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La Genoteca Como Herramienta de La Biotecnología
La Genoteca Como Herramienta de La Biotecnología
La genoteca
como herramienta
de la ingeniera
gentica
Ana Teresa Guilln
Investigador INIA-CENIAP
Unilab. Sanidad Animal
SERIE B - N 19
Contenido
I.
II.
III.
IV.
Introduccin
Elaboracin de genoteca
a. Obtencin de ADNg y ARNm
b. Sntesis de ADNc
c. Vectores
d. Seleccin de bacterias que contienen el ADN
recombinante, cuando se usan plsmidos
como vector
e. Seleccin de fagos recombinantes
f. Mtodos para evaluar las genotecas
g. Ejemplos de genotecas
h. Importancia de la elaboracin de una genoteca
Bibliografa
Presentacin
I Introduccin
Las tcnicas de anlisis del genoma desarrolladas a partir de
los aos setenta han revolucionado los conocimientos a nivel
molecular de muchos procesos biolgicos normales y patolgicos. Actualmente, es posible localizar, identificar, amplificar y secuenciar los genes que codifican las protenas esenciales, y los
elementos reguladores de su expresin. Tambin es factible expresar genes en sistemas apropiados, para analizar su funcin o
producir grandes cantidades de las protenas que codifican.
Los avances de la gentica molecular han revolucionado la vida
moderna porque han puesto a disposicin de investigadores bsicos y aplicados, cantidades ilimitadas de cidos nucleicos con
informacin para la construccin de molculas de importancia
clnica o industrial. Sea cual fuere la ndole del cido nucleico en
estudio, este debe ser aislado y caracterizado. Para esto, debe
ser generada una fuente permanente del material de manera
que se disponga de cantidades suficientes para los estudios.
La caracterizacin molecular de un gen requiere tanto su identificacin y aislamiento a partir del resto del genoma, como su
ampliacin para poder obtener cantidades suficientes para su
anlisis. Aunque es posible amplificar in vitro fragmentos de
ADN mediante PCR, la identificacin y amplificacin de genes
de inters se realiza muy a menudo recurriendo a tcnicas que
permiten multiplicar in vivo un gen determinado, tras la introduccin de una nica copia del mismo en una clula hospedadora,
generalmente bacteriana. El nmero de copias del gen aumenta
a medida que se multiplica el organismo hospedador. El proce
II Elaboracin de genoteca
La genoteca puede ser de ADN genmico (ADNg) o ADN complementario (ADNc). La primera es una coleccin de fragmentos de ADN genmicos clonados en un vector, que en conjunto
representan la totalidad del ADN o genoma de un organismo.
A partir de este tipo de genoteca se podr seleccionar el clon
que posea un ADN recombinante especfico y cultivarlo posteriormente para amplificarlo (De Robertis y col., 1998; Peafiel y
Garca, 2001; Izquierdo, 2001).
La genoteca de ADNc es el conjunto de clones obtenidos a partir
de los ARN mensajeros (ARNm), por lo que comprendern una
seleccin del total de genes de la clula, ya que slo aquellos genes que estn siendo expresados son transcritos al ARNm. Una
vez que la informacin est disponible en la forma de genoteca
de ADNc, los segmentos procesados individualmente podrn ser
aislados y examinados con relativa facilidad (Stratagene, 2000;
Izquierdo, 2001).
a) Obtencin del ADN y ARNm
Los insertos pueden ser esencialmente de dos tipos: fragmentos
de ADNg y ADNc obtenido a partir del ARNm.
El ADN total de la clula, que con frecuencia es requerido como
una fuente de material para obtener genes a ser clonados, puede
ser procedente de cultivo de bacterias, clulas de origen vegetal
y animal o procedente de otro tipo de organismo a estudiar.
