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de la polimerasa
Alejandra Serrato Daz1, Lluvia Flores Rentera2,
Jaime Aportela Cortez3 y Edgar Sierra Palacios4
Introduccin
1
Departamento de Hidrobiologa. Universidad Autnoma Metropolitana-Iztapalapa,
Av. San Rafael Atlixco 186, colonia Vicentina. C. P. 09340. Mxico, D. F. alej@xanum.
uam.mx.
2
Instituto de Ecologa, Universidad Nacional Autnoma de Mxico, 3er. Circuito Exte-
rior, Ciudad Universitaria, C. P. 04510. Mxico, D. F. lluviafloresr@hotmail.com.
3
Laboratorio de Biologa Molecular, Centro Nacional de Investigacin y Capacitacin
Ambiental, Instituto Nacional de Ecologa. Av. San Rafael Atlixco # 186. UAM Izta-
palapa Edificio W, Planta baja. Col. Vicentina. C.P. 09349. Mxico, D. F. japortelac@
gmail.com.
4
Universidad Autnoma de la Ciudad de Mxico, Calzada Ermita Iztapalapa 4163,
Colonia Lomas de Zaragoza, Delegacin Iztapalapa, C. P. 09620. Mxico, D. F. ome-
alca@yahoo.com.
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en la replicacin. Estas protenas actan en diferentes actividades, como: 1) la
identificacin del sitio de origen de la replicacin; 2) el desenrollamiento de la
doble hlice; 3) la estabilizacin de la estructura desenrollada; 4) la generacin
de cadenas iniciadoras complementarias con un extremo 3 libre que sirve de
iniciador para que la ADN polimerasa comience su actividad catalizadora; 5) el
avance de la bifurcacin replicadora por desenrollamiento; 6) los pasos finales
del ensamblaje de dos cadenas complementarias; 7) la identificacin de los si-
tios de terminacin y 8) el superenrollamiento de las dos nuevas molculas de
ADN (Figura 1). Sin embargo, la enzima ms importante en la replicacin es la
polimerasa del ADN dependiente de ADN, comnmente conocida como ADN po-
limerasa, porque es la encargada de incorporar nucletidos durante la sntesis de
las nuevas cadenas de ADN (Bohinski 1991).
Figura 1. Proceso de replicacin del ADN a nivel celular. Horquilla de replicacin del
ADN con algunas de las protenas ms importantes que participan el proceso. La mo-
lcula original de ADN sirve de molde para que la ADN polimerasa genere una nueva
copia de un fragmento de ADN. La ADN polimerasa celular requiere la presencia de
un iniciador para llevar a cabo el proceso de replicacin. Modificada de www.biologia.
edu.ar/adn/imagenes/ch8f20.gif.
Antes de la PCR
Durante la PCR
a) Preparacin de la muestra
b) Amplificacin
Desnaturalizacin inicial
Ciclos de la PCR: desnaturalizacin,
alineamiento y extensin
Extensin final
Despus de la PCR
a) Electroforesis
(BM) Boehriger Mannheim; (ET) Epicenter Technology; (LT) Life Technology; (Pro) Pormega; (NEB) New
Englad Biolabs; (E-P) Perkin-Elmer; (T) TaKaRa; (Strat) Stratagene; (Amr) Amresco; (Finnz) Finnzymes OY.
Protocolo
Equipo
Termociclador
Vortex
Micropipetas de 2, 20, 100 y 200 l,
Microcentrfuga
Fotodocumentador
Material
Reactivos
Mtodo
zima decrece muy rpido a partir de los 95 C, por lo que a estas tempe-
raturas o superiores es aconsejable disminuir el tiempo de incubacin.
2.2.2 Alineamiento. Al disminuir la temperatura de incubacin los inicia-
dores se unen al ADN molde en las zonas 3complementarias. Ambos ini-
ciadores se unen de manera especfica al ADN flanqueando el fragmento
que se quiere amplificar. En este caso, la temperatura y el tiempo van a
depender de 3 factores relacionados con los iniciadores: la concentracin,
el nmero de bases y el porcentaje de guaninas-citosinas. En la prctica, la
temperatura de alineamiento oscila entre 45 y 65 C durante un tiempo
entre 30 segundos y 1 minuto. Un aumento de temperatura o del tiempo
favorece la especificidad porque disminuye las uniones incorrectas de los
iniciadores con la hebra molde (ver Anexo 1).
2.2.3 Extensin. Esta etapa, tambin conocida como elongacin, am-
plificacin o polimerizacin, consiste en la sntesis de la nueva cadena
de ADN, a partir del extremo 3 del iniciador por accin de la ADN poli-
merasa, empleando como sustrato los cuatro dNTPs. En la mayora de
las reacciones, la etapa de extensin se realiza a 72 C porque es la
temperatura a la cual la Taq polimerasa (enzima ms utilizada) alcanza
su mayor actividad. El tiempo de extensin depende de la longitud del
fragmento a amplificar, la Taq polimerasa aade de 500 a 1000 nucle-
tidos por minuto.
