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RESEÑAS
Examinando la transferencia horizontal de genes
en comunidades microbianas
Ilana Lauren Brito
Resumen | Las bacterias adquieren ADN novedoso a través de la transferencia horizontal de genes (HGT), un
proceso que permite que un organismo se adapte rápidamente a las condiciones ambientales cambiantes,
proporciona una ventaja competitiva y potencialmente altera su relación con su huésped. Aunque el proceso HGT
se explota de forma rutinaria en los laboratorios, existe una sorprendente desconexión entre lo que sabemos de
los experimentos de laboratorio y lo que sabemos de los entornos naturales, como el microbioma intestinal
humano. Gracias a un conjunto de algoritmos computacionales y enfoques experimentales recientemente
disponibles, tenemos una comprensión más amplia de los genes que se transfieren y estamos comenzando a
comprender la ecología de la HGT en las comunidades microbianas naturales. Esta revisión se centra en estas
nuevas tecnologías, las preguntas que pueden abordar y sus limitaciones. A medida que estos métodos se aplican
de manera más amplia, comenzamos a reconocer la extensión total de HGT posible dentro de un microbioma y la
dinámica puntuada de HGT, específicamente en respuesta a estímulos externos. Además, estamos caracterizando
mejor las complejas presiones selectivas sobre los elementos genéticos móviles y los mecanismos por los que
interactúan con el genoma del huésped bacteriano.

Elementos genéticos móviles
(MgE). Unidades de ADN que se
pueden transferir dentro de un
genoma o entre genomas.
especiación
La evolución de un clado de
organismos que son genéticamente
y, a menudo, ecológicamente
distintos de los clados vecinos.
Genotoxinas
Sustancias químicas que pueden
provocar cambios en el ADN,
incluidos, entre otros, rotura de
hebras, desaminación y
entrecruzamiento, que pueden
provocar mutaciones.
Escuela Meinig de Ingeniería
Biomédica, Cornell
Universidad, Ithaca, Nueva York, Estados Unidos.
Las bacterias adquieren ADN novedoso a través del proceso de
transferencia horizontal de genes (HGT), que les permite adaptarse a
las condiciones ambientales cambiantes. Este ADN extraño (es decir, el
ADN que se puede transferir horizontalmente entre bacterias) puede
contener elementos que expanden el nicho de un organismo, cambian
sus relaciones con su huésped o brindan una ventaja competitiva
frente a otros organismos dentro de su entorno. En particular, los
genes de resistencia a los antibióticos transportados en casetes
transferibles pueden hacer que las infecciones sean resistentes a los
tratamientos con antibióticos de primera línea. Las funciones
conferidas porelementos genéticos móviles(MGE) se extienden más allá de
la resistencia a los antibióticos y son bastante diversos, incluida la
digestión de la mayoría de las clases de carbohidratos1, resistencia al
mercurio2,3, virulencia4y catabolismo utilizados en biorremediación5. A
pesar de la importancia para definir grandes diferencias fenotípicas
entre cepas, sorprendentemente se sabe poco sobre el qué, cuándo y
cómo de HGT dentro de las comunidades microbianas naturales, en
gran parte debido a las dificultades técnicas para examinar el acervo
genético móvil in situ.
En conjunto, este ADN extraño (también conocido como ADN
móvil) se ha denominado 'mobiloma' y proporciona una visión
ecológica de los procesos de adaptación yespeciación. Aunque el
perfilado de comunidades a través de la secuenciación de
marcadores de ARN ribosómico 16S se ha convertido en un lugar
común para inferir supuestas diferencias funcionales entre
comunidades bacterianas6,7, esto ignora el acervo genético móvil
demostrar que la heterogeneidad a nivel de cepa basada en
rasgos adquiridos horizontalmente puede alterar drásticamente
los ecosistemas naturales, como el impacto del fago CTXφ que
codifica la toxina del cólera en la aparición de cepas toxigénicas
de Vibrio cholerae10o la introducción de un elemento conjugativo
integrador que codificagenotoxinasen enterobacterias relacionadas
con el cáncer colorrectal11. Responder a la pregunta de hasta qué
punto la HGT da forma a la función de las comunidades
microbianas naturales está empezando a estar al alcance gracias
a un conjunto más amplio de herramientas para investigar la HGT
con una resolución y una amplitud sin precedentes.
El ADN se puede movilizar a través de varios medios: la
conjugación, la transposición o la transformación son los más
caracterizados, aunque están saliendo a la luz otros medios,
incluida la captación de vesículas de la membrana externa.12y
transferencia a través de partículas similares a virus13(Higo.1). El
ADN involucrado en estos procesos es heterogéneo y dinámico.
Los genomas virales pueden estar empaquetados en viriones de
fagos o, en el caso de fagos lisogénicos, integrados en el
genoma; los plásmidos pueden permanecer como ADN
extracromosómico circularizado o como ADN linealizado o
pueden integrarse en el genoma; y los transposones se pueden
encontrar dentro del genoma o dentro de plásmidos o fagos.
Aunque el ADN extraño es una forma útil de delinear las
contribuciones al genoma que se adquieren horizontalmente
frente a las verticales, un análisis completo de este ADN ecléctico
requiere una variedad de técnicas genómicas.

Email:ibrito@cornell.edu como fuente de variación fenotípica. En realidad, más de la mitad El proceso de HGT se ha estudiado en laboratorios a
https://doi.org/10.1038/
del genoma de un organismo puede comprender genes móviles.8 partir del trabajo seminal realizado por Joshua Lederberg y
s41579-021-00534-7 ,9, y numerosos ejemplos de casos Oswald Avery en la década de 1940, y los métodos para

