Capftulo 30

--=--------

Sintesis de proteinas

EI ribosoma, representado a la derecha, es una fabrica para la manufactura de polipeptidos. Los

aminoacidos se transportan al ribosoma uno a uno, unidos alas moleculas de RNA de transfe-
rencia. Cad a aminoacido se une a la cadena polipeptidica en crecimiento que se separa del ri-
bosom a solo una vez que se ha completado. Este ensamblaje por aproximacion en linea per-
mite que incluso cadenas polipeptidicas muy largas se ensamblen rapidamente y con una
fidelidad impresionante. [(izquierda) Doug Martin/Photo Researchers).]

L a importancia de la informacion genetica reside en las proteinas que codifican

ya que estas protein as desempefian la mayor parte de las funciones de las celu-
I
30.1
Contenido I
La sintesis de proteinas requiere la
las. En los Capitulos 28 y 29, hemos estudiado como se replica el DNA y como el
DNA se transcribe en RNA. Ahora enfocamos el mecanisme de la sintesis de prote- traducci6n de secuencias de
nucle6tidos a secuencias de
inas, un proceso llamado traduccion debido a que el alfabeto de cuatro letras de los
aminoacidos
acidos nucleicos se traduce al alfabeto completamente distinto de veinte letras de las
proteinas. La traduccion es un proceso conceptual mente mas complejo que la repli- 30.2 Las aminoacil-tRNA sintetasas
interpretan el c6digo genetico
cacion 0 la transcripcion, porque estos tienen lugar con un mismo lenguaje de apa-
reamiento de bases. Incidiendo en una encrucijada entre los lenguajes de los acidos 30.3 Un ribosoma es una particula
ribonucleoproteica (70S) formada
nucleicos y de las protefnas, el proceso de la sintesis depende de forma critica de
por una subunidad pequena (305) y
ambos tipos de factores, acidos nucleicos y proteinas. La sintesis de protein as se pro-
otra grande (50S)
duce en los ribosomas: complejos enormes que contienen tres grandes moleculas de
30.4 Los factores proteicos desempenan
RNA y mas de cincuenta proteinas. Uno de los brillantes triunfos de la bioquimica
papeles clave en la sintesis de las
en los afios recientes ha sido la determinacion de la estructura del ribosoma y sus
proteinas
componentes de modo que su funcion puede ser analizada con detalle atomico. Quiza
30.5 La sintesis de proteinas eucari6ticas
la conclusion mas significativa de estos estudios es que el ribosoma es un ribozima;
difiere de la sintesis de proteinas
es decir, los componentes de RNA desempefian en ellos papeles fundamentales. Esas
procari6ticas principalmente en la
observaciones refuerzan la idea de que el ribosoma es un superviviente del primitivo iniciaci6n de la traducci6n
mundo de RNA, de modo que el ribosoma es rico en informacion respecto alas eta-
30.6 Los ribosomas unidos al reticulo
pas muy primitivas de la evolucion biologica. endoplasmico elaboran las proteinas
de secreci6n y de membrana
30.7 Muchos antibi6ticos y toxinas pueden
inhibir la sintesis de las proteinas
858 Las moleculas de RNA de transferencia (tRNAs), el RNA mensajero, y muchas
CAPITULO30 Sintesis de proteinas protein as participan con los ribosomas en la sintesis proteica. Las uniones entre los
aminoacidos y los acidos nuc1eicos se realizan al principio por enzimas llamados
aminoacil-tRNA sintetasas. Debido a que unen un aminoacido particular a cada tRNA,
estos enzimas contribuyen a aplicar el codigo genetico. Este capitulo esta dedicado
en principio a la sintesis de protein as en procariotas debido a que ilustra much os
principios generales y se conoce bastante bien. Tambien se presentan algunas carac-
teristicas distintivas de la sintesis de protein as en eucariotas.

30.1 La sfntesis de protefnas requiere la traduccion de

secuencias de nucleotidos a secuencias de
aminoacidos
Las bases de la sintesis de proteinas son las mismas en todos los reinos de la vida,
evidenciando el hecho de que el sistema de la sintesis de protein as aparecio muy
pronto en la evolucion. Las proteinas se sintetizan en el sentido desde el extrema
amino hacia el carboxilo mediante la adicion secuencial de aminoacidos en el car-
boxilo terminal de la cadena peptidica en crecimiento (Figura 30.1). Los aminoaci-
dos llegan a la cadena en crecimiento en forma activada como aminoacil-tRNAs,
creados par la union del grupo carboxilo de un aminoacido con el extremo 3' de la
molecula de un RNA de transferencia. La union de un aminoacido a su correspon-
diente tRNA viene catalizada par una aminoacid-tRNA sintetasa. La activacion para
esta reaccion se obtiene par la hidrolisis de ATP. Para cada aminoacido hay normal-
mente un enzima activador y al menos un tipo de tRNA.

3
Rl .. >(. NH +
'"
H

+H3N
HN l 0

+H3N)<R2 OJ<Rl +H3N

o=c 'H
'. )<
'····H
R3
~R'

+H3N \
\ O=C
\
\/R1 o R2 ..>(. NH o R3 .. >(. NH
'"

O=!"'\ H
'"
tRNA( H tRNA( H
Figura 30.1 Crecimiento de la cadena poli- C 0 C 0 -----*
peptidica. Las protein as se sintetizan por ad i- o ~ j ~ j -----*
-----*
cion sucesiva de aminoacidos al extrema car-
boxilo terminal. tRNA/ \tRNA2 \ tRNA 3

La slntesis de protelnas largas requiere una frecuencia de error

pequena
El proceso de la transcripcion es analogo a copiar, palabra por palabra, una pagina
de un libro. En este caso no hay cambio en el alfabeto 0 vocabulario; asi la posibi-
lidad de un cambio en el significado es pequefia. Traducir la secuencia de bases de
una molecula de un RNA en una secuencia de aminoacidos es similar a traducir la
pagina de un libro a otro idioma distinto: la traduccion es un proceso complejo, que
se produce en muchas etapas y requiere docenas de moleculas. Existe una posibili-
dad de error en cada uno de los pasos. La complejidad de la traduccion crea un con-
flicto entre dos requerimientos: el proceso no solo debe ser preciso, sino 10 sufi-
cientemente rapido para cubrir las necesidades celulares. En E. coli, la traduccion se
produce a razon de 20 aminoacidos par segundo, una velocidad realmente impresio-
nante si consideramos la complejidad del proceso.
 TABLA 30.1 Precision en la sintesis de una proteina
Probabilidad de sintetizar
una proteina sin error
Frecuencia de
insercion de un
aminoikido incorrecto 100 300 1000
10-2
0,366 0,049 0,000
10-3 0,905 0,741 0,368
10-4 0,990 0,970 0,905
10-5 0,999 0,997 0,990
Nota: la probabilidad p de formar una protefna sin error depende de n, el numero de
aminoacidos, y de e la frecuencia de insercion de un aminoacido equivocado: p = (1 - e)"

(,Que precision ha de tener la sfntesis de protefnas? Vamos a considerar las tasas de

en·or. La probabilidad p de formar una protefna sin errores depende del numero de
restos de aminoacidos, y de s, la frecuencia de insercion de un aminoacido equivo-
cado. Como sefiala la Tabla 30.1, una frecuencia de error de 10-2 no serfa tolerable,
incluso para protefnas verdaderamente pequefias. En un valor de e de 10-3 normal-
mente las protefnas de 300 restos (~33 kd) se veran libres de errores pero no asi las
protefnas de 1000 restos (-110 kd). De ahi que la frecuencia de error no debe ex-
ceder de 10-4 para producir protein as largas con eficacia. Frecuencias de errores me-
nores son concebibles; sin embargo, excepto para protefnas muy grandes, no au-
mentaran de forma significativa el porcentaje de protein as con secuencias precisas.
POl' otra parte, estas tasas de error solo son posibles pOl' reduccion de la velocidad

de su sfntesis, debido al tiempo adicional necesario para las debidas correcciones.

De hecho, Los vaLores observados de s son pr6ximos a 10-4. Una frecuencia de error
de aproximadamente 10-4 pOl' resto de aminoacido se selecciono en la evolucion
para producir protein as de mas de 1000 aminoacidos de forma precisa, mientras se
man tenia una velocidad notablemente elevada en su sfntesis.
3'
OH_ Lugar d'-e union
A del aminoacido
C
La fidelidad en la sfntesis de protein as requiere el reconocimiento precise de los co- C
dones de tres bases por el RNA mensajero. Hay que recordar que el codigo genetico A
5' P G···C
relaciona cada aminoacido con un codon de tres letras (p. 125). Un aminoacido no G···C
G···U
puede reconocer un codon pOl' sf mismo. En consecuencia, un aminoacido solo sera C ..·G
capaz de reconocer el codon, mediante pares de bases de Watson-Crick, si esta unido G···C
U U
a una molecula espedfica de tRI'JA. El RNA de transferencia sirve como moLeCLtla G"'C
U GGC
adaptadora que se une a un cod6n especifico y transporta con eLun aminoacido para
incorporarLo en La cadena poLipeptfdica.

3' 5'
-C-G-I-
-G-C-C-
5' 3'
Codon

Robert Holley fue el primero en determinar la secuencia de bases de una molecula

Figura 30.2 Secuencia del tRNA de la ala-
de tRNA en 1965, como culminacion de 7 afios de trabajo. De hecho, su estudio del nina. Se representa la secuencia de bases del
tRNA de alanina en la levadura fue la primera secuencia completa de un acido nu- tRNA de la alanina de levadura y la estructura
cleico. Esta molecula adaptadora es una cadena sencilla de 76 ribonucle6tidos (Fi- secunda ria deducida en forma de hoja de tre-
gura 30.2). EI extremo 5' esta fosforilado (pG), mientras el extrema 3' tiene un gropo bol. Los nucie6sidos modificados se han abre-
viado como sigue: metilinosina (ml) dihidrouri-
hidroxilo libre. Ellugar de uni6n del aminoacido es el gropo 3'-hidroxilo del resto
dina (UH2), ribotimidina (T), pseudouridina,
de adenosina del extremo 3' de la molecula. La secuencia 5'-IGC-3' en el centro de (1jJ), metilguanosina (mG) y dimetiiguanosina
la molecula es el anticod6n, en la que I es el nucle6sido purico inosina. Es comple- (m2G). La inosina (I), otro nucie6sido modifi-
mentario de 5'-GCC-3', uno de los codones para la alanina. cado, forma parte del anticodon.
860 3'
OH___ Sitio de union
CAPiTULO30 Sintesis de proteinas
del aminoacido

Extremo
5'-fosforilado_ 5' p

Lazo TIjIC
Lazo DHU

\ I

"----- "Brazo extra"

(variable)

Figura 30.3 Estructura general de las

moleculas de tRNA. La comparaci6n
de las secuencias de bases de muchos
tRNAs revela un cierto numero de as-
pectos conservados.

Las secuencias de otras varias molecu]as de tRNA fueron determinadas poco

tiempo despues. Hoy dfa se conocen miles de secuencias. E] hallazgo mas sorpren-
dente es que todas ellas pueden ser ordenadas en forma de un trebol en e] que apro-
ximadamente ]a mitad de ]os residuos estan apareados (Figura 30.3). Por tanto, las
moleculas de tRNA tienen muchas caracterfsticas estructurales comunes. Ese ha-
llazgo no era inesperado, debido a que todas ]as molecu]as de tRNA deben de ser
cap aces de interaccionar, practicamente de la misma forma, con ]os ribosomas, con
los mRNAs y con los factores proteicos que participan en ]a traduccion.
Todos los RNAs de transferencia conocidos tienen ]as siguientes caracterfsti-
cas:

1. Cada uno esta formado por una cadena unica que contiene entre 73 y 93 ribonu-
cleotidos (-25 kd).

2. Contienen muchas bases nada corrientes, por regia general entre 7 y ]5 por mo-
]ecu]a. Algunas son derivados metilados y dimetilados de A, D, C y G form ados por
modificaciones enzimaticas de un tRNA precursor. La meti]acion impide la forma-
cion de ciertos pares de bases, haciendo asf a]gunas bases accesib]es para otras in-
teracciones. Ademas, la meti]acion aporta propiedades hidrofobicas a a]gunas regio-
nes de ]os tRNAs, 10 que puede ser importante para su interaccion con las sintetasas
y con las protefnas ribosomicas. Otras modificaciones a]teran el reconocimiento del
codon y se tratanin en breve.

3. Aproximadamente la mitad de los nucleotidos de los tRNAs estan apareados para

N;YCH; formar dobles helices. Cinco grupos de bases no se aparean de esta forma: La region

O~NJlH
I ribosa
5-Metilcitidina
oO~ I
ribosa
Dihidrouridina
terminaL en 3 CCA, que forma parte de una region Hamada el taUo aceptor; el lazo
I

TljJC, que adquiere su nombre por la secuencia ribotimina-pseudouridina-citosina;

"brazo extra" que contiene un numero variable de residuos; ellazo DHU, que con-

generada por esta combinacion de helices y lazos, que contienen bases modificadas,
asegura que los tRNAs pueden ser distinguidos entre sf, a pesar de que sean estruc-
el

tiene varios restos de dihidrouracilo; y el Lazo anticodon. La diversidad estructural

(me) (UHz) turalmente muy semejantes.

 Extremo
CCA

~ Figura 30.4 Estructura en L del tRNA.

~ EI modelo de esqueleto del fenilalanil-
tRNA de levadura manifiesta una Figura en
Laze forma de L. La region CCA se situa al final de
anticodon un brazo y el laze anticodon esta al final del
otro. [Tornado de 1EHZ. pdb.]

4. EI extrema 5' del tRNA est! fosforilado. El residuo del extremo 5' generalmente
es pG.

5. El aminmicido activado esta unido a un grupo hidroxilo de adenosina localizado

en el extremo CCA en 3', componente del tallo aceptor. Esta region tiene estructura
de cadena sencilla en el extremo 3' de los tRNAs maduros.

EI aminoikido activado y el anticodon del tRNA estan en los

extremos opuestos de la moh~cula con forma de L
La estructura de una molecula de tRNA en tres dimensiones se determino por pri-
mera vez en 1974, en ellaboratorio de Alexander Rich y Aaron Klug, mediante los
estudios cristalograficos con rayos X. La estructura encontrada, la del fenilalanil-
tRNA de levadura, tiene un gran parecido con todas las estructuras de las otras mo-
leculas de tRNA determinadas posteriormente. Las propiedades mas importantes de
la estructura de los tRNAs son:

2. Las cuatro regiones helicoidales estan ordenadas para formar dos segmentos apa-
rentemente continuos de doble helice. Estos segmentos se ajustan a la forma A del
DNA, tal como se espera para una helice de RNA (p. 785). Una de las helices, la
que contiene los extremos 5' y 3', se situa horizontalmente en el modelo mostrado en
la Figura 30.5. La otra helice, que contiene el anticodon y se sirna vertical mente en la
Figura 30.5, forma el otro brazo de la L.