Las tcnicas de ruptura de las clulas pueden dividirse en mtodos fsicos, con los cuales las clulas se rompen por fuerzas
mecnicas y mtodos qumicos, donde la lisis celular es llevada
a cabo por exposicin a agentes qumicos que afectan la integridad de las barreras celulares. La lisis qumica involucra generalmente un agente que ataca la pared celular, en el caso que la
c) Vectores
Para que un fragmento de ADN (ADN forneo o inserto) quede
permanentemente presente en la clula hospedadora y su descendencia, es necesario que vaya unido a otras secuencias de
ADN que confieran al conjunto la capacidad de autorreplicacin,
y que permitan, adems, diferenciar fcilmente las clulas que
se han transformado captando el ADN, de las que no lo han hecho. Por ello, es necesario unir in vitro los fragmentos de ADN
que se quieren clonar a una molcula de ADN denominada vector, con capacidad de ser introducida, replicada y seleccionada
en las clulas hospedadora (Peafiel y Garca, 2001). Entonces,
el vector es el vehculo que transporta un gen dentro de la clula
receptora y es responsable de su replicacin.
Para que una molcula de ADN acte como un vehculo para la
clonacin de genes debe poseer algunas caractersticas:
- Ser capaz de replicarse dentro de la clula receptora, de tal
manera que numerosas copias de la molcula de ADN recombinante se puedan reproducir y pasar a las clulas hijas.
- Un vehculo para clonacin necesita ser pequeo, menor de
10 Kb en tamao, que permita la incorporacin del inserto y su
entrada en la clula. Molculas ms grandes tienden a romperse durante la purificacin y son ms difciles de manipular.
- Poseer marcadores para la seleccin de las bacterias que
los capten.
- Poseer una o varias secuencias de restriccin en donde las
endonucleasas de restriccin acten generando extremos
para ligar los insertos.
Las dos clases de molculas de ADN que satisfacen estos criterios son: plsmidos y bacterifagos (Brown, 1990 ; Peafiel y
Garca, 2001).
12
Los plsmidos
Son pequeas molculas circulares de ADN de doble cadena
que se replican en las bacterias con independencia del cromosoma bacteriano. Sin embargo, cuentan con enzimas y protenas
codificadas por el hospedador para su replicacin y transcripcin
(Figura 2).
Plsmido
Divisin celular
Cromosoma bacteriano
Figura 3. Uso de resistencia a anticuerpos como marcadores de seleccin para el plsmido RP4. (Fuente: Brown, 1990).
Produccin de antibiticos, degradacin de compuestos orgnicos complejos, restriccin y modificacin de enzimas. Algunos plsmidos son capaces de replicarse por insertarse en el
cromosoma de las bacterias formando los llamados episomas
(Figura 4), los cuales pueden ser mantenidos establemente en
esta forma a travs de numerosas divisiones celulares para que
en algn estado volver a existir como elementos independientes
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Plsmido
Tamao (kb)
PBR322
4,36
PUC18 y 19
2,69
PUC118 y 119
3,2
PSP64 y PSP 65
PGEM-3 y 4C
2,87
PGEM-3Z
2,74
PGEM-3Zf (-)
3,2
ColE1
6,36
RP4
54
95
TOL
117
PTiAch5
213
Fuente: Sambrook y col.,1989; Brown, 1990.
Los primeros plsmidos usados como vectores de clonacin fueron pSC101 (Cohen y col. 1973), ColE1 (Hershfield y col. 1974)
y PCR1 (Covey y col. 1976). Su versatilidad era limitada, se replicaban poco o portaban marcadores de seleccin inservibles.
Ninguno de ellos contena ms de dos sitios de restriccin que
pudieran ser usados para clonacin. El primer plsmido que combinaba estas caractersticas deseables era el pBR313 (Bolvar y
col., 1977a,b), con dos marcadores de seleccin tet r y amp r y un
nmero til de sitios de restriccin. Sin embargo, era muy largo
y ms de la mitad de su ADN no jugaba un rol como vector. La
primera fase de desarrollo de plsmidos como vectores termin
con la construccin de pBR322 (Bolvar y col., 1977 b), un plsmido de 4.36 kb del cual la mayora de las secuencias innecesarias fueron eliminadas. Este plsmido se convirti en el vehculo
de clonacin ms ampliamente usado y mucho de los plsmidos
16
19
La remocin del grupo 5-fosfato con fosfatasa alcalina es frecuentemente usada para suprimir la propia ligacin y circulizacin del plsmido. Durante la ligacin in vitro, el bacterifago T4
ADN ligasa cataliza la formacin de un puente fosfodiester entre
nucletidos adyacentes solo si un nucletido contiene grupo 5fosfato y el otro contiene el grupo 3-hidroxil. Entonces, la recircularizacin del ADN del plsmido es minimizada, removiendo el
5-fosfato de ambas terminaciones del DNA lineal con fosfatasa
alcalina. El fragmento de ADN forneo con el grupo 5 fosfato
terminal puede ser ligado eficientemente al ADN desfosforilado
del plsmido.
