Chacho Es

Patología molecular: conectar los fenotipos
con los genotipos

16
La patología molecular ha pasado a ocupar un lugar central en nuestros intentos por
comprender los efectos genéticos en los caracteres humanos. Esto no siempre ha sido así.
Hasta hace poco, la atención se centraba en la identificación de variantes. Los clínicos y
los científicos se afanaban en pensar qué gen candidato podría albergar mutaciones
responsables de un síndrome; invertían enormes esfuerzos en identificar familias
informativas o pacientes especiales que pudieran proporcionar una pista vital, y
utilizaban sus habilidades de laboratorio para señalar la localización cromosómica de
esas mutaciones. La historia terminó de forma triunfal con la identificación de las
mutaciones en un gen candi- dante.
La secuenciación de nueva generación cambió todo eso. Ahora que es rutinario
secuenciar todo el exoma o, cada vez más, todo el genoma de un paciente, la
identificación de variantes es trivial. El problema estriba en clasificar la lista de variantes
para identificar la crucial. Una secuencia del exoma suele identificar 20.000 diferencias
entre el exoma de ese individuo y el genoma humano de referencia. Una secuencia del
genoma completo identificaría entre 4 y 5 millones de variantes. Los enfoques anteriores
reducían el espacio de búsqueda identificando primero una pequeña región
cromosómica candidata o incluso un único gen candidato. Ahora que el espacio de
búsqueda abarca todo el exoma, o incluso todo el genoma, para cualquiera de las
variantes la probabilidad previa de que sea la causa de la c o n d i c i ó n d e l s u j e t o
es extremadamente baja. De ello se desprende que las pruebas de que una variante es
causal deben ser muy sólidas para convencer a un mundo escéptico de que la causa ha
sido realmente identificada. Así, la patología molecular pasa a ocupar el centro del
escenario.
La distinción fundamental en patología molecular es entre pérdida de función y
ganancia de función. Una variante puede causar un fenotipo porque no hace algo que su
homólogo normal hace, o puede causarlo porque hace algo que la versión normal no
hace. Una pérdida de función puede ser total o parcial, y si el producto de un gen tiene
varias funciones, la pérdida puede afectar sólo a una de ellas o a todas. Una pérdida total
de función suele ser el resultado de la imposibilidad de fabricar cualquier producto
génico. Una ganancia de función rara vez es la adquisición de una función totalmente
nueva; lo más habitual es que se trate de un fallo de regulación, de modo que el producto
génico funciona de forma inapropiada. Puede expresarse en el momento equivocado, en
el lugar equivocado, en el nivel equivocado. Puede interpretar mal las señales o
responder a la señal equivocada. La distinción entre pérdida y ganancia de función puede
ser a veces borrosa. Un cambio regulatorio puede hacer que un producto génico pierda
algunas funciones y adquiera otras. La pérdida de función de una molécula inhibidora
puede causar un efecto a través de la ganancia de función de su objetivo. No obstante, la
primera pregunta que hay que hacerse sobre una variante es si provoca una pérdida o
una ganancia de función.
En todo esto es importante distinguir lo que hace una variante a nivel bioquímico
nivel -la producción del producto génico y su función bioquímica- de lo que la variante
hace a la persona que la porta. Los estudios de secuenciación a gran escala han
demostrado que las personas normales y sanas suelen ser portadoras de variantes que
inactivan uno u otro gen o provocan cambios significativos en el producto génico.
Cambiar o abolir la función de un gen no es necesariamente patógeno. Por tanto, en la
patología molecular siempre hay dos preguntas: qué hace una variante a un gen y qué
hace a la persona. La primera de estas preguntas es la más fácil de responder, y
empezaremos por ver cómo las variantes pueden causar una pérdida o ganancia de
función de un producto génico.
516 Capítulo 16: Patología molecular: conectar los fenotipos con los
genotipos
16.1 PÉRDIDA DE LA FUNCIÓN

En la Tabla 16.1 se resumen las múltiples formas en que un producto génico puede perder su función.
CUADRO 16.1 LOS PRINCIPALES TIPOS DE CAMBIO QUE PUEDEN HACER QUE UN
PRODUCTO GÉNICO PIERDA SU FUNCIÓN
Cambios que se aplican tanto si el producto del gen es una proteína como un ARN funcional
Eliminar todo o parte del gen
Interrumpir el gen por una reordenación cromosómica
Impedir o reducir la transcripción del gen mediante la supresión o alteración del promotor
Eliminar el acceso a un potenciador necesario mediante una reordenación cromosómica o

activando un elemento aislante
Suprimir el empalme correcto del transcrito primario, o de isoformas de empalme específicas
Cambios que se aplican cuando el producto del gen es una proteína
Eliminar o cambiar el codón de iniciación de la traducción AUG
Insertar o eliminar nucleótidos para provocar un desplazamiento de cuadro
Cambiar un codón para un aminoácido en un codón de parada UAG, UAA o UGA (un cambio sin
sentido)
Cambiar un codón para un aminoácido por otro para un aminoácido diferente (un cambio de sentido
erróneo)
La supresión o la interrupción de un gen normalmente

conduce a una pérdida de función
La deleción completa de un gen significará necesariamente la ausencia del producto de
ese alelo. Las deleciones parciales suelen tener el mismo efecto. Dado que la mayoría de
los exones son pequeños en comparación con la mayoría de los intrones o los tramos de
ADN entre los genes, la mayoría de los puntos de rotura aleatorios se encuentran en el
ADN intergénico o en los intrones. Por lo tanto, las deleciones parciales a menudo
implican la pérdida de uno o más exones completos. La pérdida de exones puede
conducir a la pérdida de la función del gen por varias razones. Una deleción que incluya
el primer exón de un gen a menudo también incluirá el promotor y otros elementos
cruciales aguas arriba. En el caso de un gen codificador de proteínas, la supresión del
exón que contiene el codón de inicio ATG normalmente impediría la traducción, aunque
algunos genes tienen sitios secundarios de entrada al ribosoma interno después del
codón de inicio normal. El exón final de un gen codificador de proteínas puede contener
o no una secuencia codificadora, pero las regiones no traducidas 3′ de los ARNm
contienen secuencias importantes para su estabilidad. Por lo tanto, la supresión del exón
final de un gen puede hacer que el transcrito sea inestable. Las supresiones de exones
internos pueden tener efectos diversos. Como se explica más adelante, en dos tercios de
los casos se esperaría que la supresión de un exón codificante introdujera un cambio de
marco, con el resultado de que no se produciría ninguna proteína funcional. Incluso una
supresión dentro del marco puede eliminar una parte vital de la proteína, o afectar a su
estructura tridimensional de forma que la proteína no sea funcional. Las duplicaciones de
exones internos podrían tener efectos similares. Un argumento similar se aplica a las
pequeñas supresiones de secuencias que se encuentran por completo dentro de un solo
exón: pueden causar un cambio de marco o alterar la estructura de la proteína codificada.
Sin embargo, es importante recordar que la mayoría de los genes que codifican proteínas
tienen múltiples isoformas de empalme. Si una isoforma no utiliza un determinado exón,
no se verá afectada por la supresión de ese exón ni por ningún otro cambio en él.
Las reordenaciones cromosómicas, aunque estén equilibradas, pueden afectar a la
función al interrumpir un gen. Un ejemplo clásico es la hemofilia A, una enfermedad
ligada al cromosoma X (OMIM #306700) en la que la sangre no coagula debido a una
deficiencia del Factor VIII de coagulación. Los pacientes afectados pueden tener una
variedad de cambios de pérdida de función en el gen F8A que codifica el Factor VIII, pero
alrededor de la mitad de todos los casos de la enfermedad grave son causados por una
inversión que interrumpe el gen. Esto es el resultado de la recombinación
intracromosómica entre repeticiones de baja copia en la parte distal del cromosoma X
PÉRDIDA DE LA FUNCIÓN
(Figura 16.1). Los exones 1-22 están separados y en orientación opuesta a los exones 517
restantes, causando una pérdida completa de la función. Cada uno de los 26 exones del
F8A está presente con su secuencia correcta, por lo que no se detectaría ninguna
anomalía mediante la secuenciación del exoma.
En el caso de los ARN funcionales (no codificantes), los efectos de una supresión o
interrupción parcial son más difíciles de predecir. En general, estos ARN parecen ser
menos sensibles a los cambios de secuencia
genotipos
A. 10 14 22 26 Figura 16.1 La hemofilia A puede estar

causada por una inversión que
F8A1 interrumpe el gen F8A. (A) Hay una
secuencia repetitiva en el intrón 22 del gen
F8A (F8A1, barra roja);
(B) dos copias adicionales están localizadas
B. qter cen 360 kb y 435 kb aguas arriba del gen F8A.
F8A3 F8A2 F8A1 Las flechas indican las orientaciones
relativas de las tres copias. (C) Durante la
C. cen meiosis masculina, esta parte del
cromosoma X no tiene pareja homóloga.
qter Las repeticiones F8A pueden
emparejarse, formando un bucle.
D. qter (D) Un cruce entre repeticiones emparejadas
cen
de F8A provoca la inversión de un segmento
de 500 kb. Aunque el gen F8A está
interrumpido y no es funcional, cada exón
individual y su
100 kb inversión La secuencia intrónica flanqueante sigue
intacta.
exones 22-1exones 23-26
que las secuencias codificadoras de proteínas. Sin embargo, muchos ARN no codificantes
largos se empalman y poliadenilan igual que los transcritos codificantes de proteínas, por
lo que podrían ser sensibles a los reordenamientos estructurales. En el caso de algunos
ARN antisentido, la función parece residir en el acto de transcripción, más que en las
propiedades del propio transcrito. La transcripción del ARN impide la transcripción de un
gen superpuesto en la otra cadena de ADN. Una deleción podría abolir ese efecto, pero
probablemente también eliminaría parte o la totalidad del gen solapado, y por tanto
tendría un efecto más directo en la célula.
La pérdida de función podría deberse a la supresión o

alteración del promotor
Se han documentado muchos casos de pacientes con condiciones de pérdida de función
que tienen una sustitución de nucleótidos en un sitio de unión del factor de transcripción
aguas arriba del sitio de inicio de la transcripción del gen correspondiente (Tabla 16.2).
Sin embargo, estos informes deben tratarse con cierta precaución. Sin estudios
funcionales detallados, es difícil saber con qué frecuencia estas variantes son realmente
causantes. Para establecer la causalidad, en primer lugar sería necesario demostrar que la
variante afecta realmente al nivel de transcripción, utilizando un ensayo de transfección
transitoria en un tipo de célula relevante o cuantificando el nivel de ARNm. A
continuación, se podrían utilizar ensayos de desplazamiento de movilidad electroforética
(EMSA) para identificar la pareja de unión. La movilidad electroforética de un fragmento
del promotor de tipo salvaje debería reducirse cuando se ejecuta junto con un extracto
nuclear, lo que demuestra que el extracto contiene proteínas que se unen al fragmento,
aumentan su peso y, por tanto, ralentizan su migración. La secuencia variante debería
mostrar un comportamiento alterado. El análisis de la secuencia del promotor de tipo
salvaje en busca de sitios de unión conocidos podría sugerir proteínas de unión
candidatas. Éstas podrían comprobarse utilizando proteína purificada en el EMSA.
Alternativamente, añadiendo un anticuerpo
TABLA 16.2 EJEMPLOS DE MUTACIONES PATÓGENAS EN SECUENCIAS PROMOTORAS
Condición OMIM # Gene Variante Elemento regulador perturbado
-talasemia 141900 HBB c.-101C>T Caja CACCC (se une a Sp1 y EKLF)
c.-30T>A Caja TATA
Hemofilia B 300746 F9 c.-26G>C Sitio de unión de

c.-6G>A HNF4 HNF4 + otros
factores
Hipercolesterolemia familiar 143890 LDLR c.-139C>G Sitio Sp1
c.-60C>T Elemento regulador del esterol 2
Deficiencia de piruvato quinasa 266200 PKLR c.-83G>C PKR-RE1

c.-72A>G GATA1
[Muchos cánceres] 187270 TERT c.-91C>T, c.-69C>T Mutaciones activadoras, crean sitios de unión de
519
ETS
Síndrome de Cowden 158350 PTEN c.-930G>A Sitio de unión

c.-920G>T de Sp1 Sitio de
unión de Sp1
Porfiria eritropoyética congénita 263700 UROS c.-90C>A Sitio de unión de CP2
c.-70T>C Sitio de unión de
GATA1
genotipos
La incorporación de esta proteína a un extracto nuclear debería producir un *

superdesplazamiento en la movilidad electroforética, ya que el gran complejo proteína-
anticuerpo se une ald fragmentoa del promotor. d a'
Estos estudios d
funcionales son
C.
competencia de los laboratorios de investigación, por lo que los laboratorios de
diagnóstico tienden a ser cautelosos a la hora de buscar o notificar * variantes del
promotor.
d a d a' d' a d
Los cambios más frecuentes que causan la pérdida de función de un promotor son D.
epigenéticos. Como se describe en el capítulo 10, las marcas epigenéticas definen los
promotores y regulan su actividad normal. Por tanto, no es sorprendente que las marcas
*
epigenéticas anormales puedan silenciar promotores. Las células cancerosas suelen
silenciar genes cruciales que suprimen el crecimiento mediante la metilación del
promotor (véase el capítulo 19). El silenciamiento epigenético de un promotor también
puede causar otras enfermedades genéticas. El síndrome del cromosoma X frágil (OMIM
#300624) está causado por la falta de la proteína de unión al ARN FMR1. La causa
habitual es el silenciamiento del promotor del gen FMR1 por metilación, provocado por
una repetición de trinucleótidos expandida (véase la Tabla 16.7).
Eliminar el acceso a un potenciador puede causar una

pérdida de función específica del tejido
Como se describe en el capítulo 10, la expresión de muchos genes depende de los
potenciadores. Los potenciadores se unen a factores de transcripción y a otras proteínas,
y dan vueltas para acercarse al promotor que controlan (véase la Figura 10.24). La
supresión o mutación de un potenciador puede abolir o cambiar la expresión del gen. La
tabla 10.5 muestra ejemplos de afecciones multisistémicas causadas por la pérdida de
función de un gen codificador de proteínas que está controlado por múltiples
potenciadores específicos de tejido. La tabla muestra cómo la inactivación de uno de los
potenciadores, dejando intacta la secuencia codificadora, puede causar sólo un
componente del síndrome completo. Cada potenciador es responsable de una faceta de
la expresión génica específica del tejido; la pérdida de un potenciador provoca una
pérdida de función específica del tejido (aunque los genes importantes del desarrollo
suelen tener múltiples potenciadores redundantes).
Las interacciones potenciador-promotor están limitadas por la estructura de dominio
de los cromosomas. Como se describe en el capítulo 10, los cromosomas están divididos
en dominios topológicamente asociados (TAD) del tamaño de una megabase, separados
por elementos aislantes o de barrera. Un potenciador puede controlar la expresión de un
gen que se encuentra dentro del mismo TAD, pero no los genes que se encuentran fuera
del TAD. Si se coloca un elemento aislante entre un potenciador y su gen diana, ese
potenciador dejaría de tener influencia en la expresión del gen. El aislante podría
colocarse debido a un reordenamiento estructural del cromosoma (véase la Figura 16.9,
más abajo, y Lupiáñrez et al., [2015] [PMID 25959774; véase Lectura adicional] para ver
ejemplos), o un aislante potencial podría estar regulado epigenéticamente. La Figura
10.17 muestra cómo la actividad de un aislante potencial situado entre un potenciador y
el gen IGF2 en 11p15 dependía de su estado de metilación. Cuando la secuencia estaba
metilada no tenía función de aislante, permitiendo la expresión de IGF2 impulsada por el
potenciador. Cuando no estaba m e t i l a d a actuaba como aislante y el IGF2 no se
expresaba. Las variaciones estructurales del cromosoma pueden permitir que un
potenciador controle la expresión de un gen diferente de su objetivo normal ("captura del
potenciador"). Ese gen ganaría función. Tales cambios se discuten más adelante, cuando
consideramos las variantes de ganancia de función.
El splicing aberrante es una causa frecuente de pérdida de función

Las mutaciones que alteran los sitios de empalme son una de las causas más frecuentes
de pérdida de función de un gen. Las consecuencias de la pérdida de un sitio de empalme
pueden variar (Figura 16.2). A menudo se salta el exón afectado, pero a veces una célula
utiliza una secuencia alternativa cercana. Los sitios de empalme no son secuencias
claramente definidas de todo o nada. El contexto de la GU o AG invariable es
d a d a d
A.
d d a d
B.
521
Figura 16.2 Posibles consecuencias de una mutación del sitio de empalme. (A) En la
secuencia de tipo salvaje, los tres exones se empalman como se muestra. Los sitios donantes
(GU) están marcados como d, los sitios aceptores (AG) como a. (B) Un cambio de secuencia
(asterisco) ha abolido el sitio aceptor en el extremo 3′ del intrón 1. El exón 2 se omite. El exón 2
está omitido.
(C) Un cambio de secuencia ha suprimido el
sitio aceptor en el extremo normal del intrón 2. En lugar de saltarse el exón 3 (de forma similar a
[B]), el espliceosoma ha encontrado una secuencia aceptoria alternativa cercana, a′ en el intrón
2, para
uso. El transcrito empalmado incluye alguna secuencia intrónica (color pálido). (D) Un cambio de
secuencia ha activado un sitio aceptor críptico, a′ en el intrón 2. Una secuencia d′ aguas abajo se
utiliza como nuevo sitio donante, creando un nuevo exón extra.
genotipos
crucial, y hay sitios de empalme fuertes y débiles. Los spliceosomas se ensamblan en el

transcrito de ARN naciente a medida que se sintetiza. Por lo general, elegirán el sitio más
fuerte disponible en el transcrito emergente, pero si una mutación ha debilitado o
inactivado un sitio fuerte que se utiliza normalmente, un sitio cercano más débil (un "sitio
de empalme críptico") puede ser utilizado en su lugar. Los cambios en los sitios GU...AG
(casi) invariables en los extremos de los intrones siempre impedirán que el espliceosoma
utilice esa secuencia. Otros cambios cercanos también suelen afectar al splicing, pero el
efecto es más difícil de predecir. Se utilizan varios programas informáticos para prever el
efecto de los cambios en las secuencias que flanquean inmediatamente un sitio de
empalme (Cuadro 16.1). Por lo general, se han entrenado con los efectos verificados
experimentalmente de un gran panel de variantes, y también pueden incorporar datos
sobre los sitios de unión de las SR y otras proteínas modificadoras del empalme. Un
estudio de los programas de predicción realizado por el Laboratorio Nacional de
Referencia Genética del Reino Unido en 2009 mostró que las predicciones solían ser
correctas en un 60-85% para los cambios fuera de los dinucleótidos invariantes GU...AG.
Los distintos programas tienen diferentes puntos fuertes y débiles, y los laboratorios
suelen utilizar un enfoque de consenso para evaluar las variantes. Un análisis reciente y
muy completo, basado en más de 650.000 variantes intrónicas y exónicas, realizado por
Xiong y sus colegas (PMID 25525159; véase Lectura adicional) puede
señalan el camino hacia predicciones más fiables.
CUADRO 16.1 PREDICCIÓN DE LOS EFECTOS DE EMPALME
Varios programas disponibles gratuitamente en Internet Se puede pegar la secuencia de consulta y el programa
intentan predecir los sitios de empalme en la transcripción informará de las posiciones de los posibles sitios de
de una secuencia de ADN. Algunos ejemplos son: empalme, con una puntuación que indica la fuerza de cada
sitio. El programa Human Splicing Finder también informará
GeneSplicer (www.cbcb.umd.edu/software/
de los motivos predichos para los potenciadores y supresores
GeneSplicer/gene_spl.shtml);
de empalme intrónicos y exónicos, lo que puede ser útil a la
Buscador de empalmes humanos
hora de evaluar el efecto probable de un cambio de
(www.umd.be/HSF3/);
secuencia. Véase Xiong et al. (2015) (PMID 25525159; en
MaxEntScan (genes.mit.edu/burgelab/maxent/
Further Reading) para un esfuerzo más sistemático de
Xmaxentscan_scoreseq.html);
predicción del s p l i c i n g .
NNSplice (www.fruitfly.org/seq_tools/splice.html)
(incluye una opción para las secuencias humanas).
Experimentalmente, el empalme puede comprobarse mediante la secuenciación del

