T13: MITOCONDRIA
MITOCONDRIA
A través de la respiración liberan energia
oxidando compuestos reducidos y esa
energia que se libera, que anteriormente
se había depositado es ahora u;lizada
para sinte;zar ATP y diferencial de
potencial de transmembrana y En otros casos hay rxn tales que consumen H+ y rxn que
concentración de P+.
Flujos acoplados para destacar la
importancia de los potenciales eléctricos
de transmembrana e introducir problema
de motores brownianos o moleculares.
PROCESO QUE OCURRE EN LA
MITOCONDRIA
La mitocondria ;ene 2 sistemas de
membranas, una externa cuya
composición y propiedades es parecida a
la membrana plasmá;ca celular (hablando
de un eucarionte) y una membrana
interna con grandes invaginaciones de
manera que aumenta muchísimo su
superficie, y estos 2 sistemas de
membrana delimitan un espacio
intermembrana y una matriz mitocondrial
que es todo lo que esta dentro de la
membrana interna de la mitocondria.
La membrana interna de la mitocondria
;ene caracterís;cas muy diferentes a la
membrana externa, porque ;ene un
contenido de proteínas mucho mas alto y
además intrínsecamente es muy
impermeable a pequeños iones
par;cularmente a protones, los cuales
atraviesan la membrana interna de
mitocondria pero intrínsecamente es muy
impermeable a ellos.
En la matriz mitocondrial están todas las
enzimas del ciclo de Krebs.
PANORAMA EN LOS AÑOS 1940-1950: COMO SE TRANLOCAN LOS H+ ACOPLADO AL
TRANSITO DE E-?
Hay varios mecanismos según cual sea el componente,
algunos son solo cambios conformacionales inducidos que
ocurren como consecuencia de la translocación de e- y que
toman un H+ de un lado y lo pasan para el otro.
Componentes de cadena
respiratoria, son proteínas
principalmente integrales liberan H+, eso esta organizado de tal manera en la
de membrana membrana que los si;os que consumen H+ están mirando
para el espacio de la matriz, por lo tanto alcalinizan y los que
Esta es realmente la secuencia liberan H+ están mirando hacia el lado del espacio
intermembrana de manera que lo acidifican.
Pasan los protones ya sea por diferencia de concentración o
Mirar los potenciales estándar no me dice cual es realmente la secuencia, ya que, como ya sabemos potencial.
lo que me dice para que lado va una rxn es el ∆𝐺, no puedo predecir para que lado va la reacción
solo con el ∆𝐺°
Cómo se u?liza la energía liberada en la cadena redox para sinte?zar ATP y conducir otros
procesos celulares?
Dif de potencial electroquímico de los protones
La mitocondria bombea protones a través “para dis;nguir si una celula esta viva o no uno ;ene
de la membrana para generar un gradiente que buscar si hay potenciales de transmembrana, si
de concentración de cargas con un hay gradiente de concentración de p+, porque esos
tremendo poder, el cual es tomado por una gradientes en el caso que vemos hoy se usan para
parPcula elemental de la vida, la ATPasa, sinte;zar ATP, pero en realidad se usan para muchas
para generar energia en forma de ATP. cosas mas”
RESUMIENDO
A. En la membrana interna de la mitocondria esta la cadena respiratoria con
todos sus componentes, esta toma e- del sustrato reducido NADH, cede esos
e- en forma de cascada de componente a componente hasta que finalmente
se los entrega al oxigeno para terminar con NADH oxidado y H2O. Cuando
esto ocurre, simultáneamente se translocan protones desde la matriz
mitocondrial hacia el espacio intermembrana cuando ese gradiente de
protones es disipado a través de la ATPasa, esa energia se utiliza para
FUERZA PROTON MOTRIZ
generar ATP a partir de ADP y Pi (fosfato inorgánico.)
B. En la fotosíntesis ocurre algo similar, nada mas que el gradiente de protones Energia involucrada para translocar 1 mol
se genera como consecuencia de absorber energia radiante del sol, hay de protones cuando la dif de potencial
cambios conformacionales en proteínas que están insertas en la membrana entre ambos compar5mientos 5ene un
del cloroplasto y como consecuencia de estos cambios se translocan valor de 224mV
protones. Una vez que se genero la diferencia de concentración de H+ y
gradientes de H+, de ahí en adelante ocurre lo mismo que en A
Algunos experimentos que demuestran esta teoría protón motriz: ATPasa como motor molecular Tenemos el rotor donde
- suspensión anaeróbica de mitocondrias (sin ATP presente) están los si;os de unión 2. hasta
a protones, aquí ocurre
- Pulso de O2 y NADH2 : el medio (externo) se acidifica
una rotación browniana
- si u;lizo vesículas “inside out” el medio se alcaliniza
en donde hay una
- Pulso de ATP en vesículas Cuando se oxida NADH hay difusión, es decir, se
1. desde
“inside out”: se observa efectivamente translocación pega sal;tos aleatorios
hidrólisis de ATP y alcalinización de p+ hacia la derecha e
del medio. Componentes que izquierda.
estaban mirando hacia la
Si aquí damos un salBto hacia la derecha y en este espacio teníamos unido
matriz mitocondrial quedan
- Imposición externa de un un protón debido al espacio intermembrana que ;ene concentración de
ahora mirando para el espacio
gradiente de H+ : se observa protones alta debido a que no se genero la cadena respiratoria. Entonces
intermembranoso. “damos
síntesis de ATP este si;o ;ene carga neta cero, cuando esta vacío de H+, lo mas probable es
vuelta” la matriz.
- Desacoplante: DNF que halla una gran carga nega;va esperando por ese protón, cuando el
Stator: es un dominio solidario que esta quieto y esta protón ;tula esa carga nega;va, esto vuelve a quedar con carga neta cero.
Sin mediar la cadena respiratoria, si tomo una vesícula inside out y le compuesto por 3 heterodimeros, 𝛼, 𝛽, 𝛿. Un sal;to a la derecha no ;ene penalidad termodinámica ya que estoy
proveo una gran can;dad de ATP, esta en vez de sinte;zarlo, lo puede Entre cada estructura que se encuentra entre el me;endo el si;o de carga ned=0 en el seno de la membrana lipidica donde la
hidrolizar viendo que se alcaliniza en el medio externo, ahora la hidrolisis stator y el rotor existe un canal hidrofilico que cte dieléctrica es muy baja, donde todo es hidrofóbico.
de ATP hizo rever;r la transición de H+ y los puedo translocar para el otro permite comunicar la zona del medio de la Cuando ocurre este sal;to a la derecha, lo que estaba protonado se enfrenta
lado membrana lipidica de estos si;os para protones que a través del canal hidrofilico a una matriz mitocondrial donde la
están en el medio de la membrana con los medios concentración de H+ es baja y lo mas probable es que lo libere
DESACOPLANTES = DNF SISTEMA ABIERTO, DISIPATIVO, FLUJOS espontáneamente.
acuosos.
ACOPLADOS Rotor: en cada una de las subunidades hay un si;o En un salBto hacia la izquierda es importante la asimetría intrínseca que
El dinitrofenol (DNFH), un
σ : velocidad de producción de de unión a protones. ;ene nuestro sistema, si esto rota a la izquierda lo que tengo acá es un si;o
compuesto ligeramente desprotonado, porque esto había perdido un H+ cuando fue liberado a la
entropía por procesos irreversibles Entre 𝛼 𝑦 𝛽 forman el si;o ac;vo de la enzima.
acido, esta disociado lejos
abierta matriz mitocondrial, entonces lo que estoy haciendo es me;endo una carga
de la membrana, cuando En un sistema abierto
neta que en este caso es -, en el seno de la membrana lipidica, esto
se acerca a la misma, el En equilibrio
termodinámicamente esta desfavorecido. Estos sal;tos están rela;vamente
DNF- se protona, y pierde En estado estacionario
prohibidos y son menos probables
su carga -, entonces se
hace notoriamente mas
permeable a la
membrana.
Una vez que el DNFH esta intermedia cerrada Desplazamiento neto a par;r de la energia termica del sistema, el trabajo
dentro de la membrana La proteina del rotor es asimétrica, de manera que que u;lice para el movimiento en la translocación de un H+ y fabricar la
puede pasar para el otro ΔE potencial redox barrera de energia, que se arma y desarma para que dicha parPcula
las conformaciones son compa;bles solo con una
lado, y una vez que eso ΔpH gradiente de H+ seleccione una dirección
forma de estar del si;o ac;vo
ocurre va a difundir, A afinidad ATP-ADP Si;o ac;vo puede estar en una conformacion cerrada
liberar el protón, ya que
o abierta, en la conformacion cerrada ;ene alta
es ligeramente acido. afinidad por ATP.
T14, T15, T16:
PROTEINAS
 PROTEINAS POLARIDAD RELATIVA UNIÓN PEPTÍDICA
• Son Heteropolímeros lineales formados por aminoácidos unidos - Enlace amida: condensación de
mediante enlaces amida
COOH y NH2 con perdida de H2O.
• Secuencia definida por una combinación de 20 aminoácidos
canónicos posibles. 20n secuencias posibles para una cadena de
- Muy estable en medio acuoso y a
n residuos. Cuando son mas pequeñas nos referimos a un PH neutro. Su hidrolisis está
pép;dos. En la naturaleza hay 22. catalizada enzimá?camente.
• Peso molecular normalmente > 10 kDa
Grupo - Resonancia ➡ carácter de doble
NIVELES JERARQUICOS DE ORGANIZACION
lateral enlace O=C-N (electrones
mas deslocalizados)
simple
- Átomos Ca-CO-NH-Ca coplanares con rotación C-N restringida
debido al carácter de doble enlace.

hidrofóbicos
- Aumenta polaridad de la unión pepCdica. Dipolo
- Libre rotación en los enlaces N-Ca ➡ ángulo de torsión phi (f)
AMINOÁCIDOS
- Ca-C ➡ ángulo de torsión psi (y)
- Cα quiral (excepto Gly)
- L esteroisómeros, así son los aa en la naturaleza Aa hidrofilico Cada plano
- R varía en estructura, tamaño y carga 5ene el Unión
- Hidroilicos, anfipá;cos e hidrofóbicos ESTRUCTURA SECUNDARIA: a-HÉLICE dipolo de entre 3
El carbono alfa esta sus;tuido por un carboxilo, un grupo amino o un
- Puente H entre nC=O y (n+4)N-H la unión aa
- 1.5 Å entre aa sucesivos pepJdica
hidrogeno y una cadena lateral.
A excepción de la glicina donde este R es otro hidrogeno, estos 4 - 5.4 Å (3.6 residuos) por vuelta
sus;tuyentes son diferentes por lo tanto el Ca es quiral, es decir que - Área ~ 180 Å2
no es superponible con su imagen especular. - a-hélice dextrógira en proteínas
R varia en estructura, tamaño y carga, y eso es lo que diferencia los - Macrodipolo (N-term + C-term -)
dis;ntos aa y les da propiedades dis;ntas. cuanto mas larga la hélice, mayor
Hidrofilicos: pueden cambiar su estado de protonacion dependiendo es la magnitud del dipolo.
del PH del entorno. O formar Puente H.
Hidrofóbicos: interacciones de van de wals, y efecto hidrofóbico que
Cadenas laterales de cada 3-4 aa en la Rueda helicoidal 1 residuo c/100o OTRAS CONFORMACIONES
guía el plegamiento de proteínas.
secuencia se proyectan hacia la misma en torno a un circulo o espiral HELICOIDALES
AnfipaBcos: carácter polar y no polar, son ideales para interaccionar
con internos cara de la hélice.
-Periodicidad polar/no polar ➡ a-hélice
El grupo carbonilo de cada residuo en la cadena pepPdica
anfipá?ca.
puede aceptar un puente H de un grupo amino que este a 4 -Estabilización del empaquetamiento
residuos de distancia, esto permite que la cadena se enrolle
adoptando una estructura hlicoideal y en cada paso de
hélice-hélice (intra o inter molecular)
hélice tenemos una translación de unos 5,4 Å e involucre a
-Interacción con membranas, poros
unos 3,6 residuos por Vuelta. Hidro]licos.
 ESTRUCTURA SECUNDARIA: HOJA-𝜷 RESTRINCIONES GEOMETRICAS DISTRIBUCION PREFERENCIAL
- Puente H entre grupos distantes en la - Impedimentos estéricos delimitan - Cierta distribución preferencial de aa según el ?po de estructura
secuencia los valores de los ángulos de torsión secundaria
- Hebras-b con?guas unidas por puentes - Ciertas combinaciones (Φ; Ψ) Algunas tendencias:
H. entre grupos carbonilo de una hebra y permi?das, excepto Gly. - Cadenas laterales extendidas son comunes en a- hélices. Porque las
el grupo amino de la hebra con?gua. - Combinaciones (Φ; Ψ) caracterís?cas cadenas laterales se van saliendo de ese arreglo helicoidal.
- 3,3 Å entre aa sucesivos dependiendo del ?po de estructura - Cadenas laterales ramificadas en C𝛽 son comunes en hojas- 𝛽.
- Hoja-b “plisadas” con 7Å por pliegue secundaria - Pro y Gly usualmente en giros- 𝛽. Ya que, es muy complicado para
- Hoja-b paralela o an?paralela estos aa formar una estructura secundaria regular.