Reseñas de la naturaleza|Microbiología

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Reseñas
d Un objetivo principal de esta Revisión es sintetizar los avances
Vesículas de la membrana externa
a universalmente aplicables y solo requieren ajustes menores
Transformación
C en términos de proporción G+C21,k-mer composición22y contenido
Conjugación
b subyacentes en diferentes entornos. Con mejores métodos para
Transducción
Figura 1 |rutas generales de transferencia horizontal de genes dentro de las comunidades
naturales.El esquema muestra los diferentes mecanismos de transferencia horizontal de genes.a|La
transformación implica la captación de ADN desnudo de células lisadas en el medio ambiente.b|Durante
la transducción, se introduce material genético de un fago en los genomas bacterianos.C|La conjugación
implica la transferencia de ADN a través de pili conjugativos y es el mecanismo predominante por el cual
el ADN se transfiere entre bacterias.d|Los mecanismos adicionales implican vesículas de membrana
externa y ADN empaquetado en partículas similares a virus (no se muestra), aunque se desconoce su
contribución a la transferencia génica horizontal general.
Desde entonces, las bacterias coadyuvantes para captar el ADN se han
utilizado para manipular varios organismos.14. Estos tipos de
experimentos de probeta han sido particularmente útiles para medir
las tasas de HGT y probar los desencadenantes generales de la HGT, y
aunque podemos inducir artificialmente la HGT a través de la
electroporación o la competencia inducida químicamente, se sabe
mucho menos sobre la HGT en las comunidades naturales. Trabajo
pionero en este campo utilizando reporteros en plásmidos (revisado en
árbitro.15), por ejemplo para estudiar HGT enbiopelículasdieciséis,17, ha
preparado el escenario para medir las tasas de transferencia de genes
de manera más amplia, y este método se está revisando ahora con
herramientas de secuenciación de última generación en el contexto de
un microbioma. De manera similar, los métodos para detectar firmas
genómicas de HGT18,19han avanzado aún más por el aumento
exponencial en el número de genomas disponibles. Esta revisión se
Biopelículas
centra principalmente en los métodos para evaluar el THG reciente(
La organización de organismos
unicelulares, a menudo especies Mesa1), ya que los métodos para estudiar la transferencia de genes
múltiples, en una estera adherente y antiguos pueden diferir. Sin embargo, muchos de los métodos para
cohesiva, que a menudo involucra estudiar los eventos de la HGT antigua (revisados enárbitro.20) son
polímeros extracelulares.
maduros y pueden ser robustos para identificar eventos modernos.
sustancias y distintos cambios en la
Dado que este campo está emergiendo rápidamente con tecnologías
función en comparación con las
células planctónicas. novedosas que quizás aún no se hayan examinado por completo, la
verificación cruzada de los resultados mediante múltiples métodos y la
k-mer composición confirmación de los resultados mediante el uso de bases de datos o
Un recuento de los fragmentos únicos de
enfoques basados en la cultura serán esenciales para determinar cuál
ADN.kpares de bases largos en un genoma
o un conjunto de datos de lecturas de de estos métodos resulta ser preciso y confiable.
secuenciación o contigs.
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realizados en todas las disciplinas. Muchas de las preguntas
básicas sobre la HGT son comunes en diferentes ecologías: ¿qué
genes se transfieren con mayor frecuencia? ¿Entre qué bacterias?
¿Por qué medios? ¿Bajo que condiciones? ¿Con qué barreras? ¿Y a
qué tasa? Muchos de los métodos descritos aquí son
adecuados a las diferentes características de la microbiota; es
decir, si están diluidos (por ejemplo, microbiomas marinos o de la
piel), si hay partículas pesadas (por ejemplo, heces humanas); si
hay muchos organismos grampositivos difíciles de lisar (por
ejemplo, el suelo) o si hay inhibidores de PCR (por ejemplo,
microbiomas cloacales aviares). Los MGE difieren entre entornos
genético. Por ejemplo, los plásmidos que portan genes de
resistencia a biocidas o de resistencia a metales tienden a ser
mucho más grandes y más propensos a albergar sistemas toxina-
antitoxina que los plásmidos que portan genes de resistencia a
antibióticos.23, que puede reflejar presiones selectivas
evaluar la transferencia de genes, pronto podremos responder
preguntas de segundo orden como las siguientes: ¿cuál es el
papel de la HGT en la resiliencia y adaptabilidad de las
comunidades? Es la diafonía entre los genes transferidos y los
genes del huésped bacteriano.24,25
la excepción o la regla? ¿La transferencia de genes confiere
resultados generalmente beneficiosos o perjudiciales para los
receptores microbianos? ¿Y cuál es la contribución relativa de los
mecanismos HGT a la especiación ya la evolución de las
comunidades microbianas en general?
Elementos genéticos móviles en metagenomas La
secuenciación metagenómica de escopeta captura algunos MGE, pero
las longitudes de lectura cortas (100–300 pb con la plataforma
Illumina) plantean obstáculos importantes para ensamblar e identificar
regiones transferidas horizontalmente(Higo.2a). Los MGE a menudo
contienen componentes que están sobrerrepresentados y presentes
en múltiples genomas26; dentro de una muestra, pueden haberse
recombinado dentro y entre MGE27; y la presencia de repeticiones
directas o invertidas que flanquean los MGE28
complica el montaje de novo(Higo.2b,C). Además, los ensambladores
también luchan con profundidades de secuenciación variables de MGE
en comparación con sus genomas anfitriones que resultan de fagos
que flotan libremente, plásmidos con muchas copias29o la presencia de
genes móviles comunes a través de MGE(Higo.2d). Los ensambladores
metagenómicos, especialmente aquellos que usan el ensamblaje de
gráficos de Bruijn, generan contigs fragmentados frente a gráficos
complicados.30.
Hay características definitorias o marcadores consistentes en los
MGE que se pueden usar para su identificación, como proteínas
mecánicas (por ejemplo, resolvasas), enzimas y proteínas estructurales
(por ejemplo, cápsidas de fagos) involucradas en el proceso de HGT.
Específicamente, estos incluyen proteínas que se ensamblan en fagos
(por ejemplo, proteínas de la cápside y la cola del fago), proteínas
involucradas en la conjugación (por ejemplo, relaxasas de plásmidos,
que cortan el ADN en el origen de la transferencia para inducir la
movilización, o los genes Tra, que incluyen proteínas pili conjugativas)
y transposasas y secuencias de inserción. Las lecturas sin procesar o
los contigs ensamblados se pueden alinear directamente con las bases
de datos de MGE31–35, pero estas bases de datos pueden no ser
congruentes
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 Reseñas

con todas las muestras. Los enfoques de identificación híbridos
combinan la anotación con métodos agnósticos de genes, como
diferencias en el contenido de G+C, patrones de metilación, k
-contenido de mer o la capacidad de identificar genomas de plásmidos
circulares36–39. Debido a que gran parte de la diversidad genética única
de la muestra puede surgir de MGE40, una gran parte del acervo
genético móvil puede pasar desapercibida cuando se utilizan
alineaciones basadas en referencias. En un estudio de la microbiota
intestinal de los isleños de Fiji, los genes móviles observados estaban
sustancialmente menos completos para la alineación con los MGE
identificados a partir de los genomas de referencia existentes que con
un conjunto de datos que también incluía los MGE identificados en los
genomas bacterianos de la población de Fiji encuestada.26. En general,
las bases de datos de referencia de MGE son notoriamente
incompletas y sesgadas hacia organismos patógenos bien estudiados.
La diversidad de fagos es extensa.41, aunque se están aplicando
enfoques computacionales para comprender su movimiento entre
hosts42. En última instancia, no existe una base de datos de referencia
completa de MGE con la que establecer comparaciones, ni podría
existir fácilmente ya que los MGE tienen un contenido genético en
rápida evolución. Existe la necesidad de métodos computacionalmente
baratos para identificar MGE en secuencias de escopeta
metagenómicas mientras se preserva su contenido y contexto
genómico.
Mapeo de lectura corta.Las regiones transferidas horizontalmente se
pueden detectar comparando lecturas o ensamblajes con genomas de
referencia. Grandes brechas o picos extremos en la cobertura dentro
de un genoma de referencia pueden reflejar variantes estructurales
indicativas de HGT29dentro de la muestra secuenciada. De manera
similar, las lecturas de extremos emparejados se asignan
individualmente a diferentes referencias o ensamblajes o una sola
lectura se asigna parcialmente a diferentes genomas también pueden
sugerir la recombinación del ADN transferido, la ganancia o pérdida de
genes. MetaCHIP (canalización de identificación de HGT a nivel
comunitario de metagenómica) es uno de esos métodos que examina
la homología de mejor coincidencia para marcos de lectura abiertos
dentro de un contig ensamblado43. El ADN presuntamente transferido
se identifica como aquellas partes de ensamblajes que muestran
alineaciones de alta homología con genomas alternativos y poca
homología con el ADN flanqueante. Un enfoque alternativo es buscar
regiones en un genoma de referencia que no recluten lecturas
metagenómicas emparejadas, a pesar de una cobertura decente del
resto del genoma de referencia.44,45. Uno de esos métodos, detección
de inserción de lectura dividida (SRID), implementado en paquetes
como MGEFinder138y daisyGPS46, se ha utilizado para genomas137y
metagenomas32similar. Mientras que MetaCHIP es útil para encontrar
regiones transferidas en

