TEMA 3

¿Qué es la replicación?

La replicación es uno de los tres procesos del llamado DOGMA CENTRAL DE LA BIOLOGÍA
MOLECULAR. El dogma central de la biología molecular explica de forma resumida como la
información genética fluye desde el DNA hasta las proteínas. La replicación es el proceso por el
cual a partir de una molécula de ADN se originan dos moléculas idénticas entre sí y a la original.
Esto permite el paso de la información genética a la descendencia. Es un proceso universal y
fundamental que ocurre igualmente y solo con ligeras diferencias desde la bacteria más simple
hasta los humanos. Como se vara más adelante a veces no se replica todo el ADN celular sino sólo
una pequeña parte de él, porque la replicación también interviene en los procesos de la
recombinación y la reparación del ADN.

La replicación de todo el ADN celular solo se realiza antes de la división celular para que cada
célula hija contenga la misma dotación cromosómica y genética que la célula madre. Uno de los
conceptos más importantes sobre la replicación del ADN es que es siempre semiconservativa,
esto significa que: cada una de las dos cadenas (las cadenas también se denominan hebras de
ADN) de ADN progenitoras actúa como molde para la síntesis de una cadena nueva o hija, de
manera que en cada una de las dos nuevas moléculas de ADN una de las dos cadenas es antigua
(pertenecía a la progenitora o madre) y otra es de nueva síntesis.

Características de la replicación

La síntesis de ADN tiene ciertas pequeñas diferencias entre organismos procariotas (sin núcleo,
como las bacterias) y los eucariotas (con núcleo, como los humanos). Pero las características
básicas son iguales en ambos organismos, estas se pueden resumir en cuatro, la replicación es:
semiconservativa, simultánea, secuencial y bidireccional.

-1- Semiconservativa: es la más importante, cada una de las nuevas moléculas de ADN hijas
conservan una cadena del ADN progenitor y tiene otra cadena de nueva síntesis.

-2- Simultánea: se sintetizan las dos nuevas cadenas a la vez. Es decir, la síntesis comienza en
puntos concretos de la molécula de ADN (llamados orígenes de replicación), donde se abre la
doble hélice y comienza de forma coordinada la síntesis de dos nuevas cadenas utilizándose cada
una de las cadenas originales como molde.

-3- Secuencial: las dos cadenas nuevas hijas se van alargando continuamente por adición
progresiva (de uno en uno) de nucleótidos.

-4- Bidireccional: Una vez que comienza la síntesis en un origen de replicación, la síntesis de las
nuevas cadenas de ADN avanza en ambas direcciones.

-5-Asimetrica: Una de las cadenas se sintetiza de forma continua (cadena continua o conductora)
y la otra de forma discontinua (cadena discontinua o retardada) a través de pequeños fragmentos
llamados de Okazaki.

La horquilla de replicación

Saber lo que es la horquilla de replicación es fundamental para seguir avanzando en la

comprensión del mecanismo de la replicación. La horquilla de replicación es la estructura que se
forma en el sitio donde se está sintetizando las nuevas cadenas de ADN. Por lo tanto está
constituida por el ADN progenitor y el ADN recién sintetizado (más las enzimas que llevan a cabo
el proceso de la síntesis, que por simplicidad generalmente no se suelen mostrar). Por lo tanto, la
horquilla es una estructura dinámica (no tiene un punto fijo) que avanza o se desplaza a medida
que progresa la síntesis del nuevo ADN. Es decir, es el punto exacto en el que está teniendo lugar
en un momento determinado la síntesis del nuevo ADN. Más adelante se verán cada uno de los
componentes principales de esta horquilla de replicación y como las enzimas que catalizan la
replicación del ADN ejercen su papel en esta horquilla.

Componentes fundamentales en toda reacción de síntesis de ADN

Estos son los componentes fundamentales en toda reacción de síntesis de ADN:

-ADN molde o platilla: Son cada una de las dos cadenas del ADN original. Va a Determinar el orden
que siguen los nucleótidos que se van a ir incorporando al ADN de nueva síntesis, por eso se
denominan que son la plantilla o el molde del ADN. El orden de los nucleótidos en el ADN de
nueva síntesis viene determinado por la complementariedad de bases del ADN (A con T y C con
G).

