Asignatura: Biología Molecular 4

1. Título práctica de laboratorio:

INTRODUCCIÓN AL USO DE HERRAMIENTAS BIOINFORMÁTICAS PARA NUCLEÓTIDOS Y
PROTEÍNAS.

Integrantes Correo
: electró
nico:

2. OBJETIVOS
General:
• Utilizar los conceptos teó ricos relacionados al uso de herramientas computacionales para el
aná lisis de estructuras moleculares y de su funció n.
Específicos:

• Entender los principios teó ricos a través de los cuales se conceptualiza la producció n de
proteínas.
• Reconocer las correlaciones existentes entre la informació n en forma nucleotídica y aminoacídica
en el aná lisis de secuencias.
• Determinar las características estructurales de las proteínas.

3. REFERENTES CONCEPTUALES
La biología molecular es la ciencia que permite el estudio de los procesos ligados a la funció n celular
teniendo como base el comportamiento de las estructuras moleculares. La biología molecular se
encuentra estrechamente ligada al dogma central de la biología y permite establecer correlaciones
entre la informació n contenida entre las moléculas de ADN, ARN y proteínas estando particularmente
relacionada con ciencias como la genética y la bioquímica. Ligado al desarrollo de la biología
molecular y su aceptació n como una extensió n o ramificació n de la biología, existen diversas maneras
de interpretar los datos que hoy se obtienen a través de las investigaciones realizadas para este
campo y se componen de miles de secuencias de nucleó tidos y aminoá cidos. Estos datos recopilados
por proyectos inmensos como Hapmap Project y Genomes Proyect deben ser ordenados y
presentados en una forma que permitan la divulgació n pú blica y promuevan el desarrollo de la
ciencia y la tecnología para hacer extensivo el uso de esta informació n para todo el planeta. El á rea
encargada de compilar y organizar esta informació n se denomina la bioinformá tica (Gibbs, Richard A.,
et al. 2003).
La bioinformá tica, como disciplina, aborda de manera precisa el contenido de la informació n obtenida
a través del desarrollo prá ctico de la biología molecular (Tramontano, 2002). En esta ciencia se
conectan materiales bioló gicos, algoritmos de computació n y tecnologías informá ticas para
desarrollar e investigar herramientas que permitan el entendimiento del flujo de la informació n
contenido dentro del genoma y expresado en forma de proteínas atribuibles en la mayoría de los
casos a una funció n. La creació n entonces de bases de datos que compilen ésta informació n es la
materializació n de los objetivos propuestos para la bioinformá tica (Attwood & Parry-Smith, 2002).
Esta aproximació n metodoló gica ha mostrado ser muy promisoria y de importante proyecció n en el
país justificando cada vez má s esfuerzos para su entendimiento en los á mbitos aplicados del manejo
de datos relacionados con genó mica y biotecnología entre otros (Benítez-Pá ez & Cá rdenas-Brito,
2010).

Las bases de datos se pueden agrupar dependiendo del tipo de informació n de contienen de dos
maneras (Perezleo, et.al. 2003). Las bases primarias contienen informació n bá sica, generalizada y no
depurada en forma de secuencias correspondientes al término de anotació n y que muestran
correlaciones entre secuencias de ADN y proteínas, así como perfiles bá sicos de expresió n génica,
estructura y funció n general de proteínas. Las bases secundarias son bases especializadas con
secuencias depuradas en donde se encuentran datos con su respectivo aná lisis y en donde se agrupa
la informació n en familias de genes y proteínas, se atribuyen funciones entre motivos y dominios para
proteínas, se enlazan rutas metabó licas a la funció n proteica, se evalú an polimorfismos y mutaciones,
entre otros (Barnetche, 2007). Las bases de datos primarias y secundarias suelen encontrarse
enlazadas a bases de datos bibliográ ficas como PubMed y Medline, organizaciones de artículos
científicos que compilan la informació n obtenida a través de la investigació n científica.
El objetivo de esta prá ctica será entonces el entendimiento bá sico de uso de herramientas de
bú squeda de informació n de complementació n de proteínas correlacionadas a la funció n de los
organismos.

