INGENIERÍA EN BIOTECNOLOGÍA

BIOINFORMÁTICA

BI-BIIN-2102-B1-001

PROFESOR AMALIA MALDONADO MAGAÑA

UNIDAD 1 INTRODUCCIÓN A LA BIOINFORMÁTICA

EVIDENCIA DE APRENDIZAJE DISEÑO DE CEBADORES

AGUILAR MEZA JORGE

ES1821002493

30/06/2023
1) El presente trabajo busca el diseño de cebadores mediante software en línea para
el gen E1 de virus de Chikungunya y finalmente explicar las características de un
cebador.

1.1) Como primer paso, accederemos a la página del GenBank NCBI, mediante la
siguiente liga: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/

1.2) Una vez dentro, introduciremos el identificador de acceso JX142137.1. en la

barra de búsqueda y daremos clic en Search.
1.3) Buscamos la secuencia en formato FASTA y la copiamos

1.4) Introducimos la secuencia en el programa Primer3, al cual accedemos

mediante la siguiente liga: https://bioinfo.ut.ee/primer3/
Se eligieron el primer par de secuencias que muestra el programa pues presentan un nulo
riesgo de formación de dímeros y auto complementariedad, por lo que no habrá
estructuras secundarias.

1.5) Después, ingresamos a la herramienta calculadora de oligonucleótidos

OligoClac, donde analizaremos los primers obtenidos en Primer3, podemos
acceder por el enlace: http://biotools.nubic.northwestern.edu/OligoCalc.html,
ahí analizaremos haciendo clic en el botón BLAST.
1.7) Copiamos el par de secuencias de cebadores elegidas una a una y las analizamos
en OligoCalc.

2. Caracteristicas de los cebadores y análisis de los obtenidos

Los cebadores deben tener las siguientes características:

2.1) Longitud de 18-24 bases: Los obtenidos tienen un contenido de 20 nucleótidos.
2.2) Evitar cadenas de poliC y poliG (evitar 4 nucleotidos C o G seguidos): Los cebadores
no presentan poliC ni poliG.
2.3) De 45-55% CG: Presentan un 50 y 55% CG.
2.4) Temperatura de hibridación de 50-65°C para ambos cebadores: La temperatura esta
dentro del rango.
2.5) Máximo 2 residuos de G o C dentro de las ultimas 5 bases del extremo 3’.
2.6) No presentar autocomplementarismo.
3. Referencias:

 Amalia Maldonado Magaña, (2021), Microtutorial Unidad 2,

https://campus.unadmexico.mx/pluginfile.php/10464/mod_forum/attachment/
178600/Microtutorial%20Unidad%202.pdf?forcedownload=1
 UnADM, (2021), Bioinformática U2 Análisis Computacional de Secuencias de
ADN,
https://campus.unadmexico.mx/contenidos/DCSBA/BLOQUE1/BI/07/BIIN/unidad_0
2/descargables/BIIN_U2_Contenido.pdf

Aplicaciones Web

 NCBI, (2021), GenBank, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/

 OligoCalc, (2021), Oligonucleotide Properties Calculator,
http://biotools.nubic.northwestern.edu/OligoCalc.html
 Primer3, (2021), Primer3web, [version 4.1.0], https://bioinfo.ut.ee/primer3/