Biología química

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La biología química es una disciplina científica que abarca los campos de
la química y la biología. La disciplina implica la aplicación de técnicas químicas,
análisis y, a menudo, pequeñas moléculas producidas a través de la química
sintética, así como al estudio y manipulación de sistemas biológicos. A diferencia
de la bioquímica, que implica el estudio de la química de las biomoléculas y la
regulación de las vías bioquímicas dentro de las células y entre ellas, la biología
química se ocupa de la química aplicada a la biología (síntesis de biomoléculas,
simulación de sistemas biológicos, etc.).

Índice

 1Introducción
 2Sistemas de interés
o 2.1Técnicas de enriquecimiento para la proteómica
o 2.2Sondas enzimáticas
o 2.3Glicobiología
o 2.4Química combinatoria
o 2.5Empleando la biología
o 2.6Síntesis de péptidos
o 2.7Evolución dirigida
o 2.8Reacciones bio-ortogonales
o 2.9Descubrimiento de biomoléculas a través de la metagenómica
o 2.10Kinasas
o 2.11Fluorescencia biológica
 3Véase también
 4Referencias
 5Lecturas adicionales
o 5.1Revistas

Introducción[editar]
Algunas formas de biología química intentan responder a las preguntas biológicas
sondeando directamente los sistemas vivos a nivel químico. A diferencia de la
investigación que utiliza la bioquímica, la genética o la biología molecular, en la
que la mutagénesis puede proporcionar una nueva versión del organismo, la
célula o la biomolécula de interés, la biología química sondea sistemas in vitro e in
vivo con pequeñas moléculas que han sido diseñadas para un propósito específico
o identificadas sobre la base de un cribado bioquímico o celular (véase la genética
química).
La biología química es una de las diversas ciencias interdisciplinarias que tienden
a diferir de los campos más antiguos y reduccionistas y cuyos objetivos son lograr
una descripción del holismo científico. La biología química tiene raíces científicas,
históricas y filosóficas en la química médica, la química supramolecular, la química
bioorgánica, la farmacología, la genética, la bioquímica y la ingeniería metabólica.

Sistemas de interés[editar]
Técnicas de enriquecimiento para la proteómica[editar]
Los biólogos químicos trabajan para mejorar la proteómica mediante el desarrollo
de estrategias de enriquecimiento, etiquetas de afinidad química y nuevas sondas.
Las muestras para la proteómica suelen contener muchas secuencias de péptidos
y la secuencia de interés puede estar muy representada o ser de baja abundancia,
lo que crea una barrera para su detección. Los métodos de biología química
pueden reducir la complejidad de las muestras mediante el enriquecimiento
selectivo utilizando lacromatografía de afinidad. Esto implica la detección de un
péptido con una característica distintiva, como una etiqueta de biotina o
una modificación post-traducción.1 Se han desarrollado métodos que incluyen el
uso de anticuerpos, lectinas para capturar glicoproteínas e iones metálicos
inmovilizados para capturar péptidos fosforilados y sustratos de enzimas para
capturar enzimas seleccionadas.
Sondas enzimáticas[editar]
Para investigar la actividad enzimática en contraposición a la proteína total, se han
desarrollado reactivos basados en la actividad para etiquetar la forma
enzimáticamente activa de las proteínas (véase Proteómica basada en la
actividad). Por ejemplo, los inhibidores de la hidrolasa de la serina y la proteasa de
la cisteína se han convertido en inhibidores del suicidio. 2 Esta estrategia aumenta
la capacidad de analizar selectivamente los componentes de baja abundancia
mediante la selección directa.3 La actividad de las enzimas también puede ser
monitoreada a través del sustrato convertido.4 La identificación de los sustratos de
las enzimas es un problema de gran dificultad en la proteómica y es vital para la
comprensión de las vías de transducción de señales en las células. Un método
que se ha desarrollado utiliza cinasas «sensibles a los análogos» para etiquetar
los sustratos utilizando un análogo del ATP no natural, facilitando la visualización y
la identificación a través de un mango único.5
Glicobiología[editar]
Si bien el ADN, el ARN y las proteínas están codificados a nivel genético, los
glicanos (polímeros de azúcar) no están codificados directamente desde el
genoma y hay menos herramientas disponibles para su estudio. Por consiguiente,
la glicobiología es una esfera de investigación activa para los biólogos químicos.
