Simulación en fenol y cromo (VI) sobre superficie, de nanomolecula sobre la superficie y de

contaminante sobre superficie funcionalizadas con nanopartícula.

Para llevar a cabo estas actividades, lo primero era generar los archivos. xyz para introducir en dl
file y que este nos generara los archivos de entrada para dl poly.

Para el caso del fenol, se utilizó un archivo xyz que contenía la estructura del fenol y se corrió dl
file con un campo de fuerza opls2005, donde se generaron 20 moléculas de fenol. Del archivo
config se extrajeron las posiciones de los fenoles en la caja, mostrando la siguiente

Para una mejor organización de las moléculas de fenol, se trasladaron en los ejes x, y, z para que
se vieran más organizadas.

Esta imagen se exporto como un archivo xyz y se le añadió los atomos de la superficie de oro.
para poder utilizar la superficie de oro, se tuvo que añadir la molécula de fenol a los campos
opls_cl_p, luego se usó el archivo xyz de la superficie con las moléculas de fenol en dl file y se
generaron los archivos necesarios para dl poly. 

Luego de realizar una simulación nvt Evans como fase de equilibrio, se realizo una simulación npt
Hoover como etapa de producción, luego de estas dos simulaciones se obtuvieron los siguientes
coeficientes de difusión y el perfil de densidad Z.

atom DC (10^-9 m^2 s^-1)

Au 0.00E+00
CA 3.06E-01
OH 3.85E-01
HO 4.47E-01
HA 2.90E-01
OWS 1.88E+00
HWS 1.88E+00
Coeficientes de difusión de los atomos de la molécula de fenol.
Grafica de densidad Z para 20 moléculas de fenol sobre una superficie de oro.

Para el caso del cromo (VI), se pudo usar dl file con opls_cl_p para generar los archivos de entrada,

Usando el código creado se colocaron iones de cromo en posiciones aleatorias y al igual que
atomos de cloro para compensar la carga de los atomos de cromo, obtenidas estas posiciones se le
agregaron los atomos de oro de forma manual y se obtuvo la siguiente representación.

Este archivo xyz, se introdujo en dl file y se generaron todos los archivos de entrada de dl poly.

Luego se corrió una primera simulación con un ensamble nvt Evans, con 1.5 millones de pasos y 1
millón de pasos de equilibrio. Luego de esa simulación con el REVCON generado, se procedió a
realizar una simulación npt Hoover con pasos de tiempo de 0.5 fs.

Una vez terminada la simulación obtuvimos los siguientes coeficientes de difusión para el cromo.
 atom D (10^-9 m2/s)
Au 5.56E-03
Cr6+ 2.09E-01
Cl- 4.10E-01
OWS 2.39E+00
HWS 2.40E+00

Para una concentración 0.165 mol/L

Con un perfil de densidad z

Para el caso de la nanopartícula se simulará la cisteamina inicialmente, para esta molécula se

realizo el mismo procedimiento que para el fenol, se añadió un archivo xyz en dl file y se ejecuto
para un total de 20 moléculas de cisteamina, luego se extrajeron las posiciones de las moléculas y
se acomodaron dentro de la caja de simulación, se exporto a un archivo xyz y se colocaron las
posiciones de los atomos de la superficie de oro. Dando como resultado la siguiente imagen
 Para la cisteamina hemos presentado el mismo problema con el campo opls2005, que no está
leyendo los atomos de oro, por lo cual seguimos trabajando en esa parte.

Mientras se ha ido desarrollando una metodología en la que consiste posicionar cada molécula de
cisteamina de forma que se siga una distribución equidistante, para ellos lo primero es colocar
todas las moléculas a la misma altura de la superficie, es decir se coge la altura del átomo de oro
más alto y a esta se le agrega una distancia de 0.8 Angstroms, y dicha distancia se le colocara al
átomo de la molécula que tenga la menor distancia en el eje z, luego las posiciones de los demás
atomos serán recalculada, primero encontrando la diferencia de altura inicial entre los atomos con
respecto al más bajo, luego a esa diferencia se le sumara la nueva altura z del átomo más bajo.
Luego se irán posicionando los atomos a lo largo del eje x y del eje y usando la misma metodología
que se usó para calcular las posiciones z.

Se hicieron algunas pruebas de esta metodología sin tener en cuenta la distancia equidistante
entre las moléculas y asi se veían representadas.

Luego se paso a dl file para generar el sistema con agua y quedo de la siguiente manera.
Sistema de cisteamina sobre la superficie en agua.

Luego de realizar los calculos bajos ensambles nvt Evans y luego una npt Hoover se obtuvieron los
siguientes resultados de los coeficientes de difusión.
atom DC (10^-9 m^2 s^-1)
Au 5.67E-03
CT 5.25E-02
HC 5.58E-02
NT 4.05E-02
H 5.07E-02
SH 4.99E-02
HS 5.12E-02
OWS 1.82E+00
HWS 1.82E+00

Si hacemos un promedio en los valores de los atomos que componen la cisteamina, nos da un
valor de coeficiente de difusión de 5.01∗10−2 ( DC 10−9 m2 s−1 ).

Con respecto a la grafica de densidad z, nos dio

Como podemos ver, en la grafica la cisteamina tiene una alta concentración muy cerca de la
superficie oro, lo que nos da a entender que no tiende moverse mucho de ella, algo que se
rectifica con el bajo coeficiente de difusión que presenta la cisteamina.

Para evaluar la interacción de la cisteamina sobre la superficie de oro, en puso como

contaminante fenol.

Con este sistema, se generó la caja llena de agua y se realizaron las simulaciones pertinentes,
obteniendo los siguientes resultados.
 atom DC (10^-9 m^2 s^-1)
CA 6.27E-01
OH 6.49E-01
HO 6.52E-01
HA 6.20E-01
Au 1.98E-02
CT 1.09E-01
HC 1.09E-01
NT 1.13E-01
H 1.08E-01
SH 1.13E-01
HS 1.23E-01
OWS 1.92E+00
HWS 1.92E+00

Coeficientes de difusión de la cisteamina y el fenol.

Como podemos ver el coeficiente de difusión del fenol no vario mucho, mientras que el
coeficiente de difusión de la cisteamina si aumento.

Con respecto a los perfiles de densidad z, obtuvimos

Como podemos analizar, el perfil de densidad de la cisteamina no presento mucha variación,
mientras que en el del fenol, podemos ver que el fenol prefiere concentrarse cerca de la
superficie, lo que podemos decir es que la cisteamina atrae al fenol.