4. CONSULTA PREVIA
• Cuá l es la importancia de la base de datos GenBank?
• Estructuralmente en el gen que codifica para una proteína cuá les son las secuencias codificantes y
cuá les las no codificantes)
• Qué entiende por dominio proteico? Y cuá les está n relacionados con la funció n de las proteínas?
• Investigue la utilidad del estudio de la bioinformá tica en su carrera y determine un ejemplo claro
sobre los conceptos y usos de esta ciencia en el campo de la medicina y otras ciencias que má s le
llame la atenció n.

5. MATERIALES, EQUIPOS Y REACTIVOS

Computador con acceso a internet e impresora.

6. PROCEDIMIENTO
6.1. Actividad 1:
Usando el nombre del gen EYCL2 responsable de la determinació n de color de ojos marró n, ingrese a
revisar la informació n contenida en la base de datos de NCBI o National Center for Biotechnology
Information

a) Ingrese en el link http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/

b) Pulse en la ventana desplegable superior izquierda y busque Gene
c) Introduzca en la ventana desplegable superior derecha EYCL2
d) Pulse Search
e) Responda las preguntas que se formulan má s adelante, en el numeral 2.1. del informe.

6.2. Actividad 2:
Vuelva a la pá gina NCBI y pulse en el símbolo de NCBI en la parte superior izquierda de la pantalla.
Justo debajo de este se encuentra una lista de fuentes de bú squeda (Resourse list):

a) Ingrese al link gene & expression y en la lista que aparece en la ventana que se despliega
busque el recuadro de herramientas o tools
b) En esta busque un nuevo link llamado sequence viewer
c) Ingrese y en el espacio de bú squeda (cuadro gris Enter an accession or GI) y pegue el
siguiente nú mero de accesió n NM_000275.3
d) Responda las preguntas que se formulan má s adelante, en el numeral 2.2. del informe.

6.3. Actividad 3:
 a) Ingrese al portal usando el link que se le muestra a continuació n y en el recuadro blanco de
bú squeda localizado en la parte superior derecha digite el nombre del gen: 3OAX

PDB (Protein data bank): http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

b) Responda las preguntas que se formulan má s adelante, en el numeral 2.3. del informe.

6.4. Actividad 4:
Ingrese al portal https://web.expasy.org/docs/swiss-prot_guideline.html
ExPASy es el portal de recursos bioinformá ticos del SIB (Instituto Suizo de Bioinformá tica). ExPASy le
permite tener acceso a bases de datos científicas y herramientas de software en diferentes á reas de
las ciencias bioló gicas.

Como las proteínas mencionadas anteriormente no tienen funció n enzimá tica, para la realizació n de
los puntos siguientes será usada una proteína diferente.

a) De la lista de programas que aparecen en la secció n izquierda de la pantalla luego de Around

UniProtKB/Swiss-Prot, seleccione el programa NextProt para explorar la informació n
correspondiente a una proteína de tipo hexoquinasa.
b) Ingrese en el recuadro de bú squeda la palabra hexokinase y abra el primer ítem de las
opciones de resultados.
c) Responda las preguntas que se formulan má s adelante, en el numeral 2.4. del informe.

6.5. Actividad 5:
Suponga que solo posee la secuencia de aminoá cidos de una proteína como la que se muestra a
continuació n.

XMNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPL
NYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNF
RFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVIYMFVVHFIIPLIVIF
FCYGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFF
AKTSAVYNPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKNPLGDDEASTTVSKTETSQVAPA

Nota: para realizar esta actividad a veces se debe insistir en el procedimiento de entrada en varias
oportunidades.

a) Entre en la pá gina de Pepstats: www.bioinformatics.nl/emboss-explorer/

b) En el menú de la izquierda localice Protein Composition y selecciona Pepstats.
c) Pegue la secuencia de aminoá cidos de la proteína (use los comandos ctrl + v) en el recuadro
blanco y seleccione run pepstats (al final de la pá gina).

d) Responda las preguntas que se formulan má s adelante, en el numeral 2 .5. del informe.