- Cadenas laterales sucesivas se proyectan hacia caras opuestas

- Periodicidad polar/no polar ➡ hebra/hoja-b anfipá?cas
- Interacción con membranas o ligandos; barril-b

Decimos que las hojas- 𝛽 son plegadas

porque el Ca se ubica un poco por debajo y
un poco por encima del plano, y las cadenas
laterals siguen ese mismo patron de manera
que cada 2 aa, la cadena lateral apunta hacia
un mismo lado de esa hoja 𝛽, entonces si
temenos una periodicidad alternada de
polaridad, cada 2 aa, cadenas laterals con la Predicciones bioinformáBcas: estructura ÍNDICE DE HIDROPATÍA
secundaria
misma caracteris?ca de polaridad van a Escala de Kyte & DooliOle (1982) considera 2 factores:
Métodos estadís;cos predic;vos asumen
apuntar hacia un lado de esta hoja 𝛽 de que el efecto local predomina en
- ∆Gtrans agua→ fase vapor
manera que vamos a tener una hoja 𝛽 determinar el ;po de estructura secundaria - Distribución preferencial interior-exterior de cadenas
anfipa?ca que adopta un dado segmento laterales en proteínas de estructura 3D conocida → hi
Ventana móvil de n residuos→ Preferencia - El etanol no puede ser el mejor solvente ya que puede
ESTRUCTURA SECUNDARIA: GIRO 𝜷 promedio → Asignación hacer interacciones con los aa.
Perfil hidrofóbico
- Puente H entre nC=O y (n+3) N-H
- Revierte la dirección de la cadena
- Usualmente en la superficie de
proteínas
- Puente H con el solvente.
- Limitan el tamaño de proteínas y Generalmente se encuentran en las
man?enen un estado compacto superficies de las proteínas, ayudan
a rever;r la cadena
PREDICCIONES BIOINFORMÁTICAS: HÉLICES TRANSMEMBRANAS ESTRUCTURA TERCIARIA FAMILIAS Y SUPERFAMILIAS
Familias: proteínas que comparten iden?dad de
- Hidrofobicidad alta |Hi|>0 : la región es hidrofóbica Arreglo tridimensional global de la cadena
secuencia > 40%. Probablemente ?enen la misma
- Longitud 25-30 aa consecu?vos (sin gaps, sin quiebre)
función.
- la parte por arriba de 0 es la hidrofóbica y corresponde a las hélices
Superfamilias: iden?dad de secuencia < 30%, el
transmembranales.
ancestro
suele iden?ficarse por similaridades estructurales o
mecanís?cas. Suele contener varias familias.
Ejemplo: Superfamilia PA
MOTIVOS Y DOMINIOS Proteasas, Ancestro iden?ficado por homología
-Mo?vo o estructura supersecundaria: arreglo estructural, Miembros ?enen:
geométrico simple de unos pocos elementos de • iden?dad de secuencia < 10%
estructura secundaria • plegamiento ?po quimotripsina.
TOPOLOGÍA • mecanismos proteolí?cos similares.
Regiones de conexión entre hélices TM del lado citosólico ?enen mayor numero
de cargas posi?vas que en el lado extracelular, y hacia que lado va a estar
ubicada la proteína.
ESTRUCTURA CUATERNARIA
-Dominio: cadena pepCdica, o parte de ella, que
•Asociación de cadenas pepCdicas
puede plegarse independientemente con una
• Complementariedad de la interfase intermolecular
estructura 3D estable, aun cuando se la separa del
• Diversos ?pos de interacciones estabilizan el complejo
resto de la proteína.
• Muchos complejos son simétricos
-Involucra interacciones terciarias y combinación de
elementos de estructura secundaria y mo?vos.
-Según el contenido de estructura secundaria se
pueden reconocer clases de plegados

-Generalmente los dominios son unidades funcionales

-Una proteína puede contener uno o muchos
dominios
Ejemplo: ?po de plegado ?orredoxina→ la misma
topología en dominios de dis?ntas proteínas

EL PROBLEMA DEL
PLEGAMIENTO PROTEICO
La secuencia primaria con?ene
toda la información requerida
para plegar la cadena en su
estructura 3D na?va funcional.
Balance fisicoquímico de
interacciones de un soluto
(cadena pepCdica) en un dado
entorno (solución, membrana)
La ribonucleasa en su estado na?vo ?ene ac?vidad
biológica (catalizar la hidrolisis de ARN). A esta proteína
en solucion se le agrega urea (desnaturalizante que
desestabiliza la estructura) y B- mercaptoetanol (se
u?liza para reducir los puentes disulfuros), favoreciendo
el desplegamiento de la cadena. En el estado
desplegado, la proteína es inac?va. Cuando se
remueven la urea y el B- mercaptoetanol, la proteína
recupera su act biológica.
PLEGAMIENTO DE PROTEÍNAS: PAISAJE ENERGÉTICO
Todas las conformaciones se representan en una sola
superficie conformacional con forma de embudo. En la
boca del mismo tenemos el estado desplegado, ya que,
es el que menos restricciones conformacionales ?ene,
entonces presenta mas conformaciones.
Cuando aumenta el numero de interacciones de ?po
na?vas, vamos bajando por la superficie del embudo,
restringiendo el numero de conformaciones accesibles y
llegamos al mínimo energé?co que corresponde al
estado na?vo de la proteína.
La forma del embudo puede variar, algunos son mas
rugosos u otros mas lisos, dependiendo de cada
proteína.
¿EN CUÁNTO TIEMPO SE ADOPTA EL ESTADO NATIVO? EFECTO HIDROFOBICO Y PLEGAMIENTO
Disrupción de la red de puentes H del solvente y
formación de una “caja” de solvatación
El efecto hidrofóbicos es el factor a largo alcance que
favorece el plegamiento de proteínas
Agrupamiento de las cadenas laterales hidrofóbicos:
✅Reduce el área no polar expuesta
Paradoja de Levinthal (1969): La búsqueda al azar no es efec?va para ✅Acerca los grupos polares y polarizables facilitando
encontrar el estado correcto de una proteína plegada. Sin embargo las interacciones
proteínas se pliegan en ?empos ≤ 1 s ❌Unión pepCdica (polar) en interior no-polar
PAISAJE ENERGÉTICO DE PLEGAMIENTO
- Múl;ples vías de plegamiento: porque es una gran ✅ SIN puentes H ➡estructura secundaria
superficie la del embudo, que cuenta con dis;ntas
vías.
- Restringe el número de conformaciones a explorar
- Intermediarios
- Flexibilidad y versa;lidad estructural
- Aplicación general: una proteína puede tener una
forma de embudo par;cular.
Puede haber 2 mínimos, el
cual es un intermediario de
plegamiento que ;ene
algunos elementos de Cuando tenemos un soluto no polar en contacto con el
estructura secundaria pero H2O tenemos un alteramiento de la red de puentes H del
no ;ene estructura terciaria.
solvente, de la dinámica de esos puente H y se formaba
Cuando logra vencer esa
una caja de solvente en torno de ese soluto no polar que
barrera energé;ca que lo
tenia movilidad restringida y esto tenia un costo entrópico
tenia atrapado cien;camente
puede alcanzar el mínimo muy desfavorable. Entonces la proteína va a tratar de
global q corresponde al minimizar la exposición de residuos no polares al solvente
estado desplegado (NO es escondiéndolos en el interior de la proteína plegada y va a
una única estructura, es un tratar de maximizar la exposición de los aa polares.
conjunto de conformaciones)
 INTERACCIONES QUE ESTABILIZAN EL PLEGAMIENTO DE PROTEÍNAS EMPAQUETAMBIENTO ESTABILIDAD CONFORMACIONAL DE PROTEÍNAS
Proteína globular: molécula Equilibrio conformacional entre el estado Na?vo y Desplegado
La mayor energía de estabilización proviene de la sumatoria de interacciones
compacta con cavidades
no covalentes débiles Dependencia con la distancia y el microentorno. La internas y defectos de
unión pepCdica es la única interacción covalente que man?ene los residuos empaquetamiento
unidos en todas las proteínas, en algunas proteínas puede haber también un
enlace covalente adicional que son los puentes disulfuros que se forman
entre los residuos de cisteína pero excepto por esas dos uniones covalentes,
la mayoría de la energia de estabilización en una proteína plegada proviene Variabilidad de empaquetamiento
de las interacciones no covalentes, la fuerza de estas interacciones depende • Interior 𝛿~ 0,75
de la distancia (son interacciones mas bien de corto alcance) y del • 𝛿 más baja en la región del si;o ac;vo
microambiente en donde están, si son de nat electrostá?ca. posibilitando mayor libertad de movimiento interno

En ausencia de intermediario, podemos plantear este estado

conformacional entre los dos estados macroscópicos de la proteína.
Para que la adopción de este estado na;vo sea un proceso
espontaneo, la energia libre de plegamiento ;ene que ser menor a 0.
Contribución entalpica: proviene de la diferencia de todas las
interacciones que se establecen en ambos estados, en el desplegado
será interacciones con el solvente y en el na;vo tendremos
interacciones intramoleculares. La mayoría de estas interacciones
liberan unas pocas Kcal/mol; pero como hay muchas, pueden
contribuir significa;vamente a la energia libre
Contribución entrópica:
postraduccion - El estado na;vo ;ene flexibilidad conformacional, y todas las
interacciones no covalentes que se forman restringen la movilidad,
FLEXIBILIDAD CONFORMACIONAL es decir, el estado D ;ene mayor grados de libertad conformacional
Estructura proteica muy flexible, que el estado na;vo, de manera que la entropía conformacional
Interacciones no covalentes dinámicas Por encima del 0
siempre va a favorecer al estado desplegado porque es el que ;ene
•Fluctuación de conformaciones entorno a absoluto, toda unión ?ene
mas desorden.
una estructura promedio un grado de flexibilidad y En el grafico se ven dis;ntas intensidades de - El termino entrópico que favorece al estado na;vo es la gran
•Relevante para unión de ligandos y a la temp fisiológica, la los colores, es decir, que el empaquetamiento ganancia de entropía que proviene del efecto hidrofóbico. La
catálisis energia térmica es no es uniforme. En el interior de la proteína, se mayor estabilización se da cuando tengo una fracción de aa
suficiente para que todas encuentra la zona con mayor densidad de hidrofóbicos de aprox 0,6; si tengo menos que eso, la cadena es
estas interacciones no empaquetamiento, mientras que en las soluble y cuesta plegarse, si tengo mas que eso puedo tener una
covalente se formen y regiones mas cercanas a la superficie ;enen agregación especifica.
disocien de manera que la menor densidad. El grafico es de una enzima y
en su si;o de acción ;ene densidad muy baja,
estructura proteica es eso es fundamental para su función.
muy flexible.
¿CÓMO PODEMOS DETERMINAR ESA ESTABILIDAD?
Cuan?ficando el trabajo requerido para inducir la transición
desde el estado Na?vo al estado Desnaturalizado→ ∆𝑮𝒅𝒆s
Se puede desplazar de un estado a otro, cambiando las condiciones
del medio, como cambiando la temperatura, el PH, agregando
desnaturalizantes químicos, etc.
CALORIMETRÍA DIFERENCIAL DE BARRIDO (DSC) Técnica que se
u;liza mucho para estudiar la estabilidad conformacional de las
proteínas. Esta, mide el cambio de la capacidad calorífica (Cp)
durante la desnaturalización térmica de biomoléculas. Es la técnica
mas adecuada para determinar Tom. Y es la única técnica que mide
directamente los parámetros de desnaturalización de proteínas,
desde una conformación plegada ac;va a una desnaturalizada
inac;va.
Como analizar los datos?
- El área bajo la curva corresponde a la entalpia de la transición
N↔ 𝐷. Es endotermica, Debido a que require energia para
romper las interacciones no covalentes que man;enen a la
proteina en su conformacion N.
- El pico maximo corresponde a Tom.
- La Cp del estado N es dis;nta a la del estado D. que la Cp del
estado D sea mayor me indica que para aumentar un grado la
To de una solucion de proteína desplegada, se necesita
entregar mayor can;dad de energia que para el estado N.
Diferencia de Superficie Accesible al Solvente (∆ASA)
TEMPERATURA
Cuando la proteína se despliega expone mayor superficie
al solvente que el en el estado N y a esta diferencia la
llamamos ∆𝐴𝑆𝐴
Para el estado N usamos un método donde tenemos una
esfera del tamaño de una molécula de H2O y la hacemos
deslizar por todo el contorno de la proteína, así podemos
cuan?ficar el área efec?va accesible al agua.
Para el estado D es mas di]cil de
modelar, pero asumimos que al
estar desplegada, esta es?rada y
?ene una exposición total de los
aa y podríamos contabilizar esa
superficie simplemente sumando
las contribuciones de cada aa
Superficie accesible al solvente (∆ASA) y estabilidad conformacional
Hay una relación lineal entre el ∆𝐴𝑆𝐴 y la
longitude de la cadena pep;dica, es decir, que si
conozco el tamaño de una proteina, puedo
conocer su ∆𝐴𝑆𝐴. Tambien hay una correlacion
lineal con el Cp.
DEPENDENCIA DE LA ESTABILIDAD TERMODINÁMICA CON LA
∆𝑮o𝒅𝒆𝒔 en forma de campana
• T de máxima estabilidad TD
• 2 Tm (una por calor y una por
frio)
Temperatura a la cual el
estado desplegado esta
menos favorecido, mayor
estabilidad de la proteína
Como lo analizamos?
En la curva en forma de campana vemos un
máximo, el cual corresponde al valor máximo
posi?vo del ∆𝐺des, es decir que a Tmax, el
estado desplegado esta menos favorecido, es la
To de mayor estabilidad de la proteina. Si
aumentamos o disminuimos la To, ese ∆𝐺des
disminuye y hay dos Tom, en donde empieza a
tener valores nega?vos, es decir, el estado D
esta favorecido.
 EJEMPLO ASOCIACIÓN/DISOCIACIÓN DE PROTEÍNAS