ARNm o mediante un ensayo de minigénesis. El exón de interés, junto con la secuencia
intrónica que lo flanquea, se inserta en un vector que tiene un promotor fuerte. El vector
se transfecta en células competentes para el empalme. Se extrae el ARN y los transcritos
del vector se amplifican mediante RT-PCR y se clasifican en un gel. La figura 16.3
muestra un ejemplo.
Cuando se evalúa el efecto de un cambio en una secuencia codificante, normalmente
se trata de saber si cambiará la secuencia de aminoácidos de la proteína codificada o no, y
si lo hace, qué efecto podría tener ese cambio en la función de la proteína. Es importante
recordar que el cambio también podría afectar al empalme. La figura 16.4 muestra dos
ejemplos de aparentes mutaciones sin sentido o sinónimas en exones que impiden el
e m p a l m e correcto.
NF1
Figura 16.3 Un ensayo de minigénesis

para evaluar el empalme. Un paciente tenía
una sustitución G>C en el intrón 3 del gen
Ndel 309 pb 84 pb 462 pb Ndel NF1, cinco nucleótidos aguas abajo del sitio
de empalme donante. Para comprobar su
IVS-2 exón 3 IVS-3 efecto en el empalme del transcrito, las
secuencias de tipo salvaje (wt) y mutante del
exón 3, junto con el intrón flanqueante (IVS-2
y -3), se clonaron en los sitios de restricción
NdeI de un vector dirigido por un promotor
fuerte,
4 8
4 220
2
3 9
exón 3 wt TCTTGCT que impidió la inclusión del exón 3 en el 523
exón + 5G> C GG/gtaa se producto e m p a l m a d o .
gtaaa
mue (Adaptado de Baralle M et al. [2003] J Med
TCTTGCT
GG/gtaa stra Genet 40:220-222; PMID
ctaaa en la 12624144. Con permiso de BMJ Publishing
part Group Ltd.)
e
supe
rior.
N
F Las
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célul
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ARN.
La
RT-
PCR
basa
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los
exon
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flanq
uean
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or
(flec
has)
ampl
ificó
los
prod
ucto
s
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alma
dos.
El
gel
elect
rofor
ético
de la
part
e
inferi
or
mue
stra
que
la
mut
ació
n
genotipos
A. D E V G G E A L G R Figura 16.4 Sustituciones de nucleótidos

. ... GATGAAGTTGGTGGAGGCCCTGGCAGgttggtatcaaggt en los exones que afectan al splicing. (A) El
-
globina causaría el cambio proteico
p.Glu26Lys, como se muestra. Pero también
. ... GATGAAGTTGGTGTAAGGCCCTGGCAGgttggtatcaaggt crea un sitio de empalme débil adicional.
D E V G G K A L G R Cualquier transcrito que se e m p a l m e
utilizando este nuevo sitio no es funcional.
o
Sólo algunos transcritos se empalman de
. ... GATGAAGTTGGTGgtaaggccctgggcaggttggtatcaaggt esta manera; los demás utilizan el sitio
D E V G normal como se muestra (exones en
mayúsculas, intrones en minúsculas). El
(B) Atrofia muscular espinal (OMIM #253300)

es causada por la falta de la proteína SMN. Una
repetición
B. Gen SMN1 Gen SMN2 La estructura del cromosoma 5q13
exón 7 exón 7
contiene dos copias del gen SMN. El SMN1
se empalma eficazmente, pero el 90% de los
agGGUUUCAGACAAAA agGGUUUUAGACAAAA transcritos de SMN2 empalmados se saltan el
exón 7 y no son funcionales. La diferencia es
un cambio C>U a seis nucleótidos del inicio
Estos efectos pueden estar infravalorados, ya que los laboratorios de diagnóstico no
del exón. Se podría predecir que se trata de
utilizan habitualmente ensayos de minigénesis o secuenciación de ARN para comprobar una mutación silenciosa, que sustituye un
el empalme. Di Giacomo y sus colegas (PMID 23983145; véase Lectura adicional) codón de fenilalanina (UUC) por otro (UUU),
utilizaron ensayos de minigenes para comprobar los posibles efectos de empalme de 36 pero en realidad
mutaciones dispersas en el exón 7 del gen BRCA2. Once de las 36 mutaciones afectaban a crea un motivo supresor de empalme
la inclusión del exón. exónico. Los individuos sin el gen SMN1
funcional tienen atrofia muscular espinal, a
Las mutaciones que afectan al empalme a veces actúan pesar de tener los genes SMN2 intactos.
creando nuevos sitios de empalme
Los cambios de secuencia que conducen a la pérdida de un sitio de empalme son causas
comunes de pérdida de la función del gen, pero también lo son los cambios que crean
nuevos sitios de empalme. Las figuras 16.2D y 16.4A muestran ejemplos. Las secuencias
aleatorias en los exones o intrones de los genes pueden tener por casualidad algún
parecido con un sitio de empalme. Mientras la célula tenga una alternativa mejor que
utilizar, esos "sitios de empalme crípticos" serán ignorados. A veces, un cambio de
nucleótidos en un sitio críptico lo convierte en un sitio efectivo que puede utilizarse en
competencia con el sitio normal o en lugar de éste. En el caso de la hemoglobina E
(Figura 16.4A), la variante se encuentra en un exón y sería detectada por el cribado
normal de mutaciones, aunque sólo los estudios de ARN revelarían su efecto. En otros
casos, el sitio críptico puede estar en lo más profundo de un intrón y no se detectaría con
la secuenciación del exoma. Por ejemplo, una de las causas de la fibrosis quística es un
cambio de un solo nucleótido que activa un sitio de empalme críptico en lo profundo del
gran intrón 22 del gen CFTR, c.3849+12191C>T. Al igual que ocurre con la hemoglobina E,
sólo una parte de los transcritos se empalman utilizando este nuevo sitio; se sigue
produciendo algún transcrito empalmado correctamente, y la enfermedad resultante (en
homocigotos o heterocigotos compuestos) es leve.
La tabla 16.3 muestra las cinco mutaciones de la β-globina que en conjunto
representan más del 98% de
toda la β-talasemia en los grecochipriotas. Entre ellos resumen las posibles formas de
afectación del splicing.
TABLA 16.3 MUTACIONES D E L A G L O B I N A B RESPONSABLE DE LA TALASEMIA EN LOS CIPRIOTAS GRIEGOS

Mutación Ubicación % de todos los Cambio de secuencia Efecto
casos
c.92+1G>A Intrón 1 5.1 AGgttggtat Suprime un sitio donante gt canónico
AGattggtat
c.92+6T>C Intrón 1 5.5 AGgttggtat Debilita un sitio de empalme normal

AGgttggcat
c.93-21G>A Intrón 1 79.8 ctattggtctttccc Activa un sitio aceptor de empalme críptico en el intrón 1
ctattagTCTATTCCC
c.316-106C>G Intrón 2 5.1 cagctaccat Activa un sitio donante de empalme críptico en el intrón 2
CAGgtaccat
525
p.Gln39* Exón 2 2.9 TGGACCCAGGTTC Crea un codón de terminación prematuro
TGGACCTAGAGGTTC
Se muestran las secuencias normales y mutantes, con el cambio resaltado en negrita. Las secuencias exónicas están en mayúsculas, las intrónicas en
minúsculas. Sólo una de las cinco mutaciones más frecuentes es un cambio de secuencia de codificación convencional. Otra desactiva un sitio de
empalme canónico. Ambos cambios anulan completamente la función del gen y, en los homocigotos, causan una enfermedad grave (ausencia
total de -globina). Las otras tres variantes tienen efectos más sutiles en el empalme; algunas transcripciones siguen empalmándose normalmente, y
-globina está presente). (Datos de la base de datos HbVar,
http://globin.cse.psu.edu/globin/hbvar)
genotipos
Los cambios que afecten al codón de iniciación AUG afectarán a la traducción

El cambio del iniciador AUG en otra secuencia debería impedir la iniciación en esa
p o s i c i ó n . Sin embargo, en algunos casos esto puede evitarse. Normalmente, el
ribosoma se adhiere a la tapa 5′ de un ARNm y luego explora en la dirección 5′ 3′, como
se describe en la sección 1.5, hasta que encuentra un codón AUG en el contexto adecuado
para iniciar la traducción. Si un cambio de secuencia impide que se reconozca el sitio de
inicio normal, el ribosoma puede seguir explorando e iniciar la traducción en un AUG
aguas abajo. El cambio puede tener o no un efecto importante en la función del producto
proteico. También se sabe desde hace tiempo que algunos genes tienen sitios de entrada
del ribosoma independientes de la caperuza aguas abajo, y un estudio de Weingarten-
Gabbay y sus colegas (PMID 26816383; véase Lectura adicional) ha sugerido que están
mucho más extendidos de lo que se pensaba. De nuevo, ofrecen la posibilidad de iniciar
la traducción en un codón AUG aguas abajo cuando el codón iniciador normal no es
funcional. Las estructuras fuertes de ARN (horquillas y bucles de tallo, véase la figura
10.32) a veces provocan la iniciación en un codón no AUG. El extraño caso de la
traducción no ATG asociada a repeticiones (RAN) se discute en la Sección 16.2 más
adelante.
Los cambios cerca del codón de iniciación normal también podrían afectar a su uso.
Para ser reconocido como un codón iniciador, el AUG tiene que estar incrustado en una
secuencia Kozak con el consenso 5′GCCPuCCAUGG3′ (Pu = purina; véase la sección 1.5).
Otros cambios en la región no traducida 5′ de un ARNm pueden afectar a la iniciación. La
formación de fuertes estructuras secundarias de ARN puede inhibir el avance del
ribosoma. Además, hasta la mitad de todos los ARNm de mamíferos tienen marcos de
lectura abiertos aguas arriba, es decir, secuencias potencialmente traducibles aguas
arriba de la secuencia codificante principal (véase la figura 10.31). Éstas pueden desviar
a los ribosomas de alcanzar el codón de inicio normal. Las mutaciones que impiden que
los ribosomas reconozcan el marco de lectura abierto aguas arriba probablemente
aumenten la expresión del producto génico principal (véase la discusión de los
mecanismos de ganancia de función más adelante).
Las inserciones o deleciones suelen provocar desplazamientos de cuadro

Los sucesivos tripletes de codones en un ARN mensajero no están separados por ninguna
forma de p u n t u a c i ó n . Como se describió en la sección 1.5, el marco de lectura se
establece mediante el codón de iniciación AUG. Cualquier inserción o deleción de
nucleótidos aguas abajo tiene el potencial de crear un cambio de marco (Figura 16.5).
Dado que 3 de los 64 codones posibles son codones de parada, un mensaje con
desplazamiento de marco normalmente incluirá muy pronto un codón de parada. La
Figura 16.6 muestra un ejemplo.
secuencia bruta ISAWTHEBIGBADDOGEATTHECAT Figura 16.5 El marco de lectura. Cuando

el número de letras insertadas o
CON INSERCIÓN DE VI AL GRAN PERRO MALO COMERSE AL eliminadas no es un múltiplo exacto de 3,
se genera un desplazamiento del marco de
MARCO DE LECTURA 1 GATO VI XTH EBI GBA DDO GEA TTH lectura y el mensaje descendente
naufraga. Así, dos tercios de los
LETRA ECAT I SAT HEB IGB ADD OGE ATT HEC
las supresiones o inserciones son
BORRAR 1 LETRA AT susceptibles de producir un
desplazamiento de cuadro.
INSERTAR 2 LETRAS VI XYT HEB IGB ADD OGE ATT HEC AT VI
INSERTAR 3 LETRAS AL GRAN PERRO ROJO MALO COMERSE AL
BORRAR 3 LETRAS GATO VI AL GRAN PERRO COMERSE AL GATO
exón 1 exón 2 Figura 16.6 La supresión de un solo

nucleótido en el gen GJB2 produce un
cambio de marco, que conduce a un
codón de parada temprano. El gen
GJB2 tiene un recorrido de seis
Leu Gly Gly Val Asn nucleótidos G consecutivos en el exón 2.
Estos recorridos de homopolímeros son puntos
calientes
NORMAL CTG GGG GGT GTG AAC para la mutación por deslizamiento
durante la replicación del ADN. El
35delG CTG GGG GTG TGA AC.. producto proteico, la conexina 26, tiene
Leu Gly Val STOP funciones esenciales en el oído interno.
La homocigosis de una variante, c.35delG, que s r e a ongénitas en 527
omite una G, es la causa de casi la mitad de las o d r s c
muchos países occidentales.
Las deleciones de exones enteros producirán de manera similar cambios de marco, y
esto explica la patología molecular contraintuitiva de las deleciones de distrofina.
Alrededor del 65% de los casos de distrofia muscular Duchenne severa o Becker más leve
(ambos OMIM #310200) se deben a la deleción de uno o más exones del enorme gen de la
distrofina en Xp21. En la parte central del gen, la deleción de cualquiera de los exones 43-
46 causa la enfermedad severa, pero la deleción de los cuatro, o de pares de exones
adyacentes (como los exones 43 + 44, 44 + 45, o 45 + 46),
genotipos
provoca la condición más leve. El resultado no depende del tamaño de la deleción, sino
de si produce o no un desplazamiento de cuadro (Tabla 16.4). Este resultado no debe
generalizarse fácilmente a otras proteínas. Incluso una deleción dentro del marco a
menudo resultará en la producción de una proteína inactiva o inestable, mediante la
eliminación de aminoácidos que eran esenciales para la actividad o la estructura
tridimensional de la proteína. La distrofina es una proteína inusual. Es como una cuerda
con ganchos en cada extremo. Une el aparato contráctil de las células musculares a la
membrana externa. Los dos ganchos son esenciales para su función, pero la cuerda
todavía f u n c i o n a r á , aunque menos eficientemente, si una deleción del gen la hace
un poco más corta.
TABLA 16.4 LAS DELECIONES DE EXÓN EN EL GEN DE LA DISTROFINA CAUSAN LA

DISTROFIA MUSCULAR SEVERA DE DUCHENNE O LA DISTROFIA MUSCULAR LEVE
DE BECKER DEPENDIENDO DE SI PRODUCEN O NO UN CAMBIO DE MARCO
Efecto de la
deleción de
Exón Tamaño Marco un solo Deleciones de multiexón que causan DMO
(pb) exón
42 195 0 BMD
43 173 -1 DMD Supresión

44 148 +1 DMD de los exones
43 + 44 Supresión Supresiones
de los exones de los exones
45 176 -1 DMD Supresión 44 + 45 43-46
46 148 +1 DMD de los exones
45 + 46
47 150 0 BMD
48 186 0 BMD
Las deleciones de varios exones producen distrofia muscular de Becker si los desplazamientos de
marco debidos a los exones individuales se anulan. DMD, distrofia muscular de Duchenne; BMD,
distrofia muscular de Becker.
Los codones de terminación prematura suelen actuar como

B. exón 1 2 3
mutaciones nulas
Un codón de terminación prematuro, ya sea el resultado de un cambio de marco como en
la Figura 16.6 o de una sustitución de nucleótidos en el codón para un aminoácido, como
en la mutación p.Gln39* en la Tabla 16.3, podría esperarse que conduzca a la producción
de una proteína truncada. Cuando los ribo-somas encuentran un codón de parada, se
disocian del ARNm y se libera el polipéptido naciente. De hecho, la proteína truncada
prevista rara vez se produce. Las células disponen de un mecanismo, la descomposición
sin sentido (NMD), que detecta los ARNm que contienen codones de terminación
prematuros y los degrada. Por tanto, el resultado habitual de una mutación sin sentido es
impedir cualquier producción de proteína.
Se cree que el NMD funciona porque el ARNm empalmado que viaja desde el núcleo
hasta los ribosomas conserva una memoria de las posiciones de los intrones. El
mecanismo de empalme deja a las proteínas del complejo de unión de exones (EJC)
unidas junto a los sitios de empalme. Durante una primera ronda ("pionera") de
traducción, cuando el ribosoma pasa por cada sitio de empalme, elimina las proteínas del
EJC unidas a ese sitio. Si hay un codón de terminación prematuro, el ribosoma no habrá
pasado por todos los sitios de empalme antes de separarse. Algunas proteínas EJC
permanecerán unidas al ARNm, y esto marca el ARNm para su destrucción (Figura
16.7A). En los heterocigotos, las proteínas truncadas son potencialmente más patógenas
que la simple no producción de la proteína del alelo mutado (Figura 16.7B) porque
tienen el potencial de interferir con la función del producto normal. Estos efectos
dominantes negativos se discutirán más adelante en este capítulo. Se supone que la NMD
ha surgido
A.
529
Figura 16.7 El mecanismo de la decadencia mediada por el sinsentido. (A) En su primer paso
A lo largo de un nuevo ARNm, el ribosoma desplaza a las proteínas del complejo de unión de
exones (EJC, formas rojas) que fueron dejadas cerca de los sitios de empalme (líneas rojas) por la
maquinaria de empalme en el núcleo. Cuando el ribosoma se separa en respuesta a un codón de
parada, si todavía hay moléculas EJC unidas al ARNm, esto lo marca para su destrucción. Las
marcas EJC se sitúan unos 50 nucleótidos antes de la unión real de empalme. Por lo tanto, los
codones de terminación prematura en la región del gen coloreada en rosa activarán la NMD,
pero cualquiera en la parte coloreada en verde permitirá la producción de una proteína
truncada. (B) Dependiendo de si
un codón de parada prematuro desencadena la NMD, la
Las consecuencias de una mutación sin sentido pueden ser muy diferentes. Las mutaciones en el
gen SOX10 que desencadenan el decaimiento (flechas verdes) dan lugar al síndrome de
Waardenburg tipo 4 (pérdida de audición, anomalías pigmentarias, enfermedad de
Hirschsprung; OMIM #277580). Las mutaciones sin sentido en la región 3′ del ARNm que escapan
a la NMD (flechas rojas) causan un fenotipo neurológico mucho más grave. El color más oscuro
marca la secuencia codificante, las áreas pálidas son las secuencias no traducidas 5′ y 3′.
genotipos
para protegerse de este problema. Sin embargo, el mecanismo de NMD no se aplica a

todos los individuos ni a todos los genes. En un estudio de mutaciones sin sentido
encontradas en participantes sanos en el proyecto 1000 Genomas, MacArthur y sus
colegas (PMID 22344438; véase Lectura adicional) observaron una reducción de los
niveles de ARNm en sólo 7 de 28 casos en los que se habría predicho la NMD.
Probablemente las reglas se aplican mejor a los genes pequeños que a los grandes.
Los cambios de sentido pueden afectar o no a la función de la proteína

