INTRODUCCION CURSO

BIOINFORMÁTICA 2022
BTEE1124

Dr. Ricardo Nilo Poyanco

Escuela de Biotecnología
Facultad de Ciencias, Universidad Mayor

1
 Objetivo General

Utilizar de manera crítica herramientas

bioinformáticas para resolver problemas
biológicos.

2
 Objetivos Específicos
• Comprender fundamentos teóricos de
herramientas bioinformáticas.

• Utilizar herramientas bioinformáticas en la

resolución de problemas asociados a experimentos
del área de la biología.

• Analizar de manera crítica resultados provenientes

de análisis bioinformáticos.

3
Aunque en este curso trabajaremos con el lenguaje de
programación R, este NO es un curso de programación
Pese a ello, durante el curso se entregarán enlaces, información y
guías de ejercicios, para que puedan trabajar en adecuadamente en
R, a lo menos a nivel de usuario intermedio.
Además, utilizaremos la plataforma RStudio Cloud para el desarrollo
de ejemplos y prácticos.

Literatura sugerida:

4
 Tipos de actividades asociadas al curso
CÁTEDRA – clases “formales”, en las que se
entrega información teórica de los acercamientos
que se van a utilizar en las otras dos secciones
del curso.
TEÓRICO/PRÁCTICO – clases en las cuáles se
ilustran como funcionan diversos programas o
acercamientos bioinformáticos que se van a
utilizar en los prácticos. Incluye evaluaciones.
PRÁCTICO – Práctica formal y evaluada de lo
aprendido en las otras actividades del curso.
5
Organización del Curso

6
 Organización del Curso
Profesor encargado de la cátedra:
Dr. Ricardo Nilo Poyanco (ricardo.nilo@umayor.cl)

• Ing. en Biotecnología Molecular, UChile;

• Dr. en Biotecnología, UNAB;
• Postdoctorado, Carnegie Institution for Science, CA, US.
• Académico de la Escuela de Biotecnología, Universidad Mayor

7
 CAMPUS VIRTUAL

• Todos los materiales del curso y comunicaciones

oficiales estarán disponibles por este medio;

• Entregas de tareas serán efectuadas a través del

correo ricardo.nilo@umayor.cl;

• Todo email enviado al profesor debe de contener la

siguiente palabra clave –> bioinfo2022

Por ejemplo: Entrega tareas G04 bioinfo2022

• Se utilizarán el foro y la sala de clases virtual.

8
 Asistencia
“Estimadas y estimados estudiantes,

se les recuerda que toda inasistencia a una actividad obligatoria, ya sea una clase sincrónica online, taller, evaluaciones
parciales, laboratorios, etc.) deberán ser justificadas por ustedes en un plazo no mayor a 48 horas hábiles directamente
a través de nuestra Dirección Docente. Para esto, deben escribir un correo a jaime.decalisto@umayor.cl, con copia a
pamela.leiva@umayor.cl, indicando:

• Nombre completo estudiante.

• RUT.
• Motivo de la inasistencia y comprobantes de atención médica (bono, certificado de diagnóstico médico con
fecha, etc.) o cualquier otro medio que permita demostrar la razón argumentada.
• Fechas a justificar.
• Asignaturas a justificar (incluyendo sus códigos).
• Correos de los docentes (esta información está disponible en nuestro horario oficial).

En caso de que la inasistencia se produzca por un corte o interrupción en el suministro energético, internet u otra razón,
sólo deben explicar dicha situación. Nosotros nos encargaremos de notificar a los/las docentes respectivos y solicitar
una re-programación de las actividades perdidas por el/la estudiante en caso de ser posible y necesario.”

9
 Evaluación

• 2 controles escritos, 21 de octubre y 25 de noviembre → 30% cada

uno (Ev1 y 2).

• Tareas (en el computador) → 20% (Ev3)

• Problema práctico → 20% (Ev4a)

– Cualquier entrega atrasada (2 días de retraso) será calificada con

nota 1.0, SIN APELACIÓN.

– Irán a examen quienes tengan promedio inferior a 5,0 y/o una nota
bajo 4,0 en ítem pruebas o trabajos prácticos.