El concepto de estabilidad también se aplica a otras reacciones, como a

la de formación de complejos entre dos proteínas. Esa energia libre de
asociación, ?ene dos contribuciones, una energia libre configuracional
que va a favorecer el estado disociado, porque es entrópicamente mas El efecto hidrofóbico es el factor a largo
favorable tener dos en?dades que una sola formando un complejo, y la alcance que favorece la asociación de
Como ?enen dis?nto tamaño → dis?nta ∆𝐴𝑆𝐴 → dis?nta ∆𝐶𝑝 y energia libre de interacción que se relaciona con la superficie accesible al proteínas, a medida que aumenta el área
una dependencia diferente del ∆𝐺𝑑𝑒𝑠 con la To. solvente que se esconde cuando se forma el complejo. Esta interfase de que se esconde, aumenta la constante de
↑ 𝐶𝑝, ↑ ∆𝐴𝑆𝐴 y mas angosta sera la curva (mas aguda sera la interacción ente las dos proteínas usualmente ?ene residuos que pueden asociación de ese complejo.
dependencia de ∆𝐺𝑑𝑒𝑠 con la To). hacer interacciones especificas, generalmente, parches hidrofóbicos,
entonces se esconden cuando se forma ese complejo
Analizamos…
A To 300K (To fisiológica) aprox. Vemos que la curva de A ?ene ¿Cómo podemos inducir y evaluar la transición conformacional N ↔ D?
menor estabilidad conformacional que B porque su ∆𝐺des es
menor. Sin embargo se desnaturaliza a una To mayor (Tom=90K) Estos agentes desnaturalizantes
por lo que ?ene una mayor estabilidad termica. pueden unirse a ambos lados
• Estabilidad termica: comparamos Tm, To de desnaturalizacion. conformacionales de la proteina con
• Estabilidad conformacional: nos referimos al ∆𝐺𝑑𝑒𝑠. ctes de asociación bajas, pero como el
ESTADOS NATIVO Y DESPLEGADO numero de si?os de interacción en el
estado desplegado es mayor al numero
Ensambles de conformaciones poblados
de acuerdo a sus energías libre de Gibbs.
de si?os de unión en el estado na?vo,
Estado D por principio de lechatelier este eq se
Conformación fluctuante promedio ve desplazado hacia la conformacion
Estructura abierta y solvatada Poca desplegada, entonces para evaluar
estructura residual Ovillo al azar. experimentalmente esa transición
Puede a través de diferentes rutas de conformacional podríamos buscar por
plegamiento llegar al mínimo de energia ejemplo una act enzima?ca o una
que corresponde al estado na;vo donde Estado N técnica que fuese sensible a la
la proteina adopta una estructura Conformación globular compacta Interior anhidro estructura secundaria.
Es una técnica sensible a la estructura terciaria y/o secundaria
tridimensional definida, compacta. y empaquetado Interacciones intramoleculares
Flexibilidad conformacional
 TÉCNICAS EN BIOFÍSICA: ESPECTROSCOPIA Banda Amida I (1700-1600 cm-1 ) TÉCNICAS EN BIOFÍSICA: DICROÍSMO CIRCULAR (CD)
• ~80% Es;ramiento del enlace C=O Absorción diferencial de la luz polarizada circularmente a izquierda y a derecha.
INFRARROJA (IR) • Es;ramiento fuera de fase del enlace C-N La radiación electromagné5co consiste en un campo electrico y uno magné5co que
Transiciones vibracionales que involucran un • Deformación del enlace CCN oscilan perpendiculares unos de otros en la dirección de propagación de la onda. Si el
cambio en el momento dipolar a lo largo de al • Flexión en el plano del enlace NH (H/D). vector campo electrico oscila en una línea recta, decimos que esta polarizado en el plano.
menos una dirección cartesiana de un modo • Fuerza de enlace modifica la vibración a la cual ese enlace absorbe Hay algunos materiales que pueden absorber la luz polarizada circularmente hacia un
normal de vibración. radiación IR lado en forma diferencial a la que esta polarizada hacia el otro lado y eso da origen al
• Sensible a puente H, interacciones dipolares y geometría de la dicroísmo circular
La frecuencia (𝜈) dependerá́ de la masa de los
cadena pepPdica →estructura secundaria Para que una moléculas sea ac3va en DC:
Átomos y la fuerza de los enlaces
-Absorción (transiciones electrónicas)
Fuerza -Asimetría, se da si el cromoforo es quiral o esta cerca de un centro quiral, o si esta
de ubicado en un ambiente asimétrico.
enlace
CD cercano (~250-350 nm) → estructura terciaria
Masa
reducida

Esta técnica explota el hecho de que toda molécula Cuando la proteina esta plegada, el
con enlaces covalentes ?ene algún ?po de ambiente que ven esos residuos es
vibración que puede ser excitada, estas muy anisótropico porque a proteina
absorciones ocurren a frecuencias resonantes ?ene una estructura tridimensional
asociadas a algún modo normal de vibración, lo dada, entonces la señal en el SD
cual corresponde a una oscilación donde los cercano va a ser posi?va o nega?va
átomos se mueven a una frecuencia caracteris?ca no importa, va a haber una señal que
independientemente del resto, y para que ese va a ser como la huella digita de esa
modo vibracional sea ac?vo en el infrarrojo debe proteina plegada.
involucrar un cambio en el momento dipolar.

Solo 2 estados (N y D) en equilibrio

coopera'vo

Estado na5vo desplegado

Intermediarios de plegamiento: Estado Glóbulo Fundido PROTEÍNAS INTRÍNSECAMENTE DESORDENADAS Caracterís?cas generales de PIDs
Carecen de estructura 3D definida bajo condiciones na?vas
Estado GF Significa?va can?dad de •Bajo contenido de:
Nos dan el efecto hidrofóbico,
estructura secundaria Interior -aa hidrofóbicos voluminosos (Ile, Leu, Val)
se esconden en el interior de la
hidrofóbico definido con mayor -aa aromá5cos (Trp , Tyr, Phe)
proteina plegada
penetración del solvente Menores -Cys y Asn (promueven orden)
•Enriquecidas en:
restricciones de empaquetamiento -aa polares (Arg , Gln , Ser, Glu , Lys)
que el estado N. Proteínas globulares,
-Gly y Pro (rompen estructuras regulares) ;ene una hidrofobicidad
• CH-plots.
y rela;vamente baja
-Baja <H> (hidrofobicidad)
Ejemplo: desplegamiento parcial de la toxina dinérica -Rela5vamente alta <C> (carga neta)
carga promedio
La Toxina di~érica es secretada por la bacteria patógena
Corynebacterium diphtheriae. Causante de la di~eria que
Proteínas intrínsecamente
se caracteriza por la aparición de falsas membranas que
desordenadas, ;enen una
se forman principalmente en las superficies mucosas de menor hidrofobicidad
las vías respiratorias y diges?vas superiores. Trasloca al promedio y mas carga
citosol. Diferentes grados de estructuración en el proteoma neta absoluta
• Regiones con desorden intrínseco (>30 aa) comunes en
¿Cómo sabemos si es un mecanismo de dos estados o si proteínas funcionales
hay un intermediario de plegamiento? • Plas;cidad conformacional → Mul;funcionalidad
Bastante inusual
Comparando técnicas.
• Transiciones desorden-orden
No todas las proteínas precisan estar desordenadas, hay diferentes
grados de estructuración en el proteoma y hay muchas proteínas ¿Cómo las podemos detectar y caracterizar una proteina
funcionales que ;enen regiones desordenadas que son mayores a 30 aa intrínsecamente desordenada?
consecu;vos, y esto le da una mul;funcionalidad a esa proteina que es Elución anómala en Cromatograia de Exclusión Molecular. Al estar
bastante inusual porque pueden adquirir diferentes estructuras plegadas se comporta como una proteina de mayor peso molecular
dependiendo de con quien interaccione. Adquieren una estructura
interaccional con un primer (Proteínas intrínsecamente desordenada) Al estar desplegada +ene un
Las podemos predecir? volumen hidrodinámico mayor y
Herramientas bioinformá;cas para predicción de desorden: Disopred, se comporta como una proteina
PONDR, etc. 0: orden 1: desorden de mayor peso molecular

No es una proteina
Región desordenada
ordenada
 ESTADO AMILOIDE
Este estado se adquiere a
través de interacciones
intermoleculares de la
cadena para adoptar una
estructura fibrilar.
¿Los podemos predecir? Amiloides patológicos,
Interacciones moleculares funcionales y como
Herramientas bioinformá?cas para predicción de regiones amiloidogénicas: Waltz,
nanomateriales
• Nano estructuras cuaternarias fibrilares Z-agg, etc.
•Remarcablemente estables
•Accesible a toda cadena pepCdica • Patológico: acúmulos
proteicos en Amiloides
•Conformacion canónica Cross b
fibrilares.
• Funcional: de resistencia
mecánica
• No patológico/funcional
• Bionanomateriales:
porque son muy estables.
Catalizadores.

CARACTERISTICAS GENERALES DE LOS AMILOIDES

•Sin ramificaciones
•Estructuras cilíndricas ≈7-13 nm hidrofilica
•Numero variable de protofilamentos (≈2nm)
•Conformacion canónica cross-b: puentes H paralelos (hebras-b perpendiculares) al eje
longitudinal de la fibra

¿Cómo los podemos detectar y caracterizar?

5 estados conformacionales de proteínas

-na?vo
Estructura -desplegado
secundaria -glóbulo fundido
-proteínas intrínsecamente desordenadas
-amiloides
TP3: ESTADO NATIVO Y
DESPLEGADO DE
PROTEINAS
 ESTADO NATIVO Y DESPLEGADO DE LAS PROTEINA
en cualquier condición experimental, estos dos estados están en equilibrio
y dicho equilibrio puede ser modificado por dis;ntas condiciones externas
como la variación de la temperatura o el agregado de agentes
desnaturalizantes químicos.

La disminución del PH va a favorecer el desplegamiento de la cadena.

CROMATOGRAFIA Grafico solo para proteínas en estado na;vo, las proteínas

Método de separación isica basado en la retención diferencial de los desnaturalizadas aumentan su volumen hidrodinámico.
componentes de una mezcla sobre la fase estacionaria Kav ~0. si mi proteina es grande y el Vo~𝑣𝑜𝑙𝑢𝑚𝑒𝑛 𝑑𝑒 𝑒𝑙𝑢𝑐𝑖𝑜𝑛.
• Fase estacionaria (FE) → material sólido poroso con propiedad química
adecuada
• Fase móvil (FM) → solución que percola a través de la fase estacionaria
Cromatograba de exclusión molecular
Principio de separación: tamaño. No hay interacción con la matriz
Fase móvil: volumen acuoso excluido de los poros de la matriz (Vo)
Fase estacionaria: volumen acuoso contenido en los poros de la matriz
(Vs)
Elución (Ve) depende de la accesibilidad a la FE

