Estructura

y Metabolismo de Nucleótidos

Dr. Fernando J Sepúlveda Briceño

Departamento de Bioquímica Universidad de Concepción, Chile

fersepul@udec.cl
fersepul@gmail.com
 NUCLEÓTIDOS
Hebra de nucleótidos
Unidad básica del DNA y RNA
Fosfato
3’

+ BN
5’

BN Enlace fosfodiéster
Base
Pentosa nitrogenada Nucleótido
- Púricas: A-G 5’- … - 3’OH
- Pirimídicas: C-T-U
G C T
A

Ribosa Desoxirribosa

5’- … - 3’OH

G C U
A
(ARN) (ADN)
NUCLEÓSIDO FOSFATO: NUCLEÓTIDO
 Estructura del DNA
Doble hélice por complementariedad de bases
Bases Púricas Bases Pirimídicas

Esqueleto
de azúcar

Interacciones
Hidrógeno
Denaturación y renaturación del ADN
Denaturación del ADN varia según contenido de AT o GC
Técnica de PCR: Rol en la detección de material genético
 Metabolismo del ADN es relevante para la expresión de genes y
posterior síntesis de proteínas
Replicación
Transcripción Traducción
ADN ARN PROTEÍNA
Transcripción reversa

Instructivo de ensamble Lectura de la instrucción Mueble

de un mueble para ensamble de mueble ensamblado

EPIGENÉTICA

DNA

DOGMA CENTRAL DE LA BIOLOGÍA MOLECULAR

DNA es una doble hebra – RNA es una hebra simple
 Ácido desoxirribonucléico – DNA
ESTRUCTURA DOBLE HÉLICE - 1953

Premio Nóbel de medicina en 1962

 DIFRACCIÓN DE RAYOS-X PARA DETERMINAR
ESTRUCTURA MOLECULAR

Patrón de difracción
de Rayos-X

Material de
moléculas ordenadas

Análisis matemático: BN
Haz de Rayos X Transformada de
incidente Fourier

Surco mayor

Surco menor
 DIFRACCIÓN DE RAYOS-X PARA DETERMINAR
Estructura Doble Hélice del ADN – 1953

Rayos X
 Ácido desoxirribonucléico – DNA
ESTRUCTURA DOBLE HÉLICE – 1953
Cristalografía de Rayos X
INFORMACIÓN GENÉTICA
 ESTRUCTURA DE CROMATINA

Benjamin Pierce, 2013. Genetics: A Conceptual Approach, 2nd ed.

CROMOSOMA

2005
 ESTRUCTURA DE CROMATINA
COLLAR DE PERLAS - NUCLEOSOMAS

Olins y Olins, 2003. Nature Reviews Molecular Cell Biology , Vol. 4, pp. 811
 ESTRUCTURA DE CROMATINA

NUCLEOSOMA

Akey CW, 2005. Current opinion in structural biology, Vol. 13, pp 6

 LA CROMATINA ES UNA ESTRUCTURA DINÁMICA

Mayor compactación: Menor compactación:

acceso limitado a ADN por mayor acceso a ADN por factores
factores regulatorios regulatorios

H2A H2A

H4 H4
H3 H3
H2B H2B

Octámero de Octámero de
Histonas Histonas
 Modificaciones epigetenicas modifican la interacción de ADN
con las histonas

Lester, Barry & Tronick, Ed & Nestler, Eric & Abel, Ted & Kosofsky, Barry & Kuzawa, Christopher & Marsit, Carmen & Maze, Ian & Meaney,
Michael & Monteggia, Lisa & Reul, Johannes & Skuse, David & Sweatt, J & Wood, Marcelo. (2011). Behavioral epigenetics. Annals of the New
York Academy of Sciences. 1226. 14-33. 10.1111/j.1749-6632.2011.06037.x.
 REMODELACIÓN DE CROMATINA

Modificación covalente de cromatina Enzimas de Histonas

− Acetiltransferasas y Deacetilasas (HATs y HDACs)

− Metilasas y Demetilasas
− Quinasas y Fosforilaasas
− Sumoilasas
− Ubiquitinasas y Deubiquitinasas

Remodelación dependiente de ATP

Complejos protéicos → ~(2-18) subunidades

Subunidad catalítica → ATPasa
Varias subfamilias de complejos
METABOLISMO DE NUCLEÓTIDOS

