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RNApolymeraseII
Toxicología Molecular
4º Grado en Bioquímica
Facultad de Ciencias
Universidad de Málaga
Reservados todos los derechos.

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Tema 2: Mecanismos moleculares de la
toxicidad
Vamos a estudiar todo lo que sucede a nivel molecular desde que un tóxico accede al
organismo hasta que alcanza su diana y ejerce su efecto nocivo. Debe haber unas fases
de absorción, transporte, metabolización e interacción del tóxico con su diana. La
interacción con la diana sucede a nivel celular, causando una toxicidad celular que en
última instancia afecta al tejido involucrado, y por último al organismo completo.

La bicapa fosfolipídica:
Lo primero que debe hacer un tóxico es llegar a la célula. La absorción de los tóxicos
puede ser por vía respiratoria (en el caso de gases), vía oral (llegando al estómago) o
por contacto a través de la piel. A través de esas vías, el tóxico podrá interactuar con
las células, y es en esos pasos de llegada donde los tóxicos se encuentran con su
primera barrera.
Esa primera barrera es la membrana celular, la bicapa lipídica: el modelo clásico de
membrana es el de Singer-Nicholson, pero se formuló en 1972 y desde entonces ha
cambiado bastante gracias a modelos computacionales y al avance de la biología
molecular. El modelo más preciso que existe, construido a ordenador, se ve en la diapo,
donde hay proteínas de membrana y proteínas del citoesqueleto que dan forma a la
célula.
Vemos las proteínas insertadas en la membrana plasmática, que recuerdan a un

rompeolas como el del vídeo de Twitter. Normalmente, se tiende a explicar la membrana
plasmática como una barrera inerte que separa la célula del medio, pero esto no es así.
En realidad, los fosfolípidos interaccionan de forma continua y funcionalmente con las
proteínas insertadas en la membrana. La conformación de esas proteínas se ve alterada
por los lípidos que tienen alrededor. Ciertos lípidos con propiedades químicas concretas
pueden interaccionan con proteínas y alterar su conformación Ej: los gangliósidos
interaccionan con proteínas introduciendo una cadena alifática en las proteínas.
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¿Por qué reaccionan las moléculas?
Las moléculas reaccionan, entre otras cosas, por la reactividad que poseen, que se
debe a la distribución desigual de cargas, propiedades, etc. Además, las moléculas

poseen una energía cinética concreta debida al proceso de expansión inicial del
Universo, el Big Bang. Si las moléculas estuviesen quietas, no habría vida en absoluto.
Las moléculas poseen una gran energía cinética, y sufren choques miles de veces por
segundo, es decir, que el Universo está alejado del equilibrio. En bioquímica, el
equilibrio es igual a la muerte.
Hoy en día no podemos entender cómo las moléculas reaccionen a nivel
individual, de hecho, las ecuaciones y mecanismos de reacción que vemos en los libros
los estudiamos experimentalmente a gran escala, con millones de moléculas
reaccionando a la vez, y no individualmente. Las reacciones son pura estadística, ya
que se dan a una enorme escala, porque de lo contrario las reacciones durarían
demasiado como para poder ocurrir la vida.
La evolución ha hecho que las interacciones entre biomoléculas sean más estables
y eficientes, facilitando la orientación adecuada de los reactivos y la catálisis. Gracias
al avance de la biología estructural y la simulación con ordenadores se han podido
estudiar mucho mejor las interacciones y la regulación de las biomoléculas.
Las interacciones funcionales de la bicapa lipídica se han estudiado también con esas
técnicas: ciertos lípidos de membrana interactúan con residuos de aminoácidos
regulando y modulando la función de las diferentes proteínas.
Molecular crowding: las células están repletas de moléculas. Cuando vemos en un
libro de bioquímica que A reacciona con B, esto no es así de sencillo. Las células tienen
muchísimas moléculas en su interior, lo que dificulta mucho la interacción y la reactividad
entre dos moléculas. Ej: dos personas en los extremos del Bernabéu, que deben
encontrarse, lo tendrán complicado por toda la gente que hay de por medio.
Antes no se tenía en cuenta el crowding, pero ya se está empezando a incluir en
estudios de farmacología, de constantes cinéticas… Para poder simular el crowding se
requieren ordenadores muy potentes, lo que antes no existía.
Volviendo al tema de la toxicología, hay que recordar que las membranas plasmáticas
son la primera barrera con la que se encuentran los tóxicos.
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En la diapositiva se ve un estudio en el que se modela computacionalmente (mediante
una simulación a partir de datos experimentales, que no es algo real), durante 30 µs,
cómo funciona la acuaporina insertada en membranas plasmáticas con diferente
composición lipídica.
¿Cómo se mueven los lípidos y proteínas en ese lapso y con esas composiciones de
lípidos? Vemos en la tabla de valores la distancia a la que se sitúan los lípidos de las
distintas proteínas, es decir, cómo interaccionan con ellas (en azul, significa que el lípido
se aleja de la proteína e interaccionan menos; en rojo, más cercanía, mayor interacción).

Se ve cómo los fosfolípidos poliinsaturados interaccionan más con una proteína, y los
saturados menos (se alejan). Es decir, la membrana plasmática no es una membrana
inerte, sino que establece interacciones específicas con las proteínas insertadas en
ella, sobre todo con su dominio transmembrana  la distribución de lípidos de
membrana NO es aleatoria, sino que se organizan según sea necesario. También
varían las interacciones entre la hoja externa e interna de la bicapa, así que en un mismo
punto puede haber diferencias en la composición lipídica entre un lado y otro.

Se puede determinar qué residuos de las proteínas transmembrana reaccionan con
ciertos lípidos de la bicapa, y cómo van variando esas interacciones. La bioinformática
nos permite predecir cómo interaccionan los tóxicos con la membrana plasmática.

En este artículo cogieron una pequeña porción de citoplasma bacteriano y modelaron
las interacciones de todas las moléculas del citoplasma. Según el tamaño del cubo
cogido se obtenían unos resultados concretos. Si se tienen en cuenta todas las
moléculas que hay en dicho cubo (metabolitos, agua, iones…), hay una cantidad
grandísima de átomos, y el ordenador calcula el movimiento de los átomos, que son los
que contribuyen al movimiento global de las moléculas. Se modela el comportamiento
de todas las moléculas en diferentes tiempos, pero teniendo en cuenta el entorno en el
que se encuentran. Hay miles de interacciones.

Cuando se determina la estructura de una proteína, no es exactamente la que
encontramos en las células in vivo, al no encontrarse en el citoplasma. En realidad, in
vivo, la estructura está tremendamente influenciada por el molecular crowding. Es decir,
que las proteínas no tienen una estructura fija, dependen de lo que las rodee.
En esta gráfica, observamos el coeficiente de difusión medido experimentalmente en
un entorno “limpio” y en uno con molecular crowding de diferentes moléculas. Se
observan las diferencias entre estos dos valores. También vemos una imagen de una
quinasa en un tubo de ensayo, donde hay más choques antes de que el ATP entre en
el sitio activo.
El Hi-C permite determinar los territorios cromosómicos. Podemos saber
exactamente dónde está colocado cada cromosoma y cómo interaccionan unos con
otros. Se observa que hay un orden en la organización de los territorios cromosómicos
según el tipo de célula, siendo siempre la misma organización. Se cree que se
encuentran cerca aquellos cromosomas que tienen que ser regulados de forma
parecida.

Podemos simular cómo interacciona un tóxico a nivel de membranas. El TCDD es uno
de los compuestos de los cuales han sido simuladas sus interacciones con la
membrana. Al estudiar los modelados, lo que vemos es que se encuentran diferencias
entre las distintas dioxinas según los grupos funcionales que tengan. A igual tiempo de
simulación, también recorren diferentes distancias dentro de la membrana. Por lo tanto,
aunque sean compuestos similares que actúan de forma parecida (ambos entran por
difusión simple), la entrada a la célula es completamente diferente.

El TCDD, al acercarse a la membrana, se orienta según la afinidad polar. Son muy
peligrosos al acceder muy fácilmente al interior celular: la parte polar interacciona con
las cabezas polares, mientras que en el interior de la membrana los anillos apolares
estabilizan las interacciones. De esta forma vemos que las estructuras de las
moléculas determinan su toxicidad.
Cuando estudiamos el acceso de estos tóxicos al interior celular, vemos que hay dos
maneras de acceder: difusión simple o mediante transportadores.
En general, aquellas moléculas que acceden por difusión simple son moléculas que
tienen un tamaño menor de 600 Da (aunque también es importante su naturaleza
química). Si la molécula es hidrofílica, difícilmente pasará la membrana; mientras
que si es hidrofóbica pasará la membrana fácilmente.

El coeficiente de partición se define como la concentración del tóxico en la fase
orgánica dividido entre la concentración de este tóxico en la fase acuosa. Se hace
una mezcla en un solvente acuoso y otro orgánico. Añadiendo una concentración
conocida del tóxico, cuando se da la separación de las fases, se mide la concentración
del tóxico en cada una de ellas. Según la naturaleza del tóxico se encontrará en mayor
o menor medida en cada una de las fases.

El coeficiente de partición se representa mediante el logaritmo. Los que tienen signo
negativo van a ser más hidrosolubles, mientras que los que poseen signo positivo
son más solubles en el solvente orgánico.

La absorción de muchos tóxicos depende de su estado ácido/base.

