TALLER TEÓRICO-PRÁCTICO

VIROLOGÍA

Laura Vanessa Solarte Murillo

laura.solarte@unillanos.edu.co
Doctorado en Ciencias, Mención Biología Celular y Molecular
Laboratorio de Virología Molecular
Introducción a Virología Molecular
La cantidad de virus en la Tierra es asombrosa

More than 10E30 bacteriophage particles in the

world’s waters!

https://doi.org/10.1038/s41396-022-01214-x
 Un virus consiste en una molécula de ADN o ARN envuelta en
una cubierta proteínica

Preiser, W. (2004). Virology An Illustrated Colour Text.

 Un virus consiste en una molécula de ADN o ARN envuelta en
una cubierta proteínica

Preiser, W. (2004). Virology An Illustrated Colour Text.

Dimmock, N. J., Easton, A. J., & Leppard, K. N. (2015). Introduction to modern virology.
 Clasificación de Baltimore
Adenovirus Reovirus Poliovirus Influenza virus Retrovirus (VIH) Hepatitis B virus
Herpes simplex virus Parvovirus (Rotavirus) Ebola virus

Dimmock, N. J., Easton, A. J., & Leppard, K. N. (2015). Introduction to modern virology.
1. Investigar las características de los viriones en cuanto a
envoltura, forma y tamaño de la cápside, tipo de genoma y
proteínas estructurales y no estructurales.

2. Identificar la clase del virus según la Clasificación de Baltimore

y describir brevemente (un párrafo) su tipo de replicación y la
participación de las proteínas estructurales y no estructurales.
ROTAVIRUS STRUCTURE

• Non-enveloped icosahedral particle

• Triple-layered capsid about 70 nm in diameter
• Genome composed of 11 segments of double-
stranded RNA (dsRNA)
• A virion-associated RNA-dependent RNA
polymerase,
• Cytoplasmic life cycle
• Genome size: 18,5 Kb

VP1-VP4 and VP6-VP7 structural proteins

NSP1-NSP6 nonstructural proteins
https://doi.org/10.1007/3-540-30773-7_7
ROTAVIRUS REPLICATION

https://doi.org/10.1038/nrmicro2673
 International Committee on Taxonomy of Viruses ICTV

https://doi.org/10.1016/j.coviro.2021.10.011
 Clasificación de los virus

https://talk.ictvonline.org/taxonomy/ https://doi.org/10.1016/j.coviro.2021.10.011
3. Ingresar al ICTV https://talk.ictvonline.org/taxonomy/ y
escribir la taxonomía de su virus de estudio.
 ¿Por qué es importante la taxonomía de virus?
Permite colocar las características clínicas, biológicas y evolutivas de un
virus en un marco que acomoda y conecta todos los virus.

https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30251-8
https://doi.org/10.1038/s41591-020-0820-9
¿Cómo se estudian los
virus?
TOMA DE MUESTRAS Y PRUEBAS DIAGNÓSTICAS
 Niveles de seguridad de laboratorio
Nivel de BSL-1
seguridad
Descripción Virus de bajo riesgo ya sea
por su naturaleza o por la
atenuación de su factor de
patogenicidad
Ejemplo Virus de peces (IPNv,
PRV)
Prácticas Descontaminación diaria
con alcohol 70%, equipo
de protección personal;
prohibición de alimentos y
bebidas a ingerir.
Campana de flujo laminar
BSL-2 BSL-3 BSL-4
Virus asociados con Virus asociados con Virus altamente peligrosos,
enfermedades humanas enfermedades humanas ya que las infecciones
que presentan un serias o letales, para las causadas suelen ser
riesgo moderado para cuales podrían estar mortales y aún no tienen
la salud. disponibles medidas un tratamiento ni vacunas
preventivas y/o terapéuticas
Virus de encefalitis Virus de Influenza, Virus de la Virus del Ébola, SARS-
equina (EEEV), fiebre amarilla, Virus del CoV2, Virus de Marburg
Rotavirus dengue (EVM)
Prevención de cortes y Áreas de trabajo con flujos de Cambio de ropa antes de
lesiones en la piel, así aire direccionales; entrar y ducha antes de
como la ingesta y desinfección. Trajes médicos salir
exposición a las u overoles completos. Traje de presión positiva
membranas mucosas. de cuerpo entero con
Autoclave suministro de aire.
Campana de flujo Cabina de seguridad
laminar biológica de clase III
Imágenes tomadas de Google con fines educativos
4. ¿Qué tipo de nivel de seguridad debería tener un laboratorio
X para investigar sobre su virus de estudio?

