El enlace peptídico en profundidad

Dr. Valmore Bermúdez Pirela

Estructura y propiedades del enlace peptídico

U n péptido es un polímetro de aminoácidos. Un polímetro (de poli, muchos y meros,

unidad) es una cadena de unidades básicas unidas entre sí por enlaces químicos
covalentes.
Hay muchos tipos de polímeros y un buen ejemplo de un polímero simple es el polietileno. En
el polietileno, la unidad básica es el etileno CH2=CH2. Así, por ejemplo, un dietileno estaría
formado por 4 átomos de carbono H3C-CH2-CH2-CH3 y sería equivalente al gas butano.
Estos polímeros pueden tener cadenas realmente largas, como es el caso del polietileno que
usamos para las bolsas de plástico.
A diferencia del etileno, los L-α- aminoácidos poseen en común dos grupos funcionales
distintos y por ello es posible designar a uno de ellos (el grupo α-amino) como la cabeza y al
otro (el carboxilato) como la cola:
Hay varias maneras de unir a dos aminoácidos entre sí, pero si
queremos tener siempre un nuevo sitio de unión para añadir un
tercer aminoácido debemos unirlos cabeza con cola, dejando así la
cabeza del primero y la cola del segundo libres para reaccionar con
nuevas unidades de aminoácido:
Una cadena de hidrocarburo lineal como el polietileno es
perfectamente simétrica y no se puede distinguir el principio del
final. un polímero de
aminoácidos tiene un inicio y
un fin. Por ello, en un
polímero simétrico, no es
posible codificar información,
porque no sabríamos en que
lado empezar a leer.
Sin embargo, en los péptidos
el dipéptido ala-ser es diferente del ser-ala, ya que el
primero resulta de unir el grupo -COOH de la alanina (ala,
A) con el -NH2 de la serina (ser, S), mientras que el
segundo resulta de unir el grupo -COOH de la serina con
el -NH2 de la alanina.
Al reaccionar un ácido carboxílco con una amina, el
enlace resultante se denomina una amida y es semejante
al grupo amídico polar que encontramos en la cadena lateral de los aminoácidos asparagina
(asn, N) y glutamina (gln, Q). El enlace amida formado entre dos -aminoácidos recibe el
nombre de enlace peptídico. Los aminoácidos unidos por enlaces peptídicos ya no pueden
llamarse aminoácidos.
La cadena formada por varios aminoácidos unidos recibe el nombre de polipéptido y para
referirnos al conjunto de átomos formado por un nitrógeno imídico, Cα, un carbonilo y su
grupo R decimos que se trata de un residuo de aminoácido.
Identifique los átomos que conforman el tercer resto de aminoácido en el siguiente
pentapéptido:

Las amidas poseen varias propiedades singulares, que derivan del hecho de que el orbital
que alberga al par de electrones no compartidos del átomo de nitrógeno se sobrepone con el
orbital de tipo π del doble enlace >C=O.
Así, una amida:
• Tiene serias dificultades para aceptar un protón, ya que el par de electrones no
compartidos no está disponible, es decir, no actúa como base en un medio acuoso
(por ello la asparagina y la glutamina no son aminoácidos básicos).
• Al poseer el N un par de electrones no compartidos se generan formas resonantes,
por lo tanto, el enlace posee cierto carácter de doble enlace, es decir, alta densidad
electrónica y un orbital tipo-π.
• Esto tiene consecuencias en la geometría de los átomos alrededor del enlace.

