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Guia de Problemas de Separacion de Biomoleculas1 PDF
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Carreras: Farmacia
Profesorado en Química
Licenciatura en Química
Licenciatura en Alimentos
SEPARACIÓN DE BIOMOLÉCULAS.
3) Usted tiene una mezcla de tres proteínas A, B y C, con pI de 3,5, 6,5 y 10,0
respectivamente, y quiere separarlas por una columna de DEAE-celulosa.
Teniendo en cuenta que el grupo DEAE tiene un pKa = 9,5. ¿Qué pH usaría
para la separación? ¿Qué orden de elución esperaría encontrar si agrega un
gradiente de KCl entre 0 a 1 M?
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mioglobina (pI= 7,0), de una columna de intercambio aniónico. b) citocromo c
(pI= 10,5), pepsina (pI= 1,0), ureasa (pI= 5,0) y hemoglobina (pI= 6,8) de una
columna de intercambio catiónico. Explique sus respuestas.
6) Tres proteínas de puntos isoeléctricos 5,2 , 7,3 y 6,3 se denominaron con las
tres primeras letras del alfabeto griego según su posición en un
isoelectroenfoque, siendo alfa la más cercana al ánodo y gamma la más
cercana al cátodo. a) ¿Cuál es el pI de cada una? b) ¿Cuál de las proteínas
eluirá primero durante una cromatografía en carboximetilcelulosa a pH 6? ¿Por
qué? c) Si alguna proteína quedara retenida, ¿cuál o cuáles serían y cómo las
eluiría? d) Durante una electroforesis en poliacrilamida en condiciones
desnaturalizantes a pH 8, beta presentó la mayor movilidad electroforética. ¿Es
posible? ¿Por qué?
8) Usted necesita separar una mezcla de tres péptidos con actividad biológica.
Los mismos poseen la siguiente secuencia:
I. Asp-Gly-Glu-His-Pro-Ala-Ala-Asp-Ser-Thr
II. Gly-Tyr-Ile-Ala-Phe-Gly-Leu-Val-Trp-Ala
III. Gly-Ala-His-Lys-Ser-Gln-Thr-Asn-Lys
Para ello cuenta con los siguientes soportes para realizar cromatografía líquida:
DEAE-celulosa (-O-CH2-CH2-N+(C2H5)2H), sulfometilcelulosa (-O-CH2SO3-),
Butil Sepharosa (-CH2-CH2-CH2-CH3) y Sephadex G-50.
Describa un protocolo adecuado para la separación de estas tres biomoléculas
e indique el fundamento de su decisión.
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la B tienen 2 cisteínas. El análisis de la proteína A pura indica que tiene un solo
tipo de aminoácido N-terminal (treonina), pero el análisis de la proteína B reveló
la existencia de 2 tipos de extremos N-terminales (alanina y serina).
a) ¿Qué le sugiere que las proteínas corridas en un gel PAGE-SDS, no teñido
con azul de Coomassie, den bandas de color violeta?
b) ¿Qué le indica la presencia de un solo tipo N-terminal en la proteína A y de
dos tipos N-terminales en la proteína B?
Cuando Ud. trata a la proteína A con urea, ya sea en presencia o en ausencia
de mercaptoetanol, ésta da una única banda de 40.000 Daltons en un gel de
poliacrilamida con SDS. La proteína B, en cambio, se descompone en 2
subunidades (una de 30.000 y otra de 10.000 Daltons) sólo cuando se la trata
con urea y mercaptoetanol. Ni la urea ni el mercaptoetanol solos la disocian.
c) ¿Qué infiere de estos resultados respecto de la estructura terciaria y
cuaternaria de las proteínas A y B?
d) ¿Por qué es tan diferente la respuesta al mercaptoetanol pese a que
ambas proteínas tienen 2 residuos de cisteína?
e) ¿Por qué no basta la urea para disociar la proteína B? ¿Por qué no basta el
mercaptoetanol para disociar la proteína B?
Tratamientos previos: 1 2 3
SDS SI SI SI
mercaptoetanol NO SI SI
ENDO-H (corta la unión NO NO SI
proteína-azúcar)
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11) Un investigador letón tiene serios problemas para caracterizar una enzima
que ha purificado y la acción que tiene sobre ella el compuesto X, un aparente
activador. En la Fig. 1 se ve una migración en un gel nativo de poliacrilamida,
teñido con azul de Coomassie. En la calle 1, la proteína se incubó previamente
con el compuesto X; en la 2, no.
Figura 1
Con el material proteico eluido a partir de cada una de las tres bandas del gel
nativo (A, B y C), él hizo un ensayo de actividad, en presencia y en ausencia
del compuesto X (Tabla 1).
Tabla 1
Fuente de enzima Actividad enzimática Actividad enzimática
utilizada medida con X medida sin X
Banda C 100 2
Banda A 100 100
Banda B 2 2
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a) ¿Cómo es la estructura de la proteína y cómo la afecta el compuesto X?
b) ¿Cómo explica que la banda A haya migrado más rápido que la B en el gel
nativo?
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b) ¿Qué cambio en una sola base en la secuencia del ADN puede ocasionar
estas sustituciones de aminoácidos? La secuencia del ADN que codifica para la
región amino terminal normal es 5´-GTGCACCTGACTCCTGAGGAGAAG-3´.
c) ¿Cómo será la movilidad electroforética a pH 8 de esta hemoglobina
comparada con la de la hemoglobina normal?
d) Cuando se hace una electroforesis en gel de poliacrilamida en condiciones
desnaturalizantes de la cadena de la hemoglobina normal se encuentra que
migra con una relación de frente de 0,65 ¿Qué relación de frente espera
encontrar para la cadena de la hemoglobina alterada?
e) La hemoglobina normal (PM 64.500) y la mutada fueron sometidas a una
filtración molecular en una columna previamente calibrada. Las proteínas
marcadoras y los volúmenes de elución se indican en la tabla; el volumen total
de la columna fue de 260 ml y el volumen de exclusión determinado con azul
de dextrano fue de 100 ml. ¿Qué volúmenes de elución espera para los 2 tipos
de hemoglobinas?
