TEMA 1 Los enzimas como catalizadores biológicos

CONTENIDOS:
1.1- Características estructurales que les confieren ventajas frente a
catalizadores químicos. Energía de activación y catálisis.
1.2- Mecanismos de reacción
-Catálisis ácido básica
-Tensión sobre el sustrato
-Estabilización del estado de transición
-Catálisis covalente
-Efectos entrópicos.
1.3 -Metales y Catálisis
1.4 -Anticuerpos como catalizadores químicos (Abzimas)
1.5 -Ribozimas
Bibliografía:
Feduchi.. Bioquímica (1 y 2ª Edn) tema 8. (Panamericana)
Devlin… Bioquímica varias Eds
Stryer.. Bioquímica varias Eds
 Conocimientos previos de BQI

-Repasar:
-Mecanismos de reacción en función del tipo de rotura del enlace
(escisión homolítica y heterolítica).
AB  .A .B se obtienen radicales
A+ B- se obtienen iones

-Los enzimas desde el punto de vista estructural (visto en 1º al

estudiar proteínas y ácidos nucleicos
1.1- Energía de activación y catálisis.

ENERGÍA LIBRE (∆G): energía disponible para realizar

trabajo. Representa la energía intercambiada en una reacción
química
Ejemplos
REACCIÓN ENDERGÓNICA: ∆G (+)

NH2
Energía ∆G = +3.4 kcal/mol
+ NH3
Glu Glu
No espontánea
Ác. Amoníaco Glutamina
Glutámico

REACCIÓN EXERGÓNICA: ∆G (-)

ATP + H 2O ADP + P ∆G = –7.3 kcal/mol

espontánea
i

Energía
1.1- Energía de activación y catálisis.

Comparación del perfil de energía de una reacción química

con y sin catalizador
Estado de transición (Ts)

∆G Energía de activación

Reactante

Producto
Progreso de la reacción
Las enzimas son catalizadores biológicos que aumentan la velocidad
de la reacción sin verse alteradas en al proceso global, es decir, al
final de la reacción la enzima está de nuevo lista para otra catálisis.
1.1- Características estructurales que les confieren ventajas frente a
catalizadores químicos. Energía de activación y catálisis.

Comparación de catalizadores para una misma reacción

2 H2O2  2 H2O + O2

Descomposición de peróxido de hidrógeno

Catalizador E. de activación (J/mol)
Ninguno 75.600
Platino coloidal 49.140
(no enzimático)

Catalasa 8.400

En las células, las catálisis suceden en condiciones suaves,

compatibles con la vida y son regulables.

Moodle-Tema 1-> Enlaces divulgativos sobre la catalasa.

1.1- Características estructurales que les confieren ventajas frente a
catalizadores químicos. Energía de activación y catálisis.

Cambio de energía libre en reacciones químicas

A menudo la reacción pasa por varios intermediarios con diferentes energías
 La catálisis enzimática

¿Cómo consiguen las enzimas disminuir la energía de activación?

Reconocimiento Enzima (E) – Sustrato (S) E+S ES  P + E

Históricamente

.-Modelo de la llave cerradura (Fisher 1894)

.-Modelo de ajuste inducido (Koshland 1958)

La catálisis enzimática se da en el Centro activo
Reconocimiento Enzima(E) – Sustrato (S)
S
E

Devlin 3ª ed.

Cambios conformacionales en la hexoquinasa inducidos

por su sustrato (la glucosa)
Especificidad por el sustrato en el centro activo: en él se encuentra
todo lo necesario para reconocer al sustrato y llevar a cabo la
reacción. Sin embargo, hay algunas diferencias entre
diferentes enzimas.

La hexoquinasa también puede fosforilar manosa, fructosa y

2-desoxiglucosa pero no a la misma velocidad.

La glucoquinasa es específica de la glucosa.

1.2 Mecanismos de la reacción catalizada enzimáticamente:
procesos que explican la disminución de Energía de activación

-Catálisis ácido básica

Un enzima puede
-Tensión sobre el sustrato utilizar uno ó más
-Estabilización del estado de transición de estos
-Catálisis covalente mecanismos
-Efectos entrópicos
Catálisis ácido-básica
H+ ácido
OH- base Acido ó base general: compuesto débilmente ionizable.

