Modulo

UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA – UNAD
ESCUELA DE
CONTENIDO DIDÁCTICO DEL CUSO: QUIMICA COMPUTACIONAL
UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA
PROGRAMA DE QUIMICA
QUIMICA COMPUTACIONAL
DANILO GONZÁLEZ FORERO

(Docente Ocasional)
BOGOTÁ D.C.
DICIEMBRE 2013
ESCUELA DE
ASPECTOS DE PROPIEDAD INTELECTUAL Y VERSIONAMIENTO
El presente protocolo académico fue diseñado en el año 2013 por el LQ.

DANILO GONZALEZ FORERO., quien es docente de la UNAD, adscrito a la sede
nacional JCM. El Lic. González es Licenciado en Química egresado de la
Universidad Distrital Francisco José de Caldas y aspirante a MSc Química de la
Universidad Nacional de Colombia. Este se ha desempeñado como docente de la
UNAD desde el 2013.
ESCUELA DE
INTRODUCCIÓN
La química computacional tiene por objeto el estudio de fenómenos químicos

empleando los ordenadores como herramienta principal para cumplir su propósito.
Sin embargo, no son los computadores el eje central de esta rama de la química
sino los fundamentos teóricos y conceptuales desarrollados durante varias
décadas que han permitido estudiar las propiedades y transformaciones de las
sustancias químicas sin ir al laboratorio.
Las moléculas son consideradas tradicionalmente como un conjunto de partículas

cargadas, específicamente, núcleos cargados positivamente y electrones
cargados negativamente. La única fuerza física importante para los fenómenos
químicos son las interacciones entre partículas cargadas, como consecuencia de
esto, las diferencias en las propiedades de las moléculas están directamente
ligadas a estas interacciones que pueden ser diferentes debido a la presencia de
diferentes núcleos y número de electrones o a las diferentes posiciones de dichos
núcleos.
Partiendo de un conjunto de electrones y núcleos, la química teórica esa química

teórica es la rama de la química que puede predecir propiedades de dichos
sistemas, pero lamentablemente solo sistemas compuestos por uno o dos
partículas pueden ser resueltos exactamente, es allí donde es necesario el uso de
computadores y aproximaciones que permitan realizar las operaciones necesarias
para estudiar sistemas donde tenemos más de dos partículas, es allí donde nace
la química computacional; motivo por el cual no podemos hablar de química
computacional sin hablar de química teórica.
El profesional que trabaja en química computacional debe lograr obtener

información relevante que le permitirá dar explicación a fenómenos experimentales
que aún permanecen sin explicación o bien proponerla a fenómenos sobre los
cuales no se haya podido experimentar por falta de tecnología o por que ocurren
condiciones extremas (el caso de la química en el espacio interestelar) haciendo
uso de las herramientas propias de la química computacional, y que dichas
explicaciones están sujetas a las virtudes y limitaciones del modelo con el que se
encuentre trabajando.
El curso de Química computacional busca proveer en el estudiante un

pensamiento estructurado que le permita comprender, interpretar y obtener datos
sobre los sistemas moleculares de interés sin desconocer el fundamento teórico
que permite computar esos datos.
ESCUELA DE
El nivel del curso es introductorio, es por esto que está diseñado para que el
estudiante conozca los fundamentos conceptuales y operacionales que permiten
obtener información cuantitativa y cualitativa de las sustancias o procesos
químicos a estudiar. Para esto es necesario conocer las herramientas con las
cuales cuenta la química computacional y aprender cómo usarlas adecuadamente.
El curso está organizado en tres unidades. En la primera unidad se realizará un

repaso de los fundamentos básicos de la mecánica cuántica, el uso de sistemas
operativos basados en UNIX y una introducción al trabajo con software
especializado de química computacional; la segunda unidad se centra en el
desarrollo e ilustración algunos los métodos empleados en la química
computacional, sus algoritmos generales, su filosofía, sus ventajas y limitaciones;
en la tercera unidad se ilustrarán los diferentes tipos de resultados y análisis de los
mismos. Durante todas las unidades se proponen ejercicios teóricos y prácticos
para afianzar los procesos de aprendizaje. La evaluación final del curso consiste
en un proyecto que el estudiante deberá ir desarrollando a lo largo del semestre.
El curso se encuentra en el área de formación en ciencias básicas, la cual

constituye un elemento esencial para los programas de pregrado de la Universidad
Nacional Abierta y a Distancia (UNAD), que requieran de conocimientos en
ciencias. En este sentido, busca contribuir al desarrollo de estructuras de
pensamiento ligadas a formas lógicas y específicas que permitan el dominio de un
lenguaje especializado asociado a la ciencia y la tecnología.
Aunque el programa al cual se dirige el curso no tiene como objeto de estudio

particular a la química computacional, este les brindará un valioso complemento
que permitirá dotar a los estudiantes herramientas de vanguardia para que en su
ejercicio profesional puedan resolver problemas propios de su actividad.
El abordaje del curso exige del estudiante un aprendizaje autónomo tal como lo
plantea la Universidad, considerándose como un proceso sistemático que requiere
de actividades individuales, de trabajo en pequeños y grandes grupos, así como
de la interacción con un profesional especializado en el área, el tutor que sirve
como orientador del proceso de aprendizaje. Igualmente, el curso dispone de la
realización de eventos prácticos a través del uso de ordenadores para utilizar y
obtener resultados que permitirán enriquecer el proceso formativo de los
estudiantes.
Como fuentes documentales que se han tenido en cuenta en el diseño del curso:
libros de química cuántica y computacional y revistas de investigación.
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El curso de Química Computacional se encuentra en formato PDF, que puede ser

descargado de la plataforma virtual de la UNAD, a través de Registro y Control.
Además esta como contenido en línea en el campus virtual de la Universidad.
El éxito del curso depende de la planificación, el uso adecuado del tiempo y del
compromiso del estudiante en su proceso de formación.
ESCUELA DE
Contenido
CAPITULO 1: Formalismo matemático....................................................................................... 12
LECCIÓN 1: NOTACIÓN DE DIRAC.................................................................................... 12
LECCIÓN 2: MATRICES ................................................................................................... 14
LECCIÓN 3: DETERMINANTES ......................................................................................... 20
LECCIÓN 4: OPERADORES .............................................................................................. 21
LECCIÓN 5: ECUACIONES DE VALORES PROPIOS ............................................................. 22
LECCIÓN 6: POSTULADOS .............................................................................................. 25
LECCIÓN 7: ECUACIÓN DE SCHRÖDINGER ....................................................................... 26
LECCIÓN 8: PARTÍCULAS EN CAJAS. ............................................................................... 28
LECCIÓN 9: SISTEMAS HIDROGENOIDES .......................................................................... 32
LECCIÓN 10: SISTEMAS POLIELECTRÓNICOS. .................................................................. 33
CAPITULO 3: INTRODUCCIÓN A LA QUÍMICA COMPUTACIONAL ................................................... 37
LECCIÓN 11: FUNDAMENTOS DE GNU/LINUX. ................................................................. 37
LECCIÓN 12: INTRODUCCIÓN A SHELL . ......................................................................... 42
LECCIÓN 13: PROGRAMAS DE MODELAMIENTO EN QUÍMICA. ............................................. 45
LECCIÓN14: MODELAMIENTO EN QUÍMICA. ...................................................................... 46
LECCIÓN 15: UNIDADES ATÓMICAS ................................................................................ 47
CAPÍTULO 4: Mecánica Molecular .............................................................................................. 51
LECCIÓN 16: FUNDAMENTOS DE LA MECÁNICA MOLECULAR. ............................................ 51
LECCIÓN 17: CAMPO DE FUERZA .................................................................................... 52
LECCIÓN 18. APLICACIONES DE LOS MÉTODOS DE MECÁNICA MOLECULAR ....................... 53
LECCIÓN 19. GEOMETRÍAS Y ESPECTROS VIBRACIONALES CALCULADOS USANDO MECÁNICA

MOLECULAR. ................................................................................................................. 54
LECCIÓN 20: CÁLCULOS Y CONSIDERACIONES COMPUTACIONALES. ................................. 55

ESCUELA DE
CAPITULO 5: MÉTODOS DE ESTRUCTURA ELECTRÓNICA ........................................................... 56
LECCIÓN 21: MÉTODO DE HÜCKEL ................................................................................. 56
LECCIÓN 22: TEOREMA VARIACIONAL Y APROXIMACIÓN BORN-OPPENHEIMER ................. 59
LECCIÓN 23: MÉTODO HARTREE-FOCK........................................................................... 63
LECCIÓN 24: CONJUNTO DE FUNCIONES BASE. ............................................................... 65
LECCIÓN 25: MÉTODOS POST-HARTREE-FOCK................................................................ 67
CAPITULO 6: GAMESS ................................................................................................................... 69
LECCIÓN 26: CONSTRUCCIÓN DE SISTEMAS MOLECULARES ............................................. 69
LECCIÓN 27: GAMESS .................................................................................................... 70
LECCIÓN 28: GABEDIT ................................................................................................... 72
LECCIÓN 29: ARCHIVOS DE SALIDA................................................................................. 75
LECCIÓN 30: RECOMENDACIONES OPERATIVAS. ............................................................. 75
Capitulo 7 Tipos de calculo ........................................................................................................... 79
LECCIÓN 31: CÁLCULOS DE PUNTO SENCILLO. ................................................................ 79
LECCIÓN 32: OPTIMIZACIÓN DE GEOMETRÍA. ................................................................... 86
LECCIÓN 33: FRECUENCIAS. .......................................................................................... 89
LECCIÓN 34: ESTADO DE TRANSICIÓN ............................................................................. 92
LECCIÓN 35: IRC........................................................................................................... 93
Capítulo 8: Introducción a las propiedades moleculares y la reactividad química............... 94
LECCIÓN 36: ANÁLISIS DE CARGA ATÓMICA. ................................................................... 94
LECCIÓN 37: SUPERFICIES DE ENERGÍA POTENCIAL ......................................................... 95
LECCIÓN 38: ANÁLISIS NBO .......................................................................................... 96
LECCIÓN 39: RESONANCIA MAGNÉTICA NUCLEAR. ........................................................... 97
LECCIÓN 40. UV. ........................................................................................................... 98
Capítulo 9 Aplicaciones a sistemas químicos. ........................................................................... 99
LECCIÓN 41: ENERGÍA DE IONIZACIÓN Y AFINIDADES ELECTRÓNICAS. ............................... 99

ESCUELA DE
LECCIÓN 42: REACCIÓN DE DIELS-ALDER ..................................................................... 100
LECCIÓN 43:DESCOMPOSICIÓN DEL FORMALDEHIDO. .................................................... 101
LECCIÓN 44: REACCIONES ISODESMICAS ...................................................................... 102
LECCIÓN 45. BARRERA ROTACIONAL DEL ETANO. ......................................................... 103

ESCUELA DE
LISTADO DE TABLAS
Tabla 1 Unidades Atómicas. .............................................................................................................. 47
Tabla 2 Valores de escalamiento para espectros infrarrojos ............................................................ 92
Tabla 3 Valores energéticos. ........................................................................................................... 101

ESCUELA DE
LISTADO DE GRÁFICOS Y FIGURAS
Imagen 1 Partícula en una caja unidimensional................................................................................ 28
Imagen 2 Terminal ............................................................................................................................ 38
Imagen 3 Diferencias en distancias y angulos de algunas moléculas orgánicas ............................... 54
Imagen 4 Menu Gabedit ................................................................................................................... 72
Imagen 5 Botón Gamess para construir el archivo de entrada......................................................... 73
Imagen 6 Menu Gamess en Gabedit ................................................................................................. 73
Imagen 7 Opción RUN para lanzar el cálculo desde Gabedit ............................................................ 74
Imagen 8 Menu Run en Gabedit ....................................................................................................... 74
Imagen 9 Opciones para cálculo de punto sencillo........................................................................... 80
Imagen 10 Archivo de salida en Gabedit........................................................................................... 81
Imagen 11 Valor de energía potencial para el metano en Gabedit. ................................................. 82
Imagen 12 Valores energéticos por orbital molecular en Gabedit ................................................... 83
Imagen 13 Menu para construir superficies en MacMolPlt .............................................................. 84
Imagen 14 Seleccion de parametros para la construcción de las superficies asociadas a los orbitales
moleculares ....................................................................................................................................... 84
Imagen 15 Superficie del Orbital Molecular Ocupado de máxima energía. ..................................... 85
Imagen 16 Superficie de energía potencial ....................................................................................... 86
Imagen 17 Opciones para cálculo de optimización de geometría. ................................................... 87
Imagen 18 Archivo de salida de un cálculo de optimización de geometrías. ................................... 88
Imagen 19 Gráfico de optimización de geometrías. ......................................................................... 89
Imagen 20 Opciones para realizar un cálculo de frecuencias. .......................................................... 90
Imagen 21 Espectro infrarojo simulado para el metano................................................................... 91
Imagen 22 Reacción de Diels-Alder ................................................................................................. 100
Imagen 23 Descomposición del Formaldehido ............................................................................... 101

ESCUELA DE
UNIDAD 1
Nombre de la Unidad Fundamentos e introducción a la química

computacional.
Introducción En la presente unidad se desarrollan las herramientas
metodológicas y conceptuales que le permitirán al
estudiante comprender los fundamentos de la química
computacional.
Justificación Para que el estudiante comprenda el funcionamiento
de la química computacional, es necesario que
adquiera las habilidades necesarias para usar el
aparato matemático y conceptual sobre el cual está
construida.
Intencionalidades Usar y comprender el significado de la notación de
Formativas Dirac.
Aprender a realizar las operaciones de matrices

haciendo uso adecuado de las propiedades de las
mismas.
Reconocer la utilidad de las funciones de valores

propios.
Aprender a usar los postulados de la mecánica

cuántica para construir soluciones a sistemas
sencillos.
Utilizar adecuadamente las aproximaciones

necesarias para resolver sistemas polielectronicos.
Aprender a realizar procesos básicos en GNU/Linux.
Iniciar la formulación del proyecto.
Denominación de Capítulo 1: Formalismo matemático.