Tabla 1 |Enfoques para estudiar la transferencia horizontal de genes en comunidades microbianas

objetivo Método Ventajas limitaciones

identificando Identificación de fagos, transposones o plásmidos Aciertos de alta confianza Depende en gran medida de la exhaustividad de las
genética móvil utilizando marcadores genéticos en genomas bases de datos de referencia
elemento ensamblados metagenómicamente34,35,37

Comparación de secuencias (k-partición basada Método de novo que es sencillo para Baja sensibilidad, posibles asociaciones falsas
en mer o binning) de lecturas metagenómicas o implementar
contigs22,36

Detección de inserción de lectura dividida32,46,137,138 Fácil de implementar Puede complicarse por recombinación
intragenómica, baja sensibilidad, propenso a
falsos positivos

Secuenciación de fagos53–57 Mayor tasa de captura que los enfoques de Laborioso, captura solo fago lítico
secuenciación estándar

Secuenciación de plásmidos66,67,139 Mayor tasa de captura que los enfoques de Captura potencialmente sesgada
secuenciación estándar

Comparación de regiones idénticas en Identificación de alta confianza de HGT Baja sensibilidad para secuencias MGE completas
organismos lejanamente relacionados reciente
genomas26,43,87,89
Obtención Secuenciación de lectura larga77–79 Aciertos de alta confianza, pueden obtener elementos No captura asociaciones
contexto genómico móviles completos, pueden recuperar asociaciones de plásmido-huésped
host para elementos integrados

PCR inversa75 Obtiene información contextual Puede proporcionar un contexto local que puede
no contener información taxonómica

Secuenciación de metilación83,140 Alta precisión Resolución limitada

Vincular móvil Secuenciación del genoma completo Enfoque preciso y estándar El cultivo es laborioso
genético
Secuenciación unicelular26,100 Obtenga información relevante para el Los genomas pueden estar incompletos, ciertos
elementos a
host sobre MGE sin necesidad de cultivo métodos son propensos a la contaminación
Hospedadores

Marcado viral, construcciones de indicadores y Implementación sencilla La clasificación de células es técnicamente difícil,
otra clasificación basada en FACS con fagos o puede requerir ingeniería genética
plásmidos etiquetados107–109

Ligadura de proximidad (Hi-C o Integral Baja sensibilidad, caro, laborioso

secuencia XRM)112,115–118,141,142

PCR de fusión unicelular (epicPCR, Alta sensibilidad Bajo rendimiento (se pueden identificar
OIL-PCR)119,121 pocos genes a la vez)

epicPCR, emulsión, aislamiento emparejado y concatenación PCR; FACS, clasificación celular activada por fluorescencia; HGT, transferencia génica horizontal; MGE, elemento genético
móvil; OIL-PCR, aislamiento en un solo paso y PCR de lisis; XRM–seq, entrecruzamiento y secuenciación de ribosomas.

Reseñas de la naturaleza|Microbiología

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Reseñas

a Figura 2 |Evaluación metagenómica del mobiloma. a|Las lecturas de

Comunidad microbiana mixta
b C
RD IR
Inversión y looping de
elementos transponibles
escopeta metagenómicas de una comunidad microbiana mixta pierden su
contexto genómico cuando se secuencian en plataformas de secuenciación
Metagenómica de escopeta
de lectura corta. Los plásmidos pierden su contexto genómico, incluso con
secuenciación
una secuenciación de lectura larga.b|Los elementos genéticos móviles (MGE)
son especialmente recombinogénicos, debido a los elementos repetidos
(repeticiones directas (DR) o repeticiones invertidas (IR)) presentes en los
fagos, elementos transponibles y genes de maquinaria común que pueden
dar como resultado la translocación, el reordenamiento o el bucle fuera del
Se pierde el contexto genómico. ADN. La heterogeneidad resultante dentro de una población complica el
ensamblaje metagenómico.C|La movilidad de los transposones dentro de un
transposón
solo genoma complica el ensamblaje metagenómico.d|Los MGE presentes
en múltiples genomas o que comparten regiones similares pueden reclutar
DR IR
incorrectamente lecturas de secuenciación derivadas de un MGE o genoma
diferente dentro de un microbioma para referenciar genomas o genomas
metagenómicos ensamblados (segmentos coloreados). De manera similar,
un genoma de referencia puede fallar al reclutar lecturas en regiones del
genoma que representan MGE. Por lo tanto, la cobertura del ADN móvil
puede reflejar pobremente la abundancia de un genoma en particular.mi|
Los cóntigos que contienen ADN móvil a menudo se dejan sin clasificar y/o se
incorporan solo a un subconjunto de sus genomas anfitriones. Muchos no se
pueden anotar en absoluto debido a las anotaciones relativamente pobres de
ubicaciones genómicas de los genes móviles en comparación con los genes centrales.
un solo transposón

d mi
elementos integrados
en la referencia no
presente en la muestra
Los elementos genéticos móviles tienen una cobertura
que no coincide con el genoma del huésped debido a
su presencia en múltiples ubicaciones dentro de un
microbioma
Profagos
Genomas de fagos que se
integran y replican dentro del
genoma de su huésped. Estos
son fagos en su fase lisogénica
o están inactivos (mutados
para que ya no puedan entrar
en una fase lítica).
fagos líticos
Fagos que se reproducen dentro de
Metagenómica agrupada
genomas ensamblados
cóntigos de fago
Contigs de plásmido
• Los contigs móviles a menudo no
son agrupado con genomas
• Los elementos transponibles son a menudo se
ensambla en configuraciones cortas debido a las
regiones repetitivas que flanquean
ensamblajes, SRID es útil para encontrar regiones flexibles en
aislamientos o genomas de referencia. Las regiones resultantes deben
interpretarse con precaución ya que estos métodos son propensos a
falsos positivos.137, debido al reclutamiento de lecturas de organismos
estrechamente relacionados y la recombinación dentro de genomas
individuales.
Métodos de agrupamiento.El agrupamiento de lecturas
metagenómicas sin procesar o contigs para ensamblar genomas con
mayor integridad también da como resultado un mejor ensamblaje de
MGE y, en algunos casos, se puede usar para vincular MGE con sus
huéspedes bacterianos.(Higo.2e). Los métodos de agrupamiento
generalmente usan kcomposición de -mer o G+C y/o las abundancias
de k-mers o contigs47–49. Los contigs de MGE altamente promiscuos no
se agruparán con sus hosts si hay muchas variantes. Sin embargo, este
método ha demostrado ser útil con los MGE que están más
Para encontrarStaphylococcus epidermidis-fagos y
plásmidos específicos50, así como plásmidos para
enterococo faecalisen la microbiota intestinal infantil
51. De manera similar, el análisis de tensión latente52,
un método de binning basado en elk-mer perfiles de
lecturas individuales a través de muchas muestras
relacionadas, fue capaz de encontrar fagos junto con
sus genomas de acogida. Estos métodos brindan una
imagen incompleta de los MGE en las muestras, pero
al mismo tiempo sugieren que puede haber
oportunidades para mejorar aún más el ensamblaje
metagenómico para dar cuenta de esta porción de la
microbiota que evoluciona rápidamente.
Secuenciación directa de plásmidos o fagos.La secuenciación
de fagos ha abierto las puertas a la comprensión de la ecología
de los sistemas microbianos, ya que parecen tener un papel clave
en la modificación de la estructura de la comunidad. Por ejemplo,
las poblaciones de fagos pueden desempeñar un papel en la
formación de la microbiota en desarrollo en los bebés.53, y se
alteran en condiciones de salud como la enfermedad inflamatoria
intestinal54,55y desnutrición56. Las concentraciones de fagos
pueden diferir mucho, lo que a veces requiere tamaños de
muestra grandes (por ejemplo, más de 500 g para heces
humanas).57) dependiendo del protocolo. La diversidad de
genomas de fagos (basados en ADN o ARN, monocatenarios o
bicatenarios) presenta un desafío para aislar todos los tipos de
virus simultáneamente. En lugar de identificarprofagosen datos
metagenómicos, uno puede aislar y secuenciar directamente
fagos líticospara examinar su contenido genético, sin tener en cuenta
sus respectivos huéspedes58. Los métodos comúnmente utilizados
implican el uso de un gradiente de densidad de CsCl para aislar fagos,
filtración de flujo tangencial y precipitación con polietilenglicol.59–61.
Estos métodos favorecen partículas virales o similares a virus más
pequeñas y, por lo tanto, varios virus extremadamente grandes

