Laboratorio General de Química II

Bases de Datos. Tutorial

2023-2024

Nombre

1. OBJETIVOS
El objetivo de esta sesión es que el alumno adquiera los conocimientos necesarios para obtener
información sobre química en general y sobre propiedades químicas y físicas de los compuestos
químicos. Esta información se puede obtener en diferentes bases de datos y páginas web
dedicadas a la Química, la mayoría de ellas de libre acceso. Se visitarán diferentes páginas web
de organizaciones e instituciones con el fin obtener dicha información química. Los alumnos
deberán rellenar los espacios en fondo verde que hay en este tutorial y mandar el archivo
modificado al responsable de la asignatura mediante el correo disponible en Aula digital.

2. INTRODUCCIÓN
Las Bases de Datos de Química contienen información sobre la estructura, propiedades
químicas y físicas, espectros y otras propiedades de miles de moléculas. Muchas son de acceso
libre y en otras hay que inscribirse para tener acceso a toda la información.

Hay diferentes bases de datos, dependiendo de la información que almacenan. En términos

generales se puede hacer la siguiente clasificación:
• Bases de datos generales: se puede encontrar información general, fórmula, números de
identificación, códigos, patentes, temas de seguridad y otros datos de las moléculas.
• Bases de datos de estructuras químicas: contienen las estructuras químicas de miles de
compuestos. Estas estructuras se han determinado fundamentalmente por medidas
cristalográficas y espectroscópicas.
• Bases de datos espectroscópicas: recopilan espectros (IR, UV-Vis, RMN, …) de
moléculas.
• Bases de datos de reacciones: contienen información de muchas reacciones químicas,
de los reactivos y productos, así como de los intermedios de reacción.
• Bases de datos termofísicos y termodinámicos: almacenan información (equilibrios de
fases, entalpías, entropías, calores específicos, viscosidad, …) de moléculas.

En este tutorial se hace una recopilación, que no es exhaustiva, de diferentes bases de datos
prestando especial interés en la información que se puede obtener de cada una de ellas. En
muchos casos para obtener la dirección de esas páginas web es de gran utilidad el empleo de un
buen buscador, actualmente el buscador Google (www.google.com) es uno de los más
empleados.

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3. PROCEDIMIENTO
En esta sesión se trabajará con las siguientes bases de datos

1) Enciclopedia Wikipedia (www.wikipedia.org/). Wikipedia es una enciclopedia de libre

acceso y que los usuarios pueden modificar, lo que a veces puede implicar que contenga
información sesgada o incorrecta. En esta enciclopedia no se realiza una labor de censura
previa. Aun así, contiene mucha información, la mayoría de ella correcta. La versión española
contiene casi un millón de entradas. La versión inglesa tiene más de cuatro millones de entradas
y por lo general de mayor calidad que las de la versión española. Con el buscador de la
enciclopedia se poden localizar los temas a consultar.

Obtenga la información que se solicita:

P1) Ácido acético

nº CAS Densidad Punto de fusión Punto de ebullición pK
64-19-7 1049 kg/m3 290 K 391,2 K 4,74
1,049 g/cm3 17 Cº 118 Cº

P2) ¿Qué es el “Número de registro CAS”?

El número de cas es una designación numérica que se asigna a sustancias químicas por el
servicio de Resúmenes Químicos, es sus siglas en inglés (CAS), permite la identificación
inequívoca de cada sustancia

P3) Lavoisier
Nombre completo Año de Año de Causa de la Nombre de alguna
nacimiento muerte muerte publicación
Antonie Laurent 1743 1794 Decapitación Tratado elemental de
Lavoisier por guillotina química

P4) EDTA
Nombre común Nomenclatura IUPAC Fórmula nº CAS Punto de
fusión
EDTA Ácido 60-00-4 514 K
etilendiaminotetraacético 241 Cº

C10H16N2O8

P5) Fenol
nº CAS Densidad Punto de fusión Punto de ebullición pK
108-95-2 1070 kg/m3 314 K 455 K 9,88
1,07 g/cm3 40,5 Cº 181,7 Cº

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P6) Ácido pícrico
Fórmula nº CAS ¿Por qué se llama ácido si es un fenol
sustituido?
88-89-1 La primera síntesis del ácido pícrico se
realizó en 1742 por Johann Rudolf, se
llama de esta manera porque aún no se
descubrió el fenol porque la primer a
síntesis fue en 1841 por Hermann
Sprengel, se le dejo este nombre y no lo
cambiaron
C6H3N3O7

P7) Explique brevemente el código NFPA 704

El código NFPA 704 es la norma estadounidense que explica el diamante de materiales
peligrosos establecido por la asociación Nacional contra el fuego. El triángulo rojo indica la
inflamabilidad, el azul los riesgos para la salud, el blanco riesgos específicos y el amarillo la
reactividad.