Por ejemplo, se puede suministrar a las células variantes sintéticas de azúcares
naturales para investigar su función. El grupo de investigación de Carolyn
Bertozzi ha desarrollado métodos para que las moléculas de la superficie de las
células reaccionen de forma específica en cada lugar a través de azúcares
sintéticos.6
Química combinatoria[editar]
Los biólogos químicos utilizaron la síntesis automatizada de diversas bibliotecas
de moléculas pequeñas para realizar análisis de alto rendimiento de los procesos
biológicos. Tales experimentos pueden conducir al descubrimiento de pequeñas
moléculas con propiedades antibióticas o quimioterapéuticas. Estos enfoques
de química combinatoria son idénticos a los empleados en la disciplina de la
farmacología.
Empleando la biología[editar]
Muchos programas de investigación también se centran en el empleo de
biomoléculas naturales para realizar tareas biológicas o para apoyar un nuevo
método químico. En este sentido, los investigadores de la biología química han
demostrado que el ADN puede servir como plantilla para la química sintética, las
proteínas autoensambladas pueden servir como andamiaje estructural para
nuevos materiales, y el ARN puede evolucionar in vitro para producir una nueva
función catalítica. Además, las pequeñas moléculas sintéticas heterobifuncionales
(de dos caras), como los dimerizadores o los PROTAC, unen dos proteínas en el
interior de las células, lo que puede inducir sintéticamente nuevas e importantes
funciones biológicas, como la degradación de proteínas específicas. 7
Síntesis de péptidos[editar]
La síntesis química de las proteínas es una herramienta valiosa en la biología
química, ya que permite la introducción de aminoácidos no naturales, así como la
incorporación específica de residuos de «modificaciones postraduccionales» como
la fosforilación, la glicosilación, la acetilación e incluso la ubicuidad. Estas
capacidades son valiosas para los biólogos químicos, ya que los aminoácidos no
naturales pueden utilizarse para investigar y alterar la funcionalidad de las
proteínas, mientras que las modificaciones postraduccionales son ampliamente
conocidas por regular la estructura y la actividad de las proteínas. Aunque se han
desarrollado técnicas estrictamente biológicas para lograr estos fines, la síntesis
química de los péptidos suele tener una barrera técnica y práctica menor para
obtener pequeñas cantidades de la proteína deseada.
Para crear cadenas de polipéptidos del tamaño de una proteína a través de los
pequeños fragmentos de péptidos obtenidos por síntesis, los biólogos químicos
utilizan el proceso de ligadura química nativa. 8 La ligadura química nativa implica
el acoplamiento de un tioéster C-terminal y un residuo de cisteína N-terminal, lo
que finalmente resulta en la formación de un enlace de amida «nativo». Otras
estrategias que se han utilizado para la ligadura de fragmentos de péptidos
mediante la química de transferencia de acilos introducida por primera vez con la
ligadura química nativa son la ligadura de proteínas expresadas, 9 las técnicas de
sulfurización/desulfurización10 y el uso de auxiliares de tiol extraíbles.11 La ligadura
de proteínas expresadas permite la instalación biotecnológica de un tioéster C-
terminal utilizando inteínas, lo que permite el apéndice de un péptido N-terminal
sintético a la porción C-terminal producida recombinantemente. Tanto las técnicas
de sulfurización/desulfurización como el uso de auxiliares de tiol extraíbles
implican la instalación de una fracción de tiol sintético para llevar a cabo la química
de ligadura química nativa estándar, seguida de la eliminación del auxiliar/tiol.
Evolución dirigida[editar]
Un objetivo primordial de la ingeniería de proteínas es el diseño de
nuevos péptidos o proteínas con una estructura y actividad química deseadas.