una célula y posteriormente lisan la estrechamente vinculados con un huésped, a saber, los fagos identificados en aguas residuales.62o el intestino humano (por ejemplo,
célula para liberar los viriones. específicos del huésped. Emergente el crAssphage de 97 kb63y el de 540 kb

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megáfago dePrevotellaespecies64) puede perderse. Además,
estos métodos son propensos a la pérdida de muestras, y se
recomienda la verificación mediante tinción, cribado funcional o
pruebas para detectar la presencia de contaminación por ADN
genómico utilizando cebadores de ARN ribosómico 16S o 18S.
La secuenciación de plásmidos, aunque aislados de sus huéspedes,
puede revelar diferencias en las frecuencias de recombinación de
elementos transponibles asociados a plásmidos.sesenta y cinco
y se ha utilizado para identificar diferencias funcionales en
una amplia gama de entornos, incluido el rumen de vaca66
y lodos de depuradoras67,139. Los plásmidos se pueden aislar mediante
lisis alcalina, aunque la eficiencia puede variar según el tipo de
microbioma o métodos de filtración similares a los mencionados
anteriormente. El ADN de plásmido se puede enriquecer en
preparaciones de ADN metagenómico mediante la digestión selectiva
de ADN lineal con una exonucleasa segura para plásmidos y mediante
el uso de amplificación de desplazamiento múltiple, que amplifica los
plásmidos de manera particularmente eficiente debido a la
procesividad de la polimerasa Φ29. Un enfoque alternativo para
amplificar plásmidos llamado "captura asistida por transposones"
consiste en etiquetar plásmidos aislados con un transposón portador
de resistencia a los antibióticos, amplificándolos en un huésped
exógeno, comoEscherichia coli, y luego recuperar plásmidos después
de la selección de antibióticos68,69. Cuantificar la abundancia o el
número de copias de plásmidos en comunidades naturales sigue
siendo difícil de alcanzar.
Al combinar la secuenciación de viroma con la secuenciación
de la microbiota, a veces es posible identificar huéspedes
putativos mediante el análisis del contenido de matrices CRISPR.
Como parte de una respuesta inmunitaria adaptativa bacteriana,
los sistemas CRISPR-Cas protegen contra fagos o plásmidos
nocivos mediante la incorporación de ADN complementario al
ADN transferido en sus matrices CRISPR, que funcionan como un
registro de las exposiciones anteriores de la célula. Las matrices
CRISPR se han extraído para comprender HGT dentro de
entornos asociados al host70y ambientes marinos71. En algunos
casos, esto permite la vinculación de elementos CRISPR
individuales a sus objetivos MGE72,73y, si los contigs se pueden
anotar taxonómicamente, su bacteria huésped74.
Contexto genómico adicional de MGE
Más allá de la identificación de los MGE, varias tecnologías
proporcionan un contexto mejor localizado en el que ubicar los
MGE. En algunos casos, estos métodos pueden ser suficientes
para asignar MGE a hosts específicos.
PCR inversa.Los contextos genómicos de los MGE integrados a
menudo se pierden durante el ensamblaje, especialmente para
los MGE integrados que son especialmente promiscuos. Aunque
la sintenia de lecturas se ha utilizado para tratar de establecer el
contexto genómico inmediato de un MGE, este método se limita a
la calidad del mapeo de lecturas cortas individuales.26. Más bien,
la PCR inversa es un método de bajo rendimiento, específico de
gen o MGE, y puede usarse para obtener los contextos
genómicos locales de MGE mediante la secuenciación del área
que rodea un gen o MGE de interés, que además puede contener
información taxonómica. En lugar de diseñar cebadores que
amplifiquen el segmento de ADN interior de los dos cebadores, el
enfoque de PCR inversa permite la secuenciación de las regiones
exteriores a un par de cebadores. En resumen, el ADN se digiere
en fragmentos grandes (decenas de kilobases o más) y se
circulariza. exterior
Reseñas de la naturaleza|Microbiología
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Reseñas
luego se utilizan cebadores para amplificar las regiones distales. Este
método se ha aplicado a genes móviles de resistencia a los
antimicrobianos albergados por comunidades de aguas residuales.75.
Su utilidad depende de la diversidad genómica de los contextos en los
que se sitúa una MGE. Por ejemplo, podría usarse para identificar
especies bacterianas huésped si los marcadores a nivel de especie
están situados en las regiones adyacentes a MGE.
Secuenciación de lectura larga y lectura larga sintética.Los
MGE en comunidades microbianas naturales varían en tamaño
desde 1 kb hasta más de 1 Mb(árbitro.76). Dentro del microbioma
intestinal, dos familias de fagos, incluido crAssphage63
y megáfagos Lak (más de 500 kb de tamaño)64están muy extendidas.
La secuenciación de escopeta de Illumina da como resultado lecturas
emparejadas con, como máximo, 600 pb secuenciados, por lo que es
útil aplicar tecnologías de secuenciación de lectura larga a MGE y otras
regiones genómicas difíciles de ensamblar, a pesar de sus tasas de
error más altas. Se han utilizado métodos más nuevos, como la
codificación de fragmentos de ADN que surgen de un fragmento más
grande y su secuenciación en la plataforma 10X Genomics, para
examinar las diferencias entre especies.77,78, pero estos métodos aún
se están desarrollando. Las tecnologías de secuenciación de lectura
larga, como la plataforma de molécula única en tiempo real (SMRT) de
PacBio y la plataforma de secuenciación de Oxford Nanopore, suelen
secuenciar fragmentos de ADN muy por encima de los 10 000 pb y, en
el caso de esta última, más de 100 000 pb, lo que es suficiente largo
para abarcar una inserción de transposón compleja, un profago e
incluso algunos plásmidos completos79. Estas tecnologías tienen tasas
de error más altas y costos más altos que las plataformas de lectura
corta, como la plataforma Illumina, aunque estas métricas están
mejorando rápidamente.80. La elección de una plataforma, o ambas81,
dependerá del objetivo del esfuerzo de secuenciación (identificar MGE
integrados o examinar variantes de secuencia). Estos métodos para
obtener grandes secuencias genómicas contiguas son especialmente
útiles para elementos integradores y para ensamblar plásmidos que
frecuentemente se recombinan; sin embargo, están inherentemente
limitados en su capacidad para unir plásmidos no integrativos con sus
microorganismos huéspedes.
Firmas de metilación.Los MGE están expuestos a las
metiltransferasas del huésped y adquieren patrones de metilación que
coinciden con el ADN de su huésped y, por lo tanto, estas firmas de
metilación específicas del organismo se pueden usar para agrupar los
MGE con los genomas de sus huéspedes. La metilación del ADN se
puede detectar mediante secuenciación con bisulfito, la plataforma de
secuenciación SMRT de PacBio o la plataforma de secuenciación de
lectura larga de IonTorrent, ya que las modificaciones químicas del
ADN afectan la cinética de la secuenciación.82,83. Mediante la
explotación de esta característica, los MGE se han vinculado con sus
genomas anfitriones en un microbioma intestinal de ratón.140y un
simple microbioma de queso84. Entre los desafíos para ampliar este
enfoque está la necesidad de utilizar una plataforma que proporcione
información sobre el estado de metilación de las secuencias de ADN,
ya sea a través de la secuenciación con bisulfito o la secuenciación
SMRT, que es más costosa y de menor rendimiento que sus parientes
de lectura corta. También se limita a MGE más grandes, que contienen
una cobertura adecuada de motivos de metilación únicos o
identificables para poder asignar asociaciones MGE-huésped. Además,
los patrones de metilación pueden alterarse en respuesta a estímulos
