Mechanisms of DNA Uptake by Naturally Competent Bacteria - En.es

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com
GE53CH08_Dubnau ARjats.cls 14 de agosto de 2019 11:49
Revisión Anual de Genética
Mecanismos de absorción de ADN por

bacterias naturalmente competentes
David Dubnau1y Melanie Blokesh2

proporcionado por la Universidad de Saskatchewan el 23/08/19. Sólo para uso personal.
1Instituto de Investigación de Salud Pública, Facultad de Medicina de Nueva Jersey, Universidad de Rutgers, Newark, Nueva
Jersey 07103, EE. UU.; correo electrónico: dubnauda@njms.rutgers.edu
2Laboratorio de Microbiología Molecular, Instituto de Salud Global, Facultad de Ciencias de la

año Rev. Genet. 2019.53. Descargado de www.annualreviews.org Acceso
Vida, Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), CH-1015 Lausanne, Suiza
año Rev. Genet. 2019. 53:8.1–8.21 Palabras clave
ÉlRevisión Anual de Genéticaestá en línea en

transformación, competencia, captación de ADN, transporte de ADN, detención del crecimiento,
genet.annualreviews.org
fratricidio
https://doi.org/10.1146/annurev-
genet-112618-043641 Resumen
Copyright © 2019 por Revisiones anuales. Todos los
La transformación es un mecanismo generalizado de transferencia horizontal de genes en
derechos reservados
bacterias. La captación de ADN en el compartimento periplásmico requiere un pilus de
captación de ADN y la proteína de unión a ADN ComEA. En las bacterias gramnegativas, el
ADN es atraído primero hacia la membrana exterior por la retracción de la
pilus y luego absorbido por la unión a ComEA periplásmico, actuando como un trinquete
browniano para evitar la difusión hacia atrás. Es probable que un mecanismo similar también
opere en las bacterias grampositivas, pero estos sistemas no se han caracterizado tan bien.
El transporte, definido como el movimiento de una sola hebra de ADN transformante al
citosol, requiere la proteína de canal ComEC. Aunque se sabe menos sobre este proceso,
puede ser impulsado por el simporte de protones. En esta revisión también describimos
varios fenómenos que están coordinados con la expresión de la competencia para la
transformación, como el fratricidio, la matanza discriminatoria por parentesco de las células
vecinas y la detención del crecimiento mediada por la competencia.
8.1
Revisar por adelantado se publicó por primera vez el
21 de agosto de 2019. (Todavía pueden ocurrir
cambios antes de la publicación final).

1. INTRODUCCIÓN
El descubrimiento de la transformación natural en 1928 (45) condujo a la primera evidencia 16 años después
de que el ADN era un portador de información genética (5). A pesar de la importancia histórica y biológica del
ADN y de un catálogo casi completo de las proteínas requeridas, todavía nos falta una comprensión detallada
del mecanismo de transformación; ¿Cómo cruza un polianión largo las formidables barreras que rodean a las
células bacterianas? Dadas las poderosas herramientas modernas de la genética, la biología celular y la
biología estructural, parece probable que estemos preparados para un rápido progreso y es oportuno revisar
lo que sabemos y lo que no sabemos sobre la transformación y su biología relacionada; este campo no ha sido
revisado desde el valioso resumen de Johnston et al. (62) en 2014.
La transferencia génica horizontal clásica (HGT) en bacterias está mediada por transformación, conjugación y
transducción. Además, existen modos de transferencia no canónicos, que incluyen agentes de transferencia de genes,
vesículas de membrana que contienen ADN y nanotubos que se extienden entre las células y permiten el paso del ADN
(31, 41, 110). En esta revisión, discutimos solo la transformación natural programada genéticamente, que se basa en
proteínas codificadas por la célula receptora, a diferencia de la electroporación o la transformación química. Nos
enfocamos en los mecanismos de transferencia de ADN a la célula receptora y en el contexto biológico de la
transformación. Debido a las limitaciones de espacio, omitimos las referencias a la literatura más antigua y remitimos al
lector interesado a los artículos de revisión (16, 19, 23, 39, 62).
2. DISTRIBUCIÓN Y REGULACIÓN DE LA TRANSFORMABILIDAD

Aunque la transformación natural está muy extendida, la transferencia de genes se ha documentado en
relativamente pocas especies bacterianas [aproximadamente 80 según Johnston et al. (62)]. La mayoría de los
genes que se requieren para la transformación se identificaron inicialmente a partir de una pantalla
sistemática de transposones enBacillus subtilis(2, 48), caracterizado además por secuenciación y
posteriormente identificado en otras bacterias, lo que revela que los genes que codifican proteínas de
transformación están ampliamente conservados. Johnston et al. (62) y Pimentel & Zhang (90) han publicado
discusiones sobre la filogenia de proteínas de transformación. La mayor parte de lo que sabemos sobre la
transformación se deriva de varios organismos modelo:Vibrio cholerae,Neisseria gonorrhoeae,Haemophilus
influenzae,Helicobacter pylori, yAcinetobacterspp. representan las bacterias gramnegativas y las grampositivas
B. subtilisysteotococos neumoniaLos sistemas han sido más intensamente estudiados.
Aunque los genes de transformación parecen expresarse constitutivamente enNeisseriay
Helicobacter, en la mayoría de las especies están regulados por elaboradas vías de transducción de
señales. El estado de expresión en el que las bacterias pueden transformarse se denomina
competencia, y la regulación de la competencia ha sido un rico campo de investigación (62, 70, 83, 99).
Aquí, no comentamos extensamente sobre la regulación excepto para señalar que, a diferencia de las
proteínas bien conservadas que logran la transformación por sí mismas, los sistemas reguladores
varían notablemente, habiendo evolucionado para satisfacer los requisitos del estilo de vida de cada
especie bacteriana. Es importante destacar que la regulación de la competencia para la transformación
suele ir acompañada de la corregulación de genes sin funciones aparentes en la transformación per se.
Este hallazgo general, que discutimos en la Sección 7,
3. TRANSFORMACIÓN: DEFINICIONES Y BREVE VISIÓN GENERAL

La transformación debe proceder en varios pasos, dictados en parte por la anatomía de la célula bacteriana (
Figuras 1y2). Usamos el término captación para referirnos a la entrada de ADN transformante (tDNA) en el
periplasma y el movimiento a través de la membrana externa o la pared celular de peptidoglicano. Reservamos
el término transporte para atravesar la membrana celular. Aunque el término periplasma tiene
8.2 Dubnau•Blokesch

ADNt
ComGC
PG
FinA
Ven a
METRO
ComGA ComEC
b C d mi
Figura 1
Un modelo para la captación de tDNA enBacillus subtilisysteotococos neumoniay posiblemente en otras bacterias grampositivas. (a) El ADN se une al
DU-pilus, que luego se retrae, tirando del tDNA a través de la pared celular. Un bucle del ADN entra en contacto con ComEA, que está anclado a la
membrana. ComEA media la captación del tDNA, posiblemente por un mecanismo de trinquete browniano. ComEC transporta una hebra al citosol,
mientras que enS. pneumoniaeEndA degrada la segunda hebra. Un DU-pilus que se extiende hacia el espacio extracelular no se ha mostrado enB.
subtilis, y EndA no existe enB. subtilis.(b) Localización polar del complejo de captación de ADN enB. subtilis. Los focos amarillo y cian representan
ComGA-YFP polar y ComFA-CFP, respectivamente. Se recogieron imágenes de la misma celda desplazando ligeramente la platina. (C) El mismo
filamento empobrecido en FtsZ se muestra en las cuatro imágenes. Los canales que se muestran de izquierda a derecha están teñidos con DAPI
(revelando nucleoides), teñidos con yoduro de propidio (mostrando el citoplasma continuo), fluorescencia de ComGA y GFP fusionados y canales
DAPI y GFP fusionados. PanelesbyCse reproducen de la Referencia 50 con autorización. (d) DU-pilus deS. pneumoniae fotografiado por
inmunofluorescencia (verde) mientras que la celda está etiquetada con DAPI (magenta) y ambos canales se fusionan en una imagen de campo claro.
(mi) DU-pilus separado deS. pneumoniae(triangulos verdes) con ADN unido (flechas rojas). Panelesdymireproducido de la referencia 69. Abreviaturas:
CFP, proteína fluorescente cian; DAPI, 4′,6-diamidino-2-fenilindol; DU, captación de ADN; GFP, proteína fluorescente verde; M, membrana; PG,
peptidoglucano; ADNt, ADN transformante; YFP, proteína amarilla fluorescente.
asociado clásicamente con bacterias gramnegativas, existe un compartimento equivalente en bacterias