Debido a que nuestro conocimiento de la relación entre la secuencia primaria, la
estructura y la función de las proteínas es limitado, el diseño racional de nuevas
proteínas con actividades de ingeniería es extremadamente desafiante. En
la evolución dirigida, los ciclos repetidos de diversificación genética seguidos de
un proceso de selección o cribado, pueden utilizarse para imitar la selección
natural en el laboratorio para diseñar nuevas proteínas con una actividad
deseada.12
Existen varios métodos para crear grandes bibliotecas de variantes de secuencias.
Entre los más utilizados se encuentran el sometimiento del ADN a la radiación
UV o a mutagénicos químicos, la PCR propensa a errores, los codones
degenerados o la recombinación.1314 Una vez que se crea una gran biblioteca de
variantes, se utilizan técnicas de selección o cribado para encontrar mutantes con
un atributo deseado. Entre las técnicas de selección o cribado más comunes se
incluyen el FACS,15 la visualización del ARNm,16 la visualización de fagos y la
compartimentación in vitro.17 Una vez que se encuentran variantes útiles, su
secuencia de ADN se amplifica y se somete a nuevas rondas de diversificación y
selección.
El desarrollo de los métodos de evolución dirigida fue honrado en 2018 con la
concesión del Premio Nobel de Química a Frances Arnold por la evolución de las
enzimas, y a George Smith y Gregory Winter por la visualización de fagos.18
Reacciones bio-ortogonales[editar]
El éxito en el etiquetado de una molécula de interés requiere una funcionalización
específica de esa molécula para que reaccione químicamente con una sonda
óptica. Para que un experimento de etiquetado se considere robusto, esa
funcionalización debe perturbar mínimamente el sistema. 19 Lamentablemente,
estos requisitos suelen ser difíciles de cumplir. Muchas de las reacciones de las
que normalmente disponen los químicos orgánicos en el laboratorio no están
disponibles en los sistemas vivos. Las reacciones sensibles al agua y al redox no
se producirían, los reactivos propensos al ataque nucleófilo no ofrecerían ninguna
quimioespecificidad y cualquier reacción con grandes barreras cinéticas no
encontraría suficiente energía en el entorno de calor relativamente bajo de una
célula viva. Así pues, los químicos han desarrollado recientemente un panel de
química bioortogonal que procede químicamente, a pesar del entorno de
materiales reactivos de distracción in vivo.
El acoplamiento de una sonda a una molécula de interés debe producirse en un
plazo razonablemente corto; por lo tanto, la cinética de la reacción de
acoplamiento debe ser muy favorable. La química del clic es muy adecuada para
llenar este nicho, ya que las reacciones de clic son rápidas, espontáneas,
selectivas y de alto rendimiento.20 Desafortunadamente, la más famosa «reacción
de clic», una cicatrización [3+2] entre una azida y un alquino acíclico, está
catalizada por el cobre, lo que plantea un serio problema para su uso in
vivo debido a la toxicidad del cobre.21Para evitar la necesidad de un catalizador, el
laboratorio de Carolyn R. Bertozzi introdujo una cepa inherente en la especie de
alquinos utilizando un alquino cíclico. En particular, el ciclocino reacciona con
moléculas de azido con un vigor distintivo.22
El método más común de instalar la reactividad bioortogonal en una biomolécula
objetivo es a través del etiquetado metabólico. Las células se sumergen en un
medio en el que el acceso a los nutrientes se limita a los análogos sintéticos
modificados de los combustibles estándar, como los azúcares. Como
consecuencia, estas biomoléculas alteradas se incorporan a las células de la
misma manera que los metabolitos no modificados. A continuación, se incorpora
una sonda al sistema para obtener una imagen del destino de las biomoléculas
alteradas. Otros métodos de funcionalización incluyen la inserción enzimática
de azidas en las proteínas23 y la síntesis de fosfolípidos conjugados con
cicloctilos.24
Descubrimiento de biomoléculas a través de la
metagenómica[editar]
Los avances en las modernas tecnologías de secuenciación a finales del decenio
de 1990 permitieron a los científicos investigar el ADN de las comunidades de
