TEMA 1.

PRINCIPIOS GENERALES DE LA BIOQUÍMICA

Bioquímica: Ciencia que estudia los procesos biológicos a nivel molecular

(“Química de la vida”).

Objetivo: Explicar en términos químicos las estructuras y funciones

biológicas.

COMPOSICIÓN DE LOS SERES VIVOS: BIOELEMENTOS Y

BIOMOLÉCULAS.
Los organismos están compuestos por materia, aquello que ocupa un espacio y
tiene masa.

La materia está formada por elementos, sustancias que no pueden

descomponerse en otras mediante reacciones químicas.

Un compuesto es una sustancia compuesta de dos o más elementos.

ELEMENTOS ESENCIALES PARA LA VIDA (BIOELEMENTOS)

PRIMARIOS SECUNDARIOS OLIGOELEMENTOS

- Imprescindibles. - En menor cantidad. Elementos requeridos en

- Carbono el más - Funciones diversas cantidades muy bajas
importante. pero esenciales. para el correcto
- Forman moléculas desarrollo y
orgánicas que componen funcionamiento del
la materia viva. organismo.

O (63%), C (25’5%), H Mg, Ca, Na, K, Cl. Fe, Cu, Mn, I...
(9’5%), N, P, S.

Las propiedades de un elemento dependen de la estructura de sus átomos.

ÁTOMO

Unidad básica de un elemento que puede intervenir en una combinación

química. Es pequeña e indivisible. Están formados partículas subatómicas:

• Electrón: partículas cargadas negativamente y de muy poca masa.

• Protón: Partículas cargadas positivamente y de masa ligeramente menos
que la del neutrón.
• Neutrón: Partículas sin carga y masa ligeramente mayor que la del protón.

Los protones y los neutrones son los que forman el núcleo del átomo y los
electrones se mueven alrededor de este a casi la misma velocidad que la luz.
NÚMERO ATÓMICO Y MASA ATÓMICA
𝑍
𝐴𝑋

Número atómico (Z) es el número de protones en el núcleo del átomo de un

elemento. En un átomo neutro el número de protones es igual al número de
electrones, de manera que el número atómico también indica el número de
electrones presentes en un átomo.

Número de masa (A) es el número total de neutrones y protones presentes en el

núcleo de un átomo de un elemento.

LA TABLA PERIÓDICA

Tabla en la que se encuentran agrupados los elementos que tienen propiedades

químicas y físicas semejantes.

• Filas horizontales — periodos

• Columnas verticales — grupos o familias

Los elementos se dividen en tres categorías:

• Metal: es un buen conductor del calor y la electricidad.

• No metal: generalmente es mal conductor del calor y la electricidad.
• Metaloide: presenta propiedades intermedias entre los metales y los no
metales.

MOLÉCULAS E IONES

Molécula: un agregado de, por lo menos, dos átomos en una colocación definida
que se mantienen unidos a través de fuerzas químicas (también llamadas
enlaces químicos). Puede contener átomos del mismo elemento o átomos de dos
o más elementos.

Iones: Átomo o grupo de átomos que tienen carga positiva o negativa

(ganan/pierden electrones).

• Aniones: ión de carga negativa (gana electrones).

• Cationes; ión de carga positiva (pierde electrones).

ORBITALES ATÓMICOS Y NIVELES DE ENERGÍA

Función de onda de un electrón. Por lo que, si se encuentra en cierto orbital,

significa que su densidad electrónica, o probabilidad de localizar un electrón en
el espacio, se expresa mediante el cuadrado de la función de onda asociada.

*Cada orbital se compone de un número determinado de orbitales de formas y

orientaciones características*

Tipos: orbitales s, orbitales p, orbitales d...

Los electrones de un átomo varían en la cantidad de energía que poseen. La
energía potencial es la energía que la materia posee debido a a su localización o
estructura.

