Documentos de Académico
Documentos de Profesional
Documentos de Cultura
Proteomica PDF
Proteomica PDF
PROTEÓMICA
INTRODUCCIÓN.
ALGUNOS CONCEPTOS BÁSICOS
Una vez concluida la secuenciación del genoma humano, es necesario disponer
de técnicas que permitan comprender la relación entre la expresión de los genes
y los problemas biológicos. Este es precisamente el campo de la proteómica,
ciencia dedicada al estudio de la expresión de las proteínas y de sus cambios en
dependencia del contexto biológico. A diferencia de las técnicas clásicas utilizadas
en la bioquímica, la proteómica se basa en la separación y la identificación de
muchas proteínas (en el orden de mil o más) simultáneamente. Muchos de los
métodos utilizados en proteómica permiten obtener un despliegue (u ordenamiento
o arreglo) físico de mezclas muy complejas de proteínas, separadas mediante la
combinación hábil de dos (o más) técnicas de separación.
El proteoma [1] es el conjunto de proteínas expresadas por un organismo (o
por una parte de él, por ejemplo un tipo de tejido) en un momento dado. La
proteómica comprende tanto las técnicas para el estudio en gran escala de las
proteínas expresadas (proteoma) como las aplicaciones de estas técnicas al
análisis de problemas biológicos. Mientras que el genoma de un organismo es
esencialmente constante a lo largo de la vida, el proteoma tiene un carácter
dinámico: la expresión de proteínas cambia en diferentes etapas del ciclo celular
pero también en respuesta a acciones externas. En particular, las diferencias
entre un estado ¨normal¨ y uno patológico se traducen también a nivel molecular
en cambios en los patrones de expresión de proteínas. Es precisamente esta
variabilidad del proteoma lo que lo hace tan atractivo para la investigación
biomédica. Recientemente, la proteómica ha comenzado a dar una contribución
importante a nuestra comprensión de la biología y de la medicina.
Los avances logrados en genómica no se traducen directamente en nuestro
conocimiento de los respectivos proteomas: muchos genes carecen de función
368 CAPÍTULO 20
conocida, a muchos otros se les adjudica una función por analogía con otros
genomas estudiados previamente. Si se extrapola la situación encontrada con la
levadura, más de la mitad del genoma humano no tiene una función conocida en
estos momentos.
La proteómica incluye diversos campos de investigación:
• La identificación de las proteínas expresadas por un organismo en una
condición dada (proteómica descriptiva o estructural, todas las proteínas
expresadas en un momento y en un contexto)
• La identificación de los cambios en el nivel de expresión de proteínas
asociados a cambios en las condiciones del organismo (proteómica
comparativa, cuáles proteínas cambian cuando un organismo se somete a
condiciones diferentes)
• La identificación de conjuntos funcionales de proteínas, es decir, grupos de
proteínas que se localizan en un mismo sitio celular y que operan en mutua
interacción (interacciones proteína-proteína, proteómica funcional)
• La identificación de las proteínas que forman un organelo (este enfoque
conduce a la elaboración de un mapa molecular de la célula)
¿P OR QUE LA PROTEÓMICA ?
El dogma central de la genética:
ADN → ARN → PROTEÍNA
dió lugar a uno de los paradigmas esenciales de la biología que prevaleció durante
la segunda mitad del siglo pasado:
un gen → una proteína
Esta relación aparentemente simple, no refleja sin embargo la realidad [2].
Aunque es cierto que un gen codifica una secuencia de aminoácidos existen
dos eventos que incrementan considerablemente el número de proteínas que
pueden ser originadas por un gen y estar presentes en una célula en un momento
dado y por tanto hace más complejo el proteoma de una célula.
Uno de esos eventos es el fenómeno conocido como empalme alternativo
(splicing). En los mamíferos y otros organismos superiores el gen que codifica
una proteína no está constituido por una secuencia continua de nucleótidos.
