UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DEL ESTADO DE MÉXICO

FACULTAD DE QUÍMICA

 Práctica # 8
Lectura y discusión de artículos sobre
tecnologías ómicas

Abril 2019
OBJETIVO: Leer individualmente
y discutir en grupo los siguientes
artículos:
Ómicas y biología química: una
poderosa sinergia.
• ÓMICAS: son las ciencias que permiten estudiar un gran
número de moléculas, implicadas en el funcionamiento de un
organismo.
• -Genómica
• -Glicómica
• -Lipidómica
• -Proteómica
• -Metabolómica
• -Etc
• Cada una de estas áreas ha ayudado a un mejor entendimiento
de la causa de ciertas enfermedades.
SINERGIA:  "trabajando en conjunto".
Es el momento en el que el todo es
mayor que la suma de las partes, por
tanto, existe un rendimiento mayor o
una mayor efectividad que si se actúa
por separado
PROTEÓMICA: Estudia a las proteínas,
así como las modificaciones post-
transcripcionales que las regulan. Se
espera que la aplicación de la
proteómica a la clínica sirva para
diagnosticar enfermedades, con el fin
de dar un tratamiento más adecuado
en un futuro.
MICROARRAYS “chip de ADN”:
permiten realizar análisis genéticos
sobre miles de genes
simultáneamente.
GLICÓMICA: Estudio sobre un sistema
biológico en particular, intenta
determinar los hidratos de carbono
que una célula u organismo en
particular es capaz de sintetizar bajo
condiciones fisiológicas específicas.
• La aplicación del conocimiento sobre las “ómicas” a
la clínica podrá utilizarse para hacer un diagnóstico
más temprano o para prevenir el desarrollo de una
enfermedad.
• Antes, los químicos y biólogos realizaban la parte
experimental de su investigación y análisis de una o
pocas moléculas. Gracias al avance de la tecnología
y de las herramientas de análisis, se incrementó el
número de moléculas detectables al mismo tiempo,
por lo que se han formado grupos
multidisciplinarios que juntos colaboran para la
interpretación de todos los datos recabados.
• Por esto que se crearon biobancos donde se
tomaron muestras de sangre, orina y saliva para su
análisis posterior. Este tipo de biobancos ayudará a
las diversas disciplinas “ómicas” en su estudio de
las enfermedades para mejorar el diagnóstico,
prevención y tratamiento de las mismas. 
• La química y la biología química siempre han sido, y siguen
siendo, campos habilitadores clave para los enfoques ómicos. Los
análisis holísticos de otros componentes celulares aún dependen
de los avances en la química y las técnicas de biología química.
• 
• Identificar a los actores clave y descifrar las vías del sistema
inmunitario no solo responderá preguntas básicas de
investigación, sino que también proporcionará la comprensión
para ayudar en la búsqueda de tratamientos para enfermedades.
• 
• Se ha observado un notable progreso logrado en este campo en
los últimos años.
• En particular, los microarrays también se aplican en
pantallas de diagnóstico e inmunológicas utilizando
muestras de pacientes. El campo ha madurado con
respecto a la preparación y accesibilidad de los
microarrays y también su aplicación confiable. En los
próximos años, se esperan aplicaciones interesantes en
entornos clínicos.
• Las tecnologías habilitadoras, como la espectrometría de
masas y los microarrays, junto con las principales áreas
de investigación ómicas como la glicómica y la lipidómica,
ilustra muy bien la poderosa sinergia entre estos campos.
Metabolómica: una revolución
para la nueva identificación de
marcadores de cáncer
 Los proteomas de las materias primas
utilizadas para la producción de etanol de
segunda generación: una laguna en la era
de los biocombustibles