3. La mayoria de las bases en las regiones no helicoid ales participan en interaccio- Lazo
nes por puentes de hidrogeno, incluso aunque estas interacciones no sean como las anticodon
de los pares de Watson-Crick.
~ Figura 30.5 Plegamiento en helice del
~ tRNA. Las cuatro helices de la estruc-
4. El extremo CCA contiene el lugar de union del aminoacido en el final de uno de tura secundaria del tRNA (ver Figura 30.3) se
los extremos de la L. Esta region desapareada puede cambiar de conformacion du- pliegan para formar la estructura en L. [Tornado
rante la activacion del amjnoacido y la sintesis de la proteina. de 1EHZ. pdb.]
862 5. Ellazo anticodon esta en el otra extremo de la L, haciendo accesibles las tres ba-
CAPiTULO 30 Sintesis de proteinas ses que constituyen el anticodon.

De ahf que la arquitectura de la molecula de tRNA esta bien ajustada a su papel

de adaptador; el anticodon puede interaccionar con el codon apropiado del mRNA
mientras que el otro extremo esta unido a un aminoacido activado en una posicion
tRNA perfecta para participar en la formaci6n del enlace peptfdico.

\
O:~~_/
- o/p", y0--ldenina 30.2 Las aminoacil-tRNA sintetasas interpretan el codigo

°H genetico
La union de un aminoacido a su tRNA es crucial por dos razones. Primero, en la

R~:H NH3+
Aminoacil-tRNA
Figura 30.6 Aminoacil-tRNA. Los aminoaCl-
dos esti'in unidos a 105 tRNAs por enlaces ester
con el grupo hidroxilo 2' 0 3' de la adenosina
situada en el extremo 3'. Aqui se representa la
union con el grupo 3'.
union de un aminoacido dado a un tRNA particular se aplica el codigo genetico.
Cuando un aminoacido se ha unido a un tRNA, se incorporara a una cadena poli-
peptfdica en crecimiento en una posicion dictada por el anticodon del tRNA. Se-
gundo, la formacion del enlace peptidico entre aminoacidos lib res no es termodina-
micamente favorable. Para que pueda producirse la sintesis de proteinas, en primer
lugar, el aminoacido debe activarse. Los intennediarios activados en la sintesis pro-
teica son esteres de aminoacidos, en los que el grupo carboxilo de un aminoacido
esta unido 0 bien al grupo hidroxilo 2' 0 al 3' de la ribosa situada en el extrema 3'
del tRNA. A un ester de tRNA se Ie denomina aminoacil-tRNA y algunas veces tRNA
cargado (Figura 30.6).

Las aminoacil-tRNA sintetasas especfficas, conocidas tambien como enzimas de ac-

tivacion, catalizan la reacci6n de activaci6n. El primer paso es la formaci6n de un
aminoacil-adenilato a partir de un aminoacido y ATP.

Esta especie activada es un anhfdrido mixto en el que el grupo carboxilo del amino-
acido esta unido al grupo fosfato del AMP, por ello es tam bien conocido como ami-
noacil-AMP.

La siguiente etapa es la transferencia del grupo aminoacilo del aminoacil-AMP a la

molecula de tRNA para formar el aminoacil-tRNA.

EI valor de ~Go, de esta reacci6n es practicamente cera puesto que la energfa Ii-
bre de la hidrolisis del enlace ester del aminoacil-tRNA es similar a la de la hidro-
Iisis del ATP a AMP y PPi' Como ya se ha visto much as veces, la reaccion esta di-
rigida por la hidr61isis del pirofosfato. La suma de estas tres reacciones es altamente
exerg6nica:

Asi pues, en La sfntesis de un aminoaciL-tRNA se consume eLequivaLente ados mo-

LieuLas de ATP. Una de ellas se consume en la formaci6n del enlace ester del ami-
noacil-tRNA, mientras que la otra se consume al impulsar la reacci6n hacia de-
lante.
Acil-adenilato
Las etapas de activaci6n y de transferencia para un aminoacido particular estan intermedio
catalizadas por la misma aminoacil-tRNA sintetasa. De hecho, eL intermediario
aminoacil-AMP no se separa de La sintetasa, sino que esta fuertemente enlazado
al centro activo del enzima por interacciones no covalentes. El aminoacil-AMP
es normal mente un intermediario transitorio en la sintesis del aminoacil-tRNA
pero es bastante estable y se aisla facilmente si no hay tRNA en la mezcla de
reacci6n.
Ya encontramos anteriormente un acil-adenilato intermediario en la activaci6n
de los acidos grasos (p. 622). La diferencia principal entre ambas reacciones es-
triba en que el aceptor de grupos acilo es el CoA en la activaci6n de los acidos
o
grasos y el tRNA en la activaci6n de los aminoacidos. La energetic a de estas bio-
sfntesis es muy parecida: ambas resultan irreversibles gracias ala hidr61isis del pi- H3~c1~s/COA
rofosfato. Hz n

Acil-CoA de acido graso

Las aminoacil-tRNA sintetasas tienen lugares de activacion muy

selectivos para los aminoikidos
Cad a aminoacil-tRNA sintetasa es altamente especffica para un aminoacido dado.
De hecho, una sintetasa puede incorporar un aminoacido inconecto s610 una vez
de cada 104 a 105 reacciones catalfticas. [C6mo se alcanza este nivel de especifi-
cidad? Cada aminoacil-tRNA sintetasa se aprovecha de las propiedades de su sus-
trato aminoacfdico. Vamos a considerar el caso de la treonil-tRNA sintetasa. La tre-
onina es muy similar a otras dos aminoacidos, a saber, valina y serina. La valin a
tiene casi exactamente la misma forma que la treonina, excepto que lleva un grupo
metilo en vez de un grupo hidroxilo. Al igual que la treonina, la serina tiene un
grupo hidroxilo pero carece de grupo metilo. [C6mo puede la treonil-tRNA sinte-
tasa evitar unir estos aminoacidos incorrectos al querer formal' treonil-tRNA?
La estructura de los lugares de uni6n con el aminoacilo en la treonil-tRNA sin-
tetasa revel a como se evita la valina (Figura 30.7). EI enzima contiene un ion zinc,
unido al enzima pOI' dos restos de histidina y un resto de cistefna. Como en el caso

Figura 30.7 Centro activo de la treonil-

tRNA sintetasa. N6tese que el lugar de
union del aminoacido incluye un ion zinc
(esfera verde) que se coordina con la treo-
nina a traves de sus grupos amino e hidro-
xilo.
864
CAPITULO 30 Sfntesis de protefnas
~ Figura 30.8 Lugar de revision. Los re-
~ sultados de estudios de mutagenesis re-
velan la posicion dellugar de revision (en verde)
en la treonil-tRNA sintetasa. Se muestra solo una
subunidad del enzima dimerico, aquf y en las
ilustraciones siguientes. [Tomado de 1QF6. pdb.]
Figura 30.9 Revision de un aminoacil-tRNA.
EI brazo flexible CCA de un aminoacil-tRNA
puede trasladar al aminoacido entre el lugar de
activacion y el de revision. Si el aminoacido en-
caja bien en el lugar de revision, el aminoacido
se separa par hidrolisis.
de la anhidrasa carbonica (p. 255), el resto de los lugares de coordinacion estan
disponibles para unirse al sustrato. La treonina se coordina con el ion de zinc con
su grupo amino y su grupo hidroxilo de la cadena lateral. El grupo hidroxilo de la
cadena lateral es reconocido posteriormente por un resto de aspartato que se une
a el por medio de un puente de hidrogeno. EI grupo metilo presente en la valina
en lugar de este hidroxilo no puede participar en esas interacciones; se excluye del
centro activo, y por ello no se adenila y transfiere al treonil-tRNA (abreviadamente
tRNA Thr). El uso del ion de zinc parece ser exclusivo de la treonil-tRNA sintetasa;
otras aminoacil-tRNA sintetasas presentan diferentes estrategias para reconocer a
sus aminoacidos propios. El grupo carboxilato de la treonina posicionada correc-
tamente esta disponible para atraer el grupo ex fosforilo del ATP y as! formar el
ami noacil-adeni lato.
El lugar del zinc es menos adecuado para discriminar a la serina debido a que
este aminoacido tiene un grupo hidroxilo que puede unirse al zinc. Por ello, si po-
seyese este unico mecanismo, la treonil-tRNA tomarfa serina en vez de treonina con
una tasa de 10-2 a 10-3 veces menor. Como se especifica en la p. 858 este error se-
rfa capaz de producir muchos errores en la traduccion. l,Como se alcanza un nivel
mas alto de especificidad?
La revision hecha por las aminoacil-tRNA sintetasas aumenta la
fidelidad en la slntesis de las protelnas.
La treonil-tRNA sintetasa puede incubarse con tRNA Thr que este unido covalente-
mente con serina (Ser-tRNA Thr); el tRNA "se carga enoneamente". La reaccion es
inmediata: una hidrolisis rapid a del arninoacil-tRNA produce serina y tRNA libre.
Por el contrario, la incubacion con el Thr_tRNAThr, conectamente cargado, no pro-
duce reaccion. De ahi que la treonil-tRNA sintetasa contenga un lugar funcional ana-
dido que hidroliza Ser-tRNA Thr pero no Thr-tRNA Thr. Este lugar de revision y co-
neccion confiere una oportunidad a la sintetasa para conegir sus errores y aumenta
su fidelidad hasta alcanzar menos de un error en 104 veces. Los resultados de estu-
dios estructurales y por mutagenesis revelan que el lugar de revision esta situado a
mas 20 A. del lugar de activacion (Figura 30.8). Este lugar acepta sin esfuerzos y
corta a Ser-tRNA Thr pero no corta a Thr_tRNAThr. La discriminacion entre la serina
y la treonina es relativamente facil debido a que la treonina tiene un grupo metilo
extra; un lugar conformado para la estructura de la serina excluira estericamente a
la treonina.
La mayoria de las arninoacil-tRNA sintetasas contienen lugares de revision ade-
mas de lugares de acilacion. Esta complementariedad de pares de lugares funciona
como un doble tamiz para asegurar una fidelidad muy alta. Por regIa general los lu-
gares de acilacion rechazan aminoacidos mayores que el COITectodebido a que el ta-
mano del lugar es insuficiente para ellos, mientras que el lugar hidrolitico rompe las
especies activadas menores que la conecta.
La estructura del complejo entre la treonil-tRNA sintetasa y su sustrato revel a
que el CCA aminoacilado puede balancearse entre ellugar de activacion y ellugar
de revision (Figura 30.9). Por ello, el aminoacil-tRNA puede revisarse sin diso-
ciarse de la sintetasa. Esta correccion de pruebas, que depende de la flexibilidad
conformacional de una corta extension de secuencia polinucleotidica, es completa-
mente analoga a la de la DNA polimerasa (p. 807). En ambos casos, la revision sin
disociacion significativa aumenta la fidelidad con solo modestos costes de tiempo
yenergia.
Algunas sintetasas alcanzan una gran precision sin revision. Por ejemplo, la ti-
rosil-tRNA sintetasa no tiene dificultad en discrirninar entre tirosina y fenilalanina;
el grupo hidroxilo del anillo de la tirosina proporciona la capacidad a la tirosina
de unirse al enzima 104 veces mas fuertemente que la fenilalanina. La revision se
ha seleccionado durante la evolucion solo cuando se necesita mejo-
rar lafidelidad por encima de la obtenida par la interaccion de union
inicial.

Las sintetasas reconocen diversos rasgos de las

moleculas de RNA de transferencia
(,C6mo escogen las sintetasas sus tRNA correspondientes? Este paso
enormemente importante es el punto en que la "traducci6n" tiene lu-
gar, en el cual se produce la conelaci6n entre los mundos del amino-
acido y del acido nucleico. En cierto senti do, las aminoacil-tRNA sin-
tetasas son las unicas moleculas en biologfa que "conocen" el c6digo
genetico. Su conocimiento preciso de los tRNAs es tan importante
para una alta fidelidad en la sfntesis de protefnas como 10 es la exacta
selecci6n de los aminoacidos. En general, el reconocimiento del tRNA
por la sintetasa es diferente para cada una de las parejas sintetasa y
tRNA. En consecuencia, resulta diffcil hacer generalizaciones. Vamos
a estudiar la interacci6n de dos sintetasas son sus conespondientes
tRNAs.
A priari, el anticod6n del tRNA puede parecer un buen identifica-
dor debido a que cada tipo de tRNA es diferente de los demas. Real-
~ Figura 30.10 Complejo treonil-tRNA sintetasa. La es-
mente, algunas sintetasas reconocen su tRNA correspondiente princi- ~ tructura muestra el complejo formado por la treonil-
palmente por las bases de sus anticodones, a pesar de que pueden tRNA sintetasa y el tRNAThr. N6tese que la sintetasa se une tanto
reconocer tambien otros aspectos de la estructura de tRNA. La evi- al tallo aceptor como allazo anticodon. [Tomado de 1QF6. pdb.]
dencia mas directa proviene de los resultados de los estudios cristalo-
graficos de complejos farmados entre sintetasas y sus tRNAs correspondientes. Con-
sideramos par ejemplo la estructura del complejo entre treonil-tRNA sintetasa y
tRNA Thr (Figura 30.10). Como se esperaba, el brazo CCA se introduce en el sitio de
activaci6n que contiene zinc, donde queda bien colocado para aceptar la treonina del
treoniladenilato. El enzima interacciona extensivamente no s610 con el tallo aceptor
del tRNA, sino tambien con el lazo anticod6n. Las interacciones con el lazo antico-
d6n son particularmente reveladoras. Cada base de la secuencia 5' -CGU -3' del an-
ticod6n establece puentes de hidr6geno con el enzima; aquellos en que toman parte
G y U parecen ser los mas importantes pOl'que la C puede ser reemplazada por G 0
U sin perdida en la eficiencia aciladora.
Estudios de mutagenesis establecieron que no todas las sintetasas interaccionan
con los anticodones de sus tRNAs respectivos. Asf, por ejemplo, el tRNA Cys de
E. coli difiere del tRNA Ala en 40 posiciones y contiene un par de bases CG en la
posici6n 3:70. Cuando se cambia este par de bases C . G par el par G . U, que no
es de Watson y Crick, el tRNA Gys es reconocido por la alanil-tRNA sintetasa como
A 76
si fuese tRNA Ala. Este hallazgo plante6 la cuesti6n d~ si un fragmento de tRNA es C
suficiente para la aminoacilaci6n por la alanil-tRNA sintetasa. Ademas, una "mi- C
crohelice" que contiene 24 de los 76 nucle6tidos del tRNA nativo es aminoacilada A
G·C
especfficamente por la alanil-tRNA sintetasa. Esta microhelice contiene s610 el ta- G·C
llo aceptor y un bucle en horquilla (Figura 30.11). De ahf que, la aminoacilaci6n 3 G • U 70

especffica es posible para algunas sintetasas incluso si el lazo anticod6n falta por G·C
C·G
completo. U·A
A • U 66
U C13
A U
Las aminoacil-tRNA sintetasas pueden dividirse en dos c1ases G C
10
~y Existe al menos una aminoacil-tRNA sintetasa para cada aminoacido. Los
Figura 30.11 Microhelice reconocida por la
T divers os tamafios, la composici6n en subunidades, y las secuencias de estos
alanil-tRNA sintetasa. Un tallo-bucle que con-
enzimas fueron desconcertantes durante muchos afios. (,Pudo ser que todas las sin- tiene unicamente 24 nucleotidos correspon-
tetasas evolucionasen de forma practicamente independiente? La determinaci6n de dientes al tallo aceptor es aminoacilado par la
estructuras tridimensionales de varias sintetasas seguida por comparaciones mas cui- alanil-tRNA sintetasa.
866
CAPiTULO 30 Sintesis de proteinas