Esto ocurre porque las moléculas se ionizan (según el pH del medio). El cálculo que
hagamos en un ensayo puede no correlacionarse con el comportamiento in vivo. En el
siguiente ejemplo, vemos el ácido benzoico:
En este compuesto, dependiendo del pH, el grupo carboxilo se puede ionizar. Vemos la
proporción de la forma ionizada frente a la neutra. A pH ácido tenemos la forma no
ionizada (protonada), conforme el pH se acerca al pH neutro, se nos ioniza el
compuesto (forma desprotonada).
Este compuesto tiene un uso alimentario como aditivo, y en el estómago (que posee un
pH ácido) se va a encontrar en la forma protonada. Esto permite una mayor asimilación
de este compuesto en el estómago (lo cual es un problema, porque es tóxico). Hay que
tener en cuenta en qué condiciones se mide el coeficiente de partición.
Ayer se le concedió el Nobel de Medicina 2022 a Svante Pääbo, quien fue capaz de
secuenciar el genoma del hombre de Neandertal a partir de muestras de hueso, para lo
cual fue esencial el empleo de técnicas de ultrasecuenciación.
En 2010, publicó el borrador del genoma de Neandertal, y en 2014 salió a la luz el
genoma completo. Uno de los trozos de hueso que se usaron como muestra procedió
de El Sidrón, aquí en España. Mediante secuenciación de muestras de hueso, se
descubrió una especie homínida desconocida, y encontraron que hubo una divergencia
evolutiva que dio lugar al hombre de Neandertal y a los denisovanos.
El citocromo P450 es una molécula a la que dedicaremos varias clases, pues es

fundamental en la biotransformación de moléculas endógenas que participan en el
metabolismo y en la detoxificación de moléculas exógenas.

Son tan importantes estos citocromos que se encuentran en una amplia variedad de
organismos, desde seres unicelulares hasta pluricelulares. Vemos que el citocromo
P450 participa en numerosas rutas biosintéticas y catabólicas.
Al estar tan evolutivamente conservado, se emplea el citocromo P450 como marcador
evolutivo para comparar la cercanía evolutiva entre distintas especies, su grado de
relación y para la elaboración de linajes y árboles filogenéticos.
Si nos fijamos en sus características, podemos predecir la fisiología de las especies que
poseen ciertas variantes del citocromo. Hay una base de datos de compuestos tóxicos
y drogas donde están anotados los citocromos P450 implicados en su detoxificación.
Aunque todos los humanos poseemos los mismos citocromos, cada individuo posee
ciertos polimorfismos que condicionan su capacidad de respuesta a los tóxicos. Esos
polimorfismos o variantes genéticas suelen encontrarse en genes que codifican los
citocromos P450, y son los responsables de que a cada persona le sienten mejor o peor
ciertas drogas. Este es uno de los factores que dan lugar a la curva dosis-respuesta
cuantal.

En ratones de laboratorio, se introducen de forma artificial varias copias del gen que
codifica el citocromo P450 (a mayor número de copias del gen, mayor expresión del
citocromo). Después, se administra una droga y se miden los niveles en sangre de la
misma a lo largo del tiempo. De esta manera, se ve cómo los ratones con mayor número
de copias del citocromo eliminan de forma más rápida la droga, lo que era de esperar.
Vemos en la siguiente gráfica cómo las drogas pueden metabolizarse a diferentes
velocidades dentro de una misma población, teniendo metabolizadores ultrarrápidos,
extensivos (la mayoría de las personas), intermedios y pobres.
Importante: estas diferencias en la eficiencia de metabolización tienen relevancia en
tóxicos que deben ser biotransformados y metabolizados para poder ser neutralizados.
En población humana, vemos que hay un polimorfismo mayoritario, que se encuentra
en los metabolizadores “normales”, mientras que hay otras variantes responsables de
los fenotipos más “extremos”. En la diapositiva vemos los tres principales polimorfismos
del gen que codifica el citocromo P450.

Hay una base de datos del genoma Neandertal, donde podemos consultar las
secuencias de sus genes y proteínas. Entre ellas, encontramos el citocromo P450, que
posee numerosos polimorfismos que pueden tener o no efecto sobre la secuencia
aminoacídica (las mutaciones sinónimas no alteran la secuencia aminoacídica). En rojo
vemos marcado un polimorfismo del citocromo P450 del Neandertal donde hay un
residuo de glicina, que hace que el citocromo sea menos activo  es decir, que los
Neandertales tenían en su mayoría un fenotipo de metabolizadores pobres. Las
mutaciones pueden alterar la conformación del centro activo o su accesibilidad, y la
capacidad del citocromo de interaccionar con la membrana.
Entre otras cosas, el citocromo P450 se encarga de eliminar una micotoxina llamada
Enniatina B, producida por el hongo Fusarium compactum. Es una molécula grande y
compleja, que producen algunos hongos que contaminan cereales como la cebada que
no están bien almacenados. Según un paper, los Neandertales sufrieron una importante
merma en su población debido a la presencia de micotoxinas en los primeros cultivos
agrícolas que hicieron, lo que causó intoxicaciones y dañó su salud. La presencia del

citocromo de fenotipo metabolizador pobre favoreció aún más esta disminución de la
población.
Vimos cómo la primera barrera que se encuentran los tóxicos es la membrana
plasmática, la cual podrán o no atravesar según sus propiedades químicas mediante
procesos de difusión, o atravesándola a través de proteínas transportadores o canales.
El coeficiente de partición (koil hace referencia a fase lipídica, como la membrana
plasmática) da cuenta de la distribución de un compuesto en fase acuosa y en fase
hidrofóbica (orgánica), y se expresa de forma logarítmica. Esto nos indica la
hidrofobicidad del compuesto.
El coeficiente de permeabilidad (P) tiene en cuenta tanto el coeficiente de partición
como el coeficiente de difusión, que son los dos parámetros fundamentales que van a
determinar cómo una molécula se desplaza a través de la bicapa lipídica. El coeficiente
de difusión depende de la concentración, y el de partición de la hidrofobicidad. Este
último tiene mayor relevancia que el coeficiente de difusión. El coeficiente de
permeabilidad, P, se expresa como el producto del coeficiente de partición por el de
difusión para una distancia determinada (grosor de la membrana).

Los coeficientes de partición y permeabilidad son lineales en un rango de pesos
moleculares (entre 200 y 600 Da). Es decir, que para moléculas de debajo de 400-500
Da se cumple una relación lineal con ambos coeficientes. Las moléculas que posean un
tamaño mayor deben superar una barrera energética demasiado elevada como para
poder atravesar la membrana, y requerirán entonces de transportadores para poder
hacerlo.
Vemos cómo dos moléculas con un coeficiente de partición similar pueden poseer
coeficientes de permeabilidad sensiblemente distintos. Esto se debe al tamaño y a la
naturaleza polar de cada molécula. Algunas moléculas mayores, como la glucosa,
presentan una gran disminución de su coeficiente de permeabilidad.
Desde el punto de vista de la permeabilidad, la bicapa lipídica es en realidad una

“tricapa” lipídica, ya que nos encontramos primero con una zona polar
(correspondiente a las cabezas fosfolipídicas), después una zona muy hidrofóbica (el
mar lipídico de la membrana), y otra vez una región polar (correspondiente a las cabezas
de los fosfolípidos del otro lado de la membrana).
La membrana separa dos fases iguales, que son ambas acuosas, pero dándose el
fenómeno de molecular crowding en la cara citosólica.
Para estudiar el trasiego de moléculas a través de la membrana plasmática, es esencial
estudiar varios parámetros: el flujo (J), el coeficiente de partición (K), y el coeficiente
de permeabilidad (P).
𝒅𝑪 𝑪𝒇𝒂𝒔𝒆 𝒐𝒓𝒈á𝒏𝒊𝒄𝒂 𝑫𝒆𝒇𝒇 ∙ 𝑲

𝑱 = 𝑫𝒆𝒇𝒇 𝑲= 𝑷=
𝒅𝒙 𝑪𝒇𝒂𝒔𝒆 𝒂𝒄𝒖𝒐𝒔𝒂 𝒅𝒙
Vemos cómo una molécula polar, al acceder a las primeras cabezas polares de la
membrana, se encuentra favorecida energéticamente, pero al acceder a la zona
hidrofóbica debe superar una elevada barrera energética, que después vuelve a bajar
cuando logra llegar a la otra cara hidrofílica de la membrana. Se observa un perfil
energético opuesto en el caso de las moléculas hidrofóbicas.
Sin embargo, vemos cómo el tamaño de las moléculas también influye, ya que los
lípidos (aun siendo hidrofóbicos) deben superar una barrera energética elevada para
atravesar la membrana, debido a su elevado tamaño.
Vemos cómo moléculas pequeñas y apolares (ej: gases como el CO2 y O2) poseen un
elevado coeficiente de permeabilidad, y atraviesan muy bien la membrana por
difusión simple.

Vemos en esta diapositiva el tamaño de la molécula de agua y el de los iones sodio y
potasio. Esos iones en realidad no van “solos” en disolución acuosa, sino rodeados de
una esfera de solvatación.
El ion sodio suele ir acompañado de una esfera de hidratación de 6 moléculas de agua,
lo cual hace que el radio efectivo del ion se vea aumentado. Además, la presencia de
agua apantalla la carga positiva de ese ion.
Por tanto, si un ion quiere pasar por un canal estrecho (que sólo deja pasar iones
“desnudos”) formado por aminoácidos polares, debería deshacerse antes de las
moléculas de agua para poder hacerlo. Como la interacción con el agua con los iones
es tan fuerte, se requiere de mucha energía para que el ion se deshaga de la esfera de
hidratación y pase desnudo a través del canal  este proceso no está favorecido
energéticamente.