Una parte de la secuencia del gen está formada por regiones no codificantes
que interrumpen la secuencia codificante del gen y son llamados intrones. Las
PROTEÓMICA 369
Para los organismos cuyos genomas han sido ya secuenciados es posible calcular
el proteoma teórico. Estos abarcan aproximadamente desde pI 3 hasta pI 12-13
y desde 1,000- 2,000 Da hasta aproximadamente 500 kDa. Pero la mayor parte
(posiblemente alrededor del 70 %-80 %) de las proteínas están concentradas
en una zona mas estrecha que va aproximadamente entre pI 3.5 y pI 10 y masa
entre 10 y 100 kDa. Esta es la zona que generalmente se estudia con las técnicas
de electroforesis bidimensional.
En adición, un tercer elemento tiene que ser considerado: el grado de
hidrofobicidad de las proteínas. Este es muy variable y va desde estructuras
hidrofílicas hasta estructuras muy hidrofóbicas. Las proteínas hidrofóbicas
abundan en las membranas, y tienen regiones o dominios cuyas propiedades de
solubilidad son más cercanas a las de los polímeros orgánicos convencionales
PROTEÓMICA 373
P R E PARACIÓN DE MUESTRAS
PRINCIPALES FORMAS DE ABORDAR LOS PROBLEMAS QUE PLANTEA EL AMPLIO RANGO DINÁMICO
Este proble ma, que es esencial para un análisis abarcador del proteoma celular,
se ha abordado con los siguientes enfoques:
a) Eliminación selectiva de componentes mayoritarios. Para ello es necesario
que los métodos sean altamente específicos y no eliminen simultáneamente
los componentes minoritarios. Este enfoque está dirigido al estudio de un
subproteoma enriquecido en las especies menos abundantes, tras la
eliminación de las más abundantes. Se basa principalmente en series
sucesivas de cromatografías de inmunoafinidad con anticuerpos policlonales
inmovilizados en columnas que retienen las especies mayoritarias.
Recientemente [19] se utilizó una sucesión de 9 pasos de inmunoafinidad
para la preparación de una muestra de plasma humano. Ello permitió
identificar 3 800 especies moleculares correspondientes a 325 genes diferentes
(es decir, que aproximadamente cada proteína aparece como promedio con 11
variantes moleculares resueltas). Algunos de estos sistemas consisten en
una única columna portadora de 6 tipos de anticuerpos policlonales dirigidos
contra las 6 proteínas más abundantes en el plasma y están disponibles
comercialmente.
380 CAPÍTULO 20
CROMATOGRAFIA LIQUIDA
Como ya se mencionó la electroforesis bidimensional posee algunas limitaciones
para analizar proteínas hidrofóbicas ya que por su escasa solubilidad están
subrepresentadas en los mapas electroforéticos bidimensionales obtenidos hasta
el momento. Por otra parte, aquellas proteínas que poseen puntos isoeléctricos
muy ácidos o básicos son difíciles de focalizar en la mayoría de los geles de
isoelectroenfoque disponibles en el mercado. El amplio rango dinámico es otro
problema no resuelto.
Por tales motivos, en los últimos años ha existido la tendencia a trabajar con los
péptidos en vez de las proteínas tratando de solucionar las limitaciones señaladas.
La idea consiste en marcar diferencialmente con isótopos estables los péptidos
generados por la proteólisis de todas las proteínas sintetizadas por una célula o
tejido en dos condiciones que se desean estudiar o comparar. Posteriormente,
mediante el análisis por cromatografía líquida de fase reversa (o combinada
con otro método cromatográfico) acoplada a la espectrometría de masas se
puede realizar la identificación de las proteínas en las bases de datos de
secuencias. La cuantificación se logra mediante un análisis detallado de las
distribuciones isotópicas de los péptidos analizados y así se infiere la expresión
diferencial de las proteínas que los contienen.
Aunque la idea parece sencilla, no deja de tener asociada una gran complejidad
pues si bien el trabajo con péptidos puede ser más fácil en comparación con las
proteínas, no es menos cierto que ya la mezcla de proteínas que se deriva de
una célula o tejido de por sí es muy compleja por lo que una vez realizada la proteólisis
la mezcla de péptidos que se genera debe ser mucho más compleja aún.
Por tales motivos se han empleado propiedades ortogonales para lograr la
separación de la mezcla de péptidos obtenida. Entre estas propiedades tenemos
la talla, carga, hidrofobicidad, e interacción biológica o afinidad. Por lo tanto es
de esperar un sinnúmero de posibles combinaciones en la cromatografía
multidimensional pero lo común entre todas radica en que persiguen un mismo
objetivo: obtener la mejor resolución posible para posteriormente identificar una
mayor cantidad de proteínas en el análisis por espectrometría de masas.