~ Figura 30.12 Clases de aminoacil-tRNA

\SO sintetasas. N6tese que las sintetasas de
la c1ase I y de la c1ase II reconocen diferentes ca-
ras de la molecula de los tRNAs. EI brazo CCA
del tRNA adopta diferentes conformaciones en
los complejos con las dos c1ases de sintetasa.
N6tese que el brazo CCA del tRNA esta vuelto
hacia el espectador (Fig. 30.4 Y 30.5). [Tomado
de 1 EUY.pdb Y 1QF6.pdb.]

dadosas de estas secuencias revela que estas sintetasas diferentes estan de hecho
emparentadas. Especfficamente, las sintetasas se pueden dividir en dos clases, Ila-
madas clase I y clase II, cad a una de las cuales incluye enzimas especfficos para
lOde los 20 aminoacidos proteicos (Tabla 30.2). Es intrigante que las sintetasas de
Clasificacion y estructura las dos c1ases se unen a diferentes caras de la molecula de tRNA (Figura 30.12). EI
de subunidades de las brazo CCA del tRNA adopta conformaciones diferentes para acomodarse a dichas
aminoacil-tRNA sintetasas
interacciones; el brazo esta en la conformaci6n helicoidal que se observa para el
en E. coli
tRNA libre (Figuras 30.4 y 30.5) para los enzimas de c1ase II y en la conformaci6n
C1ase I Clase II de horquilla para los enzimas de clase 1. Esas dos clases tambien difieren en otras
Arg (CY) Ala (el4) caracterfsticas.
Cys (CY) Asn (CYz)
Gin (CY) Asp (elz) 1. Los enzimas de la clase I acilan el grupo hidroxilo 2' de la adenosina terminal
Glu (CY) Gly (CYzl3z) del tRNA mientras que los enzimas de la clase II (excepto el enzima que une Phe-
lie (CY) His (elz) tRNA) acilan el grupo hidroxilo 3'.
leu (CY) lys (elz)
Met (CY) Phe (elzl3z)
Trp (CYz) Ser (elz)
Tyr (CYz) Pro (elz) 3. La mayor parte de los enzimas de la clase I son monomericos, mientras que la
Val (CY) Thr(cyz)
mayorfa de los de la c1ase II son dimericos.

LPor que han evolucionado las aminoacil-tRNA sintetasas como dos clases dis-
tintas? La observaci6n de que las dos clases se unen a diferentes caras del tRNA su-
giere una posibilidad. Los lugares de reconocimiento en ambas caras del tRNA pue-
den ser necesarios para permitir el reconocimiento de 20 diferentes tRNAs.

30.3 Un ribosoma es una partlcula ribonucleoproteica

(70S) formada por una subunidad pequena (305)
y otra grande (50S)
Volvemos de nuevo a los ribosomas, las maquinas moleculares que coordinan las in-
teracciones entre tRNAs cargados, mRNAs y protefnas que van a dar lugar a la sfn-
tesis de las protefnas. Un ribosoma de E. coli es un conjunto ribonucleoproteico con
una masa aproximada de 2700 kd, un diametro aproximado 250 A, y un coeficiente
de sedimentaci6n de 70S. Los 20000 ribosomas en una celula bacteriana constitu-
yen cerca de la cuarta parte de su mas a total.
El ribosoma puede disociarse en una subunidad grande (50S) y otra pequeiia
(30S). Estas subunidades pueden ademas dividirse en sus protefnas y RNAs consti-
tuyentes. La subunidad 30S contiene veintiuna protefnas diferentes (numeradas desde
Sl a S21; la S de "small", pequeno) y una molecula de RNA de 16S. La subunidad
50S contiene treinta y cuatro protefnas diferentes (numeradas desde L 1 a L34; la L
de "large ", grande) y dos moleculas de RNA, una de 23S y otra de 5S. Cad a ribo- ~ Figura 30.13 EI ribosoma a alta reso-
soma contiene una copia de cada una de las moleculas de RNA, dos copias de las ~ lucion. Modelos detallados del ribo-
soma basad os en 105 resultados de estudios cris-
protefnas L7 Y Ll2 y una de las restantes. L7 es pnicticamente identica a Ll2, y solo
talograticos con rayos X del ribosoma 70S y de
difiere de ella porque su extrema amino esta acetilado. Tanto la subunidad 30S como las subunidades 305 y 50S. EI RNA 235 se mues-
la 50S se pueden reconstruir in vitro a partir de sus protefnas constituyentes y el tra en amarillo, el RNA 55 en color naranja, el
RNA, tal como demostro por vez primera Masayasu Nomura, en 1968. Esta recons- RNA 165 en verde, las proteinas de la subuni-
titucion es un ejemplo destacado del principia de que las complejos supramolecula- dad 50S en rojo, y las proteinas de la subuni-
dad 305 en azul. N6tese que la interfase entre
res pueden formarse espontaneamente a partir de sus constituyentes macromolecu-
las subunidades 50S y 305 esta constituida por
lares. entero por RNA. [Tornado de 1GIX. pdb Y
Los estudios de microscopia electronica del ribosoma con alta resolucion cre- 1GIY.pdb.]
ciente aportan visiones sobre la estructura general y revel an las posiciones de los lu-
gares de union con el tRNA. Se han realizado asombrosos avances sobre la estruc-
tura del ribosoma par medio de metodos cristalograficos con ray os X tras el trabajo
pionero de Ada Yonath. Las estructuras de las subunidades 30S y 50S se han deter-
minado casi hasta resolucion atomica, y la averiguacion de la estructura del ribosoma
70S intacto a similar resolucion las ha seguido con rapidez (Figura 30.13). La de-
terminacion de esta estructura requiere fijar la posicion de mas de 100000 Momos.
Las caracterfsticas de esas estructuras estan en plena concordancia con las interpre-
taciones de pruebas experimentales menos directas. Estas estructuras aportan un ar-
mazon inestimable para examinar el mecanismo de la sfntesis proteica.

Los RNAs ribosomicos (55, 165 Y 235 rRNAs) desempenan un

papel fundamental en la sfntesis de las protefnas
EI prefijo ribo del nombre ribosoma es adecuado, pOl'que el RNA representa casi las
dos terceras partes de la masa de estas grandes asociaciones moleculares. Los tres
RNAs presentes (5S, 16S Y 23S) son fundamentales para la arquitectura y funcion
de los ribosomas. Se forman mediante la ruptura de transcritos primarios de 30S y
su posterior procesamiento 0 maduracion. Estas moleculas se pliegan para formar es-
tructuras que les permiten establecer pares de bases internos. Las pautas de empare-
jamiento de bases de estas moleculas se han deducido mediante la comparacion de
las secuencias de nucleotidos de muchas especies. Por ejemplo, una especie de RNA
puede tener el par de bases G-C, mientras que otra tiene A-D, pero ambos pares es-
tan localizados en el mismo sitio en ambas moleculas. Los experimentos de modifi-
cacion qufmica y de digestion confirm an las estructuras deducidas de la com para-
cion de las secuencias (Figura 30.14), El hallazgo sorprendente es que los RNA
ribosomicos (rRNAs) estan plegados en estructuras definidas con muchas regiones
duplex bastante cortas. Esta conclusion y esencialmente todas las caracterfsticas de
la estructura secundaria han sido confirmadas par las estructuras determinadas por
cristalograffa de rayos X.
~ Figura 30.14 Modelo de plegamiento de RNA ribosomico. (A) La estructura secun-
~ daria del RNA ribos6mico 16S deducida a partir de la comparaci6n de la secuencia y los
resultados de estudios quimicas. (B) La estructura terciaria del RNA 16S determinada por cris-
talografia de rayos X. [Parte (A) cortesia del Dr. Bryn Weiser y del Dr. Harry Soller. Parte (B) to-
mad a de 1FjG.pdb.]
~)' Durante muchos alios se suponfa que las protefnas ribosomicas dirigfan la sfn- 869
T tesis proteica y que los RNA ribosomicos servfan basicamente como un an- 30.3 EI ribosoma
damiaje estructural. La opinion actual es casi la contraria. El descubrimiento del RNA
catalftico nos hizo concebir la posibilidad de que el RNA tuviese un papel mucho
mas activo en la funcion del ribosoma. Las estructuras detalladas ponen en claro que
los lugares clave en el ribosoma estan compuestos casi exclusivamente por RNA. Las
contribuciones de las protefnas son de menor cuantfa. Muchas de las protefnas tie-
nen estructuras alargadas que "serpentean" en su camino dentro de la matriz del RNA.
La conclusion casi obligada es que el ribosoma inicialmente estaba formado por RNA
y que las protefnas se fueron aliadiendo despues para mejorar sus propiedades fun-
cionales. Esta conclusion tiene la agradable consecuencia de plantear la pregunta del
"huevo y la gallina", es decir: i,como pueden sintetizarse protefnas complejas si se
requieren protefnas complejas para la sfntesis de las protefnas?

Las protefnas se sintetizan en la direccion del extremo amfnico

al carboxllico
Antes que se pueda examinar el mecanismo de la sfntesis de las protefnas, hay que
establecer ciertos hechos clave. Los resultados de los estudios con pulsos de marcaje
realizados por Howard Dintzis establecieron que la sfntesis de protefnas se producfa
secuencialmente a partir del extremo amino terminal. Los reticulocitos (celulas rojas
jovenes) que sintetizaban activamente hemoglobina fueron tratados con eH)leucina.
Durante un periodo de tiempo menor al que se necesita para sintetizar una cadena
completa, se recogieron con cierta frecuencia muestras de hemoglobina completa, se
separaron las cadenas a y (3, y se analizaron para ver la distribucion de 3H en sus se-
cuencias. En las primeras muestras, solo las regiones cercanas al carboxilo terminal
contenfan radiactividad. En muestras posteriores, la radiactividad estaba presente tam-
bien cerca del extremo amino terminal. Esta distribucion es la esperada si las regio-
nes amino terminales de algunas cadenas han side parcialmente sintetizadas antes de
la adicion del aminoacido radiactivo. De am se deduce que la sintesis de proteinas
comienza en el amino terminal y continua hacia el carboxilo terminal.

EI RNA mensajero se traduce en la direccion de 5' a 3'

La secuencia de aminoacidos de una protefna se traduce a partir de la secuencia nu-
cleotfdica del mRNA. i,En que sentido se lee el mensaje? La respuesta fue estable-
cida utilizando el polinucleotido sintetico

5' 3'
A-A-A~A-A-ATnA-A-C

como molde en un sistema libre de celulas. EI triplete AAA codifica lisina mientras
que AAC codifica asparragina. El polipeptido obtenido fue

Debido a que la asparragina era el residuo carboxilo terminal, podemos concluir que
el codon AAC fue el ultimo en leerse. De ahf que, la direcci6n de la traducci6n es
desde 5' hacia 3',
La direccion de la traduccion tiene consecuencias importantes. Hay que recordar
que la transcripcion tambien transcurre en la direccion 5' ~ 3' (p. 827). Si la direc-
cion de traduccion fuese contraria a la de la transcripcion, solo podrfan traducirse los
mRNAs ya completamente sintetizados. Par el contrario, debido a que las direccio-
nes son las mismas, el mRNA podra ser traducido a medida que se vaya sintetizando.
En los procariotas, apenas se pierde tiempo entre la transcripcion y la traduccion. El
extrema 5' del mRNA interacciona con el ribosoma poco despues de haberse sinte-