grampositivas (75, 76). Usamos periplasma aquí para referirnos a los compartimentos entre las membranas
externa e interna en las bacterias gramnegativas y entre la pared celular y la membrana en las bacterias
grampositivas.
El ADN primero debe unirse a la superficie celular y entrar al periplasma. En las bacterias grampositivas, esta
captación implica atravesar la pared celular gruesa (Figura 1). EnB. subtilis, por ejemplo, la capa de peptidoglicano/
ácido teicoico tiene un grosor de 30 a 40 nm (75), lo que corresponde a aproximadamente 10 pb o una vuelta completa
de ADN en forma B. En las bacterias gramnegativas, la pared es mucho más delgada y quizás consiste en una sola capa
de peptidoglicano, pero hay una membrana externa que también debe atravesarse (Figura 2). En casi todas las
bacterias transformables, la captación requiere pili tipo IV (T4P) o estructuras similares a pilus. La única excepción
conocida esH. pylori, en el que se requieren proteínas de secreción tipo IV, en lugar de T4P (57). EncholeraeyN.
gonorrhoeaeel pilus de captación de ADN (DU-pilus) se retrae
www.revisionesanuales.org•Absorción de ADN por bacterias competentes 8.3


a
ADNt
OM
PG
pilq Ven a
pilA
ESTOY
PilB PílT ComEC

b C d
1s 2 segundos 3 segundos
4 segundos 5 segundos 6 segundos
Fase ComEA-mCherry
Figura 2
Un modelo para la captación de tDNA enVibrio choleraeyNeisseria gonorrhoeaey posiblemente en otras bacterias gramnegativas. (a) El ADN se une al DU-pilus,
que se retrae, tirando así del tDNA cerca de las superficies celulares o a través del OM. La retracción se logra mediante el retorno de las subunidades de pilina al
IM. El ADN entrante entra en contacto con ComEA, que está libre en el periplasma y que media en la captación del ADNt mediante un mecanismo de trinquete
browniano. (b) Visualización del DU-pilus decholeraepor inmunofluorescencia (100) en condiciones de sobreproducción de PilB (micrografía proporcionada por P.
Seitz). (C) Retracción de un DU-pilus en un vivo inducido por competenciacholerae célula marcada con un colorante de maleimida reactivo con tiol. Se indica el
tiempo relativo en segundos. Adaptado de la Referencia 1. (d)Enfoque la formación de ComEA sobre la unión de tDNA dentro del periplasma. Barra de escala: 2
μm. Paneldadaptado de la referencia 102. Abreviaturas: DU, captación de ADN; IM, membrana interna; OM, membrana externa; PG, peptidoglicano; ADNt, ADN
transformante.
e introduce el tDNA a la proteína de competencia de unión al ADN ComEA, que media la captación por un
mecanismo de trinquete browniano. En las bacterias grampositivas, en las que ComEA está anclado a la
membrana, el mecanismo de transporte es menos claro. Después de la captación, el ADN debe encontrar y
atravesar la membrana celular, casi con certeza a través de la proteína del canal de la membrana, ComEC, y
finalmente, después de ingresar al citosol, el ADN debe recombinarse con una región homóloga de un genoma
receptor o, en el caso de un plásmido no homólogo. El ADN debe volver a ensamblarse para formar una
molécula competente para la replicación. La recombinación, que utiliza RecA y varias proteínas de unión a ADN
monocatenarias, da como resultado una molécula heterodúplex porque el ADN que entra en el citosol es
monocatenario. EnS. pneumoniaela endonucleasa EndA localizada en la membrana, la primera proteína de
transformación identificada (95), degrada una cadena a medida que la otra se transfiere al citosol (78) (Figura 1
). Esta hebra transformadora entra con 3′→5′la polaridad y la degradación de la hebra no transformante
procede con 5′→3′polaridad. EndA no está bajo control de competencia en

S. pneumoniaey también funciona para ayudar a las bacterias a escapar de las trampas extracelulares de
neutrófilos durante la infección (8). No se ha identificado la nucleasa que degrada el ADN no transformante en
otros sistemas de transformación, ninguno de los cuales codifica EndA. Las cadenas donante y receptora en el
heterodúplex se resuelven por replicación o, en algunos casos, por reparación de errores de apareamiento
(58). Finalmente, se invierte el estado competente, un paso necesario en las bacterias en las que el estado
competente impone la detención del crecimiento. No sabemos por qué el transporte de una sola hebra parece
ser una característica común de la transformación, pero puede ser que el ADN de una sola hebra sea un mejor
sustrato para la recombinación que el ADN dúplex, que las proteínas de unión al ADN de una sola hebra
faciliten el transporte, que El ADN monocatenario es menos susceptible a las enzimas de restricción.
En las bacterias gramnegativas, el ADN que entra en el periplasma se vuelve resistente a la ADNasa
añadida, lo que proporciona una herramienta experimental útil. Si la adición de DNasa no elimina el ADN ni
interfiere con el rendimiento de los transformantes, podemos estar seguros de que el tDNA al menos ha
pasado al periplasma. En las bacterias grampositivas, en las que la difusión de la DNasa no se ve impedida por
una membrana externa y es posible que atraviese la pared, la resistencia a la DNasa a veces se ha equiparado
con el transporte al citosol. Ahora está claro que, como en las bacterias gramnegativas, la resistencia al ADN en
al menosB. subtiliscaptación de señales en el periplasma (15; J. Hahn & D. Dubnau, datos no publicados), y este
hallazgo ha llevado a una reevaluación de los datos obtenidos con bacterias grampositivas (consulte la Sección
5.1).
4. SITIOS CELULARES DE TRANSFORMACIÓN

Varios informes han identificado los sitios celulares de captación de ADN. en forma de varillaB. subtilis, tanto la unión
como la absorción del ADN tienen lugar cerca de los polos celulares, cerca de los lugares donde se acumulan muchas
de las proteínas competentes (Com) (50, 65, 74) (Figura 1). Lo más probable es que esta localización no se deba a una
propiedad subpolar particular (p. ej., la curvatura de la membrana) o al sitio para la unión a la proteína Com. Cuando se
inhibe la división celular, por ejemplo, por el agotamiento de FtsZ, los filamentos largos que contienen 4′Se forman
cuerpos nucleares teñidos con ,6-diamidino-2-fenilindol (DAPI). Significativamente, las proteínas Com etiquetadas con
proteínas fluorescentes se ensamblan en focos que están espaciados regularmente entre los nucleoides en estos
filamentos.Figura 1) en lugar de ocupar posiciones cerca de los polos (50). Además, cuando las células normales (no
filamentosas) se estudian mediante microscopía de lapso de tiempo durante el desarrollo de la competencia, las
proteínas Com fluorescentes se distribuyen primero en múltiples focos asociados a la membrana que se unen
gradualmente para formar grandes focos subpolares a medida que aumentan las concentraciones de las proteínas. 49).
Un modelo simple puede explicar estos datos; los pequeños focos iniciales pueden difundirse a lo largo de la
membrana y luego fusionarse aleatoria e irreversiblemente, como las gotas de lluvia que caen por una ventana. A
medida que estos focos aumentan de tamaño, los nucleoides los amontonan para ocupar posiciones cerca de los polos
o entre los cuerpos nucleares en los filamentos. Así, las posiciones subpolares de las proteínas Com enB. subtilispuede
deberse a la autoorganización, una conclusión respaldada por la incapacidad de los venenos energéticos para impedir
el movimiento gradual de los focos de proteína Com hacia los polos (49). Esto no significa que la acumulación subpolar
de proteínas Com carezca de importancia biológica; puede ser una forma útil para que la célula aumente la
concentración local de estas proteínas para facilitar su asociación. EnH. pylori, que gustaB. subtilistiene una forma
alargada, la transformación también tiene lugar preferentemente cerca de los polos (108). EnS. pneumoniae, la
captación de ADN procede en la mitad de la célula (9). A diferencia deB. subtilis, en el que la expresión de la
competencia es en gran medida un fenómeno de fase estacionaria, la competencia enS. pneumoniaese desarrolla en
células en crecimiento, y se postuló que la ubicación de la célula media corresponde a sitios de remodelación de
peptidoglicano. Estos sitios de captación enS. pneumoniae también se colocalizaron con EndA y con ComEA. Se observó
un patrón diferente encholerae yN. gonorrhoeae; El ADN entró en el periplasma en lugares aleatorios alrededor de la
célula, pero luego, en