capítulos Capítulo 2: Fundamentos de la mecánica cuántica.
Capítulo 3: Introducción a la química computacional.
ESCUELA DE
CAPITULO 1: Formalismo matemático.
Introducción
Las matemáticas son las herramientas fundamentales para el avance de la

ciencia, y la química cuántica y computacional no es la excepción. Para que el
estudiante comprenda cómo funciona la mecánica cuántica aplicada a la química,
es necesario que conozca el formalismo matemático sobre el cual está construida.
Lección 1: Notación de Dirac.
En química cuántica, el estado de una partícula es representado como un

elemento de un espacio vectorial lineal, “ket” (|k>), esta notación se conoce como
notación de Dirac. (McMahon, 2006)
Un vector columna definido por “ket” se define como un grupo de números en una
columna,
Donde el número N es llamado dimensión.
Suma de vectores
Para obtener la suma de dos “kets”, se suman los componentes individuales de

cada vector.
ESCUELA DE
Por ejemplo,
Multiplicación por un escalar
El producto de un escalar por un “ket” es igual al producto de cada uno de los

elementos del ket por el escalar. Por ejemplo,
Producto de vectores.
Para poder realizar el producto de vectores es necesario construir un vector dual,

ese vector dual es llamado “bra”. Usando la notación de Dirac, el vector dual de
“|ket>” se representa como “〈bra |”, por ejemplo,
Cada uno de los elementos del “bra” es el complejo conjugado de los elementos
del “ket”.
ESCUELA DE
Antes de continuar, es necesario aclarar que un número complejo es un número

cuya raíz cuadrada puede ser negativa, para lograrlo es necesario introducir el
“número imaginario i”
Un número complejo tiene la estructura,
Donde a y b son números reales. Cuando hablamos del complejo conjugado,

reemplazamos i por –i, el complejo conjugado es representado como como.
Ahora, el producto entre dos kets se define como
Donde 〈 l|k 〉 se llama “braket”.
Lección 2: Matrices
Matrices y propiedades
Una matriz A es un arreglo rectangular de elementos constituida por filas y por

columnas. Las líneas horizontales de elementos se denominan filas y las líneas
verticales de elementos se llaman columnas. Usualmente las matrices se
representan así,
ESCUELA DE
El ejemplo anterior tenemos una matriz de N filas x N columnas, es decir, una

matriz N x N.
Los subíndices en cada elemento de la matriz simbolizan su posición, donde el

primer subíndice indica la fila a la cual pertenece y el segundo elemento indica a
que columna pertenece.
Suma y resta de matrices
Para poder realizar la suma o resta entre dos matrices, es necesario que las
matrices sean del mismo tamaño, es decir, que tengan el mismo número de filas y
el mismo número de columnas entre ellas. Si se cumple la condición anterior, la
suma de las dos matrices será igual a la suma de cada uno de sus elementos.
Producto por escalar
El producto de la matriz A por un escalar k, kA, es la matriz obtenida de

multiplicar cada elemento de la matriz A por el escalar k, donde k es un número.
Producto de matrices.
El producto de las matrices A y B definido como AB, se puede realizar de

diferentes formas, en este documento veremos cada matriz como una fila de
vectores columna o como una columna de vectores fila.
ESCUELA DE
Donde,
Teniendo en cuenta la definición anterior, el producto AB es definido como:
Análogamente podemos definir el producto de un vector por una matriz como.
Adicionalmente, si el producto de dos matrices AB es igual al producto de BA,

podemos decir que las matrices conmutan.
Ejemplo.
ESCUELA DE
Tipos importantes de matrices
Los siguientes tipos de matrices son importantes en química cuántica.
Matriz nula
Es aquella matriz en la cual todos sus elementos son 0.
Claramente, la multiplicación de una matriz por la matriz nula es igual a una matriz
nula.
Matriz Diagonal.
Es aquella matriz en la cual solamente los sobre la diagonal son diferentes de 0, la

diagonal va desde la esquina superior izquierda, hasta la esquina inferior derecha.
Matriz Identidad
Denominada también matriz I, es una matriz diagonal cuyos elementos son iguales
a1
Matriz Inversa.
ESCUELA DE
La inversa de la matriz A, A-1, es aquella matriz que cumple la siguiente condición
A-1A=AA-1=1
Si A=
Entonces A-1=
Matriz transpuesta.
La transpuesta de la matriz A, escrita como At, es la matriz obtenida al escribir las

columnas de A, ordenadamente, como filas. Por ejemplo
Matriz Simétrica,
Es aquella matriz una matriz cuadrada en la cual aij=aji para cada elemento. Por
ejemplo la siguiente matriz es simétrica, pues el elemento a12=a21=6, y así con los
otros elementos.
ESCUELA DE
Matriz Ortogonal
Se dice que una matriz A es ortogonal si At=A-1, es decir, AAt=AtA=1. Por ejemplo
la siguiente matriz cumple con esta propiedad.
Matriz hermiticas.
La matriz hermitica es el análogo a la matriz simétrica para matrices complejas, en

este caso los elementos aij=a*ij. Por ejemplo la siguiente matriz es hermítica.
(Lewars, 2011) (Mc Mahon, 2006)
ESCUELA DE
Lección 3: Determinantes
El determinante de una matriz es un número asociado con la matriz. Para una

matriz A, el número asociado se denota con
Por ejemplo, el determinante de una matriz 2x 2
Es el número
En el caso de una matriz B de orden 3x3,
El determinante se define como
Es importante aclarar que existen otras formas de obtener el determinante

asociado a una matriz de orden superior a 2x2, pero por la naturaleza del
documento nos limitaremos al método previamente descrito, sin embargo, si el
estudiante está interesado podría revisar en cualquier libro de algebra lineal.
ESCUELA DE
Algunas propiedades de los determinantes.
Las siguientes propiedades están descritas para filas, pero aplican también para
columnas.
1-Si cualquier elemento de la fila es 0, el determinante es 0

2-Si una matriz tiene dos filas iguales el determínate es 0
3- El determinante de un producto de matrices es igual al producto de sus
determinantes, es decir, det |AB|=det|A| det|B|
4-Si una fila de una matriz B es multiplicada por un escalar para obtener una
nueva matriz A, el determinante de la matriz A será igual al determínate de la
matriz B por el escalar, es decir, det|A|=escalar det|B|. (Ramachandran, 2008)
Lección 4: Operadores
Los observables, es decir, las cantidades que pueden ser medidas tales como la
posición y el momentum, son representadas en la mecánica cuántica por
operadores. Un operador es una instrucción o regla matemática que transforma un
vector en otro vector, generalmente en un vector divergente. Los operadores se
simbolizan con letras mayúsculas con un “sombrero” o circunflejo. (Levine, 2000)
La acción de un operador “T” sobre un ket “k” se escribe como:
La mayoría de los operadores usados en mecánica cuántica son operadores

lineales, para que un operador sea lineal debe satisfacer la siguiente condición.
Donde alfa y beta son escalares.
Propiedades y algebra de los operadores lineales.
La suma de dos operadores lineales actuando sobre un ket se define como:

ESCUELA DE
El producto de dos operadores lineales actuando sobre un ket se define como:
El operador identidad es el operador que al actuar sobre el ket no lo transforma en

un nuevo ket.
Lección 5: Ecuaciones de valores propios
El problema del valor propio tiene gran interés teórico y un amplio rango de
aplicación, por ejemplo, este problema es fundamental para analizar modelos de
crecimiento poblacional, resolver ecuaciones diferenciales. En el caso de la
química cuántica y computacional este problema juega un rol central, pues para
cada observable, como la energía o el momentum, existe un operador, el cual
puede ser representado como una matriz; al actuar el operador se obtienen
valores propios que son resultados de la medida de dicha propiedad. Por ejemplo,
podemos conformar una matriz que represente el operador hamiltoniano (operador
que permite obtener la energía de un ket) de un sistema, al hacer actuar el
operador obtendremos los valores de energía para ese sistema. Este asombroso
sistema matemático ha pasado todas las pruebas experimentales desde hace más
de 100 años. (Levine, 2000) (Ramachandran, 2008)
Cuando al hacer actuar un operador “T” sobre un ket “ν” obtenemos como
resultado una constante “k” y el mismo ket “ν”, podemos decir que “ν” es un vector
propio de “T” con valor propio ”k”
A continuación se ilustra con ejemplos los conceptos valor propio, vector propio y
función propia.
Vectores propios y valores propios.
Teniendo en cuenta la matriz:

ESCUELA DE
Y los vectores
Para determinar si dichos vectores son propios de un operador (en este caso el
operador es la matriz A) es necesario que el operador actúe sobre el vector, y si
se recupera el vector o un múltiplo del mismo, podemos decir que el vector es
propio del operador.
Al evaluar V
En consecuencia V es un vector propio de la matriz A con un valor propio asociado

de 0
Ahora, al evaluar μ
Por lo tanto μ es un vector propio de la matriz A asociado con un autovalor de 5.

(McMahon, 2006)
Ejemplo Función propia y valor propio.
En el siguiente ejemplo al hacer actuar el operador “Derivada respecto a X” sobre

la función exponencial, se recupera la función inicial multiplicada por una
constante.
Por lo tanto la función e2x es una función propia del operador derivada respecto a
x con un valor propio de 2. (Levine, 2000)
ESCUELA DE
ESCUELA DE
CAPITULO 2: Fundamentos de la mecánica Cuántica
Introducción
La química cuántica es una rama de la ciencia generada a partir de la mecánica

cuántica para estudiar sistemas de interés químico (átomos y moléculas). Por lo
tanto, es necesario que el estudiante conozca las bases metodológicas que le
permitirán aplicar la metodología de la mecánica cuántica a sistemas de interés
químico.
Lección 6: Postulados
Toda la ciencia está fundamentada en axiomas (postulados). La mecánica

cuántica está fundamentada en un sistema de axiomas simples que nos permitirán
comprender como utilizar la mecánica cuántica para estudiar fenómenos sencillos.
Postulado I
El estado de un sistema mecano-cuántico está totalmente descrito por un

elemento matemático que depende de las coordenadas del sistema y del tiempo.
El producto de dicho elemento y su complejo conjugado es la probabilidad que a
tiempo t, la ubicación de la partícula esté en un pequeño intervalo.
Postulado II
Las cantidades matemáticas que describen la partícula (energía, posición,

momentum, etc.) son representadas como operadores lineales.
Este postulado permite la conexión entre las cantidades observables clásicas y las
técnicas mecano-cuánticas.
Los operadores además de ser lineales, deben ser hermíticos, es decir, que
cumplan
Postulado III
ESCUELA DE
Cualquier medida de un observable A, asociada con un operador A, los únicos

posibles resultados serán los valores propios del conjunto an.
Este postulado captura la esencia de la mecánica cuántica, la cuantización de

resultados, pues solamente están permitidos los valores que pertenecen al
conjunto an. (Levine, 2000)
Cuando un estado no está descrito por un elemento matemático propio del

operador A, obtendremos diferentes valores cada vez que hagamos actuar el
operador sobre la función. Cuando esto ocurre debemos determinar el valor
promedio de la propiedad. El postulado VI hace referencia a este caso.
Postulado VI
Para muchas propiedades existen estados del sistema en los cuales medidas
sucesivas de la propiedad dan resultados diferentes. En este caso no existe “el
valor preciso” de la medición y será necesario determinar el valor promedio como:
Lección 7: Ecuación de Schrödinger
La ecuación de Schrödinger es la formulación de los postulados previamente

descritos en términos de funciones, a continuación veremos como obtenemos la
ecuación de Schrödinger a partir de los postulados.
Postulado I
Cada estado del sistema está descrito por una función de sus coordenadas que lo
describe completamente.
Esta función se denomina función de onda, y se escribe como:
Adicionalmente, la función debe ser “bien comportada”, esto significa que debe
cumplir con los siguientes requerimientos:
Finita: Una función es finita cuando no tiende hacia infinito para ninguno de los
valores de x.
Continua: Una función es continua si al acercarse por la izquierda o la derecha en

el eje x se obtiene el mismo valor en y. Un ejemplo de funciones discontinuas son
las funciones utilizadas por las empresas telefónicas para realizar los cobros.
ESCUELA DE
Univaluada: Una función es univaluada si para cada valor de x solo existe un valor
de f(x). Un ejemplo de una función no univaluada es la ecuación x=y²-2.
Postulado II y III
Los postulados II y III no cambian, pues para la formulación en términos de

funciones es necesario utilizar operadores para obtener información de nuestro
sistema y esos valores están cuantizados.
Como mencionamos en el capítulo de operadores, un operador es un conjunto de

instrucciones que, en este caso, modifican funciones. Por ejemplo tenemos los
operadores “multiplique por 3” o “derive respecto a x”.
Postulado VI
Igualmente, si cada vez que actúa el operador sobre la función obtenemos valores
diferentes deberemos utilizar el valor promedio o valor esperado, que se define
como:
Operador Hamiltoniano.
El operador Hamiltoniano es el operador que nos permite obtener valores

energéticos asociados a una función de onda. A continuación se muestra como se
obtiene a partir de operadores más sencillos.
La energía representada en función de la posición y el momento de una partícula

cargada no relativista se obtiene de:
Remplazando el operador del momentum clásico por el operador de momentum

cuántico obtenemos
ESCUELA DE
Finalmente, la ecuación de valores propios que nos permite obtener valores

energéticos es
Lección 8: Partículas en cajas.
Antes de profundizar en las aplicaciones químicas de la mecánica cuántica, es

necesario analizar fenómenos más sencillos que ilustrarán el camino a seguir para
evaluar problemas químicos reales. (Hayward, 2002)
Para comenzar definiremos el sistema de estudio como una partícula capturada en

un potencial, donde el potencial dentro de la 'caja' es 0 y fuera de la caja es
infinito.
Imagen 1 Partícula en una caja unidimensional
Como muestra la imagen, tenemos dos regiones importantes: dentro de la caja y

fuera de la caja.
Fuera de la caja el potencial tiende a infinito, por lo tanto la ecuación de

Schrödinger para esta región es:
Para la región dentro de la caja,

delimitada entre 0 y a, el potencial V es cero, y la ecuación de Schrödinger para
ESCUELA DE
esta región es:
Donde la función de onda viene dada por la expresión:
Con
Cabe recalcar que la función debe ser continua, y como consecuencia, se deben
cumplir las siguientes dos condiciones: que la función sea 0 cuando x=0, y que la
función sea 0 cuando x=l.
La primera condición solo se cumple cuando B= 0
Para la segunda condición tenemos que:
Donde n es cualquier número entero, este número n es el que conocemos como

número cuántico principal.
Al resolver para E, obtenemos:
Sin embargo, la constante A sigue siendo desconocida, para obtener este valor
hacemos uso de la condición de normalización previamente descrita. Al resolver
para A, obtenemos:
ESCUELA DE
Partícula en una caja bidimensional
Consideremos una caja rectangular de dimensiones a1 y a2, donde el potencial V=

0 dentro de la caja y V= infinito fuera de ella. (Levine, 2000)
A partir de las soluciones para una caja unidimensional obtenemos las soluciones
para el problema bidimensional.
El operador hamiltoniano es:
La energía es igual a la suma de las energías de los problemas unidimensionales
Y la función de onda es el producto de las funciones de onda

ESCUELA DE
Partícula en una caja tridimensional.
Consideremos una caja cubica de dimensiones a1, a2 y a3 donde el potencial V= 0

dentro de la caja y V= infinito fuera de ella. (Lowe, 2005)
A partir de las soluciones para una caja unidimensional obtenemos las soluciones
para el problema tridimensional.
El operador hamiltoniano se describe como:
La función de onda será el producto de tres funciones de onda análogas a la

función para una partícula en una caja unidimensional.
Donde a, b y c son las dimensiones de la caja.

