I.

INFORMACIÓN GENERAL
ASIGNATURA CINÉTICA QUÍMICA AVANZADA NIVEL
Unidad de
CICLO JULIO -
organización
ACADEMICO AGOSTO 2022
Curricular
DOCENTE JORGE EFREN SILVA YUMI
NOMBRE Yesenia Cunalata
Tema: AVOGADRO

Objetivo:

 Emplear el software libre Avogadro para la creación de estructuras molecuales

mediante la exploración de las herramientas.

Modalidad: Virtual
Tiempo de Duración: 2 horas
Introducción:

Instrucciones:
 Disponer de una conexión estable de internet durante el desarrollo de la práctica.
 Construir la estructura de un compuesto orgánico con al menos 20 átomos de
carbono, anillos, herramientas y varios grupos.

Listado de equipo, materiales y recursos:

 Computadora con acceso a internet

 Programa Avogadro.

Actividades por desarrollar:

1. Abrir el software Avogadro, dirigirse al menú File, new.

Nos dirigimos a la opción Draw tool (F8) y procedemos a dibujar elementos o compuestos
con simples dobles y triples enlaces.
 Gráfico 1: Estructura del metano, eteno y acetileno.

2. Para arreglar los compuestos de mejor manera recurrimos a opción extensión,

optimizar geometría.
 Gráfico 2: Estructura del metano, eteno y acetileno optimizada.

3. En la facilitación de la construcción de estructuras moleculares más complejas

Avogadro cuenta con algunas de las herramientas avanzadas. En el menú build, insertar
tenemos varias opciones.
3.1. Construimos la secuencia del ADN

Gráfico 3: Estructura ADN TAGC.

3.2. Secuencia del ARN

Gráfico 4: Estructura ARN AUGC.

 4. Utilizamos la opción fragment

Gráfico 5: Estructura 7H-purine.

5. Inserta en la opción SMILES

¿Qué significa smiles?

La opción smiles nos sirve para escribir de forma linealizada un compuesto, isómero o reacción
y el código lo podemos encontrar en PubChem.

SMILES (Simplifed Molecular Input Line Entry Systenm)

- Sistema molecular de entrada simplificado.
- Representación lineal.
- Toma en cuenta sus cargas.
- Tiene congruencia con la cantidad de enlaces.
Existen 3 tipos de formato SMILES
 ISOMERICO
 CANONICO
 REACCION

5.1. Para encontrar el código SMILES nos dirigimos al PubChem y utilizaremos la

HIDROXICLOROQUINA.

5.2. En la opción 2.1.4 SONRISAS canónicas, copiamos ese código y lo pegamos en el programa y
así obtenemos el compuesto HIDROXICLORIQUINA.

Gráfico 6: Estructura del compuesto Hidroxicloriquina.

 6. Insertar con la 4ta opción peptide

Gráfico 7: Estructura del péptido Gn-Glu-Ala-Glu-Cys.

7. En el menú file se encuentra varias opciones

7.1. Importamos de PubChem

 Gráfico 8: Estructura del compuesto 1-cloro-2,4-dinitrobenceno.

8. Insertar cristales
 Gráfico 9: Estructura del compuesto Si3N4-betta.

9. Protein data base

Gráfico 10: Estructura de la proteína 8DJA.

Conclusiones:

 El uso del software libre Avogrado nos enseñó a conocer de forma molecular los
diferentes compuestos, elementos, como también poder manipular el software y
aprender.

Recomendaciones:
 Recuerde citar la fuente bibliográfica de la información obtenida.
 Utilice Tablas y Figuras para representar series de datos, debidamente identificadas
como Tabla 1, Tabla 2, Figura 1, Figura 2, etc., como corresponda en forma
secuencial; etiqueta de tablas en la parte superior de la tabla y etiqueta de figuras en
la parte inferior de la figura.
 Si la información obtenida en una Tabla o Figura provienen de una fuente
bibliográfica, cite la fuente de la información.