Ecología microbiana

Microbiología general 2.
En sala…

La ecología es el estudio de los

organismos en su medio natural. las
comunidades microbianas están
integradas por varios gremios de
organismos metabólicamente
relacionados.
Esta integración hace posible que los
microorganismos llevan a cabo
destacadas funciones en la
transformación de energía y en los
procesos biogeoquímicos
Contenido
Recordemos…

Nutrición

Metabolismo: anabolismo Vías biosintéticas:

y catabolismo Autótrofas o heterótrofas

Litotrofas
Organotrofas
Macronutrientes: C, H, O, Micronutriente: CO, Cu, (quimiolitotrofas obtiene
(quimioautotrofas solo
N, P, S, K, Mg Zn, Mo, etc E de la oxidación de
del CO2)
sustancias inorgánicas)
Ventana…
• La integración de una comunidad microbiana funcional se
regula mediante señales químicas denominadas
autoinductores, usadas como comunicación de célula a
célula con sus vecinos en el hábitat (Kaeberlein et al. 2002).
• La N-acil-homoserina lactona (AHL) es uno de los
autoinductores más estudiados en bacterias Gram-
negativas, liberada como una señal de censado
(Enterobacteriaceae), que permite coordinar diferentes
funciones (Dong et al. 2002; Joost et al. 2007) de
conveniencia (simbiosis), competencia (antagonismo),
activación o represión de genes específicos, los cuales
pueden participar en la determinación de la densidad
poblacional, debido a la competencia por un nicho
ecológico o sustrato (Joost et al. 2007), formación de
biopelículas (Lyautey et al. 2005), síntesis de compuestos
inhibitorios como los antibióticos, actividad como agentes
de biocontrol y otras funciones biológicas como la
producción de factores patogénicos con su hospedero
(Wiklund et al. 2000, Huber et al. 2004).
Taxonomía
Los microorganismos
en la naturaleza

• La diversidad filogenética es el componente de la

diversidad microbiana vinculado a las relaciones
evolutivas entre microorganismos. En el sentido más
amplio, la diversidad filogenética incluye la diversidad
genética y la genómica de los linajes evolutivos y, por
tanto, se puede definir a partir de genes del RNA
ribosómico, de los que se piensa que reflejan la historia
filogenética de todo el organismo.
• La diversidad funcional es el componente de la diversidad
microbiana asociado a la forma y la función, y está
relacionada con la fisiología y la ecología microbiana.
• La diversidad funcional puede definirse además en
términos de diversidad fisiológica, ecológica y
morfológica.
Por qué un rasgo funcional es compartido por organismos
divergentes entre sí con secuencias génicas del RNA ribosómico

Pérdida de genes: una situación en la que un rasgo presente en el

antepasado común de varios linajes se pierde posteriormente en algunos
de ellos y en otros no, y a lo largo de la evolución se van distanciando
mucho.

Evolución convergente: en la que un rasgo evoluciona

independientemente en dos o más linajes y no está codificado por
genes homólogos compartidos por dichos linajes.

Transferencia horizontal de genes: situación en la que los genes que

confieren alguna característica particular son homólogos y se han
intercambiado entre linajes de parentesco lejano.
Métodos de la ecología
microbiana

• La inmensa mayoría de los microorganismos, más del 99 % de

todas las especies, nunca se ha cultivado en el laboratorio. Por lo
que se establecen técnicas que favorecen los procesos de
búsqueda, identificación y mantenimiento.
1. Enriquecimiento
2. Preparación de inoculo
3. Aislamiento
4. Criterios de pureza morfología
5. Identificación
✓ Bioquímicas
✓ Hibridación fluorescente in situ (FISH)
✓ PCR
Identificación y cuantificación

Sonda de ácidos nucleicos, anticuerpos fluorescentes y

recuento de viables.
Tinción y anticuerpos florecentes: lo que se busca es
hacer visible al organismo usando naranja de acridina el
cual tiñe el ADN y ARN, cómo debilidades que
solamente dedica un solo organismo
Sonda de ácidos nucleicos: se busca el homólogo su
complementario ya sea a partir de eso por radiactivos
una secuencia de ARNr (aplica para comunidades
completas)
Medición de la actividad
microbiana

• Microelectrodos: el uso de electrodos es

útil para evaluar simultáneamente varias
conversiones microbianas.
• Evaluación de densidad
 Habitas microbianos

• Un ecosistema contiene muchos hábitats diferentes, que son partes del

ecosistema mejor adaptadas a una o unas pocas poblaciones.

• En conjunto, los microorganismos presentan una gran diversidad

metabólica y son los principales catalizadores de los ciclos de nutrientes en
la naturaleza

Los tipos de actividades microbianas posibles en un ecosistema dependen de:

• las especies presentes
• Tamaño de sus poblaciones
• Estado fisiológico de los microorganismos en cada hábitat.

la velocidad de las actividades microbianas en un ecosistema está controlada

por:
➢ los nutrientes
➢ las condiciones de crecimiento que prevalecen en el ecosistema.
Diversidad metabólica
y sus interacciones

• Un hábitat compartido por un gremio y

que suministra los recursos y las
condiciones que las células necesitan para
crecer se llama nicho. Los conjuntos de
gremios forman comunidades microbianas,
que interaccionan con los macroorganismos
y los factores abióticos del ecosistema de tal
modo que definen el funcionamiento del
ecosistema.
• Un ciclo biogeoquímico define las
transformaciones de un elemento que son
catalizadas por medios biológicos o
químicos (o ambos).
Interacciones benéficas o sinérgicas