Técnicas de análisis genético

T.5– Marcadores de linaje

TEMA 5: MARCADORES DE LINAJE

1. Los marcadores de linaje

Los perfiles de los STR (como cualquier otro marcador) autosómicos deben su variabilidad a tres procesos:
• segregación independiente
• entrecruzamiento (dentro del mismo cromosoma el conjunto de alelos puede entrecruzar)
• raras mutaciones espontáneas

Los marcadores de linaje son aquellos cuya asociación no cambia de generación en generación. Es decir, los
distintos alelos que hay en un cromosoma no cambian.
Estos requisitos los cumplen los marcadores de la región no recombinante del cromosoma Y y del DNA
mitocondrial. En ambos casos sus marcadores se transmiten de generación en generación sin cambios,
excepto por raras mutaciones (relativamente frecuentes en el mtDNA).

→ Linaje paterno → Marcadores del Cromosoma Y (el padre lo pasa a sus hijos)
→ Linaje materno → Marcadores del DNA mitocondrial (la madre lo pasa tanto a hijos como a hijas pero
solo va por la vía materna)

1.1. Aplicaciones y limitaciones de los marcadores de linaje frente a los marcadores

autosómicos

Principales aplicaciones:
- Genética forense: muestras muy degradadas o contaminadas
- Estudios evolutivos: filogenias y estudios de migración de poblaciones
- Investigaciones genealógicas: estudios de parentesco con miembros para los que no se puede obtener
muestras de DNA, pues el conjunto de alelos en el cromosoma Y de un abuelo, será el mismo que el de su
nieto varón salvo pequeñas mutaciones.

Limitaciones para el uso en genética forense:

No se puede utilizar la regla del producto para estudiar coincidencia de identidad (ya que no segregan
independientemente)
No se puede distinguir entre parientes directos:
- El perfil de los marcadores del cromosoma Y podría ser de cualquier varón en la familia (no es tan
discriminante como los autosómicos)
- El perfil de los marcadores del mtDNA es el mismo en todos los familiares por línea materna (tampoco es
discriminante en estos casos)

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1.2. Comparación de los diferentes marcadores utilizados en Genética Forense

Tenemos una gota de sangre, en la cual habrá glóbulos blancos (con núcleo) y mitocondrias. ¿Qué nos es útil
para forense?
Del núcleo, los marcadores más usados son los STRs y los SNPs. Los SNPs tienen un poder discriminatorio
altamente elevado, y se pueden usar en muestras muy degradadas de DNA. Los STRs no son tan discriminantes
porque son dialélicos, son difíciles de rescatar en muestras muy degradadas y en las mezclas es difícil de
resolver.
Los marcadores del cromosoma Y solo tienen una copia por célula. La fuente de variación es únicamente la
mutación espontánea. Una ventaja es que son específicas de varón, y sus desventajas es el poder
discriminatorio relativamente bajo, y los posibles problemas de linajes poblacionales (no hay una referencia
poblacional clara).
En cuanto al mtDNA, lo bueno es que hay muchas mitocondrias por célula y varias copias de DNA por
mitocondria. En este DNA solo encontramos SNPs, ya que no hay microsatélites en el genoma mitocondrial.
La fuente de variación únicamente es la mutación. Una ventaja es el elevado número de copias, lo cual lo hace
útil para muestras que han sufrido degradación. La desventaja principal es la heteroplasmia (coexistencia de
variabilidad en el mtDNA de una misma célula), lo cual nos podría llevar a pensar que hay dos personas y
realmente es solo una, pero si se sabe, esto es aún más específico y confiere una ventaja.

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2. Utilidad de los marcadores del cromosoma Y

En el cromosoma Y podemos distinguir dos tipos de regiones:
• Las regiones pseudoautosómicas (PAR1 y PAR2), que son las de los extremos.
Son las responsables de que haya apareamiento durante la meiosis entre los
cromosomas sexuales, pese a ser diferente (tienen cierta homología).
• Las regiones específicas del cromosoma Y (MSR, de “male specific region”),
que no recombinan. Explicación: a lo largo de la evolución, aunque muchas
secuencias del cromosoma Y tienen su homólogo en el X, se han producido inversiones
en el cromosoma Y de forma que ya no puede aparear con el X para recombinar.

Dentro de la región no recombinante se puede distinguir:

- la región de eucromatina (codificante, con loci que tienen homólogos en el
cromosoma X)
- la región de heterocromatina (no codificante)

Dentro de la región eucromática destacan:

- el locus SRY, responsable del sexo
- el locus AMELY (amelogenina-Y), ampliamente utilizado en pruebas de determinación del sexo

Los marcadores más utilizados en el cromosoma Y son los

STR de la región eucromática:
Este es un ejemplo de un arbol familiar, en el cual se
muestran distintos marcadores. Un individuo tendrá un
conjunto de alelos característico. El conjunto de alelos de los
diferentes marcadores constituirá una combinación que no
se alterará por recombinación y que se transmitirá de varón
a varón. Es lo que se denomina un haplotipo.

