MICROBIOLOGÍA

AMBIENTAL
Departamento Académico de Ingeniería Ambiental
CC3113

Instructor: Diego A. Sotomayor, PhD

 CONTENIDOS Fecha
1 Introducción. importancia de la microbiología ambiental. Micro-organismos y microbiología, Métodos de estudio. 19/9/22
Explicación de trabajo semestral.
2 Metabolismo bacteriano. Crecimiento y control microbiano. Evolución y genómica microbiana. 26/9/22

3 Diversidad microbiana, anatomía, composición estructural de Procariotas (Bacteria y Archaea). Taxonomía y 3/10/22
clasificación.
4 Diversidad microbiana, anatomía, composición estructural de Eucariotas. 10/10/22
5 Diversidad metabólica. Nutrición y metabolismo, el efecto de las condiciones ambientales. 17/10/22

6 Diversidad funcional. Metabolismo y crecimiento microbiano. Fisiología de los microorganismos en el ambiente. 24/10/22
7 Feriado 31/10/22
8 Ecología microbiana, ecosistemas microbianos y ciclos biogeoquímicos. 7/11/22
9 Evaluación de medio curso 14/11/22
10 Simbiosis microbianas. Interacciones entre micro-organismos y plantas/animales. 21/11/22
11 Microbiología de la salud. Interacciones microbianas con los humanos. El agua y los alimentos como vehículos de 28/11/22
enfermedades. Microbiología agrícola. Importancia de los microorganismos en la producción de metano y otros
biocombustibles, bioelectricidad.
12 Microbiología del ambiente antropizado. Aerobiología y la calidad de aire en interiores. 5/12/22
13 Fisiología microbiana del tratamiento de aguas residuales, de gases residuales y de residuos orgánicos en el suelo. 12/12/22
Lixiviación bacteriana, tratamiento de aguas acidas de mina y biorremediación de masas de suelo, agua y aire de
compuestos xenobióticos al ecosistema.
14 Exposiciones trabajos encargados 19/12/22
15 Feriado 26/12/22
16 Evaluación final 2-7/1/23
Temas de hoy

Diversidad microbiana,
anatomía, composición
estructural de Eucariotas
Celulas procariontes y eucariontes
Cinturon de rocas verdes
Barberton (Sudáfrica)
El concepto de especie biológica no tiene sentido,
porque los procariotas son haploides y no se reproducen
sexualmente.

Definición actual de especie procariótica

Colección de cepas que comparten un alto grado de
similitud en varios rasgos independientes
Los rasgos más importantes incluyen un 70 % o más de
hibridación ADN-ADN y un 97 % o más de identidad de
secuencia del gen 16S rRNA
Dominio Bacteria

Contiene al menos 80 grupos evolutivos principales (phyla)

Muchos grupos se definen solo a partir de secuencias

ambientales, es decir, no hay representantes cultivados.

Muchos grupos son fenotípicamente diversos, es decir, la

fisiología y la filogenia no están necesariamente vinculadas.
Diversidad de
Bacteria

Más del 90% de los

géneros y especies
caracterizados
provienen de cuatro
filos
• Proteobacteria
• Actinobacteria
• Firmicutes
• Bacteroidetes
El dominio Archaea consta de siete Phyla principales:

Crenarchaeota
Euryarchaeota
Nanoarqueota
Korarchaeota
Thaumarchaeota

Dos Phyla no contienen especies cultivables.

Diversidad de Archaea
Archaea comparte
muchas características
con Bacteria y Eukarya

Las arqueas se dividen en

cinco grupos principales
Euryarchaeota
Crenarchaeota
Thaumarchaeota
Korarchaeota
Nanoarqueota
Hábitats y metabolismo energético de
Crenarchaeota
La mayoría de los
representantes
cultivados son
hipertermófilos.
Se encuentran en
ambientes de calor
extremo
Otros
representantes se
encuentran en
ambientes de frío
extremo.
Crenarchaeota
La mayoría son anaerobios obligados.
Quimioorganotrofos o quimiolitotrofos con diversos
donantes y aceptores de electrones.