Entre las combinaciones más empleadas se encuentra la cromatografía de
intercambio iónico con la cromatografía de fase reversa (RP). Particularmente
en esta combinación la utilización de columnas de RP en el segundo paso permite
que la mezcla a su vez sea desalada y pueda ser analizada mediante
espectrometría de masas empleando electronebulización (ESI). También se han
reportado otras combinaciones que emplean cromatografías de exclusión por
tamaño molecular (SEC) y RP [23]. Raida y colaboradores combinaron la
PROTEÓMICA 383
en series del extremo N-terminal (an , bn , cn ) o series del extremo C-terminal (xn ,
y¨n , zn ) en dependencia de cuál de los dos extremos del péptido original se
conservan en sus estructuras. El subíndice que acompaña cada tipo de
fragmentación se corresponde con la cantidad de residuos aminoacídicos que
posee el ión fragmento (ver Figura 20.4).
Figura 20.4. Nomenclatura de las fragmentaciones que se obtienen por Disociación Activada
por Colisiones en experimentos MS/MS. Los fragmentos a, b y c contienen el
extremo N-terminal y los fragmentos x, y y z conservan el extremo C-terminal. Los
subíndices que acompaña cada tipo de fragmentación se corresponden con la
cantidad de residuos aminoacídicos en el ión fragmento. Nótese que los fragmentos
b y y se obtienen por ruptura del enlace peptídico y por tanto son complementarios
en la información sobre la secuencia. Son además, en general, los iones mas intensos
en el espectro MS/MS.
Figura 20.6. Espectro MS/MS del péptido VLFSSDGGVVK. Puede observarse que la mayoría de
los iones presentes corresponden a los fragmentos y, algo frecuente en los espectros de
péptidos trípticos que poseen un aminoácido básico en el extremo C-terminal y por
tanto conservan la carga en ese residuo. En este ejemplo es posible deducir con relativa
facilidad la secuencia completa del péptido, algo que no siempre ocurre.
MODIFICACIONES POST-TRADUCCIONALES
Como hemos la espectrometría de masas permite identificar una proteína, y
secuenciarla lo que resulta de gran importancia aunque hay otro aspecto muy
relevante de esta técnica que es su capacidad para identificar y localizar las
modificaciones post-traduccionales. Se conocen más de 200 tipos de
modificaciones. La espectrometría de masas es prácticamente el único método
capaz de detectarlas y determinar su ubicación en la cadena de aminoácidos.
De la descripción del procedimiento de secuenciación por espectrometría de
masas resulta evidente que es posible detectar cualquier posible modificación
por el corrimiento de masa que provoca en el aminoácido donde se encuentra
localizada. Cuando al analizar un espectro MS/MS para secuenciar un péptido,
el valor de masa obtenido para alguna de las fragmentaciones no se corresponde
con ninguno de los valores de masas de los veinte aminoácidos más comunes,
es muy probable que sea debido a la presencia de una modificación post
traduccional. Con el auxilio de tablas que reportan los corrimientos de masa
provocados por las diferentes modificaciones se puede identificar el aminoácido
y la modificación correspondiente. En la Tabla 20.2 se muestran los corrimientos
esperados para algunas de las modificaciones mas comunes. Pueden encontrarse
tablas muy completas en: http://www.abrf.org/index.cfm/dm.home o http://
www.unimod.org/
m m
392 CAPÍTULO 20
Figura 20.8. Resumen de las Estrategias de Identificación de Proteínas. Las 3 principales estrategias
son: 1. Huella de masas de la proteína. Se obtiene el espectro de masas de la mezcla
de péptidos proteolíticos. Los valores de las masas obtenidos se comparan con las
digestiones teóricas de las proteínas en las bases de datos para la identificación. 2.
Etiqueta de secuencia. Requiere de espectros MS/MS. Se seleccionan uno o varios
péptidos, se obtiene el espectro MS/MS y se determina una secuencia parcial. Es
suficiente 3-4 residuos para identificar la proteína en las bases de datos. 3. Huella de
masas MS/MS. Igualmente requiere del uso de MS/MS pero a diferencia del anterior
no es necesaria la determinación de una secuencia parcial. Se basa en que los iones
fragmentos de un péptido son característicos y por tanto basta para encontrar un
péptido idéntico en las bases de datos e identificar la proteína correspondiente.