Principio de esta cromatograba: la separación en la cromatograia de exclusión se basa en la diferencia de tamaño

de las biomoléculas, cuando pasan a través de una columna empaquetada con una matriz porosa (gel).
Las moléculas de mayor tamaño que los poros del gel son incapaces de difundir dentro del mismo y quedan
confinadas en la solucion que rodea a la matriz, es decir son excluidas (Vo).
Las moléculas con un tamaño intermedio pueden penetrar en los poros en diferentes grados dependiendo de su
tamaño.
El acceso a los poros es limitado por impedimento estérico, si una molécula es mas pequeña que los poros del gel,
será capaz de difundir por el volumen total de la matriz (Vt)
T17: INTERACCIONES
LIGANDO-PROTEINA
 RELACIÓN ESTRUCTURA-FUNCIÓN
Ejemplos:
-transporte de O2
-respuesta inmune
-contracción muscular
-ac?vidad enzima?ca
-regulación de la transcripción (esteroides)
-fármacos, antagonistas
La mayoría de estas interacciones son leves,
pueden ser el punto de par?da de mecanismos
celulares muy complejos que van a llevar a una rta
fisiológica.
Como por ejemplo la unión de O2 a hemoglobina
para transportar ese ligando a los diferentes
tejidos o la unión de un esteroide a un receptor
que transloca el núcleo donde va a actuar como un
factor de transcripción regulando la expresión de
genes blanco.
Agonistas: son fármacos los que disipan la
respuesta, no sustancias fisiológicas.
Antagonistas: son sustancias naturales o sinté?cas
que se van a unir a receptores bloqueándolos de la
acción de los agonista.
CARACTERÍSTICAS GENERALES DE LA INTERACCION INTERACCIÓN LIGANDO-RECEPTOR
• Reversibilidad: adaptación Equilibrio quimico de formación de complejos
• Región de interacción: si?o de unión (reconocimiento, Afinidad de la
respuesta rápida), si?o ac?vo (catálisis enzima) Cte de
proteina por un
- Bolsillos, cavidades, interfaces (hemo, ácidos grasos) asociación dado ligando
- Depresiones superficiales (polisacáridos, DNA)
• Especificidad: Complementariedad estérica y energé?ca velocidades
- forma, tamaño
- cargas electrostá?cas neutralizadas
- Distribución de donores y aceptores de puentes H
- H2O como intermediaria en los puentes H.
• Flexibilidad conformacional: Para adaptarse a los
dis?ntos ligandos.
Generalmente es del orden de 10-5
La naturaleza transitoria de la interacción, le permite a una
celula responder rápidamente a condiciones metabólicas y
En el equilibrio 𝜈𝑜𝑛 = 𝜈𝑜𝑓𝑓
del ambiente y le da la capacidad de adaptarse a dis?ntas
situaciones. DESCRIPCIÓN CUANTITATIVA
Cuando una proteina se pliega en su estructura 3D, el Aproximaciones
empaquetamiento de las cadenas laterales no es perfecto
•Todos los receptores son igualmente accesibles al ligando
y crea cavidades internas y rugosidades en la superficie y •Todos los receptores están libres o unidos. No hay estados de unión parcial
que ?enen dis?ntas formas y tamaños. •La interacción es reversible
CURVA DE UNIÓN
Las concentraciones de ligandos y del complejo ligando-receptor
Ocupación fraccional
pueden cuan;ficarse experimentalmente, pero usualmente no
es posible saber la concentración total de los receptores, ya que fracción de R ocupados respecto al total. Cuando hablamos de la interacción
los que se encuentran libres no se pueden cuan;ficar. ligando-receptor aparece la empleacion de la ocupación fraccional.
Receptores ocupados
Se aproxima asintó5camente
a 1, es decir, a la saturación
de todos los si5os de unión
cuando la concentración del
ligando es grande.
Receptores totales
Cuando tenemos una reacción de formación de complejo
con menor afinidad, es decir, una constante de asociación
mas baja, tendremos una curva de saturación por debajo
 LINEALIZACION DESVIACIONES
Doble inversas Scatchard Interacción inespecífica
Podemos obtener Bmax a Podemos obtener la cte de El ligando además de unirse en su si?o de
par?r de la ordenada al asociación a par?r de la pendiente unión, interacciona en otras regiones de la
origen y la cte de asociación de la recta, y Bmax de la raíz o la proteina que no es su si?o de interacción
a par?r de la raíz ordenada al origen especifico
• No obedece la ley de acción de masas
• No es desplazable por otro ligando
• No es saturable
Otros eventos de unión
Acá tenemos un grafico de scatchar bifásico o
curvado, a concentraciones de b bajas, es
decir, cuando tengo poco complejo formado, la
curva esta dominada por el si;o que tenga la
constante de asociación mas grande, en
nuestro caso el si;o 1.
De esta forma, la extrapolación al eje y nos va
a dar información del si;o de mayor afinidad.
Si trazamos u na línea tangente en esa porción de la curva y la extrapolamos al eje
X, tenemos una primera es;mación del numero de si;os del ;po 1.
Con eso datos podemos sustraer de la curva original la contribución del si;o de
unión de mayor afinidad y obtener la información para el si;o de menor afinidad.

Si la unión de un ligando afecta la unión de

Estas representaciones linealizadas distorsionan el error un segundo ligando, entonces t4enemos
experimental y pueden ser engañosas si los resultados no son si;os interactuantes y podemos tener
precisos. Pero todas las representaciones nos dan la afinidad del desviaciones posi;vas o nega;vas.
complejo y el numero de si?os de unión, tanto la hiperbólica Desviación posiBva: es una evidencia
como la linealizada contundente de que hay interacción entre
El ligando unido al receptor aumenta si;os donde la unión de un ligando facilita la
COOPERATIVIDAD proporcionalmente con la concentración del unión de un segundo ligando, es decir, que
La unión de un Ligando a un si?o influye en la afinidad de un ligando, es decir, que no sigue la ley de hay coopera;vita.
segundo Ligando a otro si?o del mismo Receptor acción de masas y por lo tanto la curva de
unión no llega a saturación, tampoco Desviación negaBva: indica que hay interacción entre si;os con un efecto
Ocupación podríamos en estos casos desplazar a ese inhibitorio, pero si no tenemos información extra no podemos diferenciar esta
fraccional ligando unido por otro ligando, ya que, no situación de la vista anteriormente, es decir, de tener dos si;os independientes
esta unido en su si?o de interacción con dis;ntas afinidades.
•nH es el coeficiente de Hill =
especifico
grado de coopera;vidad
-nH =1 no hay coopera;vidad COOPERATIVIDAD Y ALOSTERISMO
-nH > 1 coopera;vidad posi;va
-nH < 1 inhibición La coopera?vidad esta asociada a un cambio conformacional inducido por la interacción que puede ser
•Valor máximo teórico nH =n cercano o distante al si?o de unión del ligando reflejando la importancia de la flexibilidad
completamente coopera;vo. conformacional de una proteina, de otro modo la coopera?vidad esta relacionada al aloterismo, es
En la prac;ca nH <n decir, a la propiedad de una proteina de exis?r en 2 o mas estados conformacionales con ac?vidades
diferentes o afinidades diferentes. Este fenómeno esta presente solo en las proteínas oligomericas.
EJEMPLO DE COOPERATIVIDAD Y ALOSTERISMO: HEMOGLOBINA CONSIDERACIONES TERMODINÁMICAS DISEÑO RACIONAL DE FÁRMACOS
Unión de oxigeno a hemoglobina. Se ;ene que desolvatar Teniendo en cuenta los factores que contribuyen a la energia libre de
• Localización: eritrocitos para unirse a la proteina unión podríamos diseñar de manera racional un inhibidor de una enzima
• Función: transporte de O2 en sangre viral que sea capaz de unirse al si;o de unión del sustrato pero con mayor
• Tetrámero. Similaridad estructural con Mb afinidad que este. Entonces si conocemos el si;o de unión, podemos
• Proteína alostérica modificar químicamente al fármaco para que tenga:
La hemoglobina es una proteina tetramerica, es decir que ;ene 4
subunidades, y por estudios cristalográficos se determinaron 2
conformaciones principales que difieren en afinidad:
La forma T, por tensa, porque
Para modificar el termino entalpico podríamos agregar diferentes grupos como:
esta estabilizada por un mayor
numero de pares iónicos, es la
mas estable en ausencia del
ligando y ;ene baja afinidad
por el O2. cuando el oxigeno
se une, se dispara un cambio En cuanto a los factores entrópicos, el transnlacional no lo podemos
desfavorable modificar porque es común a todos los procesos, pero si podemos
conformacional al estado R,
que es el relajado, que ;ene favorable minimizar la perdida de entropía conformacional si diseñamos un
mayor afinidad por el ligando. fármaco mas rigido, entonces no va a perder tanta libertad
conformacional cuando interaccione con la proteina, pero tenemos que
ESTABILIDAD INDUCIDA POR LIGANDOS tener cuidado porque si es demasiado rigido y con una geometría muy
complementaria al si;o de unión, tendrá una capacidad limitada para
adaptarse a distorsiones estructurales de la proteina como por ejemplo,
si hay una mutación en el si;o ac;vo.
Una consecuencia inmediata que ;ene la unión de
un ligando a una proteina es que va a modificar su También podríamos maximizar la ganacia de entropía de
estabilidad, recordemos que cuando tenemos el equilibrio solvatación haciendo al fármaco mas hidrofóbico para que
Cada subunidad de esta proteina tetramerica es muy similar a la proteina al desolvatarse una mayor superficie hidrofóbica
monomerica mioglobina (almacenaje de O2), sin embargo el aloterismo conformacional entre los estados na;vos y desplegados de una
contribuya a incrementar la entropía del solvente, es decir,
en mioglobina (transporte de O2) que vimos recién la diferencia proteina, el aumento en la temperatura va a inducir el
aumente el efecto hidrofóbico. La desventaja es que si el
funcionalmente de mioglobina desplegamiento de la cadena y a la Tm tendremos igual fracción de
fármaco es muy hidrofóbico, tendrá poca solubilidad en un
proteínas en estado na;vo que en estado desplegado.
solvente acuoso y tendremos que buscar alguna manera
Cuando un ligando se une preferencialmente al estado na;vo, el que se
de vehiculizar
desplaza hacia la fromacion del complejo y necesitaremos mas trabajo para
desplegar a la proteina, eso se va a traducir en una nueva temperatura de
desnaturalizacion en presencia de ligando y esto se usa en la industria
farmacéu;ca para el proceso de pasterización.