Una sola sustitución de nucleótidos dentro de la secuencia codificante de un gen puede
alterar o no la secuencia de la proteína codificada. El código genético es degenerado, con
64 codones que codifican sólo 20 aminoácidos diferentes (más tres codones de parada).
Por lo tanto, algunos cambios de codones no alteran el aminoácido, son silenciosos o
sinónimos. Cuando un cambio de codón da lugar a un cambio de aminoácido (un
cambio no sinónimo), hay varios factores generales que pueden subyacer al efecto:
Como se explicó en el capítulo 1 (véase la figura 1.4), los 20 aminoácidos pueden
clasificarse en no polares, polares no cargados y polares cargados. Se espera que la
sustitución de un aminoácido por otro de la misma clase (una sustitución
conservadora) tenga menos efecto en la estructura de la proteína que una
sustitución no conservadora;
La estructura química única de la prolina tiene implicaciones en la forma en que se
pliegan las cadenas polipeptídicas. Las prolinas no favorecen las estructuras α-
helicoidales y de cadena β, por lo que los cambios erróneos que introducen o
eliminan prolinas suelen afectar a la estructura de las proteínas;
La adición o eliminación de cisteína altera el potencial de formación de puentes
disulfuro, por lo que puede provocar importantes cambios estructurales en la
proteína;
El tamaño de la cadena lateral del aminoácido puede ser importante. Sólo la glicina, la más pequeña
aminoácido, puede encajar en algunas estructuras proteicas;
Recuerde que no todos los cambios funcionales de sentido erróneo causan una
pérdida de función. Algunos cambios específicos pueden causar una ganancia de
función, como se describe en la Sección 16.2.
Se han construido matrices de similitud que dan una puntuación cuantitativa del
probable efecto perturbador de cualquier sustitución. Sin embargo, los efectos suelen
depender de la pro- teína concreta. En el entorno acuoso de la célula, las moléculas no
polares tienden a pegarse y excluir el agua, como las gotas de aceite. Así, las proteínas
globulares tienden a tener aminoácidos no polares no cargados en el interior y cargados
en el exterior. Poner un residuo cargado en el interior puede interrumpir el plegado
tridimensional, mientras que poner un residuo no polar en el exterior puede hacer que la
proteína sea antinaturalmente pegajosa. La mutación de las células falciformes es
patógena porque sustituye un ácido glutámico polar en el exterior de la molécula de
globina por una valina no polar. Esto hace que las moléculas tiendan a pegarse. La
agregación de las moléculas de hemoglobina S provoca el fenotipo de células falciformes
y conduce a todas las consecuencias patológicas de la enfermedad.
Dada la dificultad de hacer predicciones fiables a partir de principios generales, los
alineamientos de múltiples proteínas se utilizan ampliamente para evaluar el efecto
probable de un nuevo cambio de sentido erróneo. Si todas las proteínas relacionadas
(paralogos dentro de una especie y ortólogos entre especies) tienen un determinado
aminoácido en las posiciones correspondientes de su secuencia, es probable que ese
aminoácido tenga un papel importante y que su sustitución afecte a la función de la
proteína. Si, por el contrario, se pueden encontrar diversos aminoácidos en la posición
correspondiente en proteínas relacionadas, es poco probable que un cambio sea
deletéreo. Los dos programas más utilizados para evaluar el efecto de los cambios de
sentido erróneo (Recuadro 16.2) se basan en este tipo de alineaciones multiproteicas,
complementadas en PolyPhen-2 con información sobre las estructuras de las proteínas.
CUADRO 16.2 PREDICCIONES INFORMÁTICAS DEL EFECTO DE LOS CAMBIOS DE SENTIDO ERRÓNEO
secuencias múltiples. Utiliza esto para predecir las
Los dos programas más utilizados son SIFT y PolyPhen-2. sustituciones toleradas y deletéreas para cada aminoácido en
Ambos están basados en la web y son de libre acceso. la secuencia de consulta. En el caso de las proteínas
conocidas, los alineamientos precalculados están disponibles
SIFT a través de la opción SIFT BLink
SIFT (Sorting Intolerant From Tolerant) (http://sift.jcvi.org/) (http://sift.jcvi.org/www/SIFT_BLink_submit.html), que se
acepta una secuencia proteica de entrada y utiliza una ejecuta mucho más rápidamente. El resultado (Figura 1)
búsqueda PSI-BLAST para construir un alineamiento de muestra cada aminoácido de la secuencia de consulta, con
las alternativas toleradas
531
por un lado y las deletéreas por otro. Si p r e s e n t a una

lista de cambios de sentido erróneo específicos, también
obtendrá una predicción específica para cada variante, con
una puntuación entre 0 y 1. Una puntuación inferior a 0,05
sugiere que el cambio sería deletéreo.
POLIFENO-2
PolyPhen-2 (http://genetics.bwh.harvard.edu/pph2) toma
como entrada los aminoácidos de tipo salvaje y las variantes
en una posición determinada de una proteína nombrada o
una secuencia polipeptídica pegada. La predicción se basa
en un alineamiento múltiple de secuencias, como en SIFT,
complementado con cualquier i n f o r m a c i ó n disponible
sobre los dominios y la estructura tridimensional de la
proteína nombrada. En la medida de lo posible, PolyPhen-2
señala
genotipos
PREDICHOS NO TOLERADOS posición seq rep TOLERADO PREVISTO
w h y fm c 301T 1.00 r q d p n il k e gv s A T
y wv ts r q p n m k i h gf 302L 1.00 L
ed c a
303P 1.00 l r q v d k n e g t aP S
wmf y h c i
304T 1.00 i q r l d n g e k va sT P
w m f h cy
305Y 1.00 Y
wv ts r q p n ml k i h gf
ed c a 306Q 1.00 Q
y wv ts r p n ml k i h gf 307L 1.00 L
ed c a
308S 1.00 S
y wv ts r q p n m k i h gf
ed c a s n a k q ED
309E 1.00
y wv t r q p n ml k i h gf i l r p q v d n g e k ST A
ed c a 310T 1.00
fm y h c il r q v d k n e
w c fm y iv h l r p t g 311S 1.00 Pg t a S
wf y fm c 312Y 1.00 Y
w 313Q 1.00 mf y i h vl n g ts r d a k
e Q P
wv ts r q p n ml k i h gf 314P 1.00
ed c a P
w c 315T
1.00 T
y wv ts r qn ml k i h gf 316S 1.00 S
ed c a
317I 1.00 I
y wv s r q p n ml k i h gf
ed c a 318P 1.00 k d n e g t a S P
y wv t r q p n ml k i h gf 319Q 1.00 Q
ed c a
320A 1.00 A
y wv ts r q p n ml kh gf
ed c a
Cuadro 16.2 Figura 1 Ejemplo
w f m yde
h resultado
c i l r qSIFT.
v Análisis de las posiciones 301-320 de la proteína PAX3. Los códigos de
aminoácidos deyuna w v sola
t s letra
r pestán
n m lcodificados
k i h g fpor colores para la clase (negro no polar, verde polar no cargado, rojo básico, azul
ácido). Los aminoácidos en mayúsculas fueron e d c encontrados
a dentro del alineamiento de la secuencia múltiple, los minúsculos son
inferidos. La cifra y"seq
w vrep"
t s serrefiere
q p na mlalprofundidad
k i h del alineamiento de secuencias múltiples. Una cifra inferior a 0,25 significa
que contiene pocas secuencias, por lo que g f las
e d predicciones
c serían poco fiables.
HumDiv
se prevé que esta mutación sea POSIBLEMENTE DAÑINA

con una puntuación de 0,616 (sensibilidad: 0,87;
especificidad: 0,91)
0.00 0.20 0.40 0.60 0.80 1.00
HumVar
esta mutación se prevé que sea BENIGNA
con una puntuación de 0,197 (sensibilidad: 0,88;
especificidad: 0,73)
0.00 0.20 0.40 0.60 0.80 1.00
Cuadro 16.2 Figura 2 Análisis de PolyPhen-2 de la variante p.T315K en la proteína PAX3. Los dos análisis reflejan diferentes
conjuntos de datos utilizados al entrenar el programa. HumDiv utilizó variantes dañinas conocidas que causan enfermedades
mendelianas, en comparación con las diferencias entre las proteínas humanas y sus homólogas de mamíferos estrechamente
relacionadas, que se supone que no son dañinas. HumVar utilizó SNPs humanos comunes no sinónimos sin asociación de
enfermedad reportada como el conjunto no dañino. Para el trabajo de diagnóstico, la comprobación
si una variante es una causa probable de la enfermedad mendeliana de un paciente, HumVar es el conjunto apropiado. Las
variantes no sinónimas utilizadas en HumVar podrían ser en realidad ligeramente deletéreas y estar sujetas a selección, por lo
que para estudios de susceptibilidad a enfermedades complejas o de
selección, HumDiv es mejor. La fuerte diferencia entre las predicciones en este caso se debe a que p.T315K ocurre como una
variante poblacional de baja frecuencia, además de verse en algunos pacientes con síndrome de Waardenburg, el resultado normal
de la pérdida de función de PAX3. Nótese que SIFT etiquetó este cambio como no tolerado.
ejemplos son:
si el cambio está en una región con una a n o t a c i ó n
específica en la base de datos Swiss-Prot, como un sitio
activo, un dominio transmembrana, un elemento de unión a
metales, etc., y comprueba los contactos en la base de datos
estructurales PDB. La figura 2 muestra un ejemplo del
resultado final.
OTROS PROGRAMAS
Hay otros programas disponibles para estos análisis. Algunos
533
Align-GVGD (http://agvgd.iarc.fr/);
Hansa (http://www.cdfd.org.in/HANSA/);
MAPP
(http://mendel.stanford.edu/SidowLab/down-
loads/MAPP/index.html) (para descargar el
programa y ejecutarlo localmente);
MutPred (http://mutpred.mutdb.org/);
PROVEAN (http://provean.jcvi.org/index.php);
SNPs&GO (http://snps.uib.es/snps-and-go/).
genotipos
Para una lista más completa y una discusión, véase el suelen adoptar un enfoque de consenso. Es importante
catálogo de herramientas de predicción de sentido erróneo del recordar que ninguna de estas herramientas a nivel de
Laboratorio Nacional de Referencia Genética (http:// proteína puede tener en cuenta los efectos a nivel de ARN,
www.ngrl.org.uk/Manchester/page/missense-prediction-tool- como el empalme (véase la Figura 16.4). Por lo tanto, un
catalogue). análisis exhaustivo de un aparente cambio de sentido
Ninguno de estos programas es perfecto, y los diferentes erróneo debe incluir el análisis de la secuencia de
funcionan mejor o peor con diferentes genes y variantes. Por nucleótidos para los cambios en el sitio de empalme.
lo general, tienen una precisión del 70-80% (Figura 3).
Laboratorios
PROVEAN: 17.966 (90,3%) PROVEAN: 21.337 (61,5%)
543 1454
853 6784
659 1146 2528 1111
15,618 16,244
457 2991
153 469 2184 1405
TAMIZAR: 16.887 PolyPhen-2: 17.690 (88,9%) TAMIZAR: 23.947 PolyPhen-2: 21.751 (62,7%)
(84,9%) (69,0%)
19.898 VARIANTES DE 34.701 POLIMORFISMOS COMUNES
ENFERMEDADES
Cuadro 16.2 Figura 3 Diagramas de Venn que muestran las predicciones de PROVEAN, SIFT y PolyPhen-2 para el conjunto de datos de
variantes de proteínas humanas de UniProt. Umbrales de puntuación utilizados: PROVEAN, -1,3; SIFT, 0,05; PolyPhen-2, 0,432. El número y el
porcentaje de variantes predichas correctamente se muestran junto a cada herramienta. (De Choi Y & Chan AP [2015] Bioinformatics 31:2745-
2747; PMID 25851949. Con permiso de Oxford University Press).
En este capítulo sólo nos ocupamos de examinar las formas en que un determinado
tipo de genoma puede conducir a un determinado fenotipo. Cuando un laboratorio de
diagnóstico clínico trata de decidir si una determinada variante de la secuencia puede
explicar el estado de un paciente, situará esta información mecanística en un contexto
más amplio, examinará alguna i n f o r m a c i ó n adicional y emitirá un juicio.
Aplazamos la consideración de este proceso global hasta el capítulo 20.
A veces, una condición de pérdida de función recesiva

depende de un nivel bajo específico de función residual
Algunos productos genéticos son esenciales para el desarrollo normal. Cualquier
conceptus que fuera homocigoto para un alelo nulo de un gen de este tipo, carente de
toda función, nunca se desarrollaría hasta el término. Un cierto nivel de función del gen,
pero tal vez menos del 100%, sería necesario para el desarrollo normal. Podría haber un
nivel algo inferior a ese umbral que fuera compatible con la supervivencia, pero no con
un desarrollo totalmente normal. Podría ser, por inventar un ejemplo, que el 20% de la
función completa (sumando los dos alelos del locus) fuera suficiente para el desarrollo
normal, el 10% permitiera la supervivencia pero con anomalías congénitas, y cualquier
nivel por debajo del 10% fuera letal.
Si hubiera una serie de alelos de pérdida de función raros en la población, algunos
causando una pérdida total y otros una pérdida del 30%, ¿qué se vería? Los individuos
homocigotos para el alelo nulo no nacerían nunca, mientras que los homocigotos para el
alelo del 30% no se detectarían porque serían fenotípicamente normales. Los
heterocigotos con un
535
funcional y un alelo nulo o del 30% también serían fenotípicamente normales. Pero los
heterocigotos compuestos para los alelos nulo y del 30% tendrían en general un nivel de
función del 15%, y presentarían anomalías. Por lo tanto, se vería una condición recesiva
rara pero sin la consanguinidad habitual de los padres.
Esta situación se mencionó brevemente como posibilidad teórica al final del capítulo
12. Se conocen varios casos concretos, por ejemplo:
El caso del síndrome TAR (trombocitopenia-ausencia de radio) se mencionó en la
sección 15.3. Los afectados son heterocigotos compuestos para una deleción (el
alelo nulo) y uno u otro de los dos polimorfismos de baja frecuencia en el gen
RBM8A que reducen pero no suprimen la expresión.
Jenkinson y sus colegas (PMID 27571260; ver Lecturas Adicionales) mostraron una
situación similar en el gen SNORD118 que codifica un pequeño ARN nucleolar. Se
describió un número de variantes hipomórficas (de baja función) en el gen. Los
pacientes con leucoencefalopatía, calcificaciones cerebrales y quistes (LCC; OMIM
#614561) son en su mayoría heterocigotos compuestos para una variante grave y
otra leve. A pesar de la rareza de esta enfermedad recesiva, muy pocos casos han
nacido de padres consanguíneos.
Los efectos dominantes-negativos se producen en una persona

heterocigota cuando el producto del gen mutado interfiere con la
función del producto normal
A veces, en una persona heterocigota para una variante proteica con sentido erróneo, la
proteína anormal no sólo no funciona correctamente, sino que interfiere activamente en
la función de la forma normal. Esto es un efecto dominante-negativo. El mecanismo de
desintegración sin sentido (véase más arriba) probablemente evolucionó como una
protección contra los posibles efectos dominantes-negativos de las proteínas truncadas
anormales: puede ser mejor no tener ningún producto de un gen mutante que tener un
producto anormal. Las proteínas que construyen estructuras multiméricas son
especialmente vulnerables a estos efectos. Los colágenos son un ejemplo clásico.
Los colágenos fibrilares, las principales proteínas estructurales del tejido conectivo,
están formados por hélices triples de cadenas polipeptídicas -a veces homotrímeros, a
veces heterotrímeros- que se ensamblan en conjuntos reticulados muy juntos para
formar fibrillas rígidas. En las cadenas polipeptídicas recién sintetizadas
(preprocolágeno), los propéptidos N- y C-terminales flanquean una secuencia regular
repetida (Gly-X-Y)n , donde X e Y son aminoácidos variables, al menos uno de los cuales
suele ser prolina. Tres cadenas de precolágeno se asocian y se enrollan en una triple
hélice bajo el control del propéptido C-terminal. Tras la formación de la triple hélice, los
propéptidos N- y C-terminal se escinden. Las mutaciones que sustituyen la glicina por
cualquier otro aminoácido suelen tener un fuerte efecto dominante-negativo porque
rompen el apretado empaquetamiento de la triple hélice.
Las mutaciones sin sentido en el colágeno de tipo I son responsables de las formas
más graves de la enfermedad de los huesos frágiles (osteogénesis imperfecta de tipo IIA;
OMIM #166210) debido a estos efectos dominantes-negativos. En los heterocigotos, los
polipéptidos de colágeno mutantes se asocian con las cadenas normales, pero
interrumpen la formación de la triple hélice. Esto puede reducir el rendimiento del
colágeno funcional muy por debajo del 50%. Se podría esperar que las mutaciones nulas
en el mismo gen produjeran efectos más graves, pero en realidad la enfermedad es más
leve. La simple ausencia de parte del colágeno es menos perturbadora que la presencia de
cadenas anormales (Figura 16.8).
Los canales iónicos de las membranas celulares proporcionan otro caso de estructuras
multiméricas susceptibles de efectos dominantes-negativos. La conexina 26 es un
ejemplo. Seis moléculas de la proteína conexina 26 se asocian para formar un conexón,
una mitad de una unión en hueco (véase la figura 3.11) que permite el movimiento de
pequeños iones entre las células. La figura 16.6 muestra un ejemplo de una mutación
nula en el gen que codifica la anexina 26. Las personas homocigotas para esta mutación
no pueden fabricar la anexina 26; carecen de uniones gap funcionales en sus oídos
internos, l o s i o n e s d e potasio no pueden recircular como deberían, y los pacientes
son sordos. Los heterocigotos son totalmente normales desde el punto de vista fenotípico
(lo que supone un problema si se desea identificar a las parejas con riesgo de tener hijos
sordos). Sin embargo, algunas mutaciones sin sentido producen moléculas de anexina 26
estructuralmente anormales. Estas alteran la función de los anexos, aunque algunas de
las seis moléculas de anexina sean normales; los heterocigotos de esas variantes tienen
pérdida de audición y el fenotipo es dominante.
GANANCIA DE FUNCIÓN 527
normal OI grave OI leve Figura 16.8 Efectos dominantes-negativos

