UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DEL ESTADO DE MÉXICO

FACULTAD DE CIENCIAS

LICENCIATURA EN BIOLOGÍA

REPORTE DE FISICA APLICADA A LA BIOLOGÍA

ACTIVIDAD: 3

EQUIPO: 1

INTEGRANTES:

GARCÍA RAMIREZ HUGO ANDRÉS

BARRERA FLORES ADRIÁN YOLTIC

TELLO GARCÍA ANTHONY

FIDEL DE JESÚS ANDREA

FABELA DOMÍNGUEZ DIANA PAMELA

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Biología

VISUALIZACIÓN Y CARACTERIZACIÓN DE LA ESTRUCTURA DE

BIOMOLÉCULAS

INTRODUCCIÓN
En las últimas décadas, han surgido muchas herramientas y sistemas para la visualización
molecular con mejores gráficos y capacidades de análisis, entre los más utilizados están
los gratuitos como VMD, PyMOL y Chimera. La mayoría de estos softwares incluyen
representaciones gráficas de modelos moleculares tridimensionales, y algunos como Pymol
por su naturaleza de libre acceso son sistemas que se benefician de la comunidad de
usuarios que contribuye agregando complementos propios llamados plugins – además de
los que son desarrollados por la empresa – lo que aumenta las herramientas disponibles
que permiten incluir información adicional sobre diversas propiedades fisicoquímicas y
relaciones en el sistema molecular, por ejemplo, densidades atómicas, campos
electrostáticos, cálculo de propiedades dinámicas, entre otros.1,2
El SARs-CoV-2 es el agente causante de la enfermedad por coronavirus 19 (COVID-19)
responsable de la pandemia declarada desde el 11 de marzo de 2020 por la Organización
Mundial de la Salud.

Figura 1. Representación de la proteína Spike de SARS-CoV-2. En la parte superior se

muestra la localización de la proteína en el virión y las subunidades que la conforma. En la
parte inferior se presenta la secuencia lineal con la ubicación de los dominios de Spike en
donde NTD: Dominio N terminal, RBD: Dominio de Unión al receptor, SD1: Subdominio 1,
SD2: Subdominio 2, FP: Péptido de fusión, HR1: Heptadas repetidas 1, HR2: Heptadas
repetidas 2, CH: Hélice central, CD: Dominio conector, TM: Dominio Transmembranal, CT:
Cola citoplasmática y S2’: Sitio de escisión.
El genoma de SARS-CoV-2 está compuesto por 29,033 nucleótidos que incluyen al menos
10 marcos de lectura abiertos (ORF), de los cuales los ORF1a/b corresponden a 2/3 del

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ARN viral y se traducen en dos grandes poliproteínas superpuestas, pp1a y pp1ab, que
codifican 16 proteínas no estructurales (NSP); mientras que el resto de ORF codifica
proteínas estructurales y accesorias. El virus está constituido por 4 proteínas estructurales,
de las cuales destaca la proteína Spike que se une a los receptores humanos – la enzima
convertidora de angiotensina 2 o ACE2 – usando un eficiente mecanismo de acoplamiento
estructural a través del dominio conocido como dominio de unión a receptor (RBD) para
iniciar el proceso de infección. La proteína Spike está compuesta por dos subunidades, S1
y S2, en donde S1 es para la unión al receptor del huésped mediante el RBD y S2 es para
la fusión de membrana viral con la del huésped. Los dominios complementarios de la
proteína Spike son el dominio N terminal (NTD), el péptido de fusión (FP), las heptadas
repetidas 1 y 2 (HR1,HR2), la hélice central (CH) y el dominio conector (CD) cuyas
funciones específicas son fundamentales en el proceso de fusión entre la envoltura vírica y
la membrana de la célula huésped (Figura 1).3–5
DESCRIPCIÓN
Esta práctica consiste en visualizar la proteína Spike de SARS-CoV-2, que tiene
importancia clínica a nivel mundial, e identificar sus dominios mediante software
especializado – como Pymol – a partir de un archivo en formato .pdb descargado del Protein
Data Bank.
OBJETIVO GENERAL
Utilizar software especializado para visualizar una proteína e identificar sus regiones
funcionales.
OBJETIVOS ESPECÍFICOS
• Identificar los dominios de una proteína con importancia médica.
• Usar software especializado para visualización de biomoléculas.

DURACIÓN
La práctica se lleva a cabo en una sesión de 2 horas.
REQUERIMIENTOS Y PROCEDIMIENTO
Requerimientos
• Computadora con conexión a internet
• Procesador de textos
• Software especializado para visualización de proteínas (licencia gratuita de Pymol)
• Acceso al Protein Data Bank: https://www.rcsb.org/

Procedimiento
1. Para esta actividad se sugiere utilizar Pymol
Nota: Para descargar la versión gratuita para estudiantes de Pymol acceda al URL
<https://pymol.org/edu/?q=educational/>. Deberá llenar un formulario y
posteriormente recibirá un correo electrónico con la información para descargarlo,
instalarlo y activar la licencia.
2. Acceda al Protein Data Bank y descargue el archivo .pdb de la proteína Spike con
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el ID:6VXX.

Nota: Si usted está utilizando Pymol, puede optar por colocarse en la línea de
comando y escribir fetch 6vxx. Al dar enter se cargará automáticamente la
estructurade la proteína.

3. Identifique gráficamente todos los dominios de la proteína Spike de acuerdo con la

ubicación de la Figura 1. A continuación se muestra un ejemplo:

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4. Registre e incorpore su evidencia en el formato de reporte visto en clase (Anexo I).

La evaluación de la práctica se llevará a cabo conforme a la Rúbrica de las
Prácticasde Biología Computacional.

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CONCLUSIONES:

El modelado molecular con softwares conputscionales como PyMOL, se ha convertido

en una herramienta esencial en la investigación y comprensión de estructuras
moleculares, su accesibilidad gratuita para alumnos fomenta la colaboración y el
desarrollo de modelados por parte de la comunidad científica. Esto permite, no solo
visualizar modelos tridimensionales, sino también analizar propiedades físico-químicas y
relaciones en sistemas moleculares.
En esta práctica, el modelado molecular se ha utilizado para estudiar el SARs-CoV-2, lo
que destaca la importancia de esta técnica en la investigación biomédica.

En resumen, el modelado molecular es una herramienta versátil y poderosa que ha

revolucionado la investigación en química, biología, farmacología y otros campos,
permitiendo a los científicos comprender y predecir el comportamiento de moléculas a
nivel atómico y molecular.

REFERENCIAS
1. Kozlíková, B. et al. Visualization of Biomolecular Structures: State of the Art Revisited.
Comput. Graph. Forum 36, 178–204 (2017).
2. Olson, A. J. Perspectives on structural molecular biology visualization: from past to
present. J. Mol. Biol. 430, 3997–4012 (2019).
3. Tai, W. et al. Characterization of the receptor-binding domain (RBD) of 2019 novel
coronavirus: implication for development of RBD protein as a viral attachment
inhibitorand vaccine. Cell. Mol. Immunol. 17, 613–620 (2020).
4. Zhou, P. et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable
bat origin. Nature 579, 270–273 (2020).
5. Wrapp, D. et al. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion
conformation. Science (80-. ). 367, 1260–1263 (2020).

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