organismos en su entorno natural («eDNA»), sin cultivar especies individuales en
el laboratorio. Este enfoque metagenómico permitió a los científicos estudiar una
amplia selección de organismos que antes no se caracterizaban debido en parte a
una condición de crecimiento incompetente. Entre las fuentes de eDNA figuran
los suelos, el océano, el subsuelo, las fuentes termales, las fuentes hidrotermales,
los casquetes polares, los hábitats hipersalinos y los entornos de pH extremo. 25 De
las muchas aplicaciones de la metagenómica, investigadores como Jo
Handelsman, Jon Clardy y Robert M. Goodman, exploraron enfoques
metagenómicos para el descubrimiento de moléculas biológicamente activas como
los antibióticos.26
Visión general de los métodos metagenómicos

Se han utilizado estrategias de evaluación funcional u homológica para identificar

los genes que producen pequeñas moléculas bioactivas. Los estudios de
metagenómica funcional están diseñados para buscar fenotipos específicos que
se asocian con moléculas con características específicas. Los estudios
metagenómicos de homología, por otra parte, están diseñados para examinar los
genes a fin de identificar las secuencias conservadas que están previamente
asociadas con la expresión de moléculas biológicamente activas. 27
Los estudios metagenómicos funcionales permiten descubrir nuevos genes que
codifican moléculas biológicamente activas. Estos ensayos incluyen ensayos de
superposición de agar superior en los que los antibióticos generan zonas de
inhibición del crecimiento contra los microbios de prueba, y ensayos de pH que
pueden detectar el cambio de pH debido a las moléculas recién sintetizadas
utilizando el indicador de pH en una placa de agar.28 La detección de la expresión
de genes inducida por sustratos (SIGEX), un método de detección de la expresión
de genes inducidos por compuestos químicos, también se ha utilizado para buscar
genes con funciones específicas. Los estudios metagenómicos basados en la
homología han permitido descubrir rápidamente genes que tienen secuencias
homólogas a los genes anteriormente conocidos que son responsables de la
biosíntesis de las moléculas biológicamente activas. Tan pronto como se
secuencian los genes, los científicos pueden comparar miles de genomas
bacterianos simultáneamente.27 La ventaja con respecto a los ensayos de
metagenómica funcional es que los estudios de metagenómica homóloga no
requieren un sistema de organismo anfitrión para expresar los metagenomas, por
lo que este método puede ahorrar potencialmente el tiempo dedicado a analizar
genomas no funcionales. Esto también condujo al descubrimiento de varias
proteínas nuevas y pequeñas moléculas.29 Además, un examen in silico del
Estudio Metagenómico Mundial del Océano encontró 20 nuevas ciclasas
lantibióticas.30
Kinasas[editar]
La modificación postraduccional de las proteínas con grupos de fosfato por
las cinasas es un paso regulador clave en todos los sistemas biológicos. Los
eventos de fosforilación, ya sea la fosforilación por cinasas de proteínas o la
desfosforilación por fosfatasas, dan lugar a la activación o desactivación de las
proteínas. Estos eventos tienen un impacto en la regulación de las vías
fisiológicas, lo que hace que la capacidad de disección y estudio de estas vías sea
esencial para comprender los detalles de los procesos celulares. Hay una serie de
problemas —a saber, el mero tamaño del fosfoproteoma, la naturaleza fugaz de
los acontecimientos de fosforilación y las limitaciones físicas conexas de las
técnicas biológicas y bioquímicas clásicas— que han limitado el avance de los
conocimientos en esta esfera.31
Mediante el uso de pequeños moduladores de moléculas de proteínas cinasas, los
biólogos químicos han logrado comprender mejor los efectos de la fosforilación de
las proteínas. Por ejemplo, los inhibidores de la cinasa no selectivos y selectivos,
como una clase de compuestos de piridinilimidazol, 32 son potentes inhibidores
útiles en la disección de las vías de señalización de la cinasa MAP. Estos
compuestos de piridinilimidazol funcionan apuntando a la bolsa de unión del ATP.
