Para construir los sistemas Nanopartícula-superficie, se utilizó la misma metodologia empleada

anteriormente para el sistema cisteamina-superficie, en el caso de la cisteina, esta metodologia se

llevo a cabo tal cual, pero en el caso del 1,6-hexanoditiol, el programa dl file, restringe el número
de nanopartículas debido a la alta cantidad de atomos de azufre que habrían presente en el
sistema, dejando solo poner una cantidad de 45 nanopartículas o 90 atomos de azufre, para poder
generar el sistema con 60 nanopartículas, se opto por usar un parámetro de dlpoly, llamado nfold,
el cual nos permite replicar un sistema en las 3 direcciones de la caja. Entonces para generar el
sistema final, se hizo una caja con la mitad de longitud en el eje y, se pusieron 15 nanopartículas
por cada cara de la superficie y usando el parámetro nfold 1,2,1, se corrió una simulación corta y
se logro construir un sistema con el numero de nanopartículas trabajado y con las dimensiones.

Sistema reducido de hexanoditiol con superficie de oro

Sistema ampliado de hexanoditiol con superficie de oro.

Sistema de L-cisteina con superficie de oro.

Ambos sistemas pasaron a una simulación de equilibrio con un ensamble nvt Evans y luego
pasaron a una simulación de producción con un ensamble npt Hoover. Luego de estas
simulaciones se calcularon los coeficientes de difusión de las nanopartículas y se graficaron los
datos de la densidad Z.

Como podemos ver se puede notar que atomos presente en el lugar donde solo se debe presentar
atomos de oro, esto es debido a una curvatura en la superficie que pueden presentarte debido a
que el ensamble npt está comprimiendo la caja en las 3 direcciones, para lograr una densidad de
agua idónea, generando el desplazamiento de los atomos de oro, para solucionar esto, ya se esta
trabajando con diferentes metodologías para ver cual es mas idónea.

atom DC (10^-9m^2 s^-1)

NT 2.77E-02
H 3.02E-02
CT1 2.44E-02
HC 2.85E-02
C 2.54E-02
CT 2.91E-02
SH 4.01E-02
HS 4.01E-02
O 2.82E-02
HO 3.34E-02
OH 3.13E-02
Promedio 3.08E-02

Coeficientes de difusión de los atomos que componen la L-cisteina y su valor promedio, el cual se
tomara como el valor de la nanopartícula.

Perfil de densidad z para hexanoditiol

atom DC (10^-9 m^2 s^-1)

SH 4.54E-02
HS 4.43E-02
CT 4.48E-02
HC 4.69E-02
Promedio 4.54E-02

Coeficiente de difusión de los atomos de 1,6-hexanoditiol.