2.3 Extensin final. Generalmente, al terminar los ciclos, se realiza una l-
tima extensin de aproximadamente 5 minutos a 72 C para permitir que
Recomendaciones
C2 * V2
V1 =
C1
Donde:
V1 es el volumen que se tiene que tomar del reactivo en stock para obtener
la concentracin deseada
C1 es la concentracin a la cual se encuentra el reactivo en stock
Mtodo de anlisis
Aplicaciones
Ventajas y desventajas
Perspectivas
Bibliografa
Aoyaki K. 2001. PCR. En: A. S. Gerstein (ed.). Molecular biology problems solver: A
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Erlich H. A. 1989. PCR Technology: Principles and applications for DNA amplifica-
tion. Stockton Press, Nueva York, EE.UU.
Muestra. Puede ser ADN de doble o de una sola cadena de cualquier origen (ani-
mal, microbiano, plantas, etc.), tambin las molculas de ARN pueden servir de
molde para generar productos amplificados. En teora, es suficiente con una
sola copia intacta de cido nucleico para la PCR , pero es recomendable utilizar
como mnimo un nanogramo de ADN clonado, un microgramo de ADN genmi-
co 105 molculas de cido nucleico para la tcnica de PCR . Por lo general es
importante visualizar el ADN en un gel de agarosa para evaluar su integridad.
Sin embargo, existen muestras con muy baja concentracin que no se pueden
observar pero si se pueden amplificar debido a la eficiencia de la tcnica.
La pureza del cido nucleico (ADN o ARN) empleado en la PCR no necesita
ser tan alta para algunas aplicaciones, una sola clula, un lisado proveniente
de una clula e incluso una pequea cantidad de muestra de ADN degradada
puede ser adecuada para una buena amplificacin. Los requerimientos funda-
mentales deben ser que se tenga un mnimo de copias intactas de una de las
hebras ADN que abarque la regin a amplificar y que las impurezas asociadas
a la muestra estn adecuadamente diluidas a fin de no inhibir la actividad enzi-
mtica. Sin embargo, para algunas aplicaciones tales como PCR de fragmentos
largos o para la secuenciacin, es necesario considerar la calidad y la cantidad
de la muestra de ADN (Cheng et al. 1994, 1995). En algunas ocasiones, para
poder llevar a cabo la amplificacin o para optimizarla, es recomendable probar
diluciones del ADN 1/10,1/25, 1/50, 1/100 y 1/200 en una misma reaccin.
Esta accin conlleva a la dilucin de algn contaminante inhibidor de la PCR o a
la optimizacin de la cantidad de molculas molde de ADN.
Buffer o solucin amortiguadora. Provee la fuerza inica y la capacidad
amortiguadora necesaria durante la reaccin. Es importante sealar que la
concentracin de sales afecta la Tm de los iniciadores y por lo tanto la tempe-
ratura de alineamiento.
El ion magnesio. Es un co-factor esencial para la ADN polimerasa, su con-
centracin debe ser optimizada para cada iniciador. Muchos componentes de la
reaccin se unen al in magnesio, incluyendo iniciadores, ADN, productos de la
PCR y nucletidos. El principal aglutinante o secuestrador del ion magnesio es la
alta concentracin de nucletidos, por lo que la concentracin total del ion mag-
nesio debe exceder la concentracin total de dNTPs. Normalmente para iniciar
la optimizacin del proceso de la PCR se comienza con 1.5 mM de magnesio en
Tm = 4(G+C) + 2(A+T)
Siendo G, C, T y A el nmero de cada una de las bases que forman cada uno
de los oligos.
- La temperatura de alineamiento de los dos iniciadores utilizados en una
reaccin debe ser similar.
Polimerasa. La concentracin recomendada de enzima ADN polimerasa en PCR
es de 1-2.5 unidades por 100 L de volumen de reaccin (generalmente la enzima
se comercializa a una concentracin de 5U/L). Esto representa en equivalencia
molar, un valor bajo en comparacin a los otros componentes de la reaccin. Una
baja concentracin de enzima garantiza la fidelidad de la amplificacin del ADN,
una alta concentracin de enzima resulta en la amplificacin de productos ines-
pecficos. Otros factores que pueden modificar la fidelidad de la enzima ADN poli-
merasa son la presencia de actividad exonucleasa 3-5, la tendencia natural de la
enzima para insertar errores, la facilidad con que los errores pueden ser retirados,
la concentracin de sales, especficamente la concentracin de magnesio.
Aditivos. En algunas ocasiones, para optimizar la PCR es recomendable la
adicin de sustancias adyuvantes que incrementan la especificidad y fidelidad
(Landre et al. 1995), entre las ms usadas estn:
Para mejorar:
a) Fidelidad y especificidad
Seleccionar una enzima con actividad 3-5 exonucleasa.
Utilizar iniciadores con ms de 15 nucletidos.
Incrementar la temperatura de alineamiento.
Reducir el tiempo de desnaturalizacin y alineamiento en el ciclo.
Reducir la concentracin de iniciadores.
Reducir el nmero de ciclos.
Reducir la concentracin de Mg2+.
Revisar que el termociclador funcione adecuadamente.
b) Eficiencia de amplificacin
Incrementar la concentracin de dNTPs y enzimas.
Usar en concentracin baja algn aditivo (ver Anexo 1).
Reducir el tamao del fragmento que se desea amplificar (amplicn).
Probar con Pfu polimerasa.
Confirmar que los iniciadores no forman dmeros.