Por ello, lo que sucede en las células es que los canales iónicos poseen unos poros con
aminoácidos muy concretos, que permiten el paso de los iones unidos a su esfera de
solvatación.
Vemos dos imágenes de tumores marcados tanto de humano como de rata, donde se
observan vasos sanguíneos. Vemos una línea central rodeada de células que están
menos marcadas, alrededor de esos vasos sanguíneos.
Esto es así por la difusión del oxígeno. El oxígeno debe difundir del vaso sanguíneo a
las células del tejido, y debido a su coeficiente de difusión no llega bien a todas las
células.
Este es un marcaje de apoptosis, donde se tiñen más aquellas células que están en
proceso apoptótico, y son las que se encuentran más alejadas de los vasos sanguíneos.
Este es un proceso meramente físico, debido al valor de Deff del oxígeno que no le
permite difundir más allá de 100 micras. Las células que están fuera del límite de difusión
acaban entonces muriendo (se marcan más).
Para evitar esto, las células tumorales inducen la formación de capilares que irriguen
a todo el tumor, lo que se conoce como angiogénesis.

Vemos los diferentes tipos de proteínas transmembranales y su nomenclatura. Existen
las proteínas intrínsecas (insertadas en la membrana), las periféricas (que no están
insertadas en la membrana), y las ancladas a lípidos (que suelen estar en la cara
interna de la bicapa, como es el caso de Ras, que debe estar farnesilada para poder
unirse a la membrana).
El estudio de las proteínas asociadas a la membrana ha avanzado mucho con las
nuevas tecnologías. Los nanodiscos permiten aislar y estudiar estructuralmente una
proteína transmembrana, sin necesidad de usar detergentes que solubilicen la
membrana, lo cual puede alterar la función y la estructura de las proteínas integrales.
Estos discos nos permiten aislar el complejo de forma intacta, manteniendo sus
propiedades bioquímicas y estructurales.
El SMA (estireno-ácido maleico) es un polímero anfipático, que posee una parte apolar
(estireno) y otra polar (ácido maleico), lo que le permite interactuar con las membranas
e imitar sus propiedades químicas. El estireno se puede introducir en las regiones
apolares de la membrana, y el maleico con las cabezas polares de los fosfolípidos.
Al ser el SMA un polímero, puede rodear y aislar los nanodiscos sin llegar a solubilizar
la membrana.
El SMA rodea como si fuera un hilo a esos nanodiscos, que contienen lípidos y las
proteínas transmembranales. Esto permite usarlos en cromatografía de afinidad,
pudiendo así obtener las proteínas transmembranales que nos interese estudiar de
forma más sencilla y sin alterar apenas sus funciones.

Vemos en la imagen cómo interacciona el SMA: la interacción polar del ácido maleico
es el primer proceso que tiene que ocurrir para que se dé la unión del SMA a la
membrana. Después, la región de estireno empieza a insertarse poco a poco en el mar
lipídico de la membrana, formándose los nanodiscos progresivamente.
Con esta técnica, se pueden aislar receptores como el AcrB, un transportador de

resistencia a drogas, que expulsa fármacos fuera de la célula. AcrB es un trímero que
se puede estudiar gracias al uso de SMA. Podemos ver así qué lípidos interaccionan
con AcrB (lo cual vimos que era esencial, pues la interacción con los lípidos modula en
gran medida la función de las proteínas).
Nos fijamos en cómo AcrB tiene un agujero central que NO comunica un lado de la
membrana con el otro, sino que ese agujero está lleno de lípidos membranales
que forman algo parecido a un triángulo. Esos lípidos están girados unos con
respecto a los otros, y se ve que en cada capa de la membrana hay una diferente
composición lipídica, lo que regula la función de la proteína. Ej: la arginina 8
interacciona con la cabeza polar del lípido 9, lo cual es esencial para la función de AcrB.
Los lípidos de membrana juegan un papel funcional más importante de lo que se
pensaba. Se investiga mucho sobre ello, en gran parte gracias al avance de las técnicas
experimentales.
Antes se estudiaban solamente aquellos tóxicos que afectaban a las proteínas de
membrana, pero como ya sabemos que los lípidos intervienen en la conformación y
función de las proteínas de membrana, se estudian también las alteraciones de los

lípidos (oxidación, cambios estructurales…) y sus implicaciones en la función de
las proteínas transmembranales. Ej: los metales pesados afectan bastante a los
fosfolípidos de membrana. Un metal pesado altera a las interacciones de las cabezas
polares de los fosfolípidos, aumentando la fluidez de las membranas, y se ha visto de
hecho una gran afectación de proteínas que interaccionan con fosfatidilcolina en
presencia de metales pesados. Los antibióticos también afectan a la capacidad de
interiorizar vacuolas. Los generadores de ROS afectan al estado de oxidación de los
lípidos, alterando su capacidad de interacción y a la fluidez de la membrana. Los
detergentes también son tóxicos, ya que disuelven las membranas y dañan el epitelio.
Hay tóxicos que pueden atravesar la membrana, como ya vimos, según su tamaño y
polaridad.
El agua puede atravesar la membrana, pero de forma muy ineficiente. Para ello,
debe atravesar una barrera energética bastante elevada. Las acuaporinas se portan
como un agente catalítico que disminuye la barrera energética que el agua debe
superar para atravesar la membrana plasmática.
Estudiaremos varios procesos: difusión simple, difusión facilitada (si hay proteínas
que faciliten el proceso de difusión, como sucede con las acuaporinas. Ambos tipos de
difusión suceden siempre a favor de gradiente) y transporte activo (que implica un
gasto de energía, ya que se transportan solutos en contra de gradiente).
El coeficiente de permeabilidad es esencial, ya que determina si una molécula puede

atravesar o no una membrana lipídica por difusión simple. Se puede determinar
experimentalmente, pero otras veces no es posible. Hoy en día, por métodos
computacionales con inteligencia artificial, se pueden hacer predicciones muy buenas
de los coeficientes de permeabilidad de los agentes químicos. Se puede así determinar
la biodisponibilidad de fármacos y muchas moléculas.
Ej: la tacrina fue el primer fármaco usado para tratar el Alzheimer, y posee una
estructura planar e hidrofóbica. Su coeficiente de permeabilidad se determinó

experimentalmente, lo cual se ve representado en la gráfica con dos líneas
discontinuas (que corresponden a los coeficientes determinados en dos experimentos
distintos). Los puntos de colores son los coeficientes determinados por distintos
métodos computacionales, que vemos que se aproximan bastante a los valores
experimentales.
Si simulamos cómo esa molécula atraviesa la membrana plasmática (según sus
propiedades y tamaño), vemos cómo va variando el cálculo estimado del coeficiente de
permeabilidad a lo largo del tiempo, es decir, que necesito simular durante un tiempo
suficiente para obtener una predicción acertada.
Las simulaciones parten de un estado inicial, donde la molécula está en un sitio alejado
de la membrana plasmática. La simulación toma las propiedades físico-químicas y el
tamaño de la molécula y la membrana plasmática. Si no dejo pasar un tiempo suficiente,
puede que la molécula no se encuentre con la membrana, así que hemos de dejar la
simulación suficiente tiempo para que la molécula pueda atravesar la membrana
(alrededor de 30-40 ns).
Es decir, que tenemos algoritmos computacionales que nos permiten calcular

coeficientes de permeabilidad de forma exacta y rápida. Esto es muy útil hoy en día,
porque ahora se hacen estudios computacionales de grandes librerías de
compuestos para determinar su coeficiente de permeabilidad, lo cual supone una
gran cantidad de experimentos y dinero que nos podemos ahorrar.

Aparte de calcular el coeficiente de permeabilidad, vemos representado en el eje x de
una gráfica el coseno del ángulo de ataque de la tacrina a la membrana plasmática.
Vemos en el eje y el grosor de la membrana (donde el valor 0 se corresponde al centro
de la membrana). Cuando las moléculas planares entran a una membrana se
orientan con un ángulo de entre 60º y 120º, según si están en la zona polar o apolar
de la membrana. Además podemos calcular el nº de interacciones hidrofóbicas y de
puentes de hidrógeno que se establecen entre la molécula a transportar y los
componentes de la membrana.

También podemos calcular la distancia entre los extremos de una molécula, en el
caso de que esta sea flexible, para ver cómo cambia su conformación a medida que
avanza a lo largo de la membrana.
- Regla de las 5 H: la industria farmacéutica intenta que muchos de los parámetros que
debe cumplir un fármaco líder tengan un valor de múltiplo de 5. Ej: un candidato a
fármaco no debe ser susceptible de formar puentes de hidrógeno con más de 5
moléculas conocidas.
La zacoprida es una molécula con varios grados de libertad, por lo que se puede doblar
y cambiar de conformación. Vemos en la animación cómo la tacrina (hidrofóbica)
interacciona muy poco con las regiones polares en comparación con la zacoprida, que
es mucho más polar.
Es importante determinar la cantidad de tóxico que es capaz de llegar al interior de las
células, ya que hay pérdidas notorias de tóxico según la vía de administración, sus
propiedades físico-químicas, su metabolización…

Volumen de distribución (Vd): es el volumen en el que tendría que haberse disuelto
el tóxico administrado para alcanzar la concentración plasmática observada.
Si hay poca concentración en sangre del tóxico, entonces el valor de Vd es alto, lo
que nos indica que el tóxico llega rápidamente a los tejidos (tiene alta
biodisponibilidad y se distribuye bien por el organismo), mientras que si el valor de Vd
es bajo, el tóxico tiene más dificultad para entrar a las células (debido a barreras
como el mucus, a su baja permeabilidad a través de la membrana plasmática o a su
metabolización).
La distribución de los tóxicos también depende mucho de la presencia de

proteínas en sangre. En un proteinograma vemos la distribución y proporción de cada
tipo de proteína en sangre. Para ello, se hace una electroforesis de proteínas, pero que
en vez de hacerse en una cubeta típica, se hace en un capilar con poliacrilamida, lo cual
acelera mucho el proceso. Además, un láser atraviesa el capilar y detecta cuando pasan
proteínas, obteniendo así las diferentes bandas de proteínas que se visualizan. Vemos
que muchísimos metabolitos y tóxicos aparecen dentro del pico de la albúmina, mientras
que algunos metales como el cobre se asocian a α-2.
¿Por qué tantas moléculas aparecen en el pico de la albúmina?
Porque la albúmina, aparte de transportar moléculas, tiene una función de
detoxificación, elimina muchos tóxicos de la sangre. La albúmina tiene esa
capacidad de unir tantas moléculas diferentes porque, como se ve en las imágenes,
posee muchos bolsillos de naturaleza química distinta (hidrofóbicos, polares…), de
tal manera que puede unir inespecíficamente muchas moléculas de propiedades
químicas y estructuras muy variadas.