Estabilización térmica del estado naBvo

Para que libere el O2
por acoplamiento de equilibrios
necesitamos una presión
parcial muchísimo mas baja Respuesta más sensible a ∆PO2
 CAMBIO CONFORMACIONAL INDUCIDO POR LIGANDOS ESPECIFICIDAD: Capacidad de discriminar entre dis;ntos S PODER CATALÍTICO: ESTRATEGIAS PARA
Modelos tradicionales AUMENTAR LA VELOCIDAD DE LA REACCIÓN
Estrategias para aumentar la especificidad
• Llave cerradura: captura la escencia de la • Complementariedad estereoquímica del si;o ac;vo → • Estabilización del estado de transición
especificidad Maximiza interacciones con el S
• Ajuste inducido: ambas moléculas interactuantes • Exclusión de H20 (↓D) para aumentar la energía de
sufren cambios conformacionales hasta que logran interacción electrostá;ca
la complementariedad necesaria, este modelo ya
incorpora el concepto de flexibilidad conformacional
Modelo actual Supongamos ahora que una enzima ;ene un si;o
Se centra en las modificaciones del embudo ac;vo perfectamente complementario a la vara,
de plegamiento causado por el evento de que se ajusta como un modelo de llave cerradura,
unión, en el mínimo del embudo tenemos esas interacciones son tan fuertes que la vara no
puede deformarse para alcanzar el estado de
conformeros en equilibrio.
transición, una enzima con mucha afinidad por el
Acá ocurre un cambio conformacional por
sustrato va a impedir la reacción porque estabiliza
una redistribución del ensamble, a diferencia Todos los grupos cargados y polares de la proteina pueden de tal manera el complejo ES que no se favorece la
del modelo de ajuste inducido donde la producir un potencial electrostá;co con carga neta. formación del producto
conformacion que une al ligando es
preexistente En cualquier reacción catalizada enzimá;camente, el primer
paso es la formación del complejo enzima-sustrato, en donde un
CATÁLISIS ENZIMÁTICA sustrato o grupo reducido de sustrato se unen específicamente
Enzima=catalizador biológico al si;o ac;vo de la enzima.
• ↑velocidad reacción (↓∆G‡ )
• No modifica el equilibrio (= ∆G) La especificidad va a estar dada por la • El si;o ac;vo de E es óp;mamente
• No es alterada en forma complementariedad ente los grupos complementario a T (mayor afinidad
permanente químicos del sustrato y los aminoácidos por T). Pauling 1946
que se encuentran en el si;o ac;vo de • Se estabiliza T
manera que se favorezcan interacciones • ↓∆G‡
intermoleculares usualmente no • Desestabilización del estado basal del S
“la eficiencia catalí;ca de una covalentes. Ejemplo: Corismato mutasa. Interviene en el primer
enzima puede llegar al orden de Algunas enzimas evolucionaron para paso de la síntesis de Phe y Tyr. Crucial en la
17 magnitud en comparación con que sus si;os ac;vos atraigan a su biosíntesis de aa aromá;cos en microorganismos y
una no catalizada” sustrato para que ese encuentro entre plantas • Aumenta la energía libre de S al unirse al
la enzima y el sustrato no sea tan si;o ac;vo de E • ↓∆G‡
¿Cómo hacen las enzimas para tener especificidad y alta eficiencia
azaroso o para que el si;o ac;vo sea • Aproximación de sustratos
catalíBca? solo accesible al sustrato adecuado. Una reacción que involucra 2 o más S, la probabilidad de un encuentro simultáneo es baja.
• Factores bsicos: conformación de la E y su habilidad para oriental al S
• Aumenta la concentración efec;va de S • Orientación óp;ma para que el encuentro sea
en el si;o ac;vo Recordar: la fuerza de una interacción reac;vo
• Factores químicos: capacidad de formar interacciones no covalentes electrostá;ca es mayor en ambientes de • Disminuye grados de libertad rotacional de los enlaces entre grupos reac;vos (↓entropía) •
con S, estabilizar especies, formación de aductos covalentes menor cte dieléctrica ↓∆G‡
 T18:
SUPERPOBLACION Y
CONFINAMIENTO
 EFECTO DE SUPERPOBLACIÓN MACROMOLECULAR Y CONFINAMIENTO SOBRE SUPERPOBLACIÓN MACROMOLECULAR
LAS REACCIONES DE MACROMOLÉCULAS Debido al volumen de exclusión, hay algunas
alteraciones energé;cas de reaccione, por
El efecto de superpoblación molecular se refiere al efecto provocado por el ejemplo:
Asociación biomolecular
volumen de exclusión de una macromolécula sobre otra.
• La presencia de altas can;dades de macromoléculas afectan reacciones
Tienen influencia dis;ntos
químicas para las cuales son nominalmente inertes.
• Son interacciones enteramente no especificas. No ;enen relación con las efectos energé;cos ya
vistos:
caracterís;cas químicas de las macromoléculas, si no que están relacionadas
- Interacción de superficie.
a su radio.
• Es independiente de la en;dad química de las macromoléculas, solo - Efecto hidrofóbico al esconderse del agua
depende de sus tamaños rela;vos (radio hidrodinámico). para formar AB.
• En general tanto la superpoblación molecular como el confinamiento se - Perdida de entropía de los R cuando están
debe a un efecto entrópico, altera la energia de las reacciones químicas q unidos, debido a que el complejo va a tener
pueden ceder en ese momento. menor conformaciones disponibles, menos
VOLUMEN DE EXCLUSION movilidad y perder mas entropía que cuando
están separados.
Es un efecto de reducción de volumen disponible, que es dependiente de la
Cuando la rxn ocurre en un medio con
relación de tamaños entre la molécula reactante y las del medio
superpoblación molecular:
A es una molécula pequeña y B una grande. Cambia la entropía de
- El espacio por el cual A puede difundir (rojo) no puede penetrar en los R y P.
el volumen que ocupa B (espacio en blanco): ;ene cierto volumen de Que cambio de energia
exclusión le ocurre a A al pasar
de un medio con;nuo a
- Si ahora colocamos una molécula A del tamaño de B, vemos que
un medio con;nuo que
esta excluido de muchas mas áreas.
;ene alta can;dad de
- Si las moléculas ;enen una relación de volúmenes parecido,
macromoléculas con un
sufren mas la reducción del volumen disponible y ;enen ↑
volumen parecido al de
𝑉𝑒𝑥𝑐𝑙𝑢𝑠𝑖𝑜𝑛. A.?
OTRO EJEMPLO Se puede analizar
A. Si llenamos un recipiente con bolitas de vidrio estas sólo pueden ocupar el separando los
65% del volumen contenido en el recipiente. Las bolitas están excluidas del 35% componentes.
del volumen total. • Las macromoléculas del entorno deben ejercer
B. Si al recipiente con bolitas le agregamos arena, esta sólo puede ocupar el 65% trabajo de compresión sobre las moléculas del
del volumen restante. En total se ocupa el 90% del contenido del recipiente. medio para crear una cavidad para A, que van
a excluir a las moléculas del entorno
C. Si ahora agregamos agua, estas
macromolecular (al estar excluidas, están
pueden ocupar el 10% restante
ordenadas y van a tener ↓ 𝑒𝑛𝑡𝑟𝑜𝑝𝑖𝑎)
del volumen del recipiente.
• Entonces el sistema global de macromoléculas
y A, van atener ↓ 𝑒𝑛𝑡𝑟𝑜𝑝𝑖𝑎 comparado a
cuando están separados.
QUE PASA CON EL COMPLEJO AB?
Nuestro producto va a sufrir las mismas
consideraciones, solo que el complejo AB ;ene
mayor volumen que A y la cavidad que van a
tener que crear en el entorno es mayor, pero
también sufre ↓ 𝑒𝑛𝑡𝑟𝑜𝑝𝑖𝑎 por un ordenamiento.
Podemos ver que en el entorno se ordena mas si ;ene que hacer 2
cavidades, una para A y una para B, que solo una para AB.
¿Quiénes estarán mas afectados por la superpoblación
molecular, los sustratos o el producto ?
Vamos a tener un cambio en la energia libre del proceso debido a una ↓
de entropía mayor en los reactantes con respecto a los productos. Por lo
tanto, los P van a estar favorecidos en la reacción, es decir, presencia de
macromoléculas, va a estar favorecida la formación de AB.
EFECTO SOBRE LA CONSTANTE DE EQUILIBRIO:
mientras mas compacto es el producto AB, mas favorecida esta la K por la
superpoblación molecular
Este grafico describe cual es la relación entre la Keq con superpoblación con
respecto a la Keq cuando están en un medio con;nuo.
A medida que aumenta el volumen ocupado por las macromoléculas, se
acentúa el efecto de la sobrepoblación molecular que esta afectando la Keq
de la reacción.
Se desfavorece la formación de AB y se favorece la formación de reactantes
por separado.
a. Vemos que el complejo AB es muy compacto, es decir, que ocupan el
volumen de A o de B, la reacción se ve favorecida en un medio con
superpoblación molecular debido a que ;ene una menor disminución de
entropía que los R. la energia libre se ve favorecida por el P.
b. Si el complejo AB ocupa
mucho mas lugar que los R
separados, en el medio de
sobrepoblación molecular
va a desfavorecer la
formación del complejo y
favorece a los R separados.
Por eso vemos una caída en
la reacción entre las Keq
 EFECTO SOBRE LA VELOCIDAD DE LA REACCIÓN: DEPENDE DEL
TIPO DE CINÉTICA DE LA REACCIÓN
Tenemos un comportamiento binario.
Ø En el caso de las reacciones que ocurren muy rápidamente, (presencia
de macromoléculas en un obstáculo de difusión y la frecuencia de
choque disminuye), están reguladas por la velocidad de choque de los
R, es decir, que tan frecuente se encuentra A con B. la presencia de
macromoléculas en el medio va a ser un obstáculo en la difusión de
estas moléculas, por lo tanto la frecuencia de choque va a ser menor
entonces ↓ 𝑠𝑢 𝑣𝑒𝑙𝑜𝑐𝑖𝑑𝑎𝑑.
Ø En el caso de la rxn que ocurren lentamente, que son reguladas por la
energia del estado de transición del complejo AB (punto intermedio,
de alta energia entre los R y P), con la presencia de macromoléculas se
favorece la formación de producto porque mejora las posibilidades de
que ese estado de transición al estar cerca los R. la presencia de
macromoléculas favorece la formación de productos y hace q el
estado de transición ocurra. Son rxn determinantes de la ciné;ca,
formación del estado de transición (punto intermedio), punto de alta
energia.
INTERACCIÓN LIGANDO-RECEPTOR
Es la asociación de una molécula, en este caso una macro molécula,
llamada ligando, con un receptor.
El receptor es una molécula mas grande que L, ;ene mayor
volumen/superficie y ahora lo vamos a tomar como inmóvil, por lo tanto
no aporta a la entropía de la reacción.
Que pasa en un medio con superpoblación molecular…
La presencia de macromoléculas va a afectar principalmente a L y la
frecuencia de choque será menor. Porque es el que puede ↓ 𝑒𝑛𝑡𝑟𝑜𝑝𝑖𝑎, el
R ya ;ene muy baja entropía. Entonces al afectar L, los R ↓ 𝑒𝑛𝑡𝑟𝑜𝑝𝑖𝑎 en
general.
En el producto L-R, afecta menos
porque el L esta inmovilizado y no es
suscep;ble a disminuir aun mas su
entropía. Entonces el complejo L-R se
ve mas favorecido, se ve más afectado
por las macromoléculas y se favorece
su formación. El complejo LR es mas
compacto que L+R.
CAMBIO CONFORMACIONAL CON
AUMENTO DE VOLUMEN
(desnaturalización de proteínas)
Es una reacción unimolecular, tenemos a una
proteina en conformacion na;va y desplegada,
esta reacción involucra un cambio grande de
volumen de moléculas
En condición de superpoblación molecular…
Las moléculas del medio van a sufrir una ↓
𝑒𝑛𝑡𝑟𝑜𝑝𝑖𝑎 al ordenarse para acomodar una
molécula desnaturalizada. Esto favorece que
nuestra Keq o energia libre en presencia de
macromoléculas favorezca el estado na;vo
Cuanto es afectado por las macromoléculas
depende de la relación entre tamaños de las
macromoléculas y el L. en el grafico vemos
que siempre se favorece el complejo L-R
(factor siempre mayor a 1)
OTRAS GEOMETRIAS
El efecto de reducción de volumen disponible, también depende de la geometría y la
«rugosidad» de las moléculas. No todas las macromoléculas son esféricas, una
excepción importante es el ADN y ARN.
Se han u;lizado diversos modelos para representar el
comportamiento del ADN a nivel macromolecular en
solución acuosa.
• Rígidos (geométricos): Como cilindros o
elipsoides (aplicable a segmentos cortos de ADN
doble cadena)
• Flexibles (tratamiento de polímeros)
- OVILLO AL AZAR o modelo de collar de perlas.
Obedece la estadís;ca de cadenas Gausiana
(aplicable a ADN simple hebra)
- CADENA TIPO GUSANO (intermedio entre el
modelo de cilindro y de ovillo al azar). Es el
modelo mas apropiado para segmentos largos de
ADN doble cadena.
ESTUDIO DEL EFECTO DE SUPERPOBLACIÓN MOLECULAR EN LABORATORIO
• Experimentalmente se estudia el efecto de superpoblación molecular mediante el
uso de una alta concentración de polímeros tales como e;lenglicol, ficol o
dextranos.
• Sin embargo no hay ningún modelo que afecte la reacción en estudio puramente
por un efecto de volumen de exclusión molecular sino también ocurren
interacciones atrac;vas o repulsivas no específicas del ;po electrostá;cas,
hidrofóbicas etc…
• Este efecto se complica cuando la superpoblación molecular es debida a una
mul;plicidad de ;pos moleculares, como ocurre en el entorno celular.
“tratando de que las macromoléculas no interaccionen entre ellas”
CONFINAMIENTO MOLECULAR
El efecto de confinamiento se refiere al efecto provocado por el volumen de
exclusión de una macromolécula por limites fijos en el volumen en el que pueden
difundir. Es decir, el espacio por el cual pueden difundir esta limitado.
En la célula el confinamiento se produce por choque de las macromoléculas con las
superficies de las membranas, con el citoesqueleto, con las grandes superficies de la
croma;na, etc...
Las conformaciones (W) posibles de una macromolécula
en un medio con;nuo son mayores a la que se encuentra
en condiciones de superpoblación molecular
El confinamiento afecta mas a L libre disminuyendo su
entropía De esa forma se ve favorecida la formación del A menor tamaño del espacio
complejo LR. confinado, más se favorece la
El L ;ene un tamaño parecido al de la macromoléculas y a especie de menor volumen, ósea
medida que ↑ 𝑑𝑒𝑛𝑠𝑖𝑑𝑎𝑑 𝑑𝑒 𝑚𝑜𝑙𝑒𝑐𝑢𝑙𝑎𝑠, ↓ 𝑒𝑛𝑡𝑟𝑜𝑝𝑖𝑎. N. porque la especie D va a tener
una mayor caída de entropía

Se pierde aun mas entropía y debido a ese confinamiento va

Si tenemos una macromolécula condicionada, solo a estar mas favorecida la interacción ligando receptor.
puede moverse dentro del cuadrado, ;ene cierta
flexibilidad conformacional, es decir, ;ene dis;ntas
posibilidades de ubicarse y eso determina su entropía
(la libertad de movimientos). Cuando el espacio
también con;ene macromoléculas. La posibilidad de
moverse disminuye, entonces ↓ 𝑒𝑛𝑡𝑟𝑜𝑝𝑖𝑎.
El confinamiento de un espacio con superpoblación
macromolecular disminuye la entropía de todas las
especies afectando la constante de equilibrios químicos