• Piscine orthoreovirus (PRV) - Heart and Skeletal

Muscle Inflammation (HSMI)
• El virus de la Necrosis Pancreática Infecciosa (IPNv) -
La necrosis pancreática infecciosa
• Rotavirus A (RVA) – Gastroenteritis viral en
mamíferos juveniles
Laboratorio de Virología Molecular, UACh, BSL-2.
Protocolo de toma de muestras
de virus
Las muestras de virus deben ser colectadas entre 3 a 4 días contados a
partir de los primeros signos clínicos de la enfermedad (Dependiendo de la
enfermedad y el agente infeccioso viral) (Peak).
Es necesario tener en cuenta:
1) La fecha de colecta de muestra
2) El sitio correcto
3) El volumen adecuado (para todas las pruebas necesarias)
4) Los contenedores adecuados (estériles y químicamente limpios).
5) Muestras etiquetadas correctamente (nombre, fecha, tipo de
espécimen) con información adicional como edad, sexo, diagnóstico
clínico, vacunas, viajes recientes, mordeduras de animales, etc.
NOTA: La mayoría de los virus permanecen estables a 4°C durante 48 h
(corto plazo) y casi indefinidamente a –70°C/ -190°C (largo plazo)
Para garantizar un diagnóstico adecuado, la siguiente información debe
acompañar la muestra:
(1) Fecha de inicio de la enfermedad,
(2) Fecha y hora en que se colecta la muestra
(3) Descripción signos clínicos del hospedero
(4) Especie hospedera
http://sigma.com/cellculture
5. Describa brevemente qué tipo de muestra colectaría con
el fin de analizar y detectar el virus de estudio. Investigue
qué VTM es más adecuado para la preservación de la
muestra
3. Protocolo de aislamiento viral
 Centrifugación y filtración para aislar inóculos virales

El tamaño de los poros en el filtro determina lo que se

captura en la superficie del filtro. Punto rojo: células
animales; Punto azul: bacterias; Punto verde: partículas
virales.
Carter, John 2007– Virology : principles and applications
Protocolo de aislamiento de inóculo PRV

• Dilución de tejido en medio L-15 suplementado con gentamicina (50 ug/ml) a una proporción 1:5 o 1:10
• Homogenización el tejido con Polytron en hielo
• Sonicación 8 veces en ráfagas de 10 s a una intensidad del 10%
• Centrifugación (2.500 xg / 5 min)
• Filtración (membrana 0,2 um)
• Centrifugación (5.000 xg / 15 min)
• Filtración (membrana 0,2 um)
 4. Propagación viral
Cultivo de virus
In vivo – In vitro – Ex vivo
1) La identificación y el diagnóstico de virus patógenos en
muestras clínicas
2) La producción de vacunas
3) Los estudios básicos de investigación.

Centers for Disease Control and Prevention http://sigma.com/cellculture

 Henrietta Lacks , una paciente que murió de cáncer de cuello uterino en 1951

Línea celular HeLa

https://www.bbc.com/mundo/noticias-39181812
http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2019.01957

Resuscitation, Culture, (Cell quantification) -Subculture, Cryopreservation

Criopreservación de líneas celulares

El objetivo de la
crioconservación es
permitir que se almacenen
existencias de células para
evitar la necesidad de
tener todas las líneas
celulares en cultivo en
todo momento
 El efecto citopático (CPE)
Cambios morfológicos y de viabilidad celular, visibles a microcopia óptica causados durante el ciclo de
replicación viral (consecuencia de cambios bioquímicos y moleculares)

Cytopathic effect (CPE) of CHSE-214 cells caused by IPNV.

https://doi.org/10.1007/s11262-016-1408-9

Cytopathic effects in Vero E6 cells inoculated with SARS-CoV-2.

https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.09.025
 6 ¿Qué tipo de cultivo celular se usa comúnmente para propagar
su virus de estudio? Investigue las características morfológicas de
las células, el tipo de crecimiento, y las condiciones de medio y
temperaturas adecuadas para el crecimiento y/o mantención.