ambientales.85, cual
Reseñas
culturómica
El estudio del cultivo de células
bacterianas utilizando métodos de alto
rendimiento, generalmente con el
objetivo de aislar diversos organismos
de organismos microbianos complejos.
comunidades
protoespaciadores
Pequeños fragmentos de ADN que se
encuentran dentro de las matrices
CriSPr que se derivan del ADN genético
móvil invasor (plásmidos o fagos).
limita la utilidad de dicho método para examinar los cambios en las
asociaciones plásmido-huésped a lo largo del tiempo o para comparar las
mismas especies presentes en diferentes huéspedes86.
Asociación de MGE con sus anfitriones
Un objetivo principal de muchos de los enfoques descritos aquí
es obtener información precisa y completa sobre las asociaciones
MGE-huésped dentro de una comunidad para que podamos
diseccionar la dinámica de HGT en comunidades naturales.
Genómica comparativa.La genómica comparativa que usa
secuencias de genoma completo ha sido el método estándar
de oro para examinar HGT, proporcionando datos de alta
calidad para asociar plásmidos y MGE integrados con su
huésped. Aunque la secuenciación del genoma es de bajo
rendimiento y cubre una fracción de la comunidad, todavía
ha sido útil en la construcción de redes HGT en varios
entornos.87, incluido el microbioma intestinal26,88
y dentro de las comunidades queseras89. Mejoras en
culturómicahan resultado en la captura de una mayor diversidad que
nunca antes dentro de un microbioma90,91, lo que permite una
instantánea más completa de la red HGT. Aún así, se debe tener
cuidado para evitar la contaminación, que puede aparecer falsamente
como HGT, y los artefactos introducidos durante el cultivo, como la
conjugación que ocurre durante el cultivo y la ganancia y pérdida de
plásmidos durante el cultivo en placa.92,93. En cepas estrechamente
relacionadas, la detección de regiones transferidas horizontalmente
requiere la observación de segmentos de ADN que difieren entre
aislamientos88que no es probable que se expliquen por la pérdida de
genes. Otros han aplicado una heurística simple y conservadora para
identificar el ADN transferido recientemente mediante la identificación
de ADN casi idéntico en organismos relacionados de forma lejana.87, al
examinar la longitud de tramos de ADN casi idénticos en organismos
estrechamente relacionados94o examinando los sitios de inserción
dentro de los genomas secuenciados95. La identificación de regiones de
HGT reciente en aislamientos de parentesco intermedio puede ser más
desafiante y se basa en técnicas más sutiles (por ejemplo, diferencias
en el uso de codones).96).
Las tecnologías más nuevas, como la secuenciación de células
individuales, prometen aumentar la cantidad de genomas disponibles
en varias magnitudes. Secuenciación de células individuales, a través
de clasificación de células97, microfluidos98o a base de hidrogel99
aislamiento, es atractivo por varias razones: no requiere un
conocimiento a priori de las condiciones de cultivo; es
taxonómicamente imparcial; y puede ser menos laborioso y,
teóricamente, de mayor rendimiento que los ensayos basados
en cultivos, que requieren la selección de colonias. La
secuenciación de una sola célula no está exenta de advertencias,
ya que los ensamblajes suelen estar incompletos y más
fragmentados que los de los aislamientos secuenciados.98y son
más propensos a la contaminación. La combinación de la
secuenciación de células individuales con la metagenómica ofrece
la posibilidad de identificar genes móviles en una población y
luego examinar el acervo genético móvil en una gran cantidad de
muestras, así como examinar las diferencias en la arquitectura de
los MGE entre las muestras.26,100.
Construcciones de reporteros móviles en comunidades
microbianas. La forma tradicional de estudiar HGT in vitro es
usar construcciones informadoras integradas en plásmidos o
fagos que permiten la detección a través de fluorescencia o
selección de antibióticos, y estos métodos han sido ilustrativos en
0123456789( ) ; :
examinando la conjugación en comunidades naturales101,102y dentro de
las biopelículas103(Higo.3). Las tasas de HGT se pueden deducir de los
aumentos en el número de transconjugantes, transformantes o
transductores a lo largo del tiempo. Este método está inherentemente
limitado a aquellos MGE que pueden alterarse genéticamente o son
tratables, pero se ha utilizado, con cierto éxito, para rastrear HGT en
comunidades microbianas in vivo. En un estudio reciente, se introdujo
un fago genéticamente modificado, SopEΦ, en dos rastreables
Salmonella entericasubsp. entéricacepas del serovariedad
Typhimurium104. Los lisógenos recién formados se identificaron
mediante la incorporación de rasgos de resistencia a los antibióticos
portados por el fago, lo que resultó en cepas de bacterias donantes y
receptoras que tenían diferentes perfiles de resistencia. El código de
barras de un subconjunto de viriones de fagos permitió a los autores
del estudio examinar las tasas de eventos de transferencia
independientes y concluir que la frecuencia de los eventos de
transferencia debe ser alta.
Extender este marco para examinar MGE múltiples o varios
organismos puede ser un desafío. Con respecto al uso de
indicadores de resistencia a los antibióticos, los organismos
difieren en su resistencia intrínseca o adquirida a los antibióticos,
lo que puede dificultar la detección de organismos con rasgos de
resistencia recientemente adquiridos. Alternativamente, se
pueden usar indicadores fluorescentes para detectar eventos de
HGT entre diversas especies, pero la expresión puede diferir
entre especies. En uno de esos intentos, se diseñaron plásmidos
aislados de comunidades del suelo para expresar proteína
fluorescente verde (GFP) y se introdujeron en células donantes.105
. Las células donantes portaban proteína fluorescente roja (RFP) y
un represor para el promotor que impulsaba la expresión de GFP,
de modo que GFP se expresaría solo en las células que recibieron
el plásmido. Se realizaron experimentos de conjugación de
laboratorio entre estos donantes bacterianos y las comunidades
del suelo y luego se sometieron a clasificación de células
activadas por fluorescencia seguida de secuenciación 16S, lo que
reveló subpoblaciones con transconjugantes que pudieron
adquirir el plásmido. Este estudio tuvo resultados provocativos,
mostrando una amplia transferencia a través de la filogenia
bacteriana. Debido a que este método puede estar sujeto a falsos
positivos debido a los desafíos de clasificar poblaciones
heterogéneas de bacterias, necesitan confirmación genética. El
marcado viral también ha sido efectivo para obtener
interacciones fago-huésped;106
y se secuencian a granel o se reintroducen en una comunidad
microbiana y se clasifican mediante clasificación de células
activadas por fluorescencia en pocillos individuales107–109. Este
método puede proporcionar información completa sobre las
asociaciones fago-huésped y no requiere ingeniería genética.
Los enfoques que utilizan indicadores genéticos, como el fago
SopEΦ con código de barras, pueden aprovechar la secuenciación
de próxima generación para aumentar su rendimiento. La
maquinaria Cas también se ha utilizado para registrar
induciblemente eventos HGT.110. Proteínas Cas1 y Cas2, que
incorporan ADN móvil enprotoespaciadores, fueron introducidos en
unE. colicepa reportera. Esta cepa indicadora se introdujo en las
comunidades, después de lo cual se secuenció la matriz CRISPR
para determinar las exposiciones celulares.
Ligadura de proximidad.Hi-C, un tipo de método de ligadura de
proximidad, es un método que genera interacciones ADN-ADN de
largo alcance mediadas por proteínas asociadas al ADN.
www.nature.com/nrmicro
 Reseñas