N. gonorrhoeae, formaron focos en los tabiques y se colocalizaron con la proteína de unión al ADN ComEA (40, 101,
102). La ubicación de la captación de ADN y de la maquinaria de transformación probablemente estará dictada en cada
sistema por el tamaño y la forma celular y por las tasas de crecimiento de la pared celular y la membrana en el
momento del desarrollo de la competencia.
5. CAPTACIÓN DE TDNA, ENLACE INICIAL Y ESPECIFICIDAD

5.1. Pilus de captación de ADN
Entre los genes y proteínas de captación están aquellos que se asemejan a T4P y las proteínas del sistema de secreción
de tipo II relacionadas. Estos han sido identificados en todas las bacterias transformables a excepción de
H. pylori(ver Sección 5.5).El conjunto central de genes que codifican las proteínas T4P generalmente incluye dos
ATPasas de tráfico, una peptidasa localizada en la membrana dedicada, una pilina principal, varias pilinas
menores y una proteína de membrana politópica (42). La peptidasa elimina una secuencia señal corta del
extremo N de las proteínas pilina. Todo esto suele ser cierto para las proteínas que forman pili de
transformación, excepto que enB. subtilisyS. pneumoniaesólo está presente una ATPasa aparente, ComGA. Es
posible que se necesiten otras proteínas para formar el DU-pilus. por ejemplo, enB. subtilislas oxidorreductasas
de tiol-disulfuro reguladas por competencia BdbC y BdbD son necesarias para introducir enlaces disulfuro en la
pilina principal y en la proteína del canal de transformación, ComEC (32, 77). Las estructuras de T4P a menudo
se consideran típicas de las bacterias gramnegativas, en las que las proteínas T4P forman un filamento delgado
que se extiende desde la superficie celular y puede usarse para otras funciones además de la transformación
(p. ej., motilidad, adhesión a superficies, fijación de fagos, discriminación de parentesco e incluso conductancia
eléctrica) (1, 42). Sin embargo, también existen estructuras similares entre las bacterias grampositivas,
especialmente en los clostridios y enStreptococcus sanguinis, donde funcionan en la motilidad (80), y enS.
pneumoniae yB. subtilisen conexión con la transformación (21, 69). EnS. pneumoniaeun filamento largo se
ensambla bajo control de competencia (Figura 1), Mientras enB. subtilisun polímero está presente pero no se
ha demostrado un filamento largo similar. Nos referimos a estas estructuras colectivamente como DU-pilus.
Las T4P de las bacterias gramnegativas son estructuras dinámicas que se pueden ensamblar y
desarmar (Figura 2) y en la mayoría de los casos están claramente controlados por un par de ATPasas
dedicadas (42). Antes del ensamblaje, las pilinas principales procesadas residen en la membrana, con
sus largas hélices N-terminales cruzando la membrana y los extremos C hacia el exterior. El ensamblaje
es impulsado por la primera ATPasa, que da como resultado la extracción de las hélices transmembrana
de la membrana. Estas hélices luego se empaquetan una contra la otra para ensamblar el filamento. El
desmontaje es impulsado por la segunda ATPasa, que invierte el proceso, devolviendo las subunidades
al grupo de proteínas pilina en la membrana. Hermosas imágenes de tomografía crioelectrónica han
confirmado aspectos de este modelo y representan las dos ATPasas de tráfico debajo de la membrana
cerca una de la otra. y cerca de la proteína conservada en la membrana.pilQ(Figura 2). Las dos ATPasas
hexámeras interactúan con la proteína de membrana de manera mutuamente excluyente, para lograr
el ensamblaje o desensamblaje del filamento, tal vez rotando la proteína de membrana en diferentes
direcciones para cada proceso. Hace muchos años se sugirió que el pilus extendido podría adherirse al
ADN y retraerse, acercando el ADN al cuerpo celular y tal vez incluso tirando de parte de él a través de
la membrana externa hacia el periplasma (56). Se han confirmado aspectos de este modelo provocativo
paracholerae, en el que los pili marcados con fluorescencia se visualizan a medida que se extienden,
atrapan una molécula de ADN y se retraen, llevando el ADN a la superficie celular (35). Es plausible
proponer, pero aún no demostrar, que un bucle de ADN de doble cadena es jalado a través del poro de
secretina por el DU-pilus que se retrae, donde entra en contacto con el aparato de captación (ver
Sección 5.4) e inicia la captación hacia el periplasma.

EnN. gonorrhoeae, la pilina ComP menor se une al tDNA (12). ComP no es necesario para el montaje del
DU-pilus, pero se propuso empaquetarlo dentro de la fibra del pilus. Esta disposición, en comparación, por
ejemplo, con una ubicación en la punta del filamento, presumiblemente aumentaría las posibilidades de que el
DU-pilus encuentre ADN ambiental. Además, la ubicación de ComP dentro del filamento DU-pilus ha llevado a
los investigadores a sugerir un modelo provocativo para la captación de ADN por retracción (12, 27). La
supuesta rotación del pilus DU durante la retracción haría que el ADN se enrollara alrededor del pilus DU
dentro de los surcos prominentes que se enrollan alrededor del
N. gonorrhoeaesuperficie del filamento Estos surcos están revestidos con cargas positivas y son tan profundos como
1,5 nm. El diámetro de laN. gonorrhoeaeT4P es de 6 a 7 nm (27) y el del ADN en forma B es de 2 nm.
Envolver los surcos minimizaría el diámetro del complejo DU-pilus-DNA y tal vez permitiría la retracción
para jalar el complejo a través del poro de secretina, que tiene un canal central mínimo de
aproximadamente 7 a 9 nm pero probablemente sea dinámico (17, 43) . Encholerae, se identificó una
pilina menor mediante mutaciones que redujeron la unión al ADN sin interferir con la dinámica de DU-
pilus (35). Aunque los videos que documentan la extensión, encuadernación y retracción encholerae
mostrar el ADN marcado con fluorescencia como una gran mancha durante todo el proceso, una parte
del ADN envuelto sería difícil de detectar por fluorescencia y su unión a lo largo del filamento DU-pilus
podría verse impedida por la adición covalente de fluoróforos al ADN y al DU-pilus. D. Dubnau y M.
Blokesch han encontrado difícil obtener resultados de captación consistentes con ADN modificado
covalentemente encholeraeyB. subtilis(datos no publicados), y se justifica la precaución al interpretar
algunas de las conclusiones extraídas utilizando dicho ADN. La microscopía electrónica de tinción
negativa también detectó la unión del ADN en múltiples puntos en los pelos largos producidos por
expertosS. pneumoniae(69) (Figura 1), aunque aún no se sabe si la unión es a una pilina menor o a la
subunidad principal del pilus, ComGCSpn.
Es tentador concluir que la retracción de DU-pilus es general, pero la ausencia de una ATPasa de retracción
obvia al menos hace que se detenga la extensión de este modelo a las bacterias grampositivas. Cualquiera que
sea el mecanismo, es seguro que el DU-pilus es necesario en estos organismos para la unión estable al tDNA y
para la captación. Casi todas las proteínas requeridas para el ensamblaje del DU-pilus están codificadas en el
COMGoperones deB. subtilisyS. pneumoniae, cuyo primer gen,comGA, codifica una ATPasa que reside en la
cara interna de la membrana celular y es necesaria para el ensamblaje del DU-pilus (21, 22) (Figura 1). La
mutación de los motivos Walker A o B de ComGA impide el ensamblaje de DU-pilus, lo que sugiere un papel
para su actividad ATPasa, pero ningún otro gen ATPasa está contenido en elCOMGlugar. Si el modelo dinámico
DU-pilus se aplica a estas bacterias, varias posibilidades pueden explicar la aparente ausencia de un segundo
COMGATPasa. Primero, una ATPasa de retracción puede codificarse en otro lugar. Cuando elN. gonorrhoeae
retracción ATPasa (PilTONG) se utiliza para buscar
S. pneumoniaeyB. subtilisgenomas, las únicas proteínas detectadas con una similitud impresionante son
comGASpnycomGABsu; si existe una ATPasa de retracción en estas bacterias, debe ser atípica. En segundo lugar,
es concebible que ComGA pueda funcionar a la inversa y que haya un mecanismo de embrague en la base del
DU-pilus. Sobre la base de los datos estructurales (17), esto podría requerir que ComGA se separe de la
proteína de membrana incrustada (ComGB) y luego se vuelva a unir en una orientación opuesta.
Recientemente se ha descrito una ATPasa bifuncional para el pilus de adherencia estrecha (tad) de Caulobacter
crescentus(36). En tercer lugar, el desmontaje todavía puede tener lugar encholeraeyN. gonorrhoeae, aunque
lentamente y probablemente solo en algunas células y con el ejercicio de una fuerza muy reducida, cuando la
ATPasa de retracción está inactiva (35, 117). Este desmontaje probablemente se deba a la disociación
espontánea del filamento, con subunidades que regresan a la membrana.
Una posibilidad intrigante es que ComFA sea una ATPasa de retracción atípica. ComFA, como ComGA, está
ubicado en la cara interna de la membrana y la mutación del sitio ComFAWalker A inactiva la proteína, lo que
da como resultado un mutante que puede unirse al tDNA pero no puede convertirlo en resistente a la DNasa
(71, 72). Debido a que se creía que la resistencia a la ADNasa indica transporte al citosol, ComFA