396 CAPÍTULO 20
APLICACIONES DE LA PROTEÓMICA
Las múltiples aplicaciones de estas técnicas pueden agruparse en dos categorías
principales:
1. Caracterización del proteoma de un organismo. El propósito de este estudio
es la identificación del mayor número de proteínas expresadas por un
organismo en una condición biológica particular. En el caso de organismos
unicelulares o de células en cultivo, muchos trabajos se han propuesto la
separación y la identificación de proteínas en preparaciones de proteínas
totales y ya existen mapas en bases de datos para numerosos organismos.
Sin embargo, para lograr un nivel superior de información se prefiere
descomponer el estudio del proteoma en el estudio de subproteomas
correspondientes a organelos subcelulares (Figura 20.9). Actualmente la
Organización del Proteoma Humano (HUPO) tiene en curso 3 proyectos
internacionales destinados a la construcción de los primeros mapas
proteómicos de órganos o tejidos. Estos son: cerebro, hígado y plasma.
2. Proteómica Comparativa (Figura 20.10): consiste en evaluar los cambios en
la expresión de proteínas de un organismo sometido a dos o varias condiciones
biológicas diferentes, generalmente una de ellas es una condición control
que se utiliza como referencia de la expresión de proteínas en condiciones
“normales”. Este tipo de trabajo suministra información a nivel molecular de
los cambios causados por la acción de un agente externo (por ejemplo un
medicamento), por cambios en las condiciones de cultivo, las diferencias
398 CAPÍTULO 20
entre una línea celular normal y una tumoral, la evaluación de los cambios
producidos por un agente infeccioso, el desarrollo de los mecanismos de resistencia
a quimioterapéuticos o antimicrobianos. Este tipo de investigación es de alto
valor en ciencias biomédicas. Para los trabajos de proteómica comparativa es
necesario disponer de un diseño experimental cuidadosamente planificado. Aquí
resulta de gran utilidad la existencia de una hipótesis previa que oriente la búsqueda
hacia determinado tipo de proteínas que pueden ser seguidas por inmunodetección
con anticuerpos específicos o que se suponen localizadas esencialmente en un
organelo subcelular . Por ejemplo, algunos proyectos se orientan específicamente
hacia la identificación de cambios en los patrones de fosforilación de proteínas.
En este caso, la detección del subconjunto de proteínas fosforiladas puede
facilitarse mediante el uso de anticuerpos específicos.
Figura 20.9. Confección de un mapa bidimensional anotado. Como resultado de las identificaciones
efectuadas por espectrometría de masas, el mapa bidimensional de proteínas se
enriquece con abundante información que incluye la identificación de la naturaleza
de las proteínas, el punto isoeléctrico y la masa experimental y teórica, y las
propiedades reportadas anteriormente en la literatura.
PROTEÓMICA 399
Figura 20.10. Proteómica comparativa. El esquema resume los pasos principales que permiten
la comparación de la expresión de proteínas en dos condiciones biológicas y la
consecuente identificación de los cambios.
REFERENCIAS
1. Wasinger VC, Cordwell SJ, Cerpa-Poljak A, Yan JX, Gooley AA, Wilkins MR, Duncan
MW, Harris R, Williams KL, Humphery-Smith I. Progress with gene-product mapping of
Mycoplasma genitalium. Electrophoresis. 1995, 16:1090-1094.
2. Humphery-Smith I, Cordwell SJ, Blackstock WP. Proteome research: Complementarity and
limitations with respect to the RNA and DNA worlds. Electrophoresis I, 1997, 18, 1217-
1242.
3. Kettman JR, Coleclough C, Frey JR, Lefkovits I. Clonal proteomics: One gene-family of
proteins. Proteomics 2002, 2, 624-631.