-Enzima: La ADN polimerasa (se verá que hay varios tipos). Es la proteína que cataliza la unión de
cada uno de los nucleótidos a la nueva cadena de ADN utilizando la hebra original como molde.

-Cebador: Este concepto es muy importante comprenderlo. La síntesis de ADN no puede

comenzar con sólo una hebra sencilla de molde, sino que se requiere un pequeño fragmento
inicial de varios nucleótidos para que forme junto a la hebra madre una doble hebra. Esto es
porque las ADN polimerasas no pueden añadir por sigo mismas el primer nucleótido, sino que
necesitan que los primeros nucleótidos hayan sido ya previamente añadidos. Esto se consigue
mediante un cebador que es un oligonucleótido (unos pocos nucleótidos unidos) de ARN
(curiosamente no es ADN) que debe ser complementario al principio de la hebra molde de ADN.
La función del cebador es aportar un nucleotido con el extremo 3’-OH libre que es el que necesita
la ADN polimerasa para unir el siguiente nucleótido (se verá adelante este mecanismo con
detalle).

-Sustratos: Son los cuatro desoxinucleótidos trifosfatos que constituyen cualquier molécula de
ADN (dATP, dGTP, dCTP y dTTP).

-Cofactores: Son los metales que necesitan para su correcto funcionamiento las ADN polimerasas
como el ión manganeso o el ión magnesio.

Mecanismo y dirección de síntesis de las ADN polimerasas (5´ 3´)

Vamos a ver como la enzima ADN polimerasa cataliza la reacción de síntesis de ADN. Por
simplicidad en la figura se representa solo una de las dos cadenas de cualquier ADN llamada
hebra molde. Las ADN polimerasas son enzimas que cataliza la síntesis de la nueva cadena de
ADN en presencia de: la molécula de ADN molde, los desoxinucleótidos trifosfato, el cebador y
los cofactores. Esta enzima cataliza la unión de los desoxinucleótidos trifosfato que son
abundantes en el fluido del núcleo celular. Estos desoxinucleótidos trifosfato se desplazan hacia la
parte desenrollada de la molécula de ADN y se colocan por complementariedad enfrente de la
base que les corresponde (A=T y CΞG) de la cadena que actúa como molde, y una vez que están
en el sitio adecuado se unen entre sí por acción de la ADN polimerasa. La adición de dos unidades
nucleotídicas consecutivas tiene lugar mediante la unión del grupo hidroxilo del carbono 3´ del
nucleótido presente en el extremo del cebador (en la figura es la U) con el grupo fosfato del
extremo 5´del nucleotido entrante (en la figura es la A, porque en la cadena molde esta la T). El
mecanismo por el que se produce esta unión es un ataque nucleofílico del grupo 3´-OH del último
nucleotido del cebador al 5´-trifosfato del nucleótido entrante, eliminándose un pirofosfato (PPi)
y formándose un enlace fosfodiéster entre el fosfato α del desoxinucleótido que se incorpora y el
3’-OH libre de la cadena en crecimiento. Se observa como el nucleótido que se acaba de
incorporarse ahora tiene su grupo 3’-OH libre, por eso se dice que la dirección de síntesis del ADN
es siempre en el el sentido 5´ 3´. Es decir, las ADN polimerasas leen la hebra molde en el
sentido 3´ 5´y sintetiza la nueva hebra en el sentido 5´3´. La adicción de los siguientes
desoxinucleótidos trifosfatos ocurre de la misma manera y tras muchas reacciones similares
sucesivas, el producto es la nueva hebra de ADN. La ruptura del enlace fosfoanhídrido (α-β) del
desoxinucleótidos trifosfato que se incorporan proporciona la energía necesaria para impulsar la
reacción, ayudada por la subsiguiente hidrólisis del PPi a 2 Pi catalizada por la enzima
pirofosfatasa (enzima externa que ayuda).

¿Qué significa que la dirección de síntesis del DNA es en sentido o dirección 5´→ 3´?