• INTRODUCCIÓN
-La matriz energética brasileña es la más sostenible en el mundo
con un 45.4% de energía procedente energías renovables (derivas
de caña de azúcar, energía hidráulica, carbón vegetal, otros).
-En EEUU el 85% de la matriz energética procede de fuentes no
renovables (petróleo, carbón, gas natural).
- Bioeconomía: producción de biocombustible y bioproductos.
Estados Unidos y China son bieconomías emergentes.
-La investigación científica sobre biocombustibles de próxima
generación ha utilizado herramientas modernas a las que
comúnmente se hace referencia con nombres con el sufijo
"OMICs“, incluida la genómica y la proteómica.
-Uno de los objetivos principales en esta área de investigación es
identificar enzimas que degraden eficientemente la pared celular
de la planta.
- La pared celular esta constituida por una pared primaria
(células jóvenes y en crecimiento) y secundaria (cuando se
detiene el crecimiento) la cual es mas gruesa y es el principal
sitio de producción de lignina
- Las ligninas son heteropolímeros aromáticos complejos
producidos por el acoplamiento oxidativo combinado de
principalmente tres monómeros de alcohol p-hidroxicinamil.
- La biosíntesis y composición de la lignina en plantas ha sido
objeto de una investigación constante, y la nueva investigación
está motivada por el uso de material lignocelulósico para la
producción de bioetanol de segunda generación
- El maíz, el sorgo, la caña de azúcar, la hierba verde y el césped
son los cinco cultivos que se han estudiado más ampliamente
como fuentes potenciales de biomasa lignocelulósica, se
obtuvo conocimiento proteómico de estas 5 plantas.
Proteómica Una breve descripción general
-Proteómica: Metodología que permite la creación de
mapas de proteínas para organismos completos, tipos de
tejidos individuales y diferentes etapas de desarrollo.
Identificación de patrones de gen alterado.
Las metodologías proteómicas son caras y consumen mas
tiempo que otros métodos, pero pueden identificar
cambios postraduccionales en la estructura de la proteína,
como la fosforilación, la glicosilación y la ubiquitinación
• Técnica MALDI (ionización por desorción láser asistida por
matriz), técnica de ionización suave, fácil preparacion de
muestra y tolerancia relativamente buena de los
contaminantes
• ESI (ionización por electroespray) tiene una gran versatilidad
y puede usarse para péptidos, polímeros y pequeñas
moléculas polares. Se pueden detectar bajas cantidades de
proteínas debido al fraccionamiento de las muestras de
péptidos, como es el caso de las proteínas de la pared celular
secundarias
• MudPIT (tecnología de identificación de proteínas
multidimensionales): Técnica que simplifica la separación de
muestras de proteínas grandes y altamente complejas que
contienen miles de proteínas diferentes en diferentes niveles
de abundancia. Combina varias técnicas de separación para
mejorar la resolución
• Proteómica De La Pared Celular
Bayer y colaboradores usaron un método destructivo
para extraer proteínas de cultivos celulares de
Arabidopsis y usaron MudPIT para identificar proteínas
de la pared celular estrechamente unidas. Usando una
fracción de pared celular limpia que contiene la pared
celular primaria y está libre de contaminantes de la
membrana plasmática y citoplásmica. Identificaron 556
secuencias de proteínas únicas con diferentes
propiedades fisicoquímicas y biológicas con un alto nivel
de confianza.
Estado del arte de la investigación de proteomas en
materias primas utilizadas para la producción de
etanol de segunda generación
Maíz Sorgo Caña de azúcar Césped Miscanthus

