EJERCICIO 1

Estás trabajando en un laboratorio y has clonado y secuenciado un fragmento de DNA de 420 pb.
Primero, quieres averiguar si este fragmento ya ha sido secuenciado anteriormente, ya que en este
caso puede que la secuencia ya haya sido caracterizada por otros investigadores y puedas encontrar
información sobre ella en las bases de datos correspondientes. Para hacer esto, es necesario utilizar
un programa llamado BLASTn que permite buscar secuencias similares a una que nosotros
tenemos. Copia tu secuencia y enganchala en el formulario del BLASTn.

cttcctgtccaatcgctgcctcaagctggcttaagtcctgctgagattcagcagttatggaaagaagtgactggagttcacagtatggaagacaatggcattaaacatggagggcta
gacctcactactaacaattcctcctcgactacctcctccaacacttccaaagcatcaccaccaataactcatcattccatagtgaatggacagtcttcagttctaagtgcaagacgaga
cagctcgtcacatgaggagactggggcctctcacactctctatggccatggagtttgcaaatggccaggctgtgaaagcatttgtgaagattttggacagtttttaaagcaccttaac
aatgaacacgcattggatgaccgaagcactgctcagtgtcgagtgcaaatgcaggtggtgcaacag

Las preguntas que quieres contestar son:

a. ¿A qué especie pertenece la secuencia?
b. ¿Esta secuencia corresponde a un gen o a una región no codificante del genoma? ¿Si es un gen, de cuál se trata?
c. ¿Hay secuencias homólogas en otras especies cercanas? ¿En qué especies? Di cinco especies.
PREDICTED: Homo sapiens forkhead box P2 (FOXP2), transcript variant X1, mRNA

LOCUS XM_017012801 6295 bp mRNA linear PRI 26-MAR-2018

DEFINITION PREDICTED: Homo sapiens forkhead box P2 (FOXP2), transcript variant X1, mRNA.
Fuente: Homo sapiens (human) ORGANISM Homo sapiens Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata;
Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Catarrhini; Hominidae; Homo.
organism="Homo sapiens"
mol_type="mRNA"
db_xref="taxon:9606"
chromosome="7"
gene 1..6295
gene="FOXP2"
gene_synonym="CAGH44; SPCH1; TNRC10"
nota="forkhead box P2; Derivado del análisis computacional automatizado mediante el método de predicción génica:
gnomon. La evidencia de apoyo incluye similitud con: 4 mRNAs, 46 ests, 45 lecturas largas de la Sra, 11 proteínas y 99%
de cobertura de la característica genómica anotada por alineaciones RNAseq "
GeneID:93986

gene="FOXP2"
gene_synonym="CAGH44; SPCH1; TNRC10"
codon_start=1
product="forkhead box protein P2 isoform X1"
protein_id="XP_016868290.1"

Proteína
Proteína de caja Forkhead P2
Gene
FOXP2
Organismo
Homo sapiens (humano)

Funcion
Represor transcripcional que puede desempeñar un papel en la especificación y diferenciación del epitelio pulmonar. Puede
también desempeñar un papel en el desarrollo de los tejidos neuronales, gastrointestinales y cardiovasculares. Puede actuar
con CTBP1 sinérgicamente reprimir la transcripción pero CTPBP1 no es esencial. Desempeña un papel en la formación de
la sinapsis mediante la regulación de los niveles de SRPX2. Involucrados en mecanismos neuronales de mediar el desarrollo
del habla y del lenguaje.
Regiones

GO - función Molecularme
 Atascamiento de la DNA Fuente: UniProtKB
 Actividad de factor de transcripción de ADN obligatoria Fuente: BHF-UCL
 Unión a proteínas idénticas Fuente: intacto
 atascamiento del ion del metal Fuente: UniProtKB-KW
 actividad de la proteína heterodimerization Fuente: Ensembl
 actividad de T329N la proteína Fuente: UniProtKB
 ARN polimerasa II promotor proximal secuencia específica DNA obligatorio Fuente: Ensembl
 Actividad del ARN polimerasa II transcripción factor, Unión de ADN de secuencia-específica Fuente: NTNU_SB
 Unión de ADN de secuencia-específica Fuente: BHF-UCL
 actividad del represor transcripcional, DNA de secuencia-específica de polimerasa del RNA II promotor proximal
enlace Fuente: Ensembl
GO - proceso biológicome
 morfogénesis de la estructura anatómica Fuente: GO_Central
 desarrollo del ojo tipo de cámara Fuente: Ensembl
 desarrollo del núcleo caudado Fuente: UniProtKB
 diferenciación de la célula Fuente: GO_Central
 desarrollo del cerebelo Fuente: Ensembl
 desarrollo de la corteza cerebral Fuente: BHF-UCL
 crecimiento Fuente: Ensembl
 comportamiento innato de vocalización Fuente: Ensembl
 desarrollo del alvéolo pulmonar Fuente: Ensembl
 regulación negativa de la transcripción, con plantilla de ADN Fuente: BHF-UCL
 regulación positiva de la proliferación de células epiteliales en la morfogénesis pulmonar Fuente: Ensembl
 regulación positiva de la proliferación de células mesenquimales Fuente: Ensembl
 desarrollo post embrionario Fuente: Ensembl
 desarrollo del putamen Fuente: UniProtKB
 respuesta a la testosterona Fuente: Ensembl
 reflejo de enderezamiento Fuente: Ensembl
 desarrollo de tejido de músculo esquelético Fuente: Ensembl
 desarrollo de tejido de músculo liso Fuente: Ensembl
 transcripción, con plantilla de ADN Fuente: UniProtKB-KW
 aprendizaje vocal Fuente: Ensembl