Las vías metabólicas de los nucleótidos se pueden

agrupar en cuatro etapas
1. Síntesis de novo de nucleótidos.
2. Conversión de ribonucleótidos en
desoxirribonucleótidos.
3. Vías de degradación de los nucleótidos.
4. Vías de recuperación de bases.
 METABOLISMO DE NUCLEÓTIDOS
Síntesis de novo
Bases Púricas
Glicina
CO2 7
Inosina 5’-fosfato o
inosina 5’-monofosfato
6 N
Aspartato
1 N 5 (IMP), precursor
8 N 10-Formil- común de los
4 tetrahidrofolato
N 10-Formil- 2 nucleótidos guanosina
tetrahidrofolato N N y adenosina
3 9
Glutamina

Bases Pirimídicas
El anillo es construido por 4
separado y posteriormente unido a
la ribosa 5-fosfato dando lugar al Glutamina
3 N 5
nucleótido orotidina 5’–fosfato Aspartato
(OMP), precursor de los CO2 2 6
nucleótidos timidina, uridina y
citidina
N
1
 O
Síntesis de novo
O P O CH 2
O O
Bases púricas CH2
NH2

+ ATP O O C
OH NH + N10 -formil-
O P O CH 2 tetrahidrofolato
HO OH O
O
Ribosa 5-fosfato
1 HO OH
PRPP
Sintasa 5'-Fosforribosilglicinamida
O
AMP 4
O P O CH 2
O O + Glutamina Formiltransferasa
O O THF
O P O P O
HO OH O O
NH
5'-Fosforribosil-pirofosfato (PRPP) CH2 CH

O O C O
2
PRPP O P O CH 2
NH + Glutamina + ATP
amidotransferasa Glutamato + PPi O
O
O NH
CH2 CH
O P O CH 2 NH 2 HO OH O
C
O O 5'-Fosforribosilformilglicinamida
O HN
+ Glicina + ATP NH
5
O P O CH 2 + ATP
HO OH OSintetasa O Glutamato + ADP + Pi
5'-Fosforribosilamina
3 HO OH

Sintetasa 5'-Fosforribosilformilglicinamidina
ADP + Pi 6
Sintetasa
ADP + Pi
 Síntesis de novo OOC N

CH2
NH
CH Bases púricas
O H2N N
C O
O HN NH + Aspartato + ATP
O P O CH 2
O P O CH 2 + ATP O
O O
O

HO OH
HO OH 5'-Fosforribosil-5-aminoimidazol-4-carboxílico
5'-Fosforribosilformilglicinamidina 8
6
Sintetasa
Sintetasa ADP + Pi
ADP + Pi

COO O
N HC NH C N
CH 2
COO
H2N N N
O H2N
+ CO2 O
O P O CH 2 O P O CH 2
O O
O O

HO OH HO OH
5'-Fosforribosil-5-aminoimidazol
5'-Fosforribosil-5-aminoimidazol
7 -4-N-succinocarboxamida
Carboxilasa
9
Adenilsuccinato
liasa Fumarato
 Síntesis de novo
O
Bases púricas HN
O
O N
N
N
HN
H2N
N N

IMP
H2N O N N
N
O
O + N10 -formil- IMP sintasa O P O CH 2
P O CH 2 tetrahidrofolato O P O CH 2O
O O O
O O
O
HO OH
HO OH
HO OH Inosina 5'-monofosfato
5'-Fosforribosil-5-aminoimidazol-4-carboxamida Inosina 5'-monofosfato
H2O+ NAD+ 12 Aspartato + GTP
10 H2O+ NAD+ 12 Aspartato + GTP
NADH + H +
+ GDP + Pi
Transformilasa NADH + H GDP + Pi
THF
OOC CH 2 CH COO
O O
N N NH
H2N HN N
N
O CH
N N O N N
H O N N
O + Glutamina O
O P O CH 2 O P O CH 2 + ATP P O CH 2
O O
O O
O O O

HO OH HO OH HO OH
5'-Fosforribosil-5-formamido Xantosina 5'-monofosfato Adenilosuccinato
imidazol-4-carboxamida
GMP Adenilosuccinato
11 Sintetasa liasa

H2O Glutamato Fumarato

AMP + PPi
Regulación de biosíntesis de nucleótidos adenina y guanina
 Síntesis de novo a partir de otros nucleotidos
Bases púricas
O NH 2
N N
HN N

