El Dogma Central de

la biología molecular

Bioinformática

Héctor Vargas
La información fluye de ADN →
ARN → proteína.
Transcripción y traducción
Transcripción: ARN ribosomal, ARN mensajero, ARN
transferencia
ARN de transferencia: 75-80 nucleótidos

¿Cuántos tRNA hay? Unos 20

Proceso de transcripción

Estructura del Unión al ribosoma Elongación

ribosoma: escenario
de a traducción
Qué es el ADN?
Definición:

El Ácido DesoxiriboNucleico (ADN) es el portador de la

información genética en las células, compuesto por dos cadenas
complementarias de nucleótidos enrolladas en una doble hélice,
capaz de autorreplicarse y de dirigir la síntesis de ARN.

DNA (nomenclatura inglesa): DeoxiriboNucleic Acid

La estructura del ADN
• El monómero del ADN es un nucleótido.
• Los nucleótidos están formados por un azúcar (desoxi-
ribosa), una base nitrogenada y un grupo fosfato.
• Los componentes del nucleótido están unidos por fuertes
enlaces covalentes (fosfodiester).
• Las bases son purinas (Guanina y Adenina) y pirimidinas
(Citosina y Timina).
• La estructura del ADN está formada por 2 cadenas
complementarias.
• Las 2 cadenas están orientadas en direcciones opuestas,
quedando en cada una un extremo 5’ (fosfato) y un
extremo 3’ (hidroxilo).
• La unión entre las 2 cadenas se realiza mediante enlaces de
hidrógeno entre 2 bases (1 de cada cadena), formando un
“par de bases”.
• La Adenina se une siempre a la Timina mediante 2 enlaces.
La Guanina se une siempre a la Citosina mediante 3
enlaces.
• Los grupos hidroxilo libres del fosfato son los que dan una
fuerte carga eléctrica negativa y el carácter ácido a la
molécula
• La molécula de ADN se enrrolla en la forma de una doble
hélice.
• Por cada 10 pares de bases, la molécula gira 360º. La
estructura recuerda a una escalera de caracol.
La estructura del ADN
Estructura del ADN
Genes y Genomas
• Un gen es un fragmento de ADN que
contiene la información necesaria (en forma
de secuencia de bases) para codificar la
síntesis de una proteína o un ARN. Podemos
considerar a un gen como una unidad de
información.

• No todo el material genético de un

organismo está organizado en genes. Existe
ADN no codificante. En las células humanas
solamente el 3% del ADN da lugar a la
síntesis de proteínas

• El genoma de un organismo es el conjunto

de material genético que contienen sus
células.
 Tamaño de los genomas
• El virus más pequeño contiene poco más de 4.000 pares de bases.
Una bacteria contiene como media 5.106 pares de bases (5.000 Kb
o 5 Mb) (2 m de longitud).

• Como norma general las bacterias (células procariotas) contienen

una sola molécula de ADN circular, mientras que las células
eucarióticas (animales y vegetales) contienen varias moléculas de
ADN lineal organizadas en cromosomas.

• Una célula humana contiene 3.000 Mb distribuidas en 46

cromosomas. Cada cromosoma contiene una molécula lineal de
ADN.
Tamaño de los genomas
 

Tamaño Genoma

 Organismo (pares de bases)

Fago λ 5×104

Escherichia coli 4×106

Levadura 2×107

Caenorhabditis elegans 8×107

Drosophila melanogaster 2×108

Humano 3×109
Organización del material genético
• El material genético de las células
procarióticas se organiza
habitualmente en 1 sólo cromosoma
que contiene una molécula de ADN
circular.

• El material genético de las células

eucarióticas se organiza en
cromosomas. Cada uno está formado
por una mólecula de ADN en doble
hélice lineal asociado a proteínas
básicas (histonas) formando la
cromatina.

Estructura del cromosoma eucariota

Qué es el ARN?
Definición:

El Ácido RiboNucleico (ARN) se distingue del ADN por la

presencia del azúcar ribosa y la pirimidina Uracilo; incluye ARN
mensajero (ARNm), ARN de transferencia (ARNt) y ARN
ribosómico (ARNr). También es el material genético de muchos
virus, llamados retrovirus.