El confinamiento puede tener

dis;ntas formas y eso va a
favorecer o desfavorecer
dis;ntas estructuras. Si se
asocian las macromoléculas
pueden formar una estructura
lineal y va a estar mas limitado
en un confinamiento simétrico
con respecto a uno asimétrico.
 T19: ENZIMAS EN
MEMBRANAS.
REGULACION DE FUNCION
BIOLOGICA
NIVELES DE REGULACIÓN DE EVENTOS DE SEÑALIZACIÓN CELULAR
2 involucran la acción de enzimas a
1 4
3
1. REGULANDO LA ASOCIACIÓN DE PROTEÍNAS PERIFÉRICAS
A LAS MEMBRANAS
La asociación de la proteína
anfitrópicas a membrana comprende
dos pasos:
1. Interacciones electrostáBca de
largo alcance (preponderancia de
momento dipolar global de la
proteína y de la doble capa iónica)
La carga neta nega;va hace que tengamos un potencial de
superficie y una reorganización de sus iones en la cercanía a la
membrana que deriva en la doble capa ionica.
Generalmente se trata de proteínas ca;ónicas que reaccionan con
este campo e interaccionan con la membrana.
2. La energía libre de asociación a corto alcance Bene una
sumatoria de diferentes contribuciones débiles (poco específicas):
• Efecto hidrofóbico (fuerza dominante)
• Contribuciones electrostá;cas (incluyen puente hidrogeno e
interacciones dipolares)
• Inmovilización pepPdica (perdida de entropía)
• Cambios conformacionales de la proteína
• Perturbación de la estructura lipídica (rigidización con
perdida entrópica)
Las células se comunican con su Una molécula señal o un primer mensajero 2. REGULANDO LA ACCIÓN DE
entorno mediante diferentes llega a la membrana plasmá;ca desde el FOSFOLIPASAS
mecanismos de señalización exterior celular, e interacciona con un
celular. La mayoría de ellos actúan a receptor de membrana el cual
través de cadenas de eventos que desencadena ciertos eventos de
señalización con una cascada de
nivel de las membranas. señalización que involucra dis;ntos factores
A su vez, estas enzimas pueden ser como proteínas que se comunican entre si
reguladas de manera NO CLÁSICA a través de segundos mensajeros que
por las propiedades isicas de su suelen ser lípidos o moléculas con carga
entorno. Esta forma no clásica es a neta como ca;ones divalentes.
través de modulación de Reg clásica: algunas moléculas pueden Estas enzimas a baja concentración de sustrato
5 membranas o del entorno mas interaccionar directamente sobre enzimas 5enen muy poca ac5vidad y muestran un aumento
cercano a esas enzimas, por lo cual e influir su ac;vidad enzima;ca, esto es abrupto de la ac5vidad cuando el sustrato supera su
regula la ac;vidad enzima;ca y toda una regla clásica donde hay una interacción CMC.
la cadena de señalización celular. directa de un inhibidor con la enzima
ü La absorción a interface puede involucrar o no un cambio en
3. Por cambios en la electrostáBca proteína/membrana
la conformación de la enzima que involucra mayor
• Cambios en el balance de cargas de la superficie proteica accesibilidad del S al si5o ac5vo.
(fosforilación/desfosforillación). A través de las quinasas, ya que estas ü Hay una disminución de la dimensionalidad con un aumento
caras con carga neta + que ;enen las proteínas, cuando se les agrega un de la concentración efec5va de sustrato (disminución del
fosfato lo que hace es un desbalance de esas cargas, llegan a una 5empo de choque enzima-sustrato)
superficie mas neutra en la cual van a tener menos interacción con la ü El sustrato se encuentra desolvatado
membrana y se va a favorecer la fracción soluble. ü Op5mización de la orientación rela5va sustrato-si5o ac5vo.
• Cambios en el balance de cargas de la membrana (por segregación o Las fosfolipasas son enzimas centrales en el sistema de
cambios de fase; por generación/degradación de componentes señalización celular, y como su nombre lo indica degradan
cargados). fosfolípidos, y se trata de enzimas especiales, ya que, no
obedecen los modelos de michelis menten.
• Por unión de ca;ones divalentes a la superficie proteica o a lípidos
aniónicos. Como es calcio, con altos niveles de Ca2+, vamos a tener Fosfolipasas importantes en eventos de señalización celular
menos repulsiones entre ambas superficies de proteínas y membranas, Fosfolipasa 2: degrada fosfa;dil colina generando
ambas cargas – y se va a favorecer la unión y si esa unión lleva consigo glisofosfa;dilcolina y acido libre
un aumento de la ac;vidad enzima;ca va a favorecer una ac;vidad. En CER: degrada Esfingomielina para generar ceramidas y
esta cascada de señalización celular. residuo soluble.
Fosfolipasa C: actúa en otra parte de la molécula
liberando diaciglicerol y un residuo fosfá;dico que es
4. Por cambios en la hidrofobicidad de las proteínas
• Por unión covalente con lípidos (miristoylación, farnesilación, liberado al medio.
palmitoilació, unión a GPI) mientras mas lípidos, mas hidrofóbica y mas Degradan fosfolípidos y producen lípidos que pueden
tendencia a interaccionar con membranas. permanecer en la membrana pero q no necesariamente
;enen las mismas propiedades que los sustratos, por lo
• Por deshidratación de a superficie de la membrana.
tanto las propiedades de las membranas también
5. Por asociación especifica mediante dominios de unión a lípidos (son
menos comunes) cambian.
 3. POR APORTE CARGA 5. POR INDUCCIÓN DE DOMINIOS LIPÍDICOS 6. POR INDUCCIÓN DE DOMINIOS LIPÍDICOS (COMPARTIMENTALIZACION)
NEGATIVA A LAS MEMBRANAS (COMPARTIMENTALIZACIÓN)
ü Cuando una enzima actúa transitoriamente sobre membrana, la
Algunas moléculas quedan ü Los procesos de difusión pueden estar disminuidos dinámica de asociación restringe el acceso al sustrato (integrado a
atrapadas en un espacio reducido por el efecto de áreas de exclusión: si tengo proteínas membranas).
durante un periodo largo de grandes, o agregados mul;moleculares la difusión de ü Al estar organizado en membranas discon;nuas, el sustrato muestra
;empo, si uno suma todos estos las moléculas pequeñas se ve afectada. Disminuye una restricción para la difusión lateral.
;empos, se produce una imagen entropía, sistema mas ordenado. ü Esto afecta la accesibilidad de un sustrato y promueve la
que evidencia la acumulación de ü Si el medio bidimensional ya no es con;nuo porque acumulación de productos.
las proteínas de fosfolipasa 2 en un las zonas inaccesibles a la difusión de la enzima o
Un liposoma ;ene una superficie con;nua que a su vez es discon;nua del liposoma del lado, si nosotros
entorno que esta enriquecido en el sustratos (dominios lipídicos o formación de vesículas)
la reacción enzimá;ca se verá inhibida: tenemos una enzima que actúa sobre esa superficie y la dinámica de la interacción con la membrana es muy
producto ac graso. fuerte hacia la asociación, va a degradar solamente el sustrato que se encuentre en este liposoma y no va a
Esas áreas acumularon el producto compar;mentalizacion.
ü Para una óp;ma función catalí;ca las enzimas debe poder degradar el del liposoma vecino. Por lo tanto, por mas de que haya sustrato en el medio, no va a poder
ácido graso y re;enen proteínas ser degradado y va a ser como si no exis;era para esta enzima.
inac;vas. Retención que ocurre con estar en contacto con un amplio reservorio de sustrato
y poder eliminar el producto por difusión. NIVELES DE REGULACION DE HOMEOSTASIS LIPIDICAS
el aumento de una carga nega;va
de la membrana debido a la Molécula altamente insoluble, por lo que se agg
1. Por alteración de la curvatura espontanea de la • El receptor DesK es un termosensor sensible al
acumulación de producto. lateralmente formando dominios condensados y rígidos.
membrana espesor de la membrana en bacterias.
4. POR ALTERACIÓN DE LA CURVATURA ESPONTANEA DE LA CTP: fosfocolina ci;diltransferasa (CT) • Una disminución de la temperatura rigidiza los
MEMBRANA ü La CT cataliza el paso regulador en la síntesis de fosfa;dilcolina y, por lo tanto, es lípidos y aumenta el espesor.
fundamental para las membranas celulares de los animales. • Residuos ca;cónicos en la interfase
Seramidas promueve la formación de membranas curvas.
ü La unión y ac;vación de CT a las membranas se ve favorecida por la presencia de lípidos agua/membrana es;ran la estructura
Forma vesículas pequeñas con mayor curvatura. aniónicos como PS y por los inducen una tensión de curvatura nega;va como DAG. transmembrana, asegurando no quedar incluidas
Los lípidos que promueven membranas curvas deshidratan la También sensa una baja relación PC/ o PE. Favorece la unión de proteínas transitorias. en el interior de las membranas.
interfase, disminuyen la presión entre las cabezas polares y Lípido con forma de cono inver;do. • Como resultado de ac;va una desaturasa que
favorecen la unión y ac;vidad de PKC CT ;ene dos formas, la soluble que es inac;va y la unida a la membrana que es la ac;va cataliza la incorporación de ácidos grasos
enzimá;camente. insaturados en los fosfolípidos revir;endo el
CALOTES VERSICOLOR Liquido fluido
efecto.
Modifica las membranas de sus células para que puedan ser funcionales a LÍPIDOS Y FÁRMACOS
dis5ntas temperaturas a las cuales este animal ha sido aclimatado. • Un considerable número de fármacos poseen carácter
• Este lagarto no puede regular su temperatura Liquido cristalino hidrofóbico o anfiflico.
• Sin embargo regulan su composición lipídica para mantener la • Los fármacos tendrán que atravesar estructuras
ü La proteína quinasa C (PKC) ;ene ac;vidad ATPasa y homeostasis lipídica. conteniendo lípidos, ya sean membranas celulares o
fosfatasa. Sus sustrato son diversas proteínas solubles. • Es esencial que las membranas se mantengan en fases líquidas para estructural ricas en lípidos como la piel.
garan5zar su funcionalidad.
ü PKC es una enzima anfitrópica, puede exis;r tanto en En el caso de fármacos cuyo blanco de acción son
forma soluble en agua como unida a la membrana. ü La temperatura en la que se produce esta transición de fases corresponde receptores localizados en membranas, las caracterís5cas de
ü PKC, ;ene mayor ac;vidad en presencia de lípidos con en cada caso a una temperatura levemente menor a la que se u5lizó para la interfase lipídica pueden jugar un rol importante en la
curvatura espontánea nega;va como DAG. aclimatar las dis5ntas poblaciones de lagartos. interacción.
ü Estos animales regulan la composición de los lípidos manteniendo estas Además, algunos fármacos interaccionan directamente con
ü PKC también con;ene un dominio (C1) que une
membranas en estado líquido y cerca de una transición de fases. las interfaces lipídicas, cambiando las propiedades de las
específicamente DAG.
membranas y afectando la acción de enzimas.
T20 y T21: ADN
ÁCIDOS NUCLEICOS: CARACTERÍSTICAS PRINCIPALES DEL MODELO DE Esto permite que los grupos fosfatos
-Heteropolímeros de nucleó;dos unidos mediante enlaces fosfodiéster WATSON Y CRICK cargados nega?vamente se ubiquen
-Combinación de 4 nucleó;dos: A, G, T y C (ADN) o A, G, U y C (ARN) -Dos cadenas an; paralelas (corren en direcciones hacia el exterior interactuando con
-Direccionalidad de la cadena 5 -́ 3 ́ opuestas) que se enrollan alrededor de un eje H2O e iones metálicos que
ESTRUCTURA PRIMARIA: formando una doble hélice dextrógira. compensan la repulsión
secuencia de nucleó?dos • Las bases se ubican hacia el interior, y la adenina se
Estos cuatro nucleó;dos se
electroestá?ca entre los fosfatos
aparea con la ;mina a través de 2 Puentes H, y la G se
combinan uniéndose entre si aparea con la C a través de 3 puentes H: y el esqueleto
mediante enlaces fosfodiester azúcar-fosfato se orienta hacia el exterior.
para dar la estructura primaria, • Las hebras se man;enen unidas por puente H entre
es decir, la secuencia de bases complementarias.
Nucleó;dos.