7. BIBLIOGRAFÍA

• Attwood, T. K., & Parry-Smith, D. J. (2002). Introducció n a la Bioinformá tica. Pearson Educació n,
SA.
• Barnetche, J. M. (2007). Mesa redonda V. La bioinformá tica como herramienta para la
investigació n en salud humana. Salud Pú blica de México, 49, 64-66.
• Benítez-Pá ez, Alfonso, and Sonia Cá rdenas-Brito. "Bioinformá tica en Colombia: presente y futuro
de la investigació n biocomputacional." Biomédica 30.2 (2010): 170-7.
• Franco, M. L., Cediel, J. F., & Payá n, C. (2008). Brief history of bioinformatics. Colombia Médica,
39(1), 117-120.
• Gibbs, R. A., Belmont, J. W., Hardenbol, P., Willis, T. D., Yu, F., Yang, H., & Tam, P. K. H. (2003). The
international HapMap project. Nature, 426(6968), 789-796.
• Perezleo Soló rzano, L., Arencibia Jorge, R., Conill Gonzá lez, C., Achó n Veloz, G., & Araú jo Ruiz, J. A.
(2003). Impacto de la Bioinformá tica en las ciencias biomédicas. Acimed, 11(4), 0-0.
• Tramontano, A. (2002). Bioinformatica. Zanichelli.

8. GUÍA PARA LA REALIZACIÓN DEL INFORME DE LABORATORIO

• Para el informe de la prá ctica se presentará uno por grupo de trabajo (má ximo 4 integrantes).
• A continuació n encontrará el formato para realizar el informe.
 INFORME DE PRÁCTICA DE LABORATORIO

1. TÍTULO PRÁCTICA DE LABORATORIO:

INTRODUCCIÓN AL USO DE HERRAMIENTAS BIOINFORMÁTICAS PARA NUCLEÓTIDOS Y
PROTEÍNAS.
Integrantes: Correo
electró
nico:

1. CONSULTA PREVIA
Conteste en esta secció n las preguntas del numeral 4 de la guía.

2. DISCUSIÓN DE RESULTADOS
En esta secció n desarrolle las actividades descritas a continuació n:

2.1. Actividad 1: correspondiente a la actividad del numeral 6.1. de la guía

1) ¿Qué obtuvo como resultado de bú squeda? (Coloque aquí el pantallazo del resultado de la
bú squeda).
2) Nombre oficial completo del gen y su nú mero de acceso
3) ¿Con qué otros nombres pueden identificar al gen?
4) Defina con sus palabras ¿cuá l es la funció n de la proteína codificada por este gen?
5) ¿En qué cromosoma se encuentra ubicado el gen? Indique la localizació n exacta
6) ¿Cuá l es el nombre de la enzima o proteína a la que codifica este gen?
7) En la ventana, del navegador, que tienes abierta, podrías obtener informació n acerca de intrones?,
pon un pantallazo de la informació n de UN intró n.

2.2. Actividad 2: correspondiente a la actividad del numeral 6.2. de la guía

El resultado le debe mostrar una visualizació n de la estructura del gen, ¿Por cuá ntos exones está
conformado este gen?, adjunte pantallazo

1) ¿Cuá l es el exó n má s largo y cuá l es su tamañ o (en pb)?

2) Cuá les son los dos dominios má s importantes que usted identifica en esta proteína?
3) Tiene esta proteína una isoforma?
2.3. Actividad 3: correspondiente a la actividad del numeral 6.3. de la guía
1) ¿Cuá l es el nombre de la proteína?
2) Esta proteína ¿en qué células se expresa y cuá l es su funció n?
3) Segú n la imagen de la estructura 3D de la proteína: ¿Cuá l es la localizació n en la célula de la
proteína?
4) ¿De qué organismo fue aislada esta proteína?
5) A la izquierda se observa la vista transmembranal de la proteína, ¿Qué representan las barras
mediales roja y azul?
6) Seleccione “estructure” en la pestañ a 3D view, ¿Qué observa? Ponga el cursor sobre la imagen,
qué pasa? Cuá ntas hélices alfa tiene la proteína. Coloque la imagen que obtuvo como resultado
7) Discuta como cree que se relaciona la estructura de una proteína con su localizació n celular y su
funció n.