La expresión para la energía es:
ESCUELA DE
Lección 9: Sistemas Hidrogenoides
El átomo de hidrógeno es el sistema más simple de interés químico para el cual es

posible obtener soluciones exactas y es en el cual se fundamenta toda la química
cuántica y computacional.
A continuación haremos una breve descripción de la solución al problema sin

profundizar en las transformaciones matemáticas y otras que no hacen parte de
este curso.
Para comenzar, es necesario definir el operador hamiltoniano de nuestro sistema

compuesto por un electrón y un núcleo.
Donde Kn es el operador de la energía cinética den núcleo, Ke es el operador de

energía cinética del electrón, y Vne es el operador de potencial electrostático
existente entre las dos partículas. (Leszczynski, 2012)
Explícitamente el operador tendrá la siguiente forma:
Ahora, la función de onda del átomo de hidrógeno dependerá de 3 coordenadas

polares del electrón, y se representa como el producto de tres funciones donde
cada elemento depende de uno de esos factores.
Hay infinidad de funciones de onda que son soluciones de la ecuación de

Schrödinger, a la vez que hay infinidad de soluciones para R(r), Θ (θ) Φ (φ).
Cada una de estas funciones tiene asociado un número entero, por lo tanto
necesitamos tres números enteros para saber de cual función de onda estamos
hablando específicamente y que estado describe.
Estos tres números enteros son los que denominamos números cuánticos,
caracterizados por las letras n, l, m que están asociados con las funciones R(r), Θ
(θ) Φ (φ) respectivamente. El número cuántico n, como se explicó en secciones
anteriores, puede tomar valores desde 1 hasta infinito; l desde 0 hasta infinito y m
ESCUELA DE
cualquier valor entero negativo o positivo hasta infinito. Sin embargo, estos tres
números están asociados, pues para un estado específico los números cuánticos l
y m deben tener un valor absoluto menor a n.
Las funciones de onda del átomo de hidrógeno son bastante sencillas. La parte
angular para los números cuánticos pequeños es una constante, para luego
convertirse en una función trigonométrica sencilla elevada a una potencia. La parte
radial es una exponencial en r multiplicada por un polinomio de orden
dependiendo del número cuántico n.
Al solucionar la ecuación de Schrödinger encontramos que la energía asociada

con un estado en particular es: (Lowe, 2005)
Donde Z es la carga del núcleo, k es una constante para ajustar unidades (-

13.6058 ev) y n es el número cuántico principal.
Lección 10: Sistemas Polielectrónicos.
Hasta el momento, solo se ha usado la metodología de la mecánica cuántica para

sistemas sencillos, tales como una partícula en diferentes tipos de cajas y el átomo
de hidrógeno. Sin embargo los postulados de la mecánica cuántica pueden ser
aplicados a cualquier sistema cuántico. Para ilustrar la aplicación a sistemas más
complejos utilizaremos el átomo de helio, para posteriormente extenderlo al átomo
de litio.
El átomo de helio está constituido por un núcleo y dos electrones, por fines
prácticos el sistema de estudio está conformado por un átomo de helio que no
interactúa con ninguna partícula ni con ningún campo. (Levine, 2000)
La función de onda que describe el sistema depende de las coordenadas de los

electrones y del núcleo.
Para construir el operador hamitoniano, debemos asumir que el núcleo no está en

movimiento y utilizar la masa del electrón, en lugar de la masa reducida.
ESCUELA DE
Los términos del hamiltoniano se pueden reagrupar de la siguiente forma
Usando este reordenamiento podemos escribir el hamiltoniano como la suma de

dos hamoltonianos monoelectrónicos más un término de interacción entre los dos
electrones.
Hasta el momento, no existe forma de separar el término que da cuenta de la

interacción entre dos electrones (último término de la expresión anterior), al
despreciar este término se obtiene un operador aproximado.
El nuevo operador aproximado da cuenta de la energía cinética y potencial para

cada electrón completamente independiente de las interacciones entre ellos. Por
este motivo, esta aproximación se denomina, aproximación de electrón
independiente.
Como consecuencia de esta aproximación, es necesario expresar la función de

onda del helio como el producto de funciones de onda para cada electrón.
Esta aproximación recibe el nombre de aproximación orbital. (Lewars, 2011)
Si observamos detalladamente, los hamiltonianos monoelectrónicos son iguales a

los hamiltonianos utilizados para el hidrógeno y átomos hidrogenoides, por lo
tanto las funciones usadas para el hidrógeno son funciones propias de los
operadores monoelectrónicos.
Al hacer actuar el hamiltoniano aproximado sobre la función de onda aproximada

ESCUELA DE
Los orbitales de mínima energía para el átomo de helio es el producto de dos

funciones 1s, que tradicionalmente se representa en otras áreas de la química
como 1s².
Para el primer estado excitado del helio, la configuración electrónica (producto de

Hartree) es 1s2s, pero al determinar la energía para cada uno de los electrones
encontramos que tienen energías diferentes, lo cual contradice los resultados
experimentales.
Como consecuencia de los anteriores resultados es necesario modificar la función

de onda de forma tal que se obtengan valores iguales para cualquiera de los dos
electrones. Para solucionar este problema se expresan las funciones de onda
como:
Donde el factor del extremo izquierdo es el factor de normalización.
El hamiltoniano electrónico solo depende de las coordinadas espaciales, pero para

describir completamente el electrón es necesario incluir el espín. En el contexto de
la teoría usada en este curso, se incluyen dos funciones α (ω) y β (ω), que
corresponden a espín hacia arriba y espín hacia abajo dependientes de la variable
omega. Desde el punto de vista operacional, solo es necesario aclarar que las
funciones de espín son ortonormales.
Ahora, la función de onda depende de las coordenadas espaciales del electrón (r)
y de la coordenada del espín (ω). La nueva función, denominada espín-orbital, es
el producto de la función de onda espacial y la función de espín. Por cada función
de onda espacial, se obtienen dos espín orbitales. (Szabo & Oslund, 1996)
ESCUELA DE
La función de onda para un sistema de varios electrónes debe ser anti simétrica
con respecto al cambio de coordenadas (espaciales y de espín) de dos
electrónes, este requisito usualmente se denomina principio de antisimetría, que
es una versión generalizada del principio de exclusión de Pauli.
Como se muestra en el caso del primer estado excitado del átomo de helio, es
necesario que se cumpla la condición de anti-simetría, condición que no cumple el
producto de hartree. La función de onda anti-simétrica para el caso del helio puede
ser expresada como un determinante de espín orbitales.
Este determinante recibe el nombre de determinante de Slater.
Generalizando, el determinante de Slater para un sistema con N electrones es:

ESCUELA DE
CAPITULO 3: INTRODUCCIÓN A LA QUÍMICA COMPUTACIONAL
Introducción
La principal herramienta del curso son las computadoras, por lo tanto es necesario
que el estudiante pueda desenvolverse con suficiencia el sistema operativo
GNU/Linux.
En el presente capítulo se pretende que el estudiante adquiera las habilidades

básicas necesarias para facilitar el uso de la consola, procesar algunos archivos
con editores de texto plano, realizar búsquedas selectivas y conocer brevemente
los programas de química computacional y las posibilidades de uso.
Lección 11: Fundamentos de GNU/Linux.
Es importante que el estudiante esté familiarizado con algunas operaciones

básicas de sistemas operativos basados en Unix, pues es en este tipo de sistemas
operativos (específicamente GNU/Linux) donde es posible hacer los
modelamientos de química computacional sin incurrir en pagos adicionales de
licencias. Estas tareas involucran la creación y manipulación de archivos y
directorios (carpetas).
Comandos básicos GNU/Linux
Para comenzar, es necesario que el estudiante tenga acceso a cualquier

distribución de GNU/Linux, se recomienda que sea UBUNTU por cuestiones de
similitud visual con Microsoft Windows.
Una vez dentro de su cuenta, oprima las teclas Alt+F2 y escriba “gnome-terminal”,
lo cual desplegará una ventana como esta
ESCUELA DE
Imagen 2 Terminal
Una vez usted tenga la terminal abierta podrá utilizar los comandos que a
continuación se ilustran. Al usarlos adecuadamente podrá trabajar cómodamente
desde terminal. (Parker, 1996)
ls [directorio]
Muestra el listado de elementos presentes en el directorio. Si no se selecciona

ningún directorio, mostrará el listado de elementos que se encuentran en el
directorio en el cual se encuentra.
Touch archivo
Crea un archivo de nombre archivo
mkdir nombredir
Crea un directorio de nombre nombredir
pwd
Imprime en pantalla la ubicación del directorio sobre el cual está localizado
cd directorio-destino
cambia del directorio inicial a directorio-destino. Si no se ingresa ningún directorio,

por defecto irá al directorio /home
ESCUELA DE
mv archivo-origen archivo-destino
Mueve el archivo-origen al archivo-destino, es útil por ejemplo, cuando se desea

reemplazar un archivo por otro, cambiar la ubicación de un archivo o renombrarlo.
cp archivo-origen archivo-destino
Hace una copia del archivo-origen en el archivo-destino
rm archivo
Al usar este comando hay que ser muy cuidadoso, pues elimina por completo el
archivo y no hay posibilidades de recuperarlo fácilmente.
rmdir directorio
Este comando elimina el directorio directorio, al igual que con el comando rm hay
que ser extremadamente cuidadoso para no eliminar lo que no deseamos
eliminar.
clear
El comando clear nos permite limpiar la terminal.
cat archivo
Muestra el contenido del archivo en pantalla.
less archivo
muestra el contenido del archivo en pantalla página por página.
head archivo
muestra las primeras diez líneas del archivo en pantalla
tail archivo
muestra las últimas diez líneas del archivo en pantalla.
grep palabra archivo

ESCUELA DE
muestra la línea del archivo donde está palabra.
wc -w archivo
Cuenta las palabras que tiene un archivo.
wc -l archivo
Cuenta las líneas que tiene un archivo.
Editores de texto
Los editores de texto son herramientas necesarias para crear y modificar archivos
de texto plano, para el presente curso es de vital importancia, ya que los archivos
de entrada y salida de los programas de química computacional son archivos de
texto plano.
En GNU/Linux podemos encontrar muchas alternativas de procesadores de texto

plano, entre ellos se destacan Vim, emacs y pico. (Parker, 1996)
Por cuestiones de baja dificultad en la curva de aprendizaje, nos centraremos en

Vim.
Vim ("VI IMproved") es un "clon de VI", es decir, un programa similar al

editor de textos "VI" desarrollado por Bram Moolenaar
Vim no solo trabaja en modo de texto en cualquier terminal, sino que también
tiene un interfaz gráfica para el usuario, es decir, menús y soporte para el
ratón. Está disponible para muchos sistemas: AmigaOS, Atari MiNT, BeOS,
DOS, MacOS, NextStep, OS/2, OSF, RiscOS, SGI, UNIX, VMS, Win16 + Win32
(Windows95/98/00/NT) - y especialmente FreeBSD y Linux.
Características
Vim es mucho más fácil para los principiantes que VI debido a la disponibilidad de
ayuda en línea bien extensa, comandos para "deshacer" (undo) y "rehacer" (redo)
, soporte para el ratón y también iconos y menús configurables (GUI).
Con Vim usted puede seleccionar el texto "visualmente" (con sombreado) antes de
que usted "opere" en él, ej. copiar, remover, substituir, mover la posición a la
izquierda o derecha, cambiar la capitalización de las letras o el formato del texto
ESCUELA DE
incluso preservando la indentación del mismo. Vim permite también la selección y

operaciones en bloques de texto rectangulares.
Vim tiene comandos que completan su entrada de información - sea con

comandos, nombres de fichero, o palabras.
Vim también tiene "autocommands" para la ejecución automática de los comandos

(ej. descompresión automática de ficheros).
Vim reconoce automáticamente el tipo de ficheros (DOS, Mac, Unix) y también le

permite el guardar el archivo en cualquier otro formato.
Vim permite corregir de múltiples almacenadores intermediarios y usted puede

partir la pantalla en muchas sub-ventanas (horizontal y verticalmente), así que
usted puede ver muchos ficheros o muchas partes de algunos ficheros.
Vim viene con 70 ficheros de ayuda en varios aspectos de edición; algunos textos
están específicamente escritos para uso en ciertos sistemas operativos.
Vim permite el usar desplazamientos relativos para los comandos de la búsqueda,

así que se puede poner el cursor inmediatamente lugar *después* del texto
encontrado.
Vim es un editor muy potente que dispone de muchos mandatos, demasiados para
ser explicados en el presente documento, por lo tanto nos limitaremos a brindar los
comandos básicos para que el estudiante pueda utilizarlo para procesar sus
archivos.
Para utilizar vim, una vez dentro de la terminal escribimos vim
Movimiento del cursor.
Para mover el cursor, se usan las teclas h,j,k,l .La tecla h mueve a la izquierda, la
tecla l mueve a la derecha, La tecla k a mueve hacia arriba y la tecla j mueve
hacia abajo
Las teclas de movimiento del cursor(flechas )también funcionan. Pero usando hjkl
podrá moverse mucho más rápido una vez que se acostumbre a ello.
Saliendo de vim
Para salir de vim, primero debemos verificar que estamos en modo normal, si no
está seguro oprima la tecla <Esc>, acto seguido escriba :q! <Enter>
Borrado de caracteres
ESCUELA DE
Para borrar caracteres es necesario ubicarse en el carácter a borrar y pulsar la

tecla <x>
Insertar texto
Para insertar texto estando en modo normal se debe pulsar la tecla <i>, para luego
agregar texto.
Borrado
Para borrar desde el cursor hasta el final de una palabra en modo Normal pulse
<dw>
Para borrar desde el cursor hasta el final de una línea en modo normal pulse <d$>
Para borrar una línea entera pulse en modo normal <dd>
Deshacer
Para deshacer acciones previas pulse <u>

Para deshacer todos los cambios de una línea pulse <U> (U mayúscula)
Para deshacer lo deshecho pulse <CTRL+R>(Guckes, 2013)
Lección 12: Introducción a SHELL .
Podemos considerar a la SHELL como un entorno de trabajo que permite al

usuario lanzar programas mediante órdenes que suelen formarse con el nombre
de un programa y un conjunto de opciones o parámetros. Por ejemplo los
comandos previamente descritos son programas que están dentro de bash.
(Parker, 1996)
Una SHELL incluye, además de la posibilidad de ejecutar programas, una serie de

comandos básicos para el manejo de los archivos y directorios del ordenador, así
como herramientas diversas para procesar la información presente en los
archivos.
La ventaja de trabajar directamente con la SHELL, en un terminal de texto, es la

flexibilidad y la posibilidad de automatizar tareas mediante scripts, pequeños
programas que incluyen varias órdenes y herramientas que permiten a aquellas
interactuar unas con otras. El precio que hay que pagar es la necesidad de
aprender un lenguaje para sacarle partido a la SHELL.
Por ejemplo, ante el problema de convertir 200 ficheros de imagen de formato

ESCUELA DE
tiff a formato jpg. ¿Cómo se haría con un programa basado en iconos y botones?
Repitiendo 200 veces una secuencia de movimientos y pulsaciones de ratón.
¿Cómo se haría en línea de comandos? Repitiendo 200 veces una orden similar a
convert fichero.tif fichero.jpg donde fichero se sustituye cada vez por el nombre de
un fichero.
Una posibilidad más inteligente es convertir la lista de tareas en un script.

Asumiendo que queremos transformar todos los ficheros tiff del directorio de
trabajo, el siguiente script realizará el trabajo eficientemente.
for i in $(ls *.tif);do

o=$(echo $i|sed ’s/tif/jpg/’);
convert $i $o;
done
Para facilitar la comprensión del script previamente mostrado hablaremos de cuál

es la función que cumple cada línea. La primera línea inicia un bucle y define
todos los ficheros de entrada i a los que se va a aplicar el contenido del bucle; la
segunda linea genera el nombre del fichero de salida (o) que corresponde a cada
fichero de entrada sustituyendo tif por jpg; la tercera linea ejecuta la
transformación mediante una llamada al programa convert y la cuarta cierra el
bucle.
sed
sed (stream editor) es un editor de texto no interactivo que transforma un texto

siguiendo una serie de instrucciones dadas por el usuario al inicio de la ejecución
del programa. (Parker, 1996)
La sintaxis de sed es la siguiente
sed [opciones] comando [archivo]
Al igual que bash, sed tiene muchas opciones que se salen del objetivo de este
documento, por lo tanto a continuación se muestran ejemplos de uso de sed
sed -n '/perro/p' archivo
la opción -n es “silenciosa”, esto quiere decir que no se imprimirán

automáticamente todas las líneas, '/perro/p' es el la palabra que se va a buscar en
archivo y va ser impresa 'p'.
ésta línea es muy útil para buscar en las salidas de los cálculos realizados.
sed 's/perro/gato/g' archivo

ESCUELA DE
esta linea substituye (s) cada vez que aparece la palabra 'perro' por la palabra
'gato' (g) en archivo.
sed 's/perro/ /g' archivo
esta linea substituye cada vez que aparece la palabra 'perro' por un espacio en
archivo.
AWK
AWK es un poderoso lenguaje utilizado para procesar archivos de texto, muy útil al
momento de procesar archivos de texto plano de gran extensión que están
estructurados, es decir, cuando cada línea contiene elementos separados por un
delimitador en específico, por ejemplo, este en este párrafo tenemos varios
delimitadores tales como espacios en blanco, comas y puntos. (Parker, 1996)
AWK fue escrito originalmente por tres desarrolladores A. Aho, B. W. Kernighan

and P. Weinberger, motivo por el cual se llama AWK.
La sintaxis de AWK es la siguiente:
awk -Fs '/patron/ {comandos}' archivo
-F indica el delimitador, por defecto el separador es la coma (,); Fs es espacio, el

patron es el texto a buscar, awk solo procesa las líneas que contengan 'patron',
entre corchetes van los comandos, que son las instrucciones sobre qué hacer con
las líneas que contengan 'patrón' en archivo.
A continuación se muestran pocos ejemplos del uso de awk.
awk '{ print $2 } archivo
imprime la segunda columna de archivo
awk '{ gsub(/rojo|morado|rosado/, "azul"); print}' archivo
substituye rojo, morado o rosado por azul en archivo