ha sido considerada como una ATPasa de transporte. Esto sería consistente con su parecido con las helicasas
de la familia DEAD, lo que sugiere que podría trasladar una hebra de ADN al citosol. Esta sugerencia también es
consistente con un informe de que el ADN monocatenario estimula la actividad ATPasa de ComFASpn(28).
Además, la proteína ComFC citosólica, codificada en el mismo operón que ComFA, exhibe un fenotipo similar
cuando se inactiva y se une a ComFA (28). A pesar de estos importantes resultados, vale la pena considerar que
ComFA es una ATPasa de retracción o incluso puede desempeñar dos funciones: translocasa y ATPasa de
retracción. el fracaso decomFAmutantes para convertir el tDNA en resistencia a la DNasa es consistente con la
sugerencia de que se necesita ComFA para iniciar la absorción desmontando el DU-pilus y tirando de un bucle
de tDNA a través de la pared. Además, ComFA y ComGA están muy cerca uno del otro; cuándocomFAse elimina,
ComGA se desestabiliza notablemente (67), pero cuando se introduce una mutación puntual Walker A en
ComFA, ComGA es tan estable como en la cepa de tipo salvaje, lo que sugiere que la estabilización requiere la
proteína ComFA en sí en lugar de su función enzimática (M . de Santis, J. Hahn & D. Dubnau, datos no
publicados). In vivo, ComGA y ComFA se colocalizan estrechamente mediante microscopía (50). EnN.
gonorrhoeaey
cholerae, que tienen ATPasas de retracción T4P dedicadas, no hay ortólogos de ComFA con buena
similitud en toda la longitud de la proteína. Para resolver estos problemas, es esencial visualizar la
dinámica de DU-pilus enB. subtilisyS. pneumoniaeen las células de tipo salvaje y mutantes.
5.2. Enlace inicial enBacillus subtilis

EnB. subtilis, existe evidencia de un evento de unión al tDNA reversible independiente del DU-pilus (15, 74).
Mirouze et al. (84) encontraron que el tDNA se une a un sitio de la superficie que incluye ácido teicoico de la
pared, modificado por la acción de la supuesta glicosil transferasa, TuaH. De acuerdo con este modelo, tuaH
está bajo control de competencia (11, 84) y el ácido teicoico de la pared se extiende más allá de la pared celular,
al menos enestafilococo aureus(76). La relación del DU-pilus con la unión del ácido teicoico a la pared no está
clara. Una proteína similar a TuaH es codificada porS. pneumoniaey tal vez un paso de unión temprano
análogo esté presente en otros sistemas de transformación grampositivos.
5.3. especificidad
La mayoría de las bacterias pueden internalizar el ADN sin preferencia aparente de secuencia. Sin embargo,
para una eficiencia de transformación óptima enN. gonorrhoeaeyH influenzae, cada molécula de ADNt debe
contener una secuencia de captación de ADN: ATGCCGTCTGAA paraN. gonorrhoeae(3) y AAGTGCGGT más dos
tractos cortos ricos en T paraH influenzae(79). EnN. gonorrhoeaeel receptor que determina esta especificidad
es la proteína menor DU-pilina ComP (12). El requisito de especificidad a menudo se considera un mecanismo
de aislamiento genético, similar al aislamiento sexual en organismos superiores. no está claro por qué
N. gonorrhoeae,H influenzae, y las especies estrechamente relacionadas invocan este mecanismo mientras que otras
no lo hacen. Quizá esto sea importante paraN. gonorrhoeaeporque es constitutivamente competente y debe
protegerse continuamente contra el ADN invasor.
5.4. Proteína de captación de ADN: ComEA
Cuando el DU-pilus lleva un segmento del tDNA al periplasma, entra en contacto con ComEA, una proteína de
unión al ADN que contiene dos motivos hélice-horquilla-hélice (HhH). Éstos suelen tener una longitud
aproximada de 20 residuos y se unen de forma no específica al ADN de doble cadena (29). En bacterias
gramnegativas, ComEA se localiza en el periplasma como una proteína soluble (20, 102) (Figura 2), mientras
que ComEABsuy ComEASpnestán anclados a la membrana celular por hélices que atraviesan la membrana N-
terminal, con sus sitios HhH localizados en el periplasma (92) (Figura 1). En ambos

bacterias gramnegativas y grampositivas, se requiere ComEA para que el tDNA se vuelva resistente a la DNasa,
lo que sugiere que la proteína es necesaria para la absorción en el periplasma. Sorprendentemente, enN.
gonorrhoeaeycholerae, ComEA marcado con fluorescencia se acumula rápidamente en el sitio de captación de
tDNA (40, 102) (Figura 2). Cuando cualquiera de los dos motivos HhH de ComEAVchse eliminó, el ADNt no se
absorbió y no se produjo la reubicación de la proteína mutante (102), lo que demuestra que estos procesos
dependen de la unión al ADN. Una predicción de estructura tridimensional in silico de ComEAVch
reveló la presencia de dos residuos de lisina en la región de horquilla del primer motivo HhH. Uno de estos
residuos de lisina (K63) está altamente conservado entre los homólogos de ComEA. Los experimentos de
acoplamiento revelaron que lo más probable es que K63 se inserte en el surco menor, contactando así con
ambas hebras de ADN. Esta predicción fue respaldada por resultados que mostraron una absorción y
transformación deficientes del ADN en mutantes que carecían de K63 (102). La contribución del segundo HhH
no está clara, pero es tentador especular que contribuye a la compactación del ADN unido dentro del
compartimento periplásmico confinado.
EnN. gonorrhoeaeycholerae, grandes cantidades de tDNA pueden acumularse en el periplasma, al menos
40 kbp enN. gonorrhoeae(40), lo que sugiere que la captación en el periplasma está desacoplada del
transporte a través de la membrana interna. De hecho, ComEAVchlos focos no se ven afectados cuando se
elimina ComEC (102). Los investigadores han sugerido que un trinquete browniano dependiente de la unión de
ComEA rectifica la difusión de tDNA a través del poro de secretina (54, 102). Este modelo está fuertemente
respaldado por la reubicación mencionada anteriormente de ComEA al sitio de entrada, por la dependencia de
la tasa de absorción de la cantidad deVen aONGen el periplasma, y ajustando la dependencia fuerza-velocidad
de la captación enN. gonorrhoeaea una ecuación que modela un trinquete browniano (54). Una nota de
precaución se deriva del uso de ADN fluorescente modificado covalentemente que evita el transporte al citosol
y del uso de colorantes intercalados que alteran la estructura del ADN (105). Es concebible que se produzca una
menor acumulación de tDNA en el periplasma con DNA no modificado y que se haya despreciado una
contribución del transporte a la captación periplásmica tirando del tDNA. Sin embargo, parece seguro que la
unión de ComEA al tDNA rectifica la difusión y compacta el DNA (101), contribuyendo de forma importante a la
captación. Fuerte evidencia refuta la noción de que la retracción de DU-pilus impulsa la captación; mediciones
de trampa óptica de captación de tDNA enN. gonorrhoeae
(54) mostró que este proceso procede a un ritmo y con una fuerza de inversión mucho menor que los
deN. gonorrhoeaeRetracción T4P.
Se sabe menos sobre la captación en las bacterias grampositivas. Cuando se visualizó ComEA en
B. subtilispor fusión a proteína fluorescente amarilla o por inmunofluorescencia, se presentaba como
focos, distribuidos por la membrana, a diferencia de otras proteínas Com que adoptaban una
localización subpolar (50, 64). Aún no se sabe si esta distribución cambia con la adición de tDNA o si la
acumulación de tDNA tiene lugar en el periplasma.
5.5.Helicobacter pyloriy el sistema de secreción tipo IV