7. Investigue, adjunte una fotografía y describa el CPE provocado

por su virus de interés.
5. Diagnóstico viral
Dimmock, N. J., Easton, A. J., & Leppard, K. N. (2015). Introduction to modern virology.
 Detección de antígenos virales
Los antígenos son estructuras moleculares que se encuentran
en la superficie de los virus y el sistema inmunitario reconoce.
Son capaces de desencadenar un tipo de respuesta inmunitaria
conocida como producción de anticuerpos.

Dimmock, N. J., Easton, A. J., & Leppard, K. N. (2015). Introduction to modern virology.
 Detección de ácidos nucleicos virales
Reacción en cadena de la Polimerasa (PCR) PCR en tiempo real (qPCR)

Usa una molécula fluorescente que se asocia al ADN amplificado, donde el

incremento de esta fluorescencia es la proporcional al incremento de la cantidad
de moléculas de ADN amplificadas en la reacción.

https://www.publichealthontario.ca/-/media/documents/ncov/main/2020/09/cycle-threshold-values-sars-cov2-pcr.pdf?la=en
Piscine orthoreovirus Ct value

Coho salmon tissue Tabla 1. Valores medios de Ct de 35 muestras analizadas de tejido de salmon coho para la detección de PRV. *Muestras positivas
No sample Mean Ct value para PRV, confirmadas mediante RT-PCR en gel de agarosa
1 13 34.299
2 16* 30.919
3 20* 30.783
4 47* 30.630
5 55* 30.518
6 64* 30.761
7 8* 30.239
8 59* 32.976
9 10* 29.134
10 11 ND
11 21 33.157
12 26* 29.404
13 27* 30.672
14 35* 31.941
15 46* 28.219
16 1 33.326
17 6* 23.715
18 7 ND
19 9* 28.566
20 14* 28.339
21 17* 23.871
22 28* 26.994
23 33* 25.077
24 34* 30.500
25 36* 30.233
26 37* 29.847
27 40* 24.95
28 41 32.716
29 44* 28.442
30 49* 30.571
31 54* 27.833
32 56 33.978
33 58* 25.853
34 61* 27.297 Figura 1. Confirmación de muestras PRV positivas mediante RT-PCR. Electroforesis en gel
35 62* 25.236 de agarosa de productos de PCR PRV_3_S1 (218 pb). MM, marcador molecular 100 pb;
36 NTC ND NTC, control negativo sin plantilla de cDNA; N, control negativo PCR; RT-N, control
37 RT-N ND negativo sin enzima de cDNA
38 Neg ND
 Genética de virus

https://www.youtube.com/watch?v=GRYvBK6eVug&t=49s
SECUENCIACIÓN MOLECULAR DE VIRUS
 VIRUS DATABASE

1) https://www.viprbrc.org/brc/home.spg?decorator=vipr ó
https://www.bv-brc.org/view/Virus/10239
2) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/virus/vssi/#/
3) https://www.gisaid.org/ (For pandemic viruses)
8. Ingrese a las bases de datos de virus e investigue por
información de genoma completo de su virus de interés. Si existe,
anote el código de acceso genómico
Evolución viral
 Concepto de
cuasiespecies

Antigenic Drift
Antigenic Shift

https://doi.org/10.1038/nrmicro863
https://doi.org/10.1038/nrmicro.2016.46
https://doi.org/10.1016/j.immuni.2021.11.016
Rotavirus A is undergoing Antigenic Shift
Reassortment in Rotavirus A and its impact on human vaccines: a case study of Rotarix vaccine in South
America

Antigenic Shift
• RotaTeq (Pentavalent human-bovine
reassortant rotavirus vaccine G1-G4
and P [8])
• Rotarix (a human-attenuated
G1P[8] vaccine).

Graphical representation of the Rotavirus

A (RVA) outer protein capside.
The VP7 protein-G genotype and the
VP4 protein- P genotype are the main
targets of neutralizing antibodies for
vaccines (Santos et al., 2016).

