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CONFLICTOS INTERNOS:
• La sublevación de los moriscos de las Alpujarras (1568-1571). La
abundante población morisca del Reino de Granada, que conservaba su
lengua y costumbres, se alzó en armas en protesta contra una ley que
limitaba sus libertades culturales. Esta ley había nacido por la sensación de
peligro que suponía la existencia de musulmanes en la península que
podían ser aliados de los piratas berberiscos que atacaban las costas.
Cuando el poder real consiguió vencer a los sublevados, se decidió
deportar a los moriscos supervivientes a varios puntos de la Corona
de Castilla, cuya población morisca aumentó considerablemente.
Felipe II quedó sobrecogido ante las masacres de sacerdotes
llevadas a cabo por los rebeldes y, como castigo, además de las
muertes y de las expulsiones, miles fueron vendidos como esclavos
dentro de España.
• El caso de Antonio Pérez. Durante el gobierno de Juan de Austria (hijo ilegítimo de Carlos
I, al que reconoció al final de su vida) en los Países Bajos, Antonio Pérez jugó con la
confianza del rey y le advirtió de una posible deslealtad de su hermano, aconsejándole
una invasión de Inglaterra, consejo que el rey ignoró por el momento, pues no se
consideraba preparado para dicha invasión. En realidad, Felipe II ya desconfiaba de su
secretario, por lo que Juan de Escobedo (secretario de Juan de Austria) llegó a la Corte
para explicar la posición de Juan de Austria, lo cual podía dejar al descubierto a Antonio.
Por ello, Antonio culpó a Escobedo por las ambiciones de don Juan y aconsejó al rey
eliminarlo.
El rey parece que accedió a que Escobedo fuese eliminado. Antonio Pérez primero hizo un
intento fallido de envenenamiento y luego contrató a un grupo de asesinos que acabaron
con la vida de Escobedo.
Pronto se esparció un rumor acerca de su implicación en el asesinato de Juan de Escobedo.
Felipe II intentó en un principio proteger a Antonio Pérez, en parte por su propio
sentimiento de culpabilidad y en parte por lo que podía revelar, pero cuando su hermano
don Juan murió y sus documentos llegaron a Madrid, descubrió la trama y mentiras de
Antonio Pérez, dándose cuenta de que don Juan siempre había sido leal. Considerándose
traicionado, Felipe II empezó a desconfiar de la asociación de Antonio Pérez y la princesa de
Éboli, y sospechaba de un tráfico de secretos de Estado.
Antonio Pérez huye a Aragón para acogerse a la protección de sus fueros (los ciudadanos
aragoneses tenían que ser juzgados por un tribunal de ese reino). Pero Felipe II lo acusa de
ser hereje, se hace cargo la Inquisición (tribunal común a todos los reinos). Pero en Aragón
no lo entregan y Felipe II, violando estos fueros, acaba con esta sublevación aunque Pérez
finalmente consigue huir a Francia.