Aunque todos los sistemas de transformación conocidos se basan en ComEC para el transporte (consulte la
Sección 6), parecen haber adoptado dos máquinas distintas, la T4P y los sistemas de secreción tipo IV (T4SS),
para la absorción en el periplasma. Captación al periplasma enH. pyloriestá mediado por un conjunto único de
proteínas T4SS en lugar de T4P y ComEA (57). Estas proteínas componen una nanomáquina que media la
transferencia de ADN durante la conjugación (p. ej., la exportación de ADN deAgrobacterium tumefaciensa las
células vegetales). Aunque las proteínas T4SS forman una estructura continua con complejos de membrana
externa e interna conectados por un tallo periplásmico (73), la transformación enH. pylori es un proceso de dos
pasos, con el ADN primero absorbido por el periplasma y luego transportado al citosol mediante un proceso
que requiere el canal ComEC (108). Es notable queCampylobacter jejuni, que está estrechamente relacionado
conH. pylori, utiliza proteínas T4P para la transformación (116).H. pylori


La transformación es claramente un caso especial. Debido a que T4P debe estar activo fuera de la
membrana celular, es posible que no funcionen en el entorno de bajo pH del estómago, un problema
que podría haberse evitado mediante el reclutamiento de un T4SS.
5.6. Fragmentación de ADN y NucA

EnB. subtilisyS. pneumoniae, el tDNA se puede recuperar de la célula transformada en forma fragmentada,
poco después de la unión inicial (33, 68). La endonucleasa NucA parece ser la responsable de esta escisión enB.
subtilis(91). NucA se expresa bajo control de competencia y tiene un solo dominio transmembrana, con su sitio
activo en el periplasma. Por lo tanto, se encuentra con el ADN después de haberlo introducido en este
compartimento. NucA existe en complejo con Nin, que parece moderar la actividad de la nucleasa (104).
Cuándonucase inactivó, la tasa de transformación disminuyó y el rendimiento de transformantes disminuyó
aproximadamente diez veces (91). Este hallazgo fue indicativo de un papel de NucA en la generación de
extremos para el transporte de tDNA. Cuándoninse inactivó, la transformación también disminuyó
aproximadamente en la misma cantidad, tal vez porque NucA sin controlar introduce mellas excesivas. NucA
no parece estar presente enS. pneumoniaey alguna otra endonucleasa periplásmica debe desempeñar un
papel similar.
6. TRANSPORTE Y DEGRADACIÓN DE LA FIBRA NO TRANSFORMADORA
La transformación requiere la gran proteína de membrana politópica ComEC en todas las bacterias
transformables. Además de ComEC y posiblemente ComFA, solo ComFVCh, el ortólogo del ComFC grampositivo,
parece ser necesario para el transporte (100). ComEC ha sido más ampliamente estudiado enB. subtilis(32). La
topología de membrana compleja de ComEC y su requisito absoluto para la transformación sugieren
fuertemente que actúa como una proteína de canal para el paso de tDNA. Aunque la unión del tDNA aB.
subtilisocurre fácilmente en unΔcomECcepa, el ADN radiomarcado sigue siendo sensible a la ADNasa (48, 59).
Esto no implica que el tDNA no pueda pasar al periplasma, porque enΔcomECcepas deB. subtilis, ComFA está
desestabilizado (67) y es posible que ComFA esté involucrado en la captación. Análisis topológico in silico (111),
aplicado a las secuencias ComEC deB. subtilis,S. pneumoniae,N. gonorrhoeae,cholerae, yAcinetobacterspp.,
sugiere que hay de 9 a 13 segmentos transmembrana y 2 dominios grandes no localizados en la membrana. Se
prevé que estos dos dominios residan en el periplasma o en el citosol. Una aproximación experimental a la
topología ComEC enB. subtilisutilizando fusiones paralacZyphoAha sugerido la presencia de 7–8 segmentos de
membrana y coloca ambos dominios no membranosos en el periplasma (32). Se ha demostrado que los dos
dominios solubles y presumiblemente periplásmicos interactúan cuando se expresan conjuntamente en
Escherichia coli(F. Khaja & D. Dubnau, datos no publicados).Un análisis bioinformático reciente de ComECBsu(6)
predijeron dos dominios solubles que corresponden aproximadamente a los dominios periplásmicos sugeridos
experimentalmente (32). Estos se identificaron por tener proteínas de pliegue OB y β-lactamasa. Las proteínas
de plegado de β-lactamasa son hidrolasas que contienen zinc (4) y las proteínas de plegado OB se unen al ADN
monocatenario. Estos autores proponen que el dominio β-lactamasa es la nucleasa que degrada la cadena no
transformante. Estas intrigantes predicciones requieren una investigación experimental utilizando dominios de
proteínas purificadas.
La fuerza impulsora del transporte es incierta. Los investigadores han utilizado experimentos con trampas
ópticas, en los que el ADN se une a una perla en la trampa y las bacterias se unen a una superficie, para
estudiar la relación fuerza-velocidad de la transformación. EnB. subtilis, estos experimentos indicaron que en
relativamente pocos casos la unión reversible inicial fue seguida por una unión irreversible y luego por un
acortamiento de la unión de ADN entre la perla y la célula (74). Unión irreversible y

el acortamiento de la atadura dependía de las proteínas ComG, de acuerdo con la idea de que se requiere el
DU-pilus para la unión estable y para la absorción. AΔcomECLa cepa exhibió unión pero no mostró
acortamiento de la atadura, lo que concuerda con el papel de ComEC como canal de transporte y sugiere una
fuerza de tracción sobre el ADN a medida que cruza la membrana. Transporte enB. subtilisprocedió con una
velocidad de aproximadamente 80 bp/s, que fue esencialmente invariable con fuerzas de hasta
aproximadamente 40 pN y ocurrió sin pausas detectables a una resolución temporal de 1 s. Mediciones
masivas de tasas de transformación enS. pneumoniaehan producido estimaciones de aproximadamente 100
pb/s (78), lo que está razonablemente de acuerdo con laB. subtilisdatos. Si se requiriera ComFA para el
transporte, la unión o hidrólisis de ATP sería una fuente potencial de la energía necesaria para mover una sola
hebra a través del canal ComEC. Sin embargo, esto debe conciliarse con la observación de que enB. subtilisel
transporte se interrumpió rápidamente en presencia de venenos de desacoplamiento, antes de que la reserva
de ATP se agotara de manera detectable (74). Por lo tanto, el simporte de protones puede ayudar al transporte
y la evidencia experimental anterior de esto se obtuvo en cultivos a granel deB. subtilisyH influenzae (14, 112).
También es concebible que contribuya un mecanismo de trinquete browniano, en el que las hebras
individuales quedan atrapadas por varias proteínas de unión al ADN citosólico, como SsbB, DprA y RecA, que se
expresan bajo control de competencia. Puede ser que el transporte sea un proceso complejo, que requiera
diferentes fuentes de energía en cada paso.
7. PROCESOS COREGULADOS POR COMPETENCIAS