Los fragmentos de ADN con extremos romos se ligan menos eficientemente que los que poseen extremos cohesivos, por lo que
se requerira una alta concentracin tanto de bacteriofago T4
ADN ligasa, como de ADN forneo y de plsmido en la reaccin
de ligacin (Sambrook y col., 1989).
Una vez unidos el ADN del plsmido y el ADN forneo, en un
plsmido recombinante (Figura 6), ste se usa para transformar
las bacterias. Los plsmidos recombinantes y no recombinantes
son introducidos en las bacterias mediante distintas tcnicas de
transformacin. Para esto, las bacterias son tratadas con mezclas de cationes divalentes para hacerlas temporalmente permeables a pequeas molculas de ADN, siendo slo una pequea fraccin de las bacterias las que capta el ADN plasmdico, las
cuales se multiplican y forman colonias (Sambrook y col.,1989;
Lodish y col., 1995; Peafiel y Garca, 2001).
20
21
23
24
25
El bacterifago ha ocupado un rol central en la clonacin molecular. Un gran nmero de vectores verstiles y sofisticados se
encuentran disponibles y su desarrollo fue posible por el vasto
y detallado anlisis de la gentica y fisiologa de este bacterifago. Es un ejemplo tpico de fago con cabeza y cola (Figura 9).
Su ADN est contenido en la estructura de la cabeza poliedral y
la cola le sirve para unir el fago a la superficie bacterial e inyectar el ADN dentro de la clula. El genoma es una molcula de
ADN lineal de doble cadena de aproximadamente 49 kb, con extremos de 12 nucletidos que forman cadenas simples complementarias denominadas terminales cohesivos cos. Dentro de la
bacteria, estos extremos se asocian por apareamiento de bases,
permitiendo que la molcula se haga circular al unir sus extremos, por la accin de la enzima ADN ligasa del hospedador, para
generar una molcula de ADN circular que sirve de molde para
la replicacin durante la fase temprana de infeccin (Sambrook y
col.,1989; Brown, 1990; Campbell, 2001, Izquierdo, 2001).
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No hay un solo bacterifago adecuado para la clonacin de todos los fragmentos de ADN. Es necesario elegir cuidadosamente
entre los vectores disponibles. Hay tres consideraciones que influyen en la escogencia: las enzimas de restriccin a usar, tamao
del fragmento de ADN forneo a ser insertado y si el vector ser o
no usado para expresar secuencias de ADN clonadas.
El desarrollo de vectores conteniendo mltiples sitios de clonacin y la disponibilidad de una variedad de enzimas de restriccin que cliven el ADN para producir terminales cohesivos, ha
simplificado altamente los mecanismos de clonacin en vectores
bacterifago .
El tamao del inserto es un factor importante a ser considerado
para escoger el vector. Solamente cerca de 60% del genoma
viral es necesario para el crecimiento ltico del bacterifago y
el resto del genoma puede ser remplazado por el ADN forneo.
Sin embargo, la viabilidad disminuye dramticamente cuando el
tamao del genoma es mayor que 105% o menor que 78%. Por
esto es importante realizar una combinacin tal que el vector y
el ADN forneo alcancen el tamao en los lmites aceptables
(Sambrook y col., 1989). El tamao de diferentes fagos se presenta en el Cuadro 2.
Con el uso de vectores derivados del fago se pueden clonar
fragmentos de ADN de hasta 25 Kb. Con gt10, fragmentos de
6 kb y con EMBL, fragmentos de 23 kb (Sambrook y col., 1989;
Brown, 1990; Peafiel y Garca, 2001).