COL1A1 COL1A2 mutación mutación
de las mutaciones del gen del colágeno.
locus locus errónea importa Las fibrillas de colágeno están formadas por
17q 7q nte conjuntos reticulados de unidades de
procolágeno de triple hélice. El procolágeno
de tipo I comprende dos cadenas
EXPRESIÓN codificadas por el gen COL1A1 y una
EXPRESIÓN ANORMAL SIN codificada por COL1A2. En la triple hélice,
EXPRESIÓN cada cadena polipeptídica está formada por
unidades repetidas, (Gly-X-Y)n . En la
osteogénesis imperfecta tipo IIA (OI; OMIM
n n #166210), las mutaciones que sustituyen la
cadenas cadenas n
glicina por cualquier otro aminoácido
cadenas
suelen tener fuertes efectos dominantes-
negativos
2n cadenas n cadenas normales n cadenas porque interrumpen el empaquetamiento. La
+ n cadenas mutantes hélice
se ensambla a partir del C-terminal, y las
sustituciones de glicinas cercanas a ese
extremo tienen un efecto más severo que las
n n procolágeno
n procolágeno 4 procolágeno normal
moléculas 2 moléculas sustituciones más cercanas al N-terminal. Las
mutaciones nulas en cualquiera de los dos
genes dan lugar a menos
formación
producen una de triples hélices normales, y
moléculas + +
(tres fenotipo clínico menos grave.
cadenas)
n excedente de cadenas α2
2 (degradado)
3nabnormal procollagen
4 moléculas
Sustitución en la parte N- Sustitución en la parte C-

terminal de la triple terminal de la triple
hélice: alteración hélice: gran
16.2 GANANCIA DE FUNCIÓN menor
de embalaje
alteración
de embalaje
A diferencia de lo que ocurre con la pérdida de función, sólo cambios muy específicos
pueden producir una ganancia de función. Hay innumerables maneras de destruir la
función de un producto génico, pero sólo unas pocas maneras de hacer que gane función.
Lo más obvio es que una ganancia de función requiere que el producto alterado exista
realmente. Muchos de los mecanismos que producen la pérdida de función tienen como
resultado la ausencia total del producto, y éstos no pueden, en principio, producir una
ganancia de función. Los cambios de ganancia de función suelen ser cambios de sentido
erróneo en una proteína o cambios en las secuencias reguladoras.
Muy ocasionalmente, un cambio de sentido erróneo hace que

una enzima catalice una nueva reacción
No es habitual que una ganancia de función implique la adquisición de una función
completamente nueva. Lo más habitual es que la ganancia implique que la proteína haga
su función normal, pero de forma inapropiada, por ejemplo, un receptor que señala
incluso en ausencia de su ligando. Sin embargo, se conocen algunos ejemplos en los que
un cambio de sentido erróneo hace que una enzima cambie su especificidad de sustrato o
su mecanismo de reacción.
La alfa-1 antitripsina (OMIM #107400) protege al organismo contra la elastasa liberada
en el torrente sanguíneo. La metionina 358 de la proteína actúa como "cebo" para atrapar
las moléculas de elastina para su inactivación. En la variante de Pittsburgh, la metionina
se sustituye por argi- nueve (p.Met358Arg). Esto actúa ahora como un cebo para la
trombina en lugar de la elastina. La enzima variante es ahora una antitrombina; la
pérdida resultante de trombina provoca un grave trastorno hemorrágico.
Otro ejemplo se refiere a las dos enzimas isocitrato deshidrogenasa IDH1 e IDH2.
Éstas presentan con frecuencia mutaciones específicas en el cáncer. Más del 70% de los
astrocitomas y oligodendrogliomas de grado II y III, así como los glioblastomas que se
desarrollan a partir de estas lesiones de grado inferior, presentan un cambio de sentido
erróneo en el aminoácido 132 de IDH1 (p.R132H o p.R132S). Los tumores sin mutaciones
en IDH1 suelen tener mutaciones que afectan al aminoácido correspondiente (R172) de
la proteína IDH2. Estos cambios en el sitio activo
cambiar la actividad de la enzima. Normalmente convierte el isocitrato en α - c e t o g l u t a r a t o ;
genotipos
En cambio, las formas mutantes reducen e l α - c e t o g l u t a r a t o a 2-

hidroxiglutarato. Este metabolito anómalo tiene una serie de efectos en el metabolismo
celular; en particular, inhibe la desmetilación de las histonas, lo que provoca cambios en
la expresión génica (véase OMIM #147700 y la figura 19.24).
El producto de un gen puede adquirir una función a

través de diversos mecanismos
Los cambios de ganancia de función son especialmente característicos del cáncer, donde
una variedad de mecanismos causan la sobreactividad de los genes que promueven el
crecimiento (oncogenes). En el capítulo 19 se tratan en detalle estos mecanismos, pero
brevemente se incluyen los siguientes:
Realización de copias adicionales de un gen activo para producir un aumento
cuantitativo de la cantidad de producto (amplificación del gen);
Los reordenamientos cromosómicos que colocan un oncogén bajo la influencia de un
potente potenciador, para aumentar el nivel de expresión;
Reordenamientos cromosómicos que crean nuevos genes quiméricos muy activos
mediante la combinación de exones de dos genes distintos;
Cambios de sentido que alteran las propiedades de una proteína.
Mecanismos similares se observan en condiciones no cancerosas, aunque los grandes
reordenamientos cromosómicos no se ven normalmente en condiciones heredadas
regularmente porque no se transmiten de forma estable a través de la meiosis (véase la
sección 15.2). Por lo tanto, los grandes reordenamientos son causas de cáncer y otras
condiciones de mosaico que dependen sólo de la mitosis, pero no de condiciones
heredadas a través de las generaciones. Los cambios cuantitativos en la expresión de los
genes (a través de copias adicionales de genes sensibles a la dosis) deben causar la
patología de las trisomías cromosómicas. Los síndromes de microduplicación muestran
el efecto del aumento de la dosis de uno o muy pocos genes (Sección 15.3). Algunos
ejemplos son la enfermedad de Charcot-Marie-Tooth tipo 1A (CMT1A; OMIM #118220),
causada por la duplicación del gen de la proteína de mielina periférica 22 (PMP22) en el
cromosoma 17p12, y el síndrome de Potocki-Lupski (OMIM #610883) causado por una
microduplicación de una secuencia cercana en 17p11.2.
Un mecanismo de captura de potenciadores subyace a algunas malformaciones congénitas, y
probablemente también ha sido importante en la evolución. La Figura 16.9 muestra
cómo pequeñas deleciones o inversiones cromosómicas que alteran los límites de los
TADs pueden poner un gen bajo la influencia de un nuevo potenciador y causar una
ganancia de función. Un importante artículo de Lupiáñez y sus colegas en 2015 (PMID
25959774; véase Lectura adicional) mostró ejemplos de estos efectos en la práctica.
Mostraron cómo distintas malformaciones de las extremidades humanas son causadas
por pequeñas deleciones, inversiones o duplicaciones que afectan a las relaciones de
potenciadores y aislantes con cuatro genes adyacentes en 2q35, WNT6, IHH, EPHA4 y
PAX3.
A. TIPO factor de B. DELECIÓN

transcripción
SILVESTRE TF
aislante TF
potenciador A potenciador B
C. ADOPCIÓN DE POTENCIADORES D. INVERSION
TF TF
Figura 16.9 Las deleciones o inversiones cromosómicas pueden cambiar la relación entre los genes y los potenciadores. (A) En la
disposición de tipo salvaje, la expresión del gen es impulsada por el potenciador rojo que lleva los factores de transcripción al promotor
del gen. Un aislante impide el acceso del potenciador verde. (B) La supresión del potenciador rojo impide la expresión del gen, una
pérdida de función. (C) La supresión tanto del potenciador rojo como del aislante hace que el gen quede bajo el control del potenciador
verde, lo que probablemente provoca una ganancia de función.
(D) Una inversión tiene el mismo efecto. (Adaptado de Spielmann M & Klopocki E [2013] Curr Opin Genet Dev 23:249-256; PMID
23601627. Con permiso de Elsevier).
genotipos
Los cambios cualitativos en las proteínas, debidos a mutaciones sin sentido, subyacen
a muchos fenotipos de ganancia de función. Un mecanismo frecuente es la activación
incorrecta de las vías de señalización. A través de una ganancia de función, un receptor
de la superficie celular que normalmente sólo enviaría una señal al interior de la célula en
respuesta a su ligando puede volverse constitutivamente activo. En la sección 3.1
describimos cómo la unión del ligando apropiado a menudo hace que l o s r e c e p t ores
se dimericen (véanse las figuras 3.3 y 3.4). La dimerización desencadena entonces una
cascada de cambios en la célula, que en última instancia conducen a cambios en la
expresión génica. Los cambios de sentido erróneo en la proteína del receptor pueden
hacer que se dimerice incluso en ausencia de ligando. Por ejemplo, un cambio sin
sentido, p.C342Y, en la proteína FGFR2 (receptor 2 del factor de crecimiento de
fibroblastos) elimina un residuo de cisteína que normalmente participa en un puente
disul- fide intramolecular. Su cisteína asociada normal está ahora libre para formar un
factor de crecimiento, citoquina, matriz extracelular
puente disulfuro intermolecular, lo que lleva a la dimerización del receptor y a la
señalización constitutiva. El resultado es el síndrome de Crouzon (OMIM #123500).
Diferentes cambios de sentido erróneo en la misma proteína, p.S252W o p.P253R, causan
el síndrome de Apert relacionado (OMIM #101200). Estos cambios causan de nuevo una
ganancia de función, en este caso cambiando o aumentando la afinidad de unión del
receptor para los miembros de la familia de nueve factores de crecimiento de
fibroblastos. La especificidad de los cambios de ganancia de función con sentido erróneo
a menudo conduce a correlaciones estrechas entre el genotipo y el fenotipo, como se receptor
discute en la Sección 16.5.
El concepto de ganancia de función puede aplicarse a vías celulares
multicomponentes, así como a productos de un solo gen. La vía Ras-MAP quinasa es un
SHC
ejemplo. Esta vía de señalización intracelular de múltiples pasos se introdujo en el
GRB2 SHOC2
capítulo 3 (véase la figura 3.8). La Figura 16.10 muestra más detalles. La vía transmite
señales que promueven el crecimiento desde varios receptores de la superficie celular a PTPN11 SOS1
factores de transcripción en el núcleo de la célula. Los objetivos finales de la vía son las RIT1
proteínas cinasas activadas por mitógenos (MAPK) ERK1/2 que activan la transcripción
de los genes promotores del crecimiento. La activación anormal de la vía puede ser PIB PIB
HRAS KRAS
causada por mutaciones leves de ganancia de función en cualquiera de los genes
NRAS
implicados (PTPN11, SOS1, SHOC2, HRAS, KRAS, NRAS, RAF1, BRAF, MEK1, MEK2). Por PIB PIB
otro lado, los genes NF1 y SPRED1 codifican inhibidores de la señalización Ras-MAPK, y NF1
las mutaciones de pérdida de función en estos genes igualmente actúan sobre la vía. La GTP
pérdida de función de una proteína inhibidora provoca una ganancia de función de la vía.
GTP GTP
Las mutaciones en los genes individuales causan un conjunto de síndromes superpuestos HRAS KRAS
(neurofibromatosis 1, OMIM #162200; síndrome de Noonan, OMIM #163950; síndrome NRAS
de Costello, OMIM #218040; síndrome cardiofacio-cutáneo, OMIM #115150; y síndrome GTP
SPRED1
de Legius, OMIM #611431). Las mutaciones en varios genes diferentes pueden causar la
misma condición clínica, mientras que diferentes mutaciones en algunos genes pueden
RAF1 BRAF
causar síndromes diferentes (revisado por Rauen [2013], PMID 23875798; ver Lectura
adicional). Las correlaciones genotipo-fenotipo eran profundamente confusas hasta que
se relacionaron con la activación de la misma vía de señalización.
MEK1 MEK2
Figura 16.10 La vía de señalización intracelular Ras-MAPK. La cascada de

productos génicos transmite señales promotoras del crecimiento desde los ERK1 ERK2
receptores de la superficie celular a las quinasas ERK1/2 que estimulan la CYTOPLASM
transcripción de genes promotores del crecimiento en el
núcleo. NF1 y SPRED1 codifican proteínas inhibidoras; otros componentes de la vía
estimulan la señalización. Las mutaciones de ganancia de función en los componentes
efectores (púrpura), o NÚCLEO
las mutaciones de pérdida de función en los componentes inhibidores (verde) de la
vía, todas resultan en la sobreactivación de la vía y producen un conjunto de
síndromes clínicos que se superponen (véase el texto y Rauen [2013], PMID 23875798,
para más detalles).
Algunas mutaciones producen un ARN con nuevas propiedades tóxicas

Un tipo de ganancia de función se observa cuando el producto de un alelo mutante es
tóxico para la célula huésped. La toxicidad puede ser el resultado de una proteína
anormal, como se describe a continuación, pero a veces puede ser una propiedad de un
ARN mensajero anormal lo que causa el efecto. En las últimas décadas hemos apreciado
cada vez más la complejidad de las formas en que las moléculas de ARN funcionan en la
vida de las células. En cada paso de la expresión génica, desde el transcrito primario que
emerge de la ARN polimerasa en una fábrica de transcripción nuclear hasta el ARN
mensajero citoplasmático maduro que participa en la síntesis activa de los ribosomas, los
transcritos génicos no existen ni funcionan como cadenas de ARN desnudas. Existen en
una serie de complejos funcionales ARN-proteína y algunos complejos ARN-ARN. A
veces, un ARNm mutante puede funcionar mal en uno de los complejos de forma tóxica
para la célula huésped.
La toxicidad del ARN es una característica particular de las mutaciones dinámicas.
Como se describe en la siguiente sección, en estas mutaciones una unidad de repetición
corta similar a un microsatélite en algún lugar de la secuencia del gen es inestable y tiene
tendencia a expandirse, creando una
genotipos
número de repeticiones en tándem. Las repeticiones pueden traducirse o no,

dependiendo de su posición dentro del gen, pero cuando se transcriben el resultado es
una molécula de ARN que contiene una repetición en tándem extendida. La unidad de
repetición puede ser de tres, cuatro, cinco o seis nucleótidos y puede tener secuencias
variables. En algunos casos, estos ARN son tóxicos para la célula huésped (Tabla 16.5).
TABLA 16.5 EFECTOS DEL RNA TÓXICO EN ENFERMEDADES CAUSADAS POR MUTACIONES DINÁMICAS
ARN Ubicación en
Condición OMIM # Gene Repita el gen Proteínas afectadas
Distrofia miotónica 1 160900 DMPK (CUG)n 3′ UTR MBNL1, receptor de insulina, troponina T
cardíaca
Distrofia miotónica 2 602668 ZNF9 (CCUG)n Intrón 1 MBNL1
Enfermedad de Huntington 2 606438 JPH3 (CUG)n 3′ UTR MBNL1
Ataxia espinocerebelosa 8 608768 ATXN8OS (CUG)n [No MBNL1

codificación]
Ataxia espinocerebelosa 10 603516 ATXN10 (AUUCU)n Intrón 9 hnRNP K
FTD/ALS 105550 C9ORF72 (GGGGCC)n Intrón 1 hnRNPA3, ASF/S2, ADARB2
En cada caso, la repetición se transcribe pero no se traduce. La lista de proteínas afectadas es muy incompleta. Véase la sección 16.3 para una mayor
discusión de las mutaciones dinámicas. La expansión C9ORF72 es la causa individual más frecuente de demencia frontotemporal (FTD) y esclerosis
lateral amiotrófica (ALS), pero muchos casos tienen otras causas. UTR, región no traducida; MBNL1, Muscleblind-like protein.
Se cree que estos ARN son patógenos porque secuestran las proteínas de unión al ARN
necesarias en focos de ARN en las células. El ejemplo más estudiado es la distrofia
miotónica (DM1, OMIM #160900). Esta enfermedad autosómica dominante y
multisistémica está causada por una versión mutante del gen de la proteína quinasa
DMPK. La mutación, una serie expandida de tripletes CTG, se encuentra en la secuencia
no codificante, la región no traducida 3′ del ARNm (véase la Figura 16.13B, abajo). El
producto proteico no parece estar afectado, ni cualitativa ni cuantitativamente, pero el
(CUG)n en el ARNm mutante forma horquillas estables. Éstas se acumulan en focos de
ARN y secuestran proteínas de unión a CUG, entre ellas la Muscleblind-
(MBNL1), el receptor de insulina y la troponina T cardíaca. La deficiencia de estas
proteínas explica las numerosas características de la distrofia miotónica. La MBNL1 es
necesaria para el empalme correcto de otros transcritos de genes musculares, como el
canal de cloruro muscular CLCN1. Por tanto, la patología de la enfermedad es indirecta y
no está relacionada con la función del gen mutado.
Algunas mutaciones producen una proteína

mutante con nuevas propiedades tóxicas
Las células disponen de elaborados mecanismos para garantizar que las proteínas recién
sintetizadas se plieguen correctamente. Los residuos hidrofóbicos deben quedar
confinados en el interior de una pro- teína globular, o cubiertos por una interfaz con otra
subunidad proteica si están en el exterior. Una serie de moléculas chaperonas reconocen
las proteínas mal plegadas que tienen parches hidrofóbicos en el exterior, y proporcionan
un espacio contenido donde las proteínas pueden intentar plegarse correctamente. Las
proteínas mal plegadas suelen ser intrínsecamente inestables, pero si no lo son, son
objeto de d e g r a d a c i ó n en el proteasoma.
Algunas proteínas mal plegadas son propensas a formar agregados. La agregación
puede ser patogénica simplemente por el secuestro de una proteína necesaria lejos de su
sitio normal de acción, o por el atrapamiento de otras proteínas importantes dentro de
agregados insolubles y resistentes a la proteasa. La agregación de proteínas resulta ser
una característica común de una serie de enfermedades neurodegenerativas. Las
enfermedades pueden ser hereditarias, como la enfermedad de Huntington, spo- radicas,
como la gran mayoría de los casos de Alzheimer y Parkinson, o incluso transmisibles
entre individuos de la misma o distinta especie, como en algunos casos de la enfermedad
de Creutzfeldt-Jakob y la encefalopatía espongiforme bovina ("enfermedad de las vacas
locas"). Algunas proteínas mutantes pueden tener una tendencia inherente a formar
agregados debido a las manchas hidrofóbicas en el exterior; en otros casos, el proceso
patógeno puede comenzar con la conversión de unas pocas moléculas de una proteína a
un estado anormalmente plegado. En condiciones hereditarias, el efecto de la mutación
causante es hacer que la proteína sea más propensa a adoptar el estado de plegado
anormal. En las condiciones no hereditarias, la primera molécula anormalmente plegada
surge como un mal plegado casual de la molécula normal. En las enfermedades priónicas
infecciosas, las moléculas iniciales de proteína anormalmente plegada llegan desde el
exterior.
genotipos
Una sola molécula con la conformación anormal probablemente no sea patógena,

pero una vez que surgen pequeños agregados actúan como semillas (Figura 16.11). La
semilla convierte más moléculas de la proteína normalmente plegada en la forma
anormal mediante un proceso similar a la cristalización, pero produciendo fibrillas
amiloides unidimensionales caracterizadas por h o j a s β apiladas en lugar de cristales
tridimensionales (Figura 16.12). Las fibrillas son resistentes a la degradación proteolítica
y se acumulan en el interior de las células. Pueden sobrepasar los mecanismos normales
de control de calidad de las proteínas de una célula y secuestrar otras moléculas
importantes dentro del agregado. Las fibrillas maduras probablemente no sean
patógenas en sí mismas, pero pueden fragmentarse, produciendo agregados semilla más
pequeños y, por tanto, propagándose.
A. B. siembra infecciosa de la formación de fibras amiloides
cambio
conformacional
muy raro
heterodímero homodímero amiloide
Figura 16.11 Las fibrillas amiloides crecen mediante un proceso similar a la cristalización. (A) Muy ocasionalmente, una molécula de
proteína sufre un cambio que produce una nueva conformación amiloidógena. (B) Una molécula de la forma amiloidógena anormalmente
plegada de la proteína puede inducir a otras moléculas de la misma proteína a adoptar la conformación anormal y agregarse, produciendo
una fibrilla amiloide.
Gln307
Val309
Val306
Ile308
Tyr310
Lys311
Figura 16.12 Estructura de una fibra

amiloide. Los aminoácidos 306-311, VQIVYK,
columnas vertebrales paralelas dentro de

cada lámina y antiparalelas entre los
Val309 Lys311 apilamientos. La flecha vertical muestra el eje
de la fibra, formada por miles de
Val306 de moléculas apiladas. (De Goedert M [2015]
Gln307 Science 349:1255555; PMID 26250687.
Reproducido con permiso de la AAAS).
El término "prión" suele aplicarse sólo a estas proteínas anormales cuando surgen por
una infección externa, pero el mismo mecanismo intracelular opera en las enfermedades
priónicas no infecciosas. Las enfermedades priónicas son típicamente
neurodegenerativas, en parte al menos porque las semillas agregadas son capaces de
moverse a través de las conexiones neuronales y así propagar la infección por el cerebro.
Las largas fibrillas se acumulan, produciendo la patología característica de la
enfermedad: placas amiloides y ovillos neurofibrilares en la enfermedad de Alzheimer,
cuerpos de Lewy en la enfermedad de Parkinson, etc.
Mecanismos patogénicos complejos de mutaciones dinámicas