36 genotypes G (VP7) and 52

genotypes P (VP4)
RCWG
Globally and nationally licensed live oral rotavirus vaccines (Santos et al., 2016)
Rotavirus vaccine introduction status by country. Source: Burnett et al., (2018)
Summary of the published G/P genotype combinations in the last ten years. The color scale indicates the number of studies reporting the respective reassortant RVA
genotype. Letters indicate the hosts in which the genetic reassortment was reported.
G26P[19] RVA strain detected from an eight-
year-old child, vaccinated with Rotarix®,
hospitalised with acute diarrhoeal disease in
Rio de Janeiro in 2015 (Gómez et al., 2018)
https://doi.org/10.1590/0074-02760180344

Neighbour-Joining phylogenetic trees. The Brazilian G26P[19] RVA strain. The scale bar at the bottom
represents 0.05 substitutions per nucleotide position (nt.subst./site).
 Genotype South America RVA strain G1 vaccine strain
JQ710674|RVA/Human/Argentina_2002/G1 94,7
KU145646|RVA/Human/Argentina_2008/G1P8 93,7
KU145651|RVA/Human/Argentina_2014/G1P8 97,5
KY053849.1_|RVA/Human/Venezuela_2007/G1P8 92,3
KY053851.1_|RVA/Human/Venezuela_2008/G1P8 93,2
MG571803.1_|RVA/Human/Venezuela_2015/G1P8 100
G1
KJ412693.1_|RVA/Human/Paraguay_2009/G1P8 94,8
KJ412704.1_|RVA/Human/Paraguay_2008/G1P8 93,7
MN295468.1_|RVA/Human/Colombia_2013/G1 93,1
MG590362.1_|RVA/Human/Brazil_2010/G1 100
MG590377.1_|RVA/Human/Brazil_2011/G1 100
MG599538|RVA/Human/Peru_2013/G1P8 95,1
KF920557|RVA/Human/Argentina_2010/G2P4 68,1
KF920560|RVA/Human/Argentina_2011/G2P4 68,6
KY039373.1_|RVA/Human/Venezuela_2003/G2P4 70,4
KY053848.1_|RVA/Human/Venezuela_2007/G2P4 68,6
KJ412547.1_|RVA/Human/Paraguay_2008/G2P4 68,4
G2
KC951932.1_|RVA/Human/Ecuador_2011/G2P8 68,5
KC951934.1_|RVA/Human/Ecuador_2011/G2P4 68,5
MG590363.1_|RVA/Human/Brazil_2010/G2 68,6
KJ638631.1_|RVA/Human/Brazil_2010/G2P4 68,4
KJ638648.1_|RVA/Human/Brazil_2011/G2P4 68,4
gb:KJ583168|RVA/Human/Argentina_2009/G3P8 76,4
gb:KJ583190|RVA/Human/Argentina_2011/G3P6 75,5
KY972091.1_|RVA/Human/Peru_2014/G3P40 78,8
KY972092.1_|RVA/Human/Peru_2014/G3P40 78,8
G3 KY972088.1_|RVA/Human/Peru_2010/G3 78,8
KY972090.1_|RVA/Human/Peru_2010/G3 78,8
KJ412858.1_|RVA/Human/Paraguay_2009/G3P9 76,3
MH569775.1_|RVA/Human/Brazil_2015/G3P8 78,7
MH569777.1_|RVA/Human/Brazil_2016/G3P8 77,9
KJ412569.1_|RVA/Human/Paraguay_2009/G4P6 73,6
G4
KJ412682.1_|RVA/Human/Paraguay_2009/G4P9 74,1
G8* JQ693565|RVA/Human/Brazil_2009/G8 73,6
GQ282609|RVA/Human/Argentina_2006/G9 75,8
GQ154530|RVA/Human/Argentina_2007/G9 75,8
KJ412525.1_|RVA/Human/Paraguay_2009/G9P8 75,4
KJ412636.1_|RVA/Human/Paraguay_2009/G9P8 75,4
G9
KC951948.1_|RVA/Human/Ecuador_2012/G9P8 75,5
KC951946.1_|RVA/Human/Ecuador_2011/G9P4 75,9
KJ454496.1_|RVA/Human/Brazil_2009/G9 75,5
KJ454498.1_|RVA/Human/Brazil_2011/G9 75,9
Phylogenetic analysis of the VP7 protein from 40 South American RVA strains and 2 Rotarix vaccine strains. G11* GQ149096.1_|RVA/Human/Ecuador_2006/G11P6 71,7
