historia evolutiva de toda la vida en
el planeta. Se basa en la hipótesis filogenética de que todos los organismos vivos
comparten un ancestro común. Las relaciones entre organismos se describen en lo que se
conoce como árbol filogenético. Las relaciones están determinadas por características
compartidas, como se indica a través de la comparación de similitudes genéticas y
anatómicas (Fernandez & Scheinsohn, 2016).
Filogenética Molecular

La filogenética molecular es la rama de la filogenia que analiza las diferencias

moleculares hereditarias en las secuencias de ADN, ARN y proteínas, para obtener
información sobre las relaciones evolutivas de un organismo.

Árbol Filogenético

Un árbol filogenético es un esquema arborescente que muestra las relaciones evolutivas

entre varias especies u otras entidades que se cree que tienen una ascendencia común.

Análisis Filogenético

Dirigido a determinar relaciones filogenéticas entre microorganismos. Este estudio se

puede realizar con los genes ribosomales, así como con los mencionados en el apartado
de secuenciación de regiones genómicas.

En todos los casos es aconsejable la utilización de diferentes métodos de reconstrucción

filogenética, así como el análisis comparativo de la topología de los distintos árboles
filogenéticos y el cálculo de la robustez de cada uno de ellos.

Bioinformática con genética

La bioinformática, en relación con la genética y la genómica, es una su disciplina

científica que implica el uso de ciencias informáticas para recopilar, almacenar y analizar
y diseminar datos e información biológicos, como secuencias de ADN y aminoácidos o
anotaciones sobre esas secuencias.

PLATAFORMAS DIGITALES

NCBI (Centro Nacional para la Información Biotecnológicos)

Es una plataforma que tiene la capacidad de almacenar información de biología

molecular, por ende, constantemente actualiza información refrentes a secuencias
genómicas en GenBank. También ofrece herramientas bioinformáticas para el análisis de
secuencias de ADN, ARN y proteínas.
 HERRAMIENTAS DIGITALES

BioEdit

Bioedit es un programa gratuito para edición de alineamientos y análisis de secuencias

que funciona únicamente sobre ambiente MS/Windows. Es, sin lugar a duda, uno de los
programas más conocidos para edición de secuencias para dicho sistema operativo, El
alineamiento de nuestras secuencias es mostrado en la parte central derecha de la pantalla
y las secuencias correspondientes a la izquierda. Por defecto cada aminoácido es resaltado
en un color diferente, este esquema de colores puede ser cambiado en cualquier momento
mediante la utilización de las diferentes opciones en la barra de herramientas.

Mega X

Es un programa digital que se utiliza para realizar alineamientos con múltiples núcleos en
computación para emplear análisis evolutivos moleculares.
 MATERIALES Y METODOLOGÍA

Programas

• Ordenador
• Bioedit
• Microsoft Word
• MEGAX
• NCBI – Gen Ban

METODOLOGÍA

 Primer punto tenemos la selección a partir del NCBI de las secuencias de

nucleótidos (entre 800pb a 1200 pb) en este caso se utilizan 15 secuencias del gen
para el mismo género y también incluya diferentes organismos.
 Procedemos a descargar las secuencias a Bioedit y se guardan.
 Realiza un alineamiento múltiple, cure el alineamiento (elimine secuencias muy
variables y secuencias grandes, elimine gaps).
 Guardar en formato FASTA con extensión.txt, las 15 secuencias curadas (o las
que mejor se adapten) en una sola carpeta.
 Se guardan 2 secuencias para el mismo gen para organismos que no estén
filogenéticamente relacionados con el organismo de estudio. Estos formarán el
grupo externo que serán la raíz del árbol (Outgroup).
 Debemos cargar las secuencias curadas al programa MEGA e inmediatamente se
guarda como archivo con formato extensión, Mega (las secuencias en formato
fasta (>.) deben ser convertidas a formato Mega).
 Abrir el archivo de la secuencia de interés en el programa MEGA.
 Punto final tenemos la construcción de los árboles filogenéticos, según nuestras
condiciones requieran.
 RESULTADOS

ALINEACIÓN DE VARIAS SECUENCIAS DEL MISMO GÉNERO EN EL PROGRAMA

MEGA 11.