Los electrones de un átomo también tienen energía potencial debido al modo en

que están dispuesto en relación con el núcleo. Los electrones cargados
negativamente son atraídos por el núcleo cargado positivamente. Luego, supone
un trabajo mover un electrón fuera del núcleo, de manera que cuanto mayor sea
la distancia a la que se encuentran respecto del núcleo, mayor es su energía
potencial.

Los diferentes estados de energía potencial que tienen los electrones se

denominan niveles de energía. Un nivel de energía se correlaciona con su
distancia promedio al núcleo, que se representa mediante órbitas. Las órbitas
cercanas al núcleo tienen mayor energía potencial y los más alejados, menos.
Un electrón puede cambiar de órbita absorbiendo o cediendo una cantidad de
energía igual a la diferencia de energía potencial entre la posición inicial y final.

CONFIGURACIÓN ELECTRÓNICA Y PROPIEDADES QUÍMICAS.

El comportamiento químico de un átomo está determinado por su configuración

electrónica, la distribución de los electrones en las órbitas del átomo, y, sobre
todo, depende del N.º de electrones de su capa externa.

A estos electrones se les llama electrones de valencia y, a la órbita, órbita de

valencia.

Un átomo con la órbita de valencia completa no es reactivo.

Un elemento es más estable cuanto más se aproxima a una configuración

electrónica con orbitales completos. Ello lleva a la formación de moléculas.

ELECTRONEGATIVIDAD

Capacidad de un átomo para atraer hacia sí los electrones de un enlace químico.

Permite distinguir el enlace covalente no polar del enlace covalente polar.

Los elementos con electronegatividad alta tienen más tendencia para atraer
electrones que los elementos con electronegatividad baja.

Es un concepto relativo: la electronegatividad de un elemento sólo se puede

medir respecto de la de otros elementos. Por lo general, la electronegatividad
aumenta de izquierda a derecha a través de un periodo de la tabla periódica, y
coincide con la disminución del carácter metálico de los elementos. En cada
grupo, la electronegatividad el carácter metálico.

Los átomos de los elementos con grandes diferencias de electronegatividad

tienden a formar enlaces iónicos.
Los átomos de elementos con electronegatividades parecidas tienden a formar
entre ellos enlaces covalentes polares.

ENLACES QUÍMICOS

Enlace iónico

Los átomos de los elementos con bajas energías de ionización tienden a formar
cationes; en cambio, los que tienen alta afinidad electrónica tienden a formar
aniones. La fuerza electrostática con la que se unen estos iones en un
compuesto iónico se denomina enlace iónico. En este tipo de enlace, se produce
una transferencia de electrones de un átomo a otro.

Enlace covalente

Enlace en el que dos electrones de la capa de valencia son compartidos por dos
átomos. Por tanto, los compuestos covalentes son aquellos que sólo contienen
enlaces covalentes.

Para simplificar, el par de electrones compartidos se representa a menudo como

una sola línea. Los pares libres son pares de electrones de valencia que no
participan en la formación del enlace covalente.

En el enlace covalente, cada electrón del par compartido es atraído por los
núcleos de ambos átomos.

Las estructuras con las que se representan los compuestos covalentes se

conocen como estructuras de Lewis: Representación de un enlace covalente
donde el par de electrones compartidos se indica con líneas o como pares de
puntos entre dos átomos, y los pares libres no compartidos se indican como
pares de puntos en los átomos individuales.

La formación de estas moléculas ilustra la regla del octeto, propuesta por Lewis:
un átomo diferente del hidrógeno tiende a formar enlaces hasta que se rodea de
ocho electrones de valencia.

Existen distintos tipos de enlaces covalentes: sencillos, dobles, múltiples...

Longitud de enlace: Distancia entre el núcleo de dos átomos unidos por un

enlace covalente en una molécula. Los enlaces múltiples son más cortos que los
sencillos.

La atracción de un tipo de átomo en partículas por los electrones de un enlace

covalente se denomina electronegatividad.