JN088466|RVA/Human/Argentina_2010/G12P8 69,3
Unusual genotypes are represented by asterisks (*). Neighbor-joining algorithm.
KJ412536.1_|RVA/Human/Paraguay_2007/G12P9 71,3
KJ412875.1_|RVA/Human/Paraguay_2009/G12P8 71,3
G12 MH456983.1_|RVA/Human/Brazil_2013/G12P8 69,2
KX279782.1_|RVA/Human/Brazil_2009/G12P6 69,8
KX279789.1_|RVA/Human/Brazil_2010/G12P6 69,3
KT025862.1_|RVA/Human/Brazil_2012/G12P8 69,3
G20* EU805775.1_RVA/Human/Ecuador_2006/G20 71,8
G26* MG407650.1_|RVA/Human/Brazil_2015/G26P19 72,7
Alignment of antigenic residues in VP7 protein sequences between the Rotarix vaccine strains and the South American
strains
7-1a 7-1b 7-2
Name
87 91 94 96 97 98 99 100 104 123 125 129 130 201 211 212 213 238 242 143 145 146 147 148 190 217 221 264
JX943614.2 Vaccine/USA/Rotarix/2009/G1P8 T T N G E W K D Q S V V D Q N V D N T K D Q N L S M N G
JN849114.1 Vaccine/Belgium/Rotarix/1988/G1P8 T T N G E W K D Q S V V D Q N V D N T K D Q N L S M N G
JQ710674|RVA/Human/Argentina_2002/G1 T T S G E W K D Q N V V D Q N V D N T K D Q N L S T N G
KU145646|RVA/Human/Argentina_2008/G1P8 T T S G E W K D Q N V V D Q N V D N T K D Q N L S T N G
KU145651|RVA/Human/Argentina_2014/G1P8 T T N G E W K D Q S V V D Q N V D N T K D Q D L S M N G
KY053849.1 |RVA/Human/Venezuela 2007/G1P8 T T S G E W K D Q N V V D Q N V D N T K D Q N L S T N G
KY053851.1 |RVA/Human/Venezuela 2008/G1P8 T T S G E W K D Q N V V D Q N V D N T K D Q N L S T N G
G1
MG571803.1 |RVA/Human/Venezuela 2015/G1P8 T T N G E W K D Q S V V D Q N V D N T K D Q N L S M N G
KJ412693.1 |RVA/Human/Paraguay 2009/G1P8 T T S G E W K D Q N V V D Q N V D N T K D Q N L S T N G
KJ412704.1 |RVA/Human/Paraguay 2008/G1P8 T T S G E W K D Q N V V D Q N V D N T K D Q N L S T N G
MN295468.1 |RVA/Human/Colombia 2013/G1 T T N G E W K D Q N V V D Q N V D N T K D Q N F S T N G
MG590362.1 |RVA/Human/Brazil 2010/G1 T T N G E W K D Q S V V D Q N V D N T K D Q N L S M N G
MG590377.1 |RVA/Human/Brazil 2011/G1 T T N G E W K D Q S V V D Q N V D N T K D Q N L S M N G
MG599538|RVA/Human/Peru_2013/G1P8 T T S G E W K D Q N V V D Q N V D N T K D Q N L S T N G
KF920557|RVA/Human/Argentina_2010/G2P4 T N S N E W E N Q D T M N Q D V D N N R D N T S D I S G
KF920560|RVA/Human/Argentina_2011/G2P4 T N S N E W E N Q D T M N Q D V D N N R D N T S D I S G
KY039373.1 |RVA/Human/Venezuela 2003/G2P4 T N S D E W E N Q D T M N Q D V S N S R D N T S D I S G
KY053848.1 |RVA/Human/Venezuela 2007/G2P4 T N S N E W E N Q D T M N Q D V D N N R D N T S D I S G
KJ412547.1 |RVA/Human/Paraguay 2008/G2P4 T N S N E W E N Q D T M N Q D V D N S R D N T S D I S G
G2
KC951932.1 |RVA/Human/Ecuador 2011/G2P8 T N S N E W E N Q D T M N Q D V D N N R D N T S D I S G
KC951934.1 |RVA/Human/Ecuador 2011/G2P4 T N S N E W E N Q D T M N Q D V D N N R D N T S D I S G
