INSTITUTO TECNOLOGICO DE SANTO DOMINGO

ÁREA DE CIENCIAS BÁSICAS Y AMBIENTALES

LICENCIATURA EN BIOTECNOLOGÍA (Versión 2015). Curso 2018-19

ASIGNATURA PROTEÓMICA (LBT 314).

La docencia de la asignatura, correspondiente al 11º trimestre, tendrá lugar durante los

meses mayo-julio de 2019.

PROFESORADO
Prof. Jesús V. Jorrín Novo. Dpto. de Bioquímica y Biología Molecular, Universidad de
Córdoba, Córdoba, España (bf1jonoj@uco.es).
Prfra Mari Angeles Castillejo Sánchez. Dpto. de Bioquímica y Biología Molecular,
Universidad de Córdoba, Córdoba, España (bb2casam@uco.es).
Prfra. Maria Dolores Rey Santome. Dpto. de Bioquímica y Biología Molecular,
Universidad de Córdoba, Córdoba, España (b52resam@uco.es).
Prof. Luis Enrique Rodríguez de Francisco. Laboratorio de Biología, Área de Ciencias
Básicas y Ambientales, INTEC.

ENSEÑANZA SEMIPRESENCIAL (Ver nota a pie de página1)

Dado que la docencia será impartida por profesores extranjeros, con permanencia limitada
en INTEC, se ha optado por una docencia semipresencial. Las lecciones magistrales
impartidas y prácticas de laboratorio a realizar se completarán con una enseñanza
tutorizada, utilizando diferentes recursos disponibles (correo electrónico, Skype,
plataforma Moodle u otros).

La enseñanza presencial constará de lecciones magistrales, prácticas de laboratorio y

prácticas de aula. La docencia se complementará con tutorías individuales o grupales.

RECOMENDACIONES

La enseñanza es un continuo y no una suma de compartimentos estanco. Es por ello que

para un buen aprovechamiento de las clases y una optimización del aprendizaje, máxime
teniendo en cuenta el carácter semipresencial, se tengan en cuenta las siguientes
recomendaciones, todas ellas relacionadas con contenidos de cursos anteriores.

1. Comunicación en inglés a nivel científico-técnico, al menos a nivel de lectura

comprensiva. La bibliografía suministrada está, como norma, escrita en inglés.

1
Aunque la docencia programada es semipresencial, para este curso y dada la situación actual, con
restricciones totales de desplazamiento debido a la pandemia del coronavirus, y las normas impuestas en
ambos países, se adaptará a una modalidad virtual, utilizando diferentes plataformas virtuales de
comunicación.
 2. Entender las bases de la investigación biológica en su aspecto básico, en especial
a nivel molecular (LBT101) y su aplicación biotecnológica. El diseño y análisis
experimental (CBM 231)
3. Aplicar ecuaciones matemáticas (CBM 217 y 218) y diferentes programas
estadísticos para el análisis de datos experimentales (LBE 310).
4. Conocimientos de Bioquímica y Biología Molecular Celular (LBT 201), en
especial en lo que hace referencia a las proteínas, composición química y papel
biológico (LBT209).
5. Conocer los fundamentos analíticos de las técnicas empleadas en el estudio de
biomoléculas, en especial proteínas (CBQ206).
6. Estar familiarizado con el empleo de la bioinformática y algoritmos científicos,
en especial de los empleados en el área de la genómica (LBT307).
7. Conocimientos sobre genómica estructural y funcional.
8. Estar familiarizado con los sistemas de comunicación científica y el lenguaje
científico y su aplicación a la redacción de artículos científicos (LBT212).

OBJETIVOS

La Proteómica, entendida como disciplina del área de la bioquímica y biología

molecular o aproximación metodológica, tiene como objeto de estudio a las proteínas. El
curso tiene un enfoque metodológico o de investigación y pretende que el alumno conozca
los métodos de estudio de proteínas desde una aproximación holística (-ómica). Nos
ayudará a conocer e interpretar la biología de los seres vivos desde un punto de vista
molecular, en el lenguaje de las proteínas, y a utilizar dicho conocimiento en el desarrollo
de estrategias biotecnológicas en el campo médico, agroforestal, medioambietal e
industrial. Es por tanto una suma de conocimientos y métodos y de cómo uno y otro se
retroalimentan. El objetivo final es que el alumno conozca cómo utilizar dicha ciencia o
metodología en un proyecto de investigación biológico y biotecnológico. Los objetivos
concretos son:

i) Aprender a manipular muestras biológicas para estudios Proteómicos.

ii) Comprender los fundamentos de las técnicas preparativas de separación de
proteínas empleadas en Proteómica.
iii) Conocer los fundamentos y variantes de la espectrometría de masas aplicada
al estudio de las proteínas.
iv) Conocer los flujos de trabajo para el análisis de proteínas mediante
espectrometría de masas y las peculiaridades de las distintas plataformas.
v) Aprender a interpretar datos de espectrometría de masas de péptidos y
utilizar motores de búsqueda.
vi) Conocer los fundamentos de los protocolos habituales para estudios de
proteómica cuantitativa.
vii) Comprender las estrategias experimentales más adecuadas para cada tipo de
estudio proteómico.