Propiedades químicas.
Los péptidos al formarse pierden un grupo amino y un carboxilato por cada enlace que se
forma, por lo tanto, sólo el primer grupo amino y el último grupo carboxilato, que no han
reaccionado pueden ionizarse. Sin embargo, muchos grupos R poseen funciones químicas
ionizables que pueden participar en las propiedades ácido base de un péptido.
Por tanto, todos los péptidos poseen tantos pKa's como aminoácidos con grupos R ionizables
tengan y además, un amino y un carboxilo.
La diferencia de electronegatividad entre el átomo de nitrógeno y el hidrógeno unido a este
en el enlace peptídico hacen de esta parte del enlace un grupo con capacidad para donar un
puente de hidrógeno. Además, el oxígeno del carbonílo puede aceptar hidrógenos en la
formación de puentes de hidrógeno.
Así, un enlace peptídico puede aceptar un puente de hidrógeno y donar otro
simultáneamente. Las restricciones geométricas hacen que esto no pueda ocurrir
internamente. Es decir, para que se pueda dar la formación de puentes de hidrógeno se
requiere que otros átomos (de la misma o de otra molécula) se acerquen al enlace peptídico.
Gracias a que conservan cierta polaridad los péptidos poseen solubilidad en agua, a pesar
de que la formación de la amida elimina los grupos cargados (-COO- y N+H3) y reduce por
tanto la polaridad. Sin embargo, dicha solubilidad es marginal, ya que su estructura
electrónica de dobles enlaces resonantes, aunada a la presencia de los carbonos en las
esquinas del plano son regiones bastante apolares.
Consecuentemente, los enlaces peptídicos en solución pueden presentar un caracter polar o
apolar y el balance dependerá en gran medida de la naturaleza de los sustituyentes laterales
de los aminoácidos que lo forman. Así, el dipéptido leu-val será insoluble en agua, mientras
que el dipéptido glu-lys será bastante soluble. El dipéptido gly-gly posee una solubilidad
limitada, pero si se disuelve en agua.
Desde el punto de vista químico, el enlace peptídico es bastante estable y no se hidroliza con
facilidad. Para promover la reacción de hidrólisis se requiere un medio ácido ( HCL 6N por
ejemplo) y alta temperatura (90oC) por tiempos prolongados (24-72 h). Estas condiciones son
tan drásticas que destruyen algunos aminoácidos cuyos grupos R son sensibles, por
ejemplo, los aminoácidos asn y gln poseen un grupo R que es también una amida! y el anillo
indólico del triptofano también resulta particularmente delicado en estas condiciones.
El método de hidrólisis arriba mencionado ha sido empleado para determinar la composición
de aminoácidos que presenta un péptido. Esto quiere decir, determinar cuantos residuos de
cada tipo de aminoácido se requieren para formar la secuencia de residuos que presenta un
determinado péptido. Cabe aclarar que esto no significa que con esta información podamos
determinar la secuencia de aminoácidos de dicho péptido. En estos casos, el contenido de
asn y gln es desconocido y sólo podemos determinar cuanyo glu+gln (glx) y cuanto asp+asn
(asx) se encuentra.
La solución de aminoácidos resultante de la hidrólisis de un péptido puede analizarse
mediante cromatografía de intercambio iónico o cromatografía en fase reversa.
Una propiedad muy importante de los enlaces peptídicos, es que el nitrógeno amídico puede
ser desplazado del enlace peptídico por su reacción con el grupo tiocarbamida en medio
ácido. Como una tiocarbamida-N substituida se puede generar a partir de la reacción entre
una amina y un isotiocianato (reacción que ocurre en medio básico), es posible hacer
reaccionar el extremo amino de un péptido con fenilisotiocianato en medio básico, para
formar el péptido feniltiocarbamilado correspondiente. Luego de lavar el exceso de
fenilisotiocianato, se aplica un medio ácido y el tiocarbamoilo correspondiente formará un
ciclo de 5 miembros llamado feniltiohidantoina con el carbonilo del enlace peptídico
adyacente. El resultado es un péptido más corto, con un nuevo extremo amino y la
feniltiohidantoina del primer aminoácido. Esta reacción se conoce como degradación de
Edman. Puesto que el análisis de la
feniltiohidantoina revelará la naturaleza del
aminoácido que se encontraba en el extremo
amino del péptido original y el nuevo péptido
puede someterse al mismo procedimiento para
determinar el aminoácido de la siguiente
posición, la degradación de Edman es la base
de las técnicas que permiten determinar la
secuencia de péptidos
En la práctica la degradación de Edman puede
llevarse hasta unos 20 ciclos con cierta
facilidad, pero la determinación de secuencias
más largas se hace cada vez más difícil. Por
ello, para determinar la secuencia completa de
los aminoácidos de una proteína por medio de la degradación de Edman, es necesario
fragmentar primero la proteína en secciones más pequeñas y luego separar los fragmentos.