MG590363.1 |RVA/Human/Brazil 2010/G2 T N S N E W E N Q D T M N Q D V D N N R D N T S D I S G
KJ638631.1 |RVA/Human/Brazil 2010/G2P4 T N S N E W E N Q D T M N Q D V D N N R D N T S D I S G
KJ638648.1 |RVA/Human/Brazil 2011/G2P4 T N S N E W E N Q D T M N Q D V D N N R D N T S D I S G
KJ583168|RVA/Human/Argentina_2009/G3P8 T T N N S W K D Q D A V D Q D T N N N K D A T L S E A G
KJ583190|RVA/Human/Argentina_2011/G3P6 T T N N S W K N Q D A V D Q D T N N N K D V T L S E D G
KY972091.1 |RVA/Human/Peru 2014/G3P40 T T N N S W K D Q D A V D Q D T T D A K D A T L S E A G
KY972092.1 |RVA/Human/Peru 2014/G3P40 T T N N S W K D Q D A V D Q D T T D A K D A T L S E A G
G3 KY972088.1 |RVA/Human/Peru 2010/G3P8 T T N N S W K D Q D A V D Q D T T D A K D A T L S E A G
KY972090.1 |RVA/Human/Peru 2010/G3P8 T T N N S W K D Q D A V D Q D T T D A K D A T L S E A G
KJ412858.1 |RVA/Human/Paraguay 2009/G3P9 T T N N S W K D Q D A V D Q D T S N N K D A A L S E A G
MH569775.1 |RVA/Human/Brazil 2015/G3P8 S T N N S W K D Q D A V D Q D A T D A K D A T L S E A G
MH569777.1 |RVA/Human/Brazil 2016/G3P8 S T N N S W K D Q D A V D Q D A T D A K N A T L S E A G
KJ412569.1 |RVA/Human/Paraguay 2009/G4P6 T T G N E W K D Q N L I D Q N T G D T R I A G E S M N G
G4
KJ412682.1 |RVA/Human/Paraguay 2009/G4P9 S T S T E W K N Q N L I E Q N T A D T K T S G E S T S G
G8 JQ693565|RVA/Human/Brazil_2009/G8 A T A N S W K D Q D A I N Q D T T N T K N T N S S E A G
GQ282609|RVA/Human/Argentina_2006/G9 T T G T E W K D Q D A I D Q N T A D N K D S T L S E S G
GQ154530|RVA/Human/Argentina_2007/G9 T T G T E W K D Q D A I D Q N T A D N K D S T L S E S G
KJ412525.1 |RVA/Human/Paraguay 2009/G9P8 T T G T E W K N Q D A I D Q N T A D N K D S T L S E S G
KJ412636.1 |RVA/Human/Paraguay 2009/G9P8 T T G T E W K N Q D A I D Q N T A D N K D S T L S E S G
Representation of surface exposed amino
G9
KC951946.1 |RVA/Human/Ecuador 2011/G9P4 T T G T E W K N Q D A I D Q N T A D N K D S T L S E S G acid residues of VP7 protein
KC951948.1 |RVA/Human/Ecuador 2012/G9P8 T T G T E W K N Q D A I D Q N T A D N K D S T L S E S G
KJ454496.1 |RVA/Human/Brazil 2009/G9 T T G T E W K N Q D A I D Q N T A D N K D S T L S E S G
KJ454498.1 |RVA/Human/Brazil 2011/G9 T T G T E W K N Q D A I D Q N T A D N K D S T L S E S G
G11 GQ149096.1 |RVA/Human/Ecuador 2006/G11P6 G T A D E W K D Q D A V D Q D P T D A K D G N S S E A G
JN088466|RVA/Human/Argentina_2010/G12P8 S T T P D W T N Q D S V D Q D V T N N Q Q N S L S E A G
KJ412536.1 |RVA/Human/Paraguay 2007/G12P9 S T T P D W T N Q D A V D Q D V T N N Q Q N S L S E A G
KJ412875.1 |RVA/Human/Paraguay 2009/G12P8 S T T P D W T N Q D A V D Q D V T N N Q Q N S L S E A G
G12 MH456983.1 |RVA/Human/Brazil 2013/G12P8 S T T P D W T N Q D S V D Q D I T N N Q Q N S L S E A G
KX279782.1 |RVA/Human/Brazil 2009/G12P6 S T T P D W T S Q D S V D Q D V T N N Q Q N S L S E A G