2) Chemical Synthesis Database (www.chemsynthesis.com). Es una base de datos de libre

acceso que contiene información sobre más de 40.000 compuestos y más de 45.000 síntesis. Un
buscador, situado al principio de la página, facilita el acceso a la base de datos. Esta búsqueda
puede realizarse por nombre químico, número CAS, fórmula química, etc. Existen uniones
directas a la base de datos dependiendo de la clase de compuesto, los grupos funcionales y por
moléculas de interés.

P8) p-Cresol
nº CAS nº EINECS Punto de fusión Punto de ebullición Densidad
106-44-5 203-398-6 32-34 Cº 202 Cº 1034 g/ml
Sin consultar bases de datos indique otro nombre de p-cresol (según formulación orgánica)
4-hydroxytoluene

P9) Explique brevemente el código EINECS (consulte cualquier fuente)

El código EINECS és un numero de registro dado a cada sustancia química que se
comercializa en la unión europea entre 1 de enero de 1971 y 18 de septiembre de 1981.

3) ChemSpider (www.chemspider.com). Es una base de datos de libre acceso que contiene

información sobre más de 28 millones de estructuras. Permite la unión e integración de más de
400 fuentes diferentes. Su buscador permite búsquedas por nombre, números de código,
estructura (en diferentes formatos o dibujando la molécula con un editor de moléculas), etc.
Mediante JSmol permite obtener una imagen interactiva en 3D de la molécula (pestaña 3D
debajo de la estructura 2D de la molécula).

P10) p-Cresol
ChemSpider Potencial de Punto de fusión Punto de ebullición Flash point
ID ionización (eV)
13839082 8,97 eV 32-34 Cº 201-202 Cº 32 Cº

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P11) Espectro Infrarrojo del p-cresol en fase gaseosa (grábelo en algún formato gráfico o en pdf
e insértelo en el espacio inferior)

P12) ¿Qué es el Flash point? (consulte cualquier fuente)

La temperatura mínima a presión de una atmosfera a la que la sustancia en contacto con el aire,
arde espontáneamente sin necesidad de una fuente de ignición

P13) Lysergic acid diethylamide

ChemSpider Toxicidad Entalpía de Una empresa donde se pueda
ID vaporización adquirir y código
5558 IVN-RAT LD50 16 mg 81,9 ±3,0 MuseChem
kg-1, ORL-BWD LD50
1.8 mg kg-1

4) PubChem del NCBI (National Center for Biotechnology Information del NIH, National
Institute of Health) (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov). Es una base de datos que contiene
información sobre la actividad biológica de miles de moléculas químicas.

P14) Fenol. Resumen sobre la toxicidad en humanos

En el caso de humanos el fenol es una dosids letal oral entre 50-500 mg/kg. Algunas
personas puden ser hiperteensas en dosisi muy bajas. La exposición prolongada sule
provocar saños en hígados, riñones y ojos. Por lo tanto la exposición o el cntacto con el
fenol pude provocar efectos letalos o adversos para la salud.

5) National Institute of Standards and Technology (http://webbook.nist.gov). Libro del Web

de Química del NIST (National Institute of Standards and Technology). Contiene información

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sobre datos termoquímicos, espectroscópicos, cromatográficos, y de propiedades químicas y
físicas de miles de moléculas. Para realizar la búsqueda hay que introducir la fórmula, el
nombre, el identificador IUPAC o el número de registro CAS.