Los efectos de ganancia de función a nivel de proteína de las mutaciones dinámicas
descritas en la Sección 16.3 dependen de una mezcla de mecanismos ortodoxos y no
ortodoxos. Los m e c a n i s m o s ortodoxos se observan en las muchas condiciones en
las que hay una serie expandida de trampas (CAG)n en la secuencia de codificación (véase
la Tabla 16.7). CAG es el codón de la glutamina (Q), por lo que la proteína codificada
tiene un tramo ampliado de residuos de glutamina. Esto hace que la proteína forme
agregados anormales.
Además de estos efectos ortodoxos, también hay pruebas de un conjunto diferente y
poco ortodoxo de efectos de ganancia de función. Mientras que el producto de traducción
habitual puede estar presente, y puede (por ejemplo, la enfermedad de Huntington) o no
(por ejemplo, la distrofia miotónica 1) ser patogénico, parece que la estructura del ARN
repetido permite que se formen productos de traducción anormales que no dependen de
un codón de inicio AUG. La traducción no ATG asociada a la repetición (traducción RAN;
véase la revisión de Cleary & Ranum [2013], PMID 23918658, en Lectura adicional)
produce potencialmente proteínas homopoliméricas en las tres
genotipos
marcos de lectura. Además, hay pruebas de que al menos algunas de las repeticiones
expandidas también se transcriben en dirección antisentido. La traducción de RAN a
partir de ARN en sentido y antisentido en los tres marcos de lectura tiene el potencial de
producir seis proteínas diferentes (Tabla 16.6). Exactamente qué proteínas RAN se
producen realmente y dónde, y qué papel desempeñan en la patología de estas
condiciones, son todavía áreas activas de investigación, pero hay pruebas de que al
menos algunas de ellas se producen realmente y son tóxicas para una célula huésped.
TABLA 16.6 TRADUCCIÓN NO ASOCIADA A LA REPETICIÓN (RAN)

Repita Marco de lectura Proteína RAN
(CAG)n CAG.CAG.CAG... Poli(Gln)
AGC.AGC.AGC... Poli(Ser)
GCA.GCA.GCA... Poli(Ala)
(CUG)n CUG.CUG.CUG... Poli(Leu)
UGC.UGC.UGC... Poli(Cys)
GCU.GCU.GCU... Poli(Ala)
(GGGGCC)n GGG.GCC.GGG.GCC... Poli(Gly.Ala)
GGG.CCG.GGG.CCG... Poly(Gly.Pro)
GGC.CGG.GGC.CGG... Poli(Gly.Arg)
(CCCCGG)n CCC.CGG.CCC.CGG... Poly(Pro.Arg)
CCC.GGC.CCC.GGC... Poly(Pro.Gly)
CCG.GCC.CCG.GCC... Poly(Pro.Ala)
Algunas repeticiones expandidas de ADN pueden transcribirse en ambas direcciones, y el ARN

resultante se traduce en los tres marcos de lectura sin necesidad del habitual codón de inicio AUG.
El resultado es una proteína homopolimérica o de repetición simple. Se muestran datos de las
repeticiones (CAG)/(CTG) producidas por muchas mutaciones dinámicas, y de las repeticiones
(GGGCC) y sus homólogas en antisentido en el gen C9ORF72. No se sabe con certeza cuántas de
estas posibles proteínas se producen realmente.
16.3 MUTACIONES DINÁMICAS: EXPANSIONES

DE REPETICIÓN INESTABLES
Estas variantes se tratan aquí por separado porque no encajan fácilmente en las secciones
de pérdida o ganancia de función. A nivel del ADN, todas ellas pueden compartir el
mismo mecanismo de expansión, pero las consecuencias patogénicas de las expansiones
difieren entre las distintas condiciones.
Las repeticiones de microsatélites -repeticiones en tándem de 2 a 6 unidades de
nucleótidos- son propensas a perder o ganar repeticiones debido al deslizamiento de la
polimerasa cuando se replica el ADN (véase la figura 11.1). El número de repeticiones
suele variar entre los individuos, lo que los convierte en marcadores polimórficos útiles
para seguir un segmento cromosómico a través de un pedigrí (véase la sección 17.1).
Cuando un microsatélite individual se amplifica por PCR y el producto se corre en un gel,
a menudo se observan bandas "tartamudas" debido al deslizamiento de la replicación
durante la amplificación. Una tasa de mutación típica para un microsatélite sería de 10-4-
10-3 por locus y por generación, mucho más alta que la tasa general de sustitución de
bases, que es del orden de 2 × 10-8 por nucleótido y por generación. Sin embargo, algunos
microsatélites se vuelven repentinamente mucho más inestables una vez que se supera
un determinado número de repeticiones, y cuando esto ocurre dentro de un gen, el
resultado es una mutación dinámica.
Las mutaciones dinámicas se producen en muchos genes y enfermedades diferentes

Más de 20 enfermedades diferentes están causadas por mutaciones dinámicas en
diferentes genes (Tabla 16.7). Las expansiones CAG suelen implicar expansiones
modestas (de docenas a un centenar de unidades de repetición) en la secuencia
codificante, lo que da lugar a proteínas con recorridos expandidos de glutaminas que
tienen tendencia a agregarse, como se ha descrito en la sección anterior. Otras
expansiones suelen estar en la secuencia no codificante, y pueden implicar expansiones
muy grandes (miles de unidades de repetición).
MUTACIONES DINÁMICAS: EXPANSIONES DE REPETICIÓN
INESTABLES 533
TABLA 16.7 EJEMPLOS DE ENFERMEDADES CAUSADAS POR REPETICIONES EXPANDIDAS INESTABLES (MUTACIONES
DINÁMICAS)
Repita Número de Número de
Secuencia Condición OMIM # Gene la repetición repetición
ubicació normal patógena
n
(CAG)n Enfermedad de Huntington 143100 HTT Exón 9-35 36-121
Atrofia dentatorubral-pallidoluysiana 125370 ATN1 Exón 7-35 49-93
Atrofia muscular espinal y bulbar 313200 AR Exón 10-36 38-62
Ataxia espinocerebelosa 1 164400 ATXN Exón 6-39 40-83
Ataxia espinocerebelosa 2 183090 ATXN2 Exón 14-31 32-200
Ataxia espinocerebelosa 6 183086 CACNA1A Exón 4-18 19-33
Ataxia espinocerebelosa 17 607136 TBP Exón 25-42 45-66
(CTG)n Distrofia miotónica 1 160900 DMPK 3′ UTR 5-38 50->1000
Ataxia espinocerebelosa 8 608768 ATXN8OS [No 15-50 71-1300

codificación]
Enfermedad de Huntington 2 606438 JPH3 3′ UTR 6-28 41-59
(CGG)n X frágil A 300624 FMR1 5′ UTR <55 >200
(GCC)n X frágil E 309548 FMR2 5′ UTR 6-25 >200
(GAA)n Ataxia de Friedreich 229300 FXN Intron 5-33 70->1000
(CCTG)n Distrofia miotónica 2 602668 ZNF9 Intron <30 75-11,000
(ATTCT)n Ataxia espinocerebelosa 10 603516 ATXN10 Intron 9-32 800-4500
(GGGGCC)n Demencia frontotemporal/esclerosis lateral amiotrófica 105550 C9ORF72 Intron 2-22 700-1600
(C4 GC4 GCG)n Epilepsia mioclónica progresiva 254800 CSTB Promotor 2-3 30-78
El X frágil A, el X frágil E, la ataxia de Friedreich y la epilepsia mioclónica progresiva están causados por la pérdida de función del gen correspondiente;
la repetición expandida reprime la transcripción, y en ocasiones los pacientes presentan deleciones u otras mutaciones convencionales de pérdida de
función. Las otras afecciones están causadas específicamente por las expansiones de la repetición y representan ganancias de función patogénicas.
Como se describe en la sección 16.2, pueden implicar efectos a nivel de ARN y/o de proteínas, dependiendo de la enfermedad. Véase OMIM para más
detalles y referencias.
Las mutaciones dinámicas muestran una serie de patologías moleculares

A nivel del ADN los mecanismos pueden ser similares, pero a nivel celular la patología
molecular de estas condiciones varía mucho. Algunas impiden la transcripción del gen
huésped, causando una pérdida de función. Otras muestran una ganancia de función
debido a que producen ARNm alterados y/o proteínas que tienen efectos tóxicos (Figura
16.13).
A.
sin
exón 1 transcripción
Figura 16.13 Tres mecanismos por los que

(CGG)n las mutaciones dinámicas pueden ser
en 5' patógenas.
UTR
(A) En el síndrome del cromosoma X frágil,
La repetición CUG en la repetición expandida en la región 5′ no
B. el ARNm secuestra la
transcripción traducida (UTR) del gen desencadena la
unión a CUG metilación del promotor e impide la
transcripción. (B) En
exón 14 exón 15 factores de distrofia miotónica, la repetición expandida
empalme
en la región no traducida 3′ hace que el
transcrito del ARNm secuestre los factores de
(CTG)n
empalme en el núcleo celular, impidiendo el
empalme correcto
transcripción el producto
proteico es tóxico
genotipos en
UTR3'
de varios genes no relacionados. (C) En la
C. enfermedad de Huntington, el gen que
contiene la repetición expandida se
transcribe y traduce normalmente, pero el
producto proteico tiene un tracto de
(CAG)n poliglutamina expandido que lo hace tóxico.
en la secuencia de Las repeticiones expandidas se muestran en
codificación rojo y las regiones codificantes en azul
oscuro.
MUTACIONES DINÁMICAS: EXPANSIONES DE REPETICIÓN
INESTABLES 535
El síndrome del cromosoma X frágil tiene algunas características especiales. Las

personas no afectadas tienen menos de 55 repeticiones en la región no traducida 5′ del
gen FMR1. Estas secuencias son estables y no patógenas. Las secuencias con 55-200
repeticiones se describen como premutaciones. No causan el clásico síndrome del
cromosoma X frágil, pero son inestables y tienen una tendencia de progresar a
mutaciones completas (>200 repeticiones) en generaciones posteriores. La repetición
completa cambia la estructura de la cromatina de forma que el promotor se metila y el
gen FMR1 no se expresa. Las características clínicas del síndrome X frágil se deben a la
falta de la proteína FMR1, una importante proteína de unión al ARN. Los individuos
afectados ocasionalmente tienen mutaciones convencionales de pérdida de función en el
gen FMR1 en lugar de repeticiones expandidas. Sin embargo, las mujeres con alelos
premutados corren el riesgo de s u f r i r un fallo ovárico prematuro, y los varones
premutados suelen desarrollar una condición, FXTAS, de temblor y ataxia. Se cree que
estos fenotipos de premutación están causados por una ganancia de función del ARN
tóxico. Una característica de los trastornos por expansión de repeticiones es la
anticipación, es decir, los síntomas tienden a ser más graves o a producirse a edades más
tempranas a lo largo de las generaciones. Por ejemplo, una persona con distrofia
miotónica 1 pero sin antecedentes familiares puede no mostrar ningún rasgo, excepto
cataratas. Su hija, que heredó la mutación, podría mostrar la enfermedad clásica, con
debilidad muscular y otros signos, mientras que su hijo podría mostrar la forma
congénita muy grave. En la enfermedad de Huntington, la edad de aparición puede ser
más temprana a lo largo de las generaciones, mientras que en el síndrome del
cromosoma X frágil el riesgo de que un portador de la mutación tenga una descendencia
con mutación completa aumenta a lo largo de las generaciones. Todas estas
características son consecuencia de la tendencia de las repeticiones a expandirse en cada
generación sucesiva. Sin embargo, es importante tratar las afirmaciones de anticipación
con mucha precaución. Supongamos que una enfermedad autosómica dominante es
muy variable, como lo son muchas. Los padres levemente afectados que tienen un hijo
gravemente afectado lo llevarán a la clínica. Por otro lado, las personas gravemente
afectadas pueden no ser nunca padres, o si lo son y tienen un hijo levemente afectado,
probablemente no verán ninguna razón para llevarlo a la clínica. Por lo tanto, la
experiencia del clínico suele ser la de padres levemente afectados que tienen hijos
gravemente afectados, y no lo contrario.
Existe un sesgo sistemático de comprobación que imita la verdadera anticipación.
El mecanismo de expansión sigue siendo incierto
Cualquiera que sea la causa de estas grandes expansiones, parece ser independiente del
deslizamiento de la replicación que provoca la inestabilidad de los microsatélites
menores, ya que las expansiones se observan en células no replicantes, como las
neuronas y los ovocitos. El potencial de expansión puede depender de que el ADN adopte
una estructura anormal (ADN-B o Z, horquillas o cuadruplexos G, etc. -véase las figuras
1.10 y 1.13-) que interfiera con la síntesis o la reparación. En muchas enfermedades, las
repeticiones se interrumpen a veces. Tales interrupciones reducen la estabilidad de las
estructuras secundarias anormales previstas y también el riesgo de expansión de las
repeticiones. Por ejemplo, el 5% de las familias con distrofia miotónica 1 tienen las
repeticiones CTG interrumpidas por unidades CAG. En estas familias la enfermedad es
menos grave y más estable a lo largo de las generaciones. En los modelos de ratón de
varias afecciones diferentes debidas a las repeticiones expandidas, la manipulación de los
genes implicados en la reparación del ADN afecta a la tendencia de las repeticiones a
expandirse. La supresión de la actividad de reparación de emparejamientos erróneos
Msh2 (véase la figura 11.5) previene la expansión. La conclusión tentativa general es que
las expansiones se producen cuando las secuencias de ADN que pueden formar
estructuras secundarias anormales requieren reparación.
Algunos genes muestran expansiones patógenas de los tramos de polialanina

Los tramos cortos de polialanina están presentes en más de 400 proteínas humanas,
especialmente en las localizadas en el núcleo celular. Muchas son factores de
transcripción. En nueve de las proteínas, una expansión del tracto de polialanina está
asociada a la enfermedad (Tabla 16.8). A diferencia de las expansiones de poliglutamina
descritas anteriormente, las expansiones de polialanina no son dinámicas; se heredan de
forma estable y no muestran inestabilidad meiótica o mitótica. En algunas poblaciones,
una expansión de polialanina puede remontarse a ancestros de hace cientos de años.
Además, su tamaño es muy modesto. Es probable que las expansiones se produzcan en
su mayoría por cruces desalineados, aunque algunos casos pueden ser el resultado de un
deslizamiento de la replicación.
Al igual que las proteínas de poliglutamina, las proteínas con expansiones de
genotipos
polialanina están mal plegadas. Forman agregados que, en algunos casos heterocigotos,
secuestran a la proteína de tipo salvaje; por lo tanto, el mecanismo patogénico es la
pérdida de función, quizá a veces con un elemento dominante negativo. En la mayoría de
los casos, otros cambios de pérdida de función en el mismo gen producen los mismos o
similares fenotipos. Todas las proteínas son factores de transcripción con funciones de
desarrollo, excepto la proteína PABPN1. Ésta se distingue un poco. El gen PABPN1
codifica una proteína de unión al tracto poli(A) que participa en el transporte
nucleocitoplásmico de los ARNs de mesoterapia. La distrofia muscular oculofaríngea
(OPMD; OMIM #164300) es una enfermedad de aparición tardía y lentamente progresiva.
No se han descrito otras mutaciones de PABPN1 en pacientes con OPMD, y las
expansiones asociadas a la enfermedad son muy modestas (de 6-7 codones GCG en los
alelos de tipo salvaje a 8-13 en los alelos asociados a la enfermedad).
PATOLOGÍA MOLECULAR DE LOS TRASTORNOS MITOCONDRIALES
535
TABLA 16.8 CONDICIONES ASOCIADAS A LAS EXPANSIONES DE POLIALANINA
Condición OMIM # Gene Expansión
Sinpolidactilia tipo 1 186000 HOXD13 A15 A22-A29
Síndrome mano-pie-genital 140000 HOXA13 (1) A14 A22-A24*

(2) A12 A18*
(3) A18 A24-A30*
Holoprosencefalia 609637 ZIC2 A15 A25
Blefarofimosis, ptosis y epicanto inverso (BPES) 110100 FOXL2 A14 A19-A24
Displasia cleidocraneal 119600 RUNX2 A17 A27
Retraso mental ligado al X con hipopituitarismo 300123 SOX3 A15 A22-A26
Retraso mental ligado al X 300419 ARX (1) A16 A18-A23*

(2) A12 A20*
Síndrome de hipoventilación central congénita 209880 PHOX2B A20 A25-A33
Distrofia muscular oculofaríngea (OPMD) 164300 PABPN1 A6 A8-A13
* El gen HOXA13 tiene tres tractos de polialanina, y el gen ARX tiene dos, cada uno de los cuales está a
veces expandido.
16.4 PATOLOGÍA MOLECULAR DE LOS TRASTORNOS

