Marcadores moleculares de ADN

Blanca Aidé Ceballos Martínez

Elba Olivia Ramirez Garcia
Certificación Molecular de árboles forestales
Facultad de Biología UV
Xalapa, Ver. 08 de diciembre de 2020
¿Qué es un marcador molecular de AND?
Un marcador es un carácter o un gen que
debido al ligamiento puede usarse para
indicar la presencia de otro gen.

Es decir, cualquier característica A (sea

un gen, una proteína, tipo de hoja, etc.)
que esté asociada a la presencia o
expresión de una característica B (como
vigor, altura, resistencia
a enfermedades, etc.) puede considerarse
como un marcador, pues la presencia de A
necesariamente implica la de B.
 Los marcadores moleculares
corresponden a cualquier gen cuya
expresión permite un efecto
cuantificable u observable
(características fenotípicas), que
además puede detectarse fácilmente. 

 Este tipo de marcadores pueden

evaluarse desde que los individuos
están en sus primeros estadios de
desarrollo, y se pueden aplicar
usando a todo el individuo o sólo
parte de él.
 Los marcadores de ADN constituyen la nueva
generación de marcadores moleculares y
solucionaron el problema de la carencia de
marcadores que tenían las isoenzimas, pues son
capaces de generar una cantidad virtualmente
infinita de marcadores.

 Existen varias técnicas para identificar marcadores

de ADN, las que se pueden agrupar en tres
categorías: las de hibridación tipo Southern, las de
reacción de polimerización en cadena (PCR) y las
que combinan PCR o sus productos de ADN con
la hibridación tipo Southern.
 Características que deben cumplir los
Marcadores moleculares de ADN
 Los marcadores varían en cuanto a su
capacidad para detectar diferencias entre los
individuos
 Sus costos de aplicación
 Facilidad de uso
 Consistencia
 Capacidad múltiple (evaluar varios loci al
mismo tiempo) y de repetición
  Clasificación de los MM de ADN
Se pueden clasificar en;
 Citogenéticos (cromosomas)
 Bioquímicos (electroforesis de enzimas)
 Basados en ADN
 a) los de clonación (obtención de fragmentos idénticos de ADN a partir de una
misma secuencia original), secuenciación (determinación del orden de bases
nucleotídicas –adenina, guanina, citosina, timina y uracilo– en fragmentos de ácidos
nucleicos)
 b) los de impresión única o huella digital genética (fingerprinting: utilización de
pequeñas secuencias de ADN que se sabe que varían entre individuos)
 Citogenéticos (cromosomas)

 Este tipo de marcadores se limitan a un grupo de polimorfismos físicos, a causa de

que se consideran principalmente el número y forma de los cromosomas (posición
del centrómero y longitud de los brazos).

 Se evalúa también el patrón de bandeo G-C, el cual consiste en determinar, por

medio de un colorante específico, dónde se encuentran altas concentraciones de
guanina y citosina en la heterocromatina (el ADN densamente empaquetado que
está presente durante la división celular)
 Bioquímicos (electroforesis de
enzimas)
 Incluyen a las aloenzimas (variantes alélicas de un mismo gen de una enzima) que
identifican polimorfismos físicos mediante las variantes estructurales de una misma
enzima.

 Estos marcadores se basan en proteínas de diferente peso molecular o punto

isoeléctrico, distinguibles en el patrón de bandas resultantes de la electroforesis
(técnica donde moléculas de proteínas o ácidos nucleicos se desplazan dentro de un
campo eléctrico de acuerdo a su peso molecular y carga eléctrica).
 Basados en ADN

 Los marcadores basados en el ADN ofrecen

numerosas ventajas
 No son afectados por el medio ambiente y
generalmente carecen de pleiotropía (efecto de
un único gen sobre varios caracteres
fenotípicos) y efectos epistáticos (efecto de un
gen o alelo sobre otro).
 La variación genética detectada por estos
marcadores puede usarse para manipular
rasgos, realizar mapas genómicos (identificar
lugares clave sobre el genoma), aislar loci
genéticos y evaluar la diversidad genética de
poblaciones.
 a. Marcadores basados en clonas y
secuencias
 Esta categoría incluye a marcadores que se generan con técnicas que requieren
aislar un fragmento de ADN clonado y, frecuentemente, determinar algunas de sus
secuencias.

RFLP (polimorfismo
Microsatélites o SSR
en longitud de SSCP (polimorfismos
(secuencias simples
fragmentos obtenidos conformacionales de SNP (polimorfismo de
repetidas): son STS (secuencia de
por enzimas de EST (marcador de cadena sencilla): se un solo nucleótido): es
secuencias medulares sitios etiquetados): se
restricción): estos secuencias expresadas): incluyen entre las una de las más recientes
de 2 a 6 pares de bases trata de una región de
marcadores consisten son regiones de ADN técnicas de clases de marcadores
repetidas en tándem (de ADN de secuencia
de fragmentos de ADN expresadas, es decir, secuenciación; su moleculares, y
forma consecutiva) y conocida que está
digeridos con enzimas transcritas a ácido característica es separar representa el más
que presentan un presente una vez en el
de restricción y ribonucleico (ARN) ácidos nucleicos de amplio tipo de
elevado grado de genoma haploide de
transferidos a mensajero. cadena sencilla que variación de secuencia
polimorfismo en una célula reproductiva.
membranas de nailon y tienen distinta dentro del genoma.
función del número de
marcados secuencia.
repeticiones.
radiactivamente
 b. Marcadores basados en impresiones
únicas ( fingerprinting )
 Los marcadores de este tipo no requieren conocer a priori la secuencia de la región
polimórfica, ni aislar un ADN clonado.