Junto con otros cursos de la Licenciatura pretende contribuir a la formación

integral del alumno como científico, investigador y biotecnólogo, dotándole de
diferentes competencias, entre otras:
 i) Saber utilizar las herramientas informáticas básicas para la comunicación, la
búsqueda de información, y el tratamiento de datos en su actividad
profesional.
ii) Capacidad de razonamiento crítico y autocrítico.
iii) Tener capacidad de aprendizaje y trabajo autónomo.
iv) Saber leer textos científicos en inglés.
v) Poseer las habilidades matemáticas, estadísticas e informáticas para obtener,
analizar e interpretar datos, y para entender modelos sencillos de los sistemas
y procesos biológicos a nivel celular y molecular.
vi) Aprender a preparar textos científicos y a comunicar los resultados de una
investigación.
vii) Aprender a aplicar las ciencias básicas y los conocimientos generados en la
solución de problemas, dándole a estos un enfoque biotecnológico.

CONTENIDOS TEÓRICOS

UNIDAD 1. CONCEPTOS TEÓRICOS

Tema 1. Introducción al curso de proteómica. La biología, la bioquímica y biología

molecular y la biotecnología. El dogma central de la biología molecular. La investigación
biomolecular, las estrategias –ómicas y la Biología de Sistemas. Las proteínas:
propiedades físico-químicas y actividad biológica. Proteínas y especies proteicas.

Tema 2. Proteómica, generalidades. La proteómica como disciplina científica y

aproximación metodológica. Desarrollo histórico: de la bioquímica de proteínas a la
Biología de Sistemas. Objetivos, proteómica descriptiva, comparativa, de modificaciones
postraduccionales, interactómica, proteinómica, proteómica translacional. Flujos de
trabajo y plataformas metodológicas.

UNIDAD 2. METODOLOGÍAS
Tema 3. Etapas previas. El diseño experimental y muestreo. Preparación de la muestra.
Extracción de proteínas. Cuantificación de proteínas totales.
Tema 4. Fraccionamiento, purificación y resolución de proteínas. Electroforesis de
proteínas. Electroforesis bidimensional. Cromatografía líquida. Técnicas de eliminación
de proteínas mayoritarias. Digestión de proteínas.

Los temas 1-4 serán impartidos por la Prfra María Dolores Rey Santomé.

Tema 5. Espectrometría de masas. Fundamentos de la técnica. Componentes de un

espectrómetro de masas. Equipos de espectrometría de masas. Ionizadores MALDI Y
ESI. Analizadores quadripolos, trampas ionicas, tiempos de vuelo, orbitrap. Análisis MS
y MS/MS.
Tema 6. Identificación de proteínas. Estrategias. Huella peptídica. Espectros de
fragmentación y secuenciación de novo. Algoritmos y bases de datos.
Tema 7. Cuantificación de proteínas. Técnicas basadas en gel. Técnicas de marcaje
isotópico o isobárico. Técnicas shotgun. Técnicas de proteómica dirigida. Algoritmos.

Los temas 5-7 serán impartidos por el Profra. Mari Ángeles Castillejo.
UNIDAD 3. APLICACIONES.

Tema 8. Aplicaciones en el campo de la medicina. Marcadores de enfermedades,

búsqueda de proteínas dianas para el desarrollo de fármacos, otros.
Tema 9. Aplicaciones en el sector agroforestal. Búsqueda de marcadores para utilizar
en programas de mejora clásica o biotecnológica, caracterización de la biodiversidad,
otros.
Tema 10. Aplicaciones en el sector ambiental. Contaminación ambiental, alérgenos,
otros.
Tema 11. Aplicaciones en el sector industrial, en especial en la industria
agroalimentaria. Trazabilidad alimentaria, detección de fraudes en la elaboración de
alimentos, calidad alimentaria.

Esta parte de la asignatura será desarrollada por el alumno en forma de trabajo escrito y
seminarios. Dicho trabajo será dirigido por los profesores del curso.

CONTENIDOS PRÁCTICOS.

Prácticas de aula.
Comentar videoserial "La investigación molecular y su aplicación biotecnológica en el
sector agroalimentario y forestal"
Búsqueda de información. Bases de datos (PubMed, WoS, otras). Revistas científicas,
libros y monografías, bases de datos y repositorios, sociedades científicas, páginas web.
Profra. María Dolores Rey Santomé.