4. 2D Gel electrophoresis tutorial. http://www.aber.ac.uk/~mpgwww/Proteome/Tut_2D.html
5. Protocols for sample preparation and 2D-PAGE. http://www.abdn.ac.uk/~mmb023/
protocol.htm
6. Technical information on 2D-PAGE. http://expasy.hcuge.ch/ch2d/technical-info.html
7. Gorg A, Obermaier GB, Boguth G, Harder A, Scheibe B, Wildgruber R, Weiss W. The current
state of two-dimensional electrophoresis with immobilized pH gradients. Electrophoresis
2000, 21, 1037-1053.
8. Westermeier R, Naven T (Editors). Proteomics in practice. Willey-VCH Verlag, Weinheim
2002.
9. Link AJ (Editor). Methods in Molecular Biology, Vol 112: 2D proteomics analysis protocols.
Humana Press, New Jersey, 1999.
10. Klose J. Protein mapping by combined isolectric focusing and electrophoresis of mouse
tissues. A novel approach to testing for induced point mutations in mammals. Humangenetik
1975, 26, 211-234.
11. O’Farrell, P H. High resolution two-dimensional electrophoresis of proteins. J. Biol. Chem.
1975, 250, 4007-4021.
12. Gonzalez LJ, Castellanos-Serra L, Badock V, Diaz M, Moro A, Perea S, Santos A, Paz-Lago
D, Otto A, Muller EC, Kostka S, Wittman-Liebold B, Padron G. Identification of nuclear
proteins of small cell lung cancer cell line H82: An improved procedure for the analysis of
silver-stained proteins. Electrophoresis 2003, 24, 237-252.
13. Corthals GL. Exploitation of specific properties of trifluoroethanol for extraction and
separation of membrane proteins. Presented at the Proteomics forum 2003, September
2003, Munich, Germany.
14. Castellanos-Serra L and Paz-Lago D. The inhibition of unwanted proteolysis during sample
preparation. Its evaluation in challenge experiments. Electrophoresis 2002, 23, 1745, 1753.
15. Klose J, Kobalz U. Two-dimensional electrophoresis of proteins: An update protocols and
implications for functional analysis of the genome. Electrophoresis 1995, 16, 1034-1059.
16. Gauss C, Kalkum M, Lowe M, Lehrach H, Klose J. Analysis of the mouse proteome. (I)
Brain proteins: Separation by two-dimensional electrophoresis and identification by mass
spectrometry and genetic variation. Electrophoresis 1999, 20, 575-600.
PROTEÓMICA 401
17. Corthals GL, Wasinger VC, Hochstrasser DF, Sanchez JC. The dynamic range of proteins
expression: A challenge for proteomic research. Electrophoresis 2000, 21, 1104-1115.
18. Anderson NL and Anderson NG. The human plasma proteome. Molecular and Cellular
Proteomics 2002, 1, 845-867.
19. Pieper R, Gatlin CL, Makusky AJ, Russo PS, Schatz CR, Miller SS, Su Q, McGrath AM,
Estock MA, Parmar PP, Zhao M, Huang ST, Zhou J, Wang F, Esquer-Blasco R, Anderson
NL, Taylor J, Steiner S. The human serum proteomic display of nearly 3700
chromathographically separated protein spots on two-dimensional electrophoresis gel and
identification of 325 distinct proteins. Proteomics 2003, 7, 1345-1364.
20. Graham JM and Rickwood D (Editors). Subcellular fractionation: A practical Approach.
Oxford University Press 1997, New York.
21. Molloy MP, Herbert BR, Walsh BJ, Tyler MI, Traini M, Sanchez JC, Hochstrasser, DF,
Willians KL, Gooley AA. Extraction of membrane proteins by differential solubilization for
separating using two-dimensional gel electrophoresis. Electrophoresis 1998, 19, 837-844.
22. Schagger H and Von Jagow G. Tricine-Sodium Dodecyl Sulphate gel electrophoresis for the
separation of proteins in the range from 1 to 100 kDa. Analytical Biochemistry 1987:166,
368-379.
23. Opiteck, G, J and Jorgenson, J, W Two-dimensional SEC/RPLC coupled to mass spectrometry
for the analysis of peptides, Anal.Chem., 1997,69(13), 2283-2291
24. Raida M, Schulz-Knappe P, Heine G, Forssmann WG. Liquid chromatography and
electrospray mass spectrometric mapping of peptides from human plasma filtrate, J Am Soc
Mass Spectrom. 1999, 10(1), 45-54.