AFLP (polimorfismo de
RLGS (búsqueda por restricción
RAPD (amplificación aleatoria fragmentos obtenidos por
a partir de una marca
de sitios polimórficos): consiste amplificación): consiste en la
Minisatélites o VNTR (número geonómica): se basa en el
en la utilización de cebadores amplificación de fragmentos
variable de repeticiones concepto del uso de enzimas de
(primers) de secuencia arbitraria genómicos digeridos con
asociadas): son secuencias restricción como puntos de
para dirigir una reacción de enzimas de restricción,
cortas, típicamente de 10 a 60 referencia y generado mediante
amplificación en lugares recurriendo al uso de cebadores
bases, repetidas conjuntamente electroforesis de gel
específicos del genoma, lo cual de diseño aleatorio, de manera
en número variable en uno o dimensional, utilizado en la
genera bandas amplificadas de que se reconocen secuencias
más lugares del genoma. comparación de patrones de
diversos tamaños. anónimas dispersas a lo largo de
ADN.
todo el genoma.
 Amplificación de ADN por medio de
RAPD
 1. Preparar una mezcla de reacción de acuerdo al número de muestras de ADN que
se van a analizar e incluir un blanco y una muestra que se conoce que amplifica para
ese iniciador de manera óptima (control positivo). Agregar las soluciones de acuerdo
a los volúmenes de la Tabla 1. Es muy importante mantener estas mezclas de
reacción en hielo.
 2. A cada tubo de PCR agregar 1 µl del ADN problema. Una vez preparados los
tubos con mezcla de reacción y ADN molde colocarlos en el termociclador.
 3. Correr el programa de amplificación que se encuentra en la Tabla 2.
 4. Al final de la amplificación, los productos se corren con electroforesis en un gel
de agarosa al 2% en TBE 1X (ver capítulo de electroforesis de ADN).
 5. Teñir el gel con solución de bromuro de etidio y visualizar la imagen en un
fotodocumentador de geles.
 6. Para la lectura de los geles se recomienda emplear algún programa que permita
visualizar las bandas y estimar el peso molecular. Se deben identificar todas las
bandas existentes en el conjunto de muestras y construir una matriz en la que se
ubiquen todas las bandas a manera de columna y cada individuo en los renglones.
Para cada individuo asignar un valor de 1 si la banda está presente o de 0 si está
ausente.
 7. Una vez obtenida la matriz de datos verificar el formato requerido por cada uno de
los programas de análisis para poder hacer los cálculos de los parámetros
poblacionales
 Ventajas del  MM anterior
☺Requiere baja cantidad de DNA
☺Facil de obtener
☺Aplicable a cualquier genoma
☺ Además permiten analizar varios loci en una sola
reacción de PCR de manera que se puede obtener
información de diferentes regiones del genoma.
 Aplicaciones de los MM de ADN
 Los marcadores moleculares pueden ser aplicados a cualquier ser vivo; la diferencia
radical consistirá en el método de extracción del material genético de la célula.
 Las principales aplicaciones incluyen la obtención de “huellas genéticas”
(fingerprinting) genómicas de individuos variedades y poblaciones
 El análisis de la estructura y diversidad genética en poblaciones naturales y de
mejoramiento y bancos de germoplasma
 El establecimiento de relaciones filogenéticas entre diferentes individuos y especies
 La construcción de mapas genéticos de alta cobertura genómica y la localización de
genes de interés económico
 Mapeo de características de herencia cuantitativa QTL (Quantitative Trait Loci ) y
selección MAS auxiliada por marcadores (Marker Asisted Selection).
 Gracias al desarrollo de los marcadores moleculares se ha conseguido conocer más
sobre la biodiversidad aquellas a las que se les puede dar una explotación racional.
 El papel de estos Marcadores en la
Certificación Molecular de Árboles Forestales
 Uso de Marcadores Moleculares en la Caracterización de Bancos de germoplasma
es un papel muy importante ya que con esto podemos analizar a cerca de el material
genético de nuestros individuos, y con ello poder separar a los individuos con mejor
ADN para una mejor certificación de semillas, con esto podremos obtener mejor
descendencia, y por ende mejores plantaciones así como menos extinción o perdida
parcial de las especies que pueden o no estar amenazadas.
 Referencias bibliograficas
Revistaciencia.amc.edu.mx. 2020. Recuperado de:
https://www.revistaciencia.amc.edu.mx/images/revista/60_3/PDF/01-496-Marcadores-
moleculares.pdf
Graciela, Martha, et al. ADN Polimórfico Amplificado al Azar (RAPD) y Regiones
Intermedias Entre Secuencias Simples Repetidas. Recuperado de:
http://www2.inecc.gob.mx/publicaciones2/libros/710/adn.pdf
“La Ciencia y El Hombre.” Www.Uv.Mx, Recuperado de:
www.uv.mx/cienciahombre/revistae/vol18num1/articulos/moleculares/index.htm#:~:te
xt=Las%20principales%20aplicaciones%20incluyen%20la
.