Secuencias homologas
Macaca fascicularis forkhead box P2 (FOXP2), mRNA

organism="Macaca fascicularis"
mol_type="mRNA"
db_xref="taxon:9541"
chromosome="3"
gene="FOXP2"
note= "derivado del análisis computacional automatizado mediante el método de predicción génica: gnomon. Las pruebas
de apoyo incluyen similitud con: 1 mRNA, 66 ests, 14 proteínas y 99% de cobertura de la característica genómica anotada
por RNAseq alineaciones "
GeneID:102116610
codon_start=1 /product="forkhead box protein P2"
protein_id="XP_015303447.1"

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/XM_015447961.1?report=genbank&log$=nucltop&blast_rank=44&RID=J19J7
AHX015
Mandrillus leucophaeus forkhead box P2 (FOXP2), variante de transcripción X4, mRNA

organism="Mandrillus leucophaeus"
mol_type="mRNA"
gene="FOXP2"
note= "derivado del análisis computacional automatizado mediante el método de predicción génica: gnomon. La evidencia
de apoyo incluye similitud con: 2 mRNAs, 74 ests, 16 proteínas "
GeneID:105529850
codon_start=1 /product="forkhead box protein P2 isoform X4" /protein_id="XP_011822490.1"

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/XM_011967100.1?report=genbank&log$=nucltop&blast_rank=52&RID=J19J7
AHX015

Rhinopithecus roxellana forkhead box P2 (FOXP2), variante de transcripción X6, mRNA

rganism="Rhinopithecus roxellana"
mol_type="mRNA"
gene="FOXP2"
note= "derivado del análisis computacional automatizado mediante el método de predicción génica: gnomon. Las pruebas
de apoyo incluyen similitud con: 2 mRNAs, 60 ests, 5 proteínas y 84% de cobertura de la característica genómica anotada
por alineaciones RNAseq "
GeneID:104660941
codon_start=1 /product="forkhead box protein P2 isoform X5" /protein_id="XP_010359721.1"

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/XM_010361419.1?report=genbank&log$=nucltop&blast_rank=57&RID=J19J7
AHX015

Chlorocebus sabaeus forkhead box P2 (FOXP2), variante de transcripción X23, mRNA

organism="Chlorocebus sabaeus"
mol_type="mRNA"
gene="FOXP2"
note= "derivado del análisis computacional automatizado mediante el método de predicción génica: gnomon. Las pruebas
de apoyo incluyen similitud con: 2 mRNAs, 6 proteínas y 100% de cobertura de la característica genómica anotada por
RNAseq alineaciones, incluyendo 3 muestras con soporte para todos los intrones anotados "
GeneID:103226760
gene="FOXP2" /standard_name="stSG611296" /db_xref="UniSTS:449715"
gene="FOXP2" /standard_name="REN102189" /db_xref="UniSTS:426986"

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/XM_007982659.1?report=genbank&log$=nucltop&blast_rank=63&RID=J19J7
AHX015

Pan troglodytes forkhead box P2 (FOXP2), variante de transcripción X4, mRNA

organism="Pan troglodytes"
mol_type="mRNA"
gene="FOXP2" /note="forkhead box P2; Derived by automated computational analysis using gene prediction method:
Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 4 mRNAs, 73 ESTs, 15 Proteins, and 99% coverage of the annotated
genomic feature by RNAseq alignments" /db_xref="GeneID:449627"
codon_start=1 /product="forkhead box protein P2 isoform X4" /protein_id="XP_009452288.1"

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/XM_009454013.3?report=genbank&log$=nucltop&blast_rank=89&RID=J19J7
AHX015