• Si un enlace covalente los dos átomos tienen la misma electronegatividad,

los electrones se comparten de manera equitativa: Enlace covalente no
polar.
• Si no se comportan equitativamente: Enlace covalente polar.
Enlace metálico.

Enlace químico que mantiene unidos los átomos de los metales entre sí. Estos
átomos se agrupan de forma muy cercana unos a otros, lo que produce
estructuras muy compactas.

ENLACES QUÍMICOS DÉBILES

La mayoría de los enlaces químicos más fuertes son enlaces covalentes. Pero
existen enlaces más débiles dentro y entre las moléculas, que mantienen las
moléculas biológicas en su forma funcional.

Enlaces de hidrógeno.

Se forma cuando un átomo de hidrógeno unido covalentemente a un átomo

electronegativo.

“Tipo especial de interacción dipolo-dipolo entre el átomo de hidrógeno de un

enlace polar, como N-H, O-H o F-H, y un átomo electronegativo de O, N, F”.

Fuerzas de Van der Waals

Si un ión o una molécula polar se acerca a un átomo (o molécula no polar), la

distribución electrónica del átomo se distorsiona por la fuerza que ejerce el ión o
molécula dando lugar a un dipolo inducido (la separación de sus cargas positiva
y negativa se debe a la proximidad de un ión o molécula polar).

• Interacción-dipolo (entre ión y dipolo inducido)

• Interacción dipolo-dipolo (Entre molécula polar y dipolo inducido).

La probabilidad de inducción depende del ión y del grado de polarización del

átomo o molécula.

Generalmente, un átomo/ molécula tiende a ser polarizable a medida que

aumenta el número de electrones.

Este tipo de interacción produce fuerzas de dispersión (o de Van der Waals),

fuerzas de atracción que se generan por dipolos temporales inducidos en los
átomos o moléculas. Este tipo de dipolos temporales están formándose entre
moléculas en solución continuamente, y no es necesario que las moléculas sean
polares; puede establecerse también en un enlace covalente no polar.

Aunque individualmente son débiles, su efecto acumulativo es reforzar la forma

tridimensional de una gran molécula.

Fuerzas hidrofóbicas.

No presentan naturaleza electroestática. Por lo tanto, se dará entre moléculas y

grupos funcionales no polares. Nova a haber entre ellas ningún tipo de
interacción: la unión se basa únicamente en la imposibilidad que tiene la
molécula hidrofóbica en reaccionar con el agua. La fuerza que mantiene unidas a
las moléculas apolares o hidrofóbicas se basa en la tendencia de expulsar el
agua de su entorno, debido a la repulsión (insolubilidad) con los grupos polares
del agua, formando barreras hidrofóbicas.

CARBONO
La química de los organismos vivos se organiza alrededor del carbono. El
carbono suele formar enlaces simples con átomos de hidrógeno, y tanto enlaces
simples como dobles con los átomos de oxígeno y de nitrógeno. Dos átomos de
carbono pueden compartir también dos o tres pares de electrones, formando
enlaces dobles/triples.

Los cuatro enlaces que puede formar un átomo de carbono se distribuyen desde
el núcleo a los cuatro vértices de un tetraedro con un ángulo de 109’5º entre
ellos. Existe libertad de rotación alrededor de cada enlace simple C-C a no ser
que ambos carbonos estén unidos a grupos muy voluminosos o cargados, en
cuyo caso puede estar restringida. Un enlace doble C-C es más corto y rígido:
sólo permite una rotación muy limitada.