7.1. Detención del crecimiento asociado a la competencia
B. subtilisen el estado competente (11) expresa aproximadamente 100 genes bajo el control de ComK, de los cuales solo
aproximadamente 20 son claramente necesarios para la transformación; la mayoría de los aproximadamente 80 genes
restantes se han eliminado y no se detectó ningún efecto sobre la frecuencia de transformación (J. Hahn & D. Dubnau,
datos no publicados). Por esta razón, se invocó el término estado K para enfatizar que cuando se expresa ComK se
involucra más que una transformación. Las bacterias en estado K no solo toman ADN libre para la transformación, sino
que detienen su crecimiento. Como consecuencia, estas células pueden tolerar antibióticos como la penicilina, un
antibiótico betalactámico que se dirige a la pared celular (61, 87), la kanamicina y el ácido quinolona oxolínico (51).
La detención del crecimiento en el estado K requiere ComGA (51) (figura 3). Como se describe en la Sección 5.1,
ComGA es una ATPasa que se localiza en la cara interna de la membrana e impulsa el alargamiento de DU-pilus. Sin
embargo, además de esta función, ComGA también detiene el crecimiento de las células en estado K y tiene los
siguientes efectos. (a) El ensamblaje del replisoma está bloqueado a través de un mecanismo desconocido. (b) ComGA
se une a RelA, inhibiendo así la hidrólisis de la alarmona (p)ppGpp. Como consecuencia del aumento de los niveles de
alarmona, se inhibe la síntesis de ARN ribosómico, lo que restringe el crecimiento celular. (C) ComGA evita que se forme
el polímero FtsZ similar a la tubulina conocido como anillo Z (52). El último efecto puede ser simplemente una
consecuencia de la incapacidad de las células de crecimiento retardado para alcanzar la longitud crítica requerida para
la formación del anillo Z (51). Se ha propuesto que ComGA media en la inhibición de la elongación celular mediante un
segundo mecanismo (85). ComGA se une a la proteína similar a la actina MreB y puede actuar para secuestrar esta
proteína, inhibiendo así el crecimiento. En apoyo de este modelo,mrebexpresión se ve reforzada por el regulador de
competenciacomK(11, 85).
El retraso en la división de las células que escapan del estado K puede durar varias horas una vez que se diluyen en
medio fresco y sirven como punto de control para garantizar la integridad cromosómica adecuada después de la
integración del tDNA. También es posible que este retraso prolongado en el crecimiento sirva para proteger a las
células en estado K de los antibióticos y otras agresiones tóxicas y que, por lo tanto, el estado K sea una adaptación que
permite a la célula tomar muestras de ADN ambiental y soportar sustancias tóxicas. De hecho, varias proteínas
desintoxicantes bajo el control de ComK, así como varias que están involucradas en la determinación de la forma celular
y la división celular (11), se expresan en el estado K.


a b
Asamblea replisoma comGA+
ComGA
ComGA Elongación de la replicación

+ Rela síntesis de ARNr
formación de anillo Z ΔcomGA
División celular
C dCélulas no competentes
3 minutos 9 minutos 15 minutos 21 minutos 27 minutos 33 minutos 39 minutos 45 minutos

COMM Elongación de la replicación

Inicio de la constricción
2 celdas 4 celdas
~24 minutos
~42 minutos
2 celdas 4 celdas
COMM cierre del tabique 3 minutos 9 minutos 15 minutos 21 minutos 27 minutos 33 minutos 39 minutos 45 minutos
División celular
Células competentes
figura 3
Detención del crecimiento corregulado por competencia enBacillus subtilisysteotococos neumonia. (a) Detención del crecimiento durante el estado K enB. subtilis
. ComGA inhibe el ensamblaje del replisoma. Además, ComGA y RelA interactúan, lo que hace que se acumule (p)ppGpp, lo que inhibe el alargamiento de la
replicación y la síntesis de ARNr. (b) Las células en estado K (células ComK ON) se detienen para el ensamblaje del replisoma, lo que lleva a una reducción de los
focos del replisoma (DnaX-YFP) en presencia de ComGA pero no en su ausencia. Las celdas encuadradas se muestran ampliadas junto a cada imagen. Panelb
adaptado con permiso de la Referencia 51. (C) La proteína competente ComM retrasa la división celular en
S. pneumoniae. En el tipo salvaje, ComM pospone la formación de células hijas al inhibir el inicio de la constricción del tabique en las células
predivisionales, así como su cierre. (d)Imágenes de lapso de tiempo deS. pneumoniaeproducir FtsZ-GFP en condiciones que no inducen
competencia y que inducen competencia. Tenga en cuenta el retraso en el inicio y finalización de la constricción del anillo Z en competenteS.
pneumoniaecélulas. Imágenes combinadas del contraste de fase (gris) y la GFP (verde) se muestran los canales. Paneldadaptado de la Referencia
10. Abreviatura: GFP, proteína fluorescente verde; ARNr, ARN ribosomal.
Un aspecto fascinante e inesperado de laB. subtilisEl estado K ha sido descubierto recientemente por
Rosenthal et al. (98). ComK, que induce transcripcionalmente el estado K, también induceéxito,que codifica
succinato co-A ligasa, lo que conduce a la producción y secreción de acetato. Por lo tanto, el metabolismo
central del carbono está alterado en la subpoblación en estado K. Aunque el beneficio de aptitud física de este
cambio metabólico es incierto, particularmente porque el acetato secretado presumiblemente afectará a toda
la población, este descubrimiento enfatiza que sería un error peligroso considerar el estado K como sinónimo
de transformabilidad.
Un fenotipo de detención del crecimiento similar para naturalmente competenteS. pneumoniaeha sido
descrito, a pesar de que el modo de acción es diferente de la deB. subtilis. De hecho, dos vías paralelas que
dependen de ComM y StkP son responsables del retraso en el crecimiento de las células competentes.
S. pneumoniae(10). ComM es una proteína de membrana inducida por competencia con potencial inhibitorio

contra el inicio de la división celular, así como la constricción del anillo Z (figura 3). De hecho, la producción
artificial de ComM en no competentesS. pneumoniaefue suficiente para inhibir el crecimiento (10, 109). De
acuerdo con este hallazgo, una fusión traduccional entre la proteína fluorescente verde y ComM se localizó en
la posición de la célula media cerca de la maquinaria de división celular. StkP es una serina/treonina quinasa de
tipo eucariota que coordina la división celular en este organismo a través de la fosforilación y desfosforilación
de proteínas corriente abajo (44). inducida por la competenciaS. pneumoniae las células modulan a la baja la
actividad de StkP por un mecanismo desconocido, lo que provoca la subfosforilación de la proteína de división
celular DivIVA (10). Un estudio anterior informó que la DivIVA fosforilada estimula la síntesis de peptidoglucano
septal, mientras que su forma no fosforilada fomenta la síntesis de la pared celular periférica y, por lo tanto, la
elongación celular (38). Junto con la acción de ComM, la disminución de DivIVA fosforilada en competentesS.
pneumoniaepor lo tanto, las células podrían contribuir al retraso de la división celular. Como se sugiere paraB.
subtilis, el retraso en el crecimiento deS. pneumoniaese considera crucial para completar la transformación
antes de que las células reanuden el crecimiento y contribuye al mantenimiento de la integridad del genoma
(10).
7.2. Competencia y Antibióticos