Este concepto es muy importante y fundamental en este tema, por eso hay que tenerlo bien
claro. Si recordamos, en cualquier nucleotido para diferenciar los átomos del azúcar de los de la
base nitrogenada, los del azúcar se nombran con el número más el símbolo prima. Como la
adición de nucleótidos se realiza siempre a partir del extremo 5’-trifosfatos del desoxinucleótido
trifosfato (dNTP) entrante que se une al extremo 3’-OH libre de la cadena que se está
sintetizando, el nucleótido entrante una vez unido deja libre su propio extremo 3´-OH, por eso la
nueva hebra crece hacia su extremo 3’-OH, lo que se representa diciendo que la síntesis
transcurre en dirección 5’3’.

¿Qué es la asimetría de la replicación en ambas hebras?

En toda molécula de ADN la dirección de sus dos cadenas es antiparalela (una en dirección 5’3’
y otra en dirección 3’5’). Cada una de estas dos cadenas se tiene que copiar durante la
replicación de forma simultánea. Para que el ADN progenitor se copie, primero se tienen que
separar sus dos cadenas, formándose la llamada horquilla de replicación. Cuando las dos hebras
de ADN progenitor están abiertas (teniendo en cuenta la dirección en la que se mueve la
horquilla) una queda en dirección 5’3’ y otra en dirección 3’5’. Sin embargo las ADN
polimerasas solo sintetizan ADN en la dirección 5’3’. Esto representa un problema para una de
las hebras molde. Para copiar la cadena de ADN progenitora que va en dirección 3’5’, la ADN
polimerasa no tiene problema, y esta cadena progenitora puede servir de molde para la síntesis
de una nueva cadena hija que irá dirección 5’3’ (denominada cadena continua). Como se
observa, esta cadena se sintetiza en la misma dirección en la que se va abriendo la horquilla de
replicación, lo cual tiene sentido ya que el nuevo ADN se debe de ir sintetizando en esta misma
dirección.
Por el contrario, la otra hebra de molde ADN progenitora se queda en dirección 5’3’. Se ha
podido comprobar experimentalmente que la replicación de esta cadena transcurre de forma
discontinua a partir de unos pequeños fragmentos llamados fragmentos de Okazaki (por eso esta
cadena se denomina cadena discontinua). Pero como se observa la dirección de estos pequeños
fragmentos de okazaki es contraria a la dirección en la que se va moviendo la horquilla de
replicación. Es decir, el proceso de replicación ocurre por dos mecanismos distintos (de forma
asimétrica) en cada una de las cadenas. Estos dos mecanismos tan distintos en cada una de las
cadenas implicaría la presencia de dos moléculas de ADN polimerasa en cada proceso de
replicación, una para cada cadena, pero se ha podido comprobar experimentalmente que solo
hay una. El proceso por el cual una única molécula de ADN polimerasa es capaz de realizar estos
dos tipos de mecanismos tan distintos y de forma coordinada se verá más adelante. Se verá en
detalle más adelante como este problema se soluciona mediante la formación de una serie de
bucles, solo en la cadena discontinua, que cambian la dirección de avance de cada uno de estos
pequeños fragmentos de okazaki y los coloca en la misma dirección en la que se va abriendo la
horquilla. Lo cual es fundamental para que una única molécula de ADN polimerasa realice la
síntesis de ambas hebras parentales de forma coordinada.

¿Qué son los fragmentos de Okazaki?

Son moléculas de ADN (en su mayoría) de pequeño tamaño, recién sintetizadas en la cadena
discontinua y que llevan cada uno de ellos al principio también un pequeño cebador de ARN.

¿Qué es el cebador de la DNA polimerasa?

Para que se inicie la replicación y por tanto comience a actuar la ADN polimerasa, esta necesita de
un cebador que aporte el primer grupo 3’-OH libre. Son pequeños segmentos de ARN que deben
de ser complementarios al principio de la hebra molde de ADN, los cuales son utilizados por la
ADN polimerasa para iniciar la síntesis de ADN.