Orbitales híbridos. Tetravalencia del carbono

Para los elementos del segundo periodo de la tabla periódica, los orbitales s y
p de la última capa están tan próximos en su nivel de energía que pueden
interaccionar formando orbitales híbridos que combinan caracteres de ambos
orbitales. Estos orbitales híbridos consiguen que el elemento forme el mayor
número de enlaces posible, mientras que mantiene la mayor distancia entre
ellos para minimizar las fuerzas de repulsión. Los orbitales híbridos del
carbono (𝑠𝑝 , 𝑠𝑝 2 , 𝑠𝑝 3 ) explican la naturaleza de sus enlaces con otras
moléculas (La hibridación 𝑠𝑝 3 permite al carbono estableces cuatro enlaces
covalentes).

Los átomos de carbono enlazados covalentemente pueden formar cadenas

lineares, ramificadas o estructuras circulares. Por tanto, el enlace de carbono
consigo mismo y otros elementos es muy versátil.

Puede considerarse que la mayor parte de las biomoléculas son derivados de los
hidrocarburos, con los átomos de hidrógeno reemplazados de por una amplia
gama de grupos funcionales que confieren propiedades químicas específicas a la
molécula y dan lugar a las diferentes familias de compuestos orgánicos. Los más
comunes son los alcoholes (grupo hidroxilo –OH), las aminas (grupo amino
−𝑁𝐻2 ), los aldehídos y las cetonas (grupos carbonilo =O) y ácidos carboxílicos
(grupo carboxilo -COOH). Muchas biomoléculas son polifuncionales y contienen
dos o más grupos funcionales, con propiedades químicas y reactividad propias.
La química de cada compuesto viene determinada por sus grupos funcionales y
su disposición en el espacio.
COMPUESTOS ORGÁNICOS

El carbono puede construir más compuestos que cualquier elemento: tiene la

capacidad de formar enlaces C-C sencillos, dobles... y unirse entre sí formando
cadenas o estructuras cíclicas.

Química orgánica: Rama que estudia los compuestos del carbono.

Las propiedades distintivas de una molécula orgánica dependen no solo de la

disposición de su esqueleto de carbono, sino también de los componentes
moleculares unidos (grupos funcionales).

La mayor parte de los compuestos orgánicos derivan de un grupo de compuestos

formados sólo por carbono e hidrógenos: hidrocarburos (saturados o
insaturados).

Pero también puede formar compuestos con elementos distintos al carbono y al

hidrógeno (heteroátomos) dando lugar a otros grupos funcionales:

ENLACE SENCILLO ALCOHOLES R-OH

TIOLES R-SH
AMINAS R3N
ENLACE DOBLE CETONA R2C=O
IMINAS R2C=N-R
ENLACE TRIPLE NITRILOS R-N=N

EL AGUA
Es la sustancia más abundante en los sistemas vivos (constituye el 70% del
peso).

INTERACCIONES DÉBILES EN LOS SISTEMAS ACUOSOS

Los enlaces de hidrógeno entre moléculas de agua proporcionan las fuerzas de

cohesión que hacen que el agua sea líquida a temperatura ambiente y sólida
cristalina a temperaturas bajas. Las biomoléculas polares se disuelven fácilmente
en agua porque pueden reemplazar las interacciones agua-agua por
interacciones agua-soluto. Por el contrario, las biomoléculas apolares son muy
pocos solubles en agua porque interfieren en las interacciones agua-agua, pero
son incapaces de formar interacciones agua-soluto (tienden a agruparse entre
sí). Los enlaces iónicos y de hidrógeno, las interacciones hidrofóbicas y de Van
der Waals son individualmente débiles, pero colectivamente tienen influencia
significativa sobre la estructura tridimensional de proteínas, ácidos nucleicos...

Los enlaces de hidrógeno le confieren al agua sus propiedades

extraordinarias.

El agua tiene un punto de fusión, ebullición y un calor de vaporización más

elevado que otros disolventes. Estas propiedades son consecuencia de la
atracción entre moléculas de agua adyacentes, lo que confiere al agua líquida
gran cohesión interna.