Géneros clave: Sulfolobus, Acidianus, Thermoproteus,

Pyrobaculum
Sulfolobales:
Sulfolobus
Crece en aguas termales ácidas ricas en azufre
Quimiolitotrofos aerobios que oxidan azufre reducido
o hierro
Acidianus
También viven en aguas termales de azufre ácido.
Utiliza azufre elemental tanto aeróbicamente como
anaeróbicamente
Thermoproteales
Thermoproteus
Anaerobio estricto que lleva a
cabo la respiración anaeróbica
a base de azufre.
Thermofilum
Anaerobio estricto que lleva a
cabo la respiración anaeróbica
a base de azufre.
Habitan aguas termales neutras
o ligeramente ácidas o
respiraderos hidrotermales
Crenarchaeota de habitats submarinos
volcánicos
Géneros clave: Pyrodictium, Pyrolobus, Ignicoccus,
Staphylothermus

Los manantiales termales de aguas poco profundas y los

respiraderos hidrotermales de aguas profundas albergan las
arqueas más termófilas de todas las conocidas.
Pyrodictium y
Pyrolobus

Temperatura óptima de
crecimiento por encima
de 100°C
Pyrolobus fumarii es
uno de los más
termofílicos
La cepa 121 puede
crecer hasta 121°C
¿Cuáles son los límites
superiores de temperatura
para la vida?

Se están descubriendo nuevas

especies de termófilos e
hipertermófilos.
Los experimentos de laboratorio
con biomoléculas sugieren 140–
150°C
Adaptaciones moleculares a la vida a alta temperatura
Estabilidad de los monómeros
Efecto protector de la alta concentración de solutos citoplasmáticos
Uso de moléculas más estables al calor.
Por ejemplo, uso de proteínas de hierro no hemo en lugar de
proteínas que usan NAD y NADH

Plegamiento y termoestabilidad de proteínas

Composición de aminoácidos similar a la de las proteínas no
termoestables
Las características estructurales mejoran la termoestabilidad
Núcleos altamente hidrofóbicos
Aumento de las interacciones iónicas en las superficies de las
proteínas.
Chaperoninas
Clase de proteínas que repliegan proteínas parcialmente desnaturalizadas
Termosoma
Un importante complejo de proteína chaperonina presente en Pyrodictium.

Estabilidad del ADN

Los altos niveles de soluto intracelular estabilizan el ADN
ADN girasa inversa: introduce superenrollamientos positivos en el AND
(estabiliza el ADN), y se encuentra solo en hipertermófilos.
Los altos niveles intracelulares de poliaminas (p. ej., putrescina, espermidina)
estabilizan el ADN y el ARN
Las proteínas de unión al ADN (histonas) compactan el ADN en estructuras
similares a nucleosomas.
Estabilidad de lípidos
Poseen lípidos de tipo dibifitanil tetraéter; forman una estructura
de membrana de monocapa lipídica

Estabilidad del ARNr SSU

Mayor contenido de GC (bases)

Los hipertermófilos pueden ser los descendientes más

cercanos de los microbios antiguos
Las Archaea y Bacteria hipertermófilas se encuentran en las
ramas más profundas y cortas del árbol filogenético.
La oxidación de H2 es común en muchos hipertermófilos y
puede haber sido el primer metabolismo productor de energía.
Diversidad en microorganismos
Eucariotas
Las célula eucariota y la endosimbiosis

Se ha sugerido que los cloroplastos y las mitocondrias son

descendientes de antiguas células procariotas (endosimbiosis
primaria)