KX279789.1 |RVA/Human/Brazil 2010/G12P6 S T T P D W T S Q D S V D Q D V T N N Q Q N S L S E A G
KT025862.1 |RVA/Human/Brazil 2012/G12P8 S S T P D W T N Q D S V D Q D V T N N Q Q N S L S E A G
G20 EU805775.1 |RVA/Human/Ecuador_2006/G20 T T N N S W T D Q D A V D Q D V S D A K D A N L S E A G
G26 MG407650.1 |RVA/Human/Brazil 2015/G26P19 V N N G S W T D Q D A V D Q N T D N A K Q S D L S E N G
 Distance matrix for VP4 based on the percentage of amino acid
identity
Genotype South America RVA strain G1 vaccine strain
AHN09126.1 |RVA/Human/Paraguay/2008/G1P8 93,1
AXA19546.1 |RVA/Human/Brazil/2013/G1P8 92,3
AWU66004.1 |RVA/Human/Venezuela/2015/G1P8 99,1
QRK14609.1 |RVA/Human/Brazil/2014/GxP8 92,3
QRK14601.1 |RVA/Human/Brazil/2015/GxP8 92,3
P[8]
AIV42972.1 |RVA/Human/Argentina/2009/G3P8 92,6
AYG99380.1 |RVA/Human/Brazil/2016/G3P8 92,3
AGS07420.1 |RVA/Human/Ecuador/2011/G9P8 91,7
AHV80627.1 |RVA/Human/Paraguay/2007/G9P8 92,1
AIU97782.1 |RVA/Human/Brazil/2011/G12P8 92,1
AIS93084.1 |RVA/Human/Brazil/2010/G2P4 88,2
QRK14699.1 |RVA/Human/Brazil/2014/GxP4 87,5
QRK14700.1 |RVA/Human/Brazil/2016/GxP4 87,4
P[4]
AGS07409.1 |RVA/Human/Ecuador/2011/G2P4 84,6
AHV80463.1 |RVA/Human/Paraguay/2007/G2P4 86,9
AHV80479.1 |RVA/Human/Paraguay/2007/G12P4 86,1
AIV43005.1 |RVA/Human/Argentina/2008/G3P6 65,9
AIV42994.1 |RVA/Human/Argentina/2011/G3P6 68,3
P[6]
AHN09039.1 |RVA/Human/Paraguay/2009/G4P6 72,0
AUC63081.1 |RVA/Human/Peru/2014/GxP6 59,9
AIU97783.1 |RVA/Human/Brazil/2010/G12P9 51,4
P[9]* AHN09003.1 |RVA/Human/Paraguay/2007/G12P9 51,5
AHN09100.1 |RVA/Human/Paraguay/2009/G1P9 52,5
P[19]* ATY36268.1 |RVA/Human/Brazil/2015/G26P19 74,9
P[40]* AUC63080.1 |RVA/Human/Peru/2014/GxP40 51,8
Phylogenetic analysis of the VP4 protein from 25 South American RVA strains and 2 Rotarix
vaccine strains. Neighbor-joining algorithm.
Alignment of antigenic residues in VP7 protein sequences between the Rotarix vaccine strains and the South American strains
8-1 8-2 8-3 8-4 5-1 5-2 5-3 5-4 5-5
Name
100 146 148 150 188 190 192 193 194 195 196 180 183 113 114 115 116 125 131 132 133 135 87 88 89 384 386 388 393 394 398 440 441 434 459 429 306
AEX30660.1 | Vaccine/Belgium/Rotarix/1988/G1P8 D S S N S S A N L N N E R N P V D S S N D N N T N S Y S A W N L R E N S L
CDM63808.1 |Vaccine/USA/Rotarix/1988/G1P8 D S S N S S A N L N N E R N P V D S S N D N N T N - - - - - - - - - - - -
AHN09126.1 | RVA/Human/Paraguay/2008/G1P8 D G S N S N A N L N G E R N P V D N R N D D N T N S D S A W N L R E N S L
AXA19546.1 | RVA/Human/Brazil/2013/G1P8 D G S S S N A N L N G E R D P V D N R N D D N T N S D S A W N L R E N S L
AWU66004.1 | RVA/Human/Venezuela/2015/G1P8 D S S N S S A N L N N E R N P V D S S N D N N T N S Y S A W N L R E N S L
QRK14609.1 | RVA/Human/Brazil/2014/GxP8 D G S T S N A N L N G E R N P V D N R N D D N T N S D S A W N L R E N S L
P8
QRK14601.1 | RVA/Human/Brazil/2015/GxP8 D G S T S N A N L N G E R N P V D N R N D D N T N S D S A W N L R E N S L