MITOCONDRIALES
En un pasado evolutivo remoto, las mitocondrias podían ser microorganismos completos
que vivían de forma simbiótica dentro de una célula mayor (véase la figura 2.6). Sin
embargo, con el paso del tiempo, la m i t o c o n d r i a f u e transfiriendo cada vez más
funciones al genoma del huésped, hasta que hoy el pequeño genoma mitocondrial sólo
contiene 37 genes (véase el apartado 9.1). La gran mayoría de todas las funciones
mitocondriales dependen de productos génicos codificados en el núcleo, y la gran
mayoría de las condiciones genéticas en las que hay disfunción mitocondrial están
causadas por mutaciones en los genes nucleares. Sin embargo, los 37 genes
mitocondriales son esenciales para la vida y la salud, y los defectos en ellos causan o
contribuyen a algo así como 200 afecciones genéticas diferentes (revisado por Tuppen et
al. [2010], PMID 19761752; véase Lectura adicional). Debido a las características únicas
de las mitocondrias, esas condiciones muestran algunas propiedades únicas.
Los defectos del gen mitocondrial muestran una herencia

matrilineal y una posible heteroplasmia
Todas las mitocondrias de una persona se heredan de la madre y ninguna del padre. Las
mitocondrias del esperma entran en el óvulo en el momento de la fecundación, pero se
descomponen sistemáticamente. Así, las afecciones causadas por variantes en el ADNmt
muestran el patrón de herencia matrilineal ilustrado en el capítulo 5 (véase la figura 5.8 y
el recuadro 5.1). No hay recom- binación entre las moléculas de ADN mitocondrial, por
lo que el genoma mitocondrial se transmite intacto por la línea femenina a lo largo de las
generaciones, cambiando sólo por nuevas mutaciones. Como se describe en el capítulo
14, esto hace que las variantes de ADNmt no patógenas sean especialmente útiles para
rastrear la ascendencia remota, al menos de la línea femenina.
Las células contienen muchas mitocondrias. Se ha informado de que el hígado tiene
entre 500 y 2500 mitocondrias por célula, con 8-10 copias del genoma por mitocondria.
Sin embargo, hay que tener en cuenta que las mitocondrias no son orgánulos
individuales fijos, como los microorganismos. Se someten a ciclos de fusión y fisión según
el estado de la célula huésped, por lo que es mejor pensar en términos de genomas
mitocondriales que de recuento de orgánulos. El óvulo, en particular, contiene más de
100.000 genomas mitocondriales. Una persona con una mutación mitocondrial puede
tener genomas totalmente mutantes (homoplasmia), pero por otro lado puede tener una
mezcla de genomas normales y mutantes (heteroplasmia). Al igual que la mayoría de los
genotipos
individuos sanos son mosaicos de bajo nivel para una variedad de variantes nucleares
potencialmente patógenas, la mayoría de los individuos también tienen algunos genomas
mitocondriales mutantes.
537
Es importante destacar que, a diferencia del mosaicismo para una mutación nuclear, una
madre heteroplásmica puede transmitir su condición heteroplásmica a su hijo.
En una persona heteroplásmica, la proporción de genomas mitocondriales mutantes
puede variar entre los tejidos y a lo largo del tiempo. Los argumentos sobre la deriva
genética del capítulo 12 también se aplican a las mitocondrias de un embrión
heteroplásmico en desarrollo. Las mitocondrias no se reparten con precisión entre las
células hijas en la mitosis, a diferencia de lo que ocurre con los cromosomas nucleares.
Cuando una célula heteroplásmica se divide, las células hijas pueden no recibir
exactamente la misma proporción de genomas mitocondriales normales y mutantes. Así,
un tejido puede acabar teniendo por casualidad una proporción mayor o menor de
genomas mutantes que la proporción global del embrión. También existe un papel de
selección. Un mecanismo de control de calidad desconocido selecciona contra las
mitocondrias abiertamente defectuosas. Tal vez se repliquen con menos eficacia que las
normales, o las células con una alta proporción de mitocondrias defectuosas sean
superadas por las que tienen una proporción menor.
Durante la maduración de la línea germinal, las mitocondrias pasan por un cuello de
botella. En alguna etapa del proceso, las células tienen un número particularmente
pequeño de genomas mitocondriales o, al menos, seleccionan un número
particularmente pequeño para su transmisión. En los seres humanos, las estadísticas de
los niveles de heteroplasmia madre-hijo implican un cuello de botella crítico de solo 30-
35 genomas; véase el artículo de Rebolledo-Jaramillo et al. (2014) (PMID 25313049) en
Lecturas adicionales. Como se explica en el capítulo 12, esto permite una fuerte deriva
genética, de modo que la proporción de genomas mutantes en las células posteriores al
cuello de botella puede diferir considerablemente de la proporción en las células
anteriores. Esto significa que cuando una madre heteroplásmica tiene un hijo
heteroplásmico, a menudo hay poca relación entre la proporción de genomas mutantes
en los dos (Figura 16.14). El grado de heteroplasmia suele estimarse a partir de una
muestra de sangre, y no de la línea germinal o del cigoto, lo que añade una capa adicional
de incertidumbre a la relación.
A. B.
HE 1.0 HE 1.0 Figura 16.14 Consecuencias del cuello de
T. T.
FR FR
botella mitocondrial. Hay poca relación
EC EC entre los niveles de heteroplasmia (het.) en
UE UE una madre y en su hijo. (A) Niveles de varios
NC NC cambios de nucleótidos simples
0.5 0.5
IA IA heteroplásmicos en el tejido bucal en parejas
AL AL madre-hijo. Correlación R2 = 0,13. (B)
ÉLI ÉLI
Similitudes
CA CA
(NI (NI datos de la sangre; R2 = 0,29. (Adaptado
0.0 0.0 de Rebolledo-Jaramillo B et al. [2014]
Ñ Ñ
O) 0.0 0.5 1.0 O) 0.0 0.5 1.0 Proc Natl Acad Sci USA 111:15474-15479;
HET. FRECUENCIA ALÉLICA (MADRE) HET. FRECUENCIA ALÉLICA (MADRE) PMID
25313049. Con permiso de la Academia
Nacional de Ciencias).
Las afecciones causadas por mutaciones del ADNmt son extremadamente variables
Las mutaciones en el ADN mitocondrial tienen efectos bastante imprevisibles, tanto en lo
que se refiere a si van a enfermar o no, como a la enfermedad que van a causar. Un
determinado cambio en la secuencia del ADNmt puede observarse en pacientes con
varias enfermedades diferentes, y los pacientes con la misma enfermedad mitocondrial
pueden tener diferentes mutaciones en su ADNmt. La base de datos MITOMAP de
mutaciones mitocondriales (http://www.mitomap. org) cuenta con extensas tablas de
datos que muestran lo difícil que es relacionar las m u t a c i o n e s con los fenotipos. Por
ejemplo, se ha notificado un cambio A>G en la posición 3243 del gen tRNALeu en
individuos con las siguientes enfermedades:
Encefalopatía mitocondrial, acidosis láctica y episodios similares a un accidente
cerebrovascular (MELAS);
Oftalmoplegia externa progresiva crónica (OEP);
Disfunción cardíaca y multiorgánica;
Miopatía mitocondrial;
Diabetes mellitus más sordera;
Pérdida de audición neurosensorial.
Por otra parte, un único fenotipo mitocondrial, la atrofia óptica hereditaria de Leber
(LHON, pérdida súbita e irreversible de la visión; OMIM #535000), se ha asociado con al
menos 17genotipos
mutaciones puntuales mitocondriales diferentes (véase MITOMAP para más
detalles). El 50% de las personas afectadas tienen una sustitución m.11778G>A, que causa
un cambio sin sentido, p.R340H, en el gen ND4. La mayoría de estos pacientes son
homoplásmicos, pero alrededor del 14%, no menos gravemente afectados, son
heteroplásmicos. Incluso en las familias homoplásmicas la afección es muy variable; la
penetración global es del 33-60%, y el 82% de los individuos afectados son
539
masculina. Otras dos mutaciones sin sentido, p.A52T (m.3460G>A) en el gen ND1 y
p.M64V (m.14484T>C) en el gen ND6, son responsables de todos los casos menos del 5%,
pero los pocos restantes incluyen individuos con varias mutaciones sin sentido en los
genes ND1, ND3 o ND6. Todos estos genes codifican subunidades de la NADH
deshidrogenasa mitocondrial, que es una parte esencial del complejo I de fosforilación
oxidativa. La aparición repentina y tardía implica una respuesta a algún estrés externo, y
probablemente los ojos sólo son vulnerables si algunas células críticas superan alguna
proporción umbral de mitocondrias defectuosas.
Las deleciones parciales o el agotamiento cuantitativo de las

mitocondrias son otras causas de enfermedad mitocondrial
Además de las mutaciones puntuales, las grandes deleciones del ADNmt son una causa
importante de enfermedad (Figura 16.15). Se han encontrado deleciones que varían de
1,3 a 8 kb en pacientes con una serie de afecciones: PEO, síndrome de Kearns-Sayre y
síndrome de Pearson. A menudo las deleciones se encuentran con alta frecuencia en las
células musculares, pero no en otros tejidos del paciente. Las deleciones pueden surgir de
forma esporádica o pueden estar causadas por mutaciones heredadas en genes nucleares
responsables de la replicación y el mantenimiento del genoma mitocondrial, como el gen
de la ADN polimerasa específica de la mitocondria, POLG. Las moléculas de ADNmt más
pequeñas y parcialmente borradas pueden tener una ventaja replicativa sobre las
moléculas completas, lo que explica las altas frecuencias de deleciones en las células
musculares de los pacientes. Además, algunas enfermedades mitocondriales están
causadas por una simple deficiencia cuantitativa de mitocondrias.
CYB 12S
ND6
16S
ND5
ND1
ND4
ND2
ND4L
ND3
ATP8 CO1
CO3 Figura 16.15 Deleciones de ADN
ATP6 CO2 mitocondrial. Las curvas muestran
ejemplos de grandes deleciones del
genoma mitocondrial observadas en
individuos con
síndromes esporádicos o defectos heredados
en los genes nucleares necesarios para la
replicación o el mantenimiento del genoma
mitocondrial.
Existen algunas analogías entre la patología molecular de las variantes mitocondriales

y del cáncer. En cada caso hay un único fenotipo básico: proliferación celular
desordenada en el cáncer, producción deficiente de energía en las enfermedades
mitocondriales. Tanto en las disfunciones mitocondriales como en el cáncer, hay
diferentes formas, a menudo específicas de los tejidos y dependientes del contexto, de
llegar al fenotipo básico común. El ADN mitocondrial es más variable que el ADN
nuclear, y algunos síndromes pueden depender de una combinación de la mutación
notificada con otras variantes no identificadas. Muchas funciones mitocondriales están
codificadas por genes nucleares, por lo que la variación nuclear puede ser una causa
importante o un modificador de los fenotipos mitocondriales. Habrá algún nivel de
umbral de ADNmt mutante antes de que la fosforilación oxidativa y la generación de
energía se vean afectadas. Los estudios bioquímicos sugieren que la mayoría de las
mutaciones de ADNmt necesitan acumularse hasta el 60-90% del ADNmt total en una
célula antes de que la generación de energía se vea comprometida. Los tejidos más
sensibles son los más activos metabólicamente: el músculo esquelético y cardíaco, los
nervios, el cerebro y las células ciliadas del oído interno.
genotipos
Se ha demostrado que las mutaciones del ADNmt, tanto las mutaciones puntuales como las deleciones, se producen en
niveles bajos en diferentes tejidos de personas sanas normales. Su frecuencia aumenta
con la edad de la persona. Según la teoría mitocondrial del envejecimiento, una
acumulación g r a d u a l de mitocondrias deficientes en la producción de energía es la
causa del envejecimiento.
541
Sin embargo, aunque hay abundantes pruebas correlativas que documentan este
aumento con la edad, todavía no hay pruebas claras de que los cambios sean una causa
del envejecimiento y no una de las muchas características del proceso de envejecimiento.
16.5 CORRELACIONES GENOTIPO-FENOTIPO

Como se ha comentado en la introducción de este capítulo, la patología molecular tiene
siempre dos aspectos: lo que una variante hace a un gen o a su producto, y lo que hace a
la persona en su conjunto. Hasta ahora nos hemos centrado principalmente en los
aspectos relacionados con los genes. Ahora es el momento de considerar los fenotipos.
Las mutaciones de pérdida de función y de ganancia de función

en el mismo gen causarán fenotipos diferentes
En este capítulo hemos hecho hincapié en la distinción entre mutaciones de pérdida de
función y de ganancia de función. A veces es posible ver ambos tipos de mutación en el
mismo gen (Tabla 16.9).
TABLA 16.9 EJEMPLOS DE DIFERENTES AFECCIONES CAUSADAS POR LA PÉRDIDA

DE FUNCIÓN O LA GANANCIA DE FUNCIÓN EN EL MISMO GEN
Pérdida o
Gene Ubicación ganancia Condición Símbolo OMIM #
de función
PMP22 17p11.2 LoF Neuropatía hereditaria con HNPP 162500
responsabilidad en las
parálisis por presión
GoF Neuropatía de Charcot-Marie-Tooth CMT1A 118220
tipo 1A
LHCGR 2p16.3 LoF Pseudohermafroditismo 46,XY LCH 238320
GoF Pubertad precoz masculina 176410
GNAS1 20q13.2 LoF Osteodistrofia hereditaria de Albright PHP1A 103580
GoF Síndrome de McCune-Albright MAS 174800
ROR2 9q22.31 LoF Síndrome de Robinow RRS 268310
GoF Braquidactilia tipo B1 BDB1 113000
RET 10q11 LoF Enfermedad de Hirschsprung HSCR 142623
GoF Neoplasia endocrina múltiple tipo MEN2A/B 171400

IIA/IIB 162300
GoF Cáncer medular de tiroides familiar FMTC 155240
Véase el texto para más detalles. GF, ganancia de función; PdF, pérdida de función.
La recombinación homóloga no alélica entre repeticiones de bajo número de

copias produce microdeleciones y microduplicaciones en números exactamente
iguales (véase la figura 15.17). A veces, los cambios de dosis recíprocos producen
efectos fenotípicos igualmente recíprocos; por ejemplo, las microdeleciones en
16p11.2 se asocian con la obesidad, mientras que la microduplicación recíproca se
asocia con el bajo peso. Con mayor frecuencia no existe una relación recíproca tan
clara, como se ilustra en la neuropatía de Charcot-Marie-Tooth tipo 1A y la
neuropatía h e r e d i t a r i a con responsabilidad a las parálisis por presión, o en
el síndrome de Williams-Beuren y la microduplicación correspondiente (véase la
sección 15.3).
Los sistemas que transmiten una señal externa al interior de la célula pueden tener
m u t a c i o n e s de pérdida de función que hacen que no se transmita ninguna
señal, o m u t a c i o n e s de ganancia de función que hacen que señalen incluso
en ausencia de ligando. La pérdida de función del receptor de la hormona
luteinizante y de la gonadotrofina hace que los tejidos sean incapaces de
responder a esas hormonas, provocando que los embriones 46,XY vuelvan al
desarrollo corporal femenino por defecto, mientras que una ganancia de función
conduce a una pubertad precoz en la primera infancia. En el caso de los receptores
genotiposa proteínas G (véase la figura 3.5A), la activación constitucional sería
acoplados
probablemente letal para un embrión en desarrollo. Así, el síndrome de McCune-
Albright, causado por mutaciones de ganancia de función en el gen GNAS1
CORRELACIONES GENOTIPO-FENOTIPO 539
que codifica la subunidad Gsα, es una condición mosaica con activación en linajes
celulares específicos. Este locus genético tiene un complicado patrón de impronta
(véase OMIM #139320) y el fenotipo de pérdida de función, la osteodistrofia
hereditaria de Albright, sólo se observa cuando el alelo materno está inactivado. La
pérdida de función del alelo paterno no tiene ningún efecto porque ese alelo no se
expresa.
La pérdida y la ganancia de función del receptor huérfano ROR2 provocan
a l t e r a c i o n e s e n e l desarrollo del esqueleto: Síndrome de Robinow y
braquidactilia tipo B1, respectivamente.
El gen RET codifica un receptor transmembrana tirosina quinasa que responde
a la señalización Wnt. Una de las causas de la enfermedad de Hirschsprung
(OMIM #142623; ausencia de ganglios entéricos en el intestino) es una variedad de
mutaciones de pérdida de función. Ciertas mutaciones sin sentido muy específicas
se observan en un conjunto totalmente diferente de e n f e r m e d a d e s : el
carcinoma medular de tiroides familiar (OMIM #155240) y la neoplasia endocrina
múltiple tipo II, relacionada pero más extensa (OMIM #162300 y #171400). Se trata
de mutaciones de ganancia de función, que producen moléculas receptoras que
reaccionan excesivamente al ligando o son constitutivamente activas y se
dimerizan incluso en ausencia de ligando. Curiosamente, algunas personas con
mutaciones sin sentido que afectan a las cisteínas 618 o 620, que son importantes
para la dimerización del receptor, padecen tanto cáncer de tiroides como la
enfermedad de Hirschsprung, es decir, ganancia y pérdida de función simultáneas.
Esto nos recuerda que la pérdida de función y la ganancia de función no son
siempre cantidades escalares simples. Ningún producto génico actúa de forma
aislada. Si un producto génico f u n c i o n a en varios contextos celulares
diferentes, las mutaciones pueden tener efectos diferentes en los distintos tipos de
células en los que se expresa el gen. Una hipótesis para explicar el efecto RET
sugiere que las proteínas variantes pueden no responder al ligando pero pueden
tener un nivel bajo y constante de actividad constitucional, que puede ser
insuficiente para la función positiva de RET en los ganglios entéricos, pero
suficiente para causar la activación constitucional en la tiroides.
Las condiciones de pérdida de función y de ganancia de función
tienen diferentes distribuciones de mutaciones
Hay muchas formas de reducir o abolir la función de un producto génico. Cuando un
fenotipo clínico resulta de la pérdida de función de un gen, esperaríamos que cualquier
cambio que inactive el producto génico produzca el mismo resultado clínico. Deberíamos
ser capaces de encontrar mutaciones puntuales que tengan el mismo efecto que la
supresión o la interrupción del gen. La ganancia de función, en cambio, es un fenómeno
bastante específico. Probablemente, sólo un cambio muy específico en un gen puede
causar una ganancia de función. Por tanto, el grado de heterogeneidad alélica es un
indicador fuerte, aunque no infalible, de la patología molecular subyacente. Por ejemplo,
entre las enfermedades causadas por repeticiones inestables de trinucleótidos (véase la
Tabla 16.7), el síndrome de frag- ile X y la ataxia de Friedreich son causados
ocasionalmente por otros tipos de mutación en sus respectivos genes, lo que apunta a
una pérdida de función, mientras que la enfermedad de Huntington y la distrofia
miotónica nunca se ven con ningún otro tipo de mutación, lo que sugiere una ganancia
de función. La figura 16.16 muestra los espectros mutacionales contrastados de una
condición de pérdida de función y de ganancia de función.
A.
+
+ +
+ +++ ++ ++ + + + ++ ++ +
++
+ +++++ +++ ++ ++ ++ ++ ++ + + + ++ +
+ Figura 16.16 Los espectros mutacionales

1 10 20 30 40 50 60 contrastantes de una pérdida de función y
exón una
condición de ganancia de función. (A) El
deleciones de
MUTACIONES DE TRUNCAMIENTO: todo o parte MUTACIONES NO TRUNCANTES:
del gen
mutación sin sentido mutación errónea
+ mutación de inserción/deleción B. + supresión en el marco
en el sitio de empalme que
cambia de marco
genotipos
espectro de mutaciones en el gen ATM en de las cuales truncarían el ATM. (B) Sólo dos mutaciones sin sentido muy
una serie de pacientes no emparentados producto del gen, muestran específicas, p.S252F y p.P253R, en el gen FGFR2
con ataxia-telangiectasia (OMIM #208900). que esta enfermedad causan todos los casos
El gran recesiva está causada por la del síndrome de Apert (OMIM #101200). Este
variedad de mutaciones diferentes, la mayoría pérdida de función del gen síndrome dominante está causado por una
1 5 10 15 ganancia de función de la proteína del
exón receptor 2 del factor de crecimiento de
fibroblastos.
La homogeneidad alélica no siempre se debe a una ganancia de función

