La historia de este organismo se remonta a mediados del siglo XX.

El 20 de febrero
de 1958 el presidente de la Junta Cívico-Militar de Gobierno,
Contralmirante Wolfgang Larrazábal, decidió la creación de un cuerpo policial
dedicado a la investigación de los diversos crímenes mediante el decreto N° 48 de
la Junta, además de establecer su función como auxiliar del Poder Judicial, con el
nombre de Policía Técnica Judicial. La Ley de Policía Judicial del 8 de julio de 1975
estableció su estructura y organización institucional, pero fue posteriormente
sustituida por la Ley de Policía de Investigaciones Penales del 11 de septiembre de
1998.
Eventualmente se promulgó de la constitución de 1999, que estableció en su Artículo
332 la necesidad de crear un cuerpo de investigaciones científicas, penales y
criminalísticas. Tal denominación pasó a sustituir a la de Policía Técnica Judicial. En
2001 comenzó una reforma a la estructura y organización del organismo, el cual se
delimitó finalmente en 2003.