ESCUELA DE
Lección 13: Programas de modelamiento en química.
Gaussian. (Foresman, 1996)
Gaussian es uno de los programas más reconocidos a nivel mundial para realizar
modelamiento en química. Gaussian puede predecir energías, estructuras
moleculares, frecuencias vibraciones, propiedades moleculares de moléculas y
reacciones.
Para utilizar Gaussian, el usuario debe construir un archivo de entrada 'input' en el

cual se debe incluir la información necesaria para que el programa realice el
modelamiento. Para facilitar la construcción del input existen varios programas,
algunos gratuitos como avogadro, gabedit o macmolplot, otros pagos como
GaussView distribuido por el mismo fabricante del software.
Los archivos de entrada para gaussian son bastante amigables para ser
procesados manualmente (sin programa gráfico), al hacerlo manualmente el
investigador puede seleccionar los parámetros ideales para su modelamiento,
optimizar el uso de hardware entre otros factores.
Gamess (Gordon, 2013)
GAMESS (General atomic and molecular electronic structure system) es un

software utilizado para investigación en química computacional, al igual que
gaussian, hace uso de un archivo de entrada en texto plano en el cual se
especifica la naturaleza del trabajo a realizar , la geometría del sistema entre otras
opciones.
GAMESS puede realizar cálculos de estructuras de transición, coordenada de
reacción, frecuencias vibracionales y cálculos de otras propiedades moleculares.
La principal diferencia entre gamess y gaussian radica en que gamess es un

programa de uso gratuito, mientras la licencia para una sola máquina para usar
gaussian puede oscilar entre 1150 y 5000 dólares.
GAMESS ha sido diseñado con algoritmos robustos y permite adicionalmente al
usuario tener control detallado sobre su problema.
Mopac(Molecular orbital package) (Leszczynski, 2012)
Mopac es uno de los programas más usados para realizar cálculos semi-empiricos
gracias a su robustez y su amplio campo de acción. Al igual que Gaussian y
GAMESS, Mopac usa un archivo de entrada en texto plano donde se especifican
la naturaleza del cálculo y la geometría del sistema entre otras opciones. Las
primeras versiones de mopac eran de distribución libre o bajo costo. Actualmente
existen versiones gratuitas, pero tienen limitaciones respecto a las pagas
relacionadas con el tamaño de los sistemas a modelar.
ESCUELA DE
Dentro de las utilidades de mopac están los cálculos de optimización de

geometrías, constantes de simetría, cálculos de estado de transición, cálculo de
frecuencias entre otras.
Lección14: Modelamiento en química.
En la presente lección se explica superficialmente como realizar trabajo

investigativo haciendo uso de las herramientas computacionales sin hacer
cálculos, es decir, está centrada en la metodología a seguir para poder obtener
resultados óptimos dependiendo de la naturaleza del problema.
Para comenzar es necesario determinar qué es lo que se quiere conocer del

sistema, que tan precisa se desea la respuesta, que tanto tiempo se dispone, que
aproximaciones van a ser usadas y que tanto afectan el resultado y que tanto
recurso computacional dispongo.
Saber que se quiere conocer del sistema es vital para la selección del método,
pues no todos los métodos son aptos para responder cualquier problema.
A diferencia de otras ramas de la química, al reproducir sistemáticamente un

cálculo, se obtendrán las mismas respuestas, por lo tanto, en química
computacional el error se estima comparando los resultados respecto a cálculos
con menos aproximaciones o con valores experimentales.
En un mundo ideal, el investigador podría indicarle al PC que solucione la

ecuación de Schrödinger para cualquier sistema molecular y obtener los
resultados al instante. Lamentablemente como se muestra en el siguiente capítulo,
es imposible resolver la ecuación de Schrödinger para cualquier sistema diferente
a los mencionados previamente. Por consiguiente es necesario que el
investigador determine que método es el más adecuado para su investigación
teniendo en cuenta la precisión requerida para obtener resultados adecuados y el
tiempo de uso de máquina disponible.
Otro criterio importante a tener en cuenta son las aproximaciones que contiene
cada método. Por ejemplo, si se quiere hacer un cálculo de un sistema que posee
vibraciones inharmonicas con una aproximación armónica, pues los resultados no
dirán nada del sistema de interés o llevarán al investigador a conclusiones
erróneas.
Una vez seleccionados los parámetros descritos anteriormente se puede

comenzar a realizar los cálculos necesarios, pero es recomendable utilizar algún
sistema sencillo diferente al de nuestra investigación para “lanzar” los primeros
cálculos, pues como es natural en cualquier proceso de aprendizaje los cálculos
ESCUELA DE
pueden fallar y es mejor resolver esas dificultades con sistemas simples, pues de
esa forma no se pierde demasiado tiempo.
Lección 15: Unidades Atómicas
Para facilitar los calculos necesarios para aplicar la mecánica cuantica a sistemas
de interes quimico se recomienda usar un sistema de unidades diferentes a los
usados en otras áreas de la química. Este sistema de unidades es denominado
sistema de unidades atómicas. En este sistema el valor de \hbar, m_e y -e tienen
el valor numérico de 1. El hamiltoniano del hidrógeno expresado en unidades
atómicas es:
Donde la distancia (r) tiene unidades atómicas)
Los valores energéticos como
Las equivalencias más útiles en el desarrollo del curso se expresan a continuación
Generalmente los programas computacionales usan este sistema de unidades, por

lo tanto es importante que el estudiante tenga claridad sobre cuáles son las
unidades que está utilizando para poder hacer correctamente las comparaciones
requeridas.
Cantidad CGS Unidades atómicas

Masa me=9.109534x10-28 g 1
Distancia a0=0.52917706x10-10 m 1 Borh
Energía E=4.359814x10-18J 1 Hartree
=27.21161ev
=627.503 Kcal
Carga 1.6021892x 10-19 coulombs -1
Momento angular ℏ 1
Tabla 1 Unidades Atómicas.
ESCUELA DE
FUENTES DOCUMENTALES DE LA UNIDAD 1
Foresman, J. (1996). Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsurgo: Gaussian
Inc.
Gordon, M. e. (02 de 10 de 2013). GAMESS. Recuperado el 02 de 11 de 2013, de Sitio web de

GAMESS: http://www.msg.ameslab.gov/gamess/
Guckes, S. (15 de 10 de 2013). Vim. Recuperado el 15 de 10 de 2013, de Sitio Web de Vim:

http://www.vim.org/6k/features.es.txt
Hayward, D. (2002). Quantum Mechanics For Chemist. Bristol: RSC.
Ivanov, S. (2006). Theoretical and Quantum Mechanics, Fundamentals for Chemist. Dordrecht:
Springer.
Leszczynski, J. (2012). Handbook of Computational Chemistry. Berlin: Springer Science+Bussiness

Media.
Levine, I. (2000). Quantum Chemistry. New Jersey: Prentice Hall.
Lewars, E. (2011). Computational Chemistry, Introduction to the Theory and Aplications of

Molecular Quantum Mechanics. Berlin: Springer Science+Business.
ESCUELA DE
Lowe, J. (2005). Quantum Chemistry. San Diego: Elsevier.
Mc Mahon, D. (2006). Linear Algebra Demystified. New York: Mc Graw Hill.
McMahon, D. (2006). Quantum Mechanics Demystified. New York: Mc Graw Hill.
Parker, T. (1996). Linux System Administrator's Survival Guide. New York: Sams Publishing .
Ramachandran, K. (2008). Computational Chemistry And Molecular Modeling, Principles and

Aplications. Berlin: Springer.
Szabo, A., & Oslund, N. (1996). Modern Quantum Chemistry: Introduction to Advanced Electronic
Structure Theory . Mineola: Dover Publications.
ESCUELA DE
UNIDAD 2
Nombre de la Unidad MÉTODOS EN QUÍMICA COMPUTACIONAL

Introducción En la presente unidad se ilustran algunas de las
metodologías más usadas en la química
computacional teniendo en cuenta las fortalezas y
debilidades que cada método.
Justificación Para que el estudiante pueda hacer uso adecuado de
las herramientas computacionales, es necesario que
conozca las características, ventajas y desventajas de
utilizar diferentes métodos para modelar fenómenos
de interés químico.
Intencionalidades Conocer el fundamento conceptual de los métodos
Formativas construidos para modelamiento en química
Reconocer que los métodos computacionales son

aproximaciones a la realidad.
Aprender a seleccionar adecuadamente los métodos

necesarios para desarrollar investigación usando
métodos computacionales.
Conocer las ventajas y desventajas de cada método

computacional.
Identificar la relación costo-beneficio para llevar a

cabo su proyecto.
Denominación de Capítulo 4- Mecánica Molecular

capítulos Capítulo 5-Estructura Electrónica
Capitulo 6-GAMESS
ESCUELA DE
CAPÍTULO 4: Mecánica Molecular
LECCIÓN 16: FUNDAMENTOS DE LA MECÁNICA MOLECULAR.
Los métodos de mecánica molecular (MM) describen las moléculas como un

conjunto de esferas cargadas unidas por resortes. Bajo este marco no se tienen
en cuenta explícitamente los electrónes de cada átomo, motivo por el cual no debe
ser usado para estudiar procesos que involucren creación o rompimiento de
enlaces químicos. Sin embargo, al no tener en cuenta los electrones
explícitamente se puede utilizar para determinar los cambios en la energía
potencial de sistemas moleculares. (Ramachandran, 2008)
Los cambios en energía potencial están asociados a cambios en la posición de las

esferas y modificaciones en la longitud de los resortes.
La energía potencial de una molécula se describe como
La energía asociada al elongamiento del enlace es proporcional al cuadrado de la

diferencia entre la longitud de equilibrio y la longitud del enlace cuando es
estirado multiplicado por una constante de proporcionalidad.
Análogamente, la energía asociada al doblamiento de ángulo plano es similar a la

energía de elongación, pues es el cuadrado de la diferencia entre el ángulo de
equilibrio y el ángulo cuando es modificado multiplicado por una constante de
proporcionalidad asociada a dicho fenómeno.
El ángulo de torsión se describe como el ángulo que forma el segmento ab con el

segmento cd visto a través de bc. Las modificaciones del ángulo de torsión son
ESCUELA DE
mucho más complicadas que las vistas anteriormente, y se representan como

combinaciones de funciones seno y coseno multiplicadas por un factor de
proporcionalidad.
Finalmente los términos de no enlace hacen referencia a las interacciones

electrostáticas entre átomos que no están enlazados directamente.
LECCIÓN 17: CAMPO DE FUERZA
Un campo de fuerza en mecánica molecular hace referencia al conjunto de

ecuaciones utilizadas para describir cada uno de los términos previamente
mencionados así como de su parametrización. En la lección anterior se explicó la
naturaleza de cada uno de los términos, más no como son explícitamente.
El fundamento de los campos de fuerza radica en las pequeñas variaciones de los

parámetros estructurales de moléculas compuestas por átomos similares, por
ejemplo, la mayoría de los enlaces C-H tienen una longitud de enlace alrededor de
1.08 Angstroms y al tomar espectros infrarrojos de diferentes moléculas con estos
enlaces, las vibraciones asociadas al elongamiento del enlace son cercanas a los
3000cm-1.
Esta idea es introducida en los campos de fuerza al categorizar los átomos en

tipos de átomo, por ejemplo, un tipo de átomo puede ser un átomo de carbono con
hibridación sp3, otro tipo puede ser un átomo de carbono con hibridación sp3
unido a un carbono con hibridación sp.
Las constantes asociadas a cada termino son obtenidas a partir de datos

experimentales o calculados usando metodologías en las cuales se incluyen
explícitamente los electrones.
El conjunto de moléculas seleccionadas para parametrizar el método determina su
rango de aplicación, por ejemplo, si el conjunto de moléculas seleccionados está
conformado por alquenos, es de esperarse que el campo de fuerza pueda
describir adecuadamente otros alquenos, pero no sea adecuado para estudiar
proteínas o ADN.
Dentro de los campos de fuerza encontramos algunos que son parametrizados

para ser específicamente utilizados en el estudio de proteínas y ácidos nucleicos,
como otros más generales parametrizados con gran variedad de moléculas
orgánicas e inorgánicas.
Para acelerar los cálculos algunos campos de fuerza no incluyen la mayoría de

átomos de hidrógeno explícitamente, sino como una modificación del
ESCUELA DE
comportamiento del átomo al cual están unidos, es decir, para modelar un metilo (-
CH_3) se usa el parámetro que describe todo el metilo en los parámetros de los
tres enlaces C-H. Esta aproximación es muy utilizada para estudiar biomoleculas.
La mayoría de investigadores utilizan campos de fuerza parametrizados por

desarrolladores, a continuación se muestran algunos de los campos de fuerza más
utilizados y sus características fundamentales.
La familia de métodos MM desarrollados por allinger son útiles para describir

sistemas de moléculas orgánicas pequeñas que contengan carbonos sp2, sp3,
carbocationes , carbonilos, carboxilos y cicloalcanos.
AMBER inicialmente fue un campo de fuerza parametrizado para moléculas

orgánicas en general y ha sido utilizado ampliamente para modelar proteínas,
aminoácidos y polímeros.
CHARM ha sido usado para gran variedad de sistemas, desde moléculas

pequeñas, hasta simulaciones de sustancias de interés biológico en medio
acuoso.
MMFF fue diseñado para modelar sistemas de importancia farmacológica, al igual

que los campos de fuerza anteriores tiene un amplio espectro de acción, desde
alcanos simples hasta membranas biológicos. (Young, 2001)
Lección 18. Aplicaciones de los métodos de mecánica molecular
Algunas de las principales aplicaciones de los métodos de mecánica molecular

incluyen obtener geometrías que faciliten los cálculos de estructura electrónica
para hacerlos más económicos computacionalmente, obtener energías para
sistemas medianos y pequeños, calcular las estructuras de moléculas de
importancia biológica, tales como proteínas.
Actualmente el mayor uso de los métodos de mecánica molecular es brindar

geometrías pre optimizadas para cálculos de mayor nivel de complejidad, estas
optimizaciones se hacen fácilmente desde los programas en los cuales se
construyen las moléculas, tales como avogadro entre otros.
También pueden ser utilizados para estudiar fenómenos químicos en los cuales no
se crean ni se rompen enlaces, tales como las rotaciones y cambios
conformacionales. Por ejemplo la barrera rotacional del etano y los cambios
conformacionales del ciclohexano.
Usar la campos de fuerza para moléculas orgánicas entre 1 y 100 átomos es

eficiente computacionalmente, pues se obtienen buenos resultados,
energéticamente hablando, y el tiempo de cálculo es 10 veces inferior comparado
ESCUELA DE
con métodos más complejos. Además de predecir buenas geometrías y energías,

los métodos de mecánica molecular pueden predecir Energías de formación con
errores cercanos a 0.1 Kcal/mol. (Ramachandran, 2008)
Lección 19. Geometrías y espectros vibracionales calculados usando mecánica

molecular.
Como mencionamos anteriormente las geometrías obtenidas por los campos de

fuerza son bastante buenas, a continuación realizamos una comparación
minuciosa entre los resultados obtenidos por mecánica molecular, resultados
experimentales y resultados de cálculos de estructura electrónica.
Imagen 3 Diferencias en distancias y ángulos de algunas moléculas orgánicas (Lewars, 2011)
En principio cualquier método puede calcular frecuencias vibracionales, que son

obtenidas como la derivada de la energía respecto a la posición y la masa de los
átomos que vibran.
Las frecuencias permiten identificar mínimos, estados de transición y predecir