Figura 30.15 Polisomas. La transcripci6n de
un segmento de DNA de E coli genera molecu-
las de mRNA que son inmediatamente traduci-
das por numerosos ribosomas. [De O. L. Miller,
Jr., B. A. Hamkalo y C. A. Thomas, Jr. Science
169 (1970): 392-395.]
Figura 30.16 lugares de iniciaci6n. Secuen-
cias de los lugares de iniciaci6n para la sintesis
de proteinas de algunas bacterias y moleculas
de mRNA virieo. La comparaci6n de esas se-
cuencias revela algunas caracteristicas comunes.
tizado, mucho antes de que se haya terminado el extremo 3' de la molecula de mRNA.
Un aspecto importante de la expresion genetica en procariotas es que la traduccion
y la transcripcion estan estrechamente acopladas en el espacio y en el tiempo. Mu-
chos ribosomas pueden traducir simultaneamente una misma molecula de mRNA.
Esta sintesis paralela aumenta de manera importante la eficacia de la traduccion del
mRNA. El grupo de ribosomas unidos a una molecula mRNA se llama polirribo-
soma 0 polisoma (Figura 30.15).
La senal de partida es AUG (0 GUG) precedida por varias bases
que se aparean con el rRNA de 165
~Como comienza la sintesis de las proteinas? La posibilidad mas sencilla podria ser
que los tres primeros nucleotidos de cada mRNA sirvieran como primer codon; en-
tonces no seria necesaria ninguna senal especial. Sin embargo, los hechos experimen-
tales denotan que la traduccion no comienza inmediatamente en el extremo 5' del
mRNA. De hecho, el primer codon traducido esta a unos 25 nucleotidos de distancia
del extrema 5'. POI' otra parte, en procariotas, muchas moleculas de mRNA son poli-
cistr6nicas, 0 poligenicas, es decir, que codifican dos 0 mas cadenas polipeptidicas.
POI' ejemplo, en E. coli, una simple molecula de mRNA de aproximadamente 7000
nucleotidos de longitud codifica cinco enzimas de la via biosintetica del triptofano.
Cada una de esas cinco protefnas dispone de sus propias senales de comienzo y de pa-
rada en eI mRNA. De hecho, todas las moleculas de mRNA conocidas contienen se-
nales que definen el comienzo y el final de cada cadena polipeptidica que codifican.
Una de las claves para conocer el mecanismo de iniciacion fue el hallazgo de que
casi la mitad de los residuos amino terminales de las protefnas de E. coli son metio-
nina. Realmente, el codon de iniciacion del mRNA es AUG (metionina) 0, con me-
nor frecuencia, GUG (valina) y rara vez UUG (leucina). ~Que otras senales son ne-
cesarias para especificar el lugar de iniciacion de la traduccion? El primer paso para
responder a esta pregunta fue el aislamiento de las regiones de iniciacion de varios
mRNAs. Este aislamiento se consiguio utilizando ribonucleasa pancre<itica para dige-
rir los complejos mRNA-ribosoma (formados en condiciones que permitian la inicia-
cion de la cadena, pero su elongacion). En cada caso, una secuencia de unos treinta
nucleotidos quedaba protegida de la digestion. Como se esperaba, cada una de estas
regiones de iniciacion contenia un codon AUG (0 GUG 0 bien UUG) (Figura 30.16).
Ademas, cada region de iniciacion contiene una secuencia rica en bases puricas cuyo
centro esta situado un os 10 nucleotidos mas alia del extremo 5' del codon iniciador.
La funcion de esta region rica en purinas, llamada secuencia de Shine-Dalgarno,
se hizo evidente al averiguar la secuencia del RNA de 16S. El extrema 3' de este RNA
integrante de la subunidad 30S contiene una secuencia de varias bases que resulta
complementaria a la region rica en purinas de los sitios de iniciacion de los mRNAs.
La mutagenesis de la secuencia CCUCC cerca del extrema 3' de los rRNA 16S a
ACACA interfiere notoriamente en el reconocimiento de los lugares de iniciacion del
mRNA. Esa y otras evidencias demuestran que la region iniciadora del mRNA se une
trpA de E. coli
araB de E. coli
thrA de E. coli
lacl de E. coli
Proteina A del fago <j>X174
Replicasa del fago 013
Proteina A del fago R17
ero del fago A
L---J
5e aparea con 5e aparea con
el rRNA 165 el tRNA iniciador
al rRNA 16S cerca de su extrema 3'. El numero de pares de bases que unen al mRNA 871
y al rRNA 16S varfa entre tres y nueve. Asf pues, dos tipos de interacciones deter- 30.3 EI ribosoma
minan donde comienza la sfntesis de protefnas: (1) el apareamiento de bases de su
mRNA con el extremo 3' del rRNA 165 y (2) el apareamiento del codon de iniciacion tRNAf
de su mRNA con el anticodon de la moLecula de tRNA iniciador. +
Metionina

La sintesis de proteinas en las bacterias se inicia con el

formilmetionil-RNA de transferencia
1 Sintetasa

H2N
El resto de metionina que se encuentra en el extremo amino terminal de las protei-
nas de E. coli esta por 10 general modificado. En realidad, la sfntesis de las protei- ~S"CH;
nas en las bacterias empieza con N-formilmetionina (fMet). Hay un tRNA especial
que coloca la formilmetionina en el ribosoma para iniciar la sintesis de las protefnas. o
Este tRNA iniciador (abreviado como tRNAt) es diferente del que inserta metionina I

l
tRNAf
en posiciones internas de la proteina (abreviado como tRNAm). EI subfndice "/" in- Metionil-tRNAf
dica que la metionina unida al tRNA iniciador puede formilarse, mientras que si esta (Met-tRNAf)

unida al tRNAm no puede hacerlo. EI RNAf de transferencia puede unirse a los tres
te~~~;~~~~il~to
codones de iniciaci6n, pero con afinidad decreciente (AUG>GUG>UUG). En la mi-
Transformilasa
tad aproximadamente de las proteinas de E. coli, la N-formilmetionina es arrancada
de la cadena polipeptidica naciente cuando sale del ribosoma. Tetrahidrofolato
La metionina se une a estas dos clases de tRNA por medio de la misma amino-
o
acil-tRNA sintetasa. Un enzima especffico formila despues el grupo amino de la me-
tionina que esta unida al tRNAf (Figura 30.17). El dador de formilo activado para
)-NH
esta reacci6n es el N1o-formiltetrahidrofolato (p. 689). Es significativo que ni la me- ~S"CH;
tionina libre ni la metionil-tRNAm sean sustratos aptos para esta transformilasa.
o
I
Los ribosomas tienen tres lugares de union para los tRNAs tRNAf
conformados por las subunidades 30S y 50S Formilmetionil-tRNAf
(fMet-tRNAf)
Una instantanea de un momenta significativo en la sfntesis de protefnas se obtuvo
Figura 30.17 Formulacion del metionil-tRNA.
determinando la estructura del ribosoma unido a tres moleculas de tRNA y a un frag-
EI tRNA iniciador (tRNAf) se carga primero con
mento de mRNA (Figura 30.18). Como se esperaba, el fragmento de mRNA se unfa metionina, y despues se transfiere un grupo for-
ala subunidad 30S. Cada una de las molecu]as de tRNA hace de puente entre las su- milo al metionil-tRNAf, a partir de N,o-formilte-
bunidades 30S y 50S. En el 30S, dos de las tres moleculas de tRNA estan unidas al trahidrofolato.

~ Figura 30.18 Lugares de union del RNA de transferencia. (A) Existen tres lugares de
~ union para los tRNAs en el ribosoma 70S. Se lIaman sitio A (por aminoacilo), P (por pep-
tidilo) y E (por "exit", salida). Cada molecula de tRNA contacta con la subunidad 305 y conjun-
tamente con la 50S. (B) Las moleculas de tRNAs estan apareadas con el mRNA en los lugares A y
P. [Tomado de 1]GP.pdb.]
872 fragmento de mRNA a traves de parejas de bases codon-anticodon. Esos lugares de
CAPITULO 30 Sintesis de protein as union se Haman lugar A (por aminoacilo) y lugar P (por peptidilo). La tercera mo-
lecula de tRNA esta unida a un sitio adyacente Hamado lugar E (de "exit", salida).
El otro extrema de cada molecula de tRNA interacciona con la subunidad 50S.
Los taHos aceptores de las moleculas de tRNA que ocupan los lugares A y P con-
vergen hacia el sitio donde se forma el enlace peptfdico. Un examen posterior de
este lugar ha revelado que un tunel conecta este lugar con la parte posterior del ri-
bosoma. La cadena polipeptidica creciente escapa a traves de este tuneL durante La
sintesis.

Cuando se forma del enlace peptldico, la cadena polipeptldica

en crecimiento es transferida de un tRNA a otro.
La sfntesis de protefnas comienza con la interaccion de la subunidad 30S y el mRNA
a traves de la secuencia Shine-Delgarno. En la formaci on de este complejo, el tRNA
iniciador cargado con formilmetionina se une al codon iniciador AUG y la subuni-
dad 50S se une ala subunidad 30S para formar el ribosoma 70S completo. "Como
podra aumentar la cadena polipeptfdica en longitud (Figura 30.19)? Los tres lugares
en nuestra instantanea de la sfntesis proteica nos dan la clave. El tRNA iniciador se
une al lugar P del ribosoma. Un aminoacil-tRNA con un anticodon complementario
al codon que esta en el lugar A se une a continuacion. La escena esta preparada para
la formacion del enlace peptfdico: la molecula de formilmetionina unida al tRNA ini-
ciador va a ser transferida al grupo amino del aminoacido que ocupa el lugar A. La
formacion del enlace peptfdico, una de las reacciones mas importantes de la vida, es
termodinamicamente espontanea y esta catalizada por el lugar del rRNA 23S cono-
cido como eLcentro peptidiltransferasa.
El grupo amino del aminoacil-tRNA del lugar A esta bien posicionado para ata-
car el enlace ester entre el tRNA iniciador y la molecula de formilmetionina (Figura
30.20). El centro peptidiltransferasa po see bases que promueven esta reaccion ayu-
dando a formar un grupo -NH2 en el aminoacil-tRNA dellugar A y ayudando a es-

)
Uni6n del Formaci6n del
aminocil-tRNA enlace peptfdico

GTP

Translocaci6n Factor de
elongaci6n G

GDP + Pi
~

Figura 30.19 Mecanismo de la sintesis de

proteinas. EI cicio comienza con el peptidil-
tRNA en el lugar P. Otro aminoacil-tRNA se une
al lugar A. Con ambos lugares ocupados, se
forma un nuevo enlace peptidico. Los tRNAs y
el mRNA son translocados por la acci6n del fac-
tor de elongaci6n G, que mueve el tRNA desa- Disociaci6n
cilado al sitio E. Una vez alii queda libre para del tRNA
disociarse para completar el cicio.
 873
\ \ \ 30.3 EI ribosoma
R;~>(NH
HN
)=0 ""-):0
HN
R'~'~'"
i

HN
NH

"Ri+l
H
H' -~ •• ,
~, ..,
~
v'
o
~
HlN L, 0 NH OH+ ~:

tR~A
(Lugar P) ~
-><R;+l
'H
tR~A k Ri l
+ tR~A k Ri+l

~H ~H
o o o
I I f
tRNA tRNA tRNA
(Lugar A)

Figura 30.20 Formacion del enlace peptidico. EI grupo amino del aminacil-tRNA ataca el grupo
carbonilo de la union ester del peptidil-tRNA para formar un intermediario tetraedrico, Este inter-
mediario se cierra para formar un enlace peptidico y liberar al tRNA desacilado,

tabilizar el intermediario tetraedrico que se forma, Esta reaccion es, en muchos as-
pectos, analoga a la inversa de la reaccion catalizada por las proteasas de serina, como
la quimotripsina (p, 247). EI peptidil-tRNA es analogo a la forma acil-enzima de una
proteasa de serina, En una proteasa de serina, el acil-enzima se genera por el uso de
la energia libre asociada con la ruptura de un enlace amida, En el ribosoma, la ener-
gia libre necesaria para formar la especie analoga, el aminoacil-tRNA, viene del ATP
que fue hidrolizado por la aminoacil-tRNA sintetasa antes de la llegada del tRNA al
ribosoma,
Con la formacion del enlace peptidico, la cadena peptidica esta ahora unida al
tRNA en el lugar A de la subunidad 30S mientras que un cambio en la interaccion
con la subunidad 50S coloca este tRNA y su peptido en el lugar P de la subunidad
grande. EI tRNA en el lugar P de la subunidad 30S esta ahora descargado. Para con-
tinuar la traduccion, el mRNA debe ser desplazado (0 translocado) de forma que el
codon para el proximo aminoacido se situe en el lugar A. Esta translocacion tiene
lugar a traves de la ace ion de un enzima protei co llamado factor de elongaci6n G
(p, 876), guiado por la hidrolisis de GTP Completando este paso, el peptidil-tRNA
esta ahora plenamente en el sitio P, y el tRNA iniciador en el sitio E y se ha sepa-
rado del mRNA. Al disociarse del tRNA iniciador, el ribosoma ha vuelto a su estado
inicial excepto que la cadena peptidica esta unida a un tRNA diferente, el corres-
pondiente al primer codon que sigue el AUG de iniciacion, Observese que la cadena
peptidica permanece en ellugar P en la subunidad 50S durante todo este cicio, a la
entrada del tunel de salida presumiblemente creciendo dentro del tune!. Este cicio se
repite cuando un nuevo aminoacil-tRNA se coloca en ellugar A, permitiendo que el
polipeptido se alargue indefinidamente,

Solo las interacciones codon-anticodon determinan el

aminoacido que se incorpora
Sobre las bases del mecanismo descrito en la pagina 871, la interaccion de aparea-
miento de bases del anticodon del tRNA entrante con el codon del mRNA en el si-
tio A determina que aminoacido va a afiadirse a la cadena polipeptidica. ~Juega al-
gun papel en este proceso el aminoacido unido al tRNA? Esta cuestion se resolvio
de la forma siguiente. Primero, la cisteina se unio a su correspondiente tRNA. La
cisteina unida se convertia entonces en alanina mediante la reaccion del Cys-tRNA Cys
con niquel Raney, 10 que eliminaba el alomo de azufre del residuo de cisteina acti-
vada sin afectar (l. su union con el tRNA. Asi pues, se producia un aminoacil-tRNA
 874 hfbrido (0 cargado erroneamente) en el que la alanina estaba unida covalentemente
CAPITULO 30 Sintesis de proteinas al tRNA especffico para la cistefna.

H20 2 Pi SH
+ + / jH
ATP AMP H C

c~niliA
sintetasa
) +H3~
./
XY ./O~tRNACYS
H2
Niquel Raney
)
.H;~"'-tRNA'Y'

o o
Cys-tRNA Cy, Ala-tRNAcy,

l,Que reconoce este tRNA erroneamente cargado: el codon de la alanina 0 el de

la cistefna? La respuesta se obtuvo al afiadir este tRNA hfbrido a un sistema de sfn-
tesis proteica libre de celulas. EI molde fue un copolfmero al azar de U y G en la
proporcion de 5: I, que conduce normalmente ala incorporacion de cistefna (codifi-
cada por UGU), pero no de alanina (codificada por GCN). Sin embargo, cuando se
afiadio Ala-tRNA Cys ala mezcla de incubacion se incorporo alanina al polipeptido,
ya que estaba unida al tRNA especffico para la cistefna. El mismo resultado se ob-
tuvo cuando se utilizo como molde el mRNA de la hemoglobulina y como aminoa-
cil-tRNA hfbrido alanil-tRNA Cys con 14c. Cuando se digirio la hemoglobina con trip-
sina el tinico peptido radiactivo que se produjo fue uno que normalmente contenfa
cistefna, pero no alanina. Asf pues, el aminoacido del aminoacil-tRNA no interviene
a la hora de seleccionar el codon.
En afios recientes, la capacidad de los tRNAs hfbridos para transferir su carga
amiwy 'ca a una cadena polipeptfdica en crecimiento se ha utilizado para sinteti-
7' con aminmicidos que no se encuentran en las protefnas, incorponindo-
~specfficos de una determinada protefna. Los aminoacil-tRNAs se un ie-
~ 'oacidos no naturales por medios qufmicos. Estos aminoacil-tRNAs
'tJ..
<>" q a un sistema de sfntesis libre de celulas junto con un RNA fabri-

\ y que contenga codones correspondientes a los anticodones del

'ido en las posiciones deseadas. Las protefnas producidas tienen
'les en las posiciones que se esperaba. Se han incorporado de
aminoacidos no naturales, diferentes. Sin embargo solo se
's; parece ser que su estereoqufmica es necesaria para que
, los enlaces peptfdicos.