Evidencia que apoya la idea de endosimbiosis

Las mitocondrias y los cloroplastos contienen ADN
Los núcleos eucariotas contienen genes derivados de bacterias.
Las mitocondrias y los cloroplastos contienen ribosomas propios.
Especificidad de antibióticos común con mitocondrias y cloroplastos
Filogenia molecular
Endosimbiosis secundaria:
El proceso de engullir una célula de alga verde o roja, retener su
cloroplasto y volverse fototrófica:
- Euglenidos y chlorarachniophytes (algas verdes)
- Alveolados y estramenopiles (algas rojas)

Las endosimbiosis son aparentemente comunes y todavía están

en curso.
Estructura celular
El núcleo
El núcleo es un organelo (el más grande de la célula) compuesto por tres partes
principales: envoltura nuclear, cromatina y nucleolo.

El núcleo está aislado del resto de la célula por una envoltura nuclear que consiste
en una membrana doble. La membrana está perforada por poros diminutos
revestidos de proteínas.

La cromatina contiene ADN, que codifica la síntesis de proteínas. El ADN de las

eucariontes y sus proteínas forman largas concatenaciones llamadas cromosomas.

El nucleolo es el centro de ensamblaje de los ribosomas. Un ribosoma es una

pequeña partícula compuesta de ARN ribosomal y de proteínas que funcionan como
“mesa de trabajo” para la síntesis de proteínas en el citoplasma de la célula.
El citoplasma de los eucariontes contiene un
elaborado sistema de membranas
El sistema de membranas de la célula comprende: la membrana
plasmática, membrana nuclear, retículo endoplasmático, aparato de
Golgi, lisosomas, vesículas y vacuolas, que se explorarán en
secciones posteriores.

La membrana del retículo endoplasmático compone hasta 50% de

las membranas de la célula. Entre sus muchas funciones está servir
como centro para la síntesis de proteínas de membrana y fosfolípidos.
Retículo endoplasmático liso. No tiene ribosomas y está especializado
en diferentes actividades según la célula en que se encuentre. En
algunas células el retículo endoplasmático liso elabora grandes
cantidades de lípidos, como hormonas esteroideas hechas de colesterol.

Retículo endoplasmático rugoso. Los ribosomas del retículo

endoplasmático rugoso son centros de síntesis de proteínas. Por
ejemplo, las diversas proteínas insertadas en las membranas celulares
se elaboran ahí.
El aparato de Golgi realiza las funciones
siguientes:

Su función principal es modificar, clasificar y

empacar proteínas producidas por el retículo
endoplasmático rugoso.

Modifica algunas moléculas; una función

importante es agregar carbohidratos a proteínas
para hacer glucoproteínas. También degrada
algunas proteínas en péptidos más pequeños.

Sintetiza algunos polisacáridos usados en las

paredes de las células vegetales, como celulosa y
pectina.

Empaca las moléculas terminadas en vesículas

que transporta a otras partes de la célula o a la
membrana plasmática para exportarlas.
Los cloroplastos son plástidos,
organelos que se encuentran
únicamente en las plantas y
los protistas fotosintéticos.

Las plantas y los protistas

fotosintéticos usan tipos de
plástidos que no son
cloroplastos como depósitos
de diversas moléculas,
incluyendo los pigmentos que
dan a las frutas maduras sus
colores amarillo, anaranjado y
rojo.
Citoesqueleto

El citoesqueleto cumple las siguientes funciones importantes:

• Forma de la célula. En las células sin pared celular, el

citoesqueleto, particularmente las redes de filamentos
intermedios, determina la forma de la célula.
• Movimiento de la célula. El movimiento celular se produce
conforme los microfilamentos o los microtúbulos se ensamblan,
se desensamblan y se deslizan unos con otros. Entre los
ejemplos de células móviles se encuentran los protistas
unicelulares impulsados por cilios, los espermatozoides y las
células de músculos contráctiles.
Membrana celular

Entre las funciones importantes de la

membrana plasmática se encuentran:

• Aislar el contenido de la célula del

ambiente exterior
• Regular la entrada y salida de
materiales de la célula
• Permitir la interacción con otras
células y con el ambiente extracelular
Lineajes filogenéticos de las Eucariotas

• Se usan genes 18S rRNA para filogenia de eucariotas

• La relación de los genes 18S rRNA es mucho menos fuerte
para los eucariotas que los genes 16S rRNA para los
procariotas
• Las filogenias se han construido utilizando otros genes (por
ejemplo, tubulina, ARN polimerasa y ATPasa)
• Han surgido nuevos conocimientos debido a estas nuevas
filogenias (p. ej., los hongos y los animales están
estrechamente relacionados)
• La filogenia molecular eucariótica aún se está refinando.
Protistas

• Diplomonas y Parabasalidas
• Euglenozoas
• Alveolados
• Estramenopiles
• Cercozoos y Radiolarios
• Amoebozoa
Diplomonas y Parabasálidos
Géneros clave: Giardia, Trichomonas
Diplomonas
Tienen dos núcleos de igual tamaño.
Tienen mitosomas (mitocondrias no
funcionales). Causa de la giardiasis, una
enfermedad común transmitida por el
agua
Parabasalidos
Contiene un cuerpo parabasal. Carecen
de mitocondrias, pero tienen
hidrogenosomas para el metabolismo
anaeróbico. Los genomas carecen de
intrones
Euglenozoos
Géneros clave: Trypanosoma, Euglena
Eucariotas unicelulares flagelados
Tienen una varilla cristalina en sus flagelos.
Cinetoplástidos
Llamados así por la presencia del cinetoplasto, que es
una masa de ADN presente en su única mitocondria
grande
Viven principalmente en hábitats acuáticos
alimentándose de bacterias.
Algunas especies causan enfermedades graves en
humanos. Por ejemplo, Trypanosoma causa la
enfermedad del sueño Africana.
Euglénidos

No patogénico y fototrófico

Contiene cloroplastos;
pueden existir como
heterótrofos

Puede alimentarse de
bacterias por fagocitosis.
Alveolados
Géneros clave: Gonyaulax,
Plasmodium, Paramecium
Los alveolados se caracterizan por
la presencia de alvéolos, que son
sacos debajo de la membrana
citoplasmática.
Su función sería ayudar a las
células a mantener el equilibrio
osmótico
Los miembros son ciliados,
dinoflagelados y apicomplejos
(parásitos de animales).
Ciliados

Poseen cilios en alguna etapa de su

vida
El género más ampliamente distribuido
es Paramecium.
Usa los cilios para la motilidad y para
obtener alimento.
Los ciliados tienen dos núcleos
(macronúcleo y micronúcleo)
Durante la conjugación, dos
paramecios intercambian micronúcleos
Algunos ciliados son parásitos de
animales.
Dinoflagelados
Diversos organismos fototróficos marinos y de
agua dulce
Tienen dos flagelos con diferentes puntos de
inserción en la célula.
Algunos son de vida libre y otros viven en
simbiosis con los corales.
Las suspensiones densas de estas células se
llaman mareas rojas
Asociado con muertes de peces y
envenenamiento humano.
Pfiesteria piscicida es un género de
dinoflagelado tóxico responsable de muertes
masivas de peces
Apicomplejos

Parásitos obligados de los

animales.
Causan enfermedades graves
como la malaria, la
toxoplasmosis y la
coccidiosis.
Contiene apicoplastos:
cloroplastos degenerados que
carecen de pigmentos y
capacidad fototrófica.
Estramenopilos

Géneros clave: Phytophthora, Nitzschia, Ochromonas, Macrocystis

• Oomicetos, diatomeas, algas doradas y algas pardas

• Todos tienen muchas extensiones cortas parecidas a pelos.

