Estructura de Proteínas:

Primaria
Secundaria
Terciaria
Motivos
Dominios
Tomado de: http://www.ehu.eus/biomoleculas/proteinas/prot43.htm
Estructura de Proteínas
Clasificación de las proteínas
Proteínas filamentosas

Holoproteínas
Proteínas globulares

Cromoproteínas

Glucoproteínas
PROTEÍNAS

Lipoproteínas
Heteroproteínas

Nucleoproteínas

Fosfoproteínas

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Aminoácidos: Unidades estructurales de las
Proteínas
Los aminoácidos son compuestos orgánicos de bajo peso molecular.
Se caracterizan por poseer un grupo carboxilo (—COOH) y un grupo amino (—NH2) que se unen al mismo
carbono (carbono α).
Las otras dos valencias del carbono se saturan con
un átomo de H y con un grupo variable
denominado radical -R.
Este radical es el que determina las propiedades
químicas y biológicas de cada aminoácido. Según
éste se distinguen 20 tipos de aminoácidos.

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 Clasificación de
aminoácidos Hidrófobos

Hidrófilos
Según la polaridad
del radical
Ácidos

Básicos

Aminoácidos
Ácidos

Alifáticos Básicos

Según la estructura
Aromáticos Neutros
del radical

Heterocíclicos

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Unión de los aminoácidos

✓ Los enlaces químicos entre aminoácidos se denominan enlaces peptídicos y a las cadenas
formadas, péptidos.
✓ Si el número de aminoácidos que forma un péptido es dos, se denomina dipéptido, si es tres,
tripéptido. etc.
✓ Si es inferior a 50 se habla de oligopéptido, y si es superior a 50 se denomina polipéptido.
✓ Sólo cuando un polipéptido se halla constituido por más de cincuenta moléculas de aminoácidos o
si el valor de su peso molecular excede de 5 000 daltons se habla de proteína.

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 Unión Peptídica entre Aminoácidos

Unión Peptídica
H H
O
H O H O

=
N C CC N N C C

H OH H OH
H
R R

+ H2O CONDENSACIÓN

Los aminoácidos se unen entre sí mediante uniones peptídicas para formar

cadenas lineales no ramificadas.

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 Péptidos y oligopéptidos de interés biológico
Existen algunos péptidos cortos con función biológica.

Entre ellos podemos citar:

• El tripéptido glutatión (que actúa como transportador de

hidrógeno en algunas reacciones metabólicas).

• Los nanopéptidos oxitocina y vasopresina (con actividad

hormonal), la insulina y el glucagón que regulan la
concentración de glucosa en sangre.

• Los decapéptidos tirocidina, gramicidina y valinomicina

(antibióticos).

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Reciclando Datos

Leer hasta la página 48

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Revisando lo aprendido

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En resumen, la estructura de una proteína.

Primaria Secundaria Terciaria Cuaternaria

Combinación Hélice Globular Subunidades iguales

ilimitada de
aminoácidos. Hoja Plegada Fibrosa Subunidades distintas

Puente de Hidrógeno,
Unión Puente de Interacciones hidrofóbicas, Fuerzas diversas no
Peptídica Hidrógeno salinas, electrostáticas. covalentes.

Secuencia Conformación Asociación

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Ejercicio modificado de:

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 NCBI Genome Viewer
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/

Human

Browse genome

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Search: Opsin
Clic en

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1
3

2
Marcas verdes en los “hits”(las
secuencias que se “pescaron”), o
sea, las localizaciones de los
genes cuyas entradas contienen
“opsin” como palabra completa o
como parte de una palabra

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Preguntas
• 1.¿En qué cromosoma sexual se encuentran “hits” relacionados con el
gen OPN1LW?
• 2. Esto podría sugerir que cualquier mutación génica en OPN1LW
sería heredada de? (Argumente su respuesta).

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Juanita Trejos Suárez MSc.
¿Qué se está buscando?
• Gen de la Opsina sensible a la longitud de onda larga (rojo), y que es
un gen implicado en la acromatopsia o ceguera del color o daltonismo

OPN1LW

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 La línea más baja muestra regiones codificantes como bloques, y las regiones no codificantes como líneas.
Revise en el Ideograma la región donde se ubica el gen,
Preguntas identificada por una doble línea morada marcada por
una cabeza de flecha verde
• ¿Cuántos exones tiene el gen?
• ¿Qué diferencias hay entre la línea verde, la lila y la roja?
• ¿Cuál es el Locus cromosómico del gen OPN1LW de Opsina?
• ¿Qué información le da el Ideograma?
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Juanita Trejos Suárez MSc.
Navegue por la página y obtenga la siguiente información:
1. ¿Qué tipo de gen es?
Haga clic en “Orthologs: all”
2. ¿En cuántas especies se encuentra este gen conservado?
3. Revise en ¿qué cromosoma se encuentra el ortólogo de este gen en Melopsittacus undulatus?
4. Y en ¿qué cromosoma se encuentra el ortólogo de este gen en Panthera pardus?