INTERACCIONES NO COVALENTES EN
Apilamiento de bases: electrostáBcas y de van der Waals
LA DOBLE HEBRA
De aquí proviene la mayor energía de estabilización
La cadena polinucleo;dica ;ene Apareamiento de las bases: puentes
-Estructuras planares a distancia óp;ma para interacciones de van der Waals, si H
direccionalidad, es decir, que sus
extremos son dis;ntos. pusiéramos en solución las bases complementarias (moléculas planares), en lugar de -La contribución efec;va de cada
En el extremo 5’ o inicio de la cadena aparearse, forman estructuras apiladas. En la doble hélice cada base se Apila con la base puente H a la estabilidad de la dsADN
tenemos expuesto al grupo fosfato que adyacente de de una misma hebra. es débil ~2 y 6 kJ/mol
esta únido al C5 del primer fosfato. Y en -Interacciones electrostá;cas favorables entre átomos, estos átomos de -Esenciales para la coopera;vidad y
el extremo 3’ esta expuesto el OH que los anillos aromá;cos que forman las bases son muy polarizables o ;enen especificidad.
Un nucleó?do consiste en densidades de cargas parciales. Los puentes hidrógenos que se
esta unido al C3’ del ul;mo nucleó;do En la doble hélice, como la hélice va
una azúcar unida forman entre las bases deben
mediante un enlace girando, cada base esta rotada respecto a
compe;r con los puentes H que se
ESTRUCTURA SECUNDARIA: patrón estructural El ARN que es monocatenario, la base con la q se esta apilando, entonces
fosfoester a un grupo forman entre el agua. el resultado
La can;dad de guaninas es igual a la can;dad de es decir, simple hebra, no se forma una región favorable con neto a la estabilidad a par;r de las
fosfato, y mediante un
citosinas y la can;dad de adeninas es igual a la can;dad forma dobles hélices largas y densidad de carga posi;va apilada a la interacciones puente H termina
enlace 𝛽-glucosidico a un de ;minas. Es decir, que el numero total de bases nega;va.
sistema de anillos con?nuas, pero si puede siendo bajo.
puricas es igual al numero total de bases pirimidinicas.
aromá?cos heterocíclicos, formar tramos cortos de doble
Interacción electrostáBca del
que es la base hélice intercalados con tramos
esqueleto: grupos fosfato
nitrogenada. cortos de cadena simple, y por Desfavorable (repulsiva). La línea
El azúcar es una pentosa, lo tanto, la doble hélice es el roja con;ene un grupo fosfato (q-)
Dos cadenas de ADN se man?enen unidas por ?po principal de estructura
que es una ribosa (en por nucleó;do, estos se exponen al
puentes hidrogeno entre las bases formando así secundaria en ácidos nucleicos
ARN), o una desoxirribosa medio acuoso para minimizar las
una doble hélice dextrógira
(en ADN) repulsiones
 CARACTERÍSTICAS ESTRUCTURALES DEL ADN-B FLEXIBILIDAD DEL ADN RECONOCIMIENTO MOLECULAR
La forma B del ADN es la conformación Curvatura • Patrón de reconocimiento químico en los surcos del ADN
canónica estándar, las rotaciones y el •Curvado anisotrópicamante → hacia una • Mayor variabilidad química en el surco mayor
apilamiento de las cadenas definen dos surcos, dirección • Especificidad de interacción proteína-ADN
el mayor y el menor • Dependiente de la secuencia Como hace la RNA polimerasa para reconocer el si?o de la
Surco mayor: es amplio, accesible a • Evidente en un rango entre 20 y 150 pb secuencia del ADN a par?r del cual ?ene que comenzar la
proteínas reguladoras u otras moléculas y Esta propiedad fisicoquímica del ADN dis?ngue transcripción?
?ene 4 ?pos de apareamiento de bases. estructuralmente una región del ADN de otra. Para ello hay una información que se lee desde afuera, desde los
Surco menor: es estrecho y ?ene 2 ?pos de Una medida de esta flexibilidad del ADN es la surcos, y esos si?os de reconocimiento dependen de las
apareamientos de bases, es menos accesible facilidad con la q se puede doblar. interacciones que establece esa molécula regulatoria con el ADN y
Longitud de persistencia lp: esta basado en dis?ntos grupos de interacciones que se exponen en
Se trata de una propiedad mecánica de el surco menor o mayor y que permiten el reconocimiento
3,1-3,4 Å entre pb sucesivos polímeros.
34 Å (~10 pb) por vuelta • Máxima longitud de un segmento de ADN En el si?o menor se
que se comporta como una varilla rígida. G-C: amino. dador puentes H dis?nguen solo 2 ?pos de
VARIACIONES CONFORMACIONALES: ADN A, B Y Z (>CITOSINAS Y • Si L > lp la cadena se puede doblar sin una C-G: hidrógeno, no polares apareamientos de bases
GUANINAS) penalización energé?ca significa?va. A-T: Nitrógeno 7, aceptor puentes H mientras que en el surco
• ADN-B: lp ~500 Å→ 14-15 vueltas de hélice → T-A: me?lo, hidrofóbico mayor se dis?nguen 4, es
Si la conformación 140-150 pb por ello que el si?o mayor
B se la deja secar da mayor especificidad de
lentamente, cambia reconocimiento molecular
a la conformación
A.
Conformación A: Conformación Z: la
también la adopta adopta solamente
el ARN o hibrido el ADN,
de ARN-ADN. Aquí preferentemente
el surco mayor es en segmentos que
mas profundo y tengan un alto
estrecho que en el contenido de
ADN-B haciendo citosinas y
mas di]cil, para guaninas en forma
proteínas que alternada. Puede
interaccionan con disparar la
el ADN, leer la info apertura de la
de la secuencia doble hélice
ESTABILIDAD DE LA DOBLE HÉLICE ¿CÓMO PODEMOS DETERMINAR EXPERIMENTALMENTE ESA ESTABILIDAD?
Trabajo para inducir la transición desde la Doble hélice a la Simple hebra→ ∆𝑮°𝐷 Espectroscopia UV
Hasta 12-14 pares de bases Los nucleó?dos absorben luz UV a 260
Modelo 2-estados nm, debido a la estructura resonante de
las bases, pero la reabsorción depende del
contexto estructural.
La absor?vidad molar de lo nucleó?dos
aumenta cuando el ADN pasa de la forma
Can?dades equimolares de de doble hélice a la las hebras
cada simple hebra monocaterias, este efecto es mayor que
Diferencia importante con en la doble hebra: efecto hipercrómico
el desplegamiento de
proteínas, en el caso de COOPERATIVO: el cambio en la
proteínas monomericas el Tm: es la temperatura a la observable ocurre en un cambio
desplegamiento es cual el 50% de las cadenas estrecho de temperatura, lo que nos
unimolecular. En cambio en se encuentra como simple indica que la desnaturalización de la
el caso del ADN el dúplex hebra doble hebra es un proceso
produce dos hebras simples coopera?vo poblacional del ?po
al desnaturalizarse, y por lo todo o nada
tanto la rxn es de segundo DEPENDENCIA DE LAS CURVAS DE DESNATURALIZACIÓN CON CT
orden respecto a la Resultados mas precisos
concentración de las hebras
monocatenarias.
CALORIMETRÍA DIFERENCIAL DE BARRIDO
Aumentando la concentración
total de las hebras, se
favorece la formación de la
doble hélice y por lo tanto
aumenta la Tm.
“Tm depende de CT”