2.4. Actividad 4: correspondiente a la actividad del numeral 6.4. de la guía

1) ¿Cuá l es nombre del gen que codifica para esta proteína?

R: GCK

2) ¿En qué proceso metabó lico participa esta enzima? ¿Cuá l es la reacció n que cataliza?

R: Principalmente en las células beta pancreáticas y el hígado y constituye un paso limitante en el

metabolismo de la glucosa en estos tejidos y cataliza la fosforilación de hexosa, como D-glucosa, D-
fructosa y D-manosa, a hexosa 6-fosfato (D-glucosa 6-fosfato, D-fructosa 6-fosfato y D-manosa 6-fosfato,
respectivamente).

3) ¿Cuá les son las funciones moleculares de esta enzima?

 R: GCK actúa como un sensor de glucosa en la célula beta pancreática (por similitud). En el páncreas,
juega un papel importante en la modulación de la secreción de insulina (por similitud). En el hígado,
ayuda a facilitar la absorción y conversión de glucosa al actuar como un determinante sensible al uso de
glucosa hepática por insulina (por similitud). Se requiere para proporcionar D-glucosa 6-fosfato para la
síntesis de glucógeno

4) Vuelva al portal de ExPASy e ingrese a “ViralZone” e ingrese la palabra “hexokinase” en la regió n

de bú squeda.

5) ¿Qué tipo de resultado obtiene de la bú squeda? ¿Por qué cree que esto ocurre?

R: Ningún resultado se encuentra debido a que es un portal que otorga información sobre los diferentes
Virus que hay y artículos sobre estos.

6) Vuelva nuevamente al portal de ExPASy e ingrese ahora a “HAMAP” y realice el mismo ejercicio,
en el recuadro “Search” ingrese el término “hexokinase” y seleccione el primer resultado.
7) ¿Cuá l es el identificador de la proteína? ¿Cuá l es el nombre del gen que codifica para esta
proteína?

R: PFKA y pfkA

8) ¿Cuá l es la localizació n celular de la proteína?

R: Citoplasma

9) ¿Cuá l es la funció n de la proteína?

R: Cataliza la fosforilación de D-fructosa 6-fosfato a fructosa 1,6-bisfosfato por ATP, el primer paso de la
glucólisis.

10) ¿La enzima requiere la presencia de un cofactor?

 R: Mg (2+)

2.5. Actividad 5: correspondiente a la actividad del numeral 6.5. de la guía Con los resultados
indique:
1) Peso molecular
2) Punto isoeléctrico
3) El porcentaje de aminoá cidos hidrofó bicos.
4) ¿Cuá les son los aminoá cidos á cidos y en qué porcentaje se encuentran en la secuencia
seleccionada?
5) ¿Cuá les son los aminoá cidos bá sicos y en qué porcentaje se encuentran en la secuencia
seleccionada?
Entre en la pá gina web de Pfam http://pfam.xfam.org/. Seleccione la opció n “sequence search”,
pegue la secuencia de aminoá cidos y seleccione “Go”. Una vez obtenga los resultados indique:
6) ¿Cuá l(es) dominio(s) presenta la proteína seleccionada?
7) Escoja un dominio e indique la funció n de ese dominio.

3. CONCLUSIONES
Redacte un pá rrafo en el cual se describa la relació n que puede existir entre la bioinformá tica y la
prá ctica médica.

4. BIBLIOGRAFÍA
Ingrese las referencias utilizadas para la resolució n del informe, sí hubiese sido necesario. Cite de
acuerdo con la norma Vancuover.