RNA (nomenclatura inglesa): RiboNucleic Acid

Estructura del ARN
• El ARN (ácido ribonucleico) contiene
ribosa en lugar de desoxi-ribosa.
• Está formado por las mismas bases
nitrogenadas, excepto la Timina que
se sustituye por Uracilo.
• El Uracilo es también complementario
de la Adenina.
• A diferencia del ADN está formado por
una única cadena de nucleótidos.
• La longitud de la cadena es mucho
menor que en el ADN.
• Se pueden formar enlaces entre bases
complementarias dentro de la misma
cadena, lo que origina estructuras
tridimensionales complejas.
 Tipos de ARN
TIPO ABUN- Nº BASES FUNCION
DANCIA
ARNr Estructura de
80% 120-3500
Ribosómico los ribosomas
ARNt Transporte de
15% 75
Transferencia aminoácidos
ARNm Síntesis de
5% variable
Mensajero proteínas
Dogma fundamental de la biología
molecular
Cómo es el flujo de información genética en los seres vivos.

Tres procesos fundamentales:

Replicación

Transcripción Traducción
ADN ARN PROTEÍNAS

Transcripción inversa
(retrovirus)
De los genes a las proteínas
La replicación del ADN
La replicación del ADN
Conservativa

Semiconservativa

Dispersiva

Esquema Experimentos Meselson y Stahl (1958)

La replicación del ADN
• Catalizada por una ADN-polimerasa
que añade nucleótidos al extremo
3’-OH de la cadena naciente
(sentido polimerización= 5’ a 3’).
• La ADN-polimerasa necesita un
cebador de ARN.
• Los nucleótidos se añaden por
emparejamiento complementario
con las bases de la cadena molde.
• Los sustratos, desoxi-
ribonucleótido trifosfato (dNTP) se
hidrolizan al añadirse, liberando DNA pol
energía para la síntesis del ADN.
• Existen diversas proteínas que
ARN
colaboran en la replicación. cebador
La replicación del ADN
Transcripción
• La síntesis del ARNm la realiza una ARN
polimerasa en dirección 5’--> 3’.
• Los ribonucleótidos se añaden por
emparejamiento complementario con las
bases de la cadena molde de ADN.
• La presencia de Adenina en el ADN determina
la adición de un Uracilo en el ARN. Garret & Grisham. Biochemistry 2ª ed. Saunders College Publishing
Estructura del gen eucariota
• Los genes eucariotas están divididos en
exones (se traducen a aminoácidos) e
intrones (no codificantes).
• Ejemplos: El gen de la actina tiene un
intrón de 309-pb que separa los primeros 3
aminoácidos de los restantes 350.
• El gen del colágeno pro-alpha-2 del pollo,
mide 40-kb, con 51 exones que suman sólo
5 kb.
• Los exones suelen medir entre 45 y 249
bases.
• El mecanismo por el que se escinden los
intrones y por el que se unen los exones, es
complejo y muy preciso (“RNA- splicing”)
Estructura del gen eucariota
Maduración RNAm en eucariotas

Garret & Grisham. Biochemistry 2ª ed. Saunders College Publishing

Transcripción y maduración RNAm

Traducción del mensaje genético
• La información contenida en la secuencia de bases del ADN es
trasladada o traducida a una secuencia de aminoácidos en
una proteína, a través del ARN que actúa como intermediario
Garret & Grisham. Biochemistry 2ª ed. Saunders College Publishing
Las proteínas
Aminoácidos que forman las proteínas
Alanina Ala A Isoleucina Ile I
Arginina Arg R Leucina Leu L
Asparragina Asn N Lisina Lys K
Aspártico Asp D Metionina Met M
Cisteína Cys C Prolina Pro P
Fenilalanina Phe F Serina Ser S
Glicina Gly G Tirosina Tyr Y
Glutámico Glu E Treonina Thr T
Glutamina Gln Q Triptófano Trp W
Histidina His H Valina Val V