Zap es el primero de una nueva generacin de vectores que
han sido diseados para suministrar un mayor rango de sitios
potenciales para clonacin y expresin de ADNc y un mtodo
simplificado para la recuperacin y subsecuente manipulacin
del ADNc. Debido a su versatilidad, seguramente este vector
reemplazar gt10 y gt11 como vectores de eleccin para la
construccin de genotecas de ADNc (Sambrook y col., 1989).
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Bacterifago
Tamao (kb)
gt10
43
0 -6
gt11
44
0 - 7,2
ORF8
44
0-9
gt18 Agt19
44
0 - 7,7
gt20 Agt21
44
0 - 8,2
gt22 Agt23
44
0 - 8,2
Zap
40
0 -10
EMBL
28,7
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Vectores de levaduras
Las levaduras son organismos eucariotas unicelulares. Son la
alternativa natural en la produccin a escala industrial de protenas con inters farmacolgico para terapia humana. stas son
capaces de llevar a cabo procesos posteriores a la traduccin
(fosforilan, acetilan y glicosilan protenas) que no realizan las
bacterias y que pueden ser importantes para la expresin de un
gen eucaritico en un sistema heterlogo. Adems, son fciles
de cultivar y econmicas de mantener. Por todo esto, las levaduras podran actuar como hospedador alternativo para la expresin de protenas humanas con inters biotecnolgico.
Entre los vectores de levaduras que tienen un papel importante
en la expresin de protenas se encuentran:
Vectores de integracin cromosmica: son molculas hbridas que contienen un plsmido procaritico y secuencias de
levaduras. La presencia del plsmido facilita el crecimiento y
preparacin de grandes cantidades del vector en E. coli. Las
secuencias de levadura permiten una integracin en su propio
genoma, introduciendo un gen de inters en la levadura. El
pFA6-kanMx3 es un ejemplo de este tipo de vector.
Vectores de replicacin autnoma: se pueden replicar en forma libre sin necesidad de integracin en el genoma del hospedador. Transforman levaduras con una eficiencia alta, pues
no requieren una recombinacin en el cromosoma para perpetuarse. Tienen las secuencias de replicacin autnoma (SRA).
Los vectores SRA/CEN son vectores SRA a los que se les ha
aadido secuencias centromricas para aumentar su estabilidad. stos a la vez se dividen en:
a) Cromosomas artificiales (CAL): son vectores SRA/CEN
a los que se les han aadido telmeros cromosmicos
(SRA/CEN/TEN). Son los vectores que permiten clonar
los fragmentos ms grandes de ADN (de 100 a 2.000 kb).
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Bsicamente estos vectores incluyen un plsmido procaritico para su propagacin y preparacin en E. coli. Se
emplean preferentemente para elaborar libreras de genomas muy grandes, como el humano, o para mantener
un gen completo con muchos intrones en un solo clon. Un
ejemplo de este tipo de vectores es el pCAL2.
b) Vectores basados en el plsmido 2 m: la levadura Saccharomyces cerevisiae posee un plsmido endgeno
de 2 m de longitud, que no confiere a la clula ninguna caracterstica especial. Se le denomina simplemente
crculo de 2 m. El nmero de copias es de 50 a 100
unidades por clula y es estable. Los vectores basados
en el crculo de 2 m tienen como finalidad la expresin
del inserto, tanto a niveles de explotacin farmacutica
de la protena recombinante, como de sistema modelo en
investigacin bsica o aplicada.
c) Vectores de expresin de origen mixto: uno de los vectores de expresin ms sofisticados es el ZAP pEL URA3
(plsmido de expresin de levadura URA3). Este vector
es un fago que lleva otro vector procaritico bluescript
M13(-), como inserto. El conjunto se denomina ZAP y
tiene la gran ventaja de que en presencia de un virus
auxiliar, F1 o M13, el bluescript puede escindirse in vivo
de lambda y crecer como plsmido. Dentro del bluescript,
se han insertado las secuencias de levaduras que le convierten en un excelente vector de expresin. Este vector
de 6,4 kb queda incorporado en el ZAP, una vez que
tenga el inserto del gen eucaritico (clones de ADNc en la
mayora de los casos). Una vez en la bacteria, se puede
escindir con ayuda de un fago auxiliar y reproducirse,
circularizado, como plsmido.