La heterogeneidad alélica es normalmente una característica de los fenotipos de pérdida
de función. Sin embargo, no es seguro asumir que cualquier condición que muestre
homogeneidad alélica esté causada por una ganancia de función. Hay otras explicaciones
posibles:
En algunas enfermedades, el fenotipo está muy directamente relacionado con el
propio producto génico, en lugar de ser una consecuencia más remota del cambio
genético. La enfermedad puede entonces definirse en términos de un producto
variante particular, como en la anemia de células falciformes;
Algún mecanismo molecular específico puede hacer que una determinada secuencia cambie en un
Por ejemplo, la e x p a n s i ó n (CGG)n se observa en la inmensa mayoría, aunque
no en todos los casos, de los pacientes con síndrome X frágil;
Puede haber un efecto fundador (véase la figura 12.7). Por ejemplo, ciertas enfermedades
Las mutaciones son comunes entre los judíos asquenazíes. Los judíos asquenazíes
actuales descienden de un número bastante reducido de fundadores. Si uno de
esos fundadores portaba un alelo recesivo, puede encontrarse con una alta
frecuencia en la población asquenazí actual;
La selección que favorece a los heterocigotos potencia los efectos fundadores y suele dar lugar a
que una o unas pocas mutaciones específicas sean comunes en una población.
Diferentes grados de pérdida de función pueden

producir una serie alélica de fenotipos
La pérdida de función no es necesariamente un asunto de todo o nada. Diferentes
mutaciones en un gen pueden dar lugar a una pérdida de función parcial o total,
produciendo una serie alélica. A veces el efecto es cuantitativo: una reducción de la
cantidad de una proteína estructuralmente normal ver- sus la ausencia completa. Las
mutaciones que reducen pero no suprimen el empalme correcto de un transcrito
p r i m a r i o son una causa común de enfermedad leve. Pueden debilitar un sitio de
empalme normal, como la mutación c.92+6T>C de la β-globina que causa una β+-
talasemia (ver Tabla 16.3).
La activación de un sitio de empalme críptico débil también puede causar un empalme
ineficaz, como se ha visto con las mutaciones c . 93-21G>A y c.316-106C>G de la β-
globina (ver Tabla 16.3) o la mutación leve de la fibrosis quística c.3849+12191C>T.
Alternativamente, un gen mutado puede codificar una proteína con f u n c i ó n
reducida pero no nula. La ausencia completa de distrofina causa la distrofia muscular
Duchenne severa; la forma Becker más leve se ve cuando una variante de distrofina es
parcialmente funcional (ver Tabla 16.4). Las mutaciones en el gen de la hipoxantina
guanina fosforibosiltransferido (HPRT) ligado al X que causan grados crecientes de
pérdida de función producen resultados cada vez más graves (Tabla 16.10).
TABLA 16.10 CONSECUENCIAS DE LA DISMINUCIÓN DE LA FUNCIÓN DE LA

HIPOXANTINA GUANINA FOSFORIBOSILTRANSFERASA (HPRT)
Actividad de
HPRT (% de Fenotipo
lo normal)
>60 Ninguna enfermedad
8-60 Gota; sin problemas neurológicos (síndrome de Kelley-Seegmiller)
1.6-8 Gota más signos neurológicos variables (torpeza, coreoatetosis);

inteligencia normal
1.4-1.6 Síndrome de Lesch-Nyhan, pero con inteligencia normal
<1.4 Síndrome de Lesch-Nyhan (OMIM #300322): espasticidad,

coreoatetosis, automutilación, discapacidad intelectual
Los cambios de pérdida de función pueden producir

condiciones dominantes o recesivas
Los fenotipos de pérdida de función pueden heredarse como rasgos dominantes o
recesivos. Cuando una variante interfiere con la función de su homóloga normal, el
resultado será una condición dominante (dominante-negativa), como se ilustra en la
Figura 16.8. Si una variante causa una simple pérdida de función, la herencia dependerá
genotipos
de la tolerancia de determinadas células o tejidos a una reducción de la función del 50%
(Figura 16.17).
A. ningún enferm Figura 16.17 Cuatro posibles relaciones

efecto edad entre la pérdida de la función del gen y el
fenotipo clínico. Las barras muestran el
nivel global de función producido por los
B. ningún enferm efectos combinados de los dos alelos del
efecto edad gen. (A) Esta condición, con un 50% de
función génica residual que no causa ningún
enferm efecto, será un recesivo simple. (B) Esta
C. ningún leve edad grave condición será dominante debido a la
efecto haploinsuficiencia; la pérdida del 50% de la
función del gen causa la enfermedad. (C)
Esta condición es recesiva, pero la
D. ningún efecto en el sistema A efecto en el sistema A+B gravedad depende del nivel de la función
efecto residual, por lo que existe una correlación
genotipo-fenotipo. (D) Si las consecuencias
clínicas son muy diferentes, dependiendo
100 50
0 en el grado de la función residual, los
nivel de función genética residual
(%) resultados pueden describirse como
diferentes
síndromes (A y A + B), y pueden tener
diferentes modos de herencia, como en este
caso.
La figura 16.17A muestra la situación más común. La fibrosis quística sería un afectados, pero la aorta, donde se
ejemplo. Los portadores heterocigotos de una mutación de pérdida de función son requiere mucha más elastina, suele
completamente sanos y normales. La figura 16.17B muestra la haploinsuficiencia. Un mostrar una anomalía, la estenosis
nivel global del 50% no es suficiente para una función normal. Una sola variante de aórtica supr a v a l e n t e (OMIM
pérdida de función en una persona heterocigótica produce un fenotipo, que por lo tanto #185500). La hemoglobina y el
se hereda como una condición dominante. En el diagnóstico clínico suele ser importante colágeno de tipo 1 son otros
decidir si la heterocigosidad de un paciente para una deleción o una mutación de pérdida ejemplos. Sin embargo, algunas
de función en un gen concreto podría ser responsable de su enfermedad. Por lo tanto, funciones genéticas son
existe un gran interés en desarrollar predictores de haploinsuficiencia. Cuando se inherentemente sensibles a la dosis.
comparan paneles de genes haploinsuficientes y haplosuficientes conocidos (estos últimos Entre ellas se encuentran:
identificados a partir de deleciones o mutaciones encontradas al secuenciar controles Productos genéticos que
sanos), surgen una serie de generalizaciones: forman parte de un sistema de
Las secuencias codificadoras y los promotores de los genes haploinsuficientes señalización cuantitativa cuya
tienden a estar más conservados en las comparaciones evolutivas; función depende de la
Los parálogos de los genes haploinsuficientes tienden a tener una menor similitud ocupación parcial o variable de
de secuencia (por lo que un receptor o de un sitio de
un gen haplosuficiente es más probable que tenga un paralogismo muy similar unión al ADN, por ejemplo;
que pueda servir de respaldo a una mutación de pérdida de función); Productos genéticos que
Los genes haploinsuficientes tienden a tener niveles de expresión más elevados en compiten entre sí para
las primeras etapas embrionarias determinar un cambio de
desarrollo; desarrollo o metabólico.
Los genes haploinsuficientes tienden a tener más socios de interacción tanto en las
redes de interacción proteína-proteína como en las de genes;
Los genes haploinsuficientes tienen más posibilidades de interactuar con otros
haploinsuf-
genes de la eficiencia.
Las puntuaciones predictivas de haploinsuficiencia han sido desarrolladas por Huang
y colegas y por otros (véase el artículo de Steinberg y colegas [PMID 26001969] en
Lecturas Adicionales para su discusión). En la puntuación de haploinsuficiencia de
Huang et al., la proximidad a los genes haploinsuficientes conocidos en la red genética
probabilística fue el factor predictivo más ponderado. A medida que se disponga de más y
más secuencias de genomas normales, las predicciones deberían ser cada vez más
fiables, pero el hecho de centrarse en genes individuales ignora el importante papel que
desempeñan el contexto y los antecedentes genéticos.
Uno podría preguntarse razonablemente por qué debería haber haploinsuficiencia
para cualquier producto g é n i c o . ¿Por qué la selección natural no ha gestionado mejor
las cosas? Si un gen se expresa de tal manera que dos copias producen una cantidad
apenas suficiente de producto, la selección de variantes con mayores niveles de expresión
debería conducir a la evolución de un organismo más robusto, sin que haya que pagar un
precio obvio. La respuesta es que, en muchos casos, esto ha sucedido, por lo que
relativamente pocos genes son sensibles a la dosis. Hay algunos casos en los que una
célula con una sola copia funcional de un gen simplemente no puede satisfacer la
demanda de un producto génico que se necesita en grandes cantidades. Un ejemplo
puede ser la elastina (véase el apartado 15.3). En las personas heterocigotas para una
deleción o mutación de pérdida de función del gen de la elastina, los tejidos que sólo
requieren cantidades modestas de elastina (la piel y el pulmón, por ejemplo) no se ven
genotipos
En el texto se exponen ejemplos concretos.
En cada caso, el producto del gen se valora frente a otra cosa en la célula. Lo que
importa no es el nivel absoluto correcto del producto, sino los niveles relativos correctos
de los productos que interactúan. Los efectos son sensibles a los cambios en todos los
socios que interactúan; por ello, estas condiciones dominantes suelen mostrar una
expresión muy variable. Los genes cuyos productos actúan esencialmente solos, como
muchas enzimas solubles del metabolismo, rara vez muestran efectos de dosificación.
Los ejemplos de series alélicas de diferente gravedad (el caso de la figura 16.17C) han
sido
discutido anteriormente. A veces, diferentes cantidades de función génica residual
pueden dar lugar a fenotipos lo suficientemente diferentes como para ser etiquetados
como condiciones clínicas separadas (Figura 16.17D). Las mutaciones en el gen
transportador de sulfato DTDST causan displasias esqueléticas autosómicas recesivas
que han recibido diferentes nombres en función de su gravedad: displasia diastrófica
(OMIM #222600), displasia epifisaria múltiple 4 (OMIM #226900), atelosteogénesis II
(OMIM #256050) y acondrogénesis tipo 1B (OMIM #600972), en orden de gravedad
creciente. Karniski (2001) demostró que la gravedad dependía del nivel general de la función
DTDST residual (PMID 11448940; véase Lectura adicional). La matriz extracelular es rica
en proteoglicanos sulfatados, como el heparán sulfato y el chon- droitín sulfato, y los
defectos en el transporte de sulfato interfieren en el desarrollo del esqueleto.
La pérdida de funciones individuales de una proteína

multifuncional puede causar diferentes fenotipos
Si una proteína tiene varias funciones, diferentes variantes pueden causar la pérdida o
ganancia de diferentes funciones y tener diferentes efectos fenotípicos. La complicada
patología molecular de las mutaciones de p63 ilustra algunas de las complejidades.
El p63 (OMIM #603273) es un factor de transcripción que tiene varios dominios
funcionales (Figura 16.18). Como siempre ocurre con los factores de transcripción, hay
dominios de unión al ADN y de trans- activación. La forma activa es un tetrámero,
formado por el dominio ISO. El dominio SAM (motivo alfa estéril) media en las
interacciones proteína-proteína adicionales, y también hay un dominio inhibidor de la
transactivación (TID) que modula la actividad del dominio TA principal. El gen TP63 Figura 16.18 Isoformas y dominios
codifica una variedad de isoformas de p63 como resultado de al menos cuatro sitios de la proteína p63. TA, transactivación
alternativos de inicio de la transcripción y un extenso empalme alternativo. Las isoformas dominio; DBD, dominio de unión al ADN;
que carecen de los exones 1-3 codifican proteínas que carecen del dominio de ISO, dominio de tetramerización; SAM,
dominio del motivo alfa estéril
transactivación. Probablemente actúan como inhibidores dominantes-negativos de la
(interacción de proteínas); TID, dominio
señalización por parte de p63 y quizás también de p53. inhibidor de la transactivación; EEC,
displasia ectrodactilar-ectodérmica-
síndrome de hendidura; AEC, síndrome de
displasia ectodérmica anquilosada.
1 2 3 3' 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
TA ISO SAM Las flechas muestran los sitios de inicio de

dominios DBD domini dominio TID transcripción alternativos; las líneas
o dobladas muestran varios patrones de
empalme. Existen otras isoformas de
empalme, no mostradas. (Adaptado de
Las mutaciones sin Las mutaciones sin van Bokhoven H & Brunner HG [2002] Am J
sentido causan el sentido causan el Hum Genet 71:1-13; PMID 12037717. Con
síndrome EEC síndrome AEC permiso de Elsevier).
Se han notificado mutaciones heterocigotas en pacientes con seis c o n d i c i o n e s

diferentes (Tabla 16.11). Surgen varias correlaciones claras entre el genotipo y el
fenotipo. Casi todos los pacientes con EEC tienen mutaciones sin sentido en el dominio
de unión al ADN, y las variantes particulares se correlacionan con subfenotipos
particulares del síndrome. Casi todos los pacientes con AEC, que carecen de las
anomalías en las extremidades del síndrome EEC, tienen mutaciones sin sentido en el
dominio SAM. No se observan mutaciones de truncamiento en ninguna de las dos
condiciones, lo que sugiere que los efectos pueden deberse a ganancias de función. Las
condiciones raras ADULT, LMS y SHFM4 tienen cada una su propio patrón distintivo de
mutaciones, algunas de las cuales se predice que truncan la proteína. Van Bokhoven y
Brunner (PMID 12037717; ver Lecturas Adicionales) discuten la patología molecular en
detalle.
A menudo se buscan correlaciones genotipo-fenotipo,

pero rara vez se encuentran
Dada la genotipos
complejidad de las interacciones genéticas, no es de extrañar que la patología
molecular sea una ciencia muy imperfecta. Los mayores éxitos se han producido hasta
ahora en la comprensión del cáncer y las hemoglobinopatías: en el caso del cáncer, el
fenotipo que hay que explicar -la proliferación celular descontrolada- es relativamente
sencillo, mientras que las hemoglobinopatías son un resultado muy directo de las
anomalías en una proteína abundante y fácilmente accesible. En la mayoría de los casos
genéticos
TABLA 16.11 CONDICIONES EN LAS QUE SE HAN REPORTADO MUTACIONES EN P63

Condición OMIM #
Síndrome de ectrodactilia-displasia ectodérmica-hoja de gallo (EEC) 604292
Síndrome de anquilobiforme-displasia ectodérmica (AEC o Hay-Wells) 106260
Síndrome limbo-mamario (LMS) 603543
Síndrome acrodérmico-ungueal-lacrimal (ADULTOS) 103285
Síndrome de Rapp-Hodgkin 129400
Malformación no sindrómica de mano y pie dividido 4 (SHFM4) 605289
El síndrome EEC es el prototipo; los otros síndromes comparten características que se solapan con el
EEC. Los pacientes con el síndrome AEC carecen de las anomalías de las extremidades; los pacientes con
LMS tienen aplasia o hipoplasia de las glándulas mamarias pero menos defectos ectodérmicos en
comparación con los pacientes con EEC. Los casos ADULTOS carecen de hendiduras orofaciales. El
síndrome de Rapp-Hodgkin se asemeja a la EEC con manifestaciones cutáneas más leves. Cada
síndrome individual es variable en sí mismo.
enfermedades, las características clínicas son el resultado final de una larga cadena de
causalidad, y el santo grial de la patología molecular, la correlación genotipo-fenotipo,
siempre será elu- siva. En realidad, incluso las enfermedades mendelianas simples no lo
son en absoluto. Las antiguas revisiones sobre este tema de Scriver & Waters (1999)
(PMID 10390625) y de Weatherall (2001) (PMID 11283697) siguen siendo lecturas
adicionales muy recomendables.
Las condiciones de ganancia de función, con su requerimiento de cambios de
secuencia muy específicos, son las más probables de proporcionar buenas correlaciones
genotipo-fenotipo. Una sola copia de la variante en una persona heterocigota seguirá
teniendo su función anormal, por lo que cabría esperar que el fenotipo (si lo hubiera)
fuera dominante. Si la homocigosis de la variante tendría un efecto más fuerte es una
cuestión secundaria. En los humanos, la mayoría de las variantes patógenas de ganancia
de función son raras, y los individuos homocigotos son doblemente raros. Pueden verse si
hay un apareamiento asortativo, como en la acondroplasia, o como resultado de un
incesto. En algunos casos los homocigotos tienen un fenotipo más extremo, en otros se
parecen a los heterocigotos. Para la mayoría de las condiciones dominantes humanas
simplemente no lo sabemos: nunca se ha observado la descendencia de un apareamiento
relevante. Como argumentamos en la sección 5.2, independientemente de si los
homocigotos tienen un fenotipo más extremo o no, estas c o n d i c i o n e s se describen
correctamente como dominantes (y no codominantes o semidominantes) porque la
etiqueta se aplica al fenotipo, no a la variante.
Muy ocasionalmente, diferentes cambios de secuencia específicos pueden hacer que un gen gane dif
de su función. En estos casos se pueden observar correlaciones genotipo-fenotipo muy
agradables. El caso clásico son las mutaciones del receptor del factor de crecimiento de
fibroblastos. Como ya se ha mencionado, las mutaciones específicas en el FGFR2
producen el síndrome de Crouzon o de Apert, pero otros cambios específicos causan
otras anomalías (Figura 16.19).
FGFR1
FGFR2
craneosinostosis
enana
FGFR3 enano letal
Ig-1 Ig-2 Ig-3 TM cinasa cinasa

genotipos
Figura 16.19 Correlaciones genotipo-fenotipo entre las mutaciones del FGFR1-3. Los receptores del factor de crecimiento de
fibroblastos (FGFR) 1, 2 y 3 tienen tres dominios extracelulares similares a la inmunoglobulina (Ig) que participan en la unión del ligando, un
dominio transmembrana (TM) y dos dominios intracelulares de tirosina quinasa que transmiten la señal a la célula. Las mutaciones
específicas de ganancia de función causan condiciones específicas con fuertes correlaciones genotipo-fenotipo (como se muestra en las
barras verticales cortas). (Adaptado de Robertson SC et al. [2000] Trends Genet 16:265-271; PMID 10827454. Con permiso de Elsevier).
Los estudios tradicionales de las correlaciones genotipo-