La observación de que la detención del crecimiento acompaña a la inducción de competencia y la capacidad de captar
ADN en ambosB. subtilisyS. pneumoniaeabre nuevas y emocionantes preguntas sobre el fenómeno de la persistencia
bacteriana. De hecho, las subpoblaciones de crecimiento lento o de crecimiento detenido a menudo muestran una
menor susceptibilidad a la muerte mediada por antibióticos dentro de una población por lo demás susceptible. Estas
células persistentes pueden reanudar el crecimiento normal después de que se eliminen las tensiones externas (37). En
este contexto, la presión selectiva episódica ejercida por un antibiótico β-lactámico (penicilina G) seleccionado paraB.
subtiliscélulas (61). Se sugirió que esta selección de persistentes que no crecen contribuye al mantenimiento de la
competencia natural y, por lo tanto, de la absorción y transformación del ADN. Más recientemente, este hallazgo se
extendió a otros antibióticos que se dirigen a las células en crecimiento activo, como el aminoglucósido kanamicina y el
ácido quinolona oxolínico (51). Estos hallazgos sugieren que las infecciones causadas por ciertas bacterias
naturalmente competentes pueden ser propensas al fracaso del tratamiento con antibióticos y a la recaída. Por lo tanto,
se requieren estudios futuros para investigar si la detención del crecimiento ligada a la competencia también ocurre en
bacterias gramnegativas.
Varias clases de antibióticos también son potentes desencadenantes de diversos modos de HGT, incluida la
competencia natural (7, 46, 93). Los mecanismos moleculares subyacentes de la inducción de la competencia mediada
por antibióticos se han estudiado principalmente enS. pneumoniae(93). Por ejemplo, los aminoglucósidos como la
estreptomicina y la kanamicina aumentan el número de errores de decodificación durante la traducción, lo que hace
que se acumulen proteínas mal plegadas, al igual que las mutaciones en genes que codifican proteínas ribosómicas que
alteran la precisión de la codificación. Como la serina proteasa bacteriana HtrA se dirige a las proteínas mal plegadas,
se propuso que la competencia entre los sustratos de HtrA conduce a una desrepresión de la competencia enS.
pneumoniaedebido a la proteólisis reducida del péptido estimulante de la competencia (CSP) (107). Por lo tanto, este
vínculo entre el estrés de traducción y la competencia natural podría representar una estrategia evolutiva para
mantener la integridad de codificación del genoma (107).
Un segundo ejemplo de inducción de competencia mediada por antibióticos enS. pneumoniaetambién depende de
la dinámica de la CSP. En este caso, el antibiótico aztreonam y el inhibidor de la β-lactamasa ácido clavulánico se
dirigieron a la proteína 3 de unión a penicilina D, D-carboxipeptidasa, lo que provocó una separación celular
perturbada. Como consecuencia, surgieron bacterias encadenadoras, que propagaron eficientemente la señal CSP y
condujeron a la inducción de competencia local (30). A diferencia de estudios recientes (86), Prudhomme et al. (94)
demostraron que el CSP no sigue un modo clásico de detección de quórum, mediante el cual las moléculas difusibles
informan sobre la densidad celular de la población y conducen a un comportamiento de grupo coordinado. En cambio,
CSP permaneció adherido a la superficie celular y posteriormente


se propaga a las células vecinas de una manera dependiente del contacto celular. Como consecuencia,
surgió una subpoblación iniciadora al comienzo de la competencia y, posteriormente, la competencia se
propagó por toda la población (94).
Porque elcomCDEoperón, que codifica la vía reguladora aguas arriba de la competencia en
S. pneumoniae, se encuentra cerca del origen de la replicación (o yo) (dentro de 3 kb), se ha sugerido que la
colocalización sirve como un medio para detectar las tasas de replicación y ajustar la competencia en consecuencia (25).
Slager et al. (103) amplió este punto de vista al mostrar que elo yoEl número de copias del gen proximal cambia cuando
S. pneumoniaese trata con antibióticos. Los antibióticos que se dirigen directa o indirectamente a la replicación del ADN
en bacterias (p. ej., ciprofloxacina y trimetoprim) bloquean las horquillas de replicación. Sin embargo, en presencia de
estos agentes, el inicio de la replicación del ADN continuó, lo que resultó en un aumento del número de copias deo yo
-genes proximales. Junto con el aumento en el número de copias, se incrementaron los niveles de transcripción de
comCDE, que desencadena un ciclo de retroalimentación positiva que da como resultado una inducción de competencia
total (103). Colectivamente, estos ejemplos de inducción de competencia mediada por antibióticos indican que la
competencia es un mecanismo clave que permiteS. pneumoniaepara hacer frente a las tensiones. De hecho, la
inducción de la competencia enS. pneumoniaeDurante mucho tiempo se ha sugerido que se debe en parte a la
ausencia de un sistema SOS de buena fe, que en otros organismos contribuye a la supervivencia bajo estrés genotóxico
(24). Consistente con esta idea es que la bacteria gramnegativa no relacionadaLegionella pneumophilatambién carece
de unE. coli–tipo respuesta SOS y en su lugar induce una competencia natural en respuesta a las fluoroquinolonas o al
agente que daña el ADN mitomicina C (18).
7.3. Fratricidio asociado a la competencia

La inducción de la competencia enS. pneumoniaepor agentes que dañan el ADN, junto con el hecho de queS.
pneumoniaemetila activamente el ADN monocatenario entrante para reducir su degradación (63), planteó el
argumento de que la transformación natural podría servir como mecanismo de reparación del ADN, al menos
en este organismo, que carece de reparación SOS. En consonancia con este hallazgo es que competenteS.
pneumoniaemata a sus hermanos en un proceso conocido como fratricidio. La inducción de la competencia
natural en clonalS. pneumoniaecultivos desencadena la lisis de una subpoblación de células, lo que conduce a
la liberación de su material genético (y de factores de virulencia), que posteriormente sirve como material de
transformación para las células receptoras competentes (106). La lisis se logra mediante proteínas secretadas,
incluida la bacteriocina CibAB, la autolisina LytA, la lisozima LytC y el factor clave del fratricidio, CbpD (47). CbpD
es una amidasa secretada con actividad muralítica y se localiza en la región septal, donde conduce a la ruptura
celular (34). La protección contra la autointoxicación es ejercida por la proteína de competencia temprana
ComM dependiente de CSP, que en consecuencia se consideró una proteína de inmunidad fratricida (53).
Aunque ComM se localiza en la mitad de la celda, donde podría neutralizar a CbpA, es tentador especular sobre
un papel más amplio para ComM. De hecho, al igual que los antibióticos β-lactámicos,S. pneumoniaede una
manera dependiente de ComM (10, 109). El fratricidio inducido por competencia puede fomentar la reparación
del ADN a través de la transferencia de material genético clonal de subpoblaciones no competentes, y el
mecanismo descrito anteriormente también puede contribuir a la adquisición de ADN de bacterias no
emparentadas no competentes, similar a los mecanismos descritos en la siguiente sección.
7.4. Adquisición de ADN asociada a la competencia de Nonkin

Si bien muchos hábitats bacterianos, como el suelo o los cuerpos de agua marinos y estuarinos, contienen altos niveles
de ADN, estos ácidos nucleicos suelen ser de baja calidad. De hecho, el ADN ambiental está muy fragmentado (88, 89),
lo que hace que su absorción por bacterias competentes sea menos útil para los procesos que se benefician de la
capacidad de codificación (p. ej., para la reparación o evolución del ADN). Además, como el ADN libre en el

medio ambiente se deriva principalmente de organismos con aptitud disminuida, se puso en duda su utilidad para la
evolución del genoma (96). Esta línea de argumentación ha sido cuestionada por hallazgos novedosos que muestran
que la depredación vecina coregulada por competencia fue seguida por la absorción de ADN en comunidades mixtas
de bacterias gramnegativas o de bacterias grampositivas (113). De hecho, encholerae el complejo de captación de ADN
inducido por competencia está corregulado con el sistema de secreción de tipo VI (T6SS), lo que conduce a la muerte
discriminatoria entre parientes de las células adyacentes, fomentando la HGT a través de la absorción posterior del ADN
liberado por la presa (13). Los T6SS están presentes en más del 25 % de las bacterias gramnegativas y, por lo tanto,
representan uno de los tipos de sistemas de secreción más abundantes (55). Los T6SS sirven como dispositivos de
destrucción molecular al transportar diversas proteínas efectoras a las células eucariotas y procariotas cercanas, al
mismo tiempo que protegen a los parientes mediante la producción de proteínas de inmunidad específicas. Esta
intoxicación dependiente del contacto sirve como un sistema activo de adquisición de ADN, ya que conduce a la
liberación de ADN de las células atacadas, que posteriormente es absorbido por las células competentes.cholerae
células. Esta serie de procesos ha sido visualizada mediante microscopía de lapso de tiempo de células vivas (13).
Sorprendentemente, este modo de adquisición activa de ADN por parte del T6SS permitecholerae para intercambiar
grandes regiones genómicas que superan los 100 kb de longitud cuando se cultivan en comunidades mixtas sobre
superficies quitinosas (N. Matthey & M. Blokesch, datos no publicados). La producción de ambas maquinarias
macromoleculares, a saber, el complejo de captación de ADN y el T6SS, están correguladas en