Favorecido Desfavorecido
entalpicamente entrópicamente
Dúplex marginalmente estable
Si medimos la Tm para una serie de muestras a dis;ntas concentraciones del mismo par de
oligonucleó;dos complementarios y graficamos la relación entre la KD y la inversa de la Tm, podemos
obtener a par;r de esta recta el ∆𝐻 a par;r de la pendiente y el ∆𝑆 a par;r de la ordenada al origen.
CAMBIO DE ENTROPIA DE LA CADENA DEPENDENCIA DE LA ESTABILIDAD CON LA SECUENCIA ALGUNOS FACTORES QUE INFLUYEN EN LA
A pesar de tener el ESTABILIDAD DE LA DOBLE HEBRA DE ADN
Se puede determinar a par?r de la
mismo patrón de - Temperatura → interacciones. Al aumentar la
ecuación del boltsman, considerando el
puentes H, las temperatura, se desnaturaliza la doble hebra porque
numero de conformaciones posibles en
estabilidades son se disocian las interacciones covalentes que las
ambos estados
dis?ntas, es mas man?enen unidas
estable la segunda - Fuerza iónica: ↑ fuerza iónica ↑ Tm→ el
= % AT secuencia, debido a apantallamiento de los grupos fosfatos disminuyen la
≠ secuencia
su apilamiento, la Tm repulsión electrostá?ca y aumenta la ac?vidad del
En la doble hélice, por lo general hay mayor y el ∆𝐺 duplex
una única conformación estable, de estándar también. - Solventes orgánicos y pHs extremos: ↓ Tm →
manera que podemos considerar el puentes H
WD=1.
pH>11: las bases se despre?nan
El cambio de entropía conformacional MODELO DE VECINOS CERCANOS
favorece a la simple hebra. pH<3: las bases se protonan, rompen puentes
hidrogeno
Resulta bastante lógico pensar que el
ROL IMPORTANTE DEL SOLVENTE
valor exacto de la energía de FACTORES INTRINECOS
Por un lado, al disociarse el ADN, se exponen muchos
interacción depende de la secuencia Modifican la estabilidad del dúplex, dependiendo de
átomos de la base q ?enen densidades de carga parciales
especifica del oligonucleó?do la secuencia exacta
de manera que interaccionan con el agua de una forma
dis?nta a cuando se despliega una proteína y expone - Apilamiento → interacciones de apilamiento
residuos hidrofóbicos, esto se refleja en que el ∆𝐶𝑝 es (electrostá?cas y de van der Waals)
cercano a cero. - Largo de la cadena: ↑ largo ↑ Tm, mayor numero
de interacciones y mayor estabilidad
Para calcular un parámetro - Contenido de (G+C): ↑ %(C+G) ↑ Tm → 3 puentes
termodinámico, se suman las H por par de base apareada
contribuciones de cada extremo y
luego las contribuciones de cada
Funciones termodinámicas no son par de base apareados, pero
Por otro lado, las moléculas de H2O ?enden a rodear a
simplemente una combinación lineal teniendo en cuenta con quien esta
los grupos fosfatos en la doble hélice, apantallando sus
de los pares de bases apareados, si apilada en la misma hebra
cargas y disminuyendo la repulsión electrostá?ca, esas
moléculas de H2O están en cierta forma ordenadas. no que también depende del
En la doble hélice se forman hileras de moléculas de H2O apilamiento entre pares de bases
en los surcos del ADN, par?cularmente en el surco vecinas. Entonces la contribución
menor de secuencias ricas en A y T. estas moléculas de entrópica y entalpica de las bases
H2O se liberan cuando la doble hélice se disocia apareadas depende de quien ?ene de
favoreciendo entrópicamente al estado monocatenario. vecina en una misma cadena
 ESTRUCTURA TERCIARIA
ADN superenrrollado y relajado.
Estos principios aplican para ADN y
ARN doble cadena. El ADN se
encuentra compactado gracias a
unas proteínas que son las cistonas.
Cuando el ADN se replica o se
transcribe interacciona con otro ?po
de proteínas que le ayudan a
relajarse y así puedan intervenir las
enzimas y cofactores necesarios
para replicar o transcribir.
Cualquier elemento con
la estructura secundaria
del ADN, es decir, doble
hélice, y con sus
extremos inmovilizados,
si sufre una torsión
adicional a las estructuras
secundarias, ?ende a
enrollarse sobre si misma
SUPERENROLLAMIENTO
Un superenrollamiento hacia la derecha, del
mismo sen?do que el de la estructura
secundaria (“A” o “B” DNA), se define como
superenrollamiento nega?vo (dextrógiro). Un
superenrollamiento hacia la izquierda se
define como superenrollamiento posi?vo.
Fisiológicamente, el estado global de un
genoma ?ene superenrollamiento nega?vo.
El superenrollamiento nega?vo facilita la
separación de las dos hebras de ADN durante
la replicación, recombinación y transcripción.
El superenrollamiento introduce tensión, la
cual se libera por relajación del mismo
mediante enzimas.
PARÁMETROS GEOMÉTRICOS Y TOPOLÓGICOS DEL TOPOISOMERASAS
SUPERENROLLAMIENTO Enzimas que catalizan la interconversión de topoisomeros del DNA (cambios
TOPOLOGIA: termino matemá?co que define el estudio de las en superenrollamiento) con el fin de restaurar al ADN a su estado relajado.
propiedades de cuerpos geométrico que permanecen sin Enrollan ADN con SE- y desenrollan ADN con SE+.
cambios por transformaciones con?nuas. Modificamos la Topoisomerasa I
superficie sin generar una discon?nuidad. - corta una hebra; permite un giro sobre la otra hebra, y reúne la hebra
Valores geométricos cortada. No requieren ATP
Tw = número de vueltas o veces que una cadena cruza sobre la - Relaja “desenrolla” DNA con SE nega?vo (induce ΔLk > 0)
otra de una cadena sobre la otra. Es una torcedura. En el ADN - u?liza energía del SE para inducir este cambio topológico.
lineal relajado este numero es =3 - El cambio en el ∆𝐿 = +1
Wr = número de contorsiones globales del ADN global (veces Topoisomerasa II
que la doble hebra se cruza a sí misma). Para que este numero - corta ambas hebras, introduce un SE nega?vo (TIIA = girasa de
sea diferente a cero, ese ADN debe ser circular o tener los procariotas), y luego reúne las hebras. ∆𝐿 = +2
- puede relajar SE + (eucariotas) o introducir SE nega?vo (procariotas; =
extremos no libres, es decir, fijados. Wr es posi?vo para un
girasa)
superenrollamiento nega?vo, Wr es nega?vo cuando esta
- hidroliza ATP, es decir, necesitan energía que va a ser almacenada en
menos enrollado
dicho estado. O usa NADH
Parámetro topológico
- (sub?po IV en Archea)
LK = (número de unión) es el número de veces que las dos
hebras de DNA están enrolladas entre sí cuando están en un
plano. Describe el grado de superenrollamiento y no cambia a
menos que se corte una o ambas cadenas del ADN. Una Energía de Gibbs asociada a enrollar el DNA por
disminución del LK conduce a superenrollamiento nega?vo. Y unidad de masa:
un aumento de LK conduce a un superenrollamiento posi?vo ΔG / N = 10RTσ2
que resulta en una estructura compactada de la doble hélice. Para separar 10 pb se necesita 12 a 50 Kcal/mol; La
LK (topología) = Tw + Wr (geometría) energía de un SE (9 Kcal/mol) alcanza para separar
Lko = de ADN relajado (energía torsional mínima) = N / h 6-7 pb
N = Nº bp
h = repe;ción de hélice : promedio bp / vuelta
( h ~ 10.5 a 0.2M NaCl, pH 7, 37°C )
In vivo: LK<Lko (SE nega?vo)
DENSIDAD DE SUPERHELICE: se usa para comparar el estad
de superenrollamiento de cadenas de dis?nto largo. Es el
numero de enrollamiento por cada vuelta de hélice
Densidad de superhélice, σ = (LK - LKo)/ LKo
Típicamente se encuentra σeucariotas= -0,05- / 0,08
σ procariotas = - 0,06 ; ~ 1 SE / 200pb ;
ESTRUCTURA CRISTALINA Y MECANISMO DE ACCIÓN DE TOPOISOMERASA I
Dominios estructurales del fragmento de 67-kDa N- terminal de Topoisomerasa I de
E. coli (sin el dominio de unión a ADN). Interacciones no covalentes (fácilmente
modificables) del dominio III con I y IV. Cavidad de 25 Å de ø acomoda B-ADN.
Cavidades secundarias que par;cipan en el mecanismo de acción.
• La interacción de un residuo ;rosina del
dominio IV con ADN induce cambio
conformacional en la enzima
•El dominio IV con alto potencial posi;vo -
Electrostá;ca
• Varios si;os de unión a zinc intervendrían
en la unión a ADN.
TOPOISOMERASA II
Cada evento modifica el número de linking en
un valor de 2. Aquí se pasa de un estado de
superenrollamiento posi;vo d +1 a un estado
d superenrollamiento nega;vo de -1
Dinámica molecular
Acá el cambio conformacional
inducido por la interacción con
ADN va cerrando esta estructura
hasta cerrar un anillo que con;ene
alojado en su interior a ese ADN y
la estructura cerrada es la L,
donde el contacto se ha
establecido por completo entre el
dominio 3 y 4 con una distancia de
0.0nm
TOPOISOMERASAS PARTICIPAN
EN CONDENSACIÓN Y ANCLAJE
DE ADN
Enrollamiento y anclaje a matriz
cada aprox. 60.000 bases
permite el manejo del ADN en
unidades discretas y el
movimiento a otros lugares del
cromosoma.
Cada rulo :
•abarca aprox. Uno o dos genes
•Es del tamaño de un replicon
•Se ancla al si?o de unión a la
matriz nuclear (SAR) ayudado
por topoisomerasas
DEPENDENCIA DE
SUPERENROLLAMIENTO CON PH
FORMA II: El ADN simple cadena
siempre ;ene LK=0
FORMA I: es la mas común,
alrededor de PH=11,5 – 12 ese ADN
se relaja, luego que pasa ese PH, se
comienza a enrollar hasta que se
condensa y adopta la forma 4.
FORMA IV: ya no es reversible, se
desnaturaliza a PH=13.
SW: coeficiente de sedimentación
Migración electroforé?ca:
De un plásmido circular en dis?ntas
conformaciones, depende de el
estado de superenrollamiento.
TOPOISOMEROS: mismo largo,
dis?ntos niveles de
superenrollamiento. Siempre migra
mas rápido el superenrollado.
DEPENDENCIA DE SUPERENROLLAMIENTO CON FUERZA IÓNICA
Las interacciones entre segmentos de ADN definen la dependencia del
superenrollamiento con fuerza iónica: la repulsión electrostá?ca entre
segmentos de AND superen rollado, muy próximos entre sí, es apantallada
por iones, disminuyendo la distancia intersegmentos de 15 nm para 0.01 M
Na+ a 3 nm para 1 M Na +
conformaciones simuladas de DNA
superenrrollado con Lk= 7 y σ = -0.05,
en solución conteniendo 0.2 M NaCl (a)
y 0.01 M NaCl (b).
A menor fuerza ionica hay mayor
repulsión electrostá?ca entre los A PH=2 ya se puede ver el
segmentos de ADN y por lo tanto esta efecto de la fuerza iónica
menos enrollado (b).
AGENTES INHIBIDORES DE TOPOISOMERASAS
Son agentes intercalantes de ADN que producen
un cambio en el estado de superenrollamiento
muy local, pero de?enen la función de la
Topoisomerasa porque esta ya no puede englobar
al ADN que hay que cortar
Reducen Tw y aumentan Wr inhiben replicación,
como inhiben la replicación se trata de agentes
bactericidas o quimioterapéu?cos.
ciprofluoxacina (=quinolona) inhibe girasa.
An?bió?cos (no inhiben Topoisomerasa eucariotas)
Inhibidores por unión directa
En Bacterias: novobiocin (cumarina, bloquea unión
de girasa a ATP); ácido nalidixico (bloquea el
mecanismo de corte y religado).
En Eucariotas: doxorubicina o etopósido se usan
como agentes quimioterapéu?cos.
T22: POLIMEROS Y SU
COMPORTAMIENTO
REOLOGICO
Polímeros: Macromoléculas
formadas por la unión covalente
de monómeros.
Biopolímeros:
Polímeros sinte?zados por los
seres vivos, Ácidos nucleicos,
Proteínas, Polisacáridos. Menos
abundantes: Poli terpenos, Poli
fenoles, Poliésteres.
Polímeros sinté?cos:
•Biocompa?bles (para prótesis)
•Inocuos para el consumo, para
adicionar a formulaciones/
alimentos.
Ponderado por n° par{culas.
Peso molar promedio: Viscosidad, dispersión de luz, sedimentación.
Cada técnica promedia el peso molar de acuerdo a la propiedad que
determina.
Ponderado por masa
el peso molecular obtenido a par?r de una propiedad coliga?vas no es
el mismo que se ob?ene a par?r de un promedio ponderado por masa
FUNCIONES DE LOS OVILLO AL AZAR: LARGO EFECTIVO DEL POLIMERO
POLISACÁRIDOS: Ocurre en ausencia de interacciones El modelo de cadenas unidas libremente predice que el
-Estructurales: fibrosas e intramoleculares, es decir, cuando estas largo efec?vo del polímero crece con N a través de un
insolubles. (celulosa, qui?na) son despreciables. Se puede dar en exponente que es igual a 1/2
-Reconocimiento, protección: ADN, ARN, proteínas desplegadas
ramificadas. (glicoproteínas, GAGs,
mucinas) MODELO DE CADENAS UNIDAD LIBREMENTE
-Depósitos de energía: ramificadas El comportamiento de un polímero en una conformación ;po Polímeros NO ideales
o lineales. (almidón, glucógeno) ovillo al azar, se puede predecir a través del modelo de cadenas
unidas libremente (matemá;ca similar al modelo de caminata al
PESO MOLAR DE POLÍMEROS: azar considerado en difusión Browniana)
no suele ser uno solo. Las En este modelo, un
propiedades coliga?vas dependen monómero esta en una
de N (can?dad de moléculas posición al azar respecto a MAL SOLVENTE: Las interacciones entre el polímero y
disueltas), por lo que permiten su monómero anterior y a el solvente no son muy favorables, en este caso, el
determinar un Peso Molar su subsiguiente, separado polímero va a tratar de ocultar la mayor can?dad de
Promedio (Mn): a una distancia L (longitud
Largo efec3vo del polímero:
monómeros, la estructura va a ser compacta.
del segmento que une dos BUEN SOLVENTE: La estructura no será tan compacta.
monómeros)
IMPEDIMIENTO ESTERICO: Un monómero NO puede
ocupar el mismo volumen que otro monómero. Este
impedimento esta siempre presente.
POLIMERO REAL
Los enlaces no son tan flexibles y no Polímero NO ideal en solvente
todos los ángulos son posibles. Mayor adecuado:
largo efec;vo, mayor rigidez Si las interacciones atrac?vas balancean
las estéricas:
POLIMEROS DEL TIPO DOBLE HEBRA DE ADN:
Los polímeros forman soluciones no ideales aun a bajas concentraciones porque MODELO DE CADENA TIPO GUSANO.
al ser grandes afectan una gran can;dad de moléculas de solvente. El tamaño y la
geometría molecular dependen de la conformación. El efecto del polímero sobre Se trata a todo el polímero
como una barra semiflexible.
las propiedades de la solución dependen de la concentración y de la
Longitud de persistencia lp:
conformación del polímero
mide la rigidez del polímero.
Cuando esta aumenta, la
Mientras mas alejado
correlación en la orientación
de 1 este este
del segmento inicial, se pierde
cociente, mas poli
a distancias mucho mayores.
disperso será el
polímero
REOLOGIA DE POLIMEROS CASOS EXTREMOS
¿como se comporta un polímero frente a deformaciones o Líquidos: fluyen con una cierta
tensiones? viscosidad
PERTURBACIÓN RESPUESTA Solidos: se deforman con una cierta
Ante un estrés habrá una deformación elas?cidad
Ante una deformación habrá un estrés PERTURBACIONES PEQUEÑAS:
¿Cómo es la deformación? ¿Cómo se aplicó el estrés? RESPUESTAS LINEALES
Respuesta elás?ca Ley de Hook
ESTIRAMIENTO O (resorte): La deformación es
CIZALLA (O CORTE) proporcional al estrés Respuesta
COMPRESION
Determinamos la En donde deformamos el viscosa: Fluido Newtoniano: La
sistema a un mismo volumen y
respuesta del sistema a deformación es proporcional a la
la respuesta del sistema queda velocidad y ?empo a la que se aplica
través del modulo de
Young’s determinada por el modulo de en estrés
cizalla o de corte
COSAS A TENER EN CUENTA
1. SOLID-LIKE. SÓLIDOS POLIMÉRICOS:
madera, dientes y ópalos, gomas y
otros materiales compuestos.
Las uniones C-C son rígidas y el ángulo
de enlace está fijo pero, dado que hay
muchas uniones formando el
esqueleto, la rotación permite que el
polímero adquiera diferentes formas y
q cambie la conformación.
Sólidos más compresibles
deformables que otro ?po de sólidos.
Tipos de sólidos poliméricos: Por
solidificación, desde el estado líquido
Elastómeros Geles
TIEMPO: EL NÚMERO DE DEBORAH DE
Cuando un material se deforma, dentro del material las moléculas difundirán
para adaptarse a la nueva forma, perdiendo la forma anterior: flujo viscoso Esto
ocurre a un ?empo caracterís?co 𝜏, el cual depende del ?empo de difusión de las
moléculas: 𝜏 depende de la iden?dad química de las especies que forman el
material.
Se define De como:
Cuando el ?empo de relajación es mucho mas rápido que el ?empo de
experimento, el sistema va a fluir y vamos a estar frente a algo descripto como
liquido.
“las cosas fluyen de acuerdo al ?empo que estés dispuesto a esperar ”
Los materiales con ?empo de relajación similares son di]ciles de clasificar.
SOLIDIFICACION DEL POLIMERO LIQUIDO
En ciertas regiones aparecen cristalizaciones que están rodeadas por
cadenas interconectadas, entonces la rta mecánica de este sistema esta
dada por las interconexiones. Importancia del proceso de enfriamiento. El
tamaño de los cristales, que afectan de todas formas el comportamiento
del sistema, va a depender de como es el proceso de enfriamiento. Los
diferentes enfriamientos generan dis?ntos ?pos de cristalizaciones, y por
ende polímeros con dis?ntas propiedades.
Cristalistales rodeados de cadenas interconectadas La respuesta al estrés
estará dada por las interconexiones.
Elastómeros: Los polímeros están unidos ocasionalmente (crosslink). No
hay cristales. Las propiedades reológicas dependen del grado de
y entrecruzamiento, son mas solidos y sus propiedades mecánicas
dependen del grado de entrecruzamiento del polímero.
Geles: Soluciones concentradas de polímeros de alto peso molecular. Las
propiedades reológicas dependen de la concentración
2. LÍQUIDOS POLIMÉRICOS: Soluciones diluidas (C<C*): C≥C*: Comportamiento no-newtoniano: constante
Difusión rápida, las moléculas se Relación empírica de 𝜂 con C: Ecuación de Huggins El estrés no es directamente proporcional a la velocidad de
mueven una respecto de otra a formación
una velocidad que depende de las A través del grafico de viscosidad
interacciones inter-moleculares y de soluciones poliméricas de
del espacio libre del sistema: dis?nta concentración, se puede
VISCOSIDAD obtener el valor de la viscosidad
Fluido newtoniano: es el caso mas intrínseca del sistema, y esto es A par?r de un estrés umbral ocurre un flujo de la solución
sencillo, es cuando la respuesta es importante, ya que esta polimérica
lineal (Velocidad de la deformación En ausencia de interacciones viscosidad permite determinar el
lineal con el estrés) de Van der Waals o peso molecular del polímero
electrostá?cas (solamente
Ejemplo: agua líquida hidrodinámicas): k´H = 1 El peso
Pendiente: viscosidad molecular en
Ecuación de Mark- Howink K y 𝜈 :
este caso esta
dependen del polímero, del ponderado por
solvente y de la T (están
la viscosidad
tabuladas)
provocada por
Que valor de concentración puede considerarse cada PM
diluida?
A concentraciones muy bajas, las soluciones
poliméricas se comportan de forma no ideal 3. FLUIDOS VISCOELASTICOS
Combinación de ambas respuestas, la elás?ca y la viscosa
Radio de giro: distancia promedio de cada átomo
al centro de masa del polímero y se puede
determinar experimentalmente
Solución diluida: cada polímero se mueve
independientemente del resto Estrés es directamente Comportamiento newtoniano
Solución semi-diluida (c*): el movimiento de un proporcional a la donde el estrés es
polímero afecta a su vecino, esto ocurre cuando el deformación directamente proporcional a
volumen de la solución es igual al que ocupan las la velocidad de formación
moléculas de polímero desenrollado
Concentraciones mayores
disminuyen las fluctuaciones en Resorte, si no se somete a
A t=0 se aplica Lineal mientras que el Se deja de aplicar
ninguna presión no +ene
la confirmación del polímero, la bruscamente un estrés sea cte y una vez q tensión, si aplico una estrés y el sistema
estrés cte y este cesa, el sistema
fluctuación de un polímero fuerza lo deformo, una vez se relaja
luego se elimina fluye y no vuelve al lentamente
afecta al polímero que este al estado inicial
que se suelta el sistema
vuelve al estado inicial
lado