Ilustración 1: Alineamiento múltiple curado del genero Alternaría.

Ilustración 2: Alineamiento múltiple curado del genero Alternaría.

Ilustración 3: Alineamiento múltiple curado del genero Alternaría.

Ilustración 4: Alineamiento múltiple curado del genero Alternaría.

Ilustración 5: Alineamiento múltiple curado del genero Alternaría.

Ilustración 6: Alineamiento múltiple curado del genero Alternaría.

Ilustración 7: Alineamiento múltiple curado del genero Alternaría.

Ilustración 8: Alineamiento múltiple curado del genero Alternaría.

 Ilustración 9: Alineamiento múltiple curado del genero Alternaría.

Ilustración 10: Alineamiento múltiple curado y la adición del grupo externo.

ANÁLISIS
Mutaciones
Al alinear nuestras 15 secuencias del genero Alternaria de entre 1019 a 1020 nucleótidos
con la ayuda del programa MEGA11 tomando como base nuestra especie seleccionada
que responde al nombre de Alternaria consortialis denotamos las siguientes mutaciones:

Existiendo 9 regiones polimórficas en los sitios (163, 164, 314, 448, 452, 641, 652, 815
y 845) presentando 14 sustituciones de tipo transición y 25 sustituciones de tipo
transversión, y por ultimo 1011 regiones monomórficas.

A continuación, se detallan las mutaciones por sitio y especie:

 En la posición 163 en la especie Alternaría abundans donde cambia la T por C
(Transición).
 En la posición 163 en la especie Alternaría obclavata donde cambia la T por C
(Transición).
 En la posición 163 en la especie Alternaría breviramosa donde cambia la T por C
(Transición).
 En la posición 163 en la especie Alternaría mouchaccae donde cambia la T por C
(Transición).
 En la posición 164 en la especie Alternaría abundans donde cambia la T por C
(Transición).
 En la posición 164 en la especie Alternaría obclavata donde cambia la T por C
(Transición).
 En la posición 164 en la especie Alternaría breviramosa donde cambia la T por C
(Transición).
 En la posición 314 en la especie alternaría abundans donde cambia la G por C
(Transversión).
 En la posición 314 en la especie Alternaría obclavata donde cambia la G por C
(Transversión).
 En la posición 314 en la especie Alternaría breviramosa donde cambia la G por C
(Transversión).
 En la posición 448 en la especie alternaría abundans donde cambia la T por C
(Transición).
 En la posición 448 en la especie Alternaría breviramosa donde cambia la T por C
(Transición).
 En la posición 452 en la especie alternaría abundans donde cambia la C por T
(Transición).
 En la posición 452 en la especie Alternaría breviramosa donde cambia la C por T
(Transición).
 En la posición 641 en la especie Alternaría indefessa donde cambia la C por T
(Transición).
 En la posición 641 en la especie Alternaría radicina donde cambia la C por T
(Transición).
 En la posición 652 en la especie Alternaría radicina donde cambia la C por T
(Transición).
 En la posición 815 en la especie Alternaría oudemansi donde cambia la C por A
(Transversión).
 En la posición 815 en la especie Alternaría botrytis donde cambia la C por A
(Transversión).
 En la posición 815 en la especie Alternaría abundans donde cambia la C por A
(Transversión).
 En la posición 815 en la especie Alternaría obclavata donde cambia la C por A
(Transversión).
 En la posición 815 en la especie Alternaría breviramosa donde cambia la C por A
(Transversión).
 En la posición 815 en la especie Alternaría mouchaccae donde cambia la C por A
(Transversión).
 En la posición 815 en la especie Alternaría radicina donde cambia la C por A
(Transversión).
 En la posición 815 en la especie Alternaría alternata donde cambia la C por A
(Transversión).
 En la posición 815 en la especie Alternaría iridiaustralis donde cambia la C por A
(Transversión).
 En la posición 815 en la especie Alternaría burnsii donde cambia la C por A
(Transversión).
 En la posición 815 en la especie Alternaría eichhorniae donde cambia la C por A
(Transversión).
 En la posición 845 en la especie Alternaría oudemansi donde cambia la G por T
(Transversión).
 En la posición 845 en la especie Alternaría botrytis donde cambia la G por T
(Transversión).
 En la posición 845 en la especie Alternaría abundans donde cambia la G por T
(Transversión).
 En la posición 845 en la especie Alternaría obclavata donde cambia la G por T
(Transversión).
  En la posición 845 en la especie Alternaría breviramosa donde cambia la G por T
(Transversión).
 En la posición 845 en la especie Alternaría mouchaccae donde cambia la G por T
(Transversión).
 En la posición 845 en la especie Alternaría radicina donde cambia la G por T
(Transversión).
 En la posición 845 en la especie Alternaría alternata donde cambia la G por T
(Transversión).
 En la posición 845 en la especie Alternaría iridiaustralis donde cambia la G por T
(Transversión).
 En la posición 845 en la especie Alternaría burnsii donde cambia la G por T
(Transversión).
 En la posición 845 en la especie Alternaría eichhorniae donde cambia la G por T
(Transversión).