La Actividad correctora de prueba de las ADN polimerasas

La mayoría de las ADN polimerasas y las 3 de procariotas, además de su actividad polimerasa

poseen otra actividad totalmente distintiva, la llamada actividad 3’-exonucleasa. A través de la
actividad 3’-exonucleasa (exo, quitar), las ADN polimerasa revisan si el nucleotido que acaban de
incorporar a la nueva cadena por su actividad polimerasa es correcto o ha sido un error. Y en el
caso de que se haya equivocado al introducirlo, éste no se une a su complementario y lo retira y
se inserta el correcto. En la figura se ve como la actividad polimerasa a cometido un error y en
lugar de T ha introducido una C. Entonces el centro activo exonucleasa de la ADN polimerasa
entra en funcionamiento y elimina el nucleotido mal incorporado, y después la ADN polimerasa
introduce la correcta T. Esto es muy importante porque si no se fuera corregido se hubiera
creado una mutación. Por eso las ADN polimerasa se dicen que posen una alfa fidelidad y
cometen un error solo cada 109- 1010 nucleótidos introducidos.

Diferencias en la velocidad de la replicación en procariota & eucariota

Como modelo de organismo procariota utilizamos la bacteria E. coli y de eucariota una célula
humana. La diferencia más notable entre ambos tipos de células es la presencia de ~1000 veces
más ADN en las células humanas. Además, la velocidad de replicación es mucho más alta en E.
coli, aproximadamente 10 veces más. Esto hace que en bacterias con un único origen de
replicación sea suficiente para copiar todo su ADN en 0.17 horas. Si las células humanas solo
tuvieran como en bacterias un único origen de replicación se tardaría miles de horas en copiarse
todo el ADN de una célula humana, lo cual no sería funcional. Para solucionar esto las células
humanas necesitan de miles de orígenes de replicación para poder copiar todo su ADN solo en 8
horas.

Características estructurales del las ADN polimerasas

Los 8 tipos de ADN polimerasas que estamos estudiado varían no solo enzimáticamente sino
también estructuralmente en su tamaño y en el número de subunidades que las componen.
Como modelo de su estructura vamos a estudiar la bacteriana ADN polimerasa III. Esta es una
proteína dimérica (sus subunidades están repetidas en dos bloque llamados monómeros) de 22
subunidades (11 más 11). El que sea dimérica es muy importante ya que una mitad (un
monómero) se encarga de replicar una de las cadenas de ADN parental y el otro monómero la
otra cadena de ADN. La subunidad α se denomina núcleo y es donde se realiza la incorporación de
los nucleótidos (la actividad polimerizante). Las subunidades  y  poseen la actividad correctora
de pruebas (3´-exonucleasa), la subunidad τ une entre sí dos subunidades nucleó α. La subunidad
 es muy importante, llamada también abrazadera del DNA, permite una alta procesividad
(consigue que la ADN polimerasa se quede unida sin soltarse a la molécula de ADN que está
copiando). El resto de las subunidades llamadas ´ forman el complejo de carga de la
abrazadera del ADN, como se verá hace que la abrazadera del ADN en la cadena discontinua se
suelte y se una durante la síntesis de cada uno de los fragmentos de Okazaki.

¿Qué es y qué función tiene la abrazadera de la ADN polimerasa?

La molécula de ADN polimerasa debe de ser móvil porque se tiene que desplazar a lo largo del
ADN que está copiando. La ADN polimerasa se mantiene unida al ADN gracias a la abrazadera
deslizante (sino se soltaría rápidamente y sintetizarían solo fragmentos pequeños de ADN, y seria
de baja procesividad). En las bacterias la abrazadera se denomina como hemos visto subunidad β
de la ADN polimerasa III y en eucariotas se denomina PCNA. Tanto en procariotas como en
eucariotas la estructura de esta proteína es muy similar formando un círculo hueco por el centro
del cual entra en ADN que se va a copiar, evitando de esta manera que la ADN polimerasa de
suelte del ADN antes de acabar de copiarlo.

La fase de inicio de la replicación

Una vez que hemos visto el concepto y las características de las ADN polimerasas, vamos a ver el
proceso de la replicación en el cual esta proteína tiene un papel clave. Este proceso se divide en 3
etapas: la iniciación, la elongación y la terminación. Las etapas del proceso de la replicación son
muy parecidas en todos los organismos. Vamos a utilizar como modelo la replicación en las
bacterias y donde aparezcan diferencias importantes con los organismos eucarióticos se
indicaran.