Todos estos vectores ofrecen la posibilidad de amplificar el vector en procariotas antes de ser introducidos en la levadura. El
sistema de levaduras se utiliza fundamentalmente con la finali31
33
34
Figura 11. a) Vector de clonacin pBR322. Molcula normal. (b) Molcula recombinante conteniendo un fragmento de ADN en
el sitio BamHI (Fuente: Brown. 1990).
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Figura 12. Seleccin por inactivacin por insercin de un ADN forneo en un gen de resistencia a antibitico de un plsmido
(Fuente: Sambrook y col., 1989).
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en placas con IPTG y 5-bromo-4-cloro-3-indolil--D-galactsido (X-gal), compuesto incoloro que tambin es hidrolizado por
-galactosidasa produciendo un compuesto insoluble de color
azul, todas las colonias que crecen son azules. Cuando son colocadas en placas con X-gal sin IPTG, las colonias resultantes
sern blancas, en este caso no hay suficiente -galactosidasa
en la clula para hidrolizar el X-gal y producir la coloracin azul.
A la izquierda del gen Lac Z hay una regin llamada gen Lac I,
el cual codifica para una protena que normalmente reprime la
expresin del opern Lac en la ausencia de lactosa, de ah que
los investigadores la denominaron represor Lac y propusieron
que su unin al sitio del genoma de E. coli donde se inicia la
transcripcin del opern Lac, lo bloqueaba. Ms adelante, propusieron la hiptesis que cuando la lactosa est presente en la
clula, sta se une a la protena represor Lac, disminuyendo su
afinidad por el sitio de unin del represor en el ADN. Como resultado, el represor falla y la transcripcin del opern Lac se inicia,
conduciendo a la sntesis de galactosidasa, lactosa permeasa
y tiogalactsido transacetilasa (Lodish y col., 1995).
Un ejemplo de esta seleccin es el plsmido pUC8, el cual contiene el gen para la resistencia a la ampicilina y un segmento de
ADN derivado del opern Lac de E. coli, llamado gen Lac Z, que
codifica para la porcin amino terminal de la enzima -galactosidasa, cuya sntesis tambin es inducida por IPTG. Vectores
de este tipo son usados con cepas de E. coli que tienen el gen
Lac Z modificado (Lac-), faltndoles el segmento conocido como
Lac Z. Estas bacterias pueden sintetizar slo la porcin carboxi- terminal de la enzima -galactosidasa, por lo que la clula
hospedadora y el plsmido se asocian para formar la protena
enzimaticamente activa. Las clulas que transportan el plsmido
normal pUC8 sern ampicilina resistentes y capaces de sintetizar ambos fragmentos de la enzima, formando colonias azules
cuando el medio contiene X-gal (Figura 14).
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Figura 14. Seleccin por inactivacin por insercin de un ADN forneo en el gen Lac Z del plsmido pUC8. a) Molcula normal. b) Produccin de la molcula completa de la enzima
- galactosidasa (Fuente: Brown, 1990).
Figura 16. Estrategias para seleccionar fagos recombinantes (Fuente: Brown, 1990).
42
Figura 18. Identificacin de un clon especfico de fagos recombinantes por el mtodo de hibridizacin (Fuente: Lodish y col.,
1995).
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Se han desarrollado bacterifagos no slo para permitir la propagacin de secuencias forneas, sino tambin para permitir su
expresin en la clula bacteriana. El vector de este tipo ms comnmente usado, es gt11 (Huynh y col., 1985). ste porta una
porcin del gen de la -galactosidasa de E. coli, incluyendo los
elementos que son esenciales para su expresin. Las genotecas
de ADNc construidas con gt11 y gt18-23 pueden ser evaluadas inmunologicamente por la expresin de antgenos especficos en E. coli (Figura 19). Esto ha permitido el aislamiento de
muchos genes que codifican para protenas, utilizando anticuerpos especficos. El ORF8 es otro vector de expresin usado
con xito.
Las genotecas con plsmidos son ms difciles de almacenar,
replicar y evaluar que aquellas construidas con bacterifagos
. Por esta razn, la evaluacin inmunolgica de genotecas de
ADNc es usualmente llevada a cabo en genotecas construidas
en bacterifago de expresin como gt11 y sus derivados,
ORF8 y Zap.