espectros infrarrojos.
Aunque como se menciona durante el desarrollo del presente capítulo, los cálculos
realizados con campos de fuerza son utilizados para pre optimizar geometrías que
ESCUELA DE
posteriormente serán utilizadas en cálculos de mayor complejidad, ellos también

pueden brindar información para identificar el estado de transición de un estado
basal, por ejemplo, predicen adecuadamente que la conformación eclipsada del
etano es un estado de transición, mientras que la conformación alternada es un
estado basal.
Aunque los métodos basados en MM no tengan en cuenta los electrones, pueden

estimar las energías asociadas y las intensidades relativas de las vibraciones
moleculares. Pese a que los métodos de mayor nivel de teoría simulan mejor un
espectro infrarrojo, los espectros simulados con MM se obtienen rápidamente
permitiendo procesar gran cantidad de moléculas para determinar una tendencia.
(Lewars, 2011)
LECCIÓN 20: CÁLCULOS Y CONSIDERACIONES COMPUTACIONALES.
Los cálculos usando mecánica molecular son fáciles de realizar usando programas
con interfaz gráfica, el problema radica en saber que tan confiables son los
resultados.
Por ejemplo, las diferencias energéticas entre dos conformeros y las distancias de
enlace son confiables.
La principal ventaja de los métodos MM radica en permitir obtener información de

moléculas de gran tamaño con pocos recursos computacionales, debido a esto es
que MM es ampliamente utilizado por los bioquímicos computacionales para
modelar sistemas tales como proteínas, enzimas, péptidos, ADN entre otras
moléculas.
Las desventajas de MM se deben fundamentalmente a no considerar los

electrones explícitamente, por lo tanto no se pueden estudiar sistemas que
involucren rompimientos y formaciones de enlaces, no brinda información acerca
de los orbitales moleculares, indicar que un mínimo local es un mínimo global,
entre otras.
Se recomienda para hacer buen uso de MM seleccionar campos de fuerza que

hayan sido parametrizados para sistemas análogos al que se va a estudiar.
(Young, 2001) (Lewars, 2011)
ESCUELA DE
CAPITULO 5: MÉTODOS DE ESTRUCTURA ELECTRÓNICA
Introducción
Para hacer una mejor descripción de los fenómenos químicos tales como la
formación y rompimiento de nuevos enlaces es necesario tener en cuenta los
electrones.
Hasta el momento solo se ha realizado un análisis incluyendo los electrones

explícitamente para sistemas atómicos, en el presente capítulo se abordan las
teorías y métodos que permiten realizar cálculos de estructura electrónica para
sistemas moleculares.
Lección 21: Método de Hückel
Con el fin de hacer una introducción a los métodos empleados en la química

computacional, se explicará detalladamente la teoría orbital molecular vista desde
el método de Hückel, en el cual se utilizan herramientas matemáticas similares a
las que se usan en métodos computacionales más complejos.
En el método de Hückel solo se tienen en cuenta los orbitales moleculares pi, el

hamiltoniano para el sistema insaturado se escribe como
Donde
El primer término da cuenta de la energía cinética del electrón y el segundo

término da cuenta de la energía potencial resultado de la interacción entre el i-
esimo electrón pi con el resto de electrónes sigma y núcleos de la molécula.
(Hayward, 2002)
Al expresar el hamiltoniano como una sumatoria, podemos expresar la función de

ESCUELA DE
onda para los orbitales pi como el producto de orbitales moleculares pi
donde la solución para cada uno de los problemas de valores propios es :
donde Ei es la energía asociada al i-esimo orbital molecular i.
Como vimos en el capitulo anterior al tener en cuenta el teorema variacional se

pueden escribir las soluciones como matrices
En el método de Hückel, las integrales Hii tienen un valor de alfa. En el caso de las
integrales Hij existen dos valores posibles, 0 y beta; 0 para átomos no vecinales y
beta para átomos vecinos.
Los valores de los índices en las integrales son los números asignados al ordenar
la molécula.
A continuación se ilustra el proceso para usar el método de Hückel para

determinar las energías y los coeficientes para el etano.
Usando la aproximación de Hückel solo se tienen en cuenta los electrónes pi.
La función de onda aproximada desde teoría de la para los electrónes pi esta

constituida por la combinación lineal de dos orbitales p, uno de cada carbono.
Al hacer actuar el operador sobre la función de onda y usando el teorema

variacional obtenemos las siguientes ecuaciones
Para hallar los valores de energía y los coeficientes se utiliza el método de

determinantes. Para que los valores de los coeficientes sean diferentes de cero, el
ESCUELA DE
determinante debe ser igual a cero. (Mc Mahon, 2006)
Al usar las propiedades previamente descritas, el nuevo determinante es:
Al reescribir el determinante se obtiene:
Las energías son:
Los coeficientes son obtenidos de
Obteniendo dos posibles soluciones: c1=c2 con energía E=α+β (orbital enlazante)
y c1=-c2 con energía E= α-β (orbital antienlazante).
Al tener en cuenta solamente los electrones pi, las descripciones de las moléculas
son bastante pobres, pero bastante útiles para hacer descripciones cualitativas
sobre moléculas conjugadas.
ESCUELA DE
Lección 22: Teorema Variacional y Aproximación Born-Oppenheimer
Teorema Variacional
El teorema variacional nos permite conocer la calidad de los resultados obtenidos

al utilizar una versión aproximada de la función de onda.
El valor esperado de la energía calculado a partir de una función de onda

expresada por combinación de otras funciones de onda será siempre superior a la
energía hallada usando la función de onda.
Para verificar el teorema variacional partimos de expresar la función de onda como

la combinación lineal de funciones de onda
Al normalizar la función de onda se obtiene
El valor esperado de la energía es por lo tanto

ESCUELA DE
En el caso particular de la química, se buscan combinaciones lineales de

funciones de onda que al usarse para obtener el valor esperado de energía sea lo
más cercano posible a la energía de la función de onda del sistema.
Para funciones de onda no normalizadas
Para facilitar la escritura se usa la siguiente nomenclatura para las integrales
Las soluciones al hacer actuar el operador hamiltoniano sobre la combinación

lineal de funciones de onda se pueden expresar como:
De las ecuación anterior conocemos las integrales (S y H) pero se desconocen

los valores de la energía y de los coeficientes.
Para hallar los valores de los coeficientes asociados a los valores mínimos de
energía se debe derivar respecto a cada uno de los coeficientes asociados.
Después de ese procedimiento, la ecuaciones lineales subsecuentes se pueden

expresar como (Szabo & Oslund, 1996)
ESCUELA DE
donde H y S son matrices cuadradas, E es un valor numérico y c es un vector

columna.
Las integrales S solo pueden tomar los valores 1 y 0 en el presente método, por lo
tanto tendremos una matriz identidad, al multiplicar la matriz por el escalar
obtenemos la una matriz diagonal.
El nuevo sistema de ecuaciones por lo tanto es
Aproximación Born-Oppenheimer.
Como se resalta en el capítulo de mecánica molecular, incluir implícitamente los

electrones no permite estudiar la mayoría de los fenómenos químicos
adecuadamente, específicamente los que involucran ruptura y formación de
enlaces.
Para sistemas compuestos por más de un átomo es necesario hacer uso de otra
aproximación denominada ''aproximación de núcleos anclados'' o aproximación
Born-Oppenheimer.
El fundamento de la aproximación radica en la diferencia de entre las masas de

los núcleos y los electrones, como consecuencia los electrones pueden reaccionar
instantáneamente a los cambios en las posiciones de los núcleos. En lugar de
resolver la ecuación de Schrödinger para todas las partículas simultáneamente,
son fijados los núcleos en una posición y se resuelve la ecuación, así que para
cada posición de los núcleos obtendremos distintas soluciones de la ecuación de
Schrödinger.
Un ejemplo sencillo de la aplicación de la aproximación es el ión molecular de

hidrógeno H⁺H. El hamiltoniano para este sistema deberá tener en cuenta los
términos debidos a las energía cinética del electrón, de los núcleos, la energía de
interacción entre los núcleos y cada uno de ellos con el electrón.
Si tenemos en cuenta la aproximación Born-Oppenheimer se eliminan los términos

ESCUELA DE
asociados a la energía cinética de los núcleos, como consecuencia, el potencial de

interacción entre los núcleos se convierte en una constante. Por lo tanto solo será
necesario resolver la ecuación para los electrones. (Szabo & Oslund, 1996)
ESCUELA DE
Lección 23: Método Hartree-Fock
Usando las aproximaciones vistas hasta este punto del curso (aproximación
monoelectronica y aproximación Born-Oppenheimer) podemos resolver la
ecuación de Schrödinger para sistema moleculares con más de un electrón.
Con el fin de facilitar el análisis de los resultados obtenidos al usar estos métodos,
serán expresados en unidades atómicas. La unidad de medida para la distancia
en unidades atómicas es el Bohr, previamente definido, y la energía en hartrees,
que se define como:
Desde la aproximación Born-Oppenheimer se observa que la función de onda

depende paramétricamente de las coordenadas de los núcleos y que el
hamiltoniano electrónico incluye los términos de energía cinética para los
electrones, la energía potencial de interacción entre los núcleos y los electrones y
finalmente, la energía potencial de interacción entre los electrones.
Si eliminamos ese término (aproximación monoelectrónica) el operador puede ser

expresado como la suma de operadores monoelectrónicos. Y como se mostró en
sistemas polielectrónicos, la función de onda puede expresarse como un
determinante de Slater, construido por funciones de onda monoelectrónicas
denominadas espín-orbitales.
A diferencia del operador monoelectrónico, el operador de Fock incluye un término

adicional que da cuenta del potencial experimentado por un electrón debido a la
presencia del resto de electrones.
La Ecuación de valores propios para el operador de Fock actuando sobre cada

espín orbital se denomina ecuación de Hartree-Fock.
El potencial de Hartree-Fock (último término del operador de Fock) depende de los

espín orbitales de los otros electrones, por lo tanto la ecuación de Hartree-Fock
ESCUELA DE
debe ser solucionada iterativamente, motivo por el cual se denomina el método

como HF-SCF.
Para resolver la ecuación iterativamente se parte de unos valores iniciales de

espín orbitales para hallar el valor del potencial, con ese valor de potencial se
resuelve la ecuación de Hartree-Fock para obtener un nuevo conjunto de espín
orbitales, ahora con ese conjunto de espín orbitales se calcula nuevamente el
potencial. El procedimiento se repite hasta que no hayan cambios considerables
tanto en el campo como en las funciones.
La solución a las ecuaciones de Hartree-Fock permite obtener un conjunto de

espín-orbitales ortonormales con energías épsilon. El determinante de Slater
construido con el nuevo conjunto de espín orbitales es la mejor aproximación
variacional a la función de onda.
Usando el teorema variacional, los espín orbitales pueden expresarse como la

combinación lineal de un conjunto de funciones base. Al hacer actuar un conjunto
de operadores de Fock sobre la combinación lineal de funciones base obtenemos
un conjunto de matrices para conocer los valores de los coeficientes de cada una
de las funciones base usadas para representar los espín orbitales. (Levine, 2000)
ESCUELA DE
Lección 24: Conjunto de Funciones Base.
Para representar los orbitales atómicos (AO) se usan orbitales tipo Slater(STO) y
orbitales tipo gaussian(GTO). Los STO describen mejor la forma de los orbitales
atómicos que los GTO, pero los GTO son más económicos al ser usados en
cálculos de química computacional. De hecho, es mucho más rápido calcular
varios orbitales GTO y combinarlos para expresar un orbital atómico, que calcular
un solo STO, motivo por el cual se usan comúnmente GTO para describir STO,
que a su vez son usados para describir orbitales atómicos. (Ramachandran, 2008)
(Young, 2001)
Existen diferentes conjuntos de funciones base usados para hacer la

representación de los orbitales atómicos y moleculares, a continuación se ilustran
algunos de los conjuntos base más usados.
Base mínima.
Estas funciones bases utilizan solamente un STO para describir cada AO. STO-nG
(n=2,...,6) significa que se usan n GTO para describir un STO (zeta
sencillo).Usualmente usar menos de 3 GTO produce una mala descripción del
STO, es por esto que STO-3G es denominada como base mínima.
Los resultados obtenidos usando base mínima son cualitativos.
Valencia dividida.
Este tipo de funciones se denominan bases de Pople, reciben ese nombre debido
a que permiten utilizar diferentes cantidades de funciones base para los electrones
de capa interna y para los de capa externa
Las bases de Pople se escriben como K-LMG donde K indica el número de GTO
tipo sp para los electrones de capa interna, L el número de GTO tipo s-p para la
capa interna de valencia, M el número de GTO tipo s-p para la capa externa de
valencia y G que se usan orbitales GTO.
Algunas de las funciones bases más usadas para moléculas orgánicas son:3-21G,
4-31G, 4-22G,
6-21G, 6-31G, 6-311G (6 GTO para electrones de capa interna, 3 GTO para
electrones de capa interna de valencia, 2 diferentes GTO para la capa externa de
valencia).
Las bases de Pople pueden modificarse para describir fenómenos en los cuales
los AO son afectados por campos externos. La polarización se agrega como * o ( ).
Por ejemplo una base 3-21* o 3-21(d) incluye funciones tipo d para átomos
ESCUELA DE
diferentes al hidrógeno. Otro ejemplo es la base 3-21** o 3-21(d,p) que incluye

además de funciones d para átomos diferentes al hidrógeno, funciones p para el
hidrógeno.
Otra forma de modificar las bases de Pople es incluir funciones difusas, estas
funciones permiten describir adecuadamente electrónes alejados del núcleo, por
ejemplo en aniones, estados excitados o átomos con pares electrónicos libres.
Las funciones difusas se agregan como +; un más agrega funciones difusas para
átomos diferentes al hidrógeno, y dos para todos los átomos.
Las funciones de base previamente descritas son optimizadas para cálculos HF y

como consecuencia de esto, no son las más adecuadas para realizar cálculos
donde se tiene en cuenta la correlación.
Thom Dunning desarrolló otros conjuntos de funciones base indicadas como cc-
pV-XZ donde cc indica que la función base es correlacionada, pV indica que es
polarizada, XZ indica cuantas funciones base se usan para describir la capa de
valencia(X=D para doble valencia, T para triple valencia y Q para cuádruple
valencia.)
Al igual que en las bases de Pople, se pueden agregar funciones difusas, en ese
caso la base es antecedida por aug-. Por ejemplo la base aug-cc-pVTZ incluye
funciones difusas.
ESCUELA DE
Lección 25: Métodos post-Hartree-Fock
El mayor problema del método HF-SCF es incluir la interacción entre electrones de

forma parcial, como la interacción entre un electrón y el campo generado por los
otros electrones y no la interacción entre un electrón y otro electrón. Por este
motivo el método Hartree-Fock es un método no correlacionado.
La correlación puede ser agregada a la función de onda HF describiendo dicha
correlación dentro del marco de la teoría perturbativa. Dentro de este marco, La
función de onda HF y la energía asociada es considerada como una perturbación
de primer orden, por lo tanto las correcciones a la energía y a la función de onda
asociadas a la correlación comienzan a partir de las perturbaciones de segundo
orden, denominado MP2. (Young, 2001)
A diferencia de HF, los métodos perturbativos no son variacionales, es decir, no

por incluir más funciones de onda o más perturbaciones se acercará a la energía y
a la función de onda real del sistema.
Otro de los métodos para incluir la correlación es el denominado método de