Por ello, se puede usar como carrier en el laboratorio, mientras que en la sangre
transporta y retira muchos tóxicos, de tal manera que logra bajar mucho la cantidad de
toxico en sangre, y aumentando con ello su Vd.
Tipos de proteínas transportadoras:

Si el tóxico debe entrar o salir en contra de gradiente, se necesitan transportadores.

Nos encontraremos transportadores diana de tóxicos de varios tipos: los canales (que
se clasifican en canales propiamente dichos y en poros) y los transportadores. La
diferencia fundamental es que en el canal sólo hay dos posiciones: cerrado y
abierto. Una vez está abierto, el flujo es continuo, no hay barrera de flujo hasta que el
canal se cierra, mientras que en los transportadores, la apertura y el cierre se dan
por cambio conformacional (como en el canal). Sin embargo, estos cambios ocurren
por separado en las partes externa e interna del transportador, es decir, que hay dos
fases distintas, y esto hace que el flujo sea mucho más lento.

Hay una toxina que afecta a la permeabilidad de la membrana, ya que se une a ella y
forma poros, alterando el flujo de iones y metabolitos. Ej: la lisenina es una toxina que
produce una lombriz, y posee 9 subunidades que forman una especie de “árbol” con
ramas constituidas por α-hélices, y con láminas β se forma un barril central que
constituye el tronco del árbol.

Se están usando proteínas nanoporo para secuenciar proteínas, de forma similar a
como hace el NanoPore con el DNA.
Los canales y transportadores se diferencian estructuralmente: los canales se
clasifican en canales iónicos (formados por α-hélices) y poros (barriles de hojas β, que
son el equivalente a la zona central de la toxina que hemos visto), mientras que los
transportadores o carriers no poseen una clasificación tan estricta, ya que se da una
mezcla de α-hélices y láminas β.
Ej: la maltoporina transporta maltosa al interior de las bacterias, y posee forma de barril
con láminas β. Se ven los poros desde arriba, y con el modelo molecular de relleno
vemos cómo el tamaño de poro es muy pequeño y selectivo, no hay tanto hueco interior
como se da a entender con las representaciones simplificadas de α-hélices y hojas β.
En bioingeniería se pueden usar poros selectivos para filtrar sustancias que

queramos eliminar. Ej: podemos expresar uno de estos poros en bacterias (u otros
microorganismos) para que introduzcan tóxicos presentes en la naturaleza, fármacos,
etc. y así retirarlos del medio que nos interese.
Otra estrategia de modificación de organismos para que lleven a cabo procesos de
detoxificación es el DNA origami. Se puede usar el DNA como una especie de cordón,
y así modelar materiales con moléculas de DNA. Tenemos estructuras planas
(cuadrados, círculos, rectángulos…) o tridimensionales (pirámides o cubos, etc.). La
idea es coger hebras de DNA y enrollarlas, dando lugar a formas muy complejas. En
la diapositiva vemos una imagen de un experimento, donde se hizo un canal usando
sólo hebras de DNA. Se usan varias de estas hebras de DNA, que al unirse entre sí dan
lugar a un canal que inserta en la membrana plasmática. El problema radica en los
extremos, que son demasiado laxos y carecen de selectividad, pero la región central

queda muy restringida y se introduce adecuadamente en la membrana. Vemos una
imagen de un canal de ATP generado con hebras de DNA unidas entre sí.
Según la secuencia de DNA, este tendrá diferente rugosidad y estructura, dando
lugar a moléculas con especificidad y funciones concretas.
APUNTE EXAMEN: el porcentaje masa/volumen se expresa en g/100 mL de

disolución  % (m/v)  g/100 mL
Si uno observa un canal o un poro, se da cuenta de que la evolución ha ido

seleccionando una serie de residuos de aminoácidos para que formen parte de esas
proteínas y le doten de especificidad. Se seleccionan las secuencias que permiten el
paso especifico y selectivo de las moléculas dianas de los canales y poros. En el caso
de la maltoporina, vemos que en su región central hay una serie de residuos que
decoran el canal por el que pasa la maltotriosa. Esos residuos son aromáticos, como
la fenilalanina, triptófano y tirosina. Esta arquitectura permite que la maltotriosa se
“chorree” dentro del canal, lo que se conoce como greasy slide, y que además no entren
otras moléculas debido a la presencia de impedimentos estéricos químicos y físicos.
El canal de acceso del transportador de urea posee a los lados una serie de residuos
no polares, que decoran el canal en su región transmembranal, mientras que en las
partes superior e inferior del mismo hay residuos polares. Esto permite que la molécula
de urea se oriente de forma correcta antes de introducirse en el poro del canal,
colocándose de forma vertical dentro del mismo. Cuando la urea llega a la cara opuesta
del canal, los residuos polares vuelven a reorientarla y facilitan así su salida del canal.
Difusión facilitada (o transporte activo secundario): no requiere de ATP, pero

emplea la fuerza motriz de otro ion/molécula que se transporta a favor de gradiente,
para lograr movilizar en contra de gradiente la molécula de interés.

Solute Carriers superfamily (SLC superfamily):
Estas moléculas poseen hasta 12 dominios transmembrana, una región extracelular, y
hay varios loops que conectan las hélices α transmembrana. El loop situado entre las
hélices 6 y 7 es una región de regulación por fosforilación, ya que es sustrato de
kinasas que controlan la función y localización del transportador.

Dentro de esta categoría se distinguen varios subtipos de SLCs:
- OATPs: son transportadores de aniones orgánicos hidrofóbicos de gran
tamaño. Se expresan normalmente en el hígado, y poseen varias isoformas.
Además, el contraion suele ser bicarbonato o glutation, que se transporta a favor
de gradiente.
- OAPs: transportan aniones orgánicos hidrofílicos de menor tamaño. Se
expresan en el hígado, pero también en el riñón. Suelen ir acoplados a otros
contraiones, que suelen ser dicarboxilatos.
- PEPTs: transportan péptidos de pequeño tamaño, y están acoplados al flujo
de protones.
- MATEs: expulsan xenobióticos, y están también acoplados al flujo de protones.
- OCTs: transportan cationes orgánicos hidrofílicos. Se expresan en hígado y
riñón.
Dentro de los numerosos genes que codifican estos transportadores, se destacan en

rojo en la tabla los que más relevancia tienen en medicina y toxicología.

ABC transporters:
Hay varias subfamilias, nombradas desde la subfamilia A a la subfamilia G. Si nos
fijamos en el nombre común de muchos de estos transportadores, vemos cómo la
mayoría de ellos son proteínas de resistencia a fármacos, y suponen una de las
principales causas de resistencia a los medicamentos antitumorales. Las células
tumorales metastásicas, especialmente de estadios avanzados, suelen sobreexpresar
este tipo de proteínas, lo cual disminuye la eficacia de la quimioterapia. Ej: el nombre
común de estas proteínas de resistencia a fármacos es glucoproteínas P.

A diferencia de los canales, que se abren y permanecen en ese estado permitiendo un
flujo continuo, los transportadores sufren una apertura secuencial desde la cara
externa a la interna, o viceversa. Primero, se une el ligando a una de las dos caras
(la que se encuentra en conformación abierta) del canal, lo que causa un cambio
conformacional que provoca el cierre de esa misma cara, pero al mismo tiempo la
apertura de la cara contraria. Esto suele requerir de un consumo energético, en
forma de ATP.

Hay unas cuantas α-hélices que atraviesan la membrana, formando varios monómeros
de hélices transmembranales. Estos transportadores poseen dos dominios
citosólicos (nucleotide binding domains) que unen ATP y lo hidrolizan.
Vemos la estructura de dos de estos transportadores (multidrug resistance). Se ven los

monómeros de color azul y rojo (que se unen formando un dímero), y se da una
conformación que permite sacar fármacos al exterior de la célula.
Al inicio, se da una conformación abierta en la cara interna que permite la unión del
ligando, lo que causa un primer cambio conformacional que provoca que los dos
monómeros se acerquen, y una vez los dominios de unión a nucleótido están
próximos, se pueden unir dos moléculas de ATP y esto causa un segundo cambio
de conformación, que abre la cara externa y cierra la interna, permitiendo la
expulsión del ligando. La disociación del ligando permite (de forma simultánea) la
hidrolisis y disociación del ATP, dando otro cambio conformacional final que
devuelve al transportador a su conformación inicial (abierta en la cara citosólica).
Toda esta parafernalia hace que el flujo sea mucho más lento que en los canales,
además de que cada molécula se transporta de forma individual.
Cuando se da un importe (entrada), el ligando se presenta unido a la proteína

accesoria SBP (substrate binding protein) para poder interaccionar con el
transportador, mientras que para el exporte NO se requiere de proteína accesoria, ya
que el ligando interacciona directamente con el transportador.