No polar Polar Alcalino Ácido

Las proteínas
Aminoácidos que forman las proteínas
Alanina Ala A Isoleucina Ile I
Arginina Arg R Leucina Leu L
Asparragina Asn N Lisina Lys K
Aspártico Asp D Metionina Met M
Cisteína Cys C Prolina Pro P
Fenilalanina Phe F Serina Ser S
Glicina Gly G Tirosina Tyr Y
Glutámico Glu E Treonina Thr T
Glutamina Gln Q Triptófano Trp W
Histidina His H Valina Val V
Aa esenciales
No polar Polar Alcalino Ácido (obtenidos de la dieta)
Síntesis de proteínas
Garret & Grisham. Biochemistry 2ª ed. Saunders College Publishing
• La síntesis transcurre desde el
extremo N-terminal al extremo
C-terminal.
• Los ribosomas leen el ARNm en
la dirección 5’--3’.
• La traducción tiene lugar en
polirribosomas o polisomas. Hay
más de un ribosoma traduciendo
cada ARNm simultáneamente.
• La elongación de la cadena
proteica tiene lugar por adición
secuencial de aminoácidos al
extremo C-terminal.
• El ARNt tiene en el extremo 3’ el
lugar de unión del aa, y en uno
de sus bucles el anticodón
complementario al codón del
ARNm
Síntesis de proteínas
Initiation
El código genético
• Cada aminoácido está
codificado por una secuencia de
3 nucleótidos en el ARNm
llamada codón.
• Las combinaciones de las 4
bases tomadas de 3 en 3
originan 64 posibles
permutaciones.
• Puesto que solamente existen
20 aminoácidos formando
parte de las proteínas, el código
es redundante o degenerado:
existen codones sinónimos.
• Existe además un codón que
marca el inicio de una proteína
y 3 codones que marcan el fin.
El código genético
3
pautas N- ile leu phe arg val ile arg pro ... thr arg asn phe thr ... arg -C
de 2 N- tyr phe ile ser ser asn ser thr leu asn ala lys leu his leu thr -C
lectura
1 N- leu phe tyr phe glu ... phe asp leu lys arg glu thr ser leu asn -C
(ORF’s)

sentido de lectura para la secuencia de la cadena superior

5’- TTATTTTATTTCGAGTAATTCGACCTTAAACGCGAAACTTCACTTAAC –3’
DNA
3’- AATAAAATAAAGCTCATTAAGCTGGAATTTGCGCTTTGAAGTGAATTG –5’
sentido de lectura para la secuencia de la cadena inferior

-1
pautas C- ... lys ile glu leu leu glu val lys phe ala phe ser ... lys val -N
de -2 C- ile lys asn arg thr ile arg gly ... val arg phe lys val ... arg -N
lectura
-3 C- asn ... lys ser thr asn ser arg leu arg ser val glu ser leu ser -N
(ORF’s)

(ORF’s: Open Reading Frame, pauta abierta de lectura)

El código genético
3
pautas N- ile leu phe arg val ile arg pro ... thr arg asn phe thr ... arg -C
de 2 N- tyr phe ile ser ser asn ser thr leu asn ala lys leu his leu thr -C
lectura
1 N- leu phe tyr phe glu ... phe asp leu lys arg glu thr ser leu asn -C
(ORF’s)

sentido de lectura para la secuencia de la cadena superior

5’- TTATTTTATTTCGAGTAATTCGACCTTAAACGCGAAACTTCACTTAAC –3’
DNA
3’- AATAAAATAAAGCTCATTAAGCTGGAATTTGCGCTTTGAAGTGAATTG –5’
sentido de lectura para la secuencia de la cadena inferior

-1
pautas C- ... lys ile glu leu leu glu val lys phe ala phe ser ... lys val -N
de -2 C- ile lys asn arg thr ile arg gly ... val arg phe lys val ... arg -N
lectura
-3 C- asn ... lys ser thr asn ser arg leu arg ser val glu ser leu ser -N
(ORF’s)

(ORF’s: Open Reading Frame, pauta abierta de lectura)

El código genético
3
pautas N- ile leu phe arg val ile arg pro ... thr arg asn phe thr ... arg -C
de 2 N- tyr phe ile ser ser asn ser thr leu asn ala lys leu his leu thr -C
lectura
1 N- leu phe tyr phe glu ... phe asp leu lys arg glu thr ser leu asn -C
(ORF’s)

sentido de lectura para la secuencia de la cadena superior

5’- TTATTTTATTTCGAGTAATTCGACCTTAAACGCGAAACTTCACTTAAC –3’
DNA
3’- AATAAAATAAAGCTCATTAAGCTGGAATTTGCGCTTTGAAGTGAATTG –5’
sentido de lectura para la secuencia de la cadena inferior

-1
pautas C- ... lys ile glu leu leu glu val lys phe ala phe ser ... lys val -N
de -2 C- ile lys asn arg thr ile arg gly ... val arg phe lys val ... arg -N
lectura
-3 C- asn ... lys ser thr asn ser arg leu arg ser val glu ser leu ser -N
(ORF’s)

(ORF’s: Open Reading Frame, pauta abierta de lectura)

Mutaciones
Variabilidad genética
Las mutaciones son el proceso principal
para crear variabilidad genética.