CREACIÓN DEL PRIMER ÁRBOL FILOGENÉTICO QUE EVIDENCIA LAS

DISTANCIAS GENÉTICAS ENTRE LAS SECUENCIAS

Ilustración 11: Árbol Neighbor-joining de la relación entre las 15 especies del genero Alternaría y grupo externo.
 Ilustración 12: Árbol Neighbor-joining de la relación entre las 15 especies del genero Alternaría y grupo
externo.

ANÁLISIS

Análisis del primer árbol filogenético que evidencia las distancias genéticas entre las
secuencias.
El árbol filogenético 1 fue realizado con el método Neighbor-joining con las secuencias
alineadas previamente del genero Alternata en conjunto de secuencias del grupo externo,
el mismo que nos presenta un ancestro inicial del cual parten dos clados el primer clado
es el del genero Alternaria con sus 15 especies y el segundo clado está constituido por las
especies del grupo externo, analizando el primer clado tomando como punto de partida el
ancestro inicial se denota su primera ramificación horizontal, depende de que tan larga se
encuentre la misma para conocer el tiempo que tardó en existir el cambio filogenético
hasta llegar a las especies del genero Alternaria, en este caso presentan un valor horizontal
de un 6,7 este es el rango de tiempo en que el ancestro inicial tardó en cambiar
genéticamente a las 15 especies del genero Alternaria, en nuestro árbol el ancestro tarda
el mismo grado de tiempo en realizar su cambio genético para todas las especies del
género, esto se debe a que las mismas no presentan un grado significativo de mutaciones,
sus secuencias nucleotidicas se mantienen en buena similitud obviando a las 9 zonas
 polimórficas que se evidenciaron, existiendo así un 59% de relación individual de cada
especie del genero Alternaria y el ancestro inicial.

Con respecto al segundo clado donde se ubican las especies del grupo externo su
ramificación horizontal que parte del ancestro inicial presenta un valor de 0,3 que es lo
que se tarda en llegar a un punto de ramificación donde se subdivide en dos, en la parte
superior podemos evidenciar la sub ramificación superior que parte del punto de
ramificación hasta llegar a la especie Leucandra ananas nos arroja un valor de 1,5 que es
lo que se tarda en existir la modificación filogenética, mientras que en las sub
ramificación inferior nos arroja un valor de 6,5 hasta llegar a la especie Ananas comosus,
ambas especies presentan un 64% de relación al ancestro inicial.

Sub ramificación superior

Ancestro inicial
Punto de ramificación Sub ramificación inferior
 ALINEACIÓN DE VARIAS SECUENCIAS DE MÚLTIPLES GÉNEROS EN EL
PROGRAMA MEGA 11.

Ilustración 13: Secuencias alineadas de 25 especies de diferentes géneros.

CREACIÓN DEL SEGUNDO ÁRBOL FILOGENÉTICO QUE REPRESENTE LA

INFERENCIA EVOLUTIVA DE LOS ORGANISMOS

Ilustración 14: Secuencias alineadas de 25 especies de diferentes géneros mas grupo externo.
 CREACIÓN DEL SEGUNDO ÁRBOL FILOGENÉTICO QUE REPRESENTE LA
INFERENCIA EVOLUTIVA DE LOS ORGANISMOS

Ilustración 15: Árbol Máximum Likelihood represente la inferencia evolutiva.