Un haplotipo (del griego: haploûs, "único, simple") es una combinación de alelos de diferentes loci de un
cromosoma que son trasmitidos juntos.

2.1. Aplicaciones de los Y-STR

Uso forense Ventajas

Nota: en varones
Asalto sexual Ampliación específica del DNA del varón
deficientes de
amelogenina, no podrías
Varones deficientes en Análisis Y-STR identifica al varón
amelogenina saber si es un varón por
Prueba de paternidad Si no se dispone de muestra materna. También, este marcador, por ello
cuando el padre putativo ha fallecido, o no quiere normalmente en
aportar muestra. Sólo para hijos varones genética forense se
Personas desaparecidas Cualquier pariente varón sirve como referencia. analiza este gen, pero
Identificación de restos en Sólo varones también otros genes
accidentes, atentados…
exclusivos del
Migración/evolución humana La ausencia de recombinación permite trazar el
cromosoma Y para
linaje
asegurarnos.
Investigación genealógica La ausencia de recombinación permite trazar el
linaje.
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Uso forense

En los casos de asalto sexual, los Y-STR son útiles especialmente en los siguientes casos:
➢ Cuando el violador sufre de azoospermia (no se obtiene suficiente DNA genómico para poder estudiar los
polimorfismos autosómicos).
➢ Lo mismo para individuos vasectomizados.
➢ Muestras mixtas:
- Si hay excesivo DNA de la mujer, éste interfiere con la amplificación del DNA del hombre y no se puede
leer el genotipo masculino (porque los cebadores se unirán preferentemente al DNA de la mujer).
- En caso de violaciones múltiples, poder identificar más fácilmente el DNA procedente de los agresores.

El análisis de los Y-STRs nos provee de un método únicamente “excluyente” sobre la determinación de la
identidad (p.e., culpabilidad):
➢ Si el perfil de Y-STR no coincide, la prueba sirve para excluir a un sospechoso.
➢ La coincidencia del perfil de Y-STR significa que podría haber sido el sospechoso, o cualquiera de sus
parientes varones por línea paterna.

En el caso de coincidencia del perfil Y-STR, la interpretación ha de ser cualitativa, más que cuantitativa. Al
presentar los resultados ante un juez diríamos:
“El perfil de la escena del crimen coincide con el del sospechoso. Por tanto, no podemos excluir a este
sospechoso, ni a ningún pariente patrilineal, o a un número desconocido de varones sin parentesco”.
Todos los varones descendientes de I-1
tienen el mismo patrón de Y-STRs.
Además ese haplotipo puede estar en la
población.

Se han encontrado 219 Y-STRs, pero normalmente es suficiente con el análisis de sólo 9 a 11 loci. Se ha
construido una base de datos con más de 24.000 perfiles de 9 loci de 200 poblaciones. Ello permite estimar la
probabilidad de encontrar un determinado haplotipo en una determinada población.
Las aproximaciones matemáticas usadas son:
1. Método de contaje (¿qué probabilidad hay de poseer el perfil frente a la población?).

𝑁º 𝑖𝑛𝑑𝑖𝑣𝑖𝑑𝑢𝑜𝑠 𝑐𝑜𝑛 𝑒𝑠𝑒 𝑝𝑒𝑟𝑓𝑖𝑙

𝑃𝑟𝑜𝑏𝑎𝑏𝑖𝑙𝑖𝑑𝑎𝑑 =
𝑁º 𝑡𝑜𝑡𝑎𝑙 𝑑𝑒 𝑝𝑒𝑟𝑓𝑖𝑙𝑒𝑠 𝑎𝑛𝑎𝑙𝑖𝑧𝑎𝑑𝑜𝑠
2. Aproximación Bayesiana (combinándola con la información obtenida para otros marcadores
autosómicos).

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Uso en estudios de migración/evolución humana

El cromosoma Y tiene características evolutivas especiales comparado con otros loci nucleares:
• Mayor tasa de mutación (es el resultado del paso exclusivo de los cromosomas Y a través de la línea
germinal masculina).
• Mayor divergencia de secuencia entre especies diferentes.
• Menor divergencia de secuencia dentro de una especie (debido al menor tamaño efectivo de la población,
el cromosoma Y tiende a sufrir deriva y se distinguen haplotipos y haplogrupos típicos de determinadas
regiones).

Un haplogrupo es un conjunto de haplotipos similares que supuestamente han derivado de un antecesor

común relativamente cercano. Se van acumulando variaciones.

Con estos datos podemos hacer un mapa de la población humana donde se encuentran distintos haplogrupos
predominantes según la región. De China deriva Oceanía por ejemplo porque el color es parecido.