Estructura electrónica: Cada átomo de hidrógeno de una molécula de agua

comparte un par electrónico con el átomo de oxígeno. La geometría de esta
molécula está dictada por las formas de los orbitales electrónicos, que describen
aproximadamente un tetraedro (el ángulo de enlace es 104’5° a causa de la
compresión causada por los orbitales no enlazantes del O).

El núcleo del oxígeno atrae electrones más fuertemente que el núcleo de

hidrógeno (es más electronegativo). Luego, los electrones compartidos se sitúan
con mayor frecuencia cerca del oxígeno, dando como resultado la formación de
dipolos eléctricos (el hidrógeno porta carga parcial negativa y el oxígeno carga
parcial negativa igual a la suma de las dos cargas parciales positivas). Por tanto,
existe una atracción electroestática entre el átomo de oxígeno de una molécula
de agua y el hidrogeno de otra llamada enlace de hidrógeno.

El ordenamiento casi tetraédrico de los orbitales permite que cada molécula de

agua forme enlaces de hidrógeno con hasta otras cuatro moléculas de agua.

El agua forma enlaces de hidrógeno con los solutos polares.

Los enlaces de hidrógeno no son exclusivamente del agua, sino que se forman
fácilmente entre un elemento electronegativo y un átomo de hidrógeno unido
covalentemente. Sin embargo, los átomos de hidrógeno unidos a un átomo de
carbono no participan en este tipo de enlaces por ser el carbono ligeramente
más electronegativo (enlace débilmente polar).

Los enlaces de hidrógeno son más fuertes cuando las moléculas unidas están
orientadas de forma que la interacción electroestática sea máxima (estén en
línea recta).

El agua interacciona electroestáticamente son los solutos cargados.

El agua es un disolvente polar. Disuelve fácilmente la mayoría de las

biomoléculas. Los compuestos que se disuelven bien en agua son hidrofílicos.
Por el contrario, los disolventes apolares son malos disolventes de biomoléculas
polares, pero no así de las hidrofóbicas.

El agua disuelve sales y biomoléculas cargadas debilitando las interacciones

electroestáticas entre los iones y reemplazando los enlaces de hidrógeno soluto-
soluto de las biomoléculas por enlaces de hidrógeno soluto-agua.

La entropía aumenta cuando se disuelve una sustancia cristalina (por lo

que es fácil la disolución de sales en agua)

Los gases apolares son poco solubles en agua

El movimiento de moléculas apolares desde la fase gaseosa desordenada a la
fase acuosa restringe su movimiento y el de las moléculas del agua y, por tanto,
desciende la entropía.

Los compuestos apolares fuerzan cambios energéticamente desfavorables en la

estructura del agua.

Los compuestos apolares son incapaces de experimentar interacciones

energéticamente favorables con las moléculas de agua. De hecho, interfieren en
la formación de puentes de hidrógeno entre moléculas de agua. Para romper
estos enlaces, sería necesario adquirir energía del entorno.

Los compuestos anfipáticos contienen regiones que son polares y regiones

apolares. Cuando se mezcla uno de ellos con agua, la región hidrofílica polar
interacciona favorablemente con el agua y se disuelve, mientras que la región
hidrofóbica apolar evita el contacto con agua (se agrupan para presentar menor
área hidrofóbica) --> Efecto hidrofóbico.

Las fuerzas que mantienen juntas las regiones apolares se denominan

interacciones hidrofóbicas.

Las interacciones de Van der Waals son atracciones interatómicas

débiles.

Cuando dos átomos no cargados se encuentran muy cerca, las nubes

electrónicas que los rodean se influyen mutuamente. Variaciones al azar en las
posiciones de los electrones alrededor de un núcleo pueden crear un dipolo
eléctrico transitorio en el átomo cercano. Los dos dipolos se atraen débilmente
con lo que los núcleos se acercan más (interacciones de Van der Waals).

Las interacciones débiles son cruciales para la estructura y función de

las macromoléculas.

Las interacciones no covalentes son mucho más débiles que los enlaces
covalentes. Pero el efecto acumulativo de muchas interacciones de este tipo
puede ser significativo.