Otros ácidos: tiol –SH Otras bases: aniones de los ácidos carboxílicos
-OH (Tyr) bases conjugadas de los ácidos generales
ε-amino Lys
 Ejemplo de catálisis ácido-básica: la ribonucleasa
Hidroliza los enlaces 3´-diesterfosfato en nucleótidos pirimidínicos del RNA,
conduciendo a su degradación
RNA

Enzima + sustrato (RNA)

en el sitio catalítico
His12
His119

Previo:
Nucleofílico
Electrofílico:
 Ejemplo de catálisis ácido-básica: la ribonucleasa

intermediario

His119

SUSTRATO: RNA en el sitio

catalítico
Ejemplo de catálisis ácido-básica: la ribonucleasa

Una vez conocido el mecanismo de catálisis , ¿Podría esta enzima degradar DNA?

His119
Ejemplo de catálisis por TENSION SOBRE EL SUSTRATO

Lisozima: glicosidasa

Enlace glicosidico
También es catálisis ácido-básica => Pueden actuar simultáneamente varios mecanismos

Ion oxicarbonio

Mecanismo de acción de la lisozima

En la CATALISIS COVALENTE el ataque de un grupo nucleofílico (o electrofílico)
del centro activo del enzima sobre el sustrato conduce a la unión covalente
del sustrato (o parte del mismo) al enzima como intermediario
en la secuencia de reacción.

Ejemplo: la quimotripsina. Proteasa > hidroliza enlaces peptídicos

E+S
CATALISIS COVALENTE. Ejemplo LA QUIMOTRIPSINA
https://www.slideserve.com/bernard/chapter-6-enzymes
EFECTOS ENTROPICOS

La disminución de la entropía
contribuye con un factor de 103 al
incremento de velocidad
TEMA 1 Los enzimas como catalizadores biológicos

1.1- Características estructurales que les confieren ventajas frente a

catalizadores químicos. Energía de activación y catálisis.
1.2- Mecanismos de reacción
-Catálisis ácido básica
-Tensión sobre el sustrato
-Estabilización del estado de transición
-Catálisis covalente
-Efectos entrópicos.
Coenzimas, Metales y Catálisis
1.3 -Anticuerpos como catalizadores químicos (Abzimas)
1.4 –Ribozimas

Bibliografía:
Feduchi . Bioquímica (Panamericana)
Devlin Bioquímica 3ª Ed y 4ª
Stryer Bioquímica varias Eds
 Cofactores Metálicos (cap. 4 DEVLIN)
Actúan como
Acidos de Lewis (Zn, Fe, Mn Cu) con orbitales d vacíos.
Otros papeles (elemento estructural) Na, K, Mg y Mn
Forman quelatos: Compuestos de coordinación organo-metálicos

Los metales pueden inducir la catálisis:

-Catálisis electrófila -> rotura de enlace.
-Estabilizar intermediarios de reacción

Los Centros Fe-S están presentes en los enzimas ferrosulfurados,

El centro activo consta de uno ó mas agrupamientos de quelatos
de Fe ligados a S
Quelato: Compuesto de coordinación organo-metálico. Ej el hierro y la protoporfirina IX para formar hemo.
Se forma por la unión de ligandos polidentados al átomo central de un Ión complejo.

Son anillos de 5 o 6 miembros que incluyen el átomo central y átomos de los ligandos.
MFP
Centros Fe-S

2Fe 4S

MFP
 Metales y catálisis
2/3 de las enzimas requieren metales para su función
Ejemplo
Anhidrasa carbónica H2O + CO2 H2 CO3 (ácido carbónico)

Devlin 3ª ed.
 Ejemplos

Hexoquinasa
Mg-ATP

El ión tiene una

localización específica
en el sitio catalítico Devlin 3ª ed.
El metal favoreciendo el estado de transición

Devlin 3ª ed.
TEMA 1 Los enzimas como catalizadores Biológicos:

1.1- Características estructurales que les confieren ventajas frente a

catalizadores químicos. Energía de activación y Catálisis.
1.2- Mecanismos de reacción
-Catálisis ácido básica
-Tensión sobre el sustrato
-Estabilización del estado de transición
-Catálisis covalente
-Efectos entrópicos.
1.3 -Anticuerpos como catalizadores químicos (Abzimas)
1.4 -Ribozimas