choleraepor tres proteínas reguladoras principales (TfoX, HapR y QstR), que colectivamente señalan la presencia de
quitina y el estado de alta densidad celular de la población (60, 81). El vínculo entre la competencia y la secreción de tipo
VI también se produce en pacientes sin cólera.Vibriónespecies, como se ha demostrado para
V. parahaemolyticus,V. alginolyticus, yV. fischeri(82), y en la bacteria del sueloAcinetobacter baylyi (26,
97).
Un mecanismo conceptualmente similar aunque en su mayoría independiente del contacto paraS. pneumoniaefue descrita
recientemente. En este caso,S. pneumoniaelas células corregularon su competencia con la producción y liberación de
bacteriocinas Blp (llamadas neumocinas) (66, 115). Al igual que las proteínas efectoras T6SS, las neumocinas se dirigen a células
no emparentadas, mientras que los hermanos clonales competentes están protegidos por la inmunidad. La producción
concomitante de neumocinas y la maquinaria de captación de ADN promovió el intercambio de ADN en biopelículas
neumocócicas (115). Sorprendentemente, los genes que codifican el transportador de casete de unión a ATP para la secreción de
neumocina (BlpAB) están desplazados en el marco de lectura en la mayoría de los casos.
S. pneumoniaeaislados, con sólo aproximadamente el 25% de los aislados manteniendo una versión intacta de
estos genes. La falta de BlpAB funcional planteó la cuestión de si la secreción de neumocina es posible en estas
cepas (66). Esta pregunta fue respondida por Wang et al. (114), quienes demostraron que el transportador CSP
ComAB podría compensar la ausencia de BlpAB, sugiriendo que la mayoríaS. pneumoniaeLas cepas han
adaptado su secreción de neumocina al estado competente en el que estas toxinas sirven para la adquisición
de ADN. La minoría de las cepas BlpAB(+), por el contrario, se propusieron para mantener una secreción
eficiente de neumocina para la competencia general con cepas rivales (p. ej., células agresoras) (114). Tomados
en conjunto, parece plausible sugerir que el acoplamiento de la depredación vecina para la adquisición y la
captación de ADN es un tema biológico común de las bacterias naturalmente competentes (113).
CUESTIONES FUTURAS
1. ¿Es la retracción del pilus de captación de ADN (DU) para el inicio de la captación de ADN un mecanismo general?
anismo, incluso entre las bacterias grampositivas? ¿Cuáles son las diferencias estructurales en los
pelos de transformación en varias especies bacterianas? ¿Son todos ellos filamentos alargados que
efectivamente barren el entorno para contactar con el ADN?


2. Si la retracción se aplica a las bacterias grampositivas, ¿la ATPasa de retracción juega algún papel? Si
es así, ¿qué es? ¿ComFA juega este papel?
3. ¿Cuál es el mecanismo de degradación de la cadena no transformante y qué proteína(s) es

responsable? ¿Es el dominio de β-lactamasa de ComEC la nucleasa que falta?
4. ¿Esta degradación de la segunda cadena está mecánicamente acoplada al transporte de una sola cadena o se
genera primero el ADN de una sola cadena en el periplasma, después de lo cual se encuentra con el aparato
de transporte?
5. ¿Qué fuentes de energía impulsan el transporte al citosol? ¿Está involucrado un trinquete browniano? ¿El
simporte de protones juega un papel?
6. ¿Cómo funciona la proteína del canal (ComEC) y cómo se controla? Un gran canal acuoso no
puede permanecer abierto, y otra proteína actúa para abrir el canal o se produce un cambio
de conformación en el propio ComEC.
7. ¿Cuáles son los detalles moleculares de las interacciones entre las partes componentes del
aparato de transformación? En general, hay poca información estructural sobre las proteínas
competentes y abordar esta deficiencia es una necesidad urgente.
DECLARACIÓN DE DIVULGACIÓN
Los autores no tienen conocimiento de ninguna afiliación, membresía, financiamiento o tenencia financiera
que pueda percibirse como que afecta la objetividad de esta revisión.
EXPRESIONES DE GRATITUD
El trabajo citado del laboratorio Dubnau fue apoyado por R01GM 057720 de los Institutos Nacionales de
Salud. DD agradece a Jeanette Hahn, Faisal Tarique Khaja y Jeanie Dubnau por sus valiosos debates. MB
agradece a P. Seitz por la provisión de imágenes inéditas. El trabajo citado del laboratorio Blokesch fue
apoyado por una subvención de inicio (309064-VIR4ENV) y Consolidator (724630-CholeraIndex) del
Consejo Europeo de Investigación y por una subvención de proyecto (31003A_162551) y una subvención
del Programa Nacional de Investigación 72 "Resistencia a los antimicrobianos" (407240_16706) ) de la
Fundación Nacional de Ciencias de Suiza. MB es un becario de investigación internacional del Instituto
Médico Howard Hughes.
LITERATURA CITADA
1. Adams DW, Stutzmann S, Stoudmann C, Blokesch M. 2019. Pili de captación de ADN deVibrio choleraeson necesarios para la
colonización de quitina y son capaces de reconocimiento de parentesco a través de una autointeracción específica de
secuencia. Nat. Microbiol.https://doi.org/10.1038/s41564-019-0479-5
2. Albano M, Hahn J, Dubnau D. 1987. Expresión de genes de competencia enBacillus subtilis.J. Bacteriol.
169:3110–17
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GE53CH08_Dubnau ARjats.cls 14 de agosto de 2019 11:49

Revisión Anual de Genética

Mecanismos de absorción de ADN por

David Dubnau1y Melanie Blokesh2

2Laboratorio de Microbiología Molecular, Instituto de Salud Global, Facultad de Ciencias de la

Vida, Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), CH-1015 Lausanne, Suiza

año Rev. Genet. 2019. 53:8.1–8.21 Palabras clave

ÉlRevisión Anual de Genéticaestá en línea en

21 de agosto de 2019. (Todavía pueden ocurrir

cambios antes de la publicación final).

2. DISTRIBUCIÓN Y REGULACIÓN DE LA TRANSFORMABILIDAD

3. TRANSFORMACIÓN: DEFINICIONES Y BREVE VISIÓN GENERAL

21 de agosto de 2019. (Todavía pueden ocurrir

cambios antes de la publicación final).

asociado clásicamente con bacterias gramnegativas, existe un compartimento equivalente en bacterias

www.revisionesanuales.org•Absorción de ADN por bacterias competentes 8.3

21 de agosto de 2019. (Todavía pueden ocurrir

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PilB PílT ComEC

4 segundos 5 segundos 6 segundos

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4. SITIOS CELULARES DE TRANSFORMACIÓN

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5. CAPTACIÓN DE TDNA, ENLACE INICIAL Y ESPECIFICIDAD

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5.2. Enlace inicial enBacillus subtilis

5.4. Proteína de captación de ADN: ComEA

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5.5.Helicobacter pyloriy el sistema de secreción tipo IV

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5.6. Fragmentación de ADN y NucA

6. TRANSPORTE Y DEGRADACIÓN DE LA FIBRA NO TRANSFORMADORA

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diferentes fuentes de energía en cada paso.

7. PROCESOS COREGULADOS POR COMPETENCIAS

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ComGA Elongación de la replicación

formación de anillo Z ΔcomGA

3 minutos 9 minutos 15 minutos 21 minutos 27 minutos 33 minutos 39 minutos 45 minutos

COMM Elongación de la replicación

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7.2. Competencia y Antibióticos

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7.3. Fratricidio asociado a la competencia

7.4. Adquisición de ADN asociada a la competencia de Nonkin

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