Ilustración 16: Árbol Máximum Likelihood represente la inferencia evolutiva.

ANÁLISIS

Análisis del segundo árbol que represente la inferencia evolutiva de los organismos.

• Este árbol filogenético fue realizado con el método Máximum Likelihood, la

especie de interés fue un hongo que responde al nombre de Alternaria consortialis
y se denota que la especie filogenéticamente más asociada a la misma es
Alternaria concatenata.
• Sin contar a las especies del mismo género Alternarías, la que más presenta un
emparejamiento genético a nuestra especie de interés es el alga Chlorella vulgaris,
esto nos pueda dar un indicio que la relación genética entre este tipo de alga y de
este hongo es relativamente cercana.
• Los géneros Agaricus, Inocybe, Lepiota y Alternaria parten de un mismo punto
de ramificación o nodo y comparten el mismo clado dándonos a entender que su
relación filogenética es mucho mayor a relación con otros géneros existentes en
nuestro árbol, como por ejemplo la planta Bromus hordeaceus que se encuentra
casi de extremo a extremo con nuestra especie estudiada, esta planta tiene un
contacto mucho más directo con el ancestro inicial, por lo que este factor es un
indicio clave para la deducción de este apartado.
• Tomando como punto de partida el ancestro inicial hasta llegar a nuestra especie
de estudio ha existido una evolución genética significativa, cruzando alrededor de
8 puntos de ramificación o nodos hasta alcanzar al hongo Alternaria consortialis.
• Con respecto al apartado de hongos el género más alejado es el Fusarium con su
especie Fusarium oxysporum posicionándose en el extremo más lejano de nuestra
especie en estudio, tomando un rumbo mucho más directo hacia el ancestro inicial
con una distancia de 0,7 siendo más corta incluso que la especie de planta Bromus
hordeaceus que presenta un 1,1.
• En el estudio se utilizaron secuencias de múltiples géneros de hongos adjuntando
dos especies de algas y dos especies de plantas para observar su relación, como
ya pudimos notar en el apartado anterior el reino de las algas presenta una mayor
inclinación genética hacia el género de nuestra especie seleccionada y el reino de
las plantas con su ejemplar Bromus hordeaceus se alejan a un mejor
emparejamiento genético.
 DISCUSIÓN DE RESULTADOS.

En una investigación realizada el 2018 (Gannibal y Lorenzo, 2018) menciona sobre las
investigaciones que se han llevado a cabo para la clasificación del género alternaria, se
menciona que esta tuvo 5 etapas en donde entre el año 2003 a 2015 se realizó una
reclasificación del género Alternaria y relacionadas, a través del análisis de ADN, los
primeros acercamientos se realizaron sobre los géneros Stemphylium y Ulocladium ya
que siempre se habían presenciado dudas sobre estos géneros, los cuales gracias a los
análisis genéticos, han manifestado una relación muy cercana entre estos géneros y el
género Alternaria y debido a los múltiples caracteres morfológicos, ADN la
secuenciación ayudo y sirvió como base para resolver algunos problemas filogenéticos y
así reducir el número de géneros que se encontraban bajo el nombre de Alternaria.

Según los resultados obtenidos del trabajo, se manifiesta similitud al trabajo realizado por
(Gannibal y Lorenzo, 2018) debido que los árboles filogenéticos demuestran que se
conserva parentesco en común.

CONCLUSIONES

En la presente tarea se pudo concluir que el uso del programa mega es muy efectivo para
la realización de alineamiento de múltiples secuencias nucleotidicas de todo tipo de reinos
existentes en el planeta arrojándonos las distancias genéticas entre secuencias y la
creación de árboles filogenético que representa la inferencia evolutiva de los organismos.
Se puede denotar que el reino de las algas guarda una relación genética más cercana con
la especie Alternaria consortialis.

RECOMENDACIONES

 Conocer a la perfección los programas permite una mejor capacidad en el uso de

los distintos softwares
 El uso de más organismos permite establecer relaciones más sólidas entre los
demás taxones.
 BIBLIOGRAFÍA
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 Mariana Gelambi. (25 de junio de 2022). lifeder. Obtenido de Filogenia:
https://www.lifeder.com/filogenia/
ANEXO