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Se quiere determinar el PM de la gliceraldehido-3-P-deshidrogenasa.
Utilizando la misma columna, en las mismas condiciones se observó que la
enzima aparece en la fracción 244. Indique el peso molecular de la misma.
16) Usted tiene tres muestras de tres proteínas distintas a las que quiere
caracterizar. Con este objeto las siembra separadamente en una columna de
Sepharosa 6-B previamente calibrada con las siguientes proteínas:
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Ribonucleasa 10,2 13,7
A (5 bandas) 2,2
3,4
5,6
7,8
10,0
B (2 bandas) 3,6
9,8
C (1 banda) 0,8
En base a estos datos caracterice a A, B, y C lo mejor que pueda teniendo en
cuenta que la corrida del frente es de 12 cm.
17) Ud. tiene 5 ml de una mezcla de triacilglicéridos y una proteína pura. Una
alícuota de 0,1 ml se agitó en benceno:agua (3 ml:2 ml). a) En qué fases se
distribuyen los distintos componentes de la mezcla?
Se sembró una alícuota de la fase que contenía la proteína en una columna
de Sepharosa 6-B previamente equilibrada. Se recogieron fracciones de 2 ml.
Las proteínas marcadoras fueron de pesos moleculares 160, 90, 60, 40, 16 kDa
y valores de Kav de 0,18; 0,36; 0,47; 0,60 y 0,87, respectivamente. El valor de
Kav de la muestra se calculó en 0,32. Además, se corrió una electroforesis con
SDS en las siguientes condiciones: I) La proteína se hirvió sin DTT (agente
reductor), II) La proteína se hirvió previamente con agente reductor. El patrón
electroforético se muestra en la figura.
b) Indique el peso molecular de la proteína nativa. c) Infiera la composición
cuaternaria de la proteína. kDa Prot. testigo I II
Por otro lado se dosó la concentración de
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proteína espectrofotométricamente a 280 nm,
utilizando un testigo de BSA de 0,5 mg / ml, con 60
una alícuota de 1 ml y una cubeta de 0,5 cm de
paso óptico. Se obtuvo una Abs. de 0,400 para 40
el testigo y de 0,295 para la muestra. d)
Teniendo en cuenta que toda la proteína pasó a
la fase correspondiente, determine la
concentración de la misma en la mezcla original.
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SDS PAGE
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Testigo Ve (ml) PM
Albúmina 110 65.000
Aldolasa 85 160.000
Catalasa 75 230.000
CF1 59 440.000
Migración
Testigo PM
(cm)
PEP carboxilasa 0,6 110.000
Fosforilasa a 1,1 96.000
Albúmina 4,2 65.000
Quimotripsina 11,1 25.000
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20) A fin de caracterizar una enzima purificada, Ud. somete su preparación a
cromatografía de exclusión molecular en columna de Sephacryl S300 (SS300)
y a electroforesis en gel de poliacrilamida en presencia de SDS (SDS-PAGE).
Los resultados obtenidos son los siguientes:
a) Volumen de elución de la proteína de interés en SS300: 70 ml
b) SDS-PAGE: dos bandas de igual intensidad y (ver figura 1)
La columna de SS300 tenía un Vo de 50 ml y un Vt de 130 ml y fue calibrada
con proteínas de PM conocido como muestra la Tabla 1.
La calibración de los geles de SDS-PAGE se muestra en la Figura 1.
Tabla 1 Figura 1
Frente
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Calcule el PM y la composición en subunidades de la enzima en estudio.
Cuando Ud. mide la actividad en una cubeta de 1 cm de camino óptico y 1 ml
de capacidad, obtiene un cambio en la concentración de sustrato de 0,2
mM/min cuando usa 10 µg de la proteína purificada. Calcule:
a) La actividad específica de la enzima.
b) El índice de recambio de la enzima. (La enzima posee un mol de Mg2+ por
mol de subunidad grande donde se localiza el sitio activo, participando el catión
en el proceso catalítico).
RESPUESTAS
Prob 6: a) alfa: pI= 5,2 beta: pI= 6,3 gamma: pI= 7,3.
b) alfa; a pH 6 carga neta (-).
c) beta y gamma; aumentando la fuerza iónica ó gradualmente el pH del buffer
de elución.
d) Porque es la más pequeña de las tres.
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b) Que A tiene una sola cadena polipeptídica (PM 40.000) y B dos (PM 30.000
y 10.000 unidas por puentes disulfuro).
c) Que A es un monómero y B es un heterodímero.
d) Que A tiene un enlace disulfuro intracadena y B tiene un enlace disulfuro
intercadena.
e) Porque la urea actúa sobre interacciones hidrofóbicas y puentes de H2, no
sobre enlaces covalentes. Porque el betamercaptoetanol no puede ingresar
dentro de las subunidades de esta proteína para cortar el enlace disulfuro.
Prob 15: a) Movilidad : 3,8 cm; 1,8 cm b) Masa aparente: 157.300 Da c) 2.145
(645 + 1500)
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c) Heterotrímero; 2 subunidades de PM= 30.000 y una subunidad de
PM= 40.000 (las subunidades de 30.000 están unidas entre sí por puentes
disulfuro).
d) 7,5 mg/ml.
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