Definición: Cambios entre los individuos

para un determinado gen o carácter. Si
existen diferentes variantes de un mismo
gen, se dice que es “polimórfico”, si no hay
variabilidad el gen es “monomórfico”.
Variabilidad genética
SNPs
• Los SNPs o “polimorfismos de nucleótido único” son variaciones
de la secuencia de bases de una región del genoma, que afectan
a un único nucleótido.
• Para ser considerado un SNP debe ocurrir en al menos un 1% de
la población.
• Los SNPs proporcionan el 90% de la variación genética humana
y ocurren cada 100 o 300 bases a lo largo de todo el genoma
(tanto en regiones codificantes como no codificantes).
• 2 de cada 3 SNPs corresponden a la sustitución de C por T.
• Una gran parte no tienen efecto alguno sobre las funciones
celulares, pero algunos pueden producir alteraciones o cambios
diversos.
 SNPs y Haplotipos
• Un determinado número de SNPs en una región concreta, crea
un haplotipo (diferentes secuencias que puede tener un
fragmento concreto de ADN).

 Cada haplotipo contiene SNPs característicos.

 Mapa de Haplotipos (Hap Map): mapa de los haplotipos y

los SNPs que los caracterizan.

 Está permitiendo la identificación de genes y variaciones

que afectan a la salud humana.
 Microsatélites
• Los microsatélites son secuencias de ADN no codificante con
motivos repetidos en tándem (entre 1-6 pares de bases)
repartidas por todo el genoma
• Normalmente son marcadores codominantes y neutrales y son
utilizados en estudios de genética de poblaciones y en análisis de
parentesco
Variabilidad genética: Definiciones

• Gen: Todo segmento de ADN que se encuentra a continuación de un

promotor y que puede ser transcrito por una ARN polimerasa y originar
un ARN funcional (ARNm, ARNr, ARNt, ARNsn, ribozima u otros tipos
de ARN)

• Alelo: Cada una de las formas diferentes de un gen. Los alelos

ocupan la misma posición (locus) en los cromosomas homólogos.

• Locus: La posición de un gen en un cromosoma; para cualquier locus

dado puede haber varios alelos posibles
Variabilidad genética: alelos
¿Cómo podemos detectar la variabilidad
genética del ADN en el laboratorio?
PCR (Reacción en Cadena de la
Polimerasa)
Principio: Se basa en la metodología de la replicación. Se utilizan cebadores o
primers que flanquean la región de interés y son necesarios para que la ADN
polimerasa actúe. Realizándose múltiples ciclos de replicación, conseguimos
una amplificación exponencial del producto.
PCR (Reacción en Cadena de la
Polimerasa)
Principio: Se basa en la metodología de la replicación. Se utilizan cebadores o
primers que flanquean la región de interés y son necesarios para que la ADN
polimerasa actúe. Realizándose múltiples ciclos de replicación, conseguimos
una amplificación exponencial del producto.
Consiste en tres pasos:
- Desnaturalización del ADN molde a 95ºC
PCR (Reacción en Cadena de la
Polimerasa)
Principio: Se basa en la metodología de la replicación. Se utilizan cebadores o
primers que flanquean la región de interés y son necesarios para que la ADN
polimerasa actúe. Realizándose múltiples ciclos de replicación, conseguimos
una amplificación exponencial del producto.
Consiste en tres pasos:
- Desnaturalización del ADN molde a 95ºC
- Hibridación o annealing del cebador con ADN molde a Ta idónea
PCR (Reacción en Cadena de la
Polimerasa)
Principio: Se basa en la metodología de la replicación. Se utilizan cebadores o
primers que flanquean la región de interés y son necesarios para que la ADN
polimerasa actúe. Realizándose múltiples ciclos de replicación, conseguimos
una amplificación exponencial del producto.
Consiste en tres pasos:
- Desnaturalización del ADN molde a 95ºC
- Hibridación o annealing del cebador con ADN molde a Ta idónea
- Extensión mediante actuación de la ADN polimerasa a 72ºC

Animación PCR
PCR (Reacción en Cadena de la
Polimerasa)
Al final de la sesión de laboratorio...
• (Use este espacio para explicar lo que debe realizarse al
final de la sesión de laboratorio).
La RT-qPCR y el COVID-19
¿Qué es un primer?
• Es una secuencia corta de nucleótidos (15 a 60pb) necesaria para iniciar
la replicación de DNA.

• Obtener copiar a partir de un molde de DNA

• Utilidades:
• PCR
• ADN recombiante
• Secuenciación
• SNPs
Reacción en cadena de la polimerasa
Etapas de la PCR
Criterios
• Longitud entre 15 a 25pb
• Proporcion C:G 60%
• Diferencia de Tm de 5°C
• Deben iniciar y/o terminar 1 o 3 bases púricas
• Evitar regiones que formen estructuras secundarias
• Se pueden agregar secuencias al extremo 5´
Diseño de un primer
GenBank
Gracias

Tarea a más tardar el sábado

28 de marzo de 2020