AIV42972.1 | RVA/Human/Argentina/2009/G3P8 D G S N S N A N L N G E R D P V D N R N D D N T N S D S A W N L R E N S L
AYG99380.1 | RVA/Human/Brazil/2016/G3P8 D G S S S N A N L N G E R D P V D N R N D D N T N S D S A W N L R E N S L
AGS07420.1 | RVA/Human/Ecuador/2011/G9P8 D G S N S N A N L N G E R D P V D N R N D D N T N - - - - - - - - - - - -
AHV80627.1 | RVA/Human/Paraguay/2007/G9P8 D G S N S N A N L N G E R D P V D N R N D D N T N S D S A W N L R E N S L
AIU97782.1 | RVA/Human/Brazil/2011/G12P8 D G S N S N A N L N G E R D P V D N R N D D N T N S D S A W N L R E N S L
AIS93084.1 | RVA/Human/Brazil/2010/G2P4 D G S S S S A D L N N E R S P T N N E N S D N T D S D R E W N I R E N S S
QRK14699.1 | RVA/Human/Brazil/2014/GxP4 D G S S S N A D L N N E R S Q T N N E N S D N T D S D R E W N I R E N S S
QRK14700.1 | RVA/Human/Brazil/2016/GxP4 D G S S S N A D L N N E R S Q T N N E N S D N T D S D R E W N I R E N S S
P4
AGS07409.1 | RVA/Human/Ecuador/2011/G2P4 D G S S S N A D L N N E R S Q T N N E N S D N T D - - - - - - - - - - - -
AHV80463.1 | RVA/Human/Paraguay/2007/G2P4 D G S S S N A D L N N E R S Q T N N E N S D N T D S D R E W N I R E N S S
AHV80479.1 | RVA/Human/Paraguay/2007/G12P4 D G S S S N A D L N N E R S Q T N N E N S D N T D S D R E W N I R E N S S
AIV43005.1 | RVA/Human/Argentina/2008/G3P6 D S V A Y S S N L S E E N T N Q S T E N N N T N Q N N Q A W S L R E H S L
AIV42994.1 | RVA/Human/Argentina/2011/G3P6 D S V A Y S S N L S E E N T N Q S T E N N N T N Q N N Q A W S L R E H S L
P6
AHN09039.1 | RVA/Human/Paraguay/2009/G4P6 D N A A Y S S N L S E E N T N Q S T E N N N T S Q N D K A W S L R E H S L
AUC63081.1 | RVA/Human/Peru/2014/GxP6 D S V A Y S S N L S E E H T N Q S T E N N N T N Q - - - - - - - - - - - -
AIU97783.1 | RVA/Human/Brazil/2010/G12P9 D L H G Y L I N N D N T N Q S T Q N S N D N T R E S S V N H S S R E A R T
P9 AHN09003.1 | RVA/Human/Paraguay/2007/G12P9 D L H G Y L I N N D N T N Q S T Q N S N D N T R E S S A N H S S R E A R T
AHN09100.1 | RVA/Human/Paraguay/2009/G1P9 D L P G Y L I N N D N A N Q N T Q N S N D S T G E S S A N H S S R E A R T
P19 ATY36268.1 | RVA/Human/Brazil/2015/G26P19 D N S V Y T S N L N E E N N S E S N V N T D N S N N D Q A W S L R E S S L
P40 AUC63080.1 | RVA/Human/Peru/2014/GxP40 N T L G Y S T N Y D S E N Q T E T E S N D L S N A - - - - - - - - - - - -

Representation of surface exposed amino acid residues of VP4 protein (VP8* subprotein)
Summary

• Multiple genetic reassortments between humans and animals

have resulted in circulating strains in South America.

• Antigenic variation that does not match antigenically with the

vaccine strains in types G and P may partly explain the
vaccine's lower efficiency in the countries studied.

• The vaccine could confer selective pressure on unusual

heterologous genotypes, posing a public health risk.