Cuando hay la disponibilidad de los dos mtodos, la hibridizacin con sondas de cido nucleico radiomarcado es el preferido,
debido a que se puede usar bajo diferentes grados de astringencia. Las sondas de cidos nucleicos detectan todos los clones
que contienen secuencias de ADNc, mientras los anticuerpos
slo reaccionan con un subconjunto de estos clones (en algunos casos uno de seis) en los cuales el ADNc ha sido insertado
en el vector, en el correcto marco de lectura y orientacin. Las
genotecas de ADNc que son evaluadas con anticuerpos necesitan ser ms grandes (por un factor por lo menos de seis) que
aquellas que son evaluadas por sondas de cidos nucleicos. La
evaluacin por hibridizacin con cido nucleico no requiere que
el ADNc clonado est completo y no requiere que el producto
sintetizado en la clula hospedadora sea funcional y mantenga
sus propiedades antignicas (Sanbrook y col., 1989).
46
Figura 19. Evaluacin inmunolgica de una genoteca, debido a la expresin de protenas, utilizando anticuerpos radiomarcados (Fuente: Lodish y col.,1995).
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Actualmente tambin se usan otros sistemas de marcaje incorporados a la sonda o al anticuerpo. Entre estos marcajes se encuentran: el sistema biotina-avidina, en el cual la protena avidina
lleva acoplado un marcador fluorescente y la deteccin se hace
por fluorescencia. Otro es el uso de enzimas que actan sobre
sustratos que dan un producto coloreado o quimioluminiscente,
el cual se detecta por autoradiografa. Un ejemplo de este ltimo
es el uso de la enzima peroxidasa que degrada el luminol con la
emisin de quimioluminiscencia (Brown, 1990; Luque y Herrez,
2001).
g) Ejemplos de genotecas.
Se han elaborado genotecas tanto de ADNc como genmicas
de variados agentes patgenos (Cuadro 3), lo que ha permitido
un conocimiento de las bases moleculares de muchas enfermedades.
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Cuadro 3. Algunos agentes patgenos para los cuales se han elaborado genotecas
Tipo de
Referencia
genoteca
Anaplasma marginale
ANDg
Aboytes y Buening, 1990
Babesia bigemina
ANDc
Valencia, 2002
Gill
y col., 1987; Ruef y col., 2000
Babesia bovis
ADNc
Allred y Al-Khedery, 2004
Babesia bovis
ANDg
Petchpoo y col.,1992
Babesia divergens
ADNc
DelbecQ y col., 2002
Babesia equi
ADNc
Schelp y col., 1995
Fukumoto y col., 2001
Babesia gibsoni
ADNc
Fukumoto y col., 2003
Homer y col., 2000
Babesia microti
ADNg
Homer y col., 2003; Lodes y col.,
2000
Brugia pahangi
ADNc
Hunter y col., 1999
Cryptosporidium parvum
ADNc
Petry y col., 1998
Dictyocaulus viviparus
ANDc
Britton y col., 1995
Echinococcus granulosus
ADNc
Margutti y col., 1999
Ouarzane
y col., 1998; Refega y
Eimeria tenella
ADNc
col.,2003
Leishmania major
ANDc
Piedrafita y col.,1999; Stober, 2004
Necator americanus
ANDc
Zhan y col., 2000
Neospora caninum
ANDc
Hemphill y col., 1997
Plasmodium berghei
ANDc
Shibui y col., 2001
Plasmodium falciparum
ANDc
Watanabe y col., 2001
Plasmodium vivax
ANDc
Qui y Tong, 1994
Psoroptes ovis
ANDc
Lee y col., 1999
Sarcoptes scabiei
ANDc
Harumal y col., 2003
Schistosoma mansoni
ANDc
Zouain y col., 1998
Taenia saginata
ANDc
Ferrer y col., 2003
Taenia solium
ANDc
Jimnez y col., 2000
Toxoplasma gondii
ANDc
Striepen y col., 2002
Trichomona vaginalis
ANDc
Arroyo y col., 1995
Wuchereria bancrofti
ANDg
Raghavan y col., 1991
Agente patgeno
49
50
51
52
53
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