Bibliografía:
Devlin Bioquímica 3ª Ed y 4ª
Stryer Bioquímica cap.9 Mathews van Holde
Mckee & Mckee Lehninger, Principios de Bioquímica
 ABZIMAS
Anticuerpos con actividad catalítica

Catmab: catalytic monoclonal antibody

Anticuerpo
AntiBody (AB)

Antígeno
Ag

Complejo Ag-AB

El abzima es más eficiente si el anticuerpo

se produce contra el estado de transición del S
Enlace en el moodle
Devlin 4º Edn
 ester

Hipotético Ts

Ts (estado de transición)

De modo general, los análogos al estado de transición se fijan al enzima mucho más
fuertemente que el sustrato natural. Se ha demostrado que las afinidades son del
orden de 102-105 veces mayor que la del sustrato.

Los análogos del estado de transición son potentes inhibidores enzimáticos

 Diseño de nuevas enzimas.

SINZIMA
Definición*:
Molécula que se modifica para adquirir nuevas actividades
catalíticas.

Desde el punto
de vista biotecnológico, interesa encontrar enzimas
con nuevas capacidades, algunas se obtienen modificando por ingeniería
genética las ya existentes.

*http://diccionario.raing.es/es/lema/sinzima
(Real Academia de Ingeniería)
TEMA 1 Los enzimas como catalizadores biológicos

1.1- Características estructurales que les confieren ventajas frente a

catalizadores químicos. Energía de activación y catálisis.
1.2- Mecanismos de reacción
-Catálisis ácido básica
-Tensión sobre el sustrato
-Estabilización del estado de transición
-Catálisis covalente
-Efectos entrópicos.
Metales y Catálisis
1.3 -Anticuerpos como catalizadores químicos (Abzimas)
1.4 –Ribozimas

Bibliografía:
Feduchi .. Bioquímica 1ªEdn (Panamericana)
Devlin Bioquímica 3ª Ed y 4ª
Stryer Bioquímica cap.9 Mathews van Holde
 Ribozimas
Moléculas de RNA con actividad catalítica.
Se conocen desde la década de los 80 por los trabajos de dos grupos
independientes, los de Tom Cech y Sidney Altman

Altman caracterizó la Rnasa P (ribonucleasa P), es una ribonucleoproteína

En E. coli consta de: -Una proteína de 20KDa

-Un RNA (M1) de 377 nucleótidos

El RNA resultó ser catalíticamente activo

Requiere Mg2+ ó Mn2+ para su actividad catalítica.

 Papel de la RNasa P

Procesamiento de los extremos 3´-terminales de tRNAs en E. coli

Transcrito precursor de varios RNAS

precursor de rRNA
 Detalles de catálisis por diferentes ribozimas

Siguen mecanismos de catálisis similares a las enzimas protéicos

 Características de algunos RNAs catalíticos existentes en la naturaleza

Especie de Ribozima Nucleófilo Productos de la reacción

Intrón Grupo I 3´-OH exones unidos 5´->3´ e intrón con

5´-guanosina y 3´-OH
Rnasa P H2O 5´-fosfato y 3´-OH

Intrones del Grupo II 2´-OH adenosina exones unidos 5´->3´ e intrones con
extremo 2´->3´ unido a la A y 3´-OH.
también actúa como endonucleasa del DNA
cuando está unido a la proteína..
Ribozima de “Cabeza de Hidróxido metálico 5´-OH y 2´->3´fosfatasa cíclica
martillo” divalente [Mg(H2O)5(OH)]

Ribozima de horquilla Hidróxido metálico 5´-OH y 2´-3´fosfatasa cíclica

divalente [Mg(H2O)5(OH)]

Sólo para comentar en clase.

 Estructura ribozima en martillo

Ribozima
Sustrato

No es un catalizador verdadero porque

ella es su propio sustrato
Otras ribozimas catalizan numerosos recambios
sin experimentar alteraciones.
Se pueden estudiar sus cinéticas siguiendo
el modelo de Michaelis-Menten.
Voet, Voet y Pratt 2ª Ed.