P15) Fenol
∆Hform (gas) ∆Hform (sólido) ∆Hfus (kJ/mol) Punto triple (K) Energía de
(kJ/mol) (kJ/mol) ionización (eV)
-96.36 ± 0.59 -165,0 11,514 314,06 8.508 ± 0.001

P16) Espectro infrarrojo del fenol en fase gas. ¿Cuántas bandas hay con número de ondas
superior a 3000 cm-1? Indique la transmitancia y el número de ondas (cm-1) de cada una de esas
bandas
Hay dos bandas superiores a 3000 cm-1 La primera presenta una transmitancia de 0,61990 con
un numero de onda de 3058,0 cm-1, la segunda banda tiene una transmitancia de 0,3835 y una
longitud de inda de 3650 cm-1

6) Biblioteca de la UIB ( http://biblioteca.uib.cat/, http://llull.uib.es/search*cat/h?quimica)

Desde la página web de la biblioteca de la UIB se puede acceder a un registro de bases de datos
de interés para químicos. Algunas de estas bases de datos son de acceso libre y otras de acceso
restringido, aunque desde la página web de la UIB se pueden consultar sin ningún problema.

7) International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) (www.iupac.org/). Es una

organización científica, internacional y no gubernamental cuyo objetivo es el avance de todos
los aspectos de las ciencias químicas. En la sección dedicada a la IUPAC de la página web de la
“School of Biological and Chemical Sciences” de “Queen Mary. University of London”
(https://www.qmul.ac.uk/sbcs/iupac/) se puede encontrar mucha información de compuestos
orgánicos. Asimismo, también se han recopilado recomendaciones de la IUPAC y de la IUBMB
(Internacional Union of Biochemistry and Molecular Biology).

P17) En la sección “Vitamin B-6 Nomenclature” encuentre el nombre de al menos tres

compuestos químicos que formen parte del grupo de la Vitamina B6
1)Fosfatos
2)grupo piridoxilos
3) aminoácidos

P18) En la sección “Enzyme Nomenclature” se pueden encontrar las recomendaciones del

Comité de Nomenclatura de la IUBMB sobre la nomenclatura y clasificación de los enzimas
dependiendo de las reacciones que catalizan. En esta sección encuentre la siguiente información
1) ¿Qué tipo de enzimas son las que tienen el código EC 1.1.1.1?
Son las enzimas que tiene omo aceptor el NAD+y el NADP+
2) ¿Sobre qué tipo de enlace actúan las enzimas de código general EC 3.4?
Actuan sobre las “peptidases”
3) ¿Qué tipo de enzimas son las que tienen el código general EC 5.1?
Son las Racemases and epimerases

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8) ChemIDplus (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/source/ChemIDplus). ChemlDplus
Advanced de la “National Library of Medicine” (USA). Tiene información sobre toxicidad,
códigos y propiedades físicas.

P19) En la sección de Propiedades Físicas obtenga los siguientes datos del fenol, indicando las
unidades
Solubilidad en agua Presión de vapor Punto de fusión Punto de ebullición pK
1g /15 ml 0,2 mmHg at 68 40,9 Cº 181,8 Cº 9,99 at 25 Cº
Fº

9) ChemSub Online (http://chemsub.online.fr). Es un portal libre y un sistema de información

de sustancias químicas.
P20) Inserte tres sinónimos (nomenclatura química) de la cocaína que aparecen en esta base de
datos
1) (1R,2R,3S,5S)-2-Methoxycarbonyltropan-3-yl benzoate
2)2-beta-Carbomethoxy-3-beta-benzoxytropane
3) 2-beta-Carbomethoxy-3-beta-benzoxytropane

10) Protein Data Bank (https://www.rcsb.org/). Es una base de datos que contiene estructuras
tridimensionales de muchas enzimas y proteínas. Mediante Jmol u otro visualizador se pueden
visualizar esas estructuras en 3D de forma interactiva.

P21) Visualice la estructura que tiene por código 1d66

1) Es un complejo de tres macromoléculas biológicas ¿Cuáles?
Proteínas, ADN
2) ¿En qué año y cómo se determinó la estructura tridimensional?
1992 y X-Ray difraction
3) ¿Contiene algún tipo de ligando? ¿Cuál?
No
Inserte en este espacio una figura de esa estructura

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P22) Para una fosforilasa b (phosphorylase b)
1) Obtenga el código PDB
6kih
2) ¿En qué año y cómo se determinó la estructura tridimensional?
2019 y por difracción de rayos-X

3) ¿Contiene algún tipo de ligando? ¿Cuál?