Ej: hay un importador de maltosa de E. coli que debe interaccionar con la maltosa
unida a una proteína accesoria llamada MBP, maltose binding protein, que se suele
usar como etiqueta de purificación o reconocimiento en proteínas recombinantes:
entre esas etiquetas, destacan la glutation-S-transferasa (GST), u otros péptidos más
pequeños como las colas de 6xHis, FLAG, HA y c-Myc. Podemos fusionar MBP a
nuestra proteína recombinante, y así purificarla en columnas formadas por bolitas unidas
a maltosa.

La unión de la maltosa a la MBP causa un cambio conformacional que se transmite al
importador, cuyo dominio citosólico puede entonces hidrolizar ATP, causando otro
cambio conformacional que permite finalmente el transporte de la maltosa.
Cuando tenemos una estructura en dímero, hay tres formas posible de que ambos
interactúen: face-to-face, back-to-face o back-to-back. Esto es así porque un monómero
se puede dividir en dos regiones: face o back, y según la región en la que se enfrenten
dos monómeros, tendremos un tipo de unión u otra.

Hay tres regiones en el dominio N-terminal del transportador de maltosa: la Walker A o
loop P (característico de las quinasas, que contiene un residuo fundamental de lisina),
la Walker B (o loop PB) y el loop LSGGQ. En la imagen se ve una glutamina, que en
realidad está mutada, pues el residuo original es realmente un glutámico. Estas regiones
son las que mantienen unido el ATP permitiendo su hidrolisis, y por ello este motivo es
bastante recurrente en proteínas que hidrolizan ATP: la lisina y el glutámico forman un
motivo que une el fosfato γ del ATP y promueve su hidrolisis, mientras que el resto del
motivo estabiliza la interacción.
Las oxidaciones de lípidos suelen ser una causa recurrente de toxicidad celular. Si
tenemos un entorno muy oxidante (por radiaciones ionizantes, xenobióticos y
contaminantes oxidantes…) puede haber una alteración en la estructura y la función de
los lípidos de membrana.
En un estudio, se demostró que el estado de oxidación de los lípidos de membrana

puede alterar la función de las proteínas transmembranales. Vemos en la imagen
una fosfatidilinositol “normal” y su forma oxidada, que es más lábil y por ello se degrada
fácilmente.

Se hizo un sistema de vesículas a partir de membranas plasmáticas, y se introdujeron
cantidades determinadas de fosfatidilinositol y fosfatidilinositol oxidado. Si se añade el
ligando del receptor (de serotonina, en este caso), se da la activación de su proteína G
asociada. Si añado moléculas de GTP marcadas con fluorescencia, podremos medir la
actividad GTPasa de la proteína G asociada (y con ello, la función del receptor). Se mide
la actividad del receptor con el fosfatidilinositol normal y oxidado, a diferentes
concentraciones, y se observa que al aumentar el porcentaje de lípidos oxidados en la
membrana, aumenta la actividad del receptor.

Se hizo una variante del experimento, donde se prepararon directamente membranas
con fosfatidilinositol “normal”, y se dejaron 18 h expuestas al aire (que contiene oxígeno)
y así se oxidaron de una forma más natural.
De nuevo, mediante RMN, se observó que la exposición al aire oxidaba los
fosfolípidos, y además, se vio de nuevo un aumento de la actividad del receptor ante
la oxidación de los lípidos. Se han generado nanodiscos de este receptor de
serotonina, y se ha observado la estructura del mismo según los lípidos de membrana
y los ligandos unidos.
Se ve cómo hay una molécula fosfolipídica que se orienta de una manera muy
particular, y hay también colesterol rodeando al receptor. Los fosfolípidos que
interaccionan con el receptor se disponen de manera muy distinta al resto de lípidos de
la membrana. El ligando sintético se une a un bolsillo del receptor, cuya apertura
está modulada por una molécula de colesterol. De hecho, las moléculas de colesterol
orientan los ácidos grasos de la fosfatidilserina para que se introduzcan en el receptor
modulando su actividad.
Vemos a la izquierda la región de interacción de la proteína G asociada con el resto de

los lípidos, es decir, que estos no sólo interaccionan con el receptor, sino también con
su proteína G asociada, modulando su capacidad de unión al receptor y su actividad.
Se midió la actividad GTPasa en condiciones de control (sin serotonina unida, la barra
azul) y cuando hay ligando (barra naranja), variando las condiciones y la composición
lipídica de las membranas. Al subir las concentraciones de fosfolípidos encima de
valores fisiológicos, por lo general, se da un aumento de la actividad GTPasa de las
subunidades α. Cuando se añade ligando, obviamente la actividad sube aún más. Es
decir, que la adición de fosfolípidos aumenta la actividad GTPasa del receptor basal y
en presencia del receptor, por tanto, los lípidos regulan la actividad el receptor.

Biotransformación: es la conversión metabólica de xenobióticos o químicos
endógenos en compuestos más solubles en agua.
Categorías de enzimas implicadas en biotransformación:

- Hidrólisis: las más frecuentes.
- Reducción: redox.
- Oxidación: redox. Nos centraremos mucho en el citocromo P450.
- Conjugación.
Las reacciones de hidrólisis y redox son las que participan en la fase I de

eliminación de tóxicos. Aquí se suelen modificar grupos químicos muy reactivos y
tóxicos para neutralizarlos. Se suele dar una combinación de reacciones de primera
fase, que son más simples, y después reacciones más complejas en fase II, donde se
añaden grupos funcionales que solubilizan al tóxico en agua.

A nivel de organismo, interesa neutralizar y eliminar un tóxico, para lo cual es necesario
hacerlo más hidrosoluble y expulsarlo vía orina o heces.
- FASE I:
Los citocromos P450 pueden realizar reacciones simples, pero muy variadas, que
consisten en adiciones de grupos funcionales.

Vemos en la diapositiva algunos tóxicos que son procesados por los citocromos (en
azul) y por la flavín monooxigenasa (en naranja).
- FASE II
Suelen ser conjugaciones, donde la mayor parte de enzimas son transferasas que
aumentan la solubilidad acuosa de los tóxicos.

Si tenemos un xenobiótico, se dan primero las reacciones de fase I, en las que se
eliminan grupos funcionales reactivos causantes de la toxicidad, modificándolos de tal
manera que se facilitan las reacciones de tipo II posteriormente. Sin embargo, las
conjugaciones (fase II) no siempre ocurren en el sitio modificado durante la fase I,
aunque esto suele ser lo habitual.
Las reacciones de fase I suelen suceder en sangre (o riñón), y las de fase II suceden en
el hígado. Se ve cómo a medida que se dan los procesos, aumenta la solubilidad en
agua del xenobiótico, lo que disminuye la vida media del compuesto al ser más
fácilmente eliminado.

Citocromo P450:
Está formado por un complejo, que está unido al retículo endoplasmático liso (REL)
y rugoso (RER), pero sobre todo está preferentemente unido al REL antes que al
RER. Hay una nomenclatura para clasificarlos, ya que son muchísimos:

Nomenclatura CYPs:
Primero, se pone el número de la superfamilia CYP, después se pone una letra que
caracteriza la subfamilia, otro número después que hace referencia a la isoforma de
citocromo, y finalmente un asterisco (que indica polimorfismo, SNP o alelo) seguido de
un número que lo identifica.
El consenso es que para los números que designan las familias, se destinan los
números del 1-51 para mamíferos en insectos, 52-100 a plantas, y >100 para bacterias.
Estas proteínas ejercen funciones metabólicas normales, solo que son capaces de unir
muchísimos sustratos, entre ellos los tóxicos y xenobióticos. Hay algunos citocromos
que son más o menos capaces de metabolizar tóxicos. Vemos en la imagen los
diferentes citocromos humanos implicados en varias rutas metabólicas.

El citocromo P450 fue descubierto por Martin Klingenberg en 1957. Él preparó
microsomas a partir de membranas celulares, y les añadió CO (monóxido de carbono,
un agente oxidante), lo cual modificó su espectro de absorción y apareció una intensa
banda de absorción a una longitud de onda de 450 nm.
Omura y Sato caracterizaron y purificaron el citocromo P450, cuyo nombre viene de la

longitud de onda a la que absorbe. La principal característica de este citocromo es que

posee un grupo hemo (al igual que el resto de los citocromos), y además tiene dos
residuos esenciales que estabilizan el grupo prostético hemo. En concreto, se tratan de:
una cisteína 435 (que se ancla al grupo hemo) y un triptófano 120 (que contribuye
mediante una interacción con el grupo propionato del anillo hemo a su estabilización y
posicionamiento en el centro activo del citocromo).
El grupo hemo posee siempre un anillo tetrapirrólico, pero se diferencia con los demás
tipos en los grupos funcionales que se asocian a los anillos de pirrol. En el citocromo
P450 se unen: dos grupos propionato (que interaccionan con el W120 estabilizando
la interacción y posicionándose en el centro activo), cuatro metilos y dos vinilos.
Normalmente, los citocromos son complejos y no actúan solos, sino en conjunto con
otra reductasa asociada al citocromo P450. La reductasa proporciona protones e
hidrógenos (poder reductor) para que en la etapa final de la reacción esos hidrógenos
acepten el oxígeno, que se retira o añade al sustrato a modificar, liberándose una
molécula de agua, y quedando el citocromo unido a oxígeno. Las reacciones que
cataliza el citocromo suelen ser de monooxidación, donde se transfiere ese átomo de
oxígeno unido al grupo hemo hacia el sustrato. La reductasa posee dos grupos
prostéticos: FMN y FAD.