Interacción de Configuraciones o CI.
La idea fundamental de CI es que se puede mejorar la función de onda obtenida

del método HF agregando términos que den cuenta de la excitación de electrones
de espín-orbitales ocupados a espín orbitales vacíos. Esta mejora en la función de
onda se traduce en una disminución en la energía calculada.
Aunque los cálculos CI son muy precisos su costo computacional es N⁸ donde N

es el número de electrones, motivo por el cual es muy costoso
computacionalmente.
Los métodos CI son nombrados de acuerdo a la cantidad de excitaciones usadas

para mejorar la función de onda. Si solo un electrón fue excitado, se denomina
CIS, si son dos CISD.
Un Full CI o cálculo de interacción de configuraciones completo incluye todas las

excitaciones posibles usando un conjunto inmenso de funciones base, que como
consecuencia, permite obtener el valor energético cuántico exacto. Normalmente
este tipo de cálculos no se usa, pues su costo computacional es demasiado
grande.
La idea fundamental de la teoría funcional de la densidad (DFT) es que la energía

de las moléculas puede determinarse a partir de la densidad electrónica en lugar
de la función de onda. Inicialmente la teoría de DFT , planteada por Hoemburg y
Kohn, solo era aplicada para hallar el estado fundamental de las moléculas. La
generalización de esta teoría fue realizada por Kohn y Sham, quienes formularon
ESCUELA DE
un método similar a HF. (Young, 2001)
En su formulación, la densidad electrónica es expresada como la combinación

lineal de funciones base, denominadas orbitales de Konh-Sham. Estos orbitales
son usados para construir determinantes de los cuales se obtiene la densidad
electrónica que luego es usada para determinar la energía.
La ventaja del método DFT sobre HF es la inclusión de la correlación con un costo

computacional igual al de HF, motivo por el cual es actualmente ampliamente
utilizado para estudiar sistemas orgánicos e inorganicos.
ESCUELA DE
CAPITULO 6: GAMESS
Introducción
GAMESS es uno de los programas gratuitos más robusto para realizar cálculos de
estructura electrónica para sistemas moleculares. En el presente capítulo se dan
las instrucciones básicas necesarias para que el estudiante pueda hacer un uso
adecuado del programa.
Lección 26: CONSTRUCCIÓN DE SISTEMAS MOLECULARES
Para poder realizar cualquier cálculo es necesario ingresar una serie de

parámetros que describan la geometría de la molécula a estudiar, por ejemplo, las
distancias de los enlaces en angstroms y los ángulos de enlace en grados; al
describir el sistema usando dichos parámetros se dice que se usaron coordenadas
internas, pues solamente describen los movimientos internos de la molécula sin
tener en cuenta los efectos generados por la translación o rotación del sistema. El
conjunto de estos parámetros se denomina Matriz-Z.
En la matriz Z la ubicación de un átomo se define a partir de la ubicación de un

átomo anterior. En la primera columna se indican los átomos que conforman el
sistema, la segunda columna indica a cual átomo está unido, la tercera columna
indica la distancia entre los dos átomos, la tercera columna indica con cual átomo
los dos átomos anteriores forman un ángulo plano, la cuarta columna muestra el
valor de ese ángulo plano, la columna cinco indica con cual átomo los tres átomos
anteriores forman un ángulo dihedro, y finalmente la última columna incluye el
valor del ángulo dihedro.
Para ilustrar los conceptos mencionados se utiliza como ejemplo la matriz-z del
metano.
C
H 1 1.07000
H 1 1.07000 2 109.47100
H 1 1.07000 2 109.47128 3 240.00003
H 1 1.07000 2 109.47135 3 120.00010
Quizá el termino más complejo para visualizar es el ángulo dihedro, ese ángulo
hace referencia al ángulo que existe entre dos planos, por ejemplo, el valor de
240.0003 en la cuarta fila y séptima columna indica el ángulo formado entre los
planos formados por los átomos 1,4 y 2,3 vistos a través de los átomos 4y 2.
ESCUELA DE
Otra posibilidad es representar la geometría de la molécula usando una matriz

cartesiana, la cual contiene las coordenadas cartesianas de cada átomo respecto
a un punto en el espacio. Por ejemplo la matriz mostrada a continuación es la
representación cartesiana de la matriz-Z mostrada en el ejemplo anterior.
C -2.31021 1.36676 -0.00000

H -1.24021 1.36676 -0.00000
H -2.66687 0.89760 -0.89307
H -2.66688 2.37476 0.04023
H -2.66688 0.82792 0.85284
la primera columna contiene el listado de los átomos, la segunda el valor de la

coordenada x, la tercera el de la coordenada y la cuarta el de la coordenada z.
Pero construir tanto la matriz-z como la matriz cartesiana de una molécula de gran
tamaño es bastante complejo. Para facilitar la construcción existen programas que
permiten construir dichas matrices a partir de un modelo molecular de fácil
construcción. (Levine, 2000)
Para el desarrollo operativo del curso se usará el programa gabedit, que además
de permitir la construcción de los sistemas moleculares, permite generar los
archivos de parámetros iniciales (inputs) para GAMESS.
Lección 27: Gamess
GAMESS
El programa que se utiliza en este curso para determinar la estructura, energía y

otras propiedades asociadas a las moléculas es el paquete computacional
GAMESS. Para realizar cálculos en GAMESS es necesario construir un archivo de
entrada, o “input”, ese archivo debe tener :
• La geometría de la molécula, ya sea en coordenadas espaciales o en

matriz-z.
• El tipo de cálculo a realizar (optimización de geometría, punto sencillo,

frecuencias, entre otros)
• Que método computacional va a ser utilizado (generalmente entre más

“preciso” sea el método mayor va a ser el tiempo computacional).
• Cual conjunto base va a ser utilizado. A mayor tamaño de conjunto base,

mayor es el costo computacional.
ESCUELA DE
El archivo de entrada de GAMESS está organizado en secciones llamadas grupos.

Los grupos más importantes son:
• $CONTROL : indica el tipo de cálculo a realizar.

• $BASIS : indica el conjunto base a usar.
• $DATA : Provee la geometría molecular.
Dentro de cada grupo las instrucciones son organizadas usando palabras clave
“Keywords” las cuales son seleccionadas de acuerdo al calculo que se vaya a
realizar. Algunas palabras claves son seleccionadas por defecto, es decir, si no se
indica el parámetro, el programa asigna dicha palabra clave.
$CONTRL
Algunas de las palabras clave dentro del grupo $CONTRL son:
• ICHARG especifica la carga del sistema
• MULT especifica la multiplicidad del sistema
• UNITS especifica las unidades de las coordenadas usadas para
construcción del sistema molecular. El valor por defecto es angstroms.
• COORD Especifica el sistema de coordenadas usado en $DATA.
• RUNTYP especifica el tipo de cálculo. Los más comúnmente usados
son:
• Energy – cálculo de punto sencillo.
• Optimize – cálculo de optimización de geometría.
• Hessian – cálculo de frecuencias y propiedades
termodinámicas.
• Sadpoint – cálculo de estado de transición.
• IRC – cálculo de coordenada intrínseca de reacción.
• NMR -Cálculo para conocer las propiedades de NMR
$SCFTYP especifica el tipo de función de onda a usar, entre las opciones están
• RHF Cálculo HF para capa cerrada (valor por defecto)
• UHF Cálculo HF para capa abierta(para sistemas iónicos y
radicalarios)
• ROHF Cálculo HF para capa abierta restringida.
• DFTTYP permite seleccionar el tipo de funcional a usar si se
hace un cálculo DFT. Mayor información sobre el funcional es
incluida en $DFT. El valor por defecto es =NONE.
• MPLEVL Especifica el nivel de teoría de la perturbación a usar
una vez finalice el SCF.
= 0 sin perturbación (valor por defecto)
ESCUELA DE
= 2 Realiza la corrección por perturbación al segundo orden. MP2 está

implementado para RHF, UHF,ROHF entre otros.
$BASIS
El grupo base simplemente especifica la el conjunto de funciones base a usar.

$DATA
En el grupo data se especifica la geometría del sistema molecular en ya sea en

coordenadas cartesianas o en matriz-z y la simetría de la molécula.  (Gordon,
2013)
Lección 28: Gabedit
Gabedit es una interfaz gráfica para los programas de química computacional

Gamess, Gaussian, Molcas, Molpro y MPQC. Incluye herramientas gráficas para
generar archivos de entrada, geometrías y otras opciones necesarias para realizar
cálculos computacionales. Gabedit incluye un constructor de moléculas grafico
que facilita la construcción de las moléculas y permite examinarlas en tres
dimensiones.
Adicionalmente permite visualizar los resultados gráficamente de orbitales
moleculares, superficies de densidad electrónica, potencial electrostático, IR,
RAMAN, entre otras propiedades. (Allouche, 2007)
Construcción de una molécula sencilla
En el menú principal de Gabedit, se selecciona geometría/dibujar o se hace click

sobre el ícono dibujar geometría.
Imagen 4 Menu Gabedit
Una vez construida la geometría se da click sobre el botón GAMESS.

ESCUELA DE
Imagen 5 Botón Gamess para construir el archivo de entrada
Al darle click se despliega el siguiente menú.
Imagen 6 Menu Gamess en Gabedit
Donde se puede seleccionar el tipo de cálculo, la cantidad de iteraciones

permitidas, las funciones base entre otras opciones.
Una vez construido el input, desde el mismo programa se lanzan los cálculos
haciendo click en el “Run(correr)”
ESCUELA DE
Imagen 7 Opción RUN para lanzar el cálculo desde Gabedit
Al hacer click se despliega el siguiente menú
Imagen 8 Menú Run en Gabedit

ESCUELA DE
Donde se escoge el tipo de programa a utilizar, la ubicación del archivo, donde y

con qué nombre se va a guardar la salida (output) y el comando usado para
invocar el programa.
Una vez seleccionadas estas opciones se envía el cálculo oprimiendo el botón ok.
Cuando el cálculo finaliza, el programa automáticamente muestra la salida del

mismo en pantalla.
Lección 29: Archivos de salida
Los archivos de salida son procesados dependiendo de la naturaleza del cálculo

realizado y la información que necesite el investigador.
Sin embargo, hay algunas recomendaciones generales para todos los cálculos a
realizar.
Se debe siempre verificar que el archivo de salida corresponda al archivo de

entrada, es decir, comprobar que las opciones seleccionadas efectivamente fueron
las usadas por el programa para hacer el cálculo.
Analizar el tiempo de cómputo usado para realizar el cálculo, con el fin de

optimizar el uso de los recursos físicos disponibles.
Verificar que el cálculo haya finalizado correctamente, es decir, que aparezca

“ddikick.x: exited gracefully” en la parte inferior del archivo de salida, si esto no
aparece, es necesario realizar un nuevo cálculo.
Lección 30: Recomendaciones Operativas.
Con el fin de facilitar la creación manual de archivos de entrada, a continuación se

brindan algunas pautas que facilitarán dicha creación.
El orden de los grupos no interesa, es decir, se pueden colocar en cualquier

posición del archivo de entrada sin que esto genere modificaciones en los
resultados obtenidos.
Se pueden tener varios grupos del mismo tipo, es decir, varios $contrl u otros,
pero en el caso que use la misma palabra clave en ambos solo es válido el último.
Por ejemplo en el siguiente archivo
$CONTRL RUNTYP=Energy $END

$CONTRL SCFTYP=RHF $END
$CONTRL SCFTYP=UHF $END
ESCUELA DE
$BASIS GBASIS=MINI $END

$SCF DIRSCF=.TRUE. $END
Tenemos dos grupos $contrl que usan la misma palabra clave, pero con diferente
valor, por lo tanto el cálculo será UHF.
Todos las líneas que inician con $ tienen un espacio entre la margen y el símbolo,
si ese espacio no aparece en el archivo de entrada, esa opción no es tenida en
cuenta para realizar el cálculo, también puede ser motivo de error.
El programa no distingue entre mayúsculas y minúsculas, por lo tanto $CONTRL o

$contrl son opciones válidas.
Para los parámetros de verdadero o falso en lugar de usar “.TRUE.” se puede usar
“.T.” o “.t.”, o en el caso que la opción sea “.FALSE” puede ser reemplazada por
“.F.” o “.f.” (Jensen, 2010)
ESCUELA DE
Allouche, A.-R. (2007). Gabedit Manual. Lyon.
Inc.

Guckes, S. (15 de 10 de 2013). Vim. Recuperado el 15 de 10 de 2013, de Sitio Web de Vim:

http://www.vim.org/6k/features.es.txt
Hayward, D. (2002). Quantum Mechanics For Chemist. Bristol: RSC.
Leszczynski, J. (2012). Handbook of Computational Chemistry. Berlin: Springer Science+Bussiness

Media.

Mc Mahon, D. (2006). Linear Algebra Demystified. New York: Mc Graw Hill.
Parker, T. (1996). Linux System Administrator's Survival Guide. New York: Sams Publishing .

Szabo, A., & Oslund, N. (1996). Modern Quantum Chemistry: Introduction to Advanced Electronic
Structure Theory . Mineola: Dover Publications.
Young, D. (2001). Computational Chemistry, A Practical Guide for Applying Techniques to Real
World Problems. New York: Wiley Interscience.
Jensen, J. (2010). Molecular Modelling Basics. Boca Raton: CRC.

ESCUELA DE
UNIDAD 3
Nombre de la Modelamiento en química.

Unidad
Introducción En la presente unidad se ilustran algunos de los tipos
de cálculos disponibles en GAMESS y sus
aplicaciones para determinar propiedades de interés
químico.
Justificación Para que el estudiante visualice la capacidad del
modelamiento en química, es necesario ilustrar con
algunos ejemplos básicos los tipos de predicciones
que se pueden lograr usando herramientas
computacionales, así mismo, que evidencie la ventaja
económica de los mismos sobre algunas técnicas
experimentales
Intencionalidades Conocer los tipos de cálculos que se pueden realizar
Formativas y las propiedades que se pueden determinar.
Evidenciar la ventaja económica de modelar sistemas

químicos.
Aprender a simular espectros infrarrojos.
Conocer los fundamentos conceptuales que permiten

determinar algunas de las propiedades químicas.
Identificar la relación costo-beneficio para llevar a

cabo su proyecto.
Denominación de Capítulo 7- Tipos de Calculo.

capítulos Capítulo 8- Introducción a las propiedades
moleculares y la reactividad química.
Capitulo 9-Aplicación a sistemas de interés químico.
ESCUELA DE
Capitulo 7 Tipos de calculo
Existen muchos tipos de cálculos disponibles en GAMESS, entre ellos

destacaremos cálculo de punto sencillo (single point calculation), optimización de
geometrías (optimize), cálculo de frecuencias (hessian calculation), cálculo de
estado de transición (Saddle point Calculation) y cálculo de coordenada intrínseca
de reacción (IRC Calculation). (Lewars, 2011)
Lección 31: Cálculos de punto sencillo.
El cálculo de punto sencillo permite determinar la energía global de la molécula

con una geometría determinada, la energía y simetría de los orbitales moleculares,
momento dipolar, orden de enlace entre otra información útil. Para realizar un
cálculo de punto sencillo es necesario establecer la geometría de la molécula a
estudiar, para luego construir el archivo de entrada.
Construcción de archivo de entrada para cálculo de punto sencillo.
En la sección anterior se explicó en funcionamiento de gabedit respecto a la

creación de geometrías, motivo por el cual obviaremos esa sección.
El ejemplo siguiente fue realizado para la molécula de metano.
Una vez construida la geometría hacemos click en GAMESS, y en el menú

desplegado se seleccionan las siguientes opciones.
ESCUELA DE
Imagen 9 Opciones para cálculo de punto sencillo.
Al hacer click en OK se genera un archivo que tiene la siguiente forma.
!
===============================================================
=
! This file was generated by Gabedit
!
===============================================================
=
$SYSTEM MWORDS=20 $END
$CONTRL RUNTYP=Energy $END
$CONTRL ICHARG=0 MULT=1 $END
$DATA
Molecule specification
C1
C 6.000000 0.519178 3.011234 0.000000
H 1.000000 -0.470976 3.588199 -0.277031
ESCUELA DE
H 1.000000 1.344957 3.784054 0.332985

H 1.000000 0.878326 2.248592 -0.824276
H 1.000000 0.286376 2.309450 0.918337
$END
Una vez obtenido el archivo de entrada, es necesario guardarlo, para

posteriormente lanzar el cálculo. Se recomienda no usar espacios para nombrar
los archivos, es decir, en lugar de nombrarlo como “etano punto sencillo.inp” usar
“etano_punto_sencillo.inp”
Posteriormente se lanza el cálculo tal como se especificó en la sección de

Gabedit.
Información generada.
Si el cálculo fue lanzado adecuadamente, al lado de la pestaña donde se muestra

el input, aparece otra pestaña en la cual veremos el archivo de salida.
Imagen 10 Archivo de salida en Gabedit.
Para localizar la información relevante se puede usar el buscador interno de

gabedit (CTRL+f).
ESCUELA DE
Energía
Para localizar el valor de energía asociado a la molécula escribimos en la ventana

“TOTAL POTENTIAL ENERGY”.
Imagen 11 Valor de energía potencial para el metano en Gabedit.
Cabe aclarar que las unidades de energía para los cálculos es el Hartree.
ESCUELA DE
Energía por orbital molecular
Para localizar el valor de energía asociado a la molécula escribimos en la ventana

de búsqueda “EIGENVECTORS”.
Imagen 12 Valores energéticos por orbital molecular en Gabedit
Los valores encerrados en rojo son los valores propios asociados a los orbitales
atómicos. Donde el último valor negativo es el HOMO (Orbital molecular ocupado
de más alta energía) y el primer valor es el LUMO (Orbital molecular desocupado
de más baja energía), orbitales importantes en la teoría de orbital molecular
frontera.
Visualización de los orbitales moleculares.
Para visualizar los orbitales moleculares usamos macmolplt. Se abre en el

programa el archívo.log que está en la misma carpeta donde se guardó el archivo
de entrada. Una vez abierto se hace click en Subwindow y en el sub menú, click
en Surface donde se despliega el siguiente menú.
ESCUELA DE
Imagen 13 Menú para construir superficies en MacMolPlt
Allí seleccionamos 3D Orbital y click en aceptar.
En el menú que aparece se selecciona el orbital molecular a visualizar y

posteriormente se da click en “Update”
Por ejemplo, el HOMO del metano es:
Imagen 14 Selección de parámetros para la construcción de las superficies asociadas a los orbitales
moleculares
ESCUELA DE
Imagen 15 Superficie del Orbital Molecular Ocupado de máxima energía.