Interpretación de espectros e identificación de proteínas mediante búsqueda en bases de

datos.
Cuantificación de proteínas a partir de datos de espectrometría de masas
Profra. Mari Ángeles Castillejo.

Prácticas de laboratorio2

Obtención de material biológico y preparación de extractos proteicos. Cuantificación de

proteínas.

Eliminación de proteínas mayoritarias.

Separación de proteínas mediante electroforesis mono- y bidimensional.

BIBLIOGRAFÍA BÁSICA

CORRALES, F. y CALVETE, J.J. (Eds.) (2014) Manual de Proteómica. Sociedad

Española de Proteómica, 700 pp.
SOCIEDAD ESPAÑOLA DE PROTEÓMICA (2019). Manual de Proteómica, Vol. II.
Sociedad Española de Proteómica, 241pp.

2
Se apoyarán en vídeos ilustrativos. Las profesoras entregarán a los alumnos los resultados para la
elaboración del cuaderno de prácticas.
JORRIN-NOVO JV, KOMATSU S, WECKWERTH W, WIENKOOP S (Eds.). 2014.
Plant Proteomics: Methods and Protocols, 2nd edition. Methods in Molecular Biology,
Vol. 1072, Humana Press , 786 pp.
JORRIN-NOVO JV, VALLEDOR L, CASTILLEJO MA, REY, MD (Eds.). 2020. Plant
Proteomics: Methods and Protocols, 3rd edition. Methods in Molecular Biology, Humana
Press. En prensa.

Se suministrará al alumno a lo largo del curso la bibliografía específica y actualizada para

cada una de las unidades.

MATERIAL DE TRABAJO PARA EL ALUMNO

Para el estudio del curso el alumno contará con:

i) Las notas de clase.
ii) La presentación Power Point del profesor. Se hará entrega de la misma una
vez se haya visto el tema en clase. Tendrá audio.
iii) La bibliografía suministrada por el profesor y la encontrada por los alumnos.
iv) Los protocolos de prácticas elaborados por el profesor, tanto para prácticas de
aula como de laboratorio.

TRABAJO DEL ALUMNO Y EVALUACIÓN

Se propone un sistema de evaluación continua. Caso de no superar la nota mínima, el

alumno se examinará de todos los contenidos del curso, pudiendo ser el examen oral o
escrito.

Los aspectos a evaluar y valorar son:

Las respuestas a cuestiones planteadas en clase (15%).

La memoria con los resultados de las prácticas (30%).
El trabajo escrito y su exposición en seminario (30%).
La búsqueda semanal de artículos científicos relacionados con el curso en revistas
científicas y bases de datos (15%).
La asistencia a las actividades y la actitud del alumno en la clase, su participación en la
discusión de temas relacionados con el curso (10%).

MATERIAL COMPLEMENTARIO
Excelente página web UNED con conferencias grabadas
https://canal.uned.es/serial/index/id/1087

Videoserial educativo “La investigación molecular y su aplicación biotecnológica en el

sector agroalimentario y forestal”, elaborados por el Grupo de Investigación Bioquímica,
Proteómica, y Biología de Sistemas Vegetal y Agroforestal.

http://www.uco.es/investiga/grupos/probiveag/video/Proyecto_Innovaci%C3%B3n_%2
0Bioqu%C3%ADmica_Video_%203_Ana.mp4
http://www.uco.es/investiga/grupos/probiveag/video/Proyecto_Innovaci%C3%B3n_%2
0Bioqu%C3%ADmica_Video_%204_Maria_Angeles.mp4
http://www.uco.es/investiga/grupos/probiveag/video/Proyecto_Innovaci%C3%B3n_%2
0Bioqu%C3%ADmica_Video_%207_Victor.mp4
http://www.uco.es/investiga/grupos/probiveag/video/Proyecto_Innovaci%C3%B3n_%2
0Bioqu%C3%ADmica_Video_%205_Rosa.mp4
http://www.uco.es/investiga/grupos/probiveag/video/Proyecto_Innovaci%C3%B3n_%2
0Bioqu%C3%ADmica_Video_%208_Bonoso.mp4
http://www.uco.es/investiga/grupos/probiveag/video/Proyecto_Innovaci%C3%B3n_%2
0Bioqu%C3%ADmica_Video_%206_Monica.mp4
http://www.uco.es/investiga/grupos/probiveag/video/Proyecto_Innovaci%C3%B3n_%2
0Bioqu%C3%ADmica_Video_%202_Lola.mp4
http://www.uco.es/investiga/grupos/probiveag/video/Proyecto_Innovaci%C3%B3n_%2
0Bioqu%C3%ADmica_Video_%201_Jorrin.mp4