25. Washburn MP, Wolters D, Yates JR 3rd. Large-scale analysis of the yeast proteome by
multidimensional protein identification technology, Nat Biotechnol. 2001, 19(3), 242-247.
26. Wolters DA, Washburn MP, Yates JR 3rd. An automated multidimensional protein
identification technology for shotgun proteomics, Anal. Chem. 2001, 73(23), 5683-5690.
27. Davis MT, Beierle J, Bures ET, McGinley MD, Mort J, Robinson JH, Spahr CS, Yu W,
Luethy R and Patterson SD. Automated LC–LC–MS–MS platform using binary ion-exchange
and gradient reversed-phase chromatography for improved proteomic analyses,
J.Choromatogr.B Biomed .Sci. Appl. 2001, 752(2), 281-291.
28. Pang JX, Ginanni N, Dongre AR, Hefta SA, Opitek GJ. Biomarker discovery in urine by
proteomics, J.Proteome Res. 2002, 1(2), 161-169.
29. Bushey,M,M and Jorgenson,J,W. Automated instrumentation for comprehensive two-
dimensional high-performance liquid chromatography of proteins, Anal Chem. 1990, 62(2),
161-167.
30. Anderson, L, and Porath J. Isolation of phosphoproteins by immobilized metal (Fe3+)
affinity chromatography, Anal. Biochem. 1986, 154(1), 250-254
31. Li, S and Dass, C. Iron(III)-immobilized metal ion affinity chromatography and mass
spectrometry for the purification and characterization of synthetic phosphopeptides, Anal.
Biochem. 1999, 270(1), 9-14
32. Ficarro SB, McCleland ML, Stukenberg PT, Burke DJ, Ross MM, Shabanowitz J, Hunt DF,
White FM. Phosphoproteome analysis by mass spectrometry and its application to
Saccharomyces cerevisiae, Nat. Biotechnol. 2002, 20(3), 301-305
402 CAPÍTULO 20
33. JiJ, A. Chakraborty, M. Geng, X, Zhang, A. Amini, M.Bina and F.Regnier. Strategy for
qualitative and quantitative analysis in proteomics based on signature peptides, J. Chromatogr.
2000, 745(1), 197-210.
34. Gygi, S. P., Rist, B., Gerber, S. A., Turecek, F., Gelb, M. H., and Aebersold, R Quantitative
analysis of complex protein mixtures using isotope-coded affinity tags., Nat. Biotechnol.
1999, 17(10), 994–999.
35. Gevaert K, Van Damme J, Goethals M, Thomas GR, Hoorelbeke B, Demol H, Martens L,
Puype M, Staes A, Vandekerckhove J. Chromatographic Isolation of Methionine-containing
Peptides for Gel-free Proteome Analysis: Identification Of More Than 800 Escherichia Coli
Proteins. Mol .Cell Proteomics. 2002,1(11), 896-903.
36 .M. Barber, R. S. Bordoli, R. D. Sedgwick and A. N. Tyler. Fast Atom Bombardment: A New
Ion Source for Mass Spectrometry, J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1981, 325.
37. Fenn JB, Mann M, Meng CK, Wong SF, Whitehouse CM, Electrospray ionization for mass
spectrometry of large biomoléculas, Science. 1989, 246(4926), 64-71.
38. Tanaka K, Waki H, Ido Y, Akita S, Yoshida Y and Yoshida T. Protein and polymer analysis
of up to m/z 100,000 by laser ionization time-of-flight mass spectrometry, Rapid Commun.
Mass Spectrom., 1988, 2, 151–153.
39. Karas M, Hillenkamp F. Laser desorption ionization of proteins with molecular masses
exceeding 10,000 daltons, Anal Chem. 1988, 60(20):2299-301.
40. Whitehouse CM, Dreyer RN, Yamashita M, Fenn JB., Electrospray interface for liquid
chromatographs and mass spectrometers. Anal Chem. 1985, 57(3), 675-9
41. Hayes, R. N.; Gross, M. L. Collision-induced dissociation, Methods Enzymol. 1990,193,
237.
42. Biemann, K. Contributions of mass spectrometry to peptide and protein structure, Biomed
Environm. Mass Spectrom. 1988, 16, 99-111.