Aunque este enfoque, así como otros enfoques conexos, 3334 con ligeras
modificaciones, han demostrado su eficacia en varios casos, estos compuestos
carecen de la especificidad adecuada para aplicaciones más generales. Otra clase
de compuestos, los inhibidores basados en mecanismos, combina el conocimiento
de la enzimología de la cinasa con motivos de inhibición utilizados anteriormente.
Por ejemplo, un «análogo de bisubstrato» inhibe la acción de la cinasa al unir tanto
la bolsa de unión de ATP conservada como un sitio de reconocimiento de
proteínas y péptidos en la cinasa específica.35 Los grupos de investigación
también utilizaron los análogos del ATP como sondas químicas para estudiar las
cinasas e identificar sus sustratos.363738
El desarrollo de nuevos medios químicos para incorporar los aminoácidos
fosfomiméticos en las proteínas ha proporcionado una importante comprensión de
los efectos de los acontecimientos de fosforilación. Los eventos de fosforilación se
han estudiado típicamente mutando un sitio de fosforilación identificado
(serina, treonina o tirosina) a un aminoácido, como la alanina, que no puede ser
fosforilado. Sin embargo, estas técnicas tienen limitaciones y los biólogos
químicos han desarrollado formas mejoradas de investigar la fosforilación de las
proteínas. Mediante la instalación de mímicas de fosforeína, fosfotrionina
o fosfonato análogo en las proteínas nativas, los investigadores pueden realizar
estudios in vivo para investigar los efectos de la fosforilación, extendiendo la
cantidad de tiempo en que se produce un evento de fosforilación y minimizando
los efectos, a menudo desfavorables, de las mutaciones. La ligadura de proteínas
expresadas, ha demostrado ser una técnica exitosa para producir sintéticamente
proteínas que contienen moléculas fosfomiméticas en cualquiera de las dos
terminales.9 Además, los investigadores han utilizado la mutagénesis de
aminoácidos antinaturales en los sitios elegidos dentro de una secuencia
peptídica.3940
Los avances en biología química también han mejorado las técnicas clásicas de
imagen de la acción de la cinasa. Por ejemplo, el desarrollo
de biosensores peptídicos —péptidos que contienen fluoróforos incorporados—
mejoró la resolución temporal de los ensayos de unión in vitro. 41 Una de las
técnicas más útiles para estudiar la acción de la cinasa es la FRET. Para utilizar
FRET para estudios de fosforilación, las proteínas fluorescentes están acopladas
tanto a un dominio de unión de fosfoaminoácidos como a un péptido que puede
ser fosforilado. Al fosforilar o desfosforilar un péptido sustrato, se produce un
cambio de conformación que resulta en un cambio en la fluorescencia. 42 El FRET
también se ha utilizado en tándem con la Microscopia de Imágenes de
Fluorescencia durante la Vida (FLIM)43 o con anticuerpos conjugados
fluorescentemente y con la citometría44 de flujo para proporcionar resultados
cuantitativos con una excelente resolución temporal y espacial.
Fluorescencia biológica[editar]
Los biólogos químicos suelen estudiar las funciones de las macromoléculas
biológicas mediante técnicas de fluorescencia. La ventaja de la fluorescencia
frente a otras técnicas reside en su alta sensibilidad, su no invasividad, su
detección segura y su capacidad para modular la señal de fluorescencia. En los
últimos años, el descubrimiento de la proteína verde fluorescente (GFP) por Roger
Y. Tsien y otros, los sistemas híbridos y los puntos cuánticos han permitido
evaluar con mayor precisión la ubicación y la función de las proteínas. 45 Se utilizan
tres tipos principales de fluoróforos: pequeños tintes orgánicos, proteínas verdes
fluorescentes y puntos cuánticos. Los pequeños tintes orgánicos suelen ser de
menos de 1 kDa, y se han modificado para aumentar la fotoestabilidad y el brillo, y
reducir el auto-apagado. Los puntos cuánticos tienen longitudes de onda muy
agudas, alta absorción molar y rendimiento cuántico. Tanto los tintes orgánicos
como los tintes cuánticos no tienen la capacidad de reconocer la proteína de
interés sin la ayuda de anticuerpos, por lo que deben utilizar el inmuno etiquetado.