H2N N N N N
O O
O P O CH 2 O P O CH 2
O O
O O

HO OH HO OH

Guanosina 5'-monofosfato Adenosina 5'-monofosfato

GMP + ATP 2 GDP • Nucleosido monofosfato quinasa

AMP + ATP 2 ADP • Adenilato quinasa

ATP + GDP ADP + GTP • Nucleosido difosfato quinasa

 Síntesis de novo
Bases pirimídicas
CO2 + Glutamina + 2 ATP O
1 C
HN CH2
Carbamoil fosfato + NAD+
sintetasa II Glutamato O C CH
2 ADP + Pi N
H COO
O O Dihidroorotato
H2N C O P O + Aspartato
4
O Dihidroorotato
Carbamoilfosfato deshidrogenasa NADH + H +
2
Aspartato
transcarbamoilasa Pi O
C
O HN CH + PRPP
O
C O C C
H2 N CH2 N
+ H2O H COO
O C CH
N COO Orotato
H
5
Carbamilaspartato Orotato fosforri-
3 bosiltransferasa PPi
Dihidroorotasa
 Síntesis de novo
O
Bases pirimídicas

O P O P O
C O

O
HN CH
C
O C C HN CH

O
O N
COO O C CH
O PO CH 2 O O O N

Uridina trifosfato

O
P O
O O
O P O P O P O CH 2
OMP O O O O

CH
HO

O
HO OH

2
O

HN
Orotidina 5'-monofosfato

C
OH
HO OH

C
O
6 Uridina trifosfato

CH
CH
OMP
descarboxilasa CO2 Citidilato
O Sintetasa NH 2
O C
C HN CH N CH
HN CH

O P O P O P O
O C CH O C CH
N N

O
O O O OC O O O

O
CH
O N
O P O P O P O CH 2 O P O P O P O CH 2

O
OO P OO CH 2O

O
O O O O O
O O Citidina trifosfa

O
HO OH HO OH
HOUridina
OH trifosfato Citidina trifosfato
CH 2
Uridina 5'-monofosfato
HO

O C
O

N
O
 SÍNTESIS DE TIMINA

O O
C C
HN CH HN C CH 3
O C CH N5-N10-Metilen THF O C CH
O N O N

O P O CH 2 O P O CH 2
O O O O
Dihidrofolato
HO H HO H
Desoxirribouridina 5'-monofosfato Timidina 5'-monofosfato
Regulación de biosíntesis de nucleótidos pirimidinas
Aspartato transcarbomoilasa (ATCasa) es fuertemente inhibida por
CTP
ATCasa
Carbamilfosfato Carbamilaspartato
 CONVERSIÓN DE RIBONUCLEÓTIDOS EN
DESOXIRRIBONUCLEÓTIDOS

Ribonucleótido
ADP, GDP, CDP o UDP reductasa dADP, dGDP, dCDP o dUDP
SH
Base Enzima Base
SH
O O O O
O P O P O CH 2 O P O P O CH 2
O S O
O O SH
Enzima O O
Tiorredoxina S
SH
S
HO OH Tiorredoxina HO H
S
Ribonucleósido 5'-difosfato NADPH Desoxirribonucleósido 5'-difosfato
NADP
La conversión de ribonucleotidos (NDP) a deoxiribonucleotidos
(dNDP) es un proceso redox
DEGRADACIÓN DE NUCLEÓTIDOS

DNA o RNA

Endo y exonucleasas

Nucleótidos

Fosfatasas
Nucleotidasas

Nucleósidos

Nucleósido fosforilasas
Nucleosidasas

Bases libres y ribosa o ribosa-fosfato

VÍAS DE RECUPERACIÓN DE
NUCLEÓTIDOS
Adenina fosforribosiltransferasa
Adenina + PRPP AMP + PPi

Hipoxantina-guanina fosforribosiltransferasa Síndrome de

Lesch-Nyhan
Hipoxantina + PRPP IMP + PPi

Hipoxantina-guanina fosforribosiltransferasa
Guanina + PRPP GMP + PPi

Pirimidina fosforribosiltransferasa
Uracilo + PRPP UMP + PPi

Pirimidina fosforribosiltransferasa
Timina + PRPP TMP + PPi

Timidina cinasa
Timidina + ATP TMP + ADP
 DEGRADACIÓN DE NUCLEÓTIDOS
PURINAS: ácido úrico como producto tóxico
Adenosina AMP GMP