43. Roepstorff, P.; Fohlman, J. Proposal for a common nomenclature for sequence ions in mass
spectra of peptides, Biomed. Mass Spectrom. 1984,11(11), 601.
44. Medzihradszky KF, Campbell JM, Baldwin MA, Falick AM, Juhasz P, Vestal ML, Burlingame
AL. The characteristics of peptide collision-induced dissociation using a high-performance
MALDI-TOF/TOF tandem mass spectrometer, Anal Chem., 2000, 72(3), 552-8.
45. Yergey AL, Coorssen JR, Backlund PS Jr, Blank PS, Humphrey GA, Zimmerberg J, Campbell
JM, Vestal ML. De novo sequencing of peptides using MALDI/TOF-TOF., J Am Soc Mass
Spectrom. 2002, 13(7):784-91.
46. Adams, J.; Gross, M. L. Energy requirement for remote charge site ion decompositions and
structural information from collisional activation of alkali metal cationized fatty alcohols, J.
Am. Chem. Soc. 1986, 108(22), 6915.
47. Clauser KR, Baker P, Burlingame AL. Role of accurate mass measurement (+/- 10 ppm) in
protein identification strategies employing MS or MS/MS and database searching. Anal
Chem. 1999, 71(14):2871-82.
48. Wool A, Smilansky Z. Precalibration of matrix-assisted laser desorption/ionization-time of
flight spectra for peptide mass fingerprinting. Proteomics. 2002, 2(10):1365-73.
PROTEÓMICA 403
49. Perkins, D. N., Pappin, D. J., Creasy, D. M., Cottrell, J. S. Probability-based protein
identification by searching sequence databases using mass spectrometry data, Electrophoresis,
1999, 20(18), 3551-3567.
50. Zhang, W., Chait, B.T. ProFound: an expert system for protein identification using mass
spectrometric peptide mapping information, Anal. Chem., 2000, 72(11), 2482-2489.
51. Mann, M.; Hojrup, P.; Roepstorff, P. Use of mass spectrometric molecular weight information
to identify proteins in sequence databases, Biol. Mass Spectrom. 1993, 22(6), 338.
52. Gevaert, K.; Verschelde, J.; Puype, M.; Van Damme, J.; Goethals, M.; De Boeck, S.;
Vandekerhove, J. Structural analysis and identification of gel-purified proteins, available in
the femtomole range, using a novel computer program for peptide sequence assignment, by
matrix-assisted laser desorption ionization-reflectron time-of-flight-mass spectrometry,
Electrophoresis. 1996, 17(5), 918.
53. Mann, M and Wilm, M. Error-tolerant identification of peptides in sequence databases by
peptide sequence tags. Anal Chem. 1994, 66(24), 4390-4399.
54. Ducret A, Van Oostveen I, Eng JK, Yates JR 3rd, Aebersold R. High throughput protein
characterization by automated reverse-phase chromatography/electrospray tandem mass
spectrometry. Protein Sci. 1998, 7(3):706-19.
55. Gatlin CL, Eng JK, Cross ST, Detter JC, Yates JR 3rd. Automated identification of amino
acid sequence variations in proteins by HPLC/microspray tandem mass spectrometry. Anal
Chem. 2000, 72(4):757-63.
56. Mackey AJ, Haystead TA, Pearson WR., Getting more from less: algorithms for rapid
protein identification with multiple short peptide sequences. Mol Cell Proteomics. 2002,
1(2):139-47.
57. Schevchenko, A., Sunyaev, S., Loboda, A., Schevchenko, A., Bork, P., Ens W., Standing K. G.
Charting the proteomes of organisms with unsequenced genomes by MALDI-quadrupole
time-of-flight mass spectrometry and BLAST homology searching, Anal. Chem. 2001, 73(9),
11917-1926.
58. Liska, A. J., Schevchenko, A. Expanding the organismal scope of proteomics: cross-species
protein identification by mass spectrometry and its implications. Proteomics. 2003, 3(1),
19-28.
59. Sunyaev, S., Liska, A. J., Golod, A., Schevchenko, A., Schevchenko, A. MultiTag: multiple
error-tolerant sequence tag search for the sequence-similarity identification of proteins by
mass spectrometry, Anal. Chem. 2003, 75(6), 1307-1315.