PRÁCTICA #9

“EDICIÓN Y PREPARACIÓN DE LOS ARCHIVOS PDB PARA LOS

PROCESOS DE CORRIDA PARA SISTEMAS BIOLÓGICOS ”

Nombres y Apellidos: Luisa Gabriela Cáceres Olave

Código de estudiante: 2019201572
Fecha: 22/05/2023

1. AB-INITIO
a. Buscamos la secuencia de aminoácidos de la base de datos
http://www.cybase.org.au/?page=card&table=protein&id=246 el cual
corresponde al ciclótido Kalata B10, guardar en formato *.fasta.
b. Ingresar al programa UGENE y haremos una predicción de estructura
secundaria (GORV-IV).
c. Ingresar a Chimera UCSF
d. Opción de “Tools/Structure Editing” y luego “Build Structure”.
e. Digitar el tipo de estructura secundaria para cada residuo.

f. Minimizar la estructura en Chimera UCSF.

g. Guardar en formato *.pdb

h. Repetir el mismo experimento para la proteína Cor a 2 (alérgeno de la

avellana). http://www.allergen.org/viewallergen.php?aid=234 , reportar
la imagen.
 2. THREADING
a. Usaremos el programa I-TASSER
(https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/). Primero creamos un
usuario en la página de I-Tasser, usar correo institucional

b. Descargamos la secuencia de aminoácidos del dominio VHH de Camelus

bactrianus, usaremos el siguiente link:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AMT92207.1

>AMT92207.1 immunoglobulin heavy chain variable region, partial

[Camelus bactrianus]
QVQLQESGGVLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSSINSGGGDTHYADSVKGRFTI
SRDNAKNTLYLELNSLKTEDTAMYYCAKAASEYWSGGYYYTMLEFWREHDYWGQGTQVTVSS

c. Copiamos o subimos el archivo *.fasta.

d. Enviar a calcular.
e. Escoger 5 opciones de representación 3D y diseñar una figura con alfas
hélices, láminas betas y colas.
Modelo 1

Modelo 2
Modelo 3

Modelo 4

Modelo 5
3. HOMOLOGY MODELING
a. Usaremos el servidor SwissModel
(https://www.google.com/search?client=safari&rls=en&q=swissmodel&i
e=UTF-8&oe=UTF-8) .
b. Ingresaremos haciendo clic en el botón “Start Modelling”.
c. Usaremos la secuencia de Camelus bactrianus, subiremos el archivo
*.fasta y escogemos las siguientes opciones:
i. Search template: Elegiremos el mejor template para esta
secuencia problema (% homology).

ii. Build Model: Elegiremos la mejor opción.

 iii. User Template: Descargar el template de Vicugna pacos en el
Protein Data Bank. El código de acceso es 5E0Q. Preparar la
proteína de VHH en el editor de textos.
https://swissmodel.expasy.org/interactive/GFSFvb/

d. Obtener la estructura 3D del alérgeno Cor a 2 de la avellana, usaremos de

plantilla de la proteína Bet v 2 (alérgeno de Betula pendula) del PDB:
5NZC. Poner la figura del template y la estructura de Cor a 2.

A B
Template (Bet v 2) Modelada (Cor a 2)

4. ¿Cómo modelamos estructuras diméricas, triméricas o multiméricas?

a. Descargaremos la estructura ATP-sulfurylase de la soya del PDB: 4MAF
y la secuencia desconocida de Allium cepa con código de acceso en el
NCBI: AAF18998.1
b. Abriremos el archivo *.pdb en el programa Chimera UCSF y luego vamos
a Tools y buscamos la opción “sequence/sequence/” elegir una cadena de
proteína (Cadena A).
c. En la barra de menú de la nueva venta, elegir la opción “Edit/Add
sequence …/”
d. Pegar la secuencia en la celda vacía y hacer clic en “OK”.
e. Ahora vamos a la barra de menú y seleccionamos “Structure” y luego
“Modeller (homology)”.
f. Calcular.
g. Repetir lo mismo para la siguiente “Cadena B”
h. Obtener una representación gráfica de la nueva estructura.
Obtención de plantilla zona H

Obtención de plantilla zona A