Uso en estudios de genealogías

Se puede querer investigar el parentesco entre

dos familias, como ocurrió con “El caso
Jefferson”: ¿Fue Thomas Jefferson el padre de
alguno de los hijos de su esclava, Sally Hemings?
Contra esta acusación y para explicar el parecido
de uno de los hijos de Sally con la familia
Jefferson, se planteó que el verdadero padre era
uno de los sobrinos de Jefferson (Samuel o Peter
Carr). En 1999 se realizó un estudio molecular,
solicitado por los descendientes legítimos y los
supuestamente biológicos. Se miró el haplotipo
de los descendientes, y coincidía con el del individuo problema, es decir, resultó que el hijo que se pensaba
que era de Peter Carr, era de Thomas Jefferson Haremos un problema sobre esto.

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3. Utilidad de los marcadores mitocondriales

El mtDNA es una molécula circular de doble cadena, que codifica:
• 13 polipéptidos implicados en la fosforilación oxidativa
• 2 rRNAs
• 22 tRNAs
• Existe, además, una región de control (de 1100 pb) que contiene dos regiones hipervariables

El genoma mitocondrial tiene una tasa de mutación mayor que el

nuclear, por la baja fidelidad de la mtDNA polimerasa y la ausencia
de mecanismos de reparación.
Una gran ventaja es que en cada célula somática puede haber hasta
100 mitocondrias y en cada mitocondria hay entre 2 y 17 copias de
mtDNA → ¡Hay entre 200 y 1700 copias del mtDNA por célula!.

El análisis de DNA mitocondrial consiste, generalmente, en la secuenciación de las dos regiones hipervariables
(HVSI y HVSII). Adicionalmente, se puede añadir la información sobre algún SNP de fuera de las regiones
hipervariables (normalmente de la región control).
La nomenclatura de los SNPs del mtDNA humano se basa en las diferencias respecto a la Secuencia de
Referencia de Cambridge revisada (rCRS), que es la secuencia mitocondrial humana respecto a la cual se
comparan todas las demás (Secuencia de Anderson et al.), y corresponde al haplogrupo H2a2a:
• Los polimorfismos en el mtDNA se nombran mediante un número y una letra. El número indica la posición
del nucleótido en la CRS, y la letra el nucleótido que ocupa dicha posición, cuando éste es diferente de la
secuencia de referencia. Por ejemplo: 16311 C (citosina en lugar del nucleótido en la CRS).
• El nucleótido original generalmente no se especifica, salvo que resulte de utilidad. En ese caso, se indica
antes del número. Por ejemplo: T 16311 C.
• Las deleciones se indican con el número del nucleótido desaparecido, seguido de una D o un signo – . Por
ejemplo: 249D ó 249-.
• Las inserciones se especifican a partir del nucleótido anterior que coincide con la secuencia estándar:
16192.1C indicaría que entre la posición 16192 y 16193 hay insertada una C.

Uso forense

Los marcadores mitocondriales tienen algunas ventajas para su uso forense:

→ El DNA mitocondrial se hereda por vía materna. Salvo mutaciones, la secuencia en hermanos y todos los
parientes maternos es idéntica. Al igual que sucedía con el cromosoma Y, esta característica se puede
utilizar para identificar personas desaparecidas, cuando los parientes maternos pueden aportar muestras
de referencia con la que comparar el DNA encontrado en la fuente.
→ El elevado número de copias de mtDNA por célula. El análisis de marcadores mitocondriales es
especialmente útil en muestras degradadas (huesos y dientes), o donde no haya DNA nuclear (uñas y
pelos, sobre todo si éstos portan poca o ninguna raíz).
→ Puede presentar heteroplasmia (coexistencia de variabilidad en el mtDNA de una misma célula). Pese a
ser un inconveniente, puede ser útil a la hora de aumentar la evidencia de parentesco entre dos muestras.

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Uso en estudios de migración/evolución humana

El mtDNA tiene características evolutivas especiales

comparado con otros loci nucleares:
- Mayor tasa de mutación (ausencia de
mecanismos de reparación y una DNA
polimerasa con alta tasa de error).
- Mayor divergencia de secuencia entre
especies diferentes.

Las poblaciones humanas se pueden agrupar en base

al haplogrupo de mtDNA al que pertenecen.

Además de estudios de poblaciones humanas, el análisis de las relaciones filogenéticas de los haplogrupos del
mtDNA permite realizar estudios de migración de las poblaciones humanas, así como estudios evolutivos. Se
hizo un trabajo analizando el DNA mitocondrial y se fue siguiendo el linaje buscando el ancestro mitocondrial
de las poblaciones humanas, se descubrió que ese ancestro estaba en África. A partir de la Madre Eva
mitocondrial se produjeron poco a poco mutaciones en el mtDNA que nos permiten seguir el rastro.

Uso en estudios de genealogías

También se puede aplicar al estudio de miembros desaparecidos de una familia, como ocurrió con “El caso de
la familia real rusa”: En 1970 se encontró la tumba en la que habían sido enterrados los miembros de la familia
real. El análisis de los huesos, junto con el estudio de loci STR autosómicos, indicó que faltaban los restos del
heredero al trono, Alexei, y una de sus cuatro hermanas, posiblemente María o Anastasia.
El análisis de los restos hallados en una tumba cercana demostró que tanto Alexei como su hermana no habían
escapado al magnicidio.

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