• Miembros quimioorganotróficos y fototróficos

Diatomeas

Más de 100.000 especies de

diatomeas
Hábitats marinos y de agua
dulce
Las paredes celulares están
hechas de sílice y se llaman
frústulas.
Exhibir simetría radial y
pinnada.
Aparecieron en la Tierra hace
unos 200 millones de años
Oomicetos

También llamados mohos de agua por su

crecimiento filamentoso y la presencia de
hifas cenocíticas.
Las paredes celulares están hechas de
celulosa, no de quitina como en los
hongos.
Phytophthora infestans causa la
enfermedad del tizón tardío en la papa y
contribuyó a la hambruna de la papa en
Irlanda
Algas doradas
También llamados crisófitos.
La mayoría son unicelulares.
Algunos son coloniales
Las algas doradas reciben su
nombre por su color marrón
dorado.
Pigmentos de cloroplasto
dominados por fucoxantina

Algas pardas
Marinas y pluricelulares
Cercozoos y Radiolarios

Se distingue de otros protistas por sus seudópodos

filiformes.

Cercozoos
• Incluye las cloraracniofitas y los foraminíferos.
• Cloraracniofitos. Organismos fototróficos parecidos a una
ameba que tienen un flagelo para la dispersión
Foraminíferos
Organismos exclusivamente marinos
Forman estructuras similares a conchas llamadas testas.
Las testas están hechas de materiales orgánicos reforzados con
carbonato de calcio.

Radiolarios
Principalmente organismos marinos heterótrofos.
Las testas están hechas de sílice.
El nombre se deriva de la simetría radial de las testas.
Amoebozoos
Géneros clave: Amoeba, Entamoeba,
Physarum, Dictyostelium
Protistas terrestres y acuáticos que usan
pseudópodos para moverse y alimentarse.
Los grupos principales son gimnamoebas,
entamoebas y hongos mucosos.
Gimnamoebas
Viven libremente; habitan el suelo y los
ambientes acuáticos
Se mueven por movimiento ameboide (flujo
citoplasmático)
Entamoebas
Parásitos de vertebrados e
invertebrados

Hongos mucosos
Anteriormente agrupados con hongos
porque tienen un ciclo de vida similar
Móviles; puede moverse a través de
las superficies rápidamente
Dos grupos de hongos mucosos:
plasmodiales y celulares.
Hongos mucosos plasmodiales
Tienen formas vegetativas que son masas de protoplasma de
tamaño y forma indefinidos (plasmodio)

Hongos mucosos celulares

Formas vegetativas compuestas de una sola ameba.
Forma macroquistes diploides
Agregado como un pseudoplasmodio
Se forma el cuerpo fructífero
Hongos
Fisiología, estructura y simbiosis fúngicas

• La mayoría de los hongos son multicelulares y forman una red de hifas.

• Las hifas que se extienden por encima de la superficie pueden producir
esporas asexuales llamadas conidios.
• Los conidios a menudo están pigmentados y son resistentes al secado.
• Las hifas forman penachos compactos llamados micelios.
• La mayoría de las paredes celulares de los hongos están hechas de
quitina.
• Las micorrizas ayudan a las raíces de las plantas a obtener fósforo
Algunos hongos producen
estructuras reproductivas
macroscópicas llamadas cuerpos
fructíferos
Los hongos pueden causar
enfermedades en plantas y
animales.
Las micosis en humanos varían
en gravedad desde el "pie de
atleta" hasta la histoplasmosis.
Reproducción de hongos y filogenia
La mayoría de los hongos se reproducen por medios asexuales (tres formas)

• Crecimiento y propagación de filamentos de hifas.

• Producción asexual de esporas.

• División celular simple (levaduras)

Algunos hongos producen esporas como resultado de la reproducción sexual.