a
RFP

Lacl GFP
codificado por plasma
Codificado cromosómicamente clasificación de celdas

Destinatarios

Conjugación

GFP
Donantes

Donante

Recipiente RFP

b
BC1 Hora

BC2

Abundancia relativa
BC3

BC4
Después de la inoculación Después de la pertubación
o período de tiempo

Hora

Figura 3 |construcciones reporteras para examinar a los receptores de la transferencia horizontal de genes y el movimiento de elementos genéticos
móviles. a|Los reporteros fluorescentes han sido un pilar para examinar los eventos de transferencia horizontal de genes. En este ejemplo, una cepa donante
codifica la proteína fluorescente roja (RFP) y LacI en su cromosoma, y la proteína fluorescente verde (GFP) está codificada en un plásmido. LacI reprime la
fluorescencia de GFP en el donante y, por lo tanto, el donante aparece rojo. En los receptores, se expresa GFP y, por lo tanto, los transconjugantes emiten
fluorescencia verde. Las cepas donantes y receptoras se pueden distinguir mediante la clasificación celular activada por fluorescencia.b|Los reporteros
genómicos ahora se utilizan para monitorear el movimiento de elementos genéticos móviles específicos, como en el caso de fagos y plásmidos. Se puede
introducir una biblioteca de fagos con diferentes códigos de barras (BC1–BC4) en una población bacteriana, y las frecuencias de los eventos de transferencia de
fagos se pueden detectar a lo largo del tiempo, con o sin una perturbación, como una infección o un tratamiento con antibióticos. Las bibliotecas más grandes
hasta ahora han compuesto siete fagos con código de barras104.

dentro del genoma antes de la secuenciación(Higo.4), se puede utilizar
para vincular genes móviles con sus genomas de acogida. Hi-C se
desarrolló originalmente para determinar la estructura cromosómica
en eucariotas. En resumen, el ADN de las células bacterianas se
entrecruza mediante enlaces de formaldehído entre las proteínas
unidas al ADN mientras las células están intactas, luego mientras las
células están intactas, luego se digiere, se marca con biotina y se liga
en una solución diluida para asociar los fragmentos de ADN unidos en
el mismo complejo entrecruzado. Los fragmentos biotinilados se
concentran y secuencian para revelar interacciones entre regiones
distales de ADN existentes en las células originales.111. Aunque el uso
principal de Hi-C ha sido mejorar la calidad de los ensamblajes
genómicos a partir de muestras de microbiomas112, la secuenciación
Hi-C también ha demostrado su capacidad para asociar porciones
distantes de cromosomas bacterianos o el cromosoma de una bacteria
con su plásmido
o fago141, incluso en el medio ambiente113,114o humano115,116
microbiomas. Un estudio que se centró en los MGE utilizó Hi-C para
demostrar que la HGT ha resultado en la dispersión generalizada de
los MGE dentro de la microbiota intestinal de las personas.117. Esto ha
llevado al desarrollo de protocolos Hi-C específicos de MGE que
implementan canalizaciones computacionales específicamente
orientadas a asociar MGE con sus hosts, la mayor parte de los cuales
ha recapitulado asociaciones conocidas de host-MGE, dando crédito a
estos enfoques. Basado en la misma premisa, XRMseq
(entrecruzamiento y secuenciación de ribosomas)118en su lugar,
entrecruza el ARN ribosómico con el ARNm total, incluido el ARNm viral
que se está transcribiendo. Las lecturas quiméricas pueden asociar
genomas virales activos con huéspedes bacterianos.
Los métodos de ligadura de proximidad favorecen la
exhaustividad, capturando potencialmente plásmidos, profagos y