NH3 Pi
IMP
Inosina Guanosina

Ribosa 1-fosfato

O O
N N
HN HN

N NH H2N N NH

Hipoxantina Guanina
Guanina
H2O + O2 Xantina oxidasa desaminasa
O
H2O2 N NH3
HN

Alopurinol O NH NH

Xantina
H2O + O2
Xantina oxidasa
H2O2

O
NH
HN
O

O NH NH

Ácido úrico
 HN C CH 3

DEGRADACIÓN DE NUCLEÓTIDOS NH 3 O C
N
H
CH

(Desoxi)Uridina
PIRIMIDINAS: productos hidrosolubles no tóxicos
Timina
NADPH
(Desoxi)Ribosa-1-fosfato
NADP +
Uracilo O
O
NADPH C
(Desoxi)Citidina C HN CH CH 3
HN C CH 3 NADP +
NH 3 O C CH2
O C CH O N
N H
H C
(Desoxi)Uridina HN CH2 Dihidrotimina
Timina
O C CH2
NADPH N
(Desoxi)Ribosa-1-fosfato H
NADP +
Dihidrouracilo
Uracilo O
O
O
NADPH C
C H2 N CH CH 3
HN CH CH 3
NADP + O
O O C CH2
O C CH2 C N
O N H
H H2 N CH2
C -Ureidoisobutirato
HN CH2 Dihidrotimina O C CH2
N
H H2O
O C CH2
N -Ureidopropionato
H NH 3 + CO 2
Dihidrouracilo H2O Urea
O NH 3 + CO 2
O OOC CH CH 2 NH 2
C
H2 N CH CH 3 CH 3
O OOC CH 2 CH 2 NH 2
O O C CH2
C N -Alanina -Aminoisobutirato
H2 N CH2 H
O C CH2 -Ureidoisobutirato
N
H H2O
-Ureidopropionato NH 3 + CO 2 Acetil-CoA Succinil-CoA
H2O Urea
 Fármacos que modifican el metabolismo de nucleotidos
NOMBRE DEL
CARACTERÍSTICAS, EFECTO O SITIO DE ACCIÓN
COMPUESTO
Aciclovir Análogo de purinas. El Aciclovir se fosforila para dar el aciclovirtrifosfato, que bloquea en forma
(acicloguanosina) competitiva a polimerasa viral, lo que impide la síntesis del DNA vírico.
Arabinósido de Se convierte en citosina arabinósido 5'-trifosfato (ara-CTP) que compite con el dCTP en la síntesis del
citosina DNA. Se emplea como antineoplásico en el tratamiento de la leucemia.
Es un inhibidor de la actividad enzimática en donde interviene la glutamina como donador de grupos
Azaserina
amino, se emplea como un antineoplásico y como agente inmunosupresor.
3'-Azido-3'-
Análogo de pirimidinas. El AZT se fosforila para dar el AZTtrifosfato que bloquea la replicación del virus
desoxitimidina
(AZT) de inmunodeficiencia humana (VIH) al inhibir polimerasa del virus.
Análogo del uracilo, se convierte en las sustancias activas fluorodesoxiuridina 5'-monofosfato que es un
5-Fluorouracilo potente inhibidor de la timidilato sintasa y fluorouridina 5'-trifosfato, el cual interfiere con la síntesis del
RNA.
Análogo de purinas, forma 6-mercaptopurina ribonucleótido 5'-monofosfato, que inhibe la acción de
6-Mercaptopurina amidotransferasa y la conversión de IMP a AMP y GMP. Se utiliza como un antineoplásico y como agente
inmunosupresor.
Análogo del folato que inhibe competitivamente a la dihidrofolato reductasa, interfiere con la formación del
Metotrexato THF activo, por lo que también interfiere en la síntesis de DNA, RNA, timidilato y proteínas. Se emplea
como un antineoplásico.
Se utiliza como antibacteriano sistémico y antiprotozoario. Análogo estructural del ácido aminobenzoico
que inhibe de manera competitiva a la enzima bacteriana dihidropteroato sintetasa, que es la responsable de
Sulfametoxazol la incorporación del ácido aminobenzoico al dihidrofolato. En consecuencia, bloquea la síntesis del
dihidrofolato e interfiere en la formación del THF activo, que es necesario en la síntesis de purinas,
timidilato y DNA.
Análogo del folato, se une a la dihidrofolato reductasa e interfiere en la formación del THF activo. Se
Trimetoprim
emplea como antibacteriano sistémico y antiprotozoario.
Antineoplásico utilizado en el tratamiento de la leucemia. Se transformada en ácido tioguanílico por la
6-Tioguanina enzima hipoxantina-guanina fosforribosiltransferasa e interfiere con la síntesis de los nucleótidos de la
guanina en varias etapas.