Complejo de las CYPs:
Se ve la disposición general de los citocromos en la membrana del retículo
endoplasmático, junto a la reductasa. El citocromo b5 puede intervenir en algunas
reacciones. CPR = reductasa asociada al citocromo P.

A nivel molecular, se ha caracterizado bastante este complejo, que está muy
conservado entre procariotas y eucariotas: el citocromo es un monómero morado, que
se asocia a la reductasa.

Vemos además una clara diferencia en la estructura de la reductasa y el citocromo: el
citocromo es una pelotilla, una proteína compacta y con poca plasticidad, que no
puede tener grandes cambios conformacionales. Sin embargo, la reductasa posee dos
regiones diferenciadas, cada una de ellas con su estructura, pero unidas entre sí por
zonas de random coil, que forman una región de bisagra que confiere flexibilidad a
la reductasa, y más grados de libertad en su movimiento. Además, se ve cómo en el
complejo hay tres grupos prostéticos, que son el grupo hemo del citocromo P450,
y en la reductasa están los grupos prostéticos FMN y FAD.
Supongamos que los hidrógenos se transfieren del NADPH al FAD de la reductasa.
Entonces, el poder reductor debe transferirse del FAD al grupo hemo del citocromo, lo
cual requiere un acercamiento de ambos grupos prostéticos. Por ello, ambas
proteínas han evolucionado de forma conjunta, para que se puedan dar los cambios
conformacionales y se unan así ambos grupos. Sin embargo, vemos que ambos grupos
están muy separados físicamente, por lo que se requiere una gran flexibilidad del
complejo para que estas aproximaciones físicas se den.
Las cosas en biología no ocurren porque sí, todo tiene un sentido funcional.
Vemos también cómo el citocromo se puede insertar en la membrana del retículo a
través de una α-hélice en el extremo N-terminal, pero insertándose con un cierto
ángulo respecto a la vertical.

Si trazamos una línea vertical a través de la membrana, y medimos el ángulo con la α-
hélice, se obtiene el ángulo γ. Esto tiene relevancia en la entrada del sustrato al
centro activo de la enzima, afectando a la especificidad y selectividad del
citocromo.
El ángulo que forma el grupo hemo (molécula planar) también influye. Hay otras dos
hélices, las hélices B y F, que también poseen un determinado ángulo que también es
importante en la actividad del citocromo.

El ángulo θ es el que forma el citocromo P450 con la reductasa, el grado de inclinación
de una molécula con respecto a la otra.
Tenemos un complejo reductasa-citocromo unido a través de una bisagra, que sufre
cambios conformacionales que acercan sus grupos funcionales entre sí.
Lo vemos representado en la diapositiva a la izquierda es la reductasa, que antes de
que se inicie la transferencia de poder reductor el complejo está en posición vertical, de
forma extendida. A la derecha está el citocromo, que cuando se da la transferencia
de poder reductor, la parte más externa de la reductasa, la C-terminal (dominio de
unión a NADPH) se pliega sobre él y se mete más hacia dentro poco a poco, generando
una estructura muy compacta.

Vemos que cuando la CPR se ha plegado sobre el citocromo, este se une más a la
membrana del retículo, ya que hay más residuos interaccionando con ella.
Además, cambia el ángulo de inserción de la α-hélice en la membrana, lo que tiene una
gran importancia a la hora de regular el acceso del sustrato al centro activo del
citocromo. Muchos sustratos tienen el acceso facilitado debido a que se encuentran
dentro del retículo, mientras que otras acceden al citocromo a través del citosol.
Vemos coloreadas las regiones de contacto entre el citocromo y la reductasa, cada color
interacciona con la zona del mismo color de la otra proteína.
Abajo vemos el camino que han de seguir los electrones desde el FMN al grupo hemo.
Cuando la reductasa ya se ha plegado sobre el citocromo, ambos grupos prostéticos
quedan a una corta distancia, por lo que el grupo hemo se une a oxígeno y los
hidrógenos del FMN. Vemos cómo las α-hélices transmembrana están inclinadas
respecto a la vertical.

El sitio de entrada de los sustratos al citocromo está en las hojas β azul oscuro. El
plegamiento de las α-hélices y su inclinación influyen en la entrada del sustrato,
pues según su inclinación el sitio de entrada estará más o menos inmerso en la
membrana, alterando su accesibilidad a los sustratos.
El ángulo de la hélice con la vertical es de unos 17º. Aun así, hay plasticidad, y la
variación del ángulo regula la actividad.
Vemos el citocromo insertado en la bicapa lipídica, pero sin las colas de los ácidos
grasos para tener mayor claridad. Podemos estudiar la interacción del citocromo con los
fosfolípidos de membrana.

La hoja superior, la que contacta con el citocromo, la vemos desde arriba, mientras que
la cara interna la vemos desde abajo. Así, se representa el grado de hundimiento que
sufren los fosfolípidos con respecto a la horizontal de la membrana. Las regiones en
azul son lípidos hundidos, mientras que en rojo están los lípidos levantados hacia fuera.
Estos fosfolípidos están interaccionando con las proteínas, y la membrana se remodela
en las regiones de inserción de las proteínas, debido a las interacciones entre
fosfolípidos y proteínas. Además, también hay interacciones entre las cabezas polares
de los fosfolípidos y algunos aminoácidos.
Vemos que si el sustrato debe entrar a la proteína, esa entrada se verá afectada por la
conformación de los fosfolípidos, que regulan estos procesos. Esto es interesante, pues
los citocromos son muy promiscuos, aunque algunos de ellos metabolizan unos tóxicos
y otros citocromos metabolizan otros. Gran parte de la especificidad de los diferentes
citocromos viene dada por la membrana y sus lípidos, y por cómo estos interaccionan
con aminoácidos.
Si hacemos zoom, vemos que si la zona de entrada está en una region de lípidos
hundidos, menor será la accesibilidad del centro activo. La dinámica del citocromo

se ve alterada por los lípidos de membrana, la zona de entrada, el hundimiento de la
bicapa, la inclinación… es decir, muchos factores relacionados con las membranas.
Podemos aislar estos complejos en nanodiscos y estudiarlos. Vemos una gráfica de la
contribución de diferentes enzimas a la detoxificación: casi el 75% de los fármacos
son metabolizados por el citocromo P450, que es la principal enzima implicada en
detoxificación.

Si clasificamos los citocromos P450 según en qué proporción metabolicen fármacos,
vemos que los 3A4 y 5 son los más destacados.
Vemos en la imagen la reductasa (con su grupo prostético FMN) aproximándose al
grupo hemo del citocromo. En la tabla S4 se observan los posicionamientos de las
distintas hélices del citocromo, la reductasa y del grupo hemo. Vemos cómo la
interacción del citocromo con la reductasa influye notoriamente en la posición del
grupo hemo dentro del citocromo, afectando con ello a su actividad de
monooxigenación. Es decir, que la reductasa NO solo sirve para ceder los electrones
necesarios al grupo hemo del citocromo, sino que también es esencial en su interacción
con los sustratos.
---El experimento que vimos hoy en Socrative nos muestra cómo el fosfatidilinositol-4-
fosfato es esencial para la actividad del receptor de serotonina, uniéndose a unos
residuos concretos---
En la siguiente imagen vemos el camino que siguen los electrones desde el grupo FMN
hasta el grupo hemo. En esa transferencia, hay unos residuos esenciales que guían
el paso de electrones hasta el átomo de hierro del grupo hemo, en concreto, una
lisina 456, una cisteína 457 y un 458.
Gracias a este conocimiento podemos modificar bacterias y hacer que metabolicen
diferentes sustancias a través de sus citocromos.
Se puede también estudiar el volumen o los espacios formados por moléculas de
agua, que nos indican los túneles de las proteínas que comunican el centro activo
de su interior con el exterior. Estas proteínas suelen ser estructuras muy compactas,
pero con algunos huecos que forman canales de entrada de sustratos y de salida de
productos, nombrados con el número 2, seguido de una letra.
El camino que siguen los sustratos sería entonces: 2a  2b  2c, pero también pueden
darse entradas del sustrato por diferentes túneles de entrada o también “fugas” del
sustrato a través de túneles de entrada antes de llegar al sustrato, dándose una entrada
abortiva al citocromo P450 sin que haya transformación. Esto se explica en gran medida
por los movimientos aleatorios y a gran velocidad que sufren las moléculas en medio
acuoso. Hay una hélice β, y un loop FG situado entre las hélices F y G, que son
esenciales ya que delimitan el canal de entrada de los sustratos. Se pueden
cuantificar y determinar esos túneles en varios tipos de citocromo, y en algunos de ellos
hay sitios de entrada alternativos, pero en todos hay un sitio común, el delimitado por
las hélices mencionadas. Suele haber un túnel de entrada del sustrato hacia el grupo

hemo, y otros dos de salida del producto.
En el modelo de superficie, se observan en rojo y verde las hélices que delimitan el

hueco de la proteína, y vemos cómo hay una gran variación entre los citocromos de
bacterias y mamíferos: hay un gran cambio en el tamaño del túnel, que es mucho
más estrecho en bacterias (y más selectivo, por tanto). Esto es así porque los
citocromos bacterianos se encuentran en el citosol, ya que las bacterias no poseen

retículo endoplasmático. Por ello, no tienen una regulación por lípidos como sí sucede
en los citocromos de mamíferos, con lo que deben ser más selectivos y no metabolizar
cualquier sustancia que se encuentren en el citosol.
Unos cuantos residuos del centro activo del citocromo cambian su conformación tras la
unión de la reductasa CPR. Vimos también que los citocromos, al compartir esa
estructura tridimensional comparten también canales de entrada.
Normalmente usan la vía de entrada, la principal es la que empieza por 2a (ya que la 1
y 3 son menos frecuentes). En procariotas, los canales de entrada son más estrechos
porque se elimina la regulación de entrada por la membrana que sí hay en eucariotas.
Cada color corresponde a un citocromo P450, y se puede ver el ángulo α que da cuenta
de la inclinación del grupo hemo. Así vemos el posicionamiento de los distintos
citocromos, y vemos que no todos tienen el mismo grado de inserción en la membrana.