\IA de transferencia reconocen mas de

'nceo en el apareamiento de las bases
'n el reconocimiento de un codon por el antico-
'illa serfa que cada una de las bases del codon
'e Watson y Crick con una base complemen-
,don estarfan entonces alineados en forma
la prima indica la base complementaria.
A), 0 bien G y C (0 C y G). Segtin este
ocer solamente a un determinado co-

'0 modo. Se ha encontrado experi-

Figura 30.19 Mecanismo de la sintesis de '4 pueden reconocer a mas de un
proteinas. EI cicio comienza con el peptidil- levadura se une a tres codones:
tRNA en el lugar P. Otro aminoacil-tRNA se une codones son iguales, mientras
al lugar A. Con ambos lugares ocupados, se
ocimiento de la tercera base
forma un nuevo enlace peptidico. Los tRNAs y
el mRNA son translocados por la acci6n del fac-
,s? El patron de degenera-
tor de elongaci6n G, que mueve el tRNA desa- XYU y XYC codifican
cilado al sitio E. Una vez alii queda libre para ') hacen de forma habi-
disociarse para completar el cicio. erios estericos para el
apareamiento de la tercera base debian ser menos rigidos que para las otras dos. Se o
construyeron model os de varias parejas de bases para detetminar cuales son simila-
res a los pares de bases estandar A ' U y G ' C en cuanto a distancia y angulo entre
los enlaces glicosidicos. La inosina fue incluida en este estudio puesto que aparece
en varios anticodones. Admitiendo cierta libertad esterica ("wobble", balanceo) en
el emparejamiento de la tercera base del codon, parecfan posibles las combinaciones
representadas en la Tabla 30.3.
"ex) II

N \
ribosa

La hip6tesis del balanceo esta ahora firmemente establecida. Los anticodones de

los tRNAs de secuencia conocida se unen a los codones vaticinados por esta hipote-
sis. Por ejemplo, el anticodon del tRNA de la alanina de levadura es el IGC. Este TABLA 30.3 Apareamientos permitidos
tRNA reconoce los codones CGU, GCC y GCA. Recordemos que, por convenio, las en la tercera base del codon
secuencias de los nucleotidos se escriben en el sentido 5' ~ 3', a menos que se in- segun la hipotesis del ba-
dique 10 contrario. Asi pues, I (Ia base 5' de este anticodon) se aparea con U, C 0 A lanceo
(la base 3' del codon), tal como se habfa predicho. Primera base de Tercera base de
anticodon codon
ribosa", G

PN
U
A6G
U6C
'ibO",,~ U, C, 6 A

O~N
. I
0
l.~/H N N
\
: H t;i
H
H "

(Y\~
N ~
6
N
(Y\~ #"
6
N N
W ~
n'bosa / n'b osa /
Par de bases Par de bases Par de bases
inosina-citidina inosina-uridina inosina-adenosina

Pueden hacerse dos generalizaciones con respecto a la interaccion codon-antico-

don:

1. Las dos primeras bases del codon se aparean en la forma estandar. El reconoci-
miento es exacto. Por 10 tanto, los codones que difieren en alguna de sus dos pri-
meras bases deben ser reconocidos por diferentes tRNAs. Por ejemplo, tanto UUA
como CUA codifican a la leucina, pero son lefdos par diferentes tRNAs.

2. La primera base de un anticodon determina que una molecula concreta de tRNA

pueda leer uno, dos 0 tres tipos de codones: Co A (I codon), U 0 G (2 codones) 0
I (3 codones). Asi pues, parte de la degeneraci6n del c6digo generico surge de la
imprecisi6n (balanceo) en el apareamiento de la tercera base del cod6n con la pri-
mera base del anticod6n. He aquf una razon poderosa para explicar la frecuente apa-
ricion de la inosina, uno de los nucleosidos atfpicos, en los anticodones. La inosina
eleva al ma.ximo el numero de codones que pueden ser leidos por una molecula de
tRNA determinada. En el tRNA, la inosina se forma por la desaminacion de la ade-
nosina una vez concluida la sfntesis del transcrito primario. Figura 30.21 EI RNA 165 comprueba el em-
i,Par que el balanceo es tolerante con la tercera posicion del codon pero no en parejamiento de bases entre el cod6n y el an-
las otras dos? La subunidad 30S contiene tres bases universalmente conservadas (las ticodon. La adenina 1493, una de las tres ba-
aden inas A1492 y A1493 Y la guanina 530) del RNA 16S que forman puentes de hi- ses universalmente conservadas en el rRNA 16 S,
forma puentes de hidr6geno con las bases tanto
drogeno con la cara del surco men or del duplex codon-anticodon (Figura 30.21). Es-
del cod6n como del anticod6n solamente si am-
tas interacciones sirven para comprobar si los pares de bases de Watson y Crick es- bos estan emparejados correctamente. [Tomado
tan presentes en las dos primeras posiciones del duplex codon-anticodon. No existe de J. M, Ogle y V. Ramakrishnan. Ann. Rev. Bio-
un dispositivo de inspeccion para la tercera posicion, de ahf que se toleren pares de chem. 74 (2005): 129-177, Fig. 2a.]
 bases mas variados. Este mecanismo para asegurar la fidelidad es analogo alas in-
teracciones del surco menor utilizadas por la DNA-polimerasa para un prop6sito se-
mejante (p. 794) Asf pues, el ribosoma ejerce un papef activo en fa descodificacion
de las interacciones codon-anticodon.

30.4 Los facto res proteicos desempefian papeles clave en

t
IF2(GTP)·fMet-tRNAf
+mRNA la sintesis de las proteinas
IF3 Aunque el rRNA es protagonista en el proceso de traducci6n, tambien se requieren fac-
tores proteicos para la sfntesis eficiente de las protefnas. Los factores proteicos parti-
cipan en la iniciaci6n, elongaci6n y terminaci6n de la sfntesis proteica. Las NTPasas
con lazo P de la familia de las protefnas G ejercen funciones realmente importantes.
Hay que recordar que estas protefnas sirven como conmutadores moleculares cuando
oscilan entre la forma unida a GTP y la forma unida a GDP (p. 387).

EI formilmetionil-tRNAt se coloca en el lugar P del ribosoma

Complejo de iniciaci6n 305 durante la formaci6n del complejo de iniciaci6n 70S
V Subunidad 50S + H20 Para que corruence la sfntesis de protefnas, deben ser lIevados al ribosoma el RNA
mensajero y el formilmetionil-tRNAr. l,C6mo se consigue esto? Son esenciales tres
~ IFl + IF2, GDP + P;
factores de iniciacion de naturaleza proteica (IFI, IF2, y IF3). Primero, la subunidad
ribos6mica 30S forma un complejo con IFl e IF3 (Figura 30.22). La uni6n de la su-
bunidad 30S con esos factores Ie impide unirse prematuramente con la subunidad
50S para formal' un complejo 70S inerte, desprovisto del mRNA y del tMet-tRNAf.
EI factor IFI se une cerca del lugar A y asf dirige el tMet-RNAf hacia ellugar P. EI
factor de iniciaci6n 2, un miembro de la familia de las protefnas G, se une al GTP
y el cambio de conformaci6n que se produce permite al IF2 asociarse con el for-
milmetionil-tRNA,. El complejo IF2-GTP-tRNA iniciador se une con el mRNA (en
posici6n correcta gracias ala interacci6n con la secuencia Shine-Delgarno del rRNA
16S) y con la subunidad 30S para formar el complejo de iniciacion 305. Los cam-
bios estructurales dan lugar a la eliminaci6n de IFI y de IF3. El factor IF2 estimula
Figura 30.22 Iniciacion de la traduccion en la asociaci6n de la subunidad 50S al complejo. El GTP unido a IF2 se hidroliza, ha-
procariotas. Los factores de iniciaci6n ayudan
ciendo que se libere IF2. El resultado es el complejo de iniciacion 70S.
para el primer ensamblaje del complejo de ini-
ciaci6n 305 y despues del complejo de iniciaci6n
Cuando ya se ha formado el complejo de iniciaci6n 70S, el ribosoma esta pre-
70S. parado para la fase de elongaci6n de la sfntesis de protefnas. La molecula de fMet-
tRNAf ocupa el lugar P en el ribosoma. Los otros dos lugares para las moleculas de
tRNA, ellugar A y ellugar E, estan vados. El formilmetionil-tRNAr esta situado de
forma que el anticod6n se aparea con el cod6n de iniciaci6n AUG (0 GUG 0 bien
UUG) del mRNA. Esta interacci6n coloca la pauta de lectura para la traducci6n com-
pleta del mRNA.

Los facto res de elongaci6n transportan los aminoacil-tRNAs al

ribosoma
La segunda fase de la sfntesis de protefnas la constituye el cicio de elongaci6n. Esta
fase empieza con la inserci6n de un aminoacil-tRNA en el lugar A vado del ribo-
soma. La especie molecular concreta que se inserta depende del cod6n del mRNA
que ocupe ellugar A. El arrunoacil-tRNA correspondiente no abandona simplemente
a la sintetasa para difundir hacia el lugar A, sino que una protefna de 43 kd Hamada
factor de efongacion Tu (EF-Tu) se encarga de colocarlo en ese lugar A. EI factor de
Amnioacil-
tRNA elongaci6n Tu, otro miembro de la familia de las protefnas G, se une al aminoacil-

~ Figura 30.23 Estructura del factor de elongacion Tu. Estructura del complejo entre el
~ factor de elongaci6n Tu (EF-Tu) y un aminoacil-tRNA. EI dominio amino terminal del EF-Tu
es un dominio NTPasa con lazo P similar al de otras proteinas G. [Tomado de 1B23. pdb.]
tRNA solo en la forma GTP (Figura 30.23). La union del EF-Tu al aminoacil-tRNA
cumple dos funciones. En primer lugar, EF-Tu protege de la hidrolisis al delicado
enlace ester del aminoacil-tRNA. En segundo lugar, el GTP del EF-Tu es hidrolizado
a GDP cuando se forma un complejo apropiado entre el conjunto EF- Tu-aminoacil-
tRNA y el ribosoma. Si el anticodon no esta correctamente apareado con el codon,
no tiene lugar la hidrolisis y el aminoacil-tRNA no es transferido al ribosoma. Este
mecanismo permite que la energfa libre de la hidrolisis del GTP contribuya a la fi-
deli dad en la sfntesis de las protefnas. La hidrolisis del GTP tambien libera a EF- Tu
del ribosoma.
El factor EF- Tu en su forma GDP debe unirse a otro aminoacil-tRNA. El fac-
tor de elongaci6n Ts, que es eJ segundo factor de elongacion, se une al complejo
EF-Tu e induce la disociacion del GDP. Finalmente se une GTP a EF-Tu, y se suelta
EF- Ts. Es digno de mencion que el EF-Tu no interacciona con fMet-tRNAf. POl'
eso, este tRNA iniciador no se situa en ellugar A. En cambio, el Met-tRNAm, como
todos los demas aminoacil-tRNAs, sf se une a EF-Tu. Estos hallazgos explican el
hecho de que los codones AVe internos no sean le£dos pOl' el tRNA iniciador. In-
versamente, el factor de iniciacion 2 reconoce al fMet-tRNAf pero no a los demas
tRNAs .

Este cicio GTP-GDP del EF-Tu recuerda el de las protefnas G heterotrimeri-

.:.f../)'
T cas en la transduccion de senales (p. 387) y al de las protefnas Ras en el con-
trol del crecimiento (p. 398). Esta semejanza es debida a su herencia evolutiva, ya
que el dominio terminal de EF- Tu es homo logo al dominio de las NTPasas con lazo
P de otras protein as G. Los otros dos dominios del factor EF- Tu son distintivos; es-
tos producen interacciones con el aminoacil-tRNA y con el ribosoma. En todos es-
tos enzimas emparentados, el cambio de conformacion entre las form as que contie-
nen GTP y GDP permite un cambio en las moleculas interaccionantes. Una semejanza
posterior es el requerimiento de una protein a adicional que catalice el intercambio
de GTP par GDP; ET-Ts cataliza el cambio a ET-Tu igual a como un receptor acti-
vado 10 hace para la protein a G heterotrimerica.