fenotipo se basaban en muestras muy seleccionadas
Hasta hace poco, los investigadores interesados en una enfermedad concreta recogían
individuos o familias con esa enfermedad, secuenciaban uno o más genes candidatos y
comunicaban las variantes encontradas. También se comprobaba un número limitado de
controles sanos para asegurarse de que una variante no era un polimorfismo común de la
población. Esto produjo una visión de las variantes centrada en el fenotipo. Las variantes
patógenas suelen ser raras (frecuencia <0,1%) y el diseño del estudio no podía identificar
a los individuos sanos raros portadores de la variante, o los casos en los que una variante
en el mismo gen causaba un fenotipo diferente. Además, en el pasado, cuando la
búsqueda de variantes era difícil, los laboratorios estaban a veces demasiado dispuestos a
etiquetar una variante encontrada en un paciente como patógena, y las revistas eran a
veces demasiado poco críticas a la hora de publicar tales hallazgos.
La consecuencia de estas limitaciones es que los estudios clásicos produjeron una
visión demasiado estrecha de las correlaciones genotipo-fenotipo. Sobrestimaban la
penetrancia de muchas variantes y subestimaban la gama de fenotipos que podían
resultar de las variantes de un gen determinado. La era actual de secuenciación a gran
escala de exomas y genomas ha permitido una visión de las variantes centrada en el
genotipo. Ahora que disponemos de las secuencias del exoma o del genoma de decenas
de miles de individuos sanos (o de individuos que padecen afecciones irrelevantes para
una enfermedad en estudio) podemos buscar si alguno de ellos tiene una variante que
suponíamos patógena. Los datos de 1000 Genomas fueron muy utilizados para esto, pero
el ExAC (Exome Aggregation Consortium) tiene mucha más potencia, ya que une datos
de más de 60.000 exomas (exac.broadinstitute.org). A finales de 2016 se amplió a la base
de datos GnomAD (Genome Aggregation database; gnomad.broadinstitute. org) que
tiene más del doble de tamaño, y es probable que crezca aún más.
La nueva capacidad de comprobar la presencia de una variante supuestamente
patogénica en una muestra tan amplia de individuos no afectados ha llevado a tres
conclusiones:
Muchas variantes supuestamente patógenas en las bases de datos de mutaciones
de enfermedades son en realidad inofensivas y están presentes en frecuencias
similares en individuos sanos;
La penetración de las variantes verdaderamente patógenas suele ser menor que la anterior
supuestamente;
Para un número de genes, las mutaciones de pérdida de función en ambos alelos
(homocigotos o heterocigotos compuestos) pueden verse en individuos sanos
normales.
En cuanto al primero de estos puntos, los siguientes ejemplos ilustran la necesidad de
revisar cuidadosamente las pruebas de patogenicidad de cualquier variante que se vaya a
incluir en un informe clínico:
En un estudio de 2011 sobre la viabilidad del cribado de portadores altamente
multiplexado para afecciones recesivas autosómicas realizado por Bell y sus
colegas (PMID 21228398), se identificaron 460 variantes citadas en la literatura
publicada como causantes de enfermedades. Los autores rechazaron 122 de ellas
por ser polimorfismos comunes o errores de secuenciación, o por falta de pruebas
de patogenicidad;
En 2012, Hunt y sus colegas (PMID 22200769) examinaron nueve variantes en el
SIAE (acetilasa del ácido siálico), que se había demostrado que afectaba a l a
función del gen y de la que se había informado que ocurría con mayor frecuencia
en personas con diversas enfermedades autoinmunes para las que SIAE sería un
gen candidato plausible. En una serie muy amplia de casos y controles (hasta
66.000 en total) no encontraron un exceso de ninguna de las nueve variantes entre
los casos. Por lo tanto, aunque afectaban a la función del gen, las variantes no
parecían causar la enfermedad reclamada;
Andreasen y sus colegas en 2013 (PMID 23299917) investigaron la prevalencia de
variantes asociadas a la cardiomiopatía previamente reportadas en 6500 exomas
reportados en el Proyecto de Secuenciación del Exoma GO del NHLBI (ESP) de
individuos sin ninguna enfermedad relevante conocida. De las 1233 variantes
reportadas como causas autosómicas dominantes de enfermedades monogénicas,
190 (15,4%) se encontraron en la cohorte ESP, la mayoría de ellas con frecuencias
demasiado altas para ser causas plausibles de estas condiciones raras, incluso
permitiendo algún grado de penetrancia reducida.
La tendencia de los estudios de enfermedades a sobreestimar la penetración de
variantes verdaderamente patogénicas queda bien ilustrada por un estudio realizado en
2013 porgenotipos
Flannick y sus colegas (PMID 24097065) sobre la MODY (diabetes juvenil de
inicio en la madurez; OMIM #606391). Se trata de una forma dominante mendeliana de
diabetes de tipo 2 que no está relacionada con la dieta o el estilo de vida, y que
normalmente se manifiesta antes de los 25 años. Puede estar causada por mutaciones
heterocigotas en al menos siete genes (HNF1A, GCK, HNF4A, HNF1B, PDX1, INS y
NEUROD1). Flannick y sus colegas identificaron variantes en estos genes en 4003
individuos de
Figura 16.20 Clasificación de 96 variantes no comunes (frecuencia alélica menor [MAF] conservad raro
<1%) en genes asociados con la diabetes juvenil de inicio en la madurez identificadas o
HGMD dañino
en un estudio poblacional aleatorio. "Raro" significa privado a un individuo del estudio 9 15
de los 4003 casos y no observado en el proyecto 1000 Genomes. "Conservado" significa 21
1 5
localizado en un sitio evolutivamente conservado del
proteína. "Dañino" significa predicho como dañino por los programas SIFT y PolyPhen-2. 7 4 15 1
"HGMD" significa que aparece en la base de datos de mutaciones genéticas humanas
como patógenas. (Reimpreso de Flannick J et al. [2013] Nat Genet 45:1380-1385; PMID 6
24097065. Con permiso de Springer Nature. Copyright © 2013). 4 5
1 2
cohortes de población. La figura 16.20 muestra cómo podrían clasificarse estas variantes.
Veintiuna de las variantes son raras, afectan a sitios conservados y se predice que son
perjudiciales; seis de ellas aparecen en la base de datos de mutaciones genéticas
humanas como causantes de MODY. Al menos estas 21 variantes, y tal vez algunas de las
otras, aparecerían normalmente en un análisis clínico de un paciente con MODY. Sin
embargo, ninguno de estos individuos con un buen fenotipo tenía una MODY manifiesta,
y la gran mayoría seguía siendo euglucémica en la mediana edad.
Otros estudios han buscado individuos raros "resistentes" que parecen perfectamente
sanos a pesar de tener aparentemente genotipos normalmente considerados patológicos.
Es difícil saber qué credibilidad dar a algunos de los ejemplos más dramáticos. La lista
inicial de candidatos suele ser grande; luego se reduce buscando explicaciones
alternativas: errores de secuenciación, errores de anotación, individuos que se dicen
erróneamente que no están afectados, una muestra atribuida al individuo equivocado,
etc. Finalmente, queda un núcleo muy pequeño de casos en los que no se ha podido
encontrar ninguna explicación alternativa. Hay que preguntarse con qué frecuencia
puede haber realmente una explicación alternativa.
Está claro que la pérdida de función de un gen no es necesariamente patógena. Por
ejemplo, MacArthur y sus colegas (2012; PMID 22344438; véase Lectura adicional)
comprobaron las secuencias del genoma completo de 185 individuos supuestamente
sanos de la fase piloto del proyecto 1000 Genomas en busca de aparentes variantes de
pérdida de función en genes codificadores de proteínas. Éstas se definieron como
mutaciones sin sentido o en el lugar de empalme, variantes de inserción/deleción (indel)
que se prevé que alteren el marco de lectura, o deleciones más grandes que eliminen el
primer exón o más del 50% de la secuencia de codificación de proteínas de la
transcripción afectada. No se tuvieron en cuenta las variantes de sentido erróneo, y la
tecnología de secuenciación utilizada no detectaba las supresiones de gran tamaño, por
lo que el estudio sólo abordó algunas causas de pérdida de función.
Como era de esperar, la lista inicial incluía muchos falsos positivos: errores en los
datos de la secuencia bruta o en la anotación, o variantes que probablemente no causen
una pérdida real de función. Hubo casos de desviación patogénica compensada. Se trata
del fenómeno descrito por Jordan y sus colegas (véase la sección 17.5 y el PMID 26123021
en Lectura Adicional), en el que u n a p é r d i d a r e a l d e f u n c i ó n debida a una
variante es rescatada por un segundo cambio cercano; por ejemplo, una inserción que
cambia el marco de referencia puede ser equilibrada por una deleción cercana, una
sustitución de aminoácidos patógena puede resultar inofensiva por la sustitución de un
aminoácido intermedio cercano, o la pérdida de un sitio de empalme puede ser rescatada
por la creación de una alternativa. Tras un riguroso filtrado, quedaron 1285 variantes de
alta confianza: 415 de ellas afectaban sólo a un subconjunto de los transcritos conocidos
del gen afectado; el resto causaba una pérdida completa de función.
Se estimó que el individuo sano medio es portador de unas 100 variantes de pérdida
de función (más las debidas a cambios de sentido erróneo o a grandes deleciones, que no
se tuvieron en cuenta en este trabajo). Algunas de ellas serían auténticos alelos recesivos
en un heterocigoto fenotípicamente normal, pero, por término medio, unos 20 genes
estaban homocigóticamente inactivados. Evidentemente, algunos genes no son
esenciales para el desarrollo normal o la salud. Por ejemplo, muchas personas con grupo
sanguíneo O son homocigotas para mutaciones inactivas en el gen del grupo sanguíneo
ABO. La lista se enriqueció con genes que tienen paralogos estrechamente relacionados
que podrían proporcionar la función que falta, y con genes implicados en la sensación
olfativa y gustativa, donde no se espera que las variaciones afecten a la salud general.
Está claro que muchos individuos sanos son portadores de variantes de pérdida de
función de uno u otro gen, y que muchas variantes descritas en las bases de datos como
patógenas no lo son o muestran una penetrancia reducida. Estos estudios proporcionan
un cuento de advertencia para los laboratorios de diagnóstico: encontrar una variante de
pérdida de función es sólo el comienzo de la investigación de un paciente, no el final de la
búsqueda. MacArthur y sus colegas (2014) proporcionaron un conjunto de directrices
genotipos
para evaluar la patogenicidad de una variante (véase PMID 24759409 en Lecturas
Adicionales).
El desarrollo de bases de datos de fenotipos a gran escala será una

herramienta importante para el futuro de la patología molecular
Las correlaciones genotipo-fenotipo dependen de descripciones precisas. En el caso de
los genotipos, se trata simplemente de la secuencia de ADN (aunque un futuro requisito
de descripción epigenética podría complicar la cuestión). En el caso de los fenotipos, la
respuesta es menos evidente. La mayoría de las correlaciones genotipo-fenotipo
describen los fenotipos en términos de entradas en la base de datos OMIM. Aplicar la
etiqueta OMIM correcta a un paciente es una parte crucial de la genética clínica. Para el
paciente, o para los padres de un niño discapacitado, un diagnóstico significa que, por
fin, alguien entiende su condición. Pone fin a una odisea diagnóstica que puede implicar
años de diferentes clínicas, clínicos y pruebas. Proporciona una etiqueta que puede
utilizarse para rellenar los formularios necesarios para acceder a las ayudas sociales o
educativas, y puede permitir el acceso a un grupo de apoyo para familias con el mismo
síndrome. Para el clínico puede sugerir el pronóstico y ayudar a orientar el manejo. Y al
agrupar al paciente con o t r o s con el mismo síndrome puede ayudar a iluminar la
patología molecular. Los médicos utilizan el juicio clínico tradicional para llegar a un
diagnóstico. Por supuesto, tendrán en cuenta cada una de las características del paciente,
pero el juicio final se basa en una impresión g l o b a l . Los principales expertos
internacionales son contactados constantemente por colegas de otros lugares sobre casos
difíciles. El colega enviará una lista de características, pero el experto no emitirá un juicio
sin ver las fotografías, porque el juicio se basa en l a s e n s a c i ó n d e l a "Gestalt"
general.
Los genetistas clínicos se enorgullecen, con razón, de su impresionante historial de delineación de
síndromes raros y sutiles, pero su forma de trabajar no encaja bien en la era del Big Data.
Por eso se reclama un Proyecto del Fenoma Humano. La idea es registrar los fenotipos de
forma sistemática y estandarizada, utilizando un vocabulario controlado, para producir
datos adecuados para el análisis informático. Al igual que la capacidad de plantear
preguntas sobre toda la gama de secuencias de ADN ha conducido a muchos avances en
biología y medicina, la capacidad de hacer lo mismo sobre toda la gama de fenotipos
humanos podría conducir a nuevos conocimientos sobre los mecanismos de enfermedad
y las relaciones entre las enfermedades.
Un paso en esta dirección es la Ontología de Fenotipos Humanos (descrita por
Robinson y Mundlos [2010]; PMID 20412080; véase Lectura adicional). La HPO permite
una descripción sistemática de los fenotipos que puede ser buscada por la máquina. Esto
no sustituye al juicio clínico, sino que proporciona una herramienta adicional y
complementaria. Esto puede ser útil para el diagnóstico, pero, en el contexto de la
patología molecular, una aplicación importante es permitir que los algoritmos
informáticos realicen búsquedas en todo el espacio de fenotipos, de forma paralela a la
forma en que las secuencias de ADN pueden compararse en la totalidad de las secuencias
registradas. Todavía queda un largo camino por recorrer antes de que se aproveche
plenamente el potencial de estos enfoques, pero el artículo de Oti et al. (2009) (PMID
20004759; véase Lectura adicional) muestra cómo podría funcionar. El futuro de la
patología molecular bien puede ir en esta dirección.
genotipos
RESUMEN
La patología molecular busca explicar por qué una Los cambios en la secuencia de codificación de las proteínas
cambio
determinadaprovoca un fenotipo concreto. La tarea puede
genética pretable,
suelen ser pero los efectos
fácilmente inter de empalme pueden necesitar
dividirse en explicar el efecto de un cambio de secuencia en c o n f i r m a c i ó n experimental, y los estudios funcionales
la función del gen, y explicar el efecto de un cambio en la pueden ser necesarios para confirmar el efecto predicho de
f u n c i ó n del gen en el fenotipo de una persona. los cambios de sentido erróneo.
La ganancia de función puede producirse de varias maneras.
- Los
o
efectos patógenos pueden estar mediados por una
una ganancia
pérdida de fun- de función de un producto
ucto funciona
A menudo, un gende produce
forma excesiva e inapropiada. En raras
ocasiones, puede adquirir una función nueva. A veces, el
génico. ARNm o la proteína mutantes son tóxicos, por ejemplo, al
La pérdida de función de una proteína o ARN puede deberse secuestrar factores necesarios para el procesamiento del
(total o parcial) del gen, la interrupción de la secuencia, un
a la supresión ARN o al formar agregados proteicos tóxicos.
fallo en el empalme correcto de los exones o un cambio en
una secuencia reguladora. En el caso de una proteína, la ble y propensos
Las mutaciones a grandes
dinámicas, expansiones,
en las probablemente
que un microsatélite se
pérdida puede deberse además a una inserción o deleción todos dependen de mecanismos similares a nivel del ADN,
de cambio de marco, a la introducción de un codón de pero difieren en gran medida en si sus efectos patógenos se
desestablece
terminación prematuro o a la sustitución de un aminoácido ejercen a nivel del ARN o de las proteínas, y si implican una
importante. pérdida o ganancia de función.
Un cambio puede afectar a una o a todas las isoformas de un
Una pérdida
producto de función puede ser parcial o total y puede
génico. Explicar el efecto de una variante en el fenotipo de una
afectar a una o a todas las funciones de una proteína tipo es mucho más difícil que explicar su efecto en
persona
multifuncional.

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Patología molecular: conectar los fenotipos

con los genotipos

16.1 PÉRDIDA DE LA FUNCIÓN

Eliminar todo o parte del gen

Interrumpir el gen por una reordenación cromosómica

Eliminar el acceso a un potenciador necesario mediante una reordenación cromosómica o

Suprimir el empalme correcto del transcrito primario, o de isoformas de empalme específicas

Cambios que se aplican cuando el producto del gen es una proteína

Eliminar o cambiar el codón de iniciación de la traducción AUG

Insertar o eliminar nucleótidos para provocar un desplazamiento de cuadro

La supresión o la interrupción de un gen normalmente

A. 10 14 22 26 Figura 16.1 La hemofilia A puede estar

La pérdida de función podría deberse a la supresión o

TABLA 16.2 EJEMPLOS DE MUTACIONES PATÓGENAS EN SECUENCIAS PROMOTORAS

Condición OMIM # Gene Variante Elemento regulador perturbado

Hemofilia B 300746 F9 c.-26G>C Sitio de unión de

Deficiencia de piruvato quinasa 266200 PKLR c.-83G>C PKR-RE1

Síndrome de Cowden 158350 PTEN c.-930G>A Sitio de unión

La incorporación de esta proteína a un extracto nuclear debería producir un *

Eliminar el acceso a un potenciador puede causar una

El splicing aberrante es una causa frecuente de pérdida de función

crucial, y hay sitios de empalme fuertes y débiles. Los spliceosomas se ensamblan en el

CUADRO 16.1 PREDICCIÓN DE LOS EFECTOS DE EMPALME

Experimentalmente, el empalme puede comprobarse mediante la secuenciación del

Figura 16.3 Un ensayo de minigénesis

A. D E V G G E A L G R Figura 16.4 Sustituciones de nucleótidos

(B) Atrofia muscular espinal (OMIM #253300)

TABLA 16.3 MUTACIONES D E L A G L O B I N A B RESPONSABLE DE LA TALASEMIA EN LOS CIPRIOTAS GRIEGOS

c.92+6T>C Intrón 1 5.5 AGgttggtat Debilita un sitio de empalme normal

Los cambios que afecten al codón de iniciación AUG afectarán a la traducción

Las inserciones o deleciones suelen provocar desplazamientos de cuadro

secuencia bruta ISAWTHEBIGBADDOGEATTHECAT Figura 16.5 El marco de lectura. Cuando

exón 1 exón 2 Figura 16.6 La supresión de un solo

TABLA 16.4 LAS DELECIONES DE EXÓN EN EL GEN DE LA DISTROFINA CAUSAN LA

43 173 -1 DMD Supresión

Los codones de terminación prematura suelen actuar como

para protegerse de este problema. Sin embargo, el mecanismo de NMD no se aplica a

Los cambios de sentido pueden afectar o no a la función de la proteína

por un lado y las deletéreas por otro. Si p r e s e n t a una

PREDICHOS NO TOLERADOS posición seq rep TOLERADO PREVISTO

se prevé que esta mutación sea POSIBLEMENTE DAÑINA

0.00 0.20 0.40 0.60 0.80 1.00

0.00 0.20 0.40 0.60 0.80 1.00

659 1146 2528 1111

A veces, una condición de pérdida de función recesiva

Los efectos dominantes-negativos se producen en una persona

normal OI grave OI leve Figura 16.8 Efectos dominantes-negativos

Sustitución en la parte N- Sustitución en la parte C-

Muy ocasionalmente, un cambio de sentido erróneo hace que

En cambio, las formas mutantes reducen e l α - c e t o g l u t a r a t o a 2-

El producto de un gen puede adquirir una función a

A. TIPO factor de B. DELECIÓN

C. ADOPCIÓN DE POTENCIADORES D. INVERSION

Figura 16.10 La vía de señalización intracelular Ras-MAPK. La cascada de

Algunas mutaciones producen un ARN con nuevas propiedades tóxicas

número de repeticiones en tándem. Las repeticiones pueden traducirse o no,

Enfermedad de Huntington 2 606438 JPH3 (CUG)n 3′ UTR MBNL1

Ataxia espinocerebelosa 8 608768 ATXN8OS (CUG)n [No MBNL1

FTD/ALS 105550 C9ORF72 (GGGGCC)n Intrón 1 hnRNPA3, ASF/S2, ADARB2

Algunas mutaciones producen una proteína

Una sola molécula con la conformación anormal probablemente no sea patógena,

A. B. siembra infecciosa de la formación de fibras amiloides

heterodímero homodímero amiloide