El hecho de que los citocromos se inserten en la membrana hace que tengan una
conformación distinta con respecto a su forma soluble en agua.
En la tabla, se representan en naranja las regiones de contacto con las cabezas
polares de los fosfolípidos de membrana. Se ven las distintas α-hélices del citocromo
y su grado de relación con cada una de esas zonas polares y apolares. Así, se observa
que los distintos citocromos tienen unas determinadas interacciones con la membrana.
En la zona BC hay mucha variabilidad, y entre las zonas F y G hay muchas
interacciones apolares (ya que constituyen el túnel de entrada de los sustratos).

En la siguiente imagen se ve el grado de apertura de los distintos sitios de entrada
antes y después de la unión del sustrato (en la izquierda, A y B corresponden al
citocromo unido a la membrana, y la otra pareja de tablas hace referencia al citocromo
soluble en agua). El hecho de que el citocromo esté unido a la membrana, restringe la
conformación del citocromo, por lo que menos cambios de conformación son posibles.
El sustrato puede entrar y salir sin ser modificado por la 2c, pero de normal se modifica
y sale por el canal de salida S.
Mecanismos de inducción de CYPs:

Son proteínas que están muy reguladas. Sus niveles de actividad son muy
dependientes de la presencia de los sustratos que tienen que metabolizar. Si hay
sustrato, se inducirá la expresión de citocromos que se encarguen de degradarlos.
Cada citocromo tiene gran promiscuidad, y además su expresión está regulada por los
sustratos a degradar, por eso son degradadores muy efectivos que responden a la
presencia de tóxicos.

Organización estructural de los receptores nucleares:
Captan metabolitos que entran a la célula, se activan y se translocan al núcleo, donde
actúan como factores de transcripción. Tienen un dominio de unión a DNA (dominio
C) y un dominio de unión a ligando específico, que es una zona muy variable (dominio
E).
En concreto, vamos a ver los AhR:

Los AhR son receptores de clase 1 de la familia PAS (factores de transcripción de tipo
hélice-lazo-hélice). Los AhR tienen dos dominios PAS y un dominio de unión a DNA
(bHLH) y una región de unión al ligando específica.
Dominios PAS (PER-ARNT-SIM):
Hay una señal de localización nuclear en la región de bHLH. Interacciona también con
la chaperona HSP90. En la región PAS B tiene a su vez otros dominios. No existe a día
de hoy una estructura completa y fiable de un receptor AhR, pero se conoce que tiene
un dominio de unión y dominios PAS.
En el citosol existe el complejo de AhR asociado a la chaperona HSP90. Una vez que
la dioxina se une al receptor, se produce la traslocación al núcleo y se disocia de la
chaperona. Una vez en el nucleoplasma, se une a otra proteína coactivadora llamada
ARNT. Este complejo de dos proteínas es el que se encarga de transcribir el gen que
codifica el citocromo P450 correspondiente para degradar las dioxinas presentes. Es
muy necesaria esa dimerización para leer las secuencias promotoras.

Hay una secuencia consenso de reconocimiento de este tipo de factor de transcripción.
Se ve cómo interactúan los dos dominios de unión a DNA con las secuencias de DNA.

¿Cómo reconoce un TF una secuencia específica?
Porque hay una interacción específica entre las cadenas laterales de los aminoácidos
que forman la proteína en esa región de unión con las distintas bases nitrogenadas. Hay
que recordar siempre que todas las moléculas tienen un volumen, de manera que cada
secuencia de DNA tiene un volumen determinado que permite la interacción con la
proteína (que también tiene volumen y una estereoquímica). El volumen de los residuos
de aminoácidos encaja perfectamente en el volumen que ocupa la secuencia de DNA.
Si se muta algún residuo el volumen se ve alterado, y por ello no hay unión proteína-
DNA. Pensar siempre en volúmenes de Van der Waals  pensar como bioquímicos.
Hay una estereoquímica que jamás podemos olvidar. Hay complementariedad perfecta
desde el punto de vista estereoquímico, lo que permite la especificidad de la unión.
Ayer vimos los receptores de aril-hidrocarburos, los más sensibles a las dioxinas. Estos
AhRs funcionan en asociación con otras proteínas, como ARNT, formando una “pinza”
que reconoce la secuencia de los promotores de genes que codifican citocromos. Es útil
que se activen los citocromos ante la presencia de dioxinas.

Cuando las moléculas interaccionan, cada una de ellas posee una superficie, un perfil
que debe encajar para que se den las interacciones (modelo de llave-cerradura). En un
factor de transcripción, hay una superficie que puede interaccionar con secuencias de
DNA, que a su vez poseen otro perfil capaz de interaccionar con el del factor de
transcripción  hay una complementariedad estérica.
En la imagen vemos cómo hay proteínas capaces de interaccionar de forma específica
con las bases del DNA, en las secuencias consenso de reconocimiento.
La dioxina estándar (TCDD) es el precursor de todas las demás dioxinas. Sin embargo,
hay compuestos que actúan de antagonistas de las dioxinas, que se unen al AhR y
actúan de forma antagónica, inactivando el receptor. El número de compuestos
sintéticos que se generan en el mundo diariamente es enorme, debido a la acción de
farmacéuticas (que generan librerías de fármacos), etc.

El presidente de Ucrania Víktor Yúshchenko fue envenenado durante su mandato
con dioxina (con TCDD). Uno de los efectos más evidentes de la intoxicación por TCDD
fue el cloracné, una especie de acné en la piel que se debe a una reacción alérgica
muy fuerte. Se produce además daño hepático, renal, etc.
Además, el presidente se dejó estudiar por parte de los científicos, para entender mejor
los efectos del TCDD en humanos. Se le hicieron seguimientos, analíticas, etc. y así se
pudo determinar que el envenenamiento fue en realidad con tres dioxinas distintas,
y no solo TCDD. Había una dioxina que era triclorada, y la otra era tetraclorada como el
TCDD, pero con un grupo hidroxilo añadido.
Se vio que los niveles de dioxina del presidente eran 50000 veces superiores a los
habituales en las personas. Se determinó que la vida media de las dioxinas es muy
larga, de 15.4 meses, aun así, en condiciones normales, la vida media es incluso de 5-
10 años. Es decir, que la intoxicación con altos niveles de dioxina debieron inducir la
activación de enzimas y sistemas de detoxificación de estos compuestos.
El TCDD y demás dioxinas pueden atravesar las membranas celulares de forma
inmediata y unirse al AhR.

Vemos la estructura del AhR, que posee dominios PAS que están al lado del dominio
de unión al ligando. La proteína se pliega formando una estructura globular, como
vemos en la imagen de RMN (sabemos que es RMN porque la resonancia mide
vibraciones, y se ven en la imagen las distintas conformaciones que puede adoptar la
proteína, sobre todo en las regiones no estructuradas con loops).

Los distintos análogos del TCDD pueden encajar en un hueco concreto del AhR, que es
el centro activo de la enzima. Se trata de un espacio selectivo para ciertas moléculas,
pero permitiendo una cierta variabilidad entre ellas (uniéndose así a las diferentes
dioxinas).

Vemos en esta gráfica el porcentaje de unión de diferentes ligandos al AhR:
Mecanismos de inducción de CYPs:
Otro receptor implicado en la regulación de los citocromos es el receptor constitutivo
de androstano (CAR).
Los receptores CAR poseen ciertos antagonistas, destacando el fenobarbital, que se
usa como modelo de estudio de estos receptores. El fenobarbital es un derivado del
ácido barbitúrico, que constituye la familia de los barbitúricos, que se diferencian entre
sí según los grupos funcionales que se unen al carbono 5 del heterociclo.

Si nos fijamos en los promotores de los genes de CYP450 de diferente tipo, hay una
serie de elementos comunes: el elemento de respuesta a fenobarbital es el PBREM,
una región reconocida por el receptor correspondiente ante la presencia de fenobarbital.

Vemos un experimento de GEL SHIFT: retraso en gel (que no gel retrasado). Es una
técnica menos usada hoy en día, pero sirve para identificar secuencias a las que se
unen factores de transcripción o proteínas de unión a secuencias concretas de
DNA. Se toma la secuencia de un promotor clonado de un gen concreto, para ver qué
proteínas se unen, o se añade una proteína a un tubo con una librería de fragmentos de
DNA. Se marca el DNA con radiactividad, y se le añade un extracto nuclear con
proteínas. Si hay un factor de transcripción que se une al DNA marcado, se podrá unir
covalentemente al mismo por cross-linking, y entonces se corre el gel. Se ve que ha
corrido más el DNA marcado sin unirse a las proteínas, y más arriba se observa el DNA
unido a proteína, que corre menos obviamente. Si no hubiera unión, solo veríamos la
sonda de DNA en la parte inferior del gel.
Si tenemos un factor de transcripción conocido, marcamos el DNA de estudio, lo
fragmentamos, y repetimos el proceso de gel shift.
En el experimento de la diapositiva se estudia el efecto tras la adición de fenobarbital.
Se toma la secuencia PBREM y se marca radiactivamente. Se dejan pasar varias horas,
y observamos que la banda superior va aumentando de intensidad, es decir, que el
fenobarbital está induciendo la unión de una proteína a la secuencia PBREM (aún
no sabemos cuál), alcanzando un máximo a las 6 h.
En la segunda parte del experimento, se añadió al tubo de ensayo con extracto nuclear
y DNA marcado, un anticuerpo anti-RXR, el tipo de receptor que es CAR.