ESCUELA DE
Lección 32: Optimización de geometría.
El concepto de superficie de energía potencial (PES) es de gran importancia en la

química. Para construir una PES se tienen en cuenta coordenadas espaciales(en
el eje x) y la energía asociada a los cambios de dicha coordenada(altura de la
gráfica). (Ramachandran, 2008)
Imagen 16 Superficie de energía potencial
De estos puntos indicados en la PES cabe resaltar el “saddle point” que está
asociado con la geometría del estado de transición.
Optimización de Geometría.
La optimización de geometría es el proceso que busca la configuración molecular

que está asociada con la energía mínima de la molécula de estudio. Para lograrlo,
se hace primero un cálculo de energía a la geometría inicial, luego el programa
modifica esa geometría para hallar nuevamente la energía, el ciclo se repite hasta
que se encuentre la energía mínima. El proceso calcula la fuerza en cada átomo
evaluando la primera derivada de la energía respecto a la posición del núcleo. El
mínimo de energía es cuando el gradiente en todos los átomos es 0. Sin embargo,
el proceso puede no hallar la estructura de mínima energía sino solamente un
punto estacionario, que puede corresponder a mínimos locales o incluso al estado
de transición (saddle point). (Young, 2001)
Archivo de entrada
Al igual que para los cálculos de punto sencillo, es necesario especificar la

geometría, la construcción de la misma ya fue explicada previamente, motivo por
ESCUELA DE
el cual nos centraremos en las opciones de GAMESS para realizar la optimización.
Una vez construida la geometría inicial damos click en GAMESS, donde se

despliega un menú en el cual seleccionamos las opciones que se muestran a
continuación.
Imagen 17 Opciones para cálculo de optimización de geometría.
Al hacer click en ok se debe generar el siguiente archivo:
!
===============================================================
=
!
===============================================================
=
$CONTRL RUNTYP=Optimize $END
$STATPT OptTol=1e-5 NStep=500 $END
ESCUELA DE

$DATA
C1
C 6.000000 -0.726850 0.865297 0.000000
H 1.000000 -1.100409 1.301873 -1.029512
H 1.000000 0.019940 1.626697 0.502610
H 1.000000 -0.317142 -0.238276 -0.065626
H 1.000000 -1.662656 0.752463 0.708220
$END
De este archivo cabe resaltar el grupo $STATPT donde están las palabras claves
OptTol y Nstep.
OptTol indica el valor máximo de tolerancia de la primera derivada de la energía

respecto a la posición de los átomos en Hartrees/Borh. Nstep indica el número
máximo de geometrías a probar para encontrar el mínimo.
Archivo de salida
Una vez finalizado el cálculo, al igual que en los cálculos de punto sencillo,
aparece una pestaña en gabedit mostrando el archivo de salida.
Imagen 18 Archivo de salida de un cálculo de optimización de geometrías.

ESCUELA DE
Al hacer click en el botón “Geom. Conv” se genera el siguiente gráfico:
Imagen 19 Gráfico de optimización de geometrías.
En el cual se puede observar cada una de las geometrías asociadas a las

energías.
Recomendaciones.
Para optimizar el tiempo de cálculo se recomienda optimizar la geometría de la

molécula a niveles bajos de teoría (HF en lugar de MP2 y otros más costosos) y
con conjuntos bases pequeños (MINI en lugar de 6-311++G(d,p)), luego utilizar la
geometría optimizada con esas opciones como geometría de partida para niveles
mayores de teoría.
Lección 33: Frecuencias.
Evaluar las características de una estructura molecular se conoce como análisis

vibracional, análisis de frecuencias o evaluación hessiana. Después de realizar un
cálculo de optimización de geometría, es necesario confirmar que el resultado sea
la estructura de mínima energía(mínimo global). En matemáticas para saber si un
punto de una función es máximo o mínimo se realiza un análisis de la segunda
derivada, si el resultado es mayor a 0 es máximo y si es menor a 0 es mínimo.
(Ramachandran, 2008)
Input
Para realizar el cálculo de frecuencias para cualquier geometría, es necesario

construir la geometría como se explicó anteriormente y construir el archivo de
ESCUELA DE
entrada con las siguientes opciones
Imagen 20 Opciones para realizar un cálculo de frecuencias.
Al dar click en OK el archivo generado debe tener la siguiente estructura
!
===============================================================
=
!
===============================================================
=
$CONTRL RUNTYP=Hessian $END
$DATA
C1
C 6.000000 -0.757426 0.861611 0.023135
ESCUELA DE
H 1.000000 -1.063056 1.239909 -0.949797

H 1.000000 -0.029645 1.539529 0.463453
H 1.000000 -0.310735 -0.123112 -0.094729
H 1.000000 -1.626255 0.790117 0.673630
$END
Output
Al igual que en los casos anteriores si el cálculo se realizó correctamente, debe

aparecer una nueva pestaña con el archivo de salida.
Para verificar que la estructura usada es efectivamente el mínimo global no deben

aparecer frecuencias imaginarias. Las frecuencias imaginarias están
caracterizadas por valores negativos e indican inestabilidad de la molécula.
Además de las frecuencias, en el archivo de salida también se reporta información

termodinámica como la energía de punto cero, entre otros datos.
Uno de los usos más interesantes del cálculo de frecuencias es permitir la

simulación de espectros infrarrojos. Para visualizar el espectro generado usamos
gabedit.
Imagen 21 Espectro infrarojo simulado para el metano.

ESCUELA DE
Es importante tener en cuenta los factores de escalamiento determinados

empíricamente para que el espectro determinado sea lo más cercano al reportado
experimentalmente. A continuación se incluye una tabla con algunos valores de
escalamiento. (Lewars, 2011)
Método Base Valor de escalamiento

HF STO-3G 0.817
6-31G** 0.903
MP2 STO-3G 0.872
6-31G** 0.937
Tabla 2 Valores de escalamiento para espectros infrarrojos
Lección 34: Estado de transición
La teoría del estado de transición permite conectar reactivos y productos atreves

de una estructura denominada complejo activado, este complejo activado está
formado por la interacción entre los dos reactivos y según esta teoría la
concentración, formación y rompimiento del complejo activado son los factores
determinantes en la viabilidad de la reacción.
El termino punto estacionario hace referencia a un lugar en la superficie de

energía potencial en el cual la primera derivada de la energía respecto a la
posición nuclear es cero. Esto incluye los mínimos locales o globales y el estado
de transición.
Dos tipos de puntos estacionarios requieren una definición matemática formal,

dependiendo de la curvatura de la superficie potencial en esos puntos. Si todos los
valores de la matriz hessiana (matriz de segundas derivadas respecto a las
posiciones de los núcleos) son positivos, el punto es un mínimo global.
Si uno y solo uno de los valores de la matriz hessiana es negativo, corresponde a
un estado de transición.
El proceso de optimización en GAMESS puede ser usado para localizar la

estructura de los estados de transición como también para localizar las geometrías
de energía mínima. Sin embargo, localizar el estado de transición directamente
especificando una geometría cercana al mismo, es una tarea mucho más difícil
que encontrar el estado fundamental de una molécula, debido a que los estados
de transición están menos caracterizados que las estructuras de mínima energía.
(Young, 2001) (Foresman, 1996)
ESCUELA DE
Lección 35: IRC.
La coordenada intrínseca de reacción (IRC) se define como el camino de mínima

energía que conecta los reactivos y los productos atreves de un estado de
transición. En la práctica es necesario primero encontrar el estado de transición
para la reacción. El cálculo de IRC en GAMESS se construye por mitades, es
decir, la parte que va desde el estado de transición hacia los productos (forward) y
la parte que va desde los reactivos hacia el estado de transición. Para localizar el
estado de transición de una reacción se usa RUNTYP=SADPOINT.
El IRC se ha convertido en una herramienta importante para la investigación
sobre la dinámica de sistemas moleculares, pues se espera que el conocimiento
de la PES se suficiente para predecir las velocidades de reacción asociadas a un
fenómeno químico.
Dentro de las funciones del IRC se destaca la prueba sobre una cierta estructura
de transición que conecta un conjunto particular de reactivos y productos, pues no
solo basta con obtener una frecuencia imaginaria del supuesto estado de
transición para corroborar que efectivamente lo es.
Adicionalmente, el IRC puede ser utilizado para estudiar los cambios en la
estructura electrónica y geométrica. (Foresman, 1996)
ESCUELA DE
Capítulo 8: Introducción a las propiedades moleculares y la reactividad química.
Una de las cosas importantes modelos orbitales moleculares y cálculos químicos

hacer es proporcionar el químico información sobre la reactividad de las
moléculas. En el nivel más básico, si un átomo en una molécula es ligeramente
negativo (δ-), los electrófilos son atraídos a ella. Si es ligeramente positivo (δ +),
entonces nucleófilos son atraídos.
Lección 36: Análisis de carga atómica.
La carga de un átomo en una molécula se calcula mediante la suma de la

contribución de todos los orbitales moleculares a la densidad electrónica del
átomo. La contribución de un MO a la densidad electrónica para un átomo es dada
por el cuadrado del coeficiente de orbital atómico del átomo utilizado en el CLOA.
La densidad total electrónica es entonces la suma de todas las contribuciones de
todos los orbitales moleculares ocupados. El coeficiente de cuadrado se llama la
población atómica de r para todos los electrones en el MO. (Ramachandran,
2008)
Lastimosamente no hay una forma unificada de asignar la carga atómica a cada

átomo en particular en un sistema molecular, motivo por el cual existen diferentes
métodos. Como consecuencia de esto, hay que ser muy cuidadoso con los
análisis realizados al interpretar la carga electrónica de cada átomo.
La comparación de la distribución de carga atómica para un conjunto de moléculas

solo es válido si para todas se usó el mismo nivel de teoría.
Uno de los métodos más usados para asignar carga atómica fue propuesto por
Mulliken en 1962. En este método los electrones son distribuidos en las funciones
base atómicas. La distribución del número de electrones está basado en el cálculo
de la matriz de superposición de orbitales y la matriz densidad. La integral al
cuadrado de la función orbital molecular es la densidad electrónica, al integrar
sobre todas las funciones base que representan los orbitales moleculares
ocupados brinda el número total de electrones del sistema.
Los electrones son divididos en contribuciones atómicas usando la matriz de

sobreposición y la matriz densidad para producir la matriz DS. Los elementos
diagonales de esa matriz indica la cantidad de electrones en ubicados en cada
orbital atómico. Los elementos fuera de la diagonal indican los electrones que son
compartidos por dos orbitales atómicos.
ESCUELA DE
Sin embargo, la superposición de los orbitales atómicos depende de la distribución

espacial, y como consecuencia también las poblaciones de la superposición.
Debido a esa dependencia espacial, un análisis preciso del enlace,
particularmente en moléculas con dobles enlaces puede dificultarse si la molécula
no está orientada adecuadamente.
La mayor ventaja de este método es su economía computacional, sin embargo

existen varios problemas asociados a este método, por ejemplo, si un elemento
diagonal de la matriz tiene un valor mayor a dos, indica que hay dos electrones en
un orbital atómico, lo cual viola el principio de exclusión. Otro problema es que
además de depender de la ubicación espacial, también depende del conjunto base
seleccionado.
Por estos motivos, el análisis usando las cargas de Mulliken solo proporcionan una
idea general de cómo están distribuidos los electrones en la molécula.
Análisis de Carga de Lowdin.
La carga atómica de Lowdin es simular al método de Mulliken. Este método

también está fundamentado en el conjunto de funciones base, pero en este caso
las funciones base son ortogonales, por lo tanto, todos los valores fuera de la
diagonal son 0 y asegura que los valores en la diagonal estén entre 0 y 2, lo cual
evita violar el principio de exclusión de Pauli. (Lewars, 2011)
Sin embargo, al igual que el método de Mulliken depende del conjunto base
seleccionada.
Lección 37: Superficies de energía potencial
Los dos métodos anteriores dependen directamente del conjunto de funciones

base seleccionado. El método ESP usa la representación de la función de onda en
términos del conjunto base para determinar el potencial electrostático de la
molécula, que luego es utilizado para asignar la carga a cada átomo.
Toda distribución molecular de carga crea potencial electrostático en sus

alrededores, ese potencial depende de la distribución nuclear y de la función de
onda electrónica. Cuando la distribución electrónica y la ubicación de los átomos
es fija, el potencial electrostático en el punto r es :
ESCUELA DE
Donde Za es la carga en el núcleo a localizado en RA y ρ(r’) es la densidad

electrónica en el punto molecular r’ . El signo del potencial especifica el carácter
atractivo o repulsivo de la molécula respecto a una carga puntual de prueba.
Esta propiedad permite estudiar la reactividad química desde la perspectiva del

modelamiento molecular. Sin embargo, se debe tener en cuenta que es una
aproximación, principalmente porque no hay cambios en la densidad electrónica
cuando interactúa la molécula con la carga puntual.
Las cargas atómicas son determinadas por ajuste respecto al potencial

electrostático. El potencial electrostático es calculado para muchas posiciones en
el espacio alrededor de la molécula y las cargas atómicas son ajustadas para
reproducir esos valores de potencial. Los valores asignados a la carga atómica
deben reproducir el momento dipolar y reproducir la carga total de la molécula.
Uno de los problemas de este método es que diferentes conformeros de una

molécula pueden tener diferentes cargas atómicas debido a que el potencial
electrostático depende de la posición espacial. (Lewars, 2011)
Lección 38: Análisis NBO
Hablar de deslocalización y / o reactividad en términos de enlaces sigma y pi sería

más fácil si se podría considerar la hibridación y calcular las poblaciones de los
diversos orbitales híbridos. La construcción de orbitales híbridos con el fin de
realizará un análisis de población más significativo es proporcionada por esta
técnica. Esta técnica utiliza la matriz de densidad de primer orden para definir los
orbitales, usando orbitales naturales o localizados.
Los orbitales naturales son los vectores propios que corresponden a la matriz de
densidad de primer orden diagonalizada . Los valores propios que corresponden a
esta matriz se llaman los números de ocupación. Cada uno de los orbitales sólo
puede tener números de ocupación de cero o dos.
El siguiente paso es usar la matriz de densidad de un electrón para definir la forma