Esta fase consiste básicamente en la unión de una serie de proteínas, en el llamado origen de
replicación, que preparan el ADN para el proceso de síntesis. Se denomina con las siglas OriC al
punto de origen de replicación único de procariotas. En E. coli está constituido por una secuencia
de 245 pares de nucleótidos, formadas por una serie de pequeñas repeticiones de ADN donde se
unen las proteínas que inician la síntesis del DNA. Consta de 4 repeticiones de 9 pares de bases y
3 repeticiones de 13 pares de bases. Las proteínas que inician la síntesis son:

- HU: Proteínas de tipo histonas, curvan el ADN y estimulan la iniciación

- Proteína DnaA: Reconocen la secuencia origen OriC, se unen a ella y empieza a abrir la doble
hebra de ADN, utilizando la energía que se libera en la hidrólisis del ATP

-DnaB: Es una helicasa (desenrolla el ADN, elimina las hélices del ADN), ayudada por la DnaC.
Utilizando la energía que se libera en la hidrólisis del ATP

-Proteínas (SSB): proteínas de unión a las hebras simples (las hebras que quedan al eliminarse las
dobles hélices), impiden que se vuelvan a unir las dos hebras en una nueva hélice.

- Primasa: sintetiza el fragmento pequeño de cebador que necesita cualquier ADN polimerasa
bacteriana.

- Y una Girasa o topoisomerasa (elimina el superenrollamiento que se produce al quitar la helicasa

la doble hélice del ADN).
En resumen en esta fase se consigue eliminar la doble hélice del ADN original dejando sus dos
cadenas de forma lineales y ya preparadas para que se pueda entrar la ADN polimerasa en la
siguiente fase. En definitiva se forma la horquilla de replicación.

La fase de elongación de la replicación

Si recordamos el proceso de replicación ocurre por dos mecanismos distintos en cada una de las
cadenas del ADN (es decir es asimétrico). Sin embargo, las reacciones en la horquilla están
coordinadas por una única molécula de enzima ADN polimerasa (que es dimérica). En esta fase se
une una única molécula de ADN polimerasa a la horquilla y comienza a copiar ambas cadenas de
ADN originales. La cadena parental que va en dirección 3’5’, servirá de molde para síntesis de la
nueva cadena en dirección 5’3’ (cadena continua), esto se realiza por uno de los dos
monómeros de la ADN polimerasa. La otra hebra de ADN parental se copia en pequeños
fragmentos que van también en dirección 5’3’ llamados fragmentos de Okazaki (cadena
discontinua), esto se realiza por el otro de los monómeros de la ADN polimerasa. Estos pequeños
fragmentos van en dirección opuesta a los de la otra hebra continua. Para que la síntesis de estos
fragmentos vaya en la misma dirección a los de la hebra continua en realidad la hebra
discontinua forma una serie de bucles con cada uno de estos fragmentos, para que la síntesis
progrese uniformemente en ambos moldes y en la dirección en la que se abre la horquilla. Estos
bucles orientan la dirección de síntesis de la hebra discontinua con el de la hebra continua y por
tanto con el del avance de la horquilla. La figura siguiente muestra algo más de detalle. Y se ve
como una helicasa acompaña siempre delante de la ADN polimerasa a la horquilla abriendo la
doble hélice de ADN. También la primasa acompaña al proceso sintetizando los cebadores, uno
en la cadena continua y uno para cada uno de los fragmentos de okazaki en la discontinua.

Los fragmentos de okazaki una vez formados se tienen que unir entre sí para dar continuidad a la
molécula de ADN. Este proceso se realiza en procariotas por dos enzimas la ADN polimerasa I y la
ADN ligasa. La ADN polimerasa I, como se explico antes, posee actividad 5´-exonucleasa que se
utiliza para eliminar los nucleótidos de ARN del cebador del principio de cada fragmento de
Okazaki y una vez eliminados, si hay un extremo 3´-OH libre en un nucleotido adyacente al
eliminado, introduce un nuevo desoxinucleótido, es decir reemplaza los fragmentos del cebador
de ARN por ADN. La ADN ligasa forma un enlace fosfodiester entre el principio de un fragmento
de okazaki (que aporta el extremo 3´-OH libre) y el final del otro (que aporta el extremo 5´-
fosfato), uniéndose definitivamente dos fragmentos de okazaki entre sí.