Reseñas de la naturaleza|Microbiología

0123456789( ) ; :
Reseñas
elementos transponibles simultáneamente en una amplia gama de
celdas. Como las lecturas de Hi-C se alinean con contigs con pocos
pares de bases (en promedio, la mitad de un par de lectura), los pares
de lectura de Hi-C pueden, por lo tanto, asignarse de manera ambigua
a múltiples lugares. Los datos deben interpretarse teniendo en cuenta
la redundancia de los MGE. Además, la mayoría de las lecturas de
secuencias emparejadas son próximas entre sí dentro del genoma; es
decir, no son informativos al proporcionar la información de largo
alcance requerida para vincular los MGE con sus genomas nacientes.
Este método también puede no ser sensible a las interacciones de baja
abundancia. Sin embargo, se destaca por su capacidad para vincular
los MGE con sus hosts de manera imparcial y de alto rendimiento.
PCR de fusión unicelular.Los enfoques de PCR de fusión se han
utilizado para estudiar las asociaciones de huéspedes de genes
raros, y el método se está aplicando lentamente a genes que
pueden ser móviles. Por ejemplo, PCR de emulsión, aislamiento
emparejado y concatenación (epicPCR)119se ha utilizado para
detectar huéspedes bacterianos de un gen objetivo específico con
alta sensibilidad. Los genes funcionales se fusionan con
marcadores filogenéticos que se originan en la misma célula
durante la PCR(Higo.5). Aunque este método se ha utilizado para
establecer las asociaciones huésped de genes de resistencia a
antibióticos móviles en comunidades microbianas de aguas
residuales120, los biomateriales que encapsulan las perlas pueden
permitir que los elementos extracromosómicos, como los
plásmidos, escapen y contaminen las perlas adyacentes,
aumentando las tasas de falsos positivos al vincular
erróneamente el plásmido y el huésped. Se están desarrollando
plataformas alternativas, como el aislamiento en un solo paso y la
PCR de lisis (OIL-PCR)121, para permitir la captura escalable de alta
fidelidad de genes móviles y sus anfitriones.
Información sobre HGT dentro de las comunidades
Gracias a las tecnologías antes mencionadas, estamos
adquiriendo una comprensión más amplia de los tipos de
genes móviles, sus genomas y sus contextos genómicos.
Como estas tecnologías permiten el estudio de lo que se
transfiere, cómo se transfiere y entre quién se transfiere,
será necesario ubicar nuestras observaciones de la TGH en el
contexto de los procesos duales de la TGH y la selección
natural.(Higo.6)comprender el papel de HGT en la formación
de comunidades microbianas.
1 2
Reticulación de MGE– Compendio de restricción
interacciones cromosómicas
Figura 4 |Aplicaciones hi-c para identificar asociaciones bacterianas huésped de elementos genéticos móviles.El flujo de trabajo de Hi-C
comienza con la reticulación, creando vínculos de elementos genéticos móviles (MGE) extracromosómicos (azules) e integrados (no se muestran
los MGE integrados) con sus genomas asociados dentro de las células en una comunidad microbiana (1). El ADN se corta con enzimas de
restricción (2). Se realiza una ligadura diluida para promover la ligadura entre ADN entrecruzado dentro del mismo complejo. Las proteínas se
digieren y el ADN restante se secuencia (3). Algunos pares de lectura, híbridos de ADN cromosómico y extracromosómico, serán suficientes para
vincular los MGE a los genomas (4).
0123456789( ) ; :
Es posible una amplia transferencia dentro del microbioma.
Después del análisis de varios miles de genomas de referencia de
diferentes entornos, quedó claro que, además de la relación
genética, la ecología compartida gobierna la HGT.87. Sin embargo,
no se comprende bien hasta qué punto los organismos en el
mismo entorno compartido participan en HGT. Varios estudios
han revelado el potencial de una transferencia in situ
extremadamente generalizada mediante el uso de indicadores
fluorescentes, como se mencionó anteriormente. Plásmidos de
amplia gama de huéspedes que codifican GFP que se
introdujeron en un microbioma de ratón a través de un donante
E. colicepa fueron capaces de dispersarse ampliamente a través
de phyla122. Es importante destacar que esto ocurrió de manera
más dramática dentro del intestino del ratón que cuando se
introdujeron cepas indicadoras en muestras de microbioma
equivalentes in vitro. Experimentos similares en comunidades de
suelo in vitro mostraron que tres plásmidos diferentes
albergados por tres especies bacterianas diferentes pudieron
dispersarse a través de filos en una gran cantidad de clados
receptores.105. Estos experimentos destacan el papel de la
selección en lugar de la dispersión en la configuración de los
acervos genéticos móviles. De manera similar, el trabajo en curso
sugiere que los genes móviles están muy extendidos dentro de la
microbiota intestinal de un solo individuo, lo que confirma que
las tasas de contacto y las condiciones ambientales compartidas
pueden favorecer la HGT y la selección de MGE específicos. Se
necesita más trabajo para determinar las contribuciones de HGT
entre organismos comensales y transitorios y para evaluar mejor
las diferencias en las tasas de HGT entre entornos.
Ráfagas puntuadas de HGT en lugar de un flujo de genes gradual.
Varios experimentos in vivo sugieren que la tasa de transferencia de
genes en los microbiomas asociados al huésped puede ser alta. En
experimentos realizados enS.Typhimurium en ratones, la transducción
de fagos ocurrió durante la inflamación aguda104. Las bacterias
portadoras de plásmidos GFP introducidos por sonda se pueden
transferir a múltiples huéspedes a los pocos días de la inoculación122.
Los sistemas de informes de ingeniería Cas1-Cas2 muestran una
ráfaga inicial de incorporación de espaciadores a las pocas horas de la
introducción de un organismo en el microbioma intestinal110. Las
fuerzas que rigen la tasa de transferencia de genes, ya sea que estén
impulsadas por contactos, señales ambientales o señales de estrés
celular, aún no se han definido, pero estos experimentos sugieren que
la transferencia de genes
Lecturas híbridas
3 4
Ligadura diluida
www.nature.com/nrmicro