de los orbitales atómicos individuales. En primer lugar, las funciones de base se
colocan en orden, de modo que las funciones centradas en un átomo A vienen
antes que las centradas en el átomo B. La matriz de densidad se puede escribir en
ESCUELA DE
términos de bloques de funciones de base que pertenecen a un centro atómico en

particular. Los orbitales atómicos naturales (NAO) de un átomo son los orbitales
que permiten diagonalizar el bloque la matriz densidad. Esto es válido para cada
átomo en la molécula.
Una vez que los NAO se son ortogonalizados , las contribuciones de los orbitales
en cada centro se pueden sumar para determinar la carga atómica . Dado que los
NAO son ortogonales, se garantiza que el número de ocupación de un orbital
particular estará entre 0 y 2. Este método tiene algunas similitudes con la técnica
propuesta por Lowdin , pero se trata de un análisis más profundo, por lo tanto más
costoso computacionalmente pero más significativo. (Lowe, 2005)
Lección 39: Resonancia magnética nuclear.
El cambio químico en resonancia magnética nuclear permite distinguir átomos

cuyos momentos magnéticos nucleares no son iguales, como consecuencia de
esto, la resonancia magnética nuclear es una herramienta espectroscópica
importante en la química.
Además de permitir diferenciar núcleos también permite identificar el ambiente

químico en el cual se encuentra el núcleo. Uno de los primeros espectros de
resonancia magnética nuclear que permitió identificar el cambio químico fue el
espectro protónico del etanol. El área bajo el pico corresponde al número relativo
de cada uno de los tipos de protones en la molécula. Sin embargo la resonancia
magnética nuclear moderna va más allá de identificar los cambios químicos. Los
cambios químicos son muy sensibles a los factores intra e intermoleculares, estos
factores son visibles incluso en moléculas pequeñas en estado gaseoso, con el
simple hecho de cambiar la densidad de la muestra gaseosa, se observan
modificaciones en el cambio químico producido por las interacciones
intermoleculares. Al modificar la temperatura y estudiar sustituciones isotópicas
también se observan modificaciones en el cambio químico como consecuencia de
efectos intramoleculares.
Los cálculos computacionales son usados para determinar el apantallamiento

nuclear. Para lograrlo se requiere calcular el apantallamiento del átomo en la
molécula de interés y el cálculo del patrón, usualmente tetrametilsilano. El cambio
químico del átomo de interés es dado por la diferencia entre el apantallamiento del
átomo de interés en la molécula menos el apantallamiento en el patrón. Los
cálculos de NMR incluso a nivel HF son bastante buenos para 13C, 15N y 17O.
Los resultados computacionales más cercanos a los reportados

experimentalmente fueron realizados usando métodos que incluyen la correlación
electrónica y efectos relativistas. (Lewars, 2011)
ESCUELA DE
Lección 40. UV.
El espectro ultravioleta es el resultado de la excitación de uno o más electrones de

un orbital molecular en el estado basal a un orbital molecular vacío, denominado
virtual en el marco del método Hartree-Fock.
El cálculo del espectro ultravioleta de cualquier molécula involucra estudiar las

transiciones electrónicas con cierta precisión. Evaluar simplemente las diferencias
entre los estados excitados y los estados basales no genera resultados adecuados
de absorción y longitud de onda asociada debido a que la energía de un orbital
molecular virtual no es una buena medida de su energía real, a comparación con
la energía de un orbital lleno.
El espectro ultravioleta puede ser calculado con buena precisión usando métodos
que permitan excitaciones, tal como los métodos de interacción de
configuraciones. Sin embargo al comparar los resultados del cálculo con los
reportados experimentalmente puede que las bandas no correspondan, pero el
cálculo computacional puede brindar información sobre transiciones solapadas por
bandas de mayor intensidad. (Lewars, 2011)
ESCUELA DE
Capítulo 9 Aplicaciones a sistemas químicos.
Para el modelamiento de reacciones químicas se deben tener en cuenta los

siguientes aspectos generales:
1. Optimizar las geometrías de reactivos y productos

2. Hallar el estado de transición.
3. Calcular la coordenada intrínseca de reacción.
4. Determinar las propiedades buscadas.
Lección 41: Energía de ionización y afinidades electrónicas.
La energía de ionización está asociada a la cantidad de energía necesaria para

remover un electrón de un orbital molecular ocupado y la afinidad electrónica con
la adición de un electrón a un orbital molecular vacío o semi ocupado.
La determinación computacional de la energía de ionización y la afinidad protónica
es calculada como la diferencia de energía entre la molécula neutra y el ion
correspondiente.
Un valor aproximado de la energía de ionización, se puede obtener usando el
teorema de Koopmans, el cual dice que la energía necesaria para quitar un
electrón de un orbital es el valor negativo de energía asociada a ese orbital
molecular. Como consecuencia, el valor de la energía de ionización es el valor
negativo de la energía del orbital HOMO. Desafortunadamente el teorema de
Koopmans no funciona para predecir las afinidades electrónicas pues los valores
energéticos de los orbitales LUMO son positivos, y como consecuencia indicaría
que no están dispuestos a recibir electrones, lo cual es totalmente falso.
Los valores calculados con Koopmans difieren en aproximadamente 2ev respecto
a los reportados experimentalmente. (Young, 2001)
ESCUELA DE
Lección 42: Reacción de Diels-Alder
La reacción de Diels-Alder es una de las reacciones químicas más importantes

para la síntesis de compuestos orgánicos, la principal ventaja es que es
estereoespecífica y estereoselectiva. Ha sido usada para sintetizar hormonas,
productos naturales y fármacos.
En el presente ejemplo se brindan los parámetros necesario e instrucciones para
modelar la reacción de tipo Diels-Alder entre el una molécula de1,3-butadieno y
una molécula de eteno.
En primer lugar se construyen las estructuras moleculares de los reactivos por
separado para posteriormente ser optimizadas. Como se menciona en la lección
relacionada con el análisis vibracional, después de finalizada la optimización se
hace el análisis vibracional para determinar si las estructuras obtenidas son
efectivamente los mínimos globales.
Imagen 22 Reacción de Diels-Alder
Una vez realizado esto, es necesario construir una estructura que sea cercana al
estado de transición, para verificar que si sea un estado de transición se hace un
cálculo de SADPOINT. La geometría obtenida debe ser verificada haciendo el
respectivo análisis vibracional correspondiente.
Si efectivamente la estructura corresponde a un estado de transición, procedemos
a construir el archivo para realizar el cálculo de IRC.
Una vez finalizado el cálculo de IRC se puede visualizar la formación del producto.
ESCUELA DE
Lección 43:Descomposición del formaldehido.
Imagen 23 Descomposición del Formaldehido
Para evaluar la descomposición del formaldehido en monóxido de carbono es

necesario determinar la estructura del estado de transición asociado con esa
descomposición para luego determinar la energía de activación para la reacción.
Inicialmente es necesario determinar las geometrías óptimas de cada molécula
para así determinar la energía. Para que los resultados obtenidos sean
comparables con los reportados experimentalmente debemos realizar la
corrección de energía de punto cero.
Los resultados reportados a continuación fueron obtenidos usando HF/6-31G(d).
Molécula Energía Energía de punto Energía total

cero
H2 -1.12683 0.00968 -1.11716
CO -112.73788 0.00508 -112.73280
H2CO -113.86633 0.02668 -113.83966
Tabla 3 Valores energéticos.
ESCUELA DE
Para determinar la energía del estado de transición es necesario obtener la

geometría posible del estado de transición, verificarla haciendo un análisis de
frecuencias y si efectivamente corresponde a un estado de transición utilizarla
para realizar el cálculo de IRC.
Al correr el IRC en ambos sentidos se pueden conocer las barreas de activación

de la reacción en ambos sentidos.
En este caso se encontró que las energías de activación son 102.8 kcal/mol para
formación del formaldehido y 109.3 kcal/mol para su descomposición. (Foresman,
1996)
Lección 44: Reacciones Isodesmicas
Las reacciones Isodesmicas son aquellas reacciones en las cuales el número total
y tipo de enlace se conserva.
En el presente ejemplo se usa una reacción isodesmica para determina el calor de

formación del dióxido de carbono. La reacción a considerar la reacción que ocurre
entre el dióxido de carbono y el metano para producir formaldehido.
Para calcular el calor de formación del dióxido de carbono se usan las siguientes
ecuaciones:
Usando esta metodología se predice que el calor de formación del monóxido de

carbono es -94.64 Kcal/mol que solo difiere en 0.68 Kcal/mol del reportado
experimentalmente.
Lamentablemente esta técnica no puede ser utilizada para determinar barreras de

activación y al usar diferentes reacciones isodesmicas para predecir el calor de
formación de la misma molécula los valores obtenidos en cada caso son
diferentes. (Foresman, 1996)
ESCUELA DE
Lección 45. Barrera rotacional del etano.
Identificar la causa de las barreras rotacionales de las moléculas es actualmente

tema de discusión pese a que se trata de una de los fenómenos químicos más
estudiados.
Como es de conocimiento común existen diferencias energéticas asociadas con

las diferentes conformaciones alternada y eclipsada del etano, siendo esta última
la de mayor energía.
Para realizar el estudio computacional de fenómeno de las barreras rotacionales,

es necesario partir de una geometría optimizada del etano, para luego identificar el
estado de transición asociado y así poder determinar la altura de la barrera
rotacional.
Para determinar el estado de transición es necesario proporcionarle al programa

una geometría cercana al mismo, para que a partir de ella realice la búsqueda de
estado de transición.
La forma más sencilla de modificar la conformación alternada del etano para

obtener la conformación eclipsada, es modificando los ángulos diedros formados
por dos hidrógenos unidos a diferente átomo de carbono. Al establecer el valor de
0 grados para cada ángulo diedro posible, estamos cerca a la conformación del
estado de transición del etano.
Con esta geometría aproximada se realiza el cálculo de estado de transición y la

verificación del mismo haciendo un análisis de frecuencias.
Finalmente se realiza un cálculo de punto sencillo para determinar la energía

asociada a la conformación eclipsada.
La altura de la barrera rotacional es de 2.74 kcal/mol a nivel HF/3-21G (III, 2011)

ESCUELA DE
Allouche, A.-R. (2007). Gabedit Manual. Lyon.
Inc.



Young, D. (2001). Computational Chemistry, A Practical Guide for Applying Techniques to Real
World Problems. New York: Wiley Interscience.
NIST Computational Chemistry Comparison and Benchmark Database . (01 de 08 de 2013).

Obtenido de NIST Computational Chemistry Comparison and Benchmark Database :
http://cccbdb.nist.gov/

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UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA – UNAD

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DANILO GONZÁLEZ FORERO

ASPECTOS DE PROPIEDAD INTELECTUAL Y VERSIONAMIENTO

El presente protocolo académico fue diseñado en el año 2013 por el LQ.

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El curso se encuentra en el área de formación en ciencias básicas, la cual

Aunque el programa al cual se dirige el curso no tiene como objeto de estudio

El curso de Química Computacional se encuentra en formato PDF, que puede ser

LECCIÓN 1: NOTACIÓN DE DIRAC.................................................................................... 12

LECCIÓN 2: MATRICES ................................................................................................... 14

LECCIÓN 3: DETERMINANTES ......................................................................................... 20

LECCIÓN 4: OPERADORES .............................................................................................. 21

LECCIÓN 5: ECUACIONES DE VALORES PROPIOS ............................................................. 22

LECCIÓN 6: POSTULADOS .............................................................................................. 25

LECCIÓN 7: ECUACIÓN DE SCHRÖDINGER ....................................................................... 26

LECCIÓN 8: PARTÍCULAS EN CAJAS. ............................................................................... 28

LECCIÓN 9: SISTEMAS HIDROGENOIDES .......................................................................... 32

LECCIÓN 10: SISTEMAS POLIELECTRÓNICOS. .................................................................. 33

CAPITULO 3: INTRODUCCIÓN A LA QUÍMICA COMPUTACIONAL ................................................... 37

LECCIÓN 11: FUNDAMENTOS DE GNU/LINUX. ................................................................. 37

LECCIÓN 12: INTRODUCCIÓN A SHELL . ......................................................................... 42

LECCIÓN 13: PROGRAMAS DE MODELAMIENTO EN QUÍMICA. ............................................. 45

LECCIÓN14: MODELAMIENTO EN QUÍMICA. ...................................................................... 46

LECCIÓN 15: UNIDADES ATÓMICAS ................................................................................ 47

CAPÍTULO 4: Mecánica Molecular .............................................................................................. 51

LECCIÓN 16: FUNDAMENTOS DE LA MECÁNICA MOLECULAR. ............................................ 51

LECCIÓN 17: CAMPO DE FUERZA .................................................................................... 52

LECCIÓN 18. APLICACIONES DE LOS MÉTODOS DE MECÁNICA MOLECULAR ....................... 53

LECCIÓN 19. GEOMETRÍAS Y ESPECTROS VIBRACIONALES CALCULADOS USANDO MECÁNICA

LECCIÓN 20: CÁLCULOS Y CONSIDERACIONES COMPUTACIONALES. ................................. 55

CAPITULO 5: MÉTODOS DE ESTRUCTURA ELECTRÓNICA ........................................................... 56

LECCIÓN 21: MÉTODO DE HÜCKEL ................................................................................. 56

LECCIÓN 22: TEOREMA VARIACIONAL Y APROXIMACIÓN BORN-OPPENHEIMER ................. 59

LECCIÓN 23: MÉTODO HARTREE-FOCK........................................................................... 63

LECCIÓN 24: CONJUNTO DE FUNCIONES BASE. ............................................................... 65

LECCIÓN 25: MÉTODOS POST-HARTREE-FOCK................................................................ 67

CAPITULO 6: GAMESS ................................................................................................................... 69

LECCIÓN 26: CONSTRUCCIÓN DE SISTEMAS MOLECULARES ............................................. 69

LECCIÓN 27: GAMESS .................................................................................................... 70

LECCIÓN 28: GABEDIT ................................................................................................... 72

LECCIÓN 29: ARCHIVOS DE SALIDA................................................................................. 75

LECCIÓN 30: RECOMENDACIONES OPERATIVAS. ............................................................. 75

Capitulo 7 Tipos de calculo ........................................................................................................... 79

LECCIÓN 31: CÁLCULOS DE PUNTO SENCILLO. ................................................................ 79

LECCIÓN 32: OPTIMIZACIÓN DE GEOMETRÍA. ................................................................... 86

LECCIÓN 33: FRECUENCIAS. .......................................................................................... 89

LECCIÓN 34: ESTADO DE TRANSICIÓN ............................................................................. 92

LECCIÓN 35: IRC........................................................................................................... 93

Capítulo 8: Introducción a las propiedades moleculares y la reactividad química............... 94

LECCIÓN 36: ANÁLISIS DE CARGA ATÓMICA. ................................................................... 94

LECCIÓN 37: SUPERFICIES DE ENERGÍA POTENCIAL ......................................................... 95

LECCIÓN 38: ANÁLISIS NBO .......................................................................................... 96

LECCIÓN 39: RESONANCIA MAGNÉTICA NUCLEAR. ........................................................... 97

LECCIÓN 40. UV. ........................................................................................................... 98

Capítulo 9 Aplicaciones a sistemas químicos. ........................................................................... 99

LECCIÓN 41: ENERGÍA DE IONIZACIÓN Y AFINIDADES ELECTRÓNICAS. ............................... 99

LECCIÓN 42: REACCIÓN DE DIELS-ALDER ..................................................................... 100

LECCIÓN 43:DESCOMPOSICIÓN DEL FORMALDEHIDO. .................................................... 101