De esta manera, se ve cómo las bandas aparecen pero con mucha menor intensidad, y
además aparece una banda arriba del todo con un retardo aún mayor. Es decir, que el
anticuerpo se está uniendo al complejo RXR-PBREM, retardando su avance por el gel.
Conclusiones: hay un factor de transcripción que se une a la secuencia PBREM y es
inducido por fenobarbital, y ese factor de transcripción es además de tipo RXR, como
nos indica el resultado tras añadir el anticuerpo.
Se hace después un Western blot para detectar la presencia de RXR tras añadir
fenobarbital, y se ve cómo aumenta su cantidad a lo largo del tiempo. Se ve que el
fenobarbital se une en ciertos sitios de CAR, determinados por simulaciones con
ordenador.
El receptor de EGF (EGFR) activa principalmente la vía de Ras. Cuando el

fenobarbital se une al EGFR, se da la activación de una fosfatasa, PP2A, que regula
otra proteína, RACK1, que a su vez interacciona con el receptor CAR. Es decir, que la
respuesta del receptor CAR no es directamente inducida por fenobarbital, sino de
forma indirecta.

El fenobarbital puede unirse al EGFR:
Vemos que el EGFR posee un dominio de unión a DNA, y un dominio de unión a
ligandos, donde existe una región marcada en rojo donde interacciona con la
fosfatasa PP2A, y una segunda región en verde donde interacciona con otra proteína
reguladora llamada XRS.

Se hizo un experimento de unión a receptor, marcando el ligando, y se observó que al
añadir concentraciones cada vez mayores de fenobarbital, la unión del EGFR a su
ligando natural (EGF) va disminuyendo.
La estructura del complejo fenobarbital-EGFR se ha determinado por experimentos
de simulación, de docking, pero no a través de experimentos en la vida real. En rojo,
se observa la zona de unión del ligando natural. Se trata de una unión no competitiva,
ya que la zona de unión del sustrato natural y el fenobarbital se cree que es diferente.

Inducción de CAR por fenobarbital:
El EGF se une a su receptor, EGFR, que es de tipo tirosín-kinasa. Cuando se une a
su ligando, este receptor dimeriza y se autofosforila en tirosina, y esas fosfotirosinas
actúan de scaffold de otras proteínas señalizadoras de la vía de Ras, que ya vimos que
era la principal vía que activaba el EGFR.
Ras  Raf  MEK  ERK (MAPK)
ERK es una quinasa que puede fosforilar sustratos citosólicos, o puede también viajar
al núcleo y fosforilar factores de transcripción, activando así la expresión de genes
diana.
El EGFR también fosforila a RACK1, además de a ERK1/2. Lo que pasa es que la p-
RACK1 (fosforilada) es inactiva, mientras que p-ERK1/2 es activa, es decir, que la
señalización por EGFR activa por un lado a ERK1/2 e inactiva por otro a RACK1.
Uno de los sustratos citosólicos de ERK es el receptor CAR, que es fosforilado en
su dominio de unión al DNA y forma un complejo con ERK que es incapaz de viajar al
núcleo. Por otro lado, cuando el receptor NO está fosforilado no es capaz de formar

un complejo con p-ERK, y puede así viajar al núcleo, por lo que el efecto del
fenobarbital, que compite con el sustrato natural EGF, es el de impedir la fosforilación
de ERK1/2, y por tanto, la inactivación del receptor CAR.
Como efecto secundario del fenobarbital, RACK1 no se fosforila, pasando así a su forma
activa. RACK1 forma un dímero con la fosfatasa PP2A, pero también posee otro dominio
de unión al receptor CAR. Esto hace que NO se dé la fosforilación del receptor CAR, y
que además se vea desfosforilado por la presencia de la fosfatasa PP2A unida a
RACK1. Como vimos ayer, este es el mecanismo indirecto de
activación/inactivación del receptor CAR regulado por fenobarbital. Además, existe

en el receptor CAR un residuo susceptible de serina/treonina susceptible fosforilación
entre las hélices α8 y α9.
Al igual que otros factores de transcripción, el receptor CAR puede formar dímeros
consigo mismo (homodímeros) o con otras proteínas de unión a DNA (heterodímeros).

CAR homodímeros y heterodímeros:
Vemos que la fosforilación en la treonina 38 del receptor CAR se localiza en una α-
hélice, lo cual le hace cambiar de conformación y ver alterada su actividad.
Biotransformación de la cocaína por CYP2:
El metabolismo de la cocaína genera hepatotoxicidad, debido a la acumulación del
metabolito norcocaína. Además, el fenobarbital induce la expresión del CYP2B6, con
lo que su consumo acompañado con el de cocaína, puede generar una mayor
acumulación de norcocaína.

En casos graves de sobredosis, realmente no se da una sobredosis, sino que las
personas afectadas son adictas a múltiples drogas que pueden interferir entre sí.
El hipérico (hierba de San Juan):

Es una planta que se vende en herboristerías, en bolsas de Pompadour, en forma de
infusión… que se suele usar como tranquilizante ya que contiene un principio activo
llamado hiperforina.
Tenemos el caso de una mujer de 29 años, a la que se le hizo un trasplante de riñón.

En los trasplantes se suele emplear como fármaco la ciclosporina, para evitar los
rechazos. La mujer, unos cuatro años después del trasplante, empezó a automedicarse
con hierba de San Juan, y se empezó a ver cómo bajaban los niveles de ciclosporina en

sangre. Esto provocó que se diese una respuesta de rechazo crónica, y así la paciente
tuvo que volver a recibir diálisis.
Lo que pasó es que la hierba de San Juan es capaz de activar el citocromo que
metaboliza la ciclosporina, de tal forma que bajaron sus niveles en sangre al tomarla
de forma conjunta con hierba de San Juan.

Indinavir:
Es un inhibidor de las proteasas víricas, y se usa como antirretroviral en pacientes
de SIDA. Indinavir es metabolizado por el mismo citocromo que se ve inducido por la
hierba de San Juan, de ahí que se viera con el tiempo una asociación entre el consumo
de esta infusión y un fallo en el tratamiento de los pacientes de SIDA.

Los receptores PXR se ven activados ante la presencia de esta hierba, y son muy
similares en mecanismo a los receptores CAR. En el caso del receptor PXR, la unión
al ligando es directa y se encuentra asociado a chaperonas en el citosol cuando está
inactivo. Sin embargo, NO se conocen eventos de fosforilación durante su regulación.
Al elemento de respuesta génica para este tipo de receptor se le conoce como XREM.

Principales reacciones de funcionalización (Fase I):
Destacan el citocromo P450 y las monooxigenasas dependientes de flavina (FMOs),
en las cuales nos centraremos a continuación.
Las flavín monooxigenasas catalizan reacciones similares a las del citocromo P450,
reacciones de monooxigenación:
El intermediario que hace la transferencia del átomo de oxígeno al sustrato diana es el
FADHOOH, y la reacción implica dos cofactores: FADH2 y NADPH.
Estas enzimas poseen dos regiones globulares llamadas lóbulos: un lóbulo mayor
y otro lóbulo menor. Posee además una región de bisagra flexible, constituida por un
loop que permite los cambios conformacionales correspondientes.

Posee además un surco en el lóbulo mayor donde está insertado el cofactor FAD, y se
trata de una estructura dimérica, pero formada por una dimerización antiparalela: el
dominio mayor de un lóbulo se enfrenta al dominio menor del otro.

Hay dos formas de dimerización observadas en las quinasas, que poseen regiones
face y regiones back: la dimerización puede ser de tipo face to face o de tipo back to
back. En el caso de las FMOs, la dimerización es back to back.
Si uno observa la forma de unión de los grupos prostéticos, se ve en la estructura
cristalina su contacto con la proteína: el FAD está insertado en el lóbulo mayor, en un
surco donde hay ciertos aminoácidos que interaccionan con el FAD. El NADPH NO se
une al interior de la molécula, sino que está unida a ella sobre la superficie, no se inserta
como tal dentro de ella.

Vemos en la siguiente imagen el residuo de asparagina que cataliza la reacción de
monooxigenación de las FMOs.

Sin embargo, todo esto se ha determinado computacionalmente, y no de forma
experimental porque es complicado lograr la cristalización de proteínas unidas a
ligandos que no están unidos tan fuertemente a las mismas, como el NADPH que no
está insertado en las FMOs. En este caso, se establece la estructura tridimensional por
modelizaciones, datos computacionales, algo de experimentación…
Aprovechando este fenómeno, se puede inhibir alostéricamente la interacción entre los
distintos monómeros: se pueden diseñar moléculas simples o derivadas de péptidos
(peptidomiméticos) capaces de unirse a la region de unión de los distintos monómeros.
Por ejemplo, la IA AlphaFold 2 permite hacer esto de manera muy rápida y sencilla.


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