La fase de terminación de la replicación

En el ADN de los organismos procarioticos como su único cromosoma es circular la fase de

terminación no tiene ningún problema. Sin embargo en los organismos eucarióticos al ser los
cromosomas lineales se presenta la siguiente peculiaridad. La ADN polimerasa a través de su
actividad exonucleasa 5´ es capaz de eliminar en la cadena discontinua todos los fragmentos de
ARN de los cebadores y reemplazarlos por ADN en todos los fragmentos de Okazaki menos del
primero. Debido a que necesita un extremo adyacente que aporte el 3´-OH para insertar hay un
nuevo nucleotido (y el primero de los fragmento de Okazaki no posee ningún otro adyacente). Por
lo que en este primer fragmento de la cadena discontinua no se puede reemplazar el ARN del
cebador por ADN. Lo mismo pasa en la cadena continua, el ARN cebador no se puede reemplazar
por ADN. Esto crearía un grave problema porque las moléculas de ADN hijas serían un poco más
corta por los extremos que las parentales. Y se seguirían acortando en cada ciclo de división
celular. Esto se soluciona gracias a los telómeros y a la enzima telomerasa.
¿Qué son y qué función tienen los telómeros?

Son regiones de ADN situadas en los extremos de los cromosomas lineales de los eucariotas, a las
que se unen ciertas proteínas. Su función básica es asegurar la replicación completa de los
extremos de los cromosomas. También permiten diferenciar entre extremos naturales y rotos, y
mantienen la integridad estructural del cromosoma disminuyendo la posibilidad de
recombinación y degradación. Consta de repeticiones (centenares o miles) en tanden de un
oligonucleótido corto, en humanos el TTAGGG, con el extremo 3´ Saliente de 12 a 16 nucleótidos.

¿Qué proteína es crítica en la terminación de la replicación en eucariotas?

La telomerasa, que replica los extremos de los cromosomas llamados telómeros

¿Qué es la telomerasa y como es su actividad?

Es una ribonucleoproteína (contiene ARN) que difieren de todas las otras polimerasas en que
utilizan un molde interno (el ARN) en lugar de uno externo; su función es la replicación de los
telómeros. El molde interno de ARN de las telomerasa es complementario al extremo saliente
3´de los telómeros, lo que utiliza para unirse por complementariedad de bases al extremo del
telómero, es la llamada en la figura fase A1 de colocación de la telomerasa. Una vez unida, en la
siguiente fase llamada primera elongación A2, inserta nucleótidos al extremo 3´saliente del
telómero que son complementarios a su propio ARN molde (alargado el telómero). La siguiente
fase A3 es la translocación, la telomerasa se desliza sobre el saliente 3´previamente elongado.
Estas tres fases se repiten sucesivas veces, y en cada una de ellas se alarga un poco más las
repeticiones del telómero. Con esto se consigue alargar los extremos de los cromosomas que sino
se acortarían en cada ciclo de división celular.

¿Qué relación tienen la longitud de los telómeros con la senescencia y el cáncer?

Las células somáticas (no germinales) prácticamente no tiene actividad telomerasa (Ter-).
Mientras que si está muy presente en las células de la línea germinal, tejidos fetales, células
madre, células poco diferenciadas (Ter+). Las células somáticas, como son Ter- a medida que las
células se van dividiendo sufren un proceso de acortamiento de los telómeros, como son
secuencias repetidas y no codificantes inicialmente no hay ningún problema, pero cuando las
repeticiones se agotan afecta a las regiones codificantes del ADN, la función celular se ve
perjudicada y la célula acaba entrado en senescencia (envejecimiento) y la final en crisis y muerte
celular. Es como un reloj biológico controla la proliferación correcta en los tejidos. Las células
madres o germinales tienen muy alta la actividad telomerasa (Ter+) y por eso se pueden dividir de
forma indefinida, porque sus cromosomas nunca se acortan. Sin embargo si en algún momento se
produce una mutación en una célula somática que produzca que pase a tener una actividad
telomerasa alta (Ter+), esta célula se convierte en una célula tumoral o cancerosa porque va a
tener una proliferación indefinida. Por eso la telomerasa es una diana terapéutica contra el
cáncer, ya que si se inhibe o se bloquea las células tumorales dejaran de dividirse
indefinidamente.