La formacion de un enlace peptfdico va seguida de la

translocacion, dependiente de GTP, de los tRNAs y el mRNA
Una vez que el aminoacil-tRNA correcto se ha colocado en el lugar A, la transfe-
rencia de la cadena polipeptidica desde el tRNA situado en el lugar P es un proceso
espontaneo, dirigido por la formacion de un enlace peptfdico mas fuerte a partir del
enlace ester. Sin embargo, la sfntesis de protefnas no puede continuar sin la translo-
cacion del mRNA y del tRNA dentro del ribosoma. El mRNA debe desplazarse una
distancia de tres nucleotidos de modo que el proximo codon se coloque en el lugar
A para interaccionar con el proximo aminoacil-tRNA, y el tRNA desacilado se des-
place dellugar P al E en la subunidad 30S. El desplazarniento del peptidil-tRNA del
lugar A al P hace que el mRNA se des place un codon, exponiendo el siguiente co-
don que va a ser traducido al lugar A del ribosoma.
La estructura tridimensional del ribosoma experimenta un cambio significativo
durante la translocacion, y las evidencias sugieren que la translocacion puede ser el
resultado de las propiedades peculiares del ribosoma. Sin embargo, unos factores pro-
teicos aceleran el proceso. La translocacion se potencia pOI' el factor de elongaci6n
e (EF-G, tambien llamado translocasa). En la Figura 30.24 se presenta un posible
mecanismo para acelerar el proceso de translocacion. Primero, el factor EF-G en la
forma GTP se une al ribosoma cerca dellugar A, interactuando con el rRNA 23S de
la Subunidad 50S. La union de EF-G al ribosoma estimula la actividad GTPasa de
EF-G. La hidrolisis de GTP induce un cambio conformacional que desplaza el pep-
tidil-tRNA dellugar A al lugar P, arrastrando el mRNA y el tRNA desacilado con el.
La disociacion de EF-G deja al ribosoma preparado para aceptar el proximo amino-
acil-tRNA en el lugar A.
 \ )

Figura 30.24 Mecanismo de la translocacion. En la forma GTP, EF-G se une al lugar de uni6n
de EF-Tu en la subunidad 50S, Esta estimula la hidr61isis del GTP, induciendo un cambio de con-
tRNA\ formaci6n en EF-G, la que fuerza a que las tRNAs y el mRNA se desplacen dentra del ribosama

><
la distancia correspondiente a un cad6n.

yo~'d,";m

°H
HP.~O OH
La slntesis de la protelna se termina por medio de facto res de
liberacion que leen los codones stop
La fase final de la traduccion es la terminacion, (,Como termina la sintesis de una
H
--///
0 cadena polipeptidica cuando aparece un codon stop? Normalmente los aminoacil-tR-
R NAs no se unen al lugar A del ribosoma si el codon alIi situado es UAA, UGA, 0
NH VAG, ya que las celulas normales, no contienen tRNAs con anticodones comple-
' , 'd0 /
po IIpeptl mentarios a estas sefiales de parada. Sin embargo, facto res de liberaci6n (RFs "re-
lease factors"), que son proteinas, reconocen a estos codones de parada y promue-

1 ven la liberaci6n de la protefna terminada del ultimo tRNA. Vno de estos factores,
RFl, reconoce a UAA 0 UAG. Un segundo factor, RF2, reconoce a UAA 0 VGA.
tRNA\
Un tercer factor, RF3, media en las interacciones entre RFI 0 RF2 y el ribosoma.

>< yo~'d,";m
RF3 es otra proteina G homologa de EF- Tu.
RFl y RF2 son protein as compactas que en los eucariotas recuerdan a una mo-
lecula de tRNA. Cuando estan unidas al ribosoma, las proteinas se despliegan puen-

°H HO OH
teando el boquete entre el codon stop del mRNA y el centro peptidiltransferasa de
la subunidad 50S. Aunque el mecanismo preciso de la Iiberacion aun no se conoce,
el factor de liberacion puede promover, ayudando porIa peptidiltransferasa, el ata-
que de una molecula de agua sobre la union ester, liberando la cadena polipeptidica.
El polipeptido Iiberado abandon a al ribosoma. Los RNA de transferencia y mensa-
jero permanecen unidos al ribosoma 70S hasta que el complejo entero se disocia de
una manera dependiente de GTP, en respuesta a la union de EF-G y otro factor, lla-
R~O mado factor de liberaci6n del ribosoma (RRF) (Figura 30.25).
NH
' , 'd0 /
po IIpeptl

Liberaci6n
del peptida
del tRNA
)

Figura 30.25 Terminacion de la sfntesis proteica. Un factar de liberaci6n reconace a un ca-

d6n stap en el lugar A y estimula la liberaci6n de la protefna terminada del tRNA que acupaba
el lugar P,
30.5 La sfntesis de protefnas euacarioticas difiere de la
sfntesis de protefnas procarioticas principal mente en
la iniciacion de la traduccion
EI plan basico para la sfntesis de protefnas en eucariotas y arqueas es simjlar al de
las bacterias. La mayor parte de los temas estructurales y mecanfsticos se repiten en
todos los dominios de la vida. Sin embargo la sfntesis de protefnas en eucariotas con-
lleva mas componentes proteicos que la sfntesis de protefnas en procariotas, y algu-
nos pasos son mas complicados. Algunas de las semejanzas y diferencias mas signi-
ficativas son las que siguen:

1. Ribosomas. Los ribosomas eucarioticos son mayores. Constan de una subunidad 5'0

r
grande de 60S y otra pequena de 40S que se unen para formar una partfcula de 80S, Calia
Factores de iniciaci6n
con una masa de 4200 kd, a diferencia de los 2700 kd del ribosoma procariotico de
+GTP
70S. La subunidad 40S contiene un RNA de 18S homologo del RNA procariotico de Met-tRNAi
Subunidad 40S
16S. La subunidad 60S contiene tres RNAs; los RNAs de SS y 28S son los equiva-
lentes alas moleculas procarioticas de SS y 23S; y el RNA de S,8S que es homo-
logo del extremo Sf del RNA 23S de los procariotas. Met

2. tRNA iniciador. En los eucariotas, el aminoacido de iniciacion es la metionina en

vez de la N-formilmetionina. Sin embargo, como en los procariotas, en la iniciacion
participa un tRNA especial. Este aminoacil-tRNA se denomina Met-tRNAj 0 Met-
tRNAf (el subfndice i deriva de iniciacion y el subfndice f indica que puede formi-
6 .,,"
t
larse in vitro). nATP
Subunidad 40S
can componentes
3. Iniciaci6n. El codon de iniciacion en eucariotas es siempre AUG. Los eucario- de iniciaci6n
n ADP + n Pi
tas, a diferencia de los procm'iotas, no utilizan una secuencia rica en purinas, situada
hacia el extrema Sf, para distinguir los AUGs de iniciacion de los AUGs internos,
sino que normalmente se selecciona como punto de partida el AUG mas proximo al
extremo Sf del mRNA. Los ribosomas 40S se un en al casquete 0 cofia del extremo
Sf de los mRNAs eucarioticos (p. 846) y buscan el codon AUG moviendose base-
a-base hacia el extrema 3 (Figura 30.26). En la sfntesis de protefnas en eucariotas,
f

este proceso de bUsqueda esta dirigido par helicasas que se desplazan a 10 largo del
mRNA, consumiendo ATP. EI apareamiento del anticodon de Met-tRNAi con el co-
don AUG del mRNA constituye la sefial que indica que el objetivo se ha cumplido.

V
En la mayorfa de los casos, un mRNA eucariotico solo tiene un lugar de iniciacion
yes, pOl' tanto, el molde para una unica protefna. POl' el contrario, los mRNAs pro-

.r
Subunidad 60S
carioticos tienen multiples secuencias Shine-Dalgarno y, por tanto, varios lugares
de iniciaci6n por 10 que pueden actuar como molde para la sfntesis de varias pro-
Factores de iniciaci6n
tefnas.
Los eucariotas poseen muchos mas factores de iniciacion que los procariotas y
sus interrelaciones son mas complicadas. El prefijo elF significa factor de iniciacion
eucariotico. Asf, par ejemplo, eIF-4E es una protefna que se une directamente a la
cofia 7-metilguanosina (p. 846) mientras que el elF- eIF-2, asociado al GTP, deja el
met-tRNAj sobre el ribosoma. La diferencia en el mecanismo de iniciaci6n entre pro-
cariotas y eucariotas es, en parte, una consecuencia de la diferencia en la madura-
cion del RNA. En los procariotas, el extrema Sf del mRNA se une facilmente al ri-
bosoma, inmediatamente despues de la transcripcion. Por contraste en los eucariotas,
el pre-mRNA debe ser procesado y transportado al citoplasma antes del inicio de la
traduccion. La cofia en Sf proporciona un punto de iniciaci6n facilmente reconoci- Figura 30.26 Iniciacion de la traduccion en
ble. Ademas, la complejidad de la iniciaci6n de la traduccion eucariotica provee otro eucariotas. En los eucariotas, la iniciaci6n de
mecanismo para la expresi6n genetic a que estudiaremos mas adelante, en el capf- la traducci6n comienza con el ensamblaje so-
tulo 31. bre la cofia en 5' de un complejo que incluye
la subunidad 405 y el Met-tRNAi• Dirigido por
la hidr61isis de ATP este complejo recorre el
4. La estructura del mRNA. El mRNA eucari6tico es circular. La protefna eIF-4E
mRNA hasta que aicanza el primer AUG. En-
que se une a la estructura de cofia del mRNA tambien se une a la cola de poli(A) tonces se une la subunidad 60S para formar el
a traves de dos protefnas intermediarias. La protefna se une primero a la protefna complejo de iniciaci6n 80S.

Figura 30.27 Las interacciones proteicas cie-
rran en drculo al mRNA eucari6tico. [Tornado
de H. Lodish y col. Molecular Cell Biology S' ed.
ryJ. H. Freeman and Company. 2004). Fig. 4.31.]
Figura 30.28 Los ribosomas estan unidos al
reticulo endoplasmico. En esta micrografia
electronica los ribosomas aparecen como pe-
quenos puntos negros un/dos al lade citoplas-
matico del reticulo endoplasmico dandole una
apariencia rugosa. Por el contrario, el reticulo
endoplasmico liso esta libre de ribosomas. [To-
mado de G. K. Voletz, M. M. Rolls Y T. A. Ra-
poport, EMBO Rep. 3 (2002):944-950.]
eIF-4G, la cual a su vez se une a una protein a asociada con la
cola de poli(A), llamada protefna de union a poli(A) (PABPI; Fi-
gura 30.27). La cofia y la cola son atrafdas juntas para cenar un
cfrculo con el mRNA. La estructura circular puede facilitar la re-
cuperacion de los ribosomas despues de terminar la sfntesis pro-
teica.
5. ELongacion y terminacion. Los factores de elongacion eu-
carioticos EFlex y EFI f3'Yson los equivalentes a los EF-Tu y
EF-Ts de los procariotas. La forma GTP de EFI excoloca al ami-
noacil-tRNA en el lugar A del ribosoma y el EFlf3'Y cataliza la
sustitucion del GDP unido por GTP. El EF2 eucariotico interviene
en la translocacion dirigida por GTP de la misma manera que 10 hacfa el EF-G pro-
cariotico. La terminacion en los eucariotas la realiza un unico factor de liberacion
de eRFl, a diferencia de 10 que ocurre en procariotas, donde pueden intervenir dos
protefnas. Por ultimo, el eIF3, al igual que su equivalente procariotico IF3, impide
la reasociacion de las subunidades ribosomicas en ausencia de un complejo de ini-
ciacion.
30.6 Los ribosomas unidos al retkulo endoplasmico
elaboran las proteinas de secreci6n y de membrana
Una protefna recien sintetizada en E. coli puede permanecer en el citoplasma 0 ser
enviada a la membrana plasm<itica, a la membrana externa, al espacio entre ambas
membranas 0 bien al medio extracelular. Las celulas eucarioticas pueden dirigir las
protefnas a lugares internos, como los lisosomas, mitocondrias, cloroplastos 0 el
nucleo. i,Como se realizan estos envfos? En los eucariotas la eleccion clave se hace
poco despues de empezar la sfntesis de la protefna. El destino ultimo de una pro-
tefna depende ampliamente de la localizacion del ribosoma sobre el que se sinte-
tiza.
En las celulas eucarioticas, los ribosomas permanecen Iibres en el citoplasma a
menos que se dirijan al reticuLo endopLasmico (ER), el extenso sistema membranoso
que comprende aproximadamente la mitad de la membrana celular. La region que
une los ribosomas se llama ER rugosa por su apariencia granulosa, en contraste con
el ER Liso que esta libre de ribosomas (Figura 30.28).
Los ribosomas Iibres sintetizan las protefnas que permanecen dentro de la celula,
o bien dentro del citoplasma 0 dirigidas a organulos rodeados de una doble mem-
brana, tales como nucleo, mitocondrias y cloroplastos. Los ribosomas unidos al ER
normalmente sintetizan protefnas destinadas a dejar la celula 0 por 10 menos a con-
tactar con el exterior celular desde una posicion en la membrana de la celula. Estas
protefnas corresponden a tres clases principales: proteinas de secrecion (protefnas
export adas por la celula), protefnas Lisosomicas y protefnas que atraviesan La mem-
brana pLasmatica. Practicamente todas las protefnas intrfnsecas de la membrana de
la celula, excepto las que estan localizadas en las membranas de mitocondrias y clo-
roplastos, estan formadas por los ribosomas unidos al ER.
Se utilizan diversas estrategias para enviar las protefnas sintetizadas por los ri-
bosomas libres al nucleo, peroxisomas, mitocondrias y cloroplastos de las celulas eu-
carioticas. Sin embargo, en esta seccion nos fijaremos en el envfo de las protefnas
producidas por los ribosomas unidos al reticulo endoplasmico.
Las secuencias senal marcan las protelnas para su translocaci6n
a traves de la membrana del retlculo endoplasmico
La sfntesis de las protefnas destin ad as a abandonar la celula 0 a quedarse incorpo-
radas a la membrana plasmatica empiezan a formarse sobre un ribosoma libre pero,
poco despues de que empiece su sfntesis, esta se detiene hasta que el ribosoma se
dirige al lado citoplasmMico del reticuLo endopblsmico. Cuando el ribosoma toma
contacto con la membrana, la sfntesis proteica comienza de nuevo. A medida que la
cadena peptfdica que se esta formando sale del ribosoma, esta se transporta, mien-
tras se va traduciendo, a traves de la membrana hacia el lumen del reticulo endo-
plasmico.
Los ribosomas libres que sintetizan protefnas para el uso en la celula son identi-
cos a los que estan unidos al ER. i,Cual es el proceso que dirige al ribosoma que sin-
tetiza una protefna destinada a entrar en el ER para que se una al ER? La transloca-
ci6n consta de cuatro componentes.

Sitio de Figura 30.29 Secuencias seiial amino termi-

ruptura nales de algunas proteinas de secreci6n y de
MATGSRTSLLLAFGLLCLPWLQEGSA FPT membrana plasmatica de eucariotas. EI nu-
cleo hidrof6bieo (en amarillo) esta preeedido
Proinsulina humana MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAA FVN
por unos residuos basicos (en azul) y seguido
Proalbumina bovina MKWVTF I SL L L FSSAYS RGV por un lugar de ruptura (en rojo) para la pep-
tidasa sefial.
Cadena H de anticuerpo de rat6n MKVLSLLYLLTAIPHIMS DVQ

Lisozima de polio M R 5 L L I L V L C F L P K L AA L G KV F

Promelitina de abeja MKFLVNVALVFMVVYISYIYA APE

Proteina adhesiva de Drosophila MKLLVVAVIACMLIGFADPASG CKD

Proteina 19 del maiz M A A KIF C L I M L L G L 5 AS AA T A 5 I F

Invertasa de levadura MLLOAFLFLLAGFAAKISA SMT

Virus A de la gripe humana MKAKLLVLLYAFVAG DQI

1. La secuencia sena!. La secuencia selial esta formada par una secuencia de 9 a 12

residuos de aminoacidos hidrofobicos, que a veces contienen aminoacidos cargados
positivamente (fig. 30.29). Esta secuencia nonnalmente esta cerca del extremo amino
terminal de la cadena polipeptfdica naciente. La presencia de esta secuencia identi- Une la seeueneia
/sefial al ER
fica al peptido naciente como uno de los que deben atravesar la membrana del ER.
Algunas secuencias selial permanecen en la protefna madura, mientras que otras son
cortadas por la peptidasa senal del lado luminal de la membrana del ER (Figura
30.29).