• Las esporas sexuales pueden originarse a partir de la fusión de dos células
haploides para formar una célula diploide (ascosporas, basidiosporas,
zigosporas)
• Las esporas son resistentes al secado, el calentamiento, la congelación y
los productos químicos.
Los hongos comparten un
ancestro común más reciente
con los animales que cualquier
otro grupo de organismos
eucariotas.
Se estima que los hongos y los
animales divergieron hace
1.500 millones de años.
Se cree que el linaje fúngico
más antiguo son los
quitridiomicetos.
Chytridiomycetes
Géneros clave: Allomyces,
Batrachochytrium

Los quitridios son la primera

línea divergente de hongos
Comúnmente encontrados en
suelo húmedo y agua dulce.
Algunos son coloniales y otras
son unicelulares.
Batrachochytrium ha estado
implicado en la mortandad
masiva de anfibios.
Zygomycetes y Glomeromycetes
Géneros clave: Rhizopus, Encephalitozoon, Glomus

Zygomycetes
Conocidos principalmente por el deterioro de los alimentos.
Comúnmente encontrado en el suelo y material vegetal en descomposición.
Todos son cenocíticos.
Todos forman zigosporas
Rhizopus stolonifer (un moho negro del pan) es representativo.
Microsporidios: parásitos obligados unicelulares.
A menudo infectan a personas inmunocomprometidas (p. ej., pacientes con sida)
Glomeromycetes

Pequeño grupo de hongos que tienen una gran importancia ecológica

Todas las especies conocidas forman endomicorrizas con las raíces
de las plantas herbáceas.
En algunos casos, también con plantas leñosas
Ninguno ha crecido independientemente de una planta.
Se reproducen solo asexualmente
Se cree que desempeñaron un papel importante en la capacidad de
las primeras plantas vasculares para colonizar la tierra.
Ascomycetes
Géneros clave: Saccharomyces, Candida, Aspergillus

Altamente diversos: desde la levadura de panadería hasta los mohos comunes

Se encuentran en ambientes acuáticos y terrestres.

Descomponen el material vegetal muerto; algunos son simbiontes de líquenes

Saccharomyces cerevisiae

Las células son esféricas a ovaladas, división celular a través de gemación

Crecen en hábitats donde los azúcares están presentes.
Proceso de reproducción sexual llamado apareamiento
Hay dos tipos de apareamiento en Saccharomyces cerevisiae.
Las células de levadura pueden cambiar de un tipo a otro mediante un
mecanismo de cambio genético.
Setas y otros basidiomicetos

Géneros clave: Agaricus, Amanita

Más de 30.000 especies descritas

Muchos son reconocibles como setas y hongos venenosos
También contienen levaduras y patógenos de plantas y
humanos.
Tienen reproducción vegetativa y sexual.
Algas rojas y verdes
Algas rojas
Géneros clave: Polysiphonia, Cyanidium, Galderia

Las algas rojas también se llaman rodófitas.

En su mayoría marinas, pero algunas de agua dulce y terrestres.

El color rojo proviene de la ficoeritrina, un pigmento accesorio.

A mayor profundidad, las células producen más ficoeritrina.

Cyanidioschyzon merolae son inusualmente pequeñas (1 a 2 μm de diámetro)

El genoma de 16,5 Mbp es uno de los más pequeños para los eucariotas
fototróficos
Algas verdes
Géneros clave: Chlamydomonas, Volvox
Las algas verdes también se llaman clorofitas. Estrechamente relacionadas con las
plantas.

La mayoría de las algas verdes habitan en agua dulce, pero algunas son marinas o
terrestres.

Pueden ser unicelulares a pluricelulares. Tienen reproducción sexual y asexual.

Ostreococcus tauri son inusualmente pequeños (2 μm de diámetro)

El genoma de 12,6 Mbp es uno de los más pequeños para los eucariotas fototróficos

Las algas endolíticas crecen dentro de rocas porosas.

Próxima clase
Revisar el capítulo 13
sobre Diversidad
metabólica de los
microorganismos.

Discusión de artículos
para la próxima
semana en el tema de
la clase sobre
diversidad metabólica.