La enseñanza de la medicina no se estableció de forma real y efectiva en las
comunidades monásticas, lo hizo en las nuevas universidades, entre las que destaco la de Salerno.
La escuela médica de Salerno se edificó sobre aportaciones de las civilizaciones
latina, griega e islámica; los médicos salernitanos se mantuvieron libres del control clerical. Salerno abrió también sus puertas a las mujeres, la más famosa fue quizá la legendaria Trótula, posible autora de un tratado de obstetricia. En el año 904 la escuela de Salerno estaba altamente considerada; las copias manuscritas de los siglos XII y XIII de los primeros textos médicos utilizados en la escuela demuestran un gran interés por la práctica y un desdén hacia la filosofía, lo que constituye una de las características del empirismo de Salerno. Una recopilación de textos clásicos, “la práctica de Petroncellus” jugo un importante papel en el restablecimiento de los estudios médicos. Constantino fue una figura crucial para la instauración de la tradición hipocrática y galénica en Salerno, contribuyendo a mantener la continuidad con el mundo clásico. La anatomía salernitana procedía casi exclusivamente de las obras de Galeno; los médicos practicaron la disección de animales, por considerar que su estructura interna era la más parecida a la humana. El texto más conocido de la escuela salernitana es un poema en latín sobre dietética y preceptos higiénicos llamado “Regimen sanitatis salernitanum”, a su primera impresión en 1480, siguieron otras trescientas ediciones, constituyendo un libro de uso cotidiano en la práctica médica de los siglos XVI y XVII. Esta escuela no solo influyo en el desarrollo de la práctica médica sino también en el desarrollo de las universidades de Bolonia, Padua y Nápoles. La escuela de Montpellier fue rival de la de Salerno en lo que se refiere al retorno a la medicina basada en los conceptos griegos clásicos, en lo relativo al desarrollo de la enseñanza medica; conto con una escuela de rabinos de origen hispánico que enseñaban gramática y más tarde medicina. Fue denominada studium generale, la autorización para admitir judíos y árabes sugiere que no estaba bajo el control episcopal; en 1220, el cardenal Conrado promulgo de acuerdo con los obispos franceses unos estatutos para la Universidad de Montpellier que acentuaron todavía más la apertura a profesores y estudiantes no cristianos. La universidad de Paris fue la más sujeta al control de los monarcas franceses y de la iglesia, excepto el colegio de san Cosme, consagrado a la cirugía, se mantuvo independiente del estado y de la iglesia. Durante los años 1100 y 1400 se crearon muchas universidades en Francia, Inglaterra, Alemania, Países bajos y en Escandinavia; las escuelas médicas de casi todas estas ciudades, se desarrollaron bajo dos condiciones: el predominio de la medicina sobre la cirugía y la supremacía de la teología y de la filosofía cristianas sobre las ciencias de la naturaleza. Durante la época de las invasiones germánicas se perdieron muchos de los avances técnicos que había alcanzado la cirugía; los cristianos creían en la curación de las enfermedades por intercesión del espíritu santo, dejando de lado todos los procedimientos quirúrgicos, excepto las sangrías, amputaciones y extracciones dentales; las escuelas islámicas abandonaron muchas técnicas quirúrgicas, excepto la reducción de fracturas y el propagado uso del cauterio, como consecuencia, los conocimientos anatómicos requeridos para practicar este tipo de operaciones era limitado. Uno de los mejores cirujanos del siglo XIII fue Guillermo de Saliceto, el cual prefirió el uso de cuchillo a la cauterización en las operaciones quirúrgicas y escribió el primer tratado que se conoce de anatomía topográfica, en el que expuso de forma muy gráfica, el tratamiento quirúrgico de fracturas y otras enfermedades. Con el desarrollo de la cirugía se incrementó el interés por la anatomía; en la escuela de Salerno se redujo la práctica anatómica a la disección de animales, en cambio, durante el siglo XIV hubo un renacer de la disección de cadáveres humanos. Las primeras autopsias tenían un propósito medicolegal, intentando describir la causa de muerte, averiguar la naturaleza de enfermedades, especialmente las contagiosas. El mejor disector medieval fue Mondino de Luzzi, quien termino de escribir su Anathomia en 1316.
En conclusión se dice que las universidades encargadas de la enseñanza en
medicina poco a poco fueron discerniendo de la autoridad eclesiástica y del gobierno pues en la época en la que estas iniciaron, tanto el gobierno como la iglesia (que eran como uno solo) tenían ideas radicales y cerradas en cuanto al estudio del cuerpo humano y mucho más en cuanto las disecciones, es por ello que al principio las disecciones fueron en animales y posteriormente en humano, fueron varias escuelas las que se crearon con el fin de enseñar medicina pero algunas las que más destacaron por sus avances, interés y aportaciones fueron sobre todo, la escuela médica de Salerno, de Montpellier y la universidad de Paris cada una con un aporte especial que les hacía importantes aunque en algunas acciones eran muy similares.