Los solutos afectan a las propiedades coligativas de las disoluciones

acuosas.

Los solutos de cualquier tipo alteran ciertas propiedades físicas del agua
disolvente: presión de vapor, punto de ebullición y fusión y presión osmótica.
Éstas se denominan propiedades coligativas. El efecto de la concentración de
soluto sobre ellas depende únicamente del número de partículas de soluto en
cierta cantidad de agua.

Las moléculas de agua tienden a trasladarse desde una región de elevada

concentración a otra de concentración inferior. De acuerdo con la tendencia
natural al desorden. Cuando dos disoluciones acuosas diferentes están
separadas por una membrana semipermeable, las moléculas de agua que
difunden a la región de alta concentración de agua hacia la de menor
concentración producen presión osmótica. Este proceso se denomina ósmosis.

• Disolución isotónica: misma osmolaridad.

• Disolución hipertónica: mayor osmolaridad.
• Disolución hipotónica: menor osmolaridad.

IONIZACIÓN DEL AGUA, ÁCIDOS DÉBILES Y BASES DÉBILES.

Para algunas propiedades del agua ha de tenerse en cuenta el grado de

ionización del agua. Cuando se disuelven ácidos débiles en agua, su ionización
aporta 𝐻+ ; las bases consumen 𝐻 + al protonarse. La concentración total del ión
hidrógeno se puede medir experimentalmente y se expresa como el pH de la
disolución.

El agua pura está ligeramente ionizada.

Las moléculas de agua tienen una ligera tendencia a ionizarse reversiblemente

dando un ión hidrógeno y un ion hidroxilo, dando el equilibrio.

Los protones libres no existen en disolución. Por eso, los iones hidrógeno son
inmediatamente hidratados a iones hidronio. La formación de enlaces de
hidrógeno entre las moléculas de agua hace que la hidratación de los protones
disociados sea virtualmente instantánea.

El agua puede conducir la electricidad al migrar el ion hidronio hacia el cátodo y

el ion hidroxilo hacia el ánodo, siendo este movimiento extremadamente rápido.
Como resultado de esta elevada movilidad, las reacciones ácido-base son
rápidas.

La ionización reversible es importante para el papel del agua en la función

celular. Luego el grado de ionización del agua se debe expresar en término
cuantitativos.

La posición de equilibrio de cualquier reacción química viene dada por su

constante de equilibrio 𝐾𝑒𝑞 :

A+B↔ C+D
[𝐶] 𝑒𝑞 [𝐷]𝑒𝑞
𝐾𝑒𝑞 [𝐴]𝑒𝑞 [𝐵]𝑒𝑞

En agua pura a 25°C, la concentración del agua es de 55’5M. De acuerdo con

ello, podemos sustituir el denominador:
[𝐻 +][𝑂𝐻 − ] [𝐻 +][𝑂𝐻 − ]
𝐾𝑒𝑞 = [𝐻2 𝑂]
= [55′5𝑀]

Reordenando:
 (55′ 5𝑀)(𝐾𝑒𝑞 ) = [𝐻+ ][𝑂𝐻 − ] = 𝐾𝑤 =1′ 0 ⋅ 10−14 𝑀2

Donde 𝐾𝑤 es el producto iónico del agua.

El producto [𝐻 + ][𝑂𝐻 − ]en disoluciones acuosas a 25 °C es siempre 1′ 0 ⋅ 10−14 𝑀2

La escala de pH representa las concentraciones de 𝐻+ 𝑦 𝑂𝐻 −

El producto iónico del agua es la base de la escala de pH y constituye una

manera de designar la concentración de 𝐻+ . El término pH se define:
1
𝑝𝐻 = log = − log[𝐻+ ]
[𝐻+ ]

• Si pH = 7, disolución neutra.
• Si pH < 7, disolución ácida
• Si pH > 7, disolución básica