Se realizó un Los contenidos Estudios Es el menos Se estudiaron

estudio de reducidos de proteómicos estudiado los cambios de
proteoma de la lignina de la caña de utilizando proteoma en
pared celular presentes en el azúcar aún se enfoques las raíces de
en maíz. Zhu y rastro de sorgo encuentran en proteómicos. plántulas de
colaboradores de los las etapas El uso de la miscanthus
analizaron el mutantes iniciales. Se biotecnología, cultivadas en
proteoma de simples bmr6 y encontraron más soluciones
las regiones de bmr12 y los 36 proteínas específicament hidropónicas y
elongación mutantes no e, la en presencia
celular de las dobles bmr6 redundantes modificación de niveles
raíces bmr12 de diferentes de la vía de elevados de
primarias de aumentaron la categorías, biosíntesis de cromo
plantas de eficiencia de como los lignina, se ha
maíz bien conversión del mecanismos sugerido como
regadas y etanol en de defensa de una estrategia
encontraron 44%, 46% y las plantas, el para facilitar
nueve 57%, metabolismo el uso del
• CONCLUSIONES
*Se ha sugerido que el maíz, el sorgo, la caña de
azúcar, césped y el miscanthus son las principales
materias primas para la producción de bioetanol de
segunda generación. Aunque no es posible superar
todas las barreras impuestas.
*La proteómica es una metodología poderosa y los
equipos y técnicas han evolucionado de manera
impresionante en los últimos 10 a 15 años.
*La proteómica basada en MS se puede usar para
identificar y cuantificar miles de proteínas en mezclas
complejas
 Una luz verde para las algas de
ingeniería: redirigiendo el metabolismo
al combustible una revolución
biotecnológica
 ARTICULO IV
A green light for engineered algae:
redirecting metabolism to fuel a
biotechnology revolution

Autor:
Julian N Rosenberg, George A Oyler,
Loy Wilkinson and Michael J
Betenbaugh
 Recientemente, el desarrollo de
varias cepas de algas transgénicas
con expresión de proteínas
recombinantes, fotosíntesis
modificadas y un metabolismo
mejorado fomentan las perspectivas
de las microalgas de diseño.
Algaculture

Las algas son un grupo

diverso de organismos
fotosintéticos acuáticos,
generalmente categorizados
como macroalgas o
microalgas, que son
típicamente unicelulares.
 Con respecto a la ingeniería genética, son susceptibles
de ser
1. La transformación nuclear, necesaria para el control
metabólico.
2. La transformación cloroplástica, para altos niveles de
expresión de proteínas.
3. Los enfoques más directos para la modificación
genética en comparación con las plantas superiores.
 Commercial applications of
microalgae
La utilización comercial exitosa de
microalgas se ha establecido en
derivados de bajo volumen y alto valor
tales como suplementos nutricionales,
antioxidantes, cosméticos, naturales.
Al aire libre colorantes y ácidos grasos
poliinsaturados.

En los últimos años, las microalgas han sido investigadas como un

sistema de expresión para las proteínas terapéuticas y tienen el
potencial de ser utilizadas como vacunas comestibles para peces y
humanos.
Las dos principales fuerzas que impulsan
el desarrollo comercial futuro de las SPECIES SELECTION FOR
microalgas son:
1. La vitalidad de la investigación
biológica en esta área.
BIODIESEL PRODUCTION
2. La disponibilidad de fondos para
fuentes de energía alternativas.
La aplicación de gran éxito para la
producción comercial de microalgas se
encuentra en los biocombustibles de
próxima generación.
 La manipulación de las vías metabólicas puede redirigir la
MANIPULATING función celular hacia la síntesis de productos preferidos e
incluso ampliar las capacidades de procesamiento de las
MICROALGAL METABOLISM microalgas.
 ENVIRONMENTAL FACTORS
AFFECT METABOLISM
Ya sea que las condiciones sean favorables o
adversas, las intrincadas vías metabólicas de una
célula están muy influenciadas por su entorno. En
el caso de las microalgas, el cultivo especializado
puede estimular cambios en el metabolismo.

Aceite de algas
Para las microalgas que pueden sobrevivir de forma
heterótrofa, las fuentes de carbono exógenas ofrecen
energía química prefabricada, que las células a
menudo almacenan como gotitas de lípidos.
 GENETIC TRANSFORMATION TECHNOLOGIES
• El método más simple consiste en agitar
las células de algas en una mezcla de
perlas de vidrio y moléculas de ADN.

• La electroporación se basa en pulsos de

corriente eléctrica para permeabilizar la
membrana celular y ha demostrado un
gran éxito con los organismos
deficientes en la pared celular.

• La transformación efectiva también se

puede lograr mediante la propulsión de
micropartículas de oro o tungsteno
recubierto con ADN en las células de
algas.
 ACCOMPLISHMENTS OF GENETIC ENGINEERING

Biosíntesis de Antenas de
lípidos recolección de
aumentados. luz diseñadas

Expresión de
Conversión
proteínas
trófica
recombinantes