Devuélvase en su navegador hasta llegar a la página del gen OPN1LW (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/5956)

5. Baje por la página, en la sección Expression cambie HPA RNA-seq normal tissues por RNA sequencing of
total RNA from 20 human tissues, observe el cambio en la gráfica, ¿qué se puede deducir de ella?
6. ¿Qué diferencia hay entre ambas opciones?
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Secuencia del mRNA,
enlistada como
NM020061.6 (la “M”
indica que se trata de
un registro de mRNA)
Secuencia de la
proteína enumerada
como NP064445.2
(“P” para la proteína)

Las secuencias
fuente (Source .
sequences):
secuencias enteras
de todos los
fragmentos
sobrelapados en el
genoma en los que
se encontró a esta
Bajar en la página hasta
secuencia
GenBank.
de
encontrar esta información
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Observe que la secuencia del mRNA y la secuencia de la proteína están
dados como NM_020061.6 → NP_064445.2, la flecha quiere decir que
la secuencia de la ficha NM es traducida (durante la síntesis de la
proteína) para dar la secuencia de la ficha NP

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Bajar en la página hasta
encontrar ORIGIN
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 ¿Visualmente se podría decir
que el nucleótido qué más está
presente es?

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a c g t
u
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En la mayoría de las bases de datos de nucleótidos, el U del ARN se
representa como T, para facilitar la comparación de las secuencias de
DNA y RNA. Esta información de la secuencia no está en la forma en la
que es más útil para buscar en las bases de datos, por ejemplo, para
buscar genes emparentados entre sí.

a c g t

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Desplegar el menú que señala la flecha y de
GenBank pasar a FASTA

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 Copia la secuencia, ingresa a la página Genomatix y pega la secuencia en el cuadro de texto y haz clic en
1 “Load Sequence”

3 4
Analice el
resultado
obtenido

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Regrese a la página donde está el FASTA

Devuélvase en su navegador hasta llegar a la

página de OPN1LW

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 Bajar en la página hasta
encontrar esta información
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Preguntas
• ¿Cuántos a.a. tiene la proteína?
• ¿Cuántos residuos tiene la proteína?

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 Desplegar el menú que
señala la flecha y de
GenPept pasar a FASTA
Copiar la secuencia, y diríjase a la página de PROSITE

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Copie la secuencia
de la Proteína y de
Clic en “Scan”

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Preguntas
• ¿Cuál es el dominio de la Proteína?
• ¿Cuántos patrones se han descrito en esta proteína?
• ¿Cuáles son? Devuélvase a la página de OPN1LW

Siguiente paso
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Juanita Trejos Suárez MSc.
Consenso para este gen
Secuencia Codificante

Bajar hasta encontrar la secuencia de ARNm maduro

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Tome evidencia de lo visto
• ¿Qué observa en esta página?
• ¿Qué información le brinda?

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AZUL: Exones
ROJO: Residuos cuyos codones están en
parte en un exón y en parte en el exón
siguiente. Esto hace ver claramente como el
ARNm se ensambla de los exones

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Análisis de la Proteína http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

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1

2 En el buscador escribir Opsin y dar Clic en

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Juanita Trejos Suárez MSc.
Analice la estructura proteica de acuerdo a cómo es presentada, ¿qué tipo de
visualización de estructuras proteínicas tiene?

Baje en la página… Y explore la estructura

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 De Clic en JSmol 1

Mueva la figura, mire su estructura

Lea la información de la proteína y dele clic a cada una

de las opciones. ¿Qué diferencias observa?

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 Nuevamente De Clic en Image

En la información de la estructura de Clic en

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Explore

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 Al explorar la página en 3DView podrá
observar al cambiar las opciones…

De Clic en cada
uno de los …
Observe lo que
sucede y
descríbalo.

¿Cuántas hélices están presentes? ¿Cuántas hebras beta?

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Lectura complementaria
https://revistas.unicolmayor.edu.co/index.php/nova/article/view/3/5

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Enviar a la Profesora
• Enviar el martes 6 de octubre:
→ actividades:

Respuestas a las preguntas Mapa conceptual de la

realizadas durante todo el lectura complementaria
ejercicio y una conclusión de
min. 200 palabras donde
argumente ¿para qué le sirve
como Bacteriólogo y L.C. estas
herramientas?

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Próxima clase:
Estructura de Proteínas:

Primaria
Secundaria
Terciaria
Motivos
Dominios
Tomado de: http://www.ehu.eus/biomoleculas/proteinas/prot43.htm
Gracias por su atención