Si, URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
Inserte en este espacio una figura de esa estructura

11) University of Cambridge (http://www-jmg.ch.cam.ac.uk/data/c2k/data.html). El

Departamento de Química de la Universidad de Cambridge mantiene una página web con gran
información sobre datos químicos. Active los siguientes enlaces:
• Se han depositado muchas estructuras moleculares que pueden visualizarse de un modo
interactivo (http://www-jmg.ch.cam.ac.uk/data/molecules/.)
P23) Visualice la estructura del ácido glutámico (es un aminoácido)
1) ¿Cuál es su código de tres letras?
Glu
2) ¿Cuál es su código de una letra?
E
Inserte en este espacio la estructura de este aminoácido

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 • pKa data (Wisconsin). (http://www.chem.wisc.edu/areas/reich/pkatable/index.htm)
Información sobre valores de pKa de compuestos orgánicos. En la ventana de la izquierda
se puede activar el enlace “pKa values in Water” y descargar un archivo en formato pdf
que contiene una recopilación de valores de pKa realizada por R. Williams (si el link no
funciona puede encontrar el archivo en la Unidad didáctica 2 de la sección 2 de Aula
Digital).

P24) Obtenga los pKa de:

o-bromo fenol m-bromo fenol p-bromo fenol Ácido glutámico
9,34 pK1 = 2,23
3,85 9,11 pK2 = 4,42
pK3 = 9,95

12) Web del Dr. Goodman. En la página web del Dr. Goodman del Departamento de Química
de la Universidad de Cambridge hay una serie de herramientas online dedicadas a la química
(http://www-jmg.ch.cam.ac.uk/tools/magnus/). Son muy interesante: Periodic Table, Kinetics,
Michaelis-Menten, Molecules.

13) The Orbitron. (http://winter.group.shef.ac.uk/orbitron). The Orbitron es un visualizador

interactivo de orbitales atómicos y moleculares.
P25) Orbitales atómicos hidrogenoides
Escriba la función de onda del orbital 2p:

R2p = (1/2√6) × ρ × Z3/2 × e-ρ/2

Y2p = √(3)x/r × (1/4π)1/2
x

ψ2p = R2p × Y2p

x x

14) Instituto Nacional de Seguridad e Higiene en el Trabajo de España.

(http://www.insht.es). Se pueden obtener las “Fichas Internacionales de Seguridad Química”
que contienen mucha información sobre diferentes compuestos químicos. Para encontrarlas se
puede emplear el buscador del portal.

P26) Consulte la ficha del fenol y obtenga los síntomas, prevención y primeros auxilios cuando
los ojos están expuestos a este compuesto:
1) Síntomas: corrosivo, toxico, peligros grave para la salud y peligrodo para el medio ambiente
2) Prevención: no beber ni fumar el fenol, llevar guantes, mascarilla, gafas para su manejo
3) Primeros auxilios: en caso de contacto con los ojos lavar con abundante agua

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15) Panreac (www.panreac.es). La empresa de productos comerciales Panreac tiene unas fichas
técnicas muy interesantes de los productos que comercializa. Adicionalmente, la sección
Soporte/Publicaciones tiene mucha información interesante para los químicos.

16) ScienceGeek.net (http://www.sciencegeek.net/Chemistry/chemware/chemware.shtml). Esta

página contiene un listado de direcciones en donde se puede descargar programas para
químicos.

17) Tablas Periódicas interactivas (American Chemical Society

http://acswebcontent.acs.org/games/pt.html, Eni Generalic, University of Split
http://www.periodni.com y de la Real Sociedad Española de Química
https://tablaperiodica.analesdequimica.es). En estas páginas se pueden encontrar Tablas
Periódicas interactivas con muchas propiedades físicas y químicas de los elementos. En la
segunda página adicionalmente se puede encontrar una calculadora científica, listado de
constantes fundamentales, productos de solubilidad, configuración electrónica de los elementos,
etc.

P27) Para el mercurio obtenga los siguientes datos

Densidad 1er Potencial de 2º Potencial de Punto de fusión Punto de
ionización (kJ/mol) ionización (kJ/mol) ebullición
13546 g/L 1007,07 1809,69 -38,83 Cº 356,73 Cº