Las proteínas fluorescentes están genéticamente codificadas y pueden fusionarse
con la proteína de interés. Otra técnica de marcado genético es el sistema
biarsenical de tetracisteína, que requiere la modificación de la secuencia objetivo
que incluye cuatro cisteínas, que se unen a las moléculas biarsenicales
permeables a la membrana, los colorantes verde y rojo «FlAsH» y «ReAsH», con
afinidad picomolar. Tanto las proteínas fluorescentes como la tetracisteína
biarsenical pueden expresarse en células vivas, pero presentan grandes
limitaciones en la expresión ectópica y podrían causar una pérdida de función.
Se han utilizado técnicas fluorescentes para evaluar una serie de dinámicas de las
proteínas, como el seguimiento de las proteínas, los cambios de conformación, las
interacciones entre proteínas, la síntesis y la renovación de las proteínas y la
actividad de las enzimas, entre otras. Tres enfoques generales para medir la
redistribución y difusión de la red de proteínas son el rastreo de una sola partícula,
la espectroscopia de correlación y los métodos de fotomarcado. En el seguimiento
de una sola partícula, la molécula individual debe ser lo suficientemente brillante y
dispersa como para ser rastreada de un vídeo a otro. La espectroscopia de
correlación analiza las fluctuaciones de intensidad resultantes de la migración de
objetos fluorescentes hacia y desde un pequeño volumen en el foco de un láser.
En el fotomarcado, una proteína fluorescente puede ser secuenciada en un área
subcelular con el uso de una intensa iluminación local y el destino de la molécula
marcada puede ser visualizado directamente. Michalet y sus compañeros de
trabajo utilizaron puntos cuánticos para el seguimiento de una sola partícula
usando puntos cuánticos de biotina en las células HeLa. 46 Una de las mejores
maneras de detectar cambios conformacionales en las proteínas es etiquetar la
proteína de interés con dos fluoróforos en estrecha proximidad. FRET responderá
a los cambios conformacionales internos resultantes de la reorientación de un
fluoróforo con respecto al otro. También se puede utilizar la fluorescencia para
visualizar la actividad de las enzimas, típicamente utilizando una proteómica
basada en la actividad saciada (qABP). La unión covalente de una qABP al sitio
activo de la enzima objetivo proporcionará evidencia directa sobre si la enzima es
responsable de la señal al liberar el apagador y recuperar la fluorescencia. 47

Véase también[editar]
 Genética química
 Quimiogenómica

Referencias[editar]
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Lecturas adicionales[editar]
Revistas[editar]
 ACS Chemical Biology: la nueva revista de Biología Química de la
Sociedad Americana de Química.
 Bioorganic & Medicinal Chemistry, The Tetrahedron Journal for
Research at the Interface of Chemistry and Biology.
 ChemBioChem: una revista europea de biología química.
 Chemical Biology: un punto de acceso a las noticias e investigaciones
de biología química de toda la editorial RSC.
 chembiol.comCell Chemical Biology: una revista interdisciplinaria que
publica artículos de excepcional interés en todas las áreas en la interfaz
entre la química y la biología.
 Journal of Chemical Biology: una nueva revista que publica trabajos y
reseñas novedosas en la interfaz entre la biología y las ciencias físicas,
publicada por Springer.
 Journal of the Royal Society Interface: una publicación interdisciplinaria
que promueve la investigación en la interfaz entre las ciencias físicas y
las ciencias de la vida.
 Molecular BioSystems: una revista de biología química con especial
atención a la interfaz entre la química y las ciencias económicas y la
biología de sistemas.
 Nature Chemical Biology: una revista mensual multidisciplinar que
proporciona un foro internacional para la publicación oportuna de
nuevas investigaciones significativas en la interfaz entre la química y la
biología.
 Enciclopedia Wiley de Biología Química.