2. La part[cula de reconocimiento de la sena! (SRP). Esta particula reconoce a la

secuencia selial y se une a ella y al ribosoma tan pronto como la secuencia serial sale
de eL La SRP dirige entonces el ribosoma y la cadena polipeptfdica naciente a la
membrana del ER. La SRP es una ribonucleoprotefna formada par un RNA de 7S y
seis protefnas distintas (Figura 30.30). Una protefna, la SRP54, es una GTPasa cru-
cial para la funci6n de la SRP. La SRP se une a todos los ribosomas pero s610 10
hace con fuerza cuando el ribosoma muestra Lasecuencia selia!. La SRP va probando
los ribosomas hasta localizar a uno que exhibe la secuencia selia!. Despues de que
la SRP se une a ella, la interacci6n entre el ribosoma y la SRP cierra el lugar de
uni6n del factar de elongaci6n de modo que se detiene la sfntesis de la protefna.

3. El receptor de SRP (SR). El complejo SRP-ribosoma difunde hacia el reticulo

endoplasmico, donde la SRP se une a su receptor, una protefna intrfnseca de mem-
Figura 30.30 Particula de reconocimiento de
brana formada por dos subunidades SRa y SRI3. EI SRa es, al igual que la SRP54,
la seiial. Esta partieula (SRP) consta de seis pro-
una GTPasa. teinas (una de las euales es SRP54) y una mo-
leeula de RNA de 300 nucle6tidos. EI RNA tiene
4. El trans!ocon. El complejo SRP-SR fija el ribosoma a la membrana del ER. Allf una estruetura compleja eon muchas regiones
tropieza con la maquinaria de translocaci6n, llamada transLoc6n, una asociaci6n de de doble helicoide separadas por regiones de
multiples subunidades formada por protefnas intrinsecas y perifericas de membrana. una hebra, mostradas como eirculos. [Tomado
de H. Lodish y col. Molecular Cell Biology, 5' ed.
EI transloc6n es un conducto por el cual pueden pasar protefnas. Este conducto se
(W, H. Freeman and Company, 2004). Ver K.
abre cuando el transloc6n y el ribosoma se unen el uno al otro. Se reanuda la sfnte- Strub y eol. Mol. Cell BioI. 11 (1991): 3949-3959
sis proteica con la cadena polipeptfdica pasando, a traves de conducto del translo- y S. High Y B. Dobberstein, j. Cell BioI. 113
c6n, hacia dentro del lumen del ER. (1991): 229-233.]
Secuencia
senal

Translocon
(cerrado) Translocon
(abierto)

Figura 30.31 Cicio operacional de la SRP. (1) La sintesis proteica empieza en 105 ribosomas li-
bres. (2) Despues que la secuencia senal sale del ribosoma, se une a la SRP y la sintesis proteica
se detiene. (3) EI complejo SRP-ribosoma contacta con el receptor de SRP en la membrana del
ER. (4) La SRP y el receptor de SRP hidrolizan simultaneamente sus GTPs unidos. Se reanuda la
sintesis proteica y se libera la SRP para unirse a otra secuencia senal. (5) La peptidasa senal puede
cortar la secuencia senal en cuando entra en el lumen del ER. (6) La sintesis proteica continua
quedando la proteina dentro del ER. (7) AI completarse la sintesis de la proteina, se libera el ri-
bosoma y se cierra el tunel del translocon. [Tomado de H. Lodish y col. Molecular Cell Biology,
5' ed. (w. H. Freeman and Company, 2004). Fig. 16.6.]

En la Figura 30.31 se representan las interacciones entre los componentes de la

maquinaria de la translocacion. Para formar el complejo SRP-SR, tanto las subuni-
dades SRP54 como la SRa deb en unirse al GTP. Para que ese complejo transfiera el
ribosoma al translocon, las dos moleculas de GTP (una de la SRP y la otra del SR)
estan alineadas en 10 que es esencialmente un centro activo constituido por las dos
protefnas. Despues de que el ribosoma ha sido colocado a 10 largo del transposon,
los GTPs se hidrolizan, SRP y SR se disocian y la SRP queda Iibre para buscar una
nueva secuencia selial e iniciar un nuevo cicio. Por tanto, la SRP actua de forma ca-
talftica. La peptidasa sefial, que esta asociada con el transposon en ellumen del ER,
corta la secuencia selial de la mayorfa de las protefnas.

Las vesiculas de transporte conducen la carga de protelnas hacia

su destino final
A medida que las protefnas son sintetizadas, se pliegan para adoptar su estructura tri-
dimensional en el lumen del ER. Algunas protefnas sufren modificaciones al unirse
a azucares mediante N-enlaces. Por ultimo, las protefnas deben ser seleccionadas y
enviadas a sus destinos finales. Con independencia del destino, los principios del
trans porte son los mismos. El transporte resulta mediado por unas vesiculas de trans-
porte que emergen del ER (Figura 30.32). Las vesiculas de transporte trasladan su
carga (proteica) des de el ER hasta el complejo Golgi, donde las vesiculas se fund en
y depositan su cargamento dentro del complejo. AIIf, el cargamento protei co resulta
modificado, por ejemplo, con la union de carbohidratos (p. 317). Desde el Golgi las
vesiculas de transporte conducen el cargamento de protefnas hasta sus destinos fina-
les, como se aprecia en la Figura 30.32.
 ~Como alcanza una protefna su destino con·ecto? La protefna recien sintetizada
quedara flotando dentro del lumen del ER hasta que se una a una protefna intrfnseca
de membrana Hamada receptor de carga. Esta union secuestra la protefna carga en
una pequena region de la membrana que despues puede formar una yema de mem-
brana. La yema transportara la protefna a un destino especffico: membrana plasma-
tica, lisosoma 0 exterior celular. La clave para garantizar que la protefna alcanzara
su destino adecuado es que la protefna debe unirse a un receptor en la region del ER
asociada al destino de esa protefna. Para asegurar el emparejamiento adecuado de la
protefna con la region del ER, los receptores de carga reconocen varias caracterfsti-
cas de la protefna de carga, tales como una particular secuencia de aminoacidos 0 a
un carbohidrato afiadido.
La formaci on de abultamientos resulta facilitada por la union de proteinas de en-
voltura (COPs) ("coat proteins") en ellado citoplasmatico del abultamiento. Las pro-
tefnas de envoltura se asocian una con otra para liberar la vesicula. Despues de que
se ha formado y liberado la vesicula de transporte, las protefnas de envoltura se se-
paran para revelar otra protefna intrfnseca Hamada v-SNARE ("v" de vesicula). La
v-SNARE se unira a una t-SNARE ("t" de "target": objetivo, destino) particular en
la membrana de destino. Esta union conduce a la fusion de la vesicula de transporte
con la membrana de destino y la carga se libera. Asi pues, la asignacion de protei-
nas v-SNARE identicas a la misma region de la membrana del ER origina que una
region del ER queda asociada a un destino particular.

Exterior
Citoplasma ~ ~
'--......Proteina insertada

! 0!
en la membrana
Granulo plasmatica
1f
~ de secreci/

\ V1

Figura 30.32 Vias de envio de protein as. Las proteinas recien sintetizadas en el lumen del ER
son recogidas en los abultamientos de membrana. Estas yemas se desprenden y forman vesi-
culas de transporte. Las vesiculas de transporte conducen las proteinas de carga al complejo de
Golgi, donde se modifican. Las vesiculas de transporte Ilevan entonces la carga hacia su destino
final dirigidas por las proteinas v-SNAREy t-SNARE.
884
CAPITULO 30 Sintesis de protein as
Acci6n
Estreptomicina y otros Inhibe la iniciacion y origina una lectura erronea
aminoglicosidos del mRNA (en procariotas)
Tetraciclina Se une a la subunidad 30S e inhibe la union de los
aminoacil-RNAs (en procariotas)
Inhibe la actividad peptidiltransferasa de la subunidad
ribosomica 50S (en procariotas)
Cicloheximida Inhibe la translocacion (en eucariotas)
Eritromicina Se une a la subunidad 50S e inhibe la translocacion
(en procariotas)
Provoca la terminacion prematura de la cadena por actuar
como un analogo del aminoacil-tRNA (en procariotas y
eucariotas)

30.7 Muchos antibi6ticos y toxinas pueden inhibir

la sfntesis de las protefnas
~ Las diferencias entre los ribosomas procarioticos y eucari6ticos pueden ex-
~ plotarse para el desarrollo de antibi6ticos (Tabla 30.4) Por ejemplo, el anti-
bi6tico puromicina inhibe la sfntesis de protein as liberando las cadenas polipeptidi-
cas nacientes antes de completar su sintesis. La puromicina es un analogo de la
porci6n terminal aminoaciladenosina del aminoacil-tRNA (Figura 30.33). Este anti-
bi6tico se acopla al lugar A del ribosoma e inhibe la entrada del aminoacil-tRNA.
Ademas, la puromicina contiene un grupo a-amino. Este grupo amino, como el ami-
noacil-tRNA, forma un enlace peptidico con el grupo carboxilo de la cadena pepti-
dica creciente. El producto, un peptido que tiene una puromicina unida covalente-
mente a su extrema carboxilo, se disocia del ribosoma.
La estreptomicina, un trisacarido fuertemente basico, interfiere con la uni6n de
formilmetionil-tRNA a los ribosomas y, por tanto, impide la iniciaci6n correcta de
la sfntesis de las proteinas. Otros antibi6ticos aminoglicosfdicos como la neomicina,
kanamicina, y gentamicina interfieren con ellugar de descodificaci6n situado cerca
del nucel6tido 1492 del RNA l6S de la subunidad 30S (p. 875). EI cloranfenicol
actua por inhibici6n de la actividad peptidiltransferasa. La eritromicina se une a la
subunidad 50S y bloquea la translocaci6n. Finalmente, la ciclohexamida bloquea la
translocaci6n en los ribosomas eucari6ticos, siendo asi una herramienta de trabajo
muy util en el laboratorio para bloquear la sintesis de protefnas en celulas eucari6-
ticas.

Figura 30.33 Accion antibiotica de la puromicina. La puromicina se parece al terminal de un

aminoacil-tRNA. Su grupo amino se une al grupo carbonilo de la cadena polipeptidica en ere-
cimiento para formar un aducto que se disocia del ribosoma. Este aducto es estable debido a
que la puromicina tiene una union amida (en rojo) en vez de la union ester.
La toxina de la difteria bloquea la sfntesis de protefnas
en eucariotas al inhibir la translocacion
~ La difteria fue la principal causa de muerte infantil hasta que se
&i'5 desarrollo una inmunizacion eficaz. Los efectos letales de esta en-
fermedad se deben principalmente a una toxina proteica producida por
Corynebacterium diphtheriae, una bacteria que crece en la parte superior
del aparato respiratorio de las personas infectadas. El gen que codifica la
toxin a proviene de un fago lisogenico que se hospeda en algunas cepas de
C. diphteriae. Para personas no inmunizadas, unos pocos microgramos de
esta toxina suelen resultar letales porque inhiben la sintesis de proteinas.
Poco despues de entrar en la celula diana, la toxina se rompe en un frag-
mento A de 21 kd y un fragmento B de 40 kd. El fragmento A de la to-
xina cataliza la modi.ficaci6n covalente de un componente clave de la ma-
quina ria de sfntesis de protefnas, mientras que el fragmento B facilita el
acceso del fragmento A al citoplasma de la dlula diana.
Un solo fragmento A de la toxina puede matar a una celula. l,Por que
es tan letal? El objetivo del fragmento A es EF2, el factor de elongacion
que cataliza la translocacion durante la sintesis de proteinas en eucario-
tas. EF2 contiene diftamida, un residuo de aminmicido atipico cuya fun-
cion no se conoce y que se forma por una modificacion, posterior a la traduccion, de Figura 30.34 Bloqueo de la translocacion por
la histidina. El fragmento A cataliza la transferencia del fragmento adenosina difos- la toxina difterica. La toxina de fa difteria blo-
fato ribosa del NAD+ a un Momo de nitrogeno del anillo de la diftamida (Figura quea la sfntesis proteica en eucariotas catafi-
zando la transferencia de una unidad de ADP-
30.34). Esta ADP-ribosilaci6n de una unica cadena lateral de EF2 bloquea su ca-
ribosa, procedente del NAD+, a la diftamida,
pacidad para llevar a cabo la translocaci6n de la cadena polipeptfdica creciente. La un resto aminoacido modificado del factor de
sintesis de protein as se detiene, 10 que explica la extraordinaria toxicidad de la to- elongacion 2 (translocasa). La diftamida esta
xina difterica. formada por una modificacion postraduccional
(en azul) de un residuo de histidina.

La ricina es una N-glicosidasa que inhibe la sfntesis de protefnas

~ La ricina es una biomolecula que aparece con frecuencia en las noticias por
&i'5 su utilizacion potencial como agente bioterrorista. La ricina es una pequena
protein a (65 kd) presente en las semillas de la planta de ricino, Ricinus communis.
Es ciertamente una molecula mortifera, porque una cantidad tan exigua como 500 f.Lg
resulta letal para el hombre adulto y una sola molecula es capaz de inhibir la sinte-
sis de protefnas de una celula, provocandole la muerte.
La ricina es una proteina heterodimerica compuesta por una cadena catalitica A
unida mediante un tinico puente disulfuro a una cadena B, que se une a la galactosa
de la superficie de la celula diana. La cadena B permite que la toxina se una a la ce-
lula y esta union conduce a una captacion endocitotica del dimero y la eventual li-
beracion de la cadena A dentro del citoplasma. La cadena A es una N-glicosidasa,
cuyo sustrato es el nucleotido de adenosina 4324, universalmente conservado, del
rRNA 28S. La eliminacion de la base adenina inactiva completamente al ribosoma
porque impide la union de los factores de elongacion. Por consiguiente tanto la ri-
cina como la toxin a difterica acttian inhibiendo el proceso de elongacion en la sin-
tesis de las proteinas; la ricina 10 hace al modificar de forma covalente el rRNA y la
difteria porque modifica tambien de forma covalente al factor de elongacion.