comunidad mixta
Reseñas de la naturaleza|Microbiología
Gen móvil de interés
emulsiones unicelulares Gen marcador (ARNr 16S)
Figura 5 |Métodos basados en pcr para examinar genes móviles individuales y sus contextos genómicos.Las células individuales de una
comunidad mixta se capturan en una emulsión de aceite en agua, donde la mayoría de las burbujas están vacías y las que tienen células
contienen solo una célula. Una PCR estándar se dirige al gen móvil, y una segunda PCR de fusión que utiliza cebadores puente puede vincular
físicamente los amplicones de un gen móvil (naranja) con un marcador taxonómico (azul). Por lo tanto, los amplicones finales contendrán solo
fusiones de PCR con genes marcadores de células que contienen el plásmido, proporcionando información sobre el huésped específico o la
coexistencia de genes móviles. ARNr, ARN ribosomal.
puede ocurrir en varios organismos sincrónicamente, en
lugar de con frecuencias regulares.
Presiones selectivas complejas sobre las MGE.De gran preocupación
es la propagación de genes de resistencia a los antibióticos que se
encuentran comúnmente en los MGE. Se ha demostrado que los
viajeros acumulan más genes de resistencia a los antibióticos después
del viaje123, lo que sugiere que el acervo genético móvil de un individuo
es flexible y está sujeto a presiones selectivas; sin embargo, la escala y
el marco de tiempo no se conocen. Se ha demostrado que los genes
móviles de degradación de carbohidratos difieren entre la microbiota
intestinal de las poblaciones globales1, a pesar de compartir
experiencias culinarias en ciertos casos. Los genes de resistencia a los
antibióticos tampoco se mantuvieron durante el tránsito de
microorganismos y MGE a través de una planta de tratamiento de
aguas residuales.120. Existe la necesidad de comprender el papel de la
selección en genes móviles en diferentes genomas. A menudo, los
genes móviles, incluidos los que proporcionan funciones auxiliares y
los relacionados con el transporte de ADN exógeno, pueden ser
perjudiciales y, a menudo, se encuentran mutaciones compensatorias
en los genomas que conservan un MGE.124. Un estudio ilustrativo
mostró diferencias entre la movilidad y la función de los genes de
resistencia que transmiten resistencia a los péptidos antimicrobianos
en comparación con los genes de resistencia que transmiten
resistencia a los antibióticos entre especies en el intestino. Este trabajo
revela un mayor requerimiento de compatibilidad funcional de los
genes de resistencia a péptidos antimicrobianos con sus genomas
huésped.125. En general, solo estamos comenzando a comprender las
mayores presiones selectivas que dan forma a los acervos genéticos
móviles.
Interacción entre los MGE y sus genomas hospedadores
bacterianos.Un creciente cuerpo de evidencia ha apuntado a las
interacciones entre los elementos móviles y sus genomas
bacterianos anfitriones. Esto puede incluir interacciones
específicas relacionadas con la función de la especie huésped,
como en el caso de genes asociados a plásmidos que modulan
Acinetobacter baumanniipatrones de expresión génica para
promover la colonización del tracto urinario24. Un fago dentro
Listeria monocytogenesse transduce durante la fagocitosis y
promueve la supervivencia bacteriana dentro
0123456789( ) ; :
Reseñas
PCR de fusión amplicón de
gen-taxón móvil
vínculos
el fagosoma126. En particular, esto también ha incluido
sistemas anti-CRISPR codificados por fagos127. La frecuencia
con la que estos rasgos asociados con el huésped bacteriano
se transmiten en los MGE aún no se ha evaluado de manera
de alto rendimiento, pero sugieren una coevolución entre los
MGE y sus genomas del huésped, a pesar de la transmisión
horizontal de los MGE.
panorama
A pesar de una caja de herramientas cada vez mayor de técnicas
utilizadas para medir HGT, quedan muchas preguntas a las que
se pueden aplicar algunas de estas herramientas. La dinámica
subyacente de la HGT no se comprende bien. Los experimentos
que usan fagos en modelos de inflamación en ratones muestran
que la HGT dentro de una sola comunidad microbiana puede ser
rápida128. Sin embargo, aunque hemos sido testigos de la rápida
propagación de genes móviles en todo el mundo129, no
conocemos los fundamentos ecológicos que gobiernan el
intercambio de genes exitoso o duradero y con qué frecuencia
ocurre esto en entornos naturales. Ninguna de las técnicas antes
mencionadas puede proporcionar una imagen completa o
perfecta de la HGT en comunidades naturales. Las técnicas
difieren en términos de su amplitud y sensibilidad, longitud de
MGE y rendimiento general, y amplitud y precisión. Con respecto
a los participantes de HGT en estas comunidades, solo algunas de
estas técnicas pueden vincular MGE a sus huéspedes bacterianos.
Ninguno aclara la dirección del flujo de genes, e incluso el
mecanismo.
— transducción, transformación o conjugación — puede ser
esquivo. Además, existen otros mecanismos putativos de
HGT, como a través de vesículas de la membrana externa130–
132, de la que sabemos poco. Para responder a estas
preguntas a nivel de sistemas sobre HGT, estos métodos
deben ser más sólidos. Deben ser de mayor rendimiento y
más rentables para ser aplicados en el contexto de un gran
estudio comparativo de casos y controles o estudios de
curso de tiempo.
Estas técnicas prometen responder preguntas ecológicas
sobre el papel de HGT en las comunidades microbianas.
¿Cuándo la HGT da como resultado una integración
genómica duradera que puede afectar los cambios en el
ecosistema microbiano o el huésped? Ha habido una
Reseñas

Perturbación- Selectivo contribuyen los genes individuales? ¿Qué modo de HGT es

THG inducida presión
a HGT dominante y cómo difiere entre los tipos de microbiomas?
Necesitamos métodos que puedan medir la utilidad de los MGE
en contextos genómicos novedosos para medir las presiones
selectivas para mantener o perder un gen móvil, ya que ganar
MGE puede ser inicialmente perjudicial.134. Una forma de
examinar si los MGE adquiridos recientemente se expresan en las
comunidades es examinar los datos metagenómicos junto con los
t0 t
norte datos proteómicos.131.
b Incluso los métodos más robustos descritos aquí no capturan

Número de especies asociadas

de manera integral todos los HGT en comunidades microbianas.
Abundancia de genes móviles

Todos los métodos descritos en esta revisión enfrentan el desafío

de aumentar la relación señal-ruido y aumentar la sensibilidad.
Sin embargo, además de los problemas de detección, otras
con el gen móvil
razones para no observar la HGT en las comunidades son las
innumerables barreras naturales para el flujo de genes. Algunos
de estos son bien conocidos; por ejemplo, actividad de
endonucleasa de restricción, maquinaria HGT incompatible,
t0 t
norte
t0 tnorte
especificidad de adsorción de fagos e inmunidad adaptativa
mediada por CRISPR. Sin embargo, están surgiendo
Figura 6 |Desentrañar los procesos de transferencia horizontal de genes y selección natural. a|En complejidades que alteran nuestras suposiciones; por ejemplo,
una comunidad microbiana natural, la transferencia horizontal de genes (HGT), probablemente debido a
fagos que pueden eludir la modificación del huésped o los
una perturbación, y una presión selectiva posterior impuesta sobre un elemento genético móvil (MGE) o
mecanismos CRISPR25,135,136. Las contribuciones de estas barreras
gen se observan en combinación. Desde un tiempo de inicio inicial (t0), puede haber una expansión de
a la HGT general observada en las comunidades naturales
organismos portadores de un MGE específico y una posterior presión selectiva impuesta que puede
pueden requerir métodos distintos a los discutidos aquí. A
limitar el número de organismos portadores del MGE a lo largo del tiempo. Dependiendo del momento
en el que se observe una comunidad, es por tanto difícil distinguir la contribución de estos dos procesos: medida que la investigación del microbioma logre una mejor
transferencia y selección. b|Específicamente, un aumento en la abundancia de un gen móvil puede comprensión del ensamblaje de la comunidad a nivel de especie,
deberse a la replicación de una pequeña cantidad de huéspedes (panel izquierdo) o la dispersión de un se centrará una mayor atención en los aspectos del flujo de genes
gen en una comunidad (panel derecho). Desentrañar las respectivas contribuciones de la HGT y la que han permanecido esquivos. Se prestará mayor atención a la
selección se puede ayudar con un muestreo más frecuente y con los métodos discutidos en el texto HGT como impulsor de la propagación de la resistencia a los
principal. antibióticos y en la comprensión de cómo las comunidades
bacterianas que brindan servicios ecológicos importantes se
pregunta de larga data sobre el papel de los antibióticos no adaptan a las condiciones ambientales cambiantes.
solo en la selección sino también en la promoción de la HGT
Publicado en línea xx xx xxxx
133. ¿Qué MGE están bajo selección positiva y cómo

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Agradecimientos
El autor es Packard Fellow of Science and Engineering, Pew
Biomedical Scholar y Sloan Foundation Research Fellow. Esta
investigación fue financiada por el programa Microbios en el
entorno construido de la Fundación Sloan (2018-11009), la
Fundación Nacional de Ciencias de EE. UU. (ABI 1661338,
EAGER 1650122), los Institutos Nacionales de Salud de EE.
:2017-03796) y el Programa Grand Challenges de Bill & Melinda
Gates (OPP1161064). El autor agradece a los miembros del
laboratorio Brito por los comentarios sobre el manuscrito.
Conflicto de intereses
El autor declara que no hay conflictos de intereses.
Información de revisión por pares
Nature Reviews Microbiologíaagradece a H. Wang ya los otros
revisores anónimos por su contribución a la revisión por pares
de este trabajo.
nota del editor
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