El enlace peptídico (geometría)

Geometría planar del enlace peptídico.
Debido a la presencia de formas resonantes del enlace peptídico:
• La distancia >C-N< (0.132 nm) es
más corta que la de los que se
presentan en las aminas, (0.15 nm)
y más larga que la de un doble
enlace típico >C=N- (0.12 nm)
como el que presentan las bases
de shift.
• La geometría del enlace >C-N< es
planar.
• Como el enlace el plano y no rota,
los enlaces peptídicos pueden
presentar isomería cis-trans.
En esta imagen puede apreciar la
planaridad del enlace peptídico y la
geometría de los cuatro átomos que están
unidos a él (dos carbonos α, el oxígeno
del carbonilo y el hidrógeno del amino)

Enlaces flexibles y enlaces rígidos en

un dipéptido.
El esqueleto base de un dipéptido está
definido por la secuencia de átomos
(H3+N)-Cα-CO-NH-Cα2-(COOH). Como ya
se ha mencionado los cuatro átomos
CαCNCα2 (átomos 2,3,4 y 5 en la figura
que sigue al párrafo) están en un mismo
plano y el enlace peptídico no puede girar.
Por tanto, el enlace peptídico presenta
ángulos de enlace cercanos a 120o (por
ejemplo el ángulo formado por los átomos
1,2 y 3 o 4,5 y 6 en la figura) y el ángulo
dihedro formado por los cuatro átomos
Cα1CNCα2 (átomos 2,3,4 y 5) es de 180o
o
(configuración trans, ocasionalmente puede ser 0 , es decir cis cuando los átomos 2 y
5 están del mismo lado del enlace 3-4). El único aminoácido que se presenta en enlaces
peptídicos tanto cis como trans es la prolina.
Sin embargo, los Cα son tetrahédricos y por lo tanto los enlaces entre el Cα1CO (enlace 2-3),
entre el Cα1R (2-metileno), entre Cα1N+H3 (1-2) , entre NHCα2(4-5), entre Cα2R (5-metileno) y
entre Cα2COOH (5-6) pueden rotar libremente. El ángulo dihedro formado por los átomos
1,2,3 y 4 de la figura se denomina ψ (psi) y el formado por los átomos 3,4,5 y 6 se denomina
φ (phi). La posición de estos átomos determina la dirección que la cadena principal (átomos
 numerados) adopta
fuera del plano de la
figura anterior. Es
decir la estructura
tridimensional del
dipéptido. Por
convención, estos
ángulos se
consideran 0o
cuando los átomos
vecinos equivalentes
se encuentran en el
mismo plano y en un
mismo lado del
enlace. A partir de
dicha posición y
colocando el
carbono frente a
uno, un giro en el
sentido de las manecillas del reloj se considera positivo y en el sentido opuesto dará lugar a
ángulos negativos. Así, los ángulos varían entre -180 y 180o.

"Espacio conformacional" de un dipétido.

El cuidadoso balance entre enlaces planos rígidos y enlaces tetrahédricos que pueden rotar,
mismos que se alternan en el esqueleto de un péptido, convierten al péptido en una
estructura con una flexibilidad limitada. Esta flexibilidad limitada está además restringida por
los impedimentos estéricos que se generan cuando los ángulos dihedros φ y ψ adoptan
posiciones en las que los átomos cercanos chocan unos con otros. Esto significa que de
todas las posibles combinaciones de pares de ángulos (φ, ψ que existen (3602 = 129600 si se
asume que la diferencia mínima entre dos posiciones distintas es de 1o) menos del 20% de
ellas son físicamente posibles. Aún
en el caso del dipéptido G-G, que
no posee cadenas laterales, menos
del 50% de las conformaciones son
estables.
Si tomamos dos ejes coordenados
que representen las posiciones de
los ángulos dihedros φ y ψ, para
representar con un punto cada par
de ángulos que resultan en una
conformación no impedida, el mapa
resultante se denomina mapa de
Ramachandra.

Mapa de Ramachandra de un
dipéptido con grupos R de
tamaño promedio.
Las limitadas conformaciones que puede adoptar un péptido en el espacio juegan un papel
muy importante en la estabilidad de la estructura tridimensional de las proteínas, ya que una
vez que los distintos aminoácidos adoptan una cierta conformación, existen serias barreras
energéticas para que la conformación se modifique. Así, como veremos en los siguientes
apartados, las fuerzas débiles que se establecen entre los distintos grupos químicos de un
péptido son suficientes para mantener la conformación de una proteína en un rango de
condiciones de salinidad, pH y temperatura que resulta muy amplio cuando se le compara
con la estabilidad de otros polímeros naturales y sintéticos.