30.1 La slntesis de protelnas requiere la traduccion de secuencias

de nucleotidos a secuencias de aminockidos
La sintesis de proteinas se llama traduccion
sente como una secuencia de acidos nucleic
rente: la secuencia de aminoacidos en una
esta mediado por la interaccion coordinada
debido a que la informacion pre-
os se traduce a un lenguaje dife-
proteina. Este complejo proceso
de mas de 100 macromoleculas,
886 incluyendo mRNA, rRNAs, tRNAs, aminoacil-tRNA sintetasas y otros facto-
CAPiTULO 30 Sfntesis de protefnas res proteicos. Dado que las protefnas contienen por regIa general de 100 a
1000 aminoacidos, la frecuencia con la que se incorpora un aminoacido in-
correcto en el curso de la sfntesis proteica debe de ser menor de 10-4. Los
RNAs de transferencia son los adaptadores que sirven de enlace entre los aci-
dos nucleicos y los aminoacidos. Estas moleculas, cadenas simples de unos
80 nucleotidos, tienen una estructura en forma de L.

30.2 Las aminoacil-tRNA sintetasas interpretan el codigo genetico

Cad a aminoacido es activado y unido a un RNA de transferencia especffico
por un enzima llamado aminoacil-tRNA sintetasa. Cada enzima une el grupo
carboxilo de un aminoacido al grupo hidroxilo en 2' 03' de la unidad de ade-
nosina de la secuencia CCA, en el extrema 3' del tRNA, mediante una union
ester. Existe al menos una aminoacil-tRNA sintetasa especffica y al menos un
tRNA especffico para cada aminoacido. Una sintetasa utiliza tanto los grupos
funcionales como la forma de sus aminoacidos analogos para impedir la union
de un aminoacido incorrecto al tRNA. Algunas sintetasas tienen un centro ac-
tivo diferente en el que se eliminan, por hidrolisis, los aminoacidos unidos de
modo incorrecto. Una sintetasa puede reconocer el anticodon, el tallo aceptor
y, a veces, otras partes de su tRNA sustrato. Mediante el reconocimiento es-
pecffico de los aminoacidos y los tRNAs, las aminoacil-tRNA sintetasas ha-
cen efectivas las instrucciones del codigo genetico. Existen dos tipos, evolu-
tivamente distintos, de sintetasas; cada uno de ellos reconoce 10 aminoacidos.
Las dos clases reconocen caras opuestas de las moleculas de tRNA.

30.3 Un ribosoma es una partfcula ribonucleoproteica (70S) formada

por una subunidad pequena (305) y otra grande (50S)
La sfntesis de protefnas tiene lugar en los ribosomas: partfculas ribonucleo-
protei cas (aproximadamente dos tercios de RNA y un tercio de protefna) cons-
tituidas por una subunidad grande y otra pequefia. En E.coli, el ribosoma 70S
(2700 kd) esta formado par las subunidades 30S y 50S. La subunidad 30S se
compone del RNA ribosomico 16S y 21 protefnas diferentes; la subunidad
50S se compone de los rRNA 23S y 5S Y 34 protefnas diferentes. La estruc-
tura de casi todos los componentes del ribosoma ha sido ya determinada a ni-
vel de su resolucion atomica.
Las protefnas se sintetizan en el sentido de amino a carboxilo y el mRNA
se traduce en la direccion 5'---7 3'. La sefial de partida en el mRNA procario-
tico es normal mente AUO precedida por una secuencia rica en purinas que
puede formar parejas de bases con el rRNA 16S. En los procariotas, la trans-
cripcion y la traduccion estan estrechamente acopladas. Varios ribosomas pue-
den traducir simultaneamente un mRNA, formando un polisoma.
EI ribosoma incluye tres lugares para la union con el tRNA lIamados A
(aminoacilo), P (peptidilo) y E (exit, salida). Cuando un tRNA unido al pep-
tido en crecimiento ocupa el lugar P, otro aminoacil-tRNA se une al lugar A.
Se forma un enlace peptfdico cuando el grupo amino del aminoacil-tRNA
ataca nucleofflicamente al ester carbonflico del peptidil-tRNA. Tras la for-
macion del enlace peptfdico, los tRNAs y el mRNA deben translocarse para
que comience el proximo ciclo. EI tRNA desacilado se desplaza al lugar E
y abandona el ribosoma, mientras el peptidil-tRNA se desplaza del lugar A
al lugar P.
Los codones del RNA mensajero reconocen los anticodones de los RNAs
de transferencia en vez de los aminoacidos unidos a esos tRNAs. Un codon
en el mRNA forma pares de bases con el anticodon del tRNA. Algunos tRNAs
reconocen a mas de un codon debido a que el apareamiento de la tercera
base del codon es menos crftico que el de las otras dos (el mecanismo del
balanceo).
traduccion (p. 857) secuencia Shine-Dalgarno (p. 870) peptidasa seiial (p. 881)
ribosoma (p. 857) centro de la peptidiltransferasa (p. 872) particula de reconocimiento de la seiial
RNA de transferencia (tRNA) ( p. 859) hipotesis del balanceD (p. 874) (SRP) (p. 881)

codon (p. 859) factor de iniciacion (p. 876) translocon (p. 881)

anticodon (p. 859) factor de elongacion Tu (EF-Tu) (p. 876) vesicula de transporte (p. 882)

aminoacil-tRNA sintetasa (p. 862) factor de elongacion Ts (EF-Ts) ( p. 876) protefnas de envoltura (p. 883)

subunidad 50S (p. 866) factor de elongacion G (EF-G) (p. 877) v-SNARE (p. 883)

subunidad 30S (p. 866) Factores de liberacion (p. 880) t-SNARE (p. 883)

polisoma (p. 870) Secuencia seiial (p. 880)

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1. Mecanismo de La sintetasa. La formacion de isoleucil-tRNA se
realiza a traves de la formaci on de un intermediario Ile-AMP ligado
reversiblemente al enzima. Predecir si a partir del 32pp; se obtendnl
ATP marcando con 32p, cuando se incube con el enzima de activa-
cion especffico a cada una de las siguientes series de componentes:
(a) ATP y 32pp;
(b) tRNA, ATP Y 32pp;
(c) Isoleucina, ATP y 32pp;
2. Ribosomas pesados y ligeros. Se aislaron ribosomas de bacterias
que habfan crecido en un medio "pes ado" (13C y ISN) Y de bacterias
que habfan crecido en un medio "ligero" (12C y I4N). Estos riboso-
mas 70S se afiadieron a un sistema in vitro que realizaba activamente
sfntesis de protefnas. Se analizo una alfcuota extrafda varias horas
mas tarde pOl'centrifugacion en gradiente de densidad. i,Cuantas ban-
das de ribosomas 70S cabe esperar vel' el gradiente de densidad?
3. ELprecio de La sfntesis de protefnas. i,Cual es el menor numero
de moleculas de ATP y GTP consumidas en la sfntesis de una pro-
tefna de 200 residuos, a partir de sus aminoacidos? Suponer para ese
calculo que la hidrolisis del PP; es equivalente a la hidrolisis de ATP.
4. Comparando tipos de eLongaci6n. Hay dos mecanismos basicos
para la elongacion de las biomoJeculas. En el tipo 1, el grupo de ac-
tivacion (marcado con una X) se libera de la cadena en crecimiento.
En el tipo 2, el grupo de activacion se libera de la unidad entrante
cuando esta se incorpora a la cadena en crecimiento. Indicar si cada
una de las siguientes biosfntesis se produce por medio del meca-
nismo del tipo 1 0 del tipo 2:
D-D-D-D-<8) + ® D-D-D-D-<8) + ®
Tipo 1 Tipo 2
(a) Sfntesis de glucogeno.
(b) Sfntesis de acidos grasos.
(c) Cs -7 CIO -7 CIS en la biosfntesis del colesterol.
(d) Sfntesis de DNA.
(e) Sfntesis de RNA.
(f) Sfntesis de protefnas.
5. Supresi6n de cambios de paula. La insercion de una base en una
secuencia codificadora provoca un cambio en la pauta de lectura, que
en casi todos los casos da lugar a una protefna no funcional. Propo-
ner una mutacion en el tRNA que anule el cambio de pauta.
6. Marcando un Lugar deL ribosoma. Disefiar un reactivo de mar-
cado por afinidad para uno de los sitios de union de tRNA a los ri-
bosomas de E. coLi.
Lord, M. J., Jolliffe, N. A., Marsden, C. J., Pateman, C. S., Smith, D. S.,
Spooner, R. A., Watson, P. D. Y Roberets, L. M. 2003. Ricin: Mecha-
nisms of toxicity. Taxicol. Rev. 22: 53-64.
7. Mutaci6n vfrica. Un mRNA transcrito a partir de un gen del fago
T7 contiene la secuencia de bases
t
5' -AACUGCACGAGGUAACACAAGAUGGCU-3'
Predecir el efecto de una mutacion que cambiase la G sefialada con
una flecha por una A.
8. Dos l1uftodos sinteticos. Comparar y contrastar la sfntesis de pro-
teinas pOl' los ribosomas y la sintesis de peptidos por el metodo de
fase solida (ver Seccion 3.4).
9. Aumento de LafideLidad. Comparar la precision de (a) la replica-
cion del DNA, (b) la sintesis de RNA y (c) la sintesis de proteinas.
i,Que mecanismos se utilizan en cada uno de estos procesos para ase-
gurar la fidelidad?
10. Hidr6Lisis deL GTP aumentada. Los ribosomas aceleran notable-
mente la hidrolisis del GTP unido al complejo formado por EF- Tu Y
el aminoacil-tRNA. i,Cual es el significado biologico de este aumento
de la actividad GTPasa provocada por los ribosomas?
II. BLoqueo de La traducci6n. Disefiar una estrategia experimen-
tal para desconectar la expresion de un mRNA especffico sin alte-
rar el gen que codifica a la protefna ni los elementos de control del
gen.
12. ProbLema direccionaL. Supongamos que tenemos un sistema de
sfntesis de protein as activo, sintetizando una protein a Hamada A.
Ademas, conocemos que la protefna A tiene cuatro lugares sensibles
a la tripsina, igualmente espaciados en la proteina, y que pOl' diges-
tion con tripsina da los peptidos AI, A2, A3, A4 Y As. EI peptido AI
es el amino terminal y el As el peptido carboxilo terminal. Final-
mente, sabemos que el sistema requiere de 4 minutos para sintetizar
la protefna A completa. En el tiempo, t = 0, afiadimos los 20 ami-
noacidos, cada uno marcado con 14c.
(a) Al tiempo, t = 1 minuto, aislamos del sistema la proteina A in-
tacta, y tambien los 5 peptidos. i,Que peptido estara mas marcado?
(b) A los 3 minutos, i,cuaJ sera el orden de marcaje de los peptidos
de mayor a menor?
(c) i,Que nos indica este experimento acerca de la direccion de la
sfntesis de protefnas?
13. Traductor. La aminoacil-tRNA sintetasa es el unico componente
de la expresion genetica que descodifica el codigo genetico. Expli-
carlo.
14. Un dispositivo sincronizado. EF- Tu, un miembro de la familia
de las protefnas G, juega un papel crucial en los procesos de elon-
gacion y traduccion. Supongamos que se afiade un analogo de GTP
que se hidrolice lentamente a un sistema de elongacion. i,Cual puede
ser el efecto en la velocidad de la sintesis de protefnas?
 (c) La tasa inicial de la actividad helicasa de eIF-4 0,2 fLM fue me-
15. Ataque molecular. i,Cual es el grupo nuc1eofflico en la reaccion dida a continuacion varian do las cantidades de eIF-4H (grafico B).
catalizada por la peptidiltransferasa? Escribir un posible mecanisme i,Que relacion de eIF-4H respecto a eIF-4 produce la actividad op-
para esta reaccion. tima?

16. Elecci6n evolutiva de aminoacidos. La olUitina es estructural-

mente semejante a la lisina excepto en que la cadena lateral de la or-
nitina tiene metileno men os que la de la lisina. Los intentos para sin-
tetizar y aislar ornitil-tRNA no han tenido exito. Proponer una
explicacion mecanicista. (Sugerencia: los anillos de seis miembros
son mas estables que los anillos de siete miembros).

Problemas de integracion del capitulo

17. Ya visto. i,Que proteina en las cascadas de protefnas G juega un
papel similar al de factor de elongacion Ts?

18. Parecido familiar. EI factor de elongacion eucariotico 2 es in-

hibido por ADP-ribosilacion catalizada por la toxina de la difteria. (d) A continuacion, se ensayo el efecto de la estabilidad de la he-
i,Que otras protein as G son sensibles a este modo de inhibicion? lice RNA-RNA en la tasa inicial de desenrollamiento, en presencia
y en ausencia de IF-4H (grafico C). i,Como yarra el efecto eIF-4H
con la estabilidad de la helice?
Problema de interpretacion de datos
19. Auxiliar de la helicasa. El factor de iniciacion eIF-4 presenta
'Q) 2,0
actividad helicasa de RNA, dependiente de ATP. Otro factor de ini- .~
;oj
ciacion, eIF-4H, ha side propuesto como auxiliar de la accion del Il)..c

eIF-4. EI grafico A presenta algunos resultados experimentales de un "!':!

ro Il) 1,5
ensayo que permite medir la actividad helicasa de eIF-4 en presen- 'u"
cia de eIF-4H. :~ .8
:Jl ~ S610 elF4A
(a) i,Cuales son los efectos sobre la actividad helicasa de eIF-4 por ~'E 1,0
~'"
c=
la presencia de eIF-4H? -2
(b) i,Por que la medida de la actividad helicasa de eIF-4H por sf sola :Jl
Il)

sirve como un control importante? "0~5 ~8 ~1 ~4 ~7

(C) Estabilidad de la helice (~G en kcal mol-1)

(e) i,Como puede el eIF-4H afectar a la actividad helicasa de eIF-4A?

Il)

" [Datos de N. J. Richter, G. W. Rodgers, Jr., J. O. Hensold y W. C.

o~
c020 Merrick, 1999. Further biochemical and kinetic characterization of
E
.!!!
human eukaryotic initiation factor 4H. 1. BioI. Chem. 274:35415-
E~
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'" V1
Il) 35424.]
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4 6 8 10 12 14 16
Tiempo (minutos)