10
 Dinámica de las evaluaciones
➢ La prueba cuenta con dos partes: teórica y práctica.

➢ La parte teórica incluye la materia vista en clases, y se evalúa

mediante pruebas de múltiple desarrollo.

➢ La parte práctica se ejecutará de 10 a 13 horas del horario dedicado

a los prácticos, los días jueves que anteceden las evaluaciones (es
decir, los jueves 20 de octubre y 24 de noviembre).

11
Calendario

12
 Dinámica de las “tareas”
➢ Las tareas serán entregadas al final de cada práctico.
➢ Se deben de enviar al profesor a través del correo electrónico
(ricardo.nilo@umayor.cl) y deben de contener la siguiente información:
1. Portada (5%): nombre tarea, nombre alumno, fecha, logo Escuela.

2. Resultados (65%): Exponer el marco teórico, explicitar objetivos de la

tarea.

3. Metodología (30%): Indicar el sistema(s) operativo(s) en el cual se

ejecutó el trabajo y los paquetes utilizados. Agregar esquema
indicando los pasos realizados.

13
Tipos de Esquemas

14
Tesis S. Rosso, 2021
 15
Tesis I. Pesoa, 2020
Tesis MJ. Araya, 2021

16
Dinámica del trabajo grupal del “Problema Práctico”

➢ Grupos de 3 estudiantes subirán al Campus Virtual un video, de máximo

10 minutos, indicando como utilizar una nueva herramienta
bioinformática que este relacionada con un contenido o con una
herramienta vista en clases.

➢ El video debe de ir acompañado de una guía, escrita y en formato word,

con el paso a paso para el uso de la herramienta desplegada, y debe
permitir que los compañeros puedan replicar sin problemas el ejemplo
del video.

➢ Enviar los nombres de los integrantes de cada grupo hasta mañana

11.59 pm.

➢ Nota video – 65% de la nota; Nota escrito – 35% de la nota.

17
 Extra - Como nombrar archivos, carpetas
Muchos programas utilizan caracteres como parte de su código
(permiten, por ejemplo, saber cuando un texto debe ser separado en
dos líneas diferentes).
Por ende, cuando se nombra un archivo, carpetas o documentos, hay
que evitar incluir esos caracteres. Algunos de los caracteres que
ustedes NO debiesen de ocupar son:

/,\,%,-,!,:,.

Así, si desea nombrar un archivo, sugiero fuertemente el siguiente

formato: versión Fecha (año con cuatro digitos, mes y día)

Miarchivo_vX_yyyymmdd (evite espacios!)

nombre Separación usando “_”

Ejemplo: translated_genes_v2_20220817
18
 Comentando comandos en R
Todo protocolo, o script que usted genere, debe de venir acompañado
de comentarios. Son tan importantes que se van a evaluar en forma
rigurosa durante el curso.

Los comentarios les ayudaran a explicar a otros que buscaba realizar

usted con su código, pero también para que usted se de cuenta de
porque está realizando ese paso en su protocolo.

Ejemplos: comentarios

# este paso me va a permitir indicar al programa adonde ir a buscar los

archivos que yo le indico, y también adonde guardar aquellos que voy
generando
setwd("C:/Users/ranp1/Documents/Proteom_paper_2019")
comando
19
 Extra 4 – Cuenta RStudio Cloud
Todos los estudiantes van a recibir una invitación para contar con
acceso a RStudio Cloud.

Las cuentas son individuales…

 Algunos recursos online
➢ Libros
LIBRO GUIA: Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd Edition
http://www.bioinfbook.org/php/?q=C15E3

➢ Paginas web
• R for data science - https://r4ds.had.co.nz/
• https://rstudio.com/resources/books/
• https://r-dir.com/learn/e-books.html
• https://guides.library.cmu.edu/bioinfo/r-and-python
• https://www.py4e.com/book.php
• https://www.melbournebioinformatics.org.au/tutorials/tutorials/uni
x/unix/
• https://bioinformaticsworkbook.org/Appendix/Unix/unix-basics-
1.html
• https://bookdown.org/